4CBWA

Crystal structure of plasmodium berghei actin i with d-loop from muscle actin
Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
372
structure length
367
Chain Sequence
EVQALVIDNGSGNVKAGVAGDDAPRSVFPSIVGRPRHGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRAAPEEHPVLLTEAPLNPKGNRERMTQIMFESFNVPAMYVAIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTEYLMKILHERGYGFSTSAEKEIVRDIKEKLCYIALNFDEEMKTSEQSSDIEKSYELPDGNIITVGNERFRCPEALFQPSFLGKEAAGIHTTTFNSIKKCDVDIRKDLYGNIVLSGGTTMYEGIGERLTRDITTLAPSTMKIKVVAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQQMWITKEEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (9-12)TIV4 (77-80)S6 (66-69)3H2 (173-175)S2 (17-22)TII1 (22-25)S3 (30-33)TIV2 (47-50)AH1 (57-61)EMPTYS7 (72-73)S4 (36-39)S5 (54-55)TI1 (62-65)TVIII1 (70-73)TIV6 (148-151)S8 (76-77)3H1 (99-101)S9 (104-108)AH3 (114-128)TIV5 (109-112)AH13 (360-366)TI9 (351-354)S10 (132-137)AH10 (291-296)AH4 (138-146)S11 (151-156)S13 (170-171)TIV8 (166-169)S12 (161-167)TIV7 (157-160)S14 (177-179)S16 (248-251)AH6 (204-217)AH5 (183-193)AH7 (224-233)TI4 (243-246)3H3 (194-197)S17 (298-301)3H7 (303-305)TVIII2 (221-224)TI3 (235-238)3H5 (265-268)AH8 (253-257)3H6 (288-290)AH11 (310-321)TII2 (307-310)TI6 (333-336)TI7 (335-338)AH12 (338-348)TI8 (350-353)TI10 (352-355)TI11 (353-356)TIV10 (354-357)S19 (358-359)AH2 (80-94)TIV3 (72-75)S15 (239-242)AH9 (275-285)TI5 (323-326)S18 (330-331)TIV1 (14-17)3H4 (258-262)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Motor protein
source organism Plasmodium berghei
publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE, ACTIN
total genus 108
structure length 367
sequence length 372
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbwA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbwA03
2A41A 4B1XB 3VF6A 4BC2A 2ASMA 5AQZA 4A62A 1T6CA 2HF3A 5BN8A 3CQYA 5B8HA 4JD2B 3VESA 1HKBA 3VETA 4H0YB 3O1WA 5TKYA 5AQLA 1LOTB 3A5MC 1SAZA 1BA1A 1HJOA 2P9SA 3WQUA 4AM6A 1BUPA 2D1KA 4FWMA 3UKRB 3L0QA 2QW9A 3BUZB 3GBTA 2BUPA 3W0LA 4M7YA 4CJ7A 4XH1A 3ENOA 4YDUA 3FZHA 3FLCO 3JS6A 1Z05A 3QBXA 4DHYA 5KPTA 2GUPA 1QHAA 4I6MB 2EWSA 5BPLA 1TUYA 2CH5A 4BGAA 1NGDA 4WQ5C 4CZFA 4FO0A 3D7EO 1K8KA 4H0XB 3M3ZA 1U2VA 4BRNA 3SMSA 2YHWA 3CI5A 3HSCA 1DEJA 2FF3B 4MLHA 5CE3A 4QS7A 2IVNA 3O5BA 3VEWA 3MMVA 4EHUA 4CZKA 2GWJA 3U9DA 3UKUA 4BRQA 1V4TA 4B1ZA 1GLFO 5AQWA 4H0OA 1IJJA 5F1XA 4NO7A 4BR4A 1GLLO 1HUXA 1BA0A 4JHDA 3ID8A 4FWLA 4QS9A 3C7NA 4BG8A 3DXMB 5AQRA 3VENA 2P9NA 3SLCA 4BRMA 2OANA 3WQTA 2V7ZA 3D2FB 4B1WB 2NLXA 3WEEB 2E2PA 2Q0RA 1YUWA 2GELA 3CIPA 3EKSA 4ISFA 2AA4A 4KBOA 3FZLA 1NGCA 1GLCG 4BRLA 4BRHA 4BR9A 1NGBA 3FE1A 4BRKA 2Q0UA 4RCHA 3EL2A 1QQMA 3M6GA 4B1YB 2GWKA 3EKUA 2KHOA 1J6ZA 4Z94A 3CJBA 5AQMA 4PL8A 4CZHA 4BR5A 2DPNA 3FZMA 5AQQA 4FWSA 3CJ7A 1KAXA 1NGIA 4CZGA 5AQUA 2QWOA 1NGFA 3EZWA 1E4FT 1NBWA 2E20A 4FWQA 3CJ1A 2WUSA 2AP1A 5BRFA 2P9KB 3MN7A 4K42A 3S41A 1BOTO 2Q31A 2A40A 1LCUA 4BQZA 3TU5A 3W3DA 5BRDA 3D2EA 2HF4A 3MCPA 4HWIA 3CQXA 5AQIA 4FPBA 4A2AA 5LY3A 5AQKA 3IFRA 2IIRA 2P9LA 4CBXA 3VEVA 3FZFA 5AZJB 3ZX0A 5FPDA 2P9PB 3GDQA 4XH5A 3QB0A 3LM9A 4E1JA 4MO4A 2E1ZA 4H5NA 4CZEA 2YHXA 4H0PA 1T6DA 3A8YA 1RFQA 2NRHA 4A2BA 3AY9A 4XH4A 3VPZA 5JICA 2CGJA 3O80A 2I7NA 4BC5A 2YHYA 3O8MA 5E84A 3ULEA 4CD1A 2FXUA 3VGMA 2QM1A 1BO5O 2I7PA 1NM1A 1KAYA 4CI6A 4BROA 3WUHA 4Y0WA 4BRDA 3IMXA 3MK6A 3H45C 3VEYA 5AQVA 5AQGA 3RSEB 5ADXH 3H3NO 1GLBG 1OKJA 4PKGA 2ZWHA 4K41A 3QFUA 5AQSA 4BC3A 2A3ZA 4MLEA 1MWMA 2E2QA 3ENHA 1GLAG 4M7XA 4PKIA 3WXJA 4CBWA 5EX5A 1X9JA 2A6AA 2ZGZA 5FPMA 1HLUA 2V51B 4BRIA 2F9TA 3H46O 2BTFA 2GEMA 3IUCA 3QICA 1ZC6A 5BPNA 4WYBA 1Y64A 4GY2B 3KVGA 2P9IB 3TPQA 2J4RA 5JLFA 4JD2A 1SQKA 3DXKB 5AZIB 3LL3A 3CJAA 1C0GA 5I9EB 3F9MA 1GLJO 1RGIA 3CETA 3UKRA 3OHRA 3RSEA 3I33A 1BU6O 4RWTA 2YJFA 4J8FA 4WQ4A 4BGBA 4FWNA 1H1VA 4I6MA 3B8AX 2UYTA 1Z6RA 3ZEUB 2F9WA 4PL7A 4MO5A 2D0PA 3VEOA 1ZXOA 4CD3A 3C0BA 1NWKA 5AFUH 1HX1A 3L4IA 3FFKB 3LM2A 1BWFO 3QDKA 3DAWA 1HPMA 1TYQB 3BEXA 1JCEA 2ASOA 4H5TA 2YI1A 2Q97A 2E2NA 3VEZA 4EAHD 3A5LC 1MA9B 2YJEA 3DXMA 1S22A 2FLOA 3CERA 3U4LA 4YDUC 1ZBSA 3HBTA 1E4GT 3CJ9A 4K25A 3HI0A 2A5XA 2P9UB 3LDOA 5JMVA 3D2FA 3MDQA 2D4WA 3WEEA 3GL1A 3CHWA 3ZX3A 1WOQA 4BR2A 3ZETB 1KXPA 3FGUA 1T44A 4DCHA 4M63C 4H5WA 2QWRA 2QWPA 3HTVA 4C23A 4WQ5A 4BC4A 1NGHA 1V4SA 3A0IX 4NB4A 3I8BA 1ESVA 3KZBA 1RDWX 3O08A 3MN5A 1IG8A 3QFPA 3QBWA 1TYQA 1JCGA 3H6EA 4JAXA 3O6WA 2VCPA 2P9SB 2QXLA 3LDPA 1ATRA 1R59O 5BRHA 3HZ6A 4IZ9A 3VERA 2FSKA 1BDGA 3CJCA 2V7YA 2Q1NA 3ATVA 3VGKA 3HM8A 1QZ6A 2ITMA 3LDQA 5BR9A 1G99A 5AQHA 2QWMA 1NMDA 5F2RA 3U9ZA 2FF6A 3R9PA 5ELZA 3KHYA 1XQSC 3WXIA 5AQTA 1NGJA 1QQNA 4IXCA 2E8AA 5E26A 1KAZA 2E2OA 1NGAA 4H0VB 3AARA 4FWPA 4CZMA 5AQOA 1NGGA 2P9KA 1K8KB 5ADXA 4JNEA 1U2VB 3J8AA 2VWBA 2IVPA 5KQDA 2NZTA 3BF3A 5AZJA 2FSNA 2P9PA 3UKUB 3ZX2A 3DWLA 1C0FA 3GG4A 5EY4A 4EIAA 1MDUB 4JHDB 2ASPA 1SZ2A 5AR0A 3R6MA 4CBUA 5JLHA 5AQFA 2W40A 3C7NB 3LDLA 4FSVA 1S3XA 3M1FA 2P9NB 3H1VX 3P4IA 4B9QA 3H1QA 4CZLA 2QWQA 5EOYA 5AQPA 1DKGD 3U8XA 1YXQA 4BVPA 1BG3A 1YAGA 4IWVA 1ATNA 4BRGA 2HMPA 3ATUA 4BRAA 3L6QA 3SJHA 4FWRA 1X3NA 1WUAA 2ZF5O 4K43A 2FSJA 1DGKN 1QQOA 3AAPA 4CZIA 5BREA 3JXUA 1U6ZA 5LJVA 3LDNA 1NGEA 5AQXA 4EFHA 2GTDA 3VEXA 4IJNA 4LC9B 5KQ8A 3DJCA 4QS8A 2W41A 2YCHA 4PKHA 3AAQA 4H0TB 1JCFA 3MN9A 5AFUA 2P9IA 4BVOA 4IO8A 4FOIA 4DB3A 4BREA 5AQJA 5BPMA 2E1YA 3DXKA 5AZIA 3VF4A 2CGKA 1CZAN 2E88A 1HKCA 4BR0A 4BRPA 1GLDG 3A5OC 4CZJA 4H03B 3WT0A 4O8KA 3R8EA 1HKGA 5FPEA 2Q36A 3O4WA 1NLVA 4IJAA 5KPZA 4FL9A 5AQNA 4ISEA 2QWNA 3SK3A 1XUPO 1D4XA 5BN9A 3D2EB 3VOVA 2D0OA 1P8ZA 3G25A 2Q2RA 1GLEG 1X3MA 4XEIA 4AM7A 5KPRA 2P9LB 2PBDA 3H3OB 2CGLA 3GE1A 2ZGYA 2VYPA 4FOEA 3UB5A 3UE5A 2A42A 3WXKA 3BP8A 5FPNA 4JN4A 2H3GX 1Q18A 4H5RA 4BQLA 1TUUA 3ZEUA 4RTFD 1ATSA 4L3QA 1EQYA 4ISGA 3VF2A 1YVNA 4BRFA 5LJWA 3ULEB 1MWKA 3QMLA 4FPAA 5EXWA 2V52B 4O5FA 4H5VA 3BF1A 3SMPA 1XC3A 3EN9A 3FZKA 4GNIA 3VGLA 3FR0A 4F9OA 1QZ5A 5EVZA 4B1UB 4FWOA 2PAVA 4BR7A 3A5NC 4EHTA 3EO3A 4A61A 4WQ4C 2CH6A 2QWLA 2P9UA 4HTLA 5F0XA 3MN6A 4DQ8A 4BG9A 2IVOA 5AQYA 3IDHA 4FWKA 4B1VA 4BRCA 3O1BA 3WXLA 3GOIA 2HOEA 3ZETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WF9L 4LF6K 2UXCK 4B1XB 1LWEA 4BE7B 3CD6N 4BC2A 2ASMA 3RMAA 4Q5VA 2NRXA 4A62A 3CYMA 3NDKA 3MWPA 2HF3A 5BN8A 2Q3SA 3MAQA 1C0UA 2RN2A 1VQ4N 3THYA 3VETA 3KLEA 3JYTA 4B08A 4C8OA 3PV8A 3O1WA 5TKYA 1QE1A 4QCLA 2P1JA 1M90O 2P51A 4AM6A 5M1FA 2D1KA 2QW9A 2FBYA 1C1CA 3GBTA 4KV8A 4X62K 4M7YA 3M8RA 2YHAA 2OPQA 3FLCO 4DTRA 4CJ3A 4ELUA 3SPZA 2GX9A 2CH5A 4DQQA 1EETA 1YTUA 5J2NA 4FYDA 4CFDA 1K8KA 1JLGA 3OYCA 3SAFA 1NJWA 3PO4A 1BQMA 1S5JA 1YJ9N 2HBLA 2EX3A 5C2FA 3IG1A 1HYSA 1VHXA 2IAJA 1YJWN 1V4TA 1IJJA 1LW2A 1NK7A 1JL2A 1GLLO 1BA0A 4FWLA 4FJKA 1GOAA 3DXMB 1XHXA 2P9NA 1T7PA 3ZT4A 3U3GA 5HRPA 1QSYA 3SLCA 5JVHL 1IKVA 3WQTA 4KTQA 3LP1A 3KTQA 3WEEB 2IGIA 1YUWA 3KLIA 3CIPA 1SL0A 3EKSA 2JGUA 4LF8K 3RRHA 4FJHA 1GLCG 4F8RA 4BRLA 3U6FA 4BR9A 3RWUA 3J81O 4CF8A 3FE1A 4JI2K 4IEEA 4DV6K 3VQCA 2Q0UA 4DQIA 4YORA 4B1YB 1NG9A 3TI0A 4DU4A 1CLQA 2W42A 4FLZA 2KHOA 1J6ZA 5DM7L 3T19A 4FLXA 2IC3A 4JKBA 3PO5A 3QO9A 1Q8IA 4OPAA 3PIPL 4CJUA 2AJQA 4I9QA 4HUGA 3SUNA 4BR5A 5IWAK 3L2RA 3AA2A 1S1VA 3ULDA 3ZSXA 4FJJA 1E4FT 4NYFA 4F4KA 2WUSA 2AP1A 4A57A 4NXMK 2P9KB 1VSHA 4K42A 5M1QA 3JSMA 2Q31A 1RT1A 3RMDA 5BRDA 2QKBA 3MCPA 3ENBA 5AQIA 4A2AA 1RTHA 5LY3A 1EWQA 3M8QA 4CBXA 3VEVA 5FPDA 3ZX0A 3GDQA 4FJ5A 2YNHA 3O9UA 3QB0A 3LM9A 4E1JA 4E7KA 4CZEA 4M3XA 4H0PA 1NK8A 3MWTA 3K2PA 4CEZA 3ALYA 4FJIA 5J2MA 3AY9A 3AVGA 4JKFA 5H1SQ 1BHLA 3O8MA 5E84A 3ULEA 2FXUA 4JKCA 3VQQA 2D0CA 5CZ1A 2E6LA 4BROA 2F4VK 3WUHA 4C8LA 3CFRA 3MK6A 3VEYA 3VQPA 2X78A 3OYHA 4M45A 1J5OA 3SBGA 1GLBG 2OPRA 2ZWHA 4FW2A 3QFUA 4BC3A 3P1GA 2Y1JA 4MLEA 3C6HA 3ENHA 1GLAG 4M7XA 5EX5A 1K73O 5FPMA 4CVNE 1I94K 3IUCA 3R3LA 2ZJRL 4FJLA 3ASMA 1Y64A 4GY2B 4Z4FA 4N41A 4IG0A 3TPQA 2I5JA 5JLFA 2E6MA 4Y1CA 4LF4K 1SQKA 5GADP 3V9ZA 1JLAA 4DTOA 1RT6A 3CJAA 3OYIA 2XO7A 4DV2K 2XY7A 1RGIA 3THXA 4KHSA 1NKEA 5C42A 2YV0X 3I33A 4RWTA 3TSQA 3FFIA 4I7FA 1NNEA 4YHHK 4FWNA 3E1YA 1U45A 2KFZA 3LAKA 4PL7A 1KFDA 4H4MA 4X66K 4CD3A 1L5UA 1HX1A 3DLEA 2G8UA 1HPMA 1HQUA 4KB1A 1NJIO 5CZ2A 5C10A 3VEZA 3IRXA 3AVKA 3A5LC 5C25A 3CPWM 1MA9B 1TAUA 1S22A 4OO1J 2QK9A 3NE6A 2P9UB 1HJRA 3LDOA 5GIPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WF9 L;  4LF6 K;  2UXC K;  4B1X B;  1LWE A;  4BE7 B;  3CD6 N;  4BC2 A;  2ASM A;  3RMA A;  4Q5V A;  2NRX A;  4A62 A;  3CYM A;  3NDK A;  3MWP A;  2HF3 A;  5BN8 A;  2Q3S A;  3MAQ A;  1C0U A;  2RN2 A;  1VQ4 N;  3THY A;  3VET A;  3KLE A;  3JYT A;  4B08 A;  4C8O A;  3PV8 A;  3O1W A;  5TKY A;  1QE1 A;  4QCL A;  2P1J A;  1M90 O;  2P51 A;  4AM6 A;  5M1F A;  2D1K A;  2QW9 A;  2FBY A;  1C1C A;  3GBT A;  4KV8 A;  4X62 K;  4M7Y A;  3M8R A;  2YHA A;  2OPQ A;  3FLC O;  4DTR A;  4CJ3 A;  4ELU A;  3SPZ A;  2GX9 A;  2CH5 A;  4DQQ A;  1EET A;  1YTU A;  5J2N A;  4FYD A;  4CFD A;  1K8K A;  1JLG A;  3OYC A;  3SAF A;  1NJW A;  3PO4 A;  1BQM A;  1S5J A;  1YJ9 N;  2HBL A;  2EX3 A;  5C2F A;  3IG1 A;  1HYS A;  1VHX A;  2IAJ A;  1YJW N;  1V4T A;  1IJJ A;  1LW2 A;  1NK7 A;  1JL2 A;  1GLL O;  1BA0 A;  4FWL A;  4FJK A;  1GOA A;  3DXM B;  1XHX A;  2P9N A;  1T7P A;  3ZT4 A;  3U3G A;  5HRP A;  1QSY A;  3SLC A;  5JVH L;  1IKV A;  3WQT A;  4KTQ A;  3LP1 A;  3KTQ A;  3WEE B;  2IGI A;  1YUW A;  3KLI A;  3CIP A;  1SL0 A;  3EKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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