4CBXA

Crystal structure of plasmodium berghei actin ii
Total Genus 115
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
369
structure length
358
Chain Sequence
SIALVVDNGSGMVKSGLAGDDAPKCVFPSIIGIPKECYVGDEAQNKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWRHTFFNELRVSPEEHPVLLTEAPLNPKTNREKMTQIMFESFDVPAMYVSIQAILSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHTVPIYEGYVLPHAINRTDMAGRDLTYYMMKLFTERGYTFTTTAEREIVRDIKEKLCYIALDYDEELKKSEERTEEVEEMYELPDGNLITVGSERFRCPEALFNPSLIGRECPGLHITAYQSIMKCDIDIRKELYNNIVLSGGTTMYNYIGERLTNEMTSLAPPSMKIKVIAPPERKYSVWIGGSILSSLSTFQKMWITKEEYDESGPSIVHR
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (8-12)S7 (71-72)AH1 (56-61)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)S3 (29-32)S5 (53-54)EMPTYTIV1 (37-51)S4 (35-37)S6 (66-68)3H1 (62-64)AH4 (137-145)3H2 (98-100)TVIII2 (69-72)TII2 (108-111)AH2 (79-93)TIV2 (71-74)S8 (75-76)AH3 (113-127)TII4 (323-326)S10 (131-136)AH9 (275-285)TI2 (156-159)S11 (150-155)3H4 (265-268)S12 (160-166)TI6 (261-264)AH8 (253-261)S13 (169-170)TIV4 (165-168)TI5 (243-246)TI3 (171-174)TI4 (172-175)AH5 (182-195)S14 (176-178)3H3 (234-236)AH6 (203-216)S15 (239-242)AH10 (290-296)S17 (298-301)TVIII4 (220-223)S16 (248-251)AH11 (310-321)TI7 (287-290)3H5 (303-305)TII3 (307-310)S18 (330-331)AH12 (338-348)TIV3 (76-79)S9 (102-107)AH7 (223-232)TI8 (333-336)TVIII3 (129-132)TI10 (350-353)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Motor protein
source organism Plasmodium berghei
publication title Structural Differences Explain Diverse Functions of Plasmodium Actins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN-2
total genus 115
structure length 358
sequence length 369
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbxA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cbxA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4cbxA03
2Q0RA 3UKRB 2P9KB 1ZC6A 4CZEA 2QW9A 2P9PA 5AQPA 2ITMA 1MWMA 1YVNA 3BUZB 2E2QA 3U9ZA 3VF4A 1ATSA 5AZJA 2J4RA 4H5RA 4FWKA 4IWVA 4B1ZA 3VESA 1DGKN 5ELZA 1HKBA 5AZIA 2QXLA 3QMLA 3CJCA 4I6MA 3C7NB 5CE3A 3R6MA 3UKUB 4GNIA 3EN9A 2CGJA 2GWKA 4BRIA 4CZHA 2OANA 3I33A 4B1UB 3ENOA 4CZJA 3KZBA 5AQHA 3MN5A 5FPNA 3VPZA 1SZ2A 3LM2A 5AQFA 1NGGA 1J6ZA 1T6DA 2Q1NA 3VF6A 3VF2A 2P9UA 5EVZA 3O8MA 4H5NA 2NRHA 5BPNA 4L3QA 1CZAN 5AQOA 1HPMA 3WQUA 3WEEA 4H0VB 1MA9B 3EL2A 4BQLA 3KHYA 1XC3A 1Y64A 3EKUA 4JNEA 1GLEG 4YDUA 4H5TA 2PAVA 2Q97A 2QWMA 1RDWX 3GBTA 4BR2A 1NLVA 2PBDA 5AQVA 5AQXA 3L0QA 5EX5A 4FWOA 4BRGA 3G25A 5AFUH 1BDGA 3H46O 4B1YB 3VEWA 4JHDB 3VETA 1BG3A 2P9LB 3U8XA 4EHTA 4ISGA 2UYTA 4IJAA 3D2FA 3QBWA 2E2PA 1OKJA 4JD2A 4BR0A 3LDQA 3VOVA 1RGIA 5JLFA 1IG8A 3FZMA 1ZBSA 3CJ7A 2KHOA 4FOIA 3ZETB 3QBXA 3CQXA 4XH1A 5I9EB 4B1VA 4H5VA 3H1QA 5AQMA 3FR0A 1BO5O 1GLFO 4BREA 5B8HA 3L6QA 1NGEA 2HMPA 4HTLA 1Z05A 3DXMA 2FXUA 2I7NA 2V7YA 2FSJA 4DHYA 5KPTA 3LDNA 2ZGYA 1BOTO 2QWOA 3U9DA 3ULEB 2IVNA 3IUCA 3ENHA 3A5LC 2V7ZA 4BR4A 2IVOA 1QZ6A 1V4SA 4B9QA 2Q31A 3CHWA 1MDUB 2E8AA 3H3NO 3SMSA 4BRKA 2P9IA 2GEMA 4J8FA 3WQTA 1X3NA 4PKHA 2FLOA 3D2EA 2GELA 2ZGZA 3H6EA 4RCHA 3U4LA 3ZX2A 3QB0A 3MMVA 4M7XA 5LJVA 1BA0A 3O5BA 1JCFA 1ATNA 2V51B 4FL9A 3BP8A 2E88A 4MO4A 3R9PA 2VYPA 1D4XA 3ZX0A 3IFRA 2E1YA 4CI6A 3RSEA 3VEZA 3B8AX 1GLDG 3MN7A 2YHWA 2ZWHA 3M1FA 3GOIA 4ISEA 5BRFA 2QWPA 4F9OA 3SK3A 3GE1A 5JICA 1NWKA 5JMVA 3O1BA 4CZIA 4BG9A 1GLJO 3M6GA 3LL3A 1TUYA 1RFQA 4FWSA 1DEJA 5AQUA 4BRHA 5LY3A 2D0OA 3VEYA 1S22A 2ZF5O 2D0PA 3WXJA 3O6WA 2YJEA 5BRHA 3DXKB 2QWQA 4PKIA 3UB5A 3MN9A 1NMDA 3JS6A 3A5MC 3O80A 1HX1A 3LM9A 3QICA 4BGBA 2Q2RA 4BVPA 1WUAA 1NBWA 2A41A 1GLBG 2BTFA 1K8KB 5KQDA 1EQYA 4CZGA 4AM7A 1NGJA 3MCPA 3WXLA 2ASMA 4CBXA 4K42A 1TYQB 3H45C 5AQLA 4XEIA 2P9SB 4IXCA 4DB3A 1IJJA 4FWRA 4IO8A 2CGLA 3CERA 3MK6A 4FSVA 2AP1A 2E2NA 3EO3A 2NLXA 3VGLA 3FLCO 3FZKA 3ATVA 4K43A 4BRAA 1YAGA 4BVOA 1ATRA 4Z94A 2P9NB 4FOEA 4BROA 1T6CA 3WXIA 5BPMA 3ZEUB 3HBTA 2ASOA 4JAXA 3FZLA 4PL8A 4A2AA 4PL7A 2E1ZA 1JCGA 1C0GA 4CZMA 1YUWA 5BR9A 3SLCA 4YDUC 5FPMA 4DQ8A 2P9PB 3AY9A 3JXUA 3A8YA 4EFHA 4EAHD 1HKGA 3UE5A 4BQZA 4CD1A 1U2VA 5AQTA 4M63C 1S3XA 4RTFD 3P4IA 3EZWA 2IVPA 5AZJB 3MDQA 3CJBA 2DPNA 1WOQA 5F1XA 3A5OC 5AZIB 2F9TA 1SAZA 3D7EO 3HZ6A 4I6MB 1QHAA 5ADXH 4BGAA 5AQKA 5BRDA 1ESVA 1KAYA 4A2BA 2GWJA 4AM6A 4FWLA 3VERA 1NM1A 3UKRA 2P9KA 3ATUA 4FWPA 5AQWA 2A3ZA 4BRLA 4WQ4A 3OHRA 1TUUA 2P9UB 2QWLA 3SMPA 5AQQA 3C0BA 1QQOA 2EWSA 2QM1A 4JN4A 1BA1A 3I8BA 2VWBA 2IIRA 5AQGA 4FWQA 4A62A 3BF1A 5KPRA 4A61A 3C7NA 3WEEB 2A5XA 1P8ZA 3FGUA 1KXPA 3L4IA 5E84A 4O8KA 4EHUA 3QFPA 4H0OA 3UKUA 4WQ4C 1LCUA 5BPLA 2FSNA 4BC4A 4BG8A 3LDOA 2YHYA 4BC5A 1ZXOA 1MWKA 4NO7A 3M3ZA 1X3MA 3A0IX 3VEVA 1XQSC 3IMXA 4K25A 4MLEA 4QS7A 5LJWA 2E20A 3QDKA 4RWTA 1H1VA 4BRDA 4FPAA 5AQYA 1V4TA 1T44A 2NZTA 4IJNA 4DCHA 1NGHA 5AFUA 1BUPA 2H3GX 1E4FT 3D2FB 4WYBA 4B1XB 4JD2B 2GUPA 4CZLA 1JCEA 2QWRA 2Q0UA 4MLHA 4BR9A 1NGIA 1U6ZA 3AARA 1HKCA 5AQIA 2HOEA 3TU5A 4BRCA 3GG4A 3CQYA 4C23A 1X9JA 4FWNA 4FWMA 3WUHA 1HJOA 1QQMA 5AQRA 4LC9B 3CIPA 3DXMB 4B1WB 3FFKB 1KAXA 2FF6A 4H0PA 5ADXA 2A42A 4H0TB 4JHDA 2P9LA 1NGBA 3FZFA 1GLLO 3TPQA 2VCPA 4E1JA 3ZETA 2YI1A 2P9IB 1NGFA 2I7PA 3O08A 4QS8A 3VGKA 2V52B 5JLHA 3LDPA 3D2EB 3SJHA 4ISFA 3WT0A 3FZHA 2YJFA 3ZX3A 3DJCA 3R8EA 4HWIA 3AAQA 1DKGD 2F9WA 4K41A 3ULEA 4BRPA 5BREA 5F2RA 2D4WA 2D1KA 3FE1A 4FO0A 2A6AA 3RSEB 1YXQA 2BUPA 3AAPA 5EXWA 4MO5A 2YHXA 1E4GT 3H1VX 4CD3A 4H5WA 2YCHA 5E26A 4BC3A 5FPDA 2CH5A 2GTDA 4PKGA 2W41A 5KQ8A 3BEXA 5AQZA 1HLUA 4CZKA 4FPBA 4Y0WA 1QQNA 3J8AA 1Q18A 3W0LA 4O5FA 5BN9A 3O4WA 3HTVA 2E2OA 3A5NC 4QS9A 3CETA 4CBUA 5F0XA 1NGCA 1GLCG 2AA4A 2ASPA 3VEXA 1NGDA 1XUPO 1Z6RA 1LOTB 4EIAA 3IDHA 1G99A 3VEOA 5FPEA 3GL1A 4WQ5A 5TKYA 4XH4A 4BC2A 2Q36A 2FF3B 4H0XB 1BU6O 3O1WA 3GDQA 2A40A 5KPZA 3DXKA 3S41A 5AQSA 3VGMA 4KBOA 3DAWA 3CJAA 3DWLA 1SQKA 2HF4A 4WQ5C 4XH5A 3CI5A 4H0YB 3H3OB 3KVGA 1R59O 1GLAG 2HF3A 5EOYA 1K8KA 1HUXA 1NGAA 3EKSA 4BR7A 4H03B 3HSCA 3ID8A 3LDLA 3HI0A 4BRMA 1QZ5A 1C0FA 1TYQA 5AQNA 4M7YA 2P9SA 3CJ9A 5BN8A 4BRFA 1KAZA 3CJ1A 3F9MA 3W3DA 5EY4A 2FSKA 3WXKA 4CBWA 4CZFA 4NB4A 1U2VB 3HM8A 2CH6A 3QFUA 5AQJA 4CJ7A 2P9NA 4BRNA 3VENA 3BF3A 2WUSA 5AR0A 2QWNA 3ZEUA 3MN6A 2CGKA 4BRQA 4GY2B 4BR5A 2W40A 4IZ9A 1BWFO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U3YA 3HT3A 1ZC6A 4CVNE 4DU4A 2NRRA 4JK9A 5M1PA 1E3MA 1EWQA 1C0TA 4KHNA 1OVQA 2XHBA 5AZJA 1NKCA 3UIQA 1WSJA 4KKOA 3C7NB 3HOSA 3KLEA 4Z4HA 2VWKA 5GAHP 1ZBHA 3VN5A 1A5VA 4JEPA 3DLRA 3EN9A 4W5QA 3KK7A 2GWKA 5I3UA 3RMBA 4EP5A 1O13A 2OANA 2OPQA 2RHKA 3ENOA 4JKGB 4B1UB 5SWMA 1SZ2A 4FLWA 1TAQA 1TKTA 2YV0X 4X65K 5IWAK 1HPZA 3PUFA 3O8MA 1J54A 2HHTA 2G8FA 3S9HA 2GV9A 2QEXN 2O8EB 4G1QA 3LP1A 3MEDA 4LFAK 4DR3K 4PY5A 4BACA 5HL7L 1JLBA 1J53A 4YDUA 1KC8O 3NH1A 5FROA 2Q97A 4IOAL 2QWMA 4QAGA 3SBTA 5EU7A 3GBTA 3P5JA 2B4JA 5AQXA 4IOCL 4LFBK 2ZJRL 1HNVA 4BRGA 5KRTA 5AFUH 3H46O 4HUFA 4A59A 4CFAA 1JKHA 3VEWA 2P9LB 3ULDA 4IJAA 3D2FA 1XHZA 2E2PA 3VQ5A 3IRXA 1SL1A 2YKMA 3PX0A 3O4QA 1RGIA 3OY9A 1IG8A 1ZBSA 3FZMA 3ZETB 4J2EA 3QBXA 3HVTA 3CFPA 5I9EB 5JVHL 4B1VA 4KHWA 2IS3A 1L5UA 5M1KA 4CF9A 4BREA 2HHSA 3BY5A 2HMPA 3NDKA 1Z05A 1N32K 1TV6A 2FSJA 3CM5A 3M5RA 3MXIA 3SQ2A 2ZGYA 2QWOA 3SUNA 3DYAA 1OH8A 1QTMA 2IVNA 4CHYA 4DTNA 3ENHA 3THWA 1ITGA 4KHQA 5JS1A 4BR4A 1C1AA 3JSMA 3C6TA 3SMSA 1FKPA 3SNNA 1X3NA 4PKHA 2FLOA 4FJIA 1EKEA 3H6EA 4Z4FA 3ZX2A 3N4PA 3QB0A 3NH2A 3I0RA 2WBNA 2Z1IA 2HB5A 3LAMA 4QOZB 1NKBA 4LY7A 1X9MA 2O8DB 1D4XA 3RR8A 5M1OA 4Y1CA 1WSGA 5J2NA 4CJ3A 3GE1A 5JICA 1C0MA 3U6FA 4BG9A 3K5LA 1TUYA 4B08A 4BRHA 3NAEA 3VEYA 5IT9O 5CZ2A 1QS4A 1RNHA 4A5AA 4DFJA 3O6WA 1FXXA 1TKXA 3CFOA 1B9DA 3MN9A 1RT3A 4JI2K 1X1PA 4CEEA 4DS4A 1NJIO 3O80A 3LM9A 2O4GA 4E7IA 4BVPA 2E6LA 4E1NA 4G9ZA 4YOWA 1EQYA 4LH5A 2F8TA 4KI6A 3SV4A 1JLGA 3H45C 4CEQA 3THYA 1JL2A 5GAEP 2JWKA 1GOCA 4IO8A 4DU3A 3CERA 3MK6A 4DV6K 4FJLA 4JI6K 2NLXA 3VGLA 3ZSXA 3ATVA 3MX2A 1HQUA 4BVOA 4FOEA 2I5JA 2O8BB 3SPZA 2FC0A 1TK0A 1YHQN 3T7ZA 3VA3A 3ZEUB 4JRQA 3K5NA 4N41A 3SQ1A 3HBTA 4PL8A 4N76A 4PL7A 1XMOK 1RTHA 4B9UA 4E89A 5BR9A 3E9OA 3TSPA 1QSSA 4YOXA 4DQ8A 4AHTA 4M42A 1VQ4N 3EZ5A 1YJ9N 4M63C 3P4IA 1IKWA 3EZWA 2DFFA 3MDQA 5C12A 4CJQA 1VSKA 1RT1A 5F1XA 2KFNA 2RN2A 3PSFA 5AQKA 4AHCA 3F9KA 3V9UA 1D9DA 3AO3A 4JS4A 4A2BA 3CM6A 3AA2A 4FWLA 3VERA 4KH6A 4DQRA 3TTFA 4FWPA 3ATUA 3KJVA 2A3ZA 2WFBA 2O8FA 1TUUA 2P9UB 3S3NA 1QVFM 4KTZA 4NLBA 2EWSA 4JN4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3U3Y A;  3HT3 A;  1ZC6 A;  4CVN E;  4DU4 A;  2NRR A;  4JK9 A;  5M1P A;  1E3M A;  1EWQ A;  1C0T A;  4KHN A;  1OVQ A;  2XHB A;  5AZJ A;  1NKC A;  3UIQ A;  1WSJ A;  4KKO A;  3C7N B;  3HOS A;  3KLE A;  4Z4H A;  2VWK A;  5GAH P;  1ZBH A;  3VN5 A;  1A5V A;  4JEP A;  3DLR A;  3EN9 A;  4W5Q A;  3KK7 A;  2GWK A;  5I3U A;  3RMB A;  4EP5 A;  1O13 A;  2OAN A;  2OPQ A;  2RHK A;  3ENO A;  4JKG B;  4B1U B;  5SWM A;  1SZ2 A;  4FLW A;  1TAQ A;  1TKT A;  2YV0 X;  4X65 K;  5IWA K;  1HPZ A;  3PUF A;  3O8M A;  1J54 A;  2HHT A;  2G8F A;  3S9H A;  2GV9 A;  2QEX N;  2O8E B;  4G1Q A;  3LP1 A;  3MED A;  4LFA K;  4DR3 K;  4PY5 A;  4BAC A;  5HL7 L;  1JLB A;  1J53 A;  4YDU A;  1KC8 O;  3NH1 A;  5FRO A;  2Q97 A;  4IOA L;  2QWM A;  4QAG A;  3SBT A;  5EU7 A;  3GBT A;  3P5J A;  2B4J A;  5AQX A;  4IOC L;  4LFB K;  2ZJR L;  1HNV A;  4BRG A;  5KRT A;  5AFU H;  3H46 O;  4HUF A;  4A59 A;  4CFA A;  1JKH A;  3VEW A;  2P9L B;  3ULD A;  4IJA A;  3D2F A;  1XHZ A;  2E2P A;  3VQ5 A;  3IRX A;  1SL1 A;  2YKM A;  3PX0 A;  3O4Q A;  1RGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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