4CBWA

Crystal structure of plasmodium berghei actin i with d-loop from muscle actin
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
372
structure length
367
Chain Sequence
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Motor protein
source organism Plasmodium berghei
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
total genus 108
structure length 367
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbwA03
4MLHA 1HJOA 1NM1A 3LDQA 4IWVA 1HKCA 1HPMA 2E8AA 3EKSA 5E26A 2A41A 2QWMA 1SZ2A 4FWNA 3MMVA 1BDGA 3I33A 3KZBA 2QWRA 1TYQB 3EO3A 1NGCA 2GWJA 2BTFA 1TUUA 2Q31A 4IZ9A 5CE3A 5AQNA 1U2VB 4MO4A 3LL3A 4BGBA 4H5VA 2WUSA 4B1ZA 4E1JA 2VYPA 5AQFA 3VPZA 1QHAA 3HTVA 1LOTB 5BR9A 3DAWA 4DHYA 1V4TA 2FSNA 2Q0UA 2E2QA 1BUPA 1TYQA 4BRPA 1KAZA 4BR9A 2NRHA 4GY2B 5AQJA 2P9KA 4B1UB 4XH4A 2P9SB 4JAXA 1S22A 4EAHD 1WUAA 1TUYA 2GUPA 3AARA 3WXJA 3LM2A 4WQ4A 2GELA 4BG8A 5BPLA 2FSKA 2D4WA 5LY3A 2F9TA 1ESVA 2V51B 4HWIA 4B1WB 5ADXA 3H6EA 4BQLA 4BVOA 4M63C 2P9SA 3VF2A 5BRHA 1OKJA 3FZLA 2HF3A 5AQRA 1JCGA 1HX1A 2QM1A 4GNIA 3EL2A 3GL1A 4K25A 1SAZA 2DPNA 4MLEA 2IVOA 3ID8A 3DXKA 3BEXA 2P9IB 1R59O 4BR5A 1HKGA 1NGBA 1ATRA 3HBTA 2Q97A 3CIPA 3M3ZA 4FPBA 4CZKA 3QFPA 1BA1A 2QXLA 3A5OC 3D7EO 3H46O 4I6MB 3WXIA 2PBDA 3ZX2A 1K8KB 3VEOA 3AY9A 1MA9B 4A62A 3WXKA 1NGJA 5F2RA 3ULEB 4QS9A 1GLAG 4BRNA 5BPMA 3O5BA 2CGKA 4M7XA 4B1VA 3L0QA 5AQGA 2J4RA 4BG9A 3FLCO 2NLXA 3W0LA 5AZJA 2QWPA 2VWBA 5JMVA 4WQ5C 4EFHA 3MN5A 4I6MA 4CZEA 4ISFA 3WEEB 1K8KA 1GLDG 4BRCA 3F9MA 3GBTA 4B1YB 5BREA 3ULEA 3TU5A 1EQYA 2GWKA 2YHXA 3BF3A 1BO5O 5AQHA 5AQQA 1C0FA 1X9JA 4JHDB 4DQ8A 4M7YA 3AAQA 2YJEA 4RCHA 3H3NO 1QQNA 2HMPA 2A40A 4FWSA 1J6ZA 3U8XA 3LDOA 4FWPA 4CZLA 2Q0RA 2AP1A 4FSVA 5BRDA 1GLEG 2HOEA 4FWOA 4XH5A 3W3DA 1NWKA 4PKHA 4FWQA 3WEEA 4CZIA 3HI0A 4BRAA 4CZHA 5AQMA 3O8MA 2A6AA 2YI1A 3EN9A 2GTDA 4CD1A 4BRIA 4WQ4C 2GEMA 5EY4A 3A5LC 3LM9A 3GOIA 2Q2RA 1IJJA 1RFQA 1MWKA 1XQSC 1HLUA 3A0IX 4FWLA 3VERA 1XC3A 1YAGA 4JHDA 4WQ5A 5I9EB 2P9KB 1T44A 1KAXA 3BP8A 1YVNA 2QW9A 3WT0A 4C23A 2P9UB 2IVPA 3M1FA 3GE1A 3QBXA 1WOQA 4IJNA 4H0TB 2BUPA 3CJ1A 4Y0WA 1V4SA 5JLHA 1BWFO 1GLJO 4XH1A 1DEJA 4ISGA 1HUXA 2UYTA 2QWOA 3SMSA 4PKIA 3SLCA 3O4WA 4RTFD 1QZ5A 1U6ZA 4AM6A 3DJCA 4JD2A 2HF4A 4H0PA 3VENA 3MDQA 3CHWA 3ZX3A 3A8YA 5KPTA 2ZGZA 3FZHA 4BRFA 2P9UA 3MN9A 3EKUA 5AQKA 4BC5A 4CZFA 4H0OA 3BUZB 4H03B 2EWSA 4H5NA 1P8ZA 3DXKB 4NB4A 4BR4A 3M6GA 3FFKB 3QDKA 3JS6A 5AR0A 3VGMA 4PKGA 4IO8A 1IG8A 1DKGD 1NGAA 4BREA 4H0YB 4FPAA 5B8HA 3MN7A 1YXQA 3MN6A 1Z05A 3B8AX 4B9QA 2FXUA 4BC3A 4BC2A 1Y64A 3ZETA 3OHRA 2P9LA 2P9PB 3ATVA 4YDUA 4KBOA 4A61A 5AQLA 4BRMA 5AZJB 3D2EB 3RSEB 1NMDA 1C0GA 4JN4A 5EXWA 3O08A 2CGLA 4DCHA 1JCFA 4CZMA 2E1YA 3R6MA 3S41A 5AQPA 5AQSA 3IDHA 4HTLA 5AFUH 4BRGA 2P9PA 1JCEA 3CJ9A 3IFRA 1Q18A 3BF1A 1SQKA 1LCUA 2PAVA 1H1VA 1NGGA 3IUCA 3LDPA 2QWLA 3U9ZA 4IXCA 3D2EA 2I7PA 3IMXA 3RSEA 3L4IA 1QQMA 3ENOA 4WYBA 3EZWA 4BRQA 5KPRA 1X3MA 3O80A 3QICA 1E4FT 3C7NB 3WQUA 1GLCG 5KPZA 3ZEUB 3H3OB 3HSCA 1BOTO 2ASPA 3VETA 5FPMA 2AA4A 3A5NC 5KQ8A 4CBWA 3O1BA 3FE1A 3FR0A 4BC4A 2W41A 3U9DA 4BR7A 5F1XA 1BA0A 1NGDA 5LJVA 3KVGA 3VEWA 2P9NA 1NLVA 1BG3A 2NZTA 3QBWA 5EOYA 1DGKN 4CI6A 3D2FB 4FWRA 3C7NA 3HM8A 3LDLA 3ZEUA 4CZJA 2IVNA 5EVZA 1T6DA 4F9OA 4LC9B 4BRDA 3VF6A 2FLOA 5KQDA 3CJAA 3ZX0A 2E20A 1RGIA 4H5RA 3UKUB 1NBWA 3C0BA 3J8AA 4JD2B 4EHUA 4PL7A 3R9PA 3JXUA 4L3QA 5FPNA 5AQVA 4CZGA 3HZ6A 2D0PA 5JLFA 1ATSA 4BRKA 5AQWA 4B1XB 3MK6A 3CJCA 3D2FA 3O6WA 4BROA 3O1WA 4J8FA 2A3ZA 4BRLA 4EIAA 1Z6RA 1X3NA 2H3GX 1ATNA 4FOIA 4YDUC 2E1ZA 4Z94A 2QWQA 3UKUA 3H1VX 1D4XA 4K42A 2V7ZA 3VOVA 3DWLA 4H5TA 2Q36A 3U4LA 3KHYA 1NGHA 5FPDA 2I7NA 3ZETB 2FSJA 2IIRA 4H0VB 2P9LB 3CQYA 4DB3A 3DXMB 3SK3A 4K41A 3WQTA 2FF6A 1NGFA 3P4IA 2W40A 5AFUA 3G25A 1CZAN 3UB5A 1GLLO 4NO7A 4BRHA 5AQYA 3WXLA 3VF4A 1U2VA 3CJBA 3UKRB 2CH5A 2ZGYA 3QFUA 1HKBA 4CBUA 5F0XA 1S3XA 5BRFA 1QZ6A 2ZWHA 3VESA 4H0XB 4IJAA 3CQXA 2YHWA 5AQTA 4FOEA 3DXMA 4FL9A 4FWKA 5BN8A 2F9WA 2E2OA 2YCHA 1XUPO 4BR0A 3FZKA 2CH6A 1ZXOA 2VCPA 5AQZA 2ZF5O 3GDQA 3UKRA 3SMPA 2V7YA 3FZFA 1MWMA 1E4GT 3FZMA 2FF3B 2KHOA 3H45C 3VEZA 4BVPA 5AQXA 4A2AA 3GG4A 2Q1NA 4CBXA 5LJWA 4BGAA 1G99A 2A42A 2D1KA 2YJFA 3QB0A 4BQZA 5BN9A 2A5XA 4JNEA 4XEIA 2ASMA 2E88A 3WUHA 3CETA 3CERA 2QWNA 1QQOA 3SJHA 4BR2A 2E2NA 3LDNA 4EHTA 2P9NB 1T6CA 2CGJA 1KXPA 1BU6O 5AZIB 4O8KA 1KAYA 5AQUA 5EX5A 3CI5A 1RDWX 1NGEA 5ADXH 3VGLA 3R8EA 3H1QA 2P9IA 4A2BA 5BPNA 1MDUB 5AQIA 5FPEA 4K43A 4CJ7A 5JICA 4FO0A 3ENHA 5AZIA 3VGKA 4QS8A 4AM7A 4O5FA 1GLFO 1ZC6A 3A5MC 4FWMA 4PL8A 2OANA 3TPQA 4RWTA 5E84A 5AQOA 4MO5A 1NGIA 3VEVA 1ZBSA 4CD3A 3AAPA 5TKYA 2ITMA 2V52B 2ASOA 4QS7A 2D0OA 3QMLA 3I8BA 3UE5A 1GLBG 2YHYA 5ELZA 3L6QA 3VEYA 3CJ7A 3FGUA 3VEXA 2E2PA 4H5WA 3MCPA 4ISEA 1YUWA 3ATUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6AA 3IRXA 1L3UA 2A41A 4LF5K 2QWMA 5HL7L 1SZ2A 1NJZA 1BDGA 3TSPA 2Q31A 4H4OA 4QOZB 3O9SA 3L8BA 5AQNA 2OZSA 2P5OA 4PY5A 4H5VA 4GKKK 4B1ZA 2WBNA 5J1EA 2UUCK 1RTDA 5JVHL 3SQ1A 4B8AB 3HRGA 4CJUA 5FLXO 5BR9A 2Q0UA 1IKXA 1QQCA 4RW9A 1TYQA 1HNVA 4BR9A 2UUBK 2UUAK 4MFBA 3AVKA 2P9KA 2XY8A 3TWHA 1IH7A 3T1YK 4JAXA 3UIQA 1RT6A 5KGWA 4N41A 1WUAA 4PHTX 2GUPA 4X64K 4YOVA 3LM2A 3AVBA 1S6QA 1KLNA 4WQ4A 1KVBA 4BWMA 4BG8A 3DRRA 3OYHA 4JI0K 4FM1A 1IKVA 2F9TA 4OX9K 1MU2A 3RRGA 4BQLA 5JS2A 4J2DA 3VF2A 3EZ5A 2HMIA 4KHUA 4LFAK 3G6EN 1E3MA 5JS1A 1OKJA 4RW8A 1IBMK 4OGEA 1HX1A 1EWRA 4K25A 3L2VA 4MLEA 3ID8A 3AVFA 3DXKA 3BEXA 1NGBA 1L3VA 1ATRA 3E01A 4FLUA 3NF7A 1SUQA 3CIPA 3M3ZA 5E41A 3H46O 3TR8A 2PBDA 4F2RA 4KTQA 2FC0A 3C6HA 4WE1A 4JI6K 1RTIA 1MA9B 2UXCK 1NGJA 5I42A 4B08A 2PYLA 4FLYA 4BRNA 4DU3A 5C2FA 3PO5A 2BE2A 2P5GA 2HHVA 3ITHA 4OKJA 5AZJA 2VWBA 1DT9A 4OKEA 1RDCA 3HM9A 2F96A 4EFHA 4YFUA 4BACA 4HUEA 4U67L 3WEEB 1K8KA 1X9SA 1GLDG 1WSGA 1LV5A 3CFRA 3L4QA 4E7HA 3CCLN 3OYMA 5C25A 4CJSA 3BF3A 4KH6A 2HBMA 4JI1K 4DTXA 4KHYA 3SPYA 1X9JA 3CPEA 4JHDB 1SL2A 3P38A 3AAQA 2YJEA 3M8RA 1QQNA 2HMPA 4FWSA 3SQ2A 1OVQA 1BIZA 4CZLA 1KC8O 3I0RA 4FSVA 5C24A 5BRDA 2HOEA 3W3DA 1B9DA 4CZIA 4DV7K 3MXMA 2A6AA 2YNFA 2AJQA 4DTPA 2GTDA 4WQ4C 5EY4A 2HNYA 3GOIA 1HLUA 5I9EB 1CXQA 4WQ5A 4XJXA 2IDOA 3HXMA 4KTZA 1T44A 2QTDA 1RTJA 4C23A 3OW2M 1JLQA 3QEIA 2IVPA 3M1FA 3KLIA 4ID5A 4QCLA 1YI2N 5M1OA 3NE6A 3U6FA 2HHSA 3LP0A 1BWFO 4XH1A 3V9XA 4DWIA 4BDYA 3PLAA 3O3GA 3CF5L 4PKIA 3TTCA 3O4WA 1QZ5A 3DJCA 1HYSA 2KFZA 1RDAA 1EXQA 4OLAA 4CEQA 2F8SA 4KFBA 4CZFA 1Q81O 1WSHA 3BUZB 2O8CA 4BR4A 3PIOL 1IG8A 3PSIA 4FPAA 1QHTA 5MLCQ 3MN7A 4FXDA 4B9QA 1JXEA 4OPAA 5HRRA 4B9UA 1RCHA 4DV1K 1Q9YA 3ZSXA 3V6DA 1Y64A 2HSTA 1L3TA 4C8KA 1CLQA 2W42A 3CQ8A 3DLRA 2BDPA 4ZHRA 2FBYA 4KBOA 3THYA 3T69A 2JLEA 2D0CA 4B9MA 3K5OA 4X65K 3AA3A 2VWJA 1NMDA 1NK5A 1TKDA 5BR8K 2KZZA 3V1RA 3S41A 5AQSA 4HTLA 3BY5A 4KHPK 1BIUA 2KW4A 1Q18A 4CJ5A 1M1KO 1LCUA 3Q7BA 1SKSA 3TANA 2PAVA 1J9AA 2EX3A 1WAFA 3VQ8A 3RSEA 4AHCA 4DUZK 3VQ9A 4DR3K 4IOXA 4BRQA 3V1OA 3AVAA 4CFBA 3C7NB 3WQUA 4J2BA 3KWGA 2YX6A 3DMJA 3V9UA 1VSEA 4CEAA 4CFDA 4BR7A 5F1XA 2D0AA 4H8KA 4CE9A 3MXJA 4CK2A 1JLFA 3K59A 1BG3A 1K73O 2HNZA 5EOYA 1VHXA 4A5AA 1M90O 2IGIA 4CZJA 5SZTA 4DTOA 3O4QA 4B9SA 1TL1A 4LC9B 1SKRA 1L5UA 4HCBA 4CIGA 5KQDA 2ETJA 2OTJN 3EE9A 2E20A 4JD2B 2IOCA 1JJ2M 2HHQA 4L3QA 5FPNA 2KKZA 5AQVA 2KQ2A 4CZGA 3K9JA 5JLFA 3OYCA 5AQWA 4B9VA 5T7BA 3O6WA 3D2FA 4DKWA 4NXNK 2G8WA 3OJSA 4F3OA 4CGDA 2H3GX 3NVKA 4FOIA 2WOMA 1NG9A 4GMJB 2QWQA 3H1VX 1BL3A 1A5XA 4K42A 3F73A 5C2DA 5C0YA 2JWLA 4H5TA 2Q36A 4KHWA 1NGHA 3QNNA 3V9ZA 1S1UA 2IIRA 2P9LB 3DXMB 1B92A 1NK7A 1YTUA 3CG7A 4JKBA 3SK3A 1VQNN 4K41A 1JLBA 1NU0A 1WAJA 4CFAA 5C12A 4E19A 4IBNA 3RMDA 1CZAN 2FBTA 4NO7A 1ZYQA 4BRHA 3WXLA 5M1KA 3CJBA 3AVJA 4CBUA 4W5RA 3G4SN 1JLEA 3HP9A 1FKPA 1RILA 1TVRA 2ZWHA 3OYGA 4FOEA 2A1SA 3VQ7A 4X62K 1NJWA 3V9WA 2YCHA 1FKOA 1S1TA 3FZKA 2XHBA 3HP6A 2VCPA 5FDLA 3HPHA 4YOYA 3FZFA 1MWMA 3FZMA 2OA8A 2KHOA 3R3LA 2XY7A 5LJWA 4DSEA 2PFUA 3BZKA 1VAZA 1KSPA 5BN9A 5JENA 4XEIA 3NF6A 3CETA 3CERA 3TAMA 1QQOA 4BR2A 2Z1IA 4AHVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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