4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
3CHWA 4BR9A 1HLUA 3L4IA 4ISGA 3C7NA 2P9LB 5AQFA 3VEXA 3C0BA 5AQVA 1Q18A 1NGFA 2ASOA 3EKUA 5AQLA 5LJVA 2FSKA 4CZLA 4CD1A 2P9NA 2P9IB 2P9PB 1OKJA 2P9SA 1CZAN 4FPAA 3O08A 4JN4A 4K43A 3FLCO 4CZMA 5FPMA 1KXPA 3H46O 3MN9A 5AQJA 4BC3A 3D2FA 2QXLA 4FWRA 2Q1NA 3AY9A 4BR5A 3AAQA 3HBTA 5AFUH 3VEZA 5AQIA 4H0TB 1GLEG 2GUPA 3IUCA 4H5VA 3RSEA 2E8AA 4CZFA 2A41A 5EX5A 3FZFA 5LJWA 4DHYA 1HKGA 3FR0A 3DAWA 4GY2B 3HTVA 5EVZA 1ZBSA 3GL1A 4WQ5A 3M3ZA 2AA4A 2BUPA 4MLHA 4PKGA 4CZHA 1YXQA 4PL8A 2P9KA 5EOYA 3W3DA 4F9OA 4IJNA 3VETA 3ZX0A 5BR9A 1HPMA 2YHXA 3DJCA 3QFUA 2D4WA 5AQYA 3LDOA 3MDQA 5F2RA 3UKRB 1X9JA 5E84A 3L0QA 3CJAA 3U9ZA 1QZ6A 3WXIA 1MDUB 1BU6O 4CZIA 1BA0A 4XEIA 5JLFA 1BA1A 3CJCA 5ELZA 4JD2B 3LM9A 3BP8A 4YDUC 2CH5A 2CGKA 3WEEB 1HX1A 3FFKB 1LOTB 3H6EA 3ULEA 4M7YA 4CBXA 2VWBA 3EN9A 1C0GA 4PKHA 1HJOA 3FZMA 4BRQA 4BR0A 1ZXOA 3VOVA 4EHTA 4FWQA 3FE1A 4MLEA 4CZEA 1H1VA 3U8XA 1XQSC 4CI6A 4MO4A 1TUUA 3KVGA 3I8BA 1GLJO 4XH5A 1ESVA 2HF3A 2F9TA 4IJAA 1XC3A 3MK6A 3QBXA 2CGJA 2GWJA 3VEOA 4A62A 2CH6A 5F0XA 2QW9A 5B8HA 1U6ZA 3CQYA 2GEMA 2P9IA 3VEVA 2P9PA 4E1JA 3WT0A 4A2BA 1LCUA 4FL9A 5LY3A 1IG8A 1T6DA 5AQTA 3J8AA 5TKYA 5AZJB 4WQ4C 4FOEA 4RTFD 5AR0A 2ZF5O 1BWFO 2HF4A 1BOTO 4BR4A 2A3ZA 3ATUA 3W0LA 2AP1A 3H45C 1SAZA 3MMVA 4XH1A 5ADXA 1P8ZA 3IDHA 3CJ1A 3GDQA 3U4LA 3CJ7A 3BF3A 1TUYA 4XH4A 4Z94A 3QBWA 2E1ZA 5AZIB 1NGEA 1WUAA 4FWNA 4I6MB 4WQ5C 3ZETB 1ATSA 3U9DA 1MWKA 1TYQB 2FSJA 4FSVA 4JHDB 1BG3A 2D0OA 3G25A 3HZ6A 4O5FA 4PL7A 4IO8A 4C23A 3EL2A 3R8EA 4KBOA 3LDNA 1BO5O 4H5NA 2EWSA 3H1VX 5EXWA 5BPMA 2W40A 3S41A 3HM8A 4BVPA 4CD3A 3O1WA 4H0XB 2Q0RA 3VF6A 5BPNA 5FPNA 2GWKA 5KPZA 1K8KB 3A5OC 5BRHA 4JD2A 4MO5A 2NRHA 2GTDA 3VENA 4NB4A 2E2OA 4BG9A 2QM1A 3IFRA 5FPDA 3O1BA 1NGJA 4EIAA 1J6ZA 3ATVA 5AQKA 3WQTA 1ATNA 1KAYA 2BTFA 1RFQA 3O8MA 4M63C 3F9MA 2HMPA 1SQKA 3A5LC 3ID8A 3EO3A 4EFHA 1BUPA 4B1UB 3FGUA 2QWOA 2VCPA 2HOEA 1EQYA 4H0PA 4BRNA 1NGGA 3L6QA 2IVOA 3QFPA 3VEYA 1MA9B 4BVOA 1RGIA 1QQNA 5AQZA 4B1WB 2GELA 5BRDA 3A5NC 3R6MA 4BC2A 3SJHA 5KQDA 4HTLA 4AM7A 4BRDA 4J8FA 3AARA 5BREA 1DEJA 2OANA 3EZWA 4BRLA 4WYBA 2A42A 3CIPA 1E4GT 4B1XB 4CJ7A 4CZGA 4BREA 2E88A 2FF6A 3O80A 3UE5A 1DKGD 5AQQA 4H0VB 2Q36A 4LC9B 2VYPA 1T44A 2H3GX 2QWRA 1GLFO 3D2FB 3MN5A 5AQSA 3O5BA 1S22A 4HWIA 1HKBA 3VGMA 4BQLA 4BROA 3VGKA 4K25A 2QWQA 1WOQA 2V52B 3VPZA 3RSEB 1NGBA 3D2EA 2E2NA 2QWLA 2WUSA 3WXKA 3O4WA 2QWMA 1V4TA 5I9EB 3ENHA 4RCHA 5AQWA 2P9LA 5AZIA 2CGLA 2NLXA 4I6MA 3VF4A 3ZETA 2J4RA 2Q97A 1S3XA 1E4FT 4DB3A 1TYQA 3VGLA 4B1VA 5KQ8A 3M6GA 1IJJA 2FXUA 1QQMA 2YCHA 4QS8A 3QB0A 1NGIA 3VF2A 4NO7A 4AM6A 5AQOA 4BRGA 2YJEA 3MCPA 1X3NA 2V7YA 4BC4A 2IVPA 2PBDA 3LM2A 1HUXA 1QZ5A 5AQHA 4BGAA 1K8KA 5AQRA 3SMPA 3VESA 4BC5A 4CZKA 3WXLA 4FOIA 2E2QA 2ASPA 1GLDG 1GLBG 3DXMB 3UKUB 5FPEA 4YDUA 3GE1A 4ISFA 1DGKN 1BDGA 3CJ9A 3GBTA 3GG4A 3FZLA 4A61A 3MN6A 4FWMA 3BF1A 4EHUA 2A5XA 3TU5A 4BRPA 4JAXA 2I7NA 3KHYA 1JCEA 3DXKB 5BN8A 3UKRA 4H5WA 3A0IX 5F1XA 5E26A 3H3NO 3H1QA 1QQOA 1R59O 3H3OB 2A6AA 2ZWHA 3CQXA 3ZEUB 1MWMA 2QWPA 3CI5A 1U2VB 1V4SA 3WEEA 1JCFA 2I7PA 2P9UB 1NGCA 4H0YB 1NWKA 1ZC6A 1NGHA 2V51B 5AQMA 4BGBA 4CBWA 2YJFA 2Q0UA 1YAGA 3ZX3A 2F9WA 1NGAA 3FZKA 2E20A 4BRAA 4CZJA 4K42A 5AQGA 1GLAG 1GLCG 1D4XA 4WQ4A 5BN9A 4FPBA 3LDLA 4B1YB 3MN7A 3AAPA 1QHAA 2ASMA 4FWOA 5AFUA 4IZ9A 2Q31A 2IVNA 2ZGYA 3UB5A 3QMLA 4FO0A 4DCHA 4BG8A 4ISEA 3A8YA 4H0OA 3C7NB 5EY4A 3JXUA 2FF3B 4A2AA 4IXCA 3TPQA 1Z6RA 3LDQA 5AQXA 4FWSA 2FLOA 2W41A 4H03B 4O8KA 4FWPA 1XUPO 4K41A 2D1KA 2YHWA 1YVNA 2P9NB 4QS7A 5AQPA 4L3QA 3CERA 1C0FA 3I33A 2P9SB 4BRCA 4BRFA 4BRHA 1KAXA 5AZJA 1SZ2A 4GNIA 5CE3A 1G99A 1JCGA 4B9QA 4BRIA 4EAHD 5AQUA 2D0PA 1KAZA 4Y0WA 3DWLA 4BQZA 3ENOA 2ZGZA 3VERA 3CJBA 2A40A 2FSNA 3FZHA 2E1YA 4BRMA 1NM1A 3IMXA 4DQ8A 3HI0A 3DXMA 3UKUA 5JLHA 2IIRA 3LL3A 1ATRA 3KZBA 4PKIA 3O6WA 3SK3A 1NGDA 3BEXA 4RWTA 5JMVA 4FWKA 4JHDA 4M7XA 1YUWA 3WQUA 1X3MA 2P9KB 5KPTA 2YI1A 3WUHA 2NZTA 3EKSA 3M1FA 2Q2RA 4H5TA 4QS9A 3CETA 5BPLA 1GLLO 2E2PA 3DXKA 4BR7A 1T6CA 1NMDA 2QWNA 5KPRA 2YHYA 1NLVA 5AQNA 1NBWA 3VEWA 5JICA 3JS6A 5ADXH 3LDPA 3WXJA 3ZEUA 2PAVA 1U2VA 4CBUA 2V7ZA 2P9UA 3B8AX 2ITMA 3A5MC 3SMSA 3ULEB 3SLCA 2KHOA 4BR2A 3R9PA 2UYTA 4H5RA 4JNEA 3GOIA 3D7EO 1Y64A 1RDWX 1Z05A 4FWLA 3ZX2A 4BRKA 3P4IA 3QDKA 1HKCA 4B1ZA 4IWVA 3BUZB 2DPNA 3HSCA 3QICA 5BRFA 3D2EB 3OHRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU4A 4BR9A 3AVJA 3L4IA 4FVMA 3D0PA 1SKWA 3ALYA 2ZJQL 3C7NA 4CJLA 3VEXA 4BDYA 4CF1A 1LWFA 3SV3A 4M3TA 1Q18A 1WN7A 1JLQA 1RBVA 2O8FB 3OYKA 3LP2A 3OBWA 4FPAA 4CJ3A 2NRZA 3F73A 1F21A 4UQGA 2BGGA 4MDAA 3H46O 1NMNA 1VK0A 3H08A 1BQNA 2KFZA 3CCJN 4WCEL 2KW4A 4M3RA 2GX9A 3PSFA 2E8AA 5GAEP 3ZT1A 3HPOA 1TK8A 4DV2K 5HOOA 1S1WA 1HKGA 3NE6A 2RHKA 1JLAA 3QNOA 1NJWA 3HTVA 4LFCK 2HHSA 2YNIA 4WQ5A 4BE0A 3M3ZA 1JLFA 2AA4A 2BUPA 4CZHA 4FJ7A 2P9KA 3HSTB 5BR9A 1NKEA 1TL1A 3WXMB 3QFUA 4FJJA 4FW2A 2D4WA 5AQYA 3P83D 2PYLA 4FJNA 1RDBA 3QEPA 1JLGA 3CJAA 1QZ6A 1Q9XA 1WSJA 1J54A 4RW7A 3VQQA 3CFRA 1BA1A 5ELZA 5DM6L 3SUNA 2HBMA 1IKWA 4CHNA 2KKZA 1Q81O 1HX1A 4PY5A 3BZCA 1BHLA 3ULEA 1RBSA 4NYFA 3THYB 4LF9K 4KKOA 4PKHA 1E3MA 1ASUA 3FZMA 3CQ8A 5C42A 2IC3A 4JKDA 3VOVA 4BR0A 3SAGA 4EHTA 3DLLL 1U47A 2KTQA 1EWQA 2Z1JA 2P5GA 4FVUA 3QEWA 4F2RA 3NDKA 3NF6A 1XQSC 4MO4A 1TUUA 1KRPA 3RWUA 2HF3A 4J2AA 3MK6A 1LWCA 4B9LA 4EZ9A 2AJQA 5EU7A 3MWTA 1NU0A 3I0SA 1HQUA 1KCFA 4AILC 4A2BA 1VQPN 4CGDA 4IDHA 1K9MO 3HVTA 4CHPA 5AZJB 2ZF5O 2IGIA 4ICLA 3CM6A 4JI1K 2AP1A 2QA4N 1SAZA 3MMVA 3TTFA 1LW2A 3ZT2A 1P8ZA 1ZBHA 5M1QA 1OH5A 3CJ1A 3GDQA 3U4LA 3SUOA 1YJWN 4Z94A 1NGEA 3EE8A 1ATSA 4YOXA 5LL6Z 3VQCA 3RMDA 1BG3A 1WB9A 4O5FA 4IO8A 1I94K 3EL2A 3QIPA 1A5XA 2NRWA 5BPMA 1QTMA 4BVPA 4CD3A 1K73O 4M3WA 3J7ZO 2ETJA 3AVAA 2GWKA 5KPZA 3DLBA 3A5OC 3AVLA 3DOKA 1VSLA 4CGFA 3KK2A 4MO5A 3P5JA 3DLKA 4IOCL 1W7AA 1HNIA 5IWAK 4CCHA 2YKMA 5HROA 1O13A 5FPDA 5HL7L 4OPJA 1J6ZA 4LF4K 2HHVA 4R5PA 4E1NA 4AHUA 4M63C 2W00A 3ZSYA 3C6AA 3ID8A 4DKWA 4CK2A 2OTLN 3THVA 4JS5A 1EP4A 1BCMA 1IKVA 1FXXA 4OLAA 3C6TA 1S1UA 1EQYA 4ZHRA 1U4BA 4FJ8A 3G0ZA 2IVOA 4KAZA 1MA9B 3E9PA 1RGIA 3E66A 2GELA 5HRPA 3R6MA 1SV5A 1R0AA 2FBXA 3P1GA 3F2KA 4BRDA 3PIPL 4DSIA 1OVYA 4J8FA 4BACA 4LY7A 2OANA 3TSUA 1TAUA 2A42A 2O8EA 3QERA 4BREA 1VSFA 4B3SK 3P38A 1QSLA 5AQQA 2Q36A 1RT3A 4KO0A 2XY5A 2H3GX 3MN5A 4GMJB 2YKNA 4CF9A 1KVCA 3VGKA 4CE9A 4K25A 4X65K 4N76A 1VQ8N 4W5RA 1M1KO 3NGIA 3D2EA 4J2BA 3ASMA 3OS1A 3C65A 4RCHA 3QEIA 5J1EA 5AZIA 3RR8A 2NLXA 4I6MA 4NLCA 2J4RA 3VQ7A 4FZYA 1X1PA 3KJVA 3VGLA 2WTUA 4CF0A 5KQ8A 4FLWA 3TSPA 1RBTA 4KV8A 4CEOA 4AQYK 1NGIA 3TAEA 1NJXA 4CJQA 3MCPA 3KLFA 1X3NA 4CEQA 2YHAA 4C8NA 2O8BA 1YHQN 4O0IA 1RT1A 2KLAA 1XNQK 1S9GA 5AQHA 4BGAA 1W0HA 5AQRA 3VESA 4DTXA 1JLCA 2HHUA 2BDPA 2ASPA 4JI4K 3LZIA 1GLBG 2QTDA 1T03A 3LWMA 5FPEA 4DSEA 1RCHA 3KLIA 3DRRA 4AHTA 1DGKN 2XO7A 1BDGA 3ITHA 3FZLA 3C6UA 1DTTA 3NF7A 2UUBK 2KQ2A 1VQ6N 3OYFA 3HPHA 3BF1A 4EHUA 2VWKA 2YV0X 2I7NA 4CJEA 3R3LA 3VQBA 4FLZA 3RMCA 4IOXA 4H5WA 3A0IX 4GW6A 5F1XA 3SAFA 4CIGA 1OH7A 2A6AA 3CQXA 3ZEUB 3OYAA 1MWMA 1XNRK 4CFBA 3WEEA 2I7PA 1NGCA 4DTUA 2C1IA 1ZC6A 2V51B 2YJFA 1EO1A 4DV5K 3FZKA 4CZJA 3ZT3A 3OS2A 2WBNA 1OH8A 3SQ4A 1EKEA 4B1YB 4DUZK 4IO9L 1QHAA 4DR1K 1C0MA 3UB5A 1BIUA 4EP4A 3TWHA 4H0OA 4CFCA 5AJ3K 1VQNN 4AHRA 1SL0A 4Z4FA 1Z6RA 1U45A 1M90O 1JL1A 2FLOA 1C0UA 2W41A 3LANA 2O8DA 4DUYK 2PFUA 3MEGA 3I33A 4YOWA 2P9SB 4BRCA 4BRFA 4BRHA 3V9UA 1KAXA 4YNQA 1SL2A 1UA1A 2PZSA 3HO1A 3K2PA 5CE3A 1G99A 1QS4A 4NCBA 1VQLN 1KAZA 4Y0WA 3ENOA 1C1BA 2FSNA 1JLEA 1KLMA 3HYFA 3PLAA 2W42A 1NM1A 1WAFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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