4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
source organism Mus musculus
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
1KXPA 2P9UB 3EN9A 3DAWA 5AZJA 1BU6O 3VF4A 1YUWA 5FPMA 3ZETB 3L0QA 3F9MA 2DPNA 4BRHA 2Q1NA 3UE5A 3IDHA 1C0FA 1TUYA 3D7EO 3VGKA 3AAQA 1BA0A 1KAYA 1X3NA 4ISEA 4B1UB 3LM2A 5AR0A 2Q0RA 4FWNA 4MO5A 3QFPA 3ZX0A 3BEXA 3DXMB 3CJ9A 5AQMA 3U4LA 3UKUA 4PL7A 4BGBA 4MLEA 5AQLA 3DXKA 5AQSA 4CZIA 4PKHA 2Q31A 3D2EB 1NGBA 3H1QA 3ULEA 3BUZB 4CZHA 4NB4A 4JD2A 2F9TA 5AQIA 4B1VA 5ADXA 4B1ZA 1NGAA 5EVZA 3CJ1A 1CZAN 5AQWA 4IXCA 2W40A 3A5OC 4WQ4A 2QM1A 1T44A 4H0XB 3CQYA 3FZLA 2HOEA 2VCPA 3LDNA 4M7YA 3WXIA 4ISFA 2W41A 4M63C 2QWRA 4BR7A 5AQPA 3WXLA 3C0BA 3WT0A 3VENA 1NWKA 1JCGA 3SK3A 4BRPA 4IJNA 2YHXA 5BRDA 5AQTA 3AARA 4MO4A 4XH4A 2EWSA 2QWPA 4XH5A 2FXUA 3BF1A 4BROA 4J8FA 4BRCA 4O5FA 3I8BA 2V52B 3ZX3A 2QXLA 1MDUB 2Q97A 5BRFA 3EL2A 3O6WA 2ASPA 5AZJB 3WXKA 1YAGA 4L3QA 4AM6A 3H46O 3L6QA 4H0OA 3SLCA 5EX5A 2IVNA 5JLHA 1ATNA 1ATSA 1NGHA 3DXMA 4H5TA 4WQ5C 4O8KA 5ELZA 3CETA 1NGGA 3M1FA 2P9LB 1DGKN 5BREA 1LCUA 2E2PA 4EHUA 3VGLA 4F9OA 3HI0A 1SAZA 4FPAA 3VF2A 1HUXA 1T6DA 3JXUA 5JMVA 4BVOA 3MN5A 5AQFA 2E88A 4WQ5A 4H0VB 5LJWA 3VEXA 4JAXA 1R59O 4K25A 3DXKB 1YVNA 1GLJO 1SZ2A 3RSEA 1XC3A 3UKRB 2QW9A 2PBDA 3GDQA 3MMVA 5BN9A 4CI6A 1KAZA 3O4WA 3I33A 4FWMA 3HBTA 2GWJA 3MK6A 4CD3A 4NO7A 4FWOA 2BUPA 3J8AA 3CI5A 3EKSA 2P9KA 5EOYA 4C23A 3KZBA 3EZWA 1QQMA 5KPZA 4CZKA 5AFUA 4Y0WA 2YI1A 3U8XA 4BR4A 2V51B 5BRHA 2PAVA 4BG9A 2FLOA 4BR9A 3TPQA 1ESVA 4JN4A 3VOVA 2Q2RA 1H1VA 1X3MA 4BRQA 4H5RA 2GTDA 4BRAA 4RWTA 4H0TB 1ATRA 4H0YB 2D0OA 2P9LA 3FE1A 4BR2A 4CZJA 1RFQA 1NBWA 3VEOA 2GELA 3FZHA 3EKUA 5E26A 1OKJA 3MN9A 3W0LA 5AQGA 3IMXA 2FF3B 2E2OA 2CH6A 3ID8A 1Z6RA 1SQKA 3WEEA 3MN6A 1WUAA 3AY9A 3UKRA 2P9NB 4WQ4C 2E1YA 2A40A 4LC9B 4CBUA 5AQOA 4QS9A 4B9QA 3QICA 5AZIA 3UB5A 5KPRA 3EO3A 4CBXA 2CGKA 3FZFA 4IWVA 4A2AA 4YDUA 1P8ZA 4B1WB 3RSEB 3O5BA 5JLFA 3GBTA 1S3XA 3A0IX 3CJAA 1BO5O 4BQLA 3W3DA 2FSKA 3GL1A 2P9PA 3VEZA 2FSJA 1WOQA 4BRNA 2P9SB 4PKIA 2A3ZA 1KAXA 3VESA 5F1XA 1GLEG 4PL8A 5EY4A 1BOTO 2P9IB 4GNIA 4BRIA 1NMDA 1QZ5A 4XH1A 2QWMA 1NGIA 5FPEA 2P9KB 1G99A 3H45C 5FPDA 3HSCA 1BWFO 2QWQA 1MWKA 4B1XB 3MN7A 2YJFA 3H1VX 1JCEA 3FZKA 2H3GX 4H5VA 1DKGD 3U9DA 4CZEA 1K8KA 3R9PA 4QS8A 5AFUH 3ZEUA 3O1WA 1TUUA 1EQYA 4CD1A 1NGJA 4H03B 3OHRA 3TU5A 3DWLA 1HLUA 3MDQA 4BRFA 2P9NA 4BR0A 5F2RA 2GWKA 1U6ZA 2E2QA 5BPLA 1S22A 2ASOA 3FGUA 3JS6A 2WUSA 4EIAA 4AM7A 1GLAG 5BPMA 3WEEB 1GLFO 2QWLA 3R8EA 3A5LC 4BRKA 2ZWHA 2YHWA 2E1ZA 5BR9A 3R6MA 1HKBA 2VWBA 5AZIB 2NLXA 3IFRA 2A5XA 3MCPA 2A42A 3CJBA 5KPTA 4JHDB 4FSVA 3WQUA 4BQZA 2P9SA 3CHWA 4H5WA 3HZ6A 2AP1A 4K41A 2P9IA 1HJOA 2IVPA 3AAPA 3FZMA 5AQHA 2HF4A 4JNEA 2IIRA 1U2VA 4IZ9A 1GLBG 4BC3A 3VEVA 2P9PB 4FWSA 2HMPA 4CZFA 4CZLA 5BPNA 2ZGYA 3FR0A 4QS7A 5AQUA 4BGAA 2D0PA 2GUPA 1MWMA 4H5NA 4DHYA 4I6MB 2J4RA 2GEMA 3CJCA 3ENHA 4RCHA 3GE1A 3QDKA 3SMSA 2YJEA 4DQ8A 5LY3A 2CH5A 5FPNA 1LOTB 3IUCA 3VEWA 1BUPA 2E2NA 4FPBA 3D2FA 1HPMA 1T6CA 1V4SA 3GOIA 5TKYA 1IJJA 3CERA 1K8KB 4RTFD 2ASMA 3ZEUB 4MLHA 1HX1A 2V7YA 5AQJA 1E4FT 3O8MA 2V7ZA 4YDUC 1NLVA 1JCFA 1QQNA 3LDQA 4BRGA 4BC5A 3A8YA 2A41A 4IO8A 1NM1A 5AQRA 1BA1A 3LL3A 4DB3A 5KQDA 4DCHA 2NZTA 4JHDA 4BG8A 4EHTA 2A6AA 3VERA 2I7NA 2YCHA 1QHAA 1NGEA 4A62A 2QWNA 3H3OB 1QQOA 2D1KA 4FOIA 2KHOA 1Q18A 1BG3A 2NRHA 4ISGA 4BRDA 3LDOA 3C7NB 3VETA 1C0GA 3M3ZA 3GG4A 5KQ8A 3BF3A 1BDGA 4BREA 2HF3A 1NGCA 1X9JA 1IG8A 1V4TA 5AQVA 1QZ6A 3FFKB 1DEJA 4GY2B 5AQYA 5AQXA 4BRLA 2I7PA 3O08A 5B8HA 1TYQB 1U2VB 4I6MA 5BN8A 1NGFA 4BR5A 3WUHA 2UYTA 1Z05A 2FF6A 4K43A 3H3NO 4FWLA 3ATUA 3QBWA 3O1BA 5E84A 3QFUA 3LDPA 3P4IA 1HKGA 2D4WA 1ZBSA 3QMLA 3VF6A 2BTFA 3A5NC 1HKCA 5AQKA 2E20A 2P9UA 4M7XA 5AQNA 2FSNA 3HTVA 2CGLA 4HTLA 3D2FB 3ATVA 3HM8A 3ZETA 4B1YB 1XQSC 4PKGA 4K42A 4A61A 4FWPA 1RDWX 4IJAA 4A2BA 2ITMA 4BVPA 1J6ZA 2VYPA 4EFHA 1XUPO 3ENOA 3LM9A 4HWIA 5F0XA 1GLDG 4WYBA 3L4IA 1D4XA 4FWKA 3G25A 2CGJA 4BRMA 2OANA 4H0PA 1RGIA 3C7NA 2ZGZA 2Q36A 4FWRA 3D2EA 3B8AX 3KVGA 4CBWA 1YXQA 4FOEA 4KBOA 4CZGA 3UKUB 1TYQA 4FWQA 3QB0A 5AQZA 2Q0UA 3A5MC 5EXWA 1MA9B 3LDLA 2AA4A 3VGMA 2IVOA 4XEIA 1GLCG 3ULEB 2F9WA 3QBXA 2YHYA 3SJHA 3WQTA 3CQXA 3CIPA 4JD2B 3M6GA 4BC2A 3SMPA 5I9EB 3FLCO 3KHYA 3O80A 4EAHD 3VPZA 4E1JA 1GLLO 2E8AA 3DJCA 3U9ZA 3S41A 5LJVA 1NGDA 5CE3A 4BC4A 5ADXH 5JICA 3H6EA 2ZF5O 3CJ7A 4CZMA 3WXJA 1ZC6A 1E4GT 4FO0A 3VEYA 4CJ7A 4Z94A 3BP8A 2QWOA 1ZXOA 3ZX2A 5AQQA 4FL9A 1Y64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7TA 3QIPA 1NG9A 3THWA 3TAPA 1RT2A 3VQPA 4CEAA 2D0BA 4V19S 2UUAK 5KGXA 3ZETB 1VQON 4RW8A 3L0QA 4CJVA 2OA8A 2Q1NA 1HPZA 1TUYA 3D7EO 3O9SA 3AAQA 5C10A 5C15A 1X3NA 4ISEA 3F5TA 1LAVA 4G9ZA 2NRVA 4CGIA 4FW2A 3DXMB 3CJ9A 3U4LA 3UKUA 4PL7A 5KGWA 3LWLA 1I39A 3QNNA 4MLEA 3S3NA 3NVMA 3AO4A 4YY3K 3SV4A 2YNHA 4CZIA 3H1QA 4JD2A 1C0TA 2F9TA 1WSHA 1X9WA 1QTMA 5ADXA 3KK2A 4NXMK 3OS1A 2HHUA 1CZAN 4ZHRA 4IXCA 2W40A 1T44A 4H0XB 3S3OA 1RTIA 3E9OA 1IBMK 4E1NA 4M63C 2GX9A 2HB5A 4KAZA 3QINA 3VENA 3C6UA 1NWKA 1JCGA 1JLCA 1UAXA 4BRPA 3SUPA 1YHQN 5BRDA 3KLHA 3DLHA 3CYGA 2EWSA 2HNDA 2QWPA 2FXUA 2OPQA 3C65A 4BRCA 4KH5A 3VA3A 3I8BA 1YTUA 3KJVA 2KTQA 4B9NA 2VG5A 4M45A 4W5NA 3O6WA 3QESA 4DV1K 3THWB 1YAGA 3SUOA 5DM7L 4L3QA 3P83D 4PA1A 4G1QA 3H46O 4H0OA 5EX5A 1ZBLA 2IVNA 5ELZA 1ATSA 1HNVA 1ASVA 4WQ5C 5M1KA 4NLCA 1LW0A 3RMDA 1NGGA 3DRRA 3AV9A 2BGGA 4EZ6A 1N6QA 4HUGA 1KFDA 2E2PA 3K0SA 3OYIA 3HI0A 3VF2A 1TKDA 3V9WA 5JENA 4CJQA 5AQFA 2GBZA 4CHQA 4H0VB 5GIPA 4JAXA 4GV9A 3UKRB 2QW9A 4E89A 4F4KA 3RRHA 4CJEA 3EYZA 3HPGA 3I33A 3V1RA 4FWMA 1WSFA 3HBTA 2X74A 4LF8K 2BUPA 1QSLA 1WAFA 4A5AA 2OYQA 1NMNA 3CI5A 1NK7A 4MDAA 4PWDA 3KZBA 4OVLA 4CZKA 2YI1A 3OTOK 1KLNA 1CXQA 3KKSA 4LFCK 2FLOA 2YX6A 3TPQA 4DSIA 4CK3A 3K5NA 1OH6A 3AVFA 2XY6A 1LWEA 1X3MA 3MAQA 4BRQA 3DM2A 3KLFA 4DG1A 3SJJA 4RWTA 4OX9K 3KWIA 4FJLA 4CZJA 1NBWA 3VEOA 4DTSA 3FZHA 4FJHA 4CF9A 1X9SA 2FF3B 4N76A 1KQSM 1NKEA 3WEEA 2NUBA 3OYCA 1J5EK 4FLZA 3K2PA 2P9NB 3MEGA 4DSJA 1BGXT 3F9KA 3QICA 4OLAA 3C6TA 3E66A 2IGIA 3LALA 1BCMA 3AA3A 3FZFA 4I9LA 1K8AO 3UIQA 3O5BA 1YJWN 4YNQA 1UWBA 4BQLA 3SQ4A 2KFNA 3GL1A 4R5PA 1C0UA 1WSIA 1NJXA 2P9SB 4PKIA 4M3YA 3OY9A 1IV0A 1SL2A 4BY9C 3ITHA 3SQ2A 4Z4HA 1S1TA 4DFJA 3H45C 5AJ3K 3HT3A 2QA4N 1HR0K 2QKBA 3PSIA 3MN7A 2H3GX 3O9QA 3OYGA 4NXNK 1QVFM 4CZEA 5HOOA 3VQ7A 3R9PA 4QS8A 5AFUH 1C1BA 4UQGA 3ZEUA 3C6HA 3O1WA 1EQYA 4DV5K 1NGJA 1S5JA 3ZYYX 4JI5K 4CEDA 4CEFA 2GWKA 4IG3A 2XY8A 3FGUA 4DKWA 1VSHA 4EIAA 2WTUA 1Q9YA 1EO1A 1LWFA 1GLAG 1RT4A 5BPMA 3WEEB 3OJUA 4DU1A 1NJYA 2OZSA 4CFDA 1DLOA 3OA9A 2ZWHA 2E1ZA 3DLGA 4U67L 4E1MA 3T19A 5JVHL 1HKBA 4NCAA 3LPTA 1UA1A 5JS2A 3MCPA 5KPTA 3J80O 3PY8A 4KTQA 1K6YA 1EWRA 2IVPA 3AAPA 5AQHA 1SKRA 5HRSA 5K14A 1VQMN 2B4JA 1W7AA 1NK0A 3VEVA 4BDZA 1G15A 3NDKA 4FJIA 4QS7A 5AQUA 3ZT4A 1YT3A 4E3SA 3N4PA 3D0PA 1TL1A 4ILJA 4CEQA 1J53A 2CH5A 2QXFA 2QTDA 3VEWA 4FJKA 1BUPA 3PIOL 2E2NA 3CCRN 1V4SA 5TKYA 4Y1DA 1IJJA 4C1NI 4O55A 1J9AA 5FROA 1S9EA 2ASMA 1A5VA 4FK0A 3ZEUB 1HX1A 3D45A 3O8MA 3VQ8A 3LP0A 1JCFA 1QQNA 5FLXO 3LDQA 3J7YP 1S1UA 4B08A 3CCJN 1NJZA 1NK6A 3E1YA 2HHXA 1B9FA 2NRTA 5AQRA 3LL3A 3AGKA 2NZTA 1NOZA 3H08A 4JHDA 3AVNA 5J2PA 4BE1A 2YCHA 2P5GA 1NGEA 1LWCA 2KHOA 1BG3A 4I2QA 4OPKA 4JKFA 3VETA 3BY5A 4IFEA 3MWPA 4LF6K 3AA2A 4BREA 2HF3A 3VQ6A 1IG8A 5AQXA 3PO4A 3QEXA 3FFKB 1DEJA 2I7PA 3O08A 5B8HA 2AJQA 4AHVA 4I6MA 5BN8A 2UYTA 1KTQA 3RWUA 3THYA 3CC2N 1KCFA 3H3NO 1RCHA 3ATUA 3SYZA 3QFUA 1VHXA 1F21A 3HL8A 3QMLA 3L2VA 3VF6A 2BTFA 3DYAA 1U47A 5AQNA 4JRPA 1WBBA 5M1QA 4KB0A 3HPOA 3P38A 3CCUN 1XQSC 4DSEA 1Z25A 1FW6A 2ITMA 1J6ZA 3P39A 4DF4A 2BDPA 3AO3A 4FVMA 1XUPO 4HWIA 3SQ1A 3V9UA 1XHZA 4WYBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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