4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Mus musculus
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
4CBXA 3OHRA 1JCFA 3AY9A 3QBWA 5JLHA 1U2VB 3MN6A 1BG3A 2W40A 3UKUB 3C7NA 2YJEA 3MDQA 4B1ZA 5BPNA 3SJHA 5BPLA 4DHYA 5FPEA 3CERA 2Q97A 1HPMA 2GWJA 3A0IX 4EIAA 3O4WA 4MO5A 5LY3A 2A5XA 1NGHA 1TYQB 2YJFA 4FWRA 3DJCA 1NGGA 2VWBA 1GLLO 4QS9A 1SAZA 4GNIA 3D2FB 1RFQA 3HSCA 2E2NA 4BG9A 1NGFA 2IIRA 4O8KA 4CZGA 3B8AX 2FF3B 3IFRA 3F9MA 4K42A 3ZX2A 3CJ7A 2AA4A 2P9UB 1QQOA 3I33A 3RSEB 3SK3A 4H03B 3KVGA 1BDGA 3O1WA 2ZF5O 4BG8A 4EHTA 3ID8A 2QWPA 4IZ9A 4WQ4A 4ISEA 1BA0A 2QWRA 4RCHA 1U2VA 5AZJA 3AAPA 2QWNA 5TKYA 5ADXA 5AFUA 4FWPA 1CZAN 1BOTO 3O80A 2I7PA 1WOQA 2YHYA 5KQ8A 5F2RA 1BWFO 3O6WA 4H0YB 1T6DA 3A8YA 2E20A 5BRDA 2A42A 1TYQA 2HMPA 5AQSA 2CH6A 1KXPA 1P8ZA 1JCGA 2QXLA 3EKUA 2FSJA 3ZX3A 4CZFA 3VOVA 3DXKB 4DB3A 2D1KA 3W3DA 4BC2A 1HUXA 4FWQA 4K43A 4CD3A 5AQIA 1GLJO 3KZBA 1ZBSA 2HF4A 2P9PB 1GLCG 3WEEB 5AQYA 4L3QA 2BUPA 2H3GX 3GOIA 2A41A 3CHWA 3LDNA 1C0FA 3H46O 2A6AA 2P9UA 3SMSA 3BEXA 2AP1A 3WQUA 1NGAA 2PBDA 1BO5O 1YAGA 3J8AA 2QWQA 3H1QA 3VF4A 5AZIA 4FO0A 3LDOA 2V52B 4KBOA 5AQJA 2D4WA 1HKGA 2FLOA 1X9JA 2QM1A 2FSKA 3HI0A 3ULEA 3EZWA 3FZFA 1ATRA 4A2BA 3FLCO 2P9SB 4JD2B 3U9ZA 3FE1A 4JNEA 3BF3A 4IJNA 3H45C 4IO8A 4WYBA 3LDQA 1QQNA 4O5FA 4ISGA 4I6MB 3M3ZA 1NM1A 3ZETA 3LM2A 4FPAA 5BN8A 3DXKA 5AQNA 1D4XA 3EKSA 2VCPA 1ATSA 4EHUA 4BRLA 4RWTA 1GLAG 3WEEA 4BC3A 4BR5A 2NRHA 3ZX0A 4H5RA 3HZ6A 3G25A 2V51B 2P9IB 4H5WA 4EAHD 4JAXA 4FWOA 3TPQA 4BGAA 2P9KB 5B8HA 3KHYA 4PKGA 5EX5A 1K8KB 4CI6A 3ENOA 2E8AA 3VEXA 3FZLA 1NGBA 3W0LA 5JICA 2CGKA 4NO7A 3MN9A 4M7YA 1J6ZA 4BRAA 4A62A 5KPZA 4K41A 5EXWA 3O5BA 4BRHA 1GLDG 5FPMA 2Q2RA 2P9SA 3BF1A 4JD2A 3BP8A 2E88A 2QW9A 4MO4A 3GDQA 5F1XA 4BRPA 3P4IA 3VGLA 2P9NA 3VETA 4BR0A 2V7ZA 4BRIA 1HKCA 4I6MA 3ZEUA 3EN9A 4BR4A 1GLFO 4FOEA 3H6EA 3VF2A 1DKGD 4FWMA 3WQTA 3EL2A 1V4TA 3H1VX 3GG4A 2IVNA 3A5MC 3QDKA 3ATVA 5KPRA 1ESVA 4YDUA 1MWMA 2D0OA 4RTFD 4BROA 2GTDA 2Q1NA 3IUCA 3SLCA 2P9KA 1YXQA 4CZMA 1K8KA 3UKUA 5E84A 4WQ4C 4BR9A 4DQ8A 3DXMB 2P9LB 1H1VA 3VGMA 3JXUA 3U8XA 4BR2A 3MMVA 3L4IA 1HKBA 3C0BA 1XUPO 5BRHA 4XEIA 4A2AA 3VEYA 5JLFA 4CBWA 3D2EB 3MK6A 4B9QA 2ASMA 4WQ5A 3R6MA 1KAZA 3H3NO 2CH5A 3VGKA 2IVOA 5BR9A 1E4FT 3CI5A 3D2FA 2PAVA 1HX1A 4CJ7A 1V4SA 5F0XA 4BR7A 1X3MA 2ASOA 2UYTA 3DWLA 3CJAA 4M63C 4BC4A 4H5NA 3RSEA 2E2QA 1X3NA 2NLXA 3UB5A 3U4LA 1WUAA 2Q31A 1KAXA 5CE3A 3MN7A 3GE1A 4BVPA 1Q18A 4BREA 2QWOA 5AQQA 3L6QA 3L0QA 4PKIA 1S3XA 4LC9B 4A61A 2WUSA 5LJWA 1ZC6A 5AQZA 3CQYA 5BRFA 3DXMA 2W41A 3AARA 1E4GT 2ASPA 2Q36A 3M1FA 1QQMA 3VEWA 4CBUA 3H3OB 1Z05A 1ATNA 1Y64A 1RDWX 1Z6RA 3CJ1A 3VENA 5AQGA 4BRDA 2E2PA 2F9WA 3HBTA 3FFKB 4BRFA 5KPTA 1R59O 1YVNA 1IG8A 3FZHA 3M6GA 4XH1A 4BRKA 2P9PA 4FWNA 4Y0WA 5AQMA 5EY4A 4H0PA 2FXUA 4MLHA 3FZMA 3DAWA 4NB4A 4BC5A 2DPNA 5I9EB 2EWSA 2OANA 3CQXA 3QICA 4FWSA 2YHWA 2IVPA 4BQLA 1NBWA 2GELA 4HWIA 3ATUA 5AQXA 1BA1A 3LDPA 1QZ5A 3VERA 1MDUB 5AQVA 5JMVA 4H5TA 4GY2B 1XQSC 3WUHA 2NZTA 1MWKA 1NGEA 4J8FA 3S41A 2YCHA 1DGKN 5EOYA 2E1ZA 2VYPA 3VEVA 2YHXA 3UE5A 4HTLA 4E1JA 2KHOA 4FPBA 5AZJB 4CZEA 4IWVA 4CZJA 3O08A 3ENHA 4FOIA 2CGJA 1EQYA 4XH4A 2BTFA 3BUZB 3R9PA 2FSNA 2Q0RA 4CD1A 3TU5A 3VESA 3CETA 4PL7A 3R8EA 4DCHA 3UKRB 2A3ZA 1C0GA 2P9IA 3QFUA 3SMPA 2YI1A 4BRNA 5AQTA 1NWKA 2HOEA 4BRCA 4YDUC 1NGDA 4H0VB 1RGIA 1NMDA 4B1XB 1BUPA 3LM9A 4H0XB 1JCEA 3A5LC 2ZWHA 3FGUA 4ISFA 4H0TB 1YUWA 3FR0A 1HLUA 3D7EO 5AQHA 5AZIB 2I7NA 5FPNA 2V7YA 1IJJA 3GBTA 5FPDA 4B1YB 4BRGA 3ULEB 3IDHA 1NGJA 4C23A 1GLEG 3QBXA 3LDLA 1NGIA 4EFHA 3CIPA 3QFPA 5AQOA 1DEJA 4JHDB 3WT0A 5AQFA 4WQ5C 2GUPA 4XH5A 3AAQA 5BPMA 1GLBG 4BGBA 4IJAA 4B1VA 3WXLA 1LCUA 2J4RA 3VEZA 3MCPA 3WXIA 3ZETB 4H0OA 3WXKA 3UKRA 4QS8A 3O8MA 4Z94A 3A5OC 4MLEA 1NLVA 4FWKA 1XC3A 3QB0A 4CZHA 5ADXH 5AFUH 5BN9A 3EO3A 4FWLA 1S22A 4BRMA 5AQRA 4BVOA 1QHAA 5AR0A 5AQUA 1T6CA 1TUYA 2P9LA 4PL8A 4B1UB 5ELZA 4F9OA 4K25A 2A40A 3VPZA 2HF3A 2D0PA 3C7NB 3D2EA 3O1BA 3CJBA 3U9DA 2QWLA 3CJ9A 3A5NC 4PKHA 2F9TA 5AQWA 2FF6A 4B1WB 1TUUA 1BU6O 2GWKA 2QWMA 1OKJA 1NGCA 3IMXA 3QMLA 2GEMA 2ZGZA 3CJCA 3HTVA 4JN4A 4JHDA 3HM8A 3WXJA 5EVZA 2E1YA 4CZKA 1SQKA 4M7XA 4FL9A 4BRQA 4BQZA 4AM7A 5LJVA 2P9NB 5BREA 1HJOA 2Q0UA 5AQKA 4CZLA 2ZGYA 3VEOA 3ZEUB 2ITMA 5AQLA 5E26A 3MN5A 4AM6A 4H5VA 4IXCA 1QZ6A 1U6ZA 3JS6A 3LL3A 3VF6A 2E2OA 4QS7A 1LOTB 3I8BA 5AQPA 3FZKA 1T44A 3GL1A 5KQDA 1SZ2A 2CGLA 1MA9B 4CZIA 1G99A 4FSVA 1ZXOA 1KAYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCGA 2OPSA 1JCFA 3OYAA 4GKJK 4IO9L 4F3TA 1BHLA 2W40A 3AVKA 4B3SK 4BACA 4M3ZA 2C1GA 3CCVN 1SV5A 1QSYA 3O4WA 1DTQA 5DM6L 1LWEA 3N4QA 4A59A 3VQ4A 2KLAA 2UUCK 3EYZA 1N34K 1SAZA 4GNIA 4B9SA 2FC0A 1YVUA 3SAGA 4A5AA 4E1NA 2BH1A 2HBLA 2XY7A 3F9MA 1HQEA 1WB9A 3HL8A 2HHSA 3PUFA 4BWJA 1REVA 1I39A 1B9DA 1Q8IA 1RTIA 4FJLA 2QWPA 4E7IA 4AHUA 1RDCA 3V1RA 5C24A 1VSMA 5AZJA 1XC9A 1N8RO 5TKYA 1NMNA 5AFUA 2DFEA 4DTJA 5F2RA 3NVKA 1BWFO 3K0SA 4H0YB 4KHWA 2HMPA 1X9SA 1KXPA 2D0AA 3ZX3A 3VOVA 4DB3A 2D1KA 3W3DA 4LFBK 3O4NA 1HUXA 5CYQA 4CD3A 1HQUA 1GLJO 1EWRA 4A5BA 4LF4K 3VQ7A 1WAJA 3RR7A 3E9LA 1C0TA 3LDNA 1C0FA 3ASMA 3L2VA 3SMSA 1K6YA 4CJ3A 5GAHP 1BO5O 4B9UA 4JKCA 2HSTA 2QWQA 1X1PA 3B6OA 3H1QA 3VF4A 1DLOA 1LW0A 3LDOA 3OYFA 1HYSA 2QM1A 3ULEA 3EZWA 4AF1A 2QI2A 4FM2A 4DSFA 3TR8A 1WSEA 2G8VA 3U9ZA 5TKWA 3U3YA 4IKFA 4N5SA 4YOVA 4IO8A 1GOBA 3LDQA 1QQNA 4MDBA 4O5FA 1ASUA 4DFMA 3TSPA 1NM1A 3ZETA 4E89A 3LWMA 1E3MA 5BN8A 3OYBA 4LF6K 2HBKA 2BANA 3TAEA 2ZJRL 4RWTA 3ZT0A 1U47A 3VQ5A 4CEOA 3HZ6A 4K8ZA 4IDKA 4M45A 3VN5A 4JAXA 3TPQA 4BGAA 2WBNA 3P31A 4DR5K 5I3UA 3KHYA 4FLXA 4RW4A 3CXCM 4DR3K 3T1AA 4DU4A 3FZLA 1RBSA 5CY4A 2FBTA 2IOCA 4BRAA 3ZSWA 5HRRA 2XHBA 4JI3K 2O8BA 3MXMA 3SV3A 2IC3A 3KKRA 2NRWA 1L3SA 2Q2RA 4JS5A 3L2QA 2QW9A 4MO4A 4Z4GA 3C6TA 1EO1A 4CF1A 3VTIA 3M8SA 2P9NA 4DTNA 4XJXA 4BR0A 4BRIA 3CC4N 3AVIA 3AVHA 2G8KA 4HCBA 3EN9A 4B3MK 5A2QO 3NCIA 3CFRA 3VF2A 3WQTA 4BECA 4CERA 4JKGB 5J2MA 5KPRA 1QS4A 3CPWM 4FK2A 4GKKK 1ESVA 3SBTA 2AJQA 1MWMA 2D0OA 4PWDA 4N47A 3S3OA 3BGRA 3R1XA 1WN7A 2GX9A 2P9KA 1Q9YA 3BZKA 5E84A 4DV7K 4Y1DA 1H1VA 3THVA 4PA1A 2OZSA 4BR2A 3MMVA 2XY8A 1TKZA 3SI6A 4X62K 1DTTA 4CF9A 4DUZK 2VQEK 4JRQA 1QE1A 3J7ZO 2ASMA 2KFNA 4WQ5A 1KRPA 5C2FA 3THXB 3MAQA 3CI5A 1NG9A 1HX1A 4CJ7A 1I3AA 2O8FB 1VRTA 4BR7A 4W5RA 2X74A 1BCOA 2G8FA 3DWLA 3CJAA 4BC4A 3CCJN 4Z4EA 1WUAA 3MN7A 1T03A 4CIEA 3GE1A 4BVPA 1Q18A 5D3GA 2QWOA 1CZBA 4F8RA 4DSIA 3O3HA 4LC9B 4W5QA 2NRVA 5AQZA 3OYMA 3P1GA 4IDHA 3AARA 4CESA 1XI1A 4CBUA 4FVUA 4O44A 1HNXK 4CGJA 1Y64A 4NLBA 3VENA 4DQIA 3HT3A 3RRGA 1FK9A 3FFKB 3DLBA 4BRFA 3AVMA 4H8KA 4XH1A 5C10A 4LH5A 4FWNA 4FJ8A 3AVFA 2ATQA 4YOUA 3D45A 1TL3A 1S1XA 4BC5A 3E1YA 2DPNA 2OANA 2RE2A 3OTOK 1D9FA 3ATUA 3NGZA 1BA1A 3LDPA 2IDOA 5CZ2A 4JI8K 3E66A 5AQVA 2Z1JA 4H5TA 4FZXC 3WUHA 1MWKA 4E7JA 4LH4A 2ZQBA 1DGKN 4QAGA 1Q9XA 3UE5A 1BQNA 1I94K 1JXEA 4IWVA 3NMUA 4BE7B 1G15A 4YNQA 2CGJA 1EQYA 1CXUA 3LP0A 2BTFA 4CJLA 3LALA 3L2WA 3G71N 3KKSA 2HHTA 4DSEA 3PX6A 3TU5A 4K8XA 2IGIA 3AO4A 3R8EA 1IKXA 4OKJA 4DR1K 3UKRB 1ASVA 2A3ZA 1YHQN 2D5RA 2HB5A 5C2DA 3SAFA 3KD1E 2YNIA 4YDUC 4DV6K 1NGDA 4OLAA 3UIQA 4HUGA 1RGIA 2XO7A 4CGIA 3KLHA 1IKYA 3CQ8A 3LM9A 2OZMA 2HHWA 4H0TB 1NNEA 4KHQA 4Q5VA 1KSPA 3D7EO 3PLAA 5FPNA 2OCEA 3CC7N 1NOZA 2PYLA 2I5JA 4CEEA 3AA2A 2HHQA 1M1KO 1NGJA 3OY9A 3LDLA 1NGIA 4EFHA 5KGXA 2KTQA 3OYGA 3CIPA 4I9LA 2KFZA 3QFPA 3WT0A 2WTUA 3C65A 4DF8A 4NYNA 3THWA 1S9GA 4BGBA 4AHTA 4ILHA 4JKGA 2J4RA 3VEZA 3WXIA 4BE2A 3THYA 5C12A 4DR7K 3WXKA 3O8MA 4MLEA 1NLVA 3QB0A 4CZHA 2O8DB 2B4JA 3HVTA 1LV5A 1NKEA 5CHIA 3HOSA 4CFBA 4BRMA 3AGRA 4OLBA 1QHAA 5AQUA 4PL8A 4B1UB 1ASWA 3HP6A 4ILGB 1TK0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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