4B1XB

Structure of the phactr1 rpel-2 bound to g-actin
Total Genus 123
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
357
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII2 (108-493)S1 (8-12)S6 (66-68)AH1 (55-61)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)TII1 (21-24)S3 (29-32)TIV2 (36-53)O1 (32-34)TIV3 (61-64)S5 (53-54)TIV4 (62-65)TVIII2 (69-72)S8 (75-76)S7 (71-72)TIV6 (76-79)3H1 (98-100)AH2 (79-93)S9 (103-107)AH12 (338-348)3H3 (264-267)S11 (150-155)S12 (160-166)AH5 (182-196)3H2 (172-174)S13 (169-170)S14 (176-178)AH6 (203-216)S17 (297-300)AH7 (223-230)AH10 (287-295)S15 (238-241)S16 (247-250)AH9 (274-284)3H4 (302-304)3H5 (335-337)S18 (329-330)3H6 (350-352)S4 (35-37)TIV5 (71-74)AH8 (252-262)AH11 (309-320)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 123
structure length 357
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1xB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1xB03
2QWQA 2P9LB 2H3GX 4YDUA 3MN9A 3BUZB 1LOTB 3UKUA 2NLXA 3ATVA 1NLVA 3CJCA 4PKIA 4BRGA 4CZEA 1XUPO 1HKCA 4BR5A 1GLLO 1KAYA 4XH5A 5TKYA 3FE1A 3DXMB 3FZKA 3AAQA 3WXIA 2QWPA 2FF3B 3EKUA 3LM9A 1IG8A 4Z94A 2D1KA 4FWRA 5AQNA 2PBDA 2VCPA 2E2QA 3EL2A 2QWOA 4WQ5C 4BG8A 3WT0A 5AQHA 3QB0A 3MCPA 4FWOA 3WQTA 3LDQA 4K41A 3SMPA 5F0XA 5BPLA 5B8HA 3UKRB 3H6EA 4H5WA 3ULEA 4CZJA 4FWPA 3QBWA 2A42A 3CJBA 3B8AX 3HZ6A 4HTLA 1JCEA 4BGBA 1C0FA 4JD2A 4J8FA 3RSEA 1HX1A 4ISFA 2Q0UA 4B1UB 2QWNA 2Q97A 1ATNA 4EHTA 1XC3A 1BUPA 4EFHA 1BDGA 5FPNA 3SK3A 3ZEUA 3HTVA 2FLOA 1MA9B 2P9UB 4HWIA 3R8EA 4EIAA 3GE1A 2PAVA 3CJ1A 1T6CA 3CETA 4BRCA 4FL9A 3H1VX 4QS8A 5AQUA 2YCHA 5FPMA 5BPMA 3H1QA 1SQKA 4BVOA 3L4IA 5ELZA 1NGHA 3M1FA 4DHYA 3S41A 1NGFA 1GLBG 5FPDA 2Q0RA 4QS9A 1DKGD 3O80A 5EVZA 3ID8A 1BU6O 3ENOA 4IWVA 3FFKB 1WOQA 2BTFA 2E2PA 1ZBSA 3I8BA 4RCHA 1U2VA 3A5OC 2ITMA 3D2FA 3VENA 4B1ZA 1U6ZA 1NGAA 5AQRA 2P9IB 2FSNA 1NGBA 3U9DA 3MN6A 3FR0A 1QQNA 2W41A 4H5VA 5AQTA 2DPNA 3QDKA 1K8KB 3HSCA 3VF6A 5KPTA 3VF4A 2WUSA 3SMSA 2HF4A 2V51B 3HM8A 3ZETB 5FPEA 2IVOA 3J8AA 5AZIA 3CQXA 1E4GT 2ASOA 3HBTA 4QS7A 5AQSA 3DXKB 1SZ2A 1NGIA 2GWJA 3O4WA 1C0GA 2UYTA 2P9SB 2W40A 3U4LA 1S3XA 3WQUA 3VGMA 5AZJA 4A62A 4JD2B 4BGAA 4EAHD 2V7ZA 4MLEA 2CH5A 4BRNA 4BRHA 5I9EB 5AQQA 4JHDA 2CH6A 5EX5A 4F9OA 1H1VA 4JN4A 3P4IA 2YHWA 2P9KB 4FPBA 5F2RA 1DEJA 2YJFA 4IZ9A 3VEYA 2P9NA 4CZFA 4FOEA 1JCGA 5LY3A 4H5RA 4RTFD 1YAGA 5F1XA 5AQFA 5AQGA 4RWTA 1CZAN 1E4FT 4WQ5A 4CD3A 3D2EB 4KBOA 4XEIA 4BR7A 2Q2RA 4FWKA 5KPZA 4BRMA 4FWLA 2GUPA 3ZX2A 3ATUA 1OKJA 1ATRA 4CZMA 2GWKA 1BWFO 4H0TB 1GLDG 2F9TA 4CZGA 1QZ5A 2ZF5O 1Z6RA 4A2BA 3WXLA 5KPRA 4IJAA 5ADXH 2P9PA 3WEEA 4I6MB 4BC4A 5AFUA 3H3OB 3FLCO 3LDOA 3GBTA 3OHRA 3TU5A 5AZIB 5AQPA 5AQYA 3DJCA 1TUUA 4IJNA 4AM6A 3U8XA 2A5XA 3M3ZA 3QBXA 3BF3A 2ZWHA 4BC2A 5E26A 3TPQA 3CERA 4WQ4C 5BREA 4CBXA 2ASPA 4GY2B 4IO8A 4H0OA 1QHAA 4JAXA 5JLHA 3IMXA 4BRFA 3VEZA 5EXWA 3JXUA 2HOEA 1NGJA 2ZGYA 4NO7A 1GLAG 2E88A 1TYQB 1NGCA 3KHYA 4H0XB 5BN9A 2CGKA 2IVPA 4K25A 4MO5A 1X9JA 2V7YA 3UKUB 4FWQA 3UB5A 5JICA 2QW9A 3IFRA 2HMPA 2YJEA 3AARA 4CD1A 3IDHA 1ZC6A 5LJWA 4Y0WA 3A5NC 1WUAA 2QXLA 4BVPA 4FSVA 4M7YA 2E20A 5BR9A 3MN7A 3L6QA 1GLFO 4K42A 1HPMA 4H5NA 1NGEA 3WXKA 2P9LA 4BRLA 4LC9B 2V52B 5AQIA 1Y64A 4BC3A 4FWMA 1X3MA 3ULEB 4CZLA 4FO0A 2Q36A 5JLFA 4B1VA 1GLCG 3QMLA 4CZIA 1ATSA 3IUCA 1EQYA 3CJAA 3CJ9A 3LDNA 4O5FA 3KVGA 4BR9A 1NMDA 3MDQA 3RSEB 5AQJA 4L3QA 4H0PA 3A5LC 2Q31A 4FPAA 3BEXA 4MLHA 1YVNA 3CIPA 3R9PA 3ZEUB 2ASMA 2A3ZA 1HKBA 4B1YB 5AQXA 2A41A 4DCHA 4IXCA 1YXQA 4FOIA 3UKRA 4DQ8A 4BRQA 1ZXOA 3DWLA 5E84A 4BR0A 3GDQA 2QWRA 3KZBA 3M6GA 4A2AA 4FWNA 2QWLA 4PL7A 4MO4A 1BO5O 3VF2A 2AP1A 1IJJA 4BRAA 1NBWA 2BUPA 1GLEG 4NB4A 2A6AA 3SLCA 3L0QA 4BR2A 4CI6A 2P9UA 1U2VB 3D2FB 3FZLA 2E8AA 3FGUA 2EWSA 4B1WB 3EKSA 2GTDA 2YI1A 2OANA 2KHOA 3R6MA 4H0YB 3G25A 2VYPA 4WQ4A 3D7EO 3EZWA 1HJOA 4ISGA 1X3NA 4BREA 1TUYA 3WXJA 3QICA 4CZHA 5BPNA 3VEVA 2F9WA 2IVNA 5AQZA 2HF3A 3VOVA 5AZJB 3FZHA 2QWMA 1HUXA 3ENHA 5BRHA 4YDUC 2FSJA 4JHDB 2P9IA 3FZFA 2NRHA 5AQMA 1NGGA 4B1XB 1RFQA 2E2NA 4FWSA 3VGKA 5BRDA 5KQ8A 3HI0A 2IIRA 4H03B 4CBWA 5JMVA 1QZ6A 1K8KA 3CQYA 4BQZA 2J4RA 4H5TA 1R59O 3ZETA 1KXPA 2P9NB 3DXKA 5AQLA 3C7NA 3LDLA 1Z05A 5ADXA 3MN5A 1KAXA 2I7PA 4BG9A 4BRDA 2P9SA 3F9MA 4ISEA 1HKGA 5AQOA 2E1ZA 3H46O 3QFUA 1DGKN 3CJ7A 2D4WA 5AR0A 3O5BA 3VERA 3BP8A 2FSKA 1J6ZA 3SJHA 1BA1A 4EHUA 3H45C 1NGDA 1T6DA 2YHYA 2FF6A 2CGLA 2ZGZA 3MMVA 3VEXA 4BQLA 5BN8A 2P9KA 4H0VB 5CE3A 1V4TA 4O8KA 1S22A 1T44A 4XH4A 3O8MA 4CBUA 3A8YA 1YUWA 3H3NO 3DAWA 3JS6A 4AM7A 1SAZA 2P9PB 3WEEB 2FXUA 1QQMA 1BOTO 3VETA 2E2OA 3AAPA 5KQDA 1MDUB 3VESA 1P8ZA 4XH1A 3O1BA 4K43A 3D2EA 4BR4A 1LCUA 1V4SA 4GNIA 4E1JA 2AA4A 3ZX3A 4JNEA 3O1WA 2CGJA 3GG4A 4WYBA 3DXMA 3LL3A 4BRKA 1GLJO 1BA0A 4B9QA 5BRFA 4CZKA 3EN9A 3U9ZA 3O08A 3VEWA 4M63C 4A61A 1NM1A 4CJ7A 4I6MA 1ESVA 3FZMA 1KAZA 2D0PA 3C0BA 4PKHA 3A5MC 3VGLA 4DB3A 1BG3A 3O6WA 2VWBA 3CI5A 1MWMA 1JCFA 1XQSC 3UE5A 2A40A 3C7NB 5AQWA 1QQOA 2NZTA 3LM2A 3QFPA 3ZX0A 2D0OA 2Q1NA 5EY4A 1RGIA 1Q18A 3CHWA 1HLUA 4C23A 1MWKA 1RDWX 4BC5A 3BF1A 2QM1A 4BROA 3EO3A 3W0LA 2I7NA 5EOYA 3WUHA 5LJVA 4BRIA 3GOIA 3MK6A 2GEMA 3GL1A 4PL8A 2GELA 3A0IX 2YHXA 3VEOA 4M7XA 5AFUH 3I33A 1G99A 1NWKA 5AQVA 4BRPA 2E1YA 3W3DA 1D4XA 3LDPA 3AY9A 4PKGA 3VPZA 1TYQA 5AQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHSA 2P9LB 4YDUA 2O4GA 3MN9A 3WNEA 3MXJA 1FJGK 4AQYK 1LOTB 3UKUA 3BY5A 3ATVA 3CJCA 4LF5K 1K8AO 4Y1CA 1K9MO 1NOZA 2IDOA 1HKCA 3FE1A 2QWPA 1IG9A 5FRNA 4XIUA 1QSYA 5AQHA 3ZYYX 4FWOA 3IG1A 2FBXA 3OYLA 4K41A 3KD5E 5BPLA 4O4GA 4KFBA 4FWPA 3E9PA 1C1AA 3KLIA 1JCEA 3VA3A 4B9UA 4YOTA 1D5AA 3SCXA 4DU1A 4ISFA 2Q0UA 5HRSA 4EHTA 3ISNC 4JI5K 2UXDK 4BEBA 2F96A 5FPNA 3HTVA 2FLOA 3HK2A 2D5RA 2P9UB 2UUCK 3AA3A 3HPGA 3RWUA 1KVCA 2YKNA 2NRRA 4CEFA 5FPMA 2YCHA 4DFMA 4OPAA 1EP4A 3M1FA 3I56N 3ZSZA 1NKEA 1GLBG 2QK9A 1DKGD 1JLBA 5EVZA 1XNQK 4AILC 4IWVA 4KTWA 4JK8A 3J7ZO 3ZSYA 4DLEA 3CFRA 3CYGA 4FJIA 3SV3A 5AQRA 5KTQA 4JLHA 3K5OA 3DRPA 3V1RA 1YITN 4GVMA 3EEQA 1NJWA 5CY4A 3F2KA 1QVFM 3QDKA 4GKKK 5KPTA 1J5OA 2HF4A 3OYBA 2RPIA 3NAEA 2IVOA 5AZIA 4QS7A 5AQSA 3DXKB 3TTDA 4M3XA 1SZ2A 2GWJA 4IOXA 1ITGA 3AA4A 2X78A 4CGDA 4JI4K 1S3XA 3VGMA 3OJSA 4JD2B 3SJJA 1NK7A 2V7ZA 5AQQA 2G8IA 3T19A 3CFPA 3AGKA 3PX6A 5JVGL 1D8YA 1W97L 2P9KB 2X6SA 4DLGA 2WTUA 3VEYA 2P9NA 3L3VA 1JCGA 2QXFA 1SKSA 4NCBA 5F1XA 1YAGA 2YX6A 4JI6K 4RWTA 3NBPA 3D2EB 4XEIA 1HNZK 4FK2A 2Q2RA 4FWKA 4DTOA 4BRMA 4KHWA 2KFZA 1ZBIA 1ATRA 5HRNA 1K73O 3OYIA 4H0TB 1GLDG 1RDAA 2HB5A 4M3YA 1A5VA 1U4BA 2JWLA 4PQUA 5ADXH 3OS0A 3SUQA 4FM0A 3LDOA 4CJ5A 2HBMA 1TKTA 5LL6Z 3OYFA 1BQMA 3U3GA 3HOTA 1TUUA 4G1QA 4IJNA 4BACA 5C2FA 3M3ZA 2VGMA 4IBNA 3BF3A 4DR4K 3RVCA 4CJ3A 3S9HA 3PSIA 4CF8A 4E7IA 4KH6A 4CIEA 4WQ4C 3CCLN 2ASPA 3LDSA 1K6YA 4DR6K 1YTAA 1VSIA 3E1YA 2VWJA 2ZM6K 4O44A 3KLEA 4BRFA 1P90A 3JXUA 3P39A 4LF7K 2HOEA 5GAEP 1Q8IA 3DOKA 3O9SA 1SL1A 4HCBA 4ICLA 2HW3A 3KHYA 2HMIA 4AHUA 2ITGA 4DSIA 2O4IA 4CW7B 4K25A 4YOUA 4MO5A 1RDBA 4QAGA 3UKUB 3N4QA 1IKVA 3IFRA 2HMPA 3AARA 4CD1A 1RT3A 1ZC6A 2HHIA 4MFBA 4M42A 5LJWA 5H1SQ 2F7TA 1IBLK 4M7YA 3E9OA 4HUEA 5BR9A 1GLFO 3SPYA 3LP2A 2QKBA 2B4JA 3WXKA 4K8ZA 1FW6A 4JS4A 2NUBA 4BC3A 3AVHA 4JKFA 4DV3K 4FO0A 4B1VA 3CG7A 3LZJA 3CCRN 2ZJQL 4OO1J 2JLEA 3I0SA 1OVQA 3CJ9A 1BCOA 3KVGA 1C0MA 4LFCK 1IV0A 1C0UA 2XHBA 2HHXA 5FRMA 4CEDA 3EY1A 4FJKA 5C2DA 2A41A 3NVKA 2XY6A 5J2PA 4FZYA 4FOIA 4DF4A 1EWRA 3NH2A 2Z1GA 4BRQA 4BE7B 1ZXOA 5C0YA 1EXQA 2YNIA 1QHTA 3NGIA 1FKOA 3BZCA 4Q5VA 3VQEA 2VQFK 4K0KK 4BRAA 3NE6A 1VSDA 3TAFA 2XY8A 5A2QO 3OA9A 2E8AA 2EWSA 3EKSA 1QTMA 4OPKA 4JKGA 4W5TA 3SQ2A 1N36K 3R6MA 2RN2A 3MEGA 4JI1K 1VQON 4JKEA 3EZWA 1QVGM 5JS1A 1CLQA 3VEVA 3OYMA 3S5TA 2IVNA 1YIJN 2KQ2A 2HF3A 3LAMA 1XWLA 4E72A 4A5BA 2ZD1A 3OYJA 4YDUC 5T7BA 3L4QA 4DV2K 2QEXN 4DUYK 2NRHA 3VQQA 4B1XB 1BISA 1WLJA 3NCIA 1TK8A 1KD1O 1QZ6A 3RRHA 2HHVA 5M1OA 3QLHA 1K8KA 1R59O 2P9NB 2HHUA 5AQLA 2O8DA 3MX5A 1KAXA 4BRDA 4X62K 4CEEA 3OW2M 2D4WA 3NF6A 2KLAA 3VTIA 1OH7A 4DQIA 4LF9K 3H45C 1WAJA 4IO9L 1T6DA 2ZGZA 1SL2A 4FJLA 1OH5A 4B9TA 2NRVA 4E19A 5GADP 4XH4A 1C6VA 4X65K 4JKHA 4ELVA 1ASVA 1OVYA 3A8YA 3K5MA 4AM7A 1QQMA 3AVMA 4KB1A 1IO2A 2FBVA 3AAPA 4DSKA 1MDUB 4RW9A 5CZ1A 4JI2K 3TAQA 1V4SA 1N32K 4GNIA 4E1JA 1JLFA 4M3ZA 3PSFA 1C1BA 3O1WA 3LWMA 3GG4A 1W2BM 1HPZA 4ILJA 4X64K 3SI6A 1BA0A 1W9HA 2QI2A 3EN9A 1WAFA 3VEWA 4A61A 1X9WA 4DU4A 5J2QA 2HVHA 4C1NK 3V9ZA 1ESVA 3FZMA 4CGIA 4CHYA 4OVLA 1RCHA 1JCFA 4Z4HA 3C6HA 1HYZA 4CJTA 1BCMA 3I0RA 3RMBA 3CHWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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