4B1YB

Structure of the phactr1 rpel-3 bound to g-actin
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
375
structure length
364
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
source organism Mus musculus
total genus 136
structure length 364
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1yB03
1OKJA 4ISEA 2Q0RA 3GBTA 5BPNA 2E20A 5ADXH 4J8FA 1GLBG 1BG3A 1HX1A 3DAWA 4LC9B 1HLUA 1MWMA 5BN9A 4CZIA 2YI1A 3VEXA 3MCPA 3WXKA 1BA0A 3LDPA 3A5MC 3C0BA 4H0TB 4BQZA 4IJNA 5AQHA 4CZEA 3UKRB 2QWNA 2GUPA 2NRHA 3H3NO 2FSJA 1MDUB 2IVNA 4KBOA 4XEIA 4A61A 4FWOA 3IFRA 3HI0A 3O1BA 1K8KA 2DPNA 2ZGZA 1MWKA 3KVGA 4FOIA 3GE1A 2HMPA 3IMXA 1TYQB 2A42A 1U2VA 3A0IX 3VGMA 5EVZA 4BRGA 1HKBA 1YAGA 4WYBA 3D2FB 3L6QA 5AZIA 4HWIA 5KPRA 4MO4A 3ATVA 1QQMA 3L0QA 3CETA 4H5NA 5EOYA 4CBXA 5AQXA 2A3ZA 4H0XB 3WQUA 3JXUA 5AQUA 3JS6A 3MN7A 3VF4A 4B1ZA 3LM9A 1J6ZA 5AZJB 3CJ1A 3CI5A 4BROA 4DB3A 4K42A 3WT0A 5AQGA 1KAYA 1TYQA 3VF6A 2HOEA 2YJFA 5AR0A 1EQYA 4YDUA 4B1XB 3D2FA 1YXQA 3H45C 1ESVA 3WXIA 4B1VA 2UYTA 3ULEA 3U9ZA 4CZHA 2I7NA 4CD1A 2Q2RA 3H1QA 3HBTA 4AM7A 1X3NA 1XQSC 4BR7A 2Q31A 4BRHA 1C0GA 3FZHA 5AZJA 5FPEA 2CGKA 1R59O 2E8AA 5JLHA 4YDUC 1ZBSA 4BREA 4H0PA 4H5WA 4FO0A 2YHWA 3VF2A 4BGAA 1E4FT 4FWSA 4M7YA 5F0XA 4BRPA 2GELA 5AQFA 5JLFA 3SLCA 2FSNA 1T44A 1JCFA 1NGEA 3EN9A 3AARA 5AQPA 3MN9A 3S41A 3EO3A 5ADXA 1X9JA 3H1VX 4H5VA 4NB4A 4CZKA 2A41A 5AQLA 1CZAN 2E1YA 3OHRA 1NGJA 2NLXA 3FZLA 3CQYA 2E2OA 4O5FA 3HM8A 3EL2A 2CH6A 2V7ZA 3LDQA 3QBXA 3FZKA 1HKGA 3U8XA 3CJBA 2ITMA 4WQ4A 2E1ZA 1NGAA 3CIPA 4IZ9A 2V51B 3CJ7A 3O4WA 1NGDA 1ZC6A 5EY4A 4RWTA 2D4WA 5AQMA 5AFUA 1BU6O 4XH5A 5AQVA 4A2BA 1GLJO 1DGKN 4Z94A 3CJ9A 1BO5O 1QZ6A 3SMSA 1NGFA 4ISGA 3H3OB 4FPAA 1K8KB 3VEZA 2F9WA 4H0YB 4L3QA 2P9LA 5TKYA 2WUSA 4WQ4C 2OANA 2D1KA 2A5XA 1RGIA 1SZ2A 5JMVA 1U2VB 4BR5A 3DJCA 2W41A 4EFHA 3QFUA 1Z05A 2YHXA 2IVOA 4F9OA 2FSKA 3HZ6A 4FWKA 5AZIB 4A2AA 1QZ5A 1NGCA 4JN4A 5AFUH 5AQRA 3SMPA 3VGKA 2H3GX 5BPLA 3BF3A 1D4XA 2ZF5O 3DXMA 4JD2B 5F2RA 1ATSA 1NM1A 3UB5A 2QM1A 3H46O 3FFKB 5AQZA 3HSCA 4A62A 1TUYA 1NMDA 2W40A 2Q0UA 4IXCA 1KXPA 2D0OA 2PBDA 4XH4A 3LDNA 1RFQA 3EKSA 1YVNA 2D0PA 3ULEB 4CI6A 3SJHA 3FZMA 1QQNA 4FWLA 2E2QA 2QXLA 2QWQA 4O8KA 4JD2A 4GNIA 2KHOA 3CJCA 3O5BA 1NGGA 2IVPA 4CJ7A 1H1VA 3J8AA 4QS7A 3U9DA 4BR2A 3TU5A 3ZX0A 5FPDA 3R8EA 1Q18A 3I8BA 4H03B 1LCUA 2FXUA 4BGBA 1BDGA 5B8HA 4AM6A 4EHTA 2QW9A 4FWQA 5E26A 2QWOA 3DXKB 4ISFA 2QWMA 3WXLA 4B1WB 1JCGA 1HKCA 4FWRA 4QS9A 4CBWA 3O80A 3BUZB 1NBWA 3CHWA 3QFPA 1X3MA 1SAZA 3D7EO 4JHDB 4BQLA 4BRMA 4PL8A 3W0LA 3MN6A 4JAXA 1DKGD 2P9NB 5AQWA 2E2PA 4BG8A 1GLEG 4BRIA 2FLOA 4BRFA 2EWSA 3QB0A 3RSEB 1NLVA 3BEXA 3VENA 3MK6A 3WUHA 5KPTA 3MDQA 1Y64A 4BC3A 1XUPO 4CBUA 3DXKA 3WQTA 1GLFO 4H5RA 4PKIA 2E88A 1BOTO 5BR9A 3GDQA 1JCEA 2P9IB 4NO7A 3EZWA 4JHDA 4BRQA 2P9PB 3ZETA 3A5LC 1Z6RA 2FF6A 2CGLA 4H0VB 1QHAA 1GLAG 1V4TA 2P9LB 2CH5A 2HF3A 2P9NA 3MN5A 3VEOA 3UKUB 5ELZA 1GLDG 3VOVA 3M6GA 3M1FA 3RSEA 3A8YA 4B1UB 5LJVA 5FPMA 5LJWA 4DHYA 3UE5A 2GTDA 4K25A 3DWLA 3CERA 1V4SA 4XH1A 3AY9A 2I7PA 1MA9B 3W3DA 4FWMA 4EIAA 3G25A 2P9IA 4I6MA 2P9SB 2P9PA 4BRKA 1WUAA 3DXMB 5EXWA 3O6WA 5AQTA 3UKUA 3QMLA 5AQKA 5BRFA 4FOEA 1KAZA 2HF4A 2QWRA 3M3ZA 3CJAA 1T6DA 2YHYA 4BRLA 5JICA 1TUUA 3WXJA 3ZEUA 4BVOA 2A40A 4CD3A 4CZFA 4CZJA 3LDOA 2NZTA 2CGJA 2V52B 3O8MA 3VERA 3GOIA 3TPQA 3VPZA 1HUXA 2AP1A 3C7NB 3I33A 5BN8A 2P9SA 4PKGA 2YJEA 4EAHD 4H0OA 1BUPA 1LOTB 1BA1A 4FSVA 4RCHA 1KAXA 5EX5A 5AQOA 5AQJA 3ZX3A 2ZGYA 3A5NC 1HPMA 4PL7A 3FGUA 1S3XA 3VETA 2P9KB 1GLCG 3ENOA 4GY2B 4BC2A 5BRDA 4MLEA 3FLCO 3QBWA 3C7NA 5AQIA 1ATRA 5BPMA 1RDWX 3ID8A 4WQ5A 3L4IA 4FL9A 2ASOA 4JNEA 1IG8A 1NGIA 4IO8A 1C0FA 1NGBA 1SQKA 2P9UB 1QQOA 5KPZA 2VYPA 3VGLA 4C23A 4K43A 3FZFA 5BRHA 2IIRA 4HTLA 3UKRA 1ZXOA 3MMVA 4IJAA 4RTFD 2E2NA 4BVPA 3KHYA 2P9KA 3ZX2A 3CQXA 3O08A 2GEMA 5I9EB 4E1JA 4WQ5C 4BC4A 5LY3A 4BRDA 4BR9A 2Q97A 1NWKA 1DEJA 1WOQA 2PAVA 3KZBA 1XC3A 5AQNA 3ZETB 1T6CA 1BWFO 2P9UA 3F9MA 3LL3A 3ATUA 2GWJA 3EKUA 4FWPA 4EHUA 4H5TA 3LM2A 3VEVA 4B9QA 4BG9A 4BRAA 2A6AA 3R9PA 5FPNA 5BREA 3BF1A 5F1XA 4DQ8A 2AA4A 3P4IA 4PKHA 3LDLA 4CZMA 3VEWA 1HJOA 1GLLO 2F9TA 3IUCA 2V7YA 1IJJA 4MO5A 4BC5A 3ENHA 1ATNA 4I6MB 3B8AX 2YCHA 3GL1A 1YUWA 2VCPA 4CZGA 4DCHA 3HTVA 3A5OC 3WEEB 3D2EB 4BRCA 4BR0A 2ASMA 2GWKA 4B1YB 3R6MA 3FE1A 5AQQA 5CE3A 3AAQA 3H6EA 3IDHA 2VWBA 5KQDA 3ZEUB 5KQ8A 2QWLA 5E84A 2ASPA 1S22A 5AQSA 1E4GT 4QS8A 1NGHA 4K41A 3GG4A 2BUPA 2FF3B 2Q1NA 1P8ZA 3O1WA 2BTFA 4Y0WA 2ZWHA 3QDKA 3BP8A 3SK3A 4FPBA 2J4RA 3WEEA 3D2EA 3VESA 4FWNA 3QICA 4M63C 2Q36A 4BR4A 2QWPA 4CZLA 4M7XA 4IWVA 1U6ZA 3VEYA 5AQYA 1G99A 4MLHA 3U4LA 3FR0A 3AAPA 4BRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJVA 3AVIA 1BIUA 5BPNA 1GLBG 1HX1A 4JS4A 4DFPA 1C1BA 1MWMA 4OKJA 2YI1A 4CZIA 1IBKK 3VEXA 1S6QA 1NJIO 4IOAL 2G8HA 3A2FA 1EP4A 3LDPA 3A5MC 2HHQA 1FK9A 5SZTA 3T69A 4BQZA 3OTOK 4CGIA 1N6QA 5C0YA 2FSJA 2PYJA 3TWHA 3O1BA 4E7IA 2GBZA 1SV5A 3HPOA 1EKEA 1NKCA 2PYLA 2HMPA 3IMXA 3NH2A 2OTLN 1U2VA 3A0IX 5EVZA 2VGNA 4AQYK 1CZBA 1TK5A 1IH7A 1G15A 2X78A 4CCHA 3L0QA 3P39A 3CETA 4H5NA 1Q81O 4GVMA 3WQUA 4ZHRA 3ZSRA 4DR1K 4KHQA 5AQUA 4B9TA 3MN7A 4B1ZA 1W0HA 5AZJB 5H1SQ 4CJFA 1BI4A 3P1GA 4KB0A 4ID5A 1KAYA 1VRTA 2YJFA 3NBPA 3KK3A 3HVTA 3D2FA 1GOAA 2EX3A 4KH6A 3WXIA 3TTDA 3QO9A 4CEQA 1YHQN 2Q2RA 1LWFA 4AM7A 5DM7L 4BR7A 3PX4A 2NRXA 4AHTA 1IBMK 3CMAN 1BHLA 3S5TA 1KSPA 1R59O 4J2EA 4JI3K 1QVGM 5JLHA 1VQLN 4YDUC 3BDPA 3V6DA 3SUPA 1L3UA 4BE2A 4FO0A 2YHWA 1YJWN 1OH5A 3T1AA 1NK9A 3LAKA 4E0DA 3RMAA 1T44A 3OYAA 1S1UA 4CW7B 3KKRA 3S41A 2YHBA 4ILHA 4F8RA 4H5VA 3LDSA 2G8KA 3FZLA 4OJRA 4DU1A 4RW6A 4IFYA 2C1IA 3THXA 1NJXA 2E1ZA 3SV4A 4RWTA 1NGDA 1ZC6A 4Z4GA 4O4GA 4FJ5A 5AQVA 1GLJO 4Z94A 4A5AA 1C0UA 2LSNA 3CJ9A 1BO5O 1FW6A 1YTUA 5M1KA 4CHPA 4CGDA 3NDKA 2F9WA 2UUBK 4L3QA 2WUSA 4WQ4C 4CGFA 2OANA 1QS4A 2D1KA 5HL7L 5DK5A 4O5BA 4EFHA 4FM1A 1W9HA 5GIPA 1Z05A 1VAZA 3AVGA 4F9OA 4C8OA 3OYKA 5BR8K 1JXEA 4BDYA 3F2KA 1T8EA 3V81A 3LWLA 3OYFA 2H3GX 3BF3A 2RPIA 4JD2B 2W42A 2HW3A 4AILC 3VQAA 4DF8A 2D0BA 3DRSA 5JVHL 3E9OA 3OBWA 1NMDA 2W40A 4EZ6A 4XH4A 3LPUA 4DTOA 3EKSA 2NRTA 3ULEB 1N36K 3PY8A 2E5LK 2XY8A 4DF4A 3FZMA 4FWLA 3J7ZO 4NLCA 3KLIA 4NCGA 4OPJA 4GNIA 4X66K 1VSEA 4RW8A 3O5BA 3I8DA 5M1PA 1WBDA 4JKGB 3U9DA 1QQCA 4XIUA 4I9QA 3OYHA 1NK7A 5FPDA 3AA2A 1Q18A 3I8BA 4DV6K 4CK3A 4LD0A 1VQ6N 4IFVA 4CGGA 5E26A 4F4KA 2QWOA 1D8YA 3OS1A 2ATQA 2KLAA 3QEIA 2QWMA 4K8XA 1HRHA 3WXLA 1N8RO 3HYFA 3O80A 2OA8A 1ZBIA 3BUZB 4BQLA 1X3MA 1SAZA 3U3YA 4BRMA 4LFAK 4JAXA 5AQWA 4CJ5A 4DKWA 1U47A 3HP6A 3T1YK 2FLOA 4CHOA 2A1SA 2XRIA 3VENA 3MK6A 4DR4K 3C6HA 1OVYA 4O44A 2HHXA 1XUPO 3VMFB 3CC2N 4PKIA 2YV0X 1L3SA 2QK9A 3VQ9A 3GDQA 3ZT3A 1JCEA 4JRQA 5KRTA 4JHDA 2P5GA 2HHUA 2BH1A 4BWMA 4H0VB 3VEOA 1GLAG 3L8BA 2O8CB 2CH5A 3HT3A 3TTCA 3IG1A 3M1FA 1KLNA 3A8YA 2HSTA 5DMRA 1WAJA 1V4SA 3DLHA 1MA9B 3W3DA 3ASMA 3SJJA 5M1FA 1B9FA 1X1PA 3CD6N 3DXMB 2O4GA 2VG6A 1BL3A 5AQTA 3QMLA 5AQKA 5BRFA 4FOEA 2O8BA 1S6PA 3S9HA 4CF0A 3M3ZA 1SL2A 3CJAA 5GIOA 4GV3A 1T6DA 5JICA 4Q5VA 4Q0BA 5C12A 3ZEUA 2A40A 4FXDA 3HXMA 3ZT1A 2NZTA 3O8MA 3VPZA 3I33A 3FFIA 1VHXA 4EAHD 4H0OA 4JKAA 3PX6A 4YOTA 3EYZA 1BA1A 3CF5L 4RCHA 4KTZA 3DLLL 2WTUA 3DYAA 5T7BA 4B9MA 2ZGYA 1HPMA 3FGUA 3QEVA 3M8QA 2PY5A 1I39A 3FLCO 4DV2K 5AQIA 4PY5A 1ATRA 5BPMA 1RDWX 4WQ5A 1HNXK 1P90A 2ASOA 4JNEA 2ZM6K 5I3UA 4FLVA 4IO8A 4I9LA 3KJVA 2UXDK 4CF8A 3VGLA 3BZKA 4FK0A 1VK0A 3MMVA 3JAMO 3O08A 4YOYA 2BGGA 4NCBA 2X74A 5I9EB 4PWDA 1SUQA 1BISA 4ELVA 4E1NA 4GW6A 4ZTFA 3ZETB 4C8NA 2GWJA 5HOOA 4B9QA 3OYLA 4IBNA 2ZJPL 3AVLA 4BECA 3ZT2A 3SAHA 3G10A 3P31A 2HMIA 4C8KA 2F9TA 1K6YA 3MCAB 2RKIA 4Z4EA 3M5RA 1IJJA 4MO5A 1ATNA 3B8AX 4WFAL 1W97L 2Z1HA 3TAPA 5GADP 2FBTA 1VSJA 4CEEA 4FJ8A 1SS6A 4JKHA 2HBMA 2RHKA 3L2QA 2VWBA 4CJ3A 3KLGA 4DR3K 3Q7CA 5KQ8A 4JI6K 5AQSA 1E4GT 1NGHA 4K41A 1RTDA 4N76A 2FF3B 3OYDA 4CFCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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