4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords ACTIN
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
3O1BA 3QICA 3SJHA 2OANA 5AZIB 1NGCA 3A5LC 3FZLA 4K42A 2W41A 4IJAA 4BG9A 3AAPA 3FZMA 4GY2B 1IG8A 2HF4A 4MO5A 3VETA 3WUHA 5AQFA 2WUSA 3GL1A 2A3ZA 4F9OA 3QFPA 4FPBA 4EHUA 3QBWA 1GLAG 3UB5A 3KHYA 1S3XA 4FOIA 4I6MB 1LCUA 2ITMA 4AM6A 4BRNA 4H0TB 2NLXA 2IVPA 1NBWA 4MLHA 2QWMA 2PBDA 2BUPA 3ZETB 3ENHA 3MN6A 4ISGA 1RFQA 3CI5A 5AZJA 3O6WA 5JLFA 3CJ7A 2E2OA 1NGAA 5BPNA 2ZF5O 3RSEB 4YDUA 1NGJA 3CJBA 4H5WA 3WEEB 3EKUA 4K25A 1NM1A 1X3MA 3H46O 3W3DA 3O80A 4Y0WA 3C0BA 4XH5A 4ISFA 2FF6A 5FPDA 2GTDA 3O08A 5AQKA 5TKYA 1C0GA 3EO3A 1Q18A 4FOEA 5AZJB 3D2FB 4BQLA 1NLVA 3JS6A 3DXMB 4ISEA 2CGKA 2D1KA 2QWNA 3VF6A 1C0FA 4IXCA 5AQRA 3EL2A 2CGLA 4FWLA 2E88A 2ASMA 5AQZA 4FWQA 1MWKA 2CH5A 4XH4A 1TYQA 2EWSA 3DWLA 2V7ZA 2FF3B 4IJNA 2F9TA 3O1WA 5AQUA 3A0IX 1CZAN 3WQUA 5FPNA 4YDUC 2P9IA 3S41A 1IJJA 1YXQA 3U8XA 4BRPA 2Q1NA 4PKIA 4BC3A 4BR2A 2ZWHA 1T6DA 4BRIA 1HJOA 2VWBA 3CJAA 4M7YA 5FPMA 3VERA 4BR9A 3VEWA 3WT0A 3AAQA 2E1ZA 2I7NA 4BRQA 2GEMA 4FWOA 3ID8A 1BWFO 3I33A 5BRFA 5BN8A 2P9LB 1WUAA 3IFRA 4FWPA 5F2RA 3FE1A 3VPZA 3M1FA 5JLHA 3M3ZA 2A41A 5KQ8A 2E1YA 3BF3A 4BQZA 4BRGA 3FZFA 1HLUA 1GLEG 4BVOA 3SLCA 1QQMA 3C7NA 4RTFD 1RGIA 3MDQA 1XC3A 4PL8A 5AZIA 4BC5A 1JCEA 5AQOA 5BR9A 2H3GX 1Z6RA 3F9MA 5AQWA 5KPRA 1X9JA 4B9QA 1ZBSA 1ESVA 1MA9B 2YHWA 5AQNA 4CZFA 3H1VX 3ATVA 1XUPO 2HF3A 4I6MA 3CQXA 3LM9A 4BC4A 1EQYA 3B8AX 3D2EB 3H6EA 3QBXA 5I9EB 5AQYA 4H5RA 2Q2RA 3BF1A 4FWNA 3LDQA 3VENA 1K8KB 4IO8A 3ZETA 3VGKA 1QQNA 4B1VA 3VF4A 4WQ4A 1NGGA 1T6CA 5E26A 5AQHA 5KPZA 3GOIA 3A5NC 1KAYA 5JICA 4BRLA 3RSEA 3KVGA 4O8KA 3O4WA 3WEEA 3IDHA 3CIPA 3FR0A 3ATUA 3U9DA 2ASOA 4FSVA 2VCPA 4FWSA 5KPTA 3EKSA 2A5XA 3QMLA 1HPMA 5AQIA 2E2NA 4BR4A 3D2FA 1V4SA 4CZIA 1BA0A 5AQJA 3CERA 3DXMA 3QB0A 3CQYA 1NGHA 3DJCA 4WYBA 5AQLA 1DEJA 1NWKA 1U6ZA 2P9PB 3QFUA 4BRDA 2P9NB 3GDQA 4A61A 4BRHA 1ATNA 1P8ZA 5LJVA 1GLDG 4PKGA 4JD2A 2Q97A 3UKUB 4BRFA 4BVPA 5EX5A 2GWKA 2IVOA 2AA4A 1HX1A 5AFUH 5E84A 3WXLA 3FZKA 2YJFA 4IWVA 3JXUA 1DGKN 3I8BA 1BOTO 2GUPA 5AFUA 4H0VB 3VEXA 4BREA 2I7PA 3ENOA 3ZX3A 4JD2B 1YVNA 4XEIA 1E4GT 2HOEA 2YI1A 3CETA 2QWLA 3CJ1A 3O5BA 2W40A 3UE5A 3U4LA 2QWOA 3VGLA 4BROA 3HSCA 4A2BA 3WQTA 4B1YB 3GBTA 3VEZA 2P9LA 3BEXA 3MN9A 3HM8A 1H1VA 4CBUA 4BGBA 1NGFA 5AQQA 1NGDA 3A5MC 2KHOA 3KZBA 4CJ7A 4JAXA 4LC9B 3LDPA 3VF2A 1E4FT 5EOYA 5BREA 3LDLA 5AQXA 5BPLA 4GNIA 4EIAA 2IIRA 2P9KB 4XH1A 3O8MA 4JHDB 3EZWA 1KAXA 3MK6A 3DAWA 4L3QA 4M63C 3D2EA 3MCPA 4CBWA 5CE3A 1U2VB 1S22A 5EXWA 4FO0A 1K8KA 2F9WA 3AARA 2UYTA 3P4IA 4BR7A 4BR5A 4JNEA 1BU6O 1HKBA 4B1UB 2YCHA 1R59O 2ASPA 2D0PA 4BRAA 4BC2A 3SMSA 1HKCA 4DB3A 3CHWA 2QWPA 1HUXA 4B1ZA 1MWMA 1KXPA 2V51B 2YJEA 2D4WA 3LL3A 5AQTA 4B1XB 1HKGA 2YHXA 3CJCA 3ULEA 4HTLA 1ZXOA 3VOVA 1DKGD 1OKJA 3MMVA 3VEVA 5LY3A 3HI0A 3IUCA 5BRDA 4FWRA 1GLLO 3H3NO 4CD3A 5AQSA 5AQVA 2Q31A 2E8AA 4RWTA 5AR0A 3WXKA 1D4XA 1GLFO 4CZJA 1JCGA 3J8AA 4BRKA 1NMDA 2E2QA 4QS9A 3ZX0A 2P9PA 2P9NA 2FXUA 3ULEB 4E1JA 4MO4A 3UKUA 4BR0A 1G99A 4JN4A 2Q0UA 2QW9A 3BP8A 3WXIA 3MN7A 1TUYA 4CBXA 4NO7A 4A2AA 2A40A 3ZEUB 2FSKA 1J6ZA 1SZ2A 3AY9A 1BDGA 1LOTB 2Q0RA 3UKRB 4DCHA 4PL7A 2DPNA 2P9UB 4BGAA 4K43A 2ZGYA 4EFHA 2YHYA 3WXJA 4EHTA 2Q36A 2NZTA 1GLCG 3VESA 2VYPA 1YAGA 5ELZA 4WQ4C 1Y64A 1SQKA 4MLEA 3GG4A 2A6AA 3FFKB 4WQ5A 5EVZA 2CH6A 3R6MA 3TPQA 4C23A 2V52B 3CJ9A 1BUPA 2P9SA 4PKHA 1SAZA 5AQPA 4Z94A 4IZ9A 3L6QA 4H0XB 4CZGA 1QZ5A 5LJWA 4H5VA 4H5TA 2QXLA 2A42A 3VGMA 2E2PA 2FLOA 4CZLA 2CGJA 3VEOA 5EY4A 5ADXH 3LDNA 1BG3A 4EAHD 2QWRA 1V4TA 1X3NA 1WOQA 5B8HA 2V7YA 3LM2A 3FGUA 3GE1A 2FSNA 5ADXA 1QHAA 2E20A 3SMPA 3U9ZA 2P9SB 3FZHA 2BTFA 3FLCO 4H0YB 4FL9A 5BN9A 1BO5O 4BRCA 4H03B 2P9KA 3IMXA 3H1QA 4BG8A 2J4RA 4JHDA 5F1XA 2QM1A 4CZHA 3ZX2A 1Z05A 1ATSA 4RCHA 2D0OA 5AQMA 2IVNA 4WQ5C 1T44A 3L4IA 4CI6A 1NGEA 4HWIA 1U2VA 1XQSC 4K41A 3VEYA 3H3OB 1TUUA 4KBOA 2AP1A 1KAZA 5BRHA 3R8EA 4NB4A 1NGBA 4A62A 2FSJA 3W0LA 3L0QA 5F0XA 3H45C 1TYQB 3SK3A 1QQOA 2GWJA 4B1WB 3TU5A 4QS7A 4J8FA 5KQDA 3M6GA 3DXKA 1ATRA 3MN5A 4CZEA 4FPAA 2P9IB 3QDKA 4CZMA 5BPMA 3R9PA 4DQ8A 4H0OA 3D7EO 3HZ6A 3LDOA 4CD1A 5FPEA 4QS8A 3EN9A 4H5NA 4FWKA 1GLJO 2HMPA 1ZC6A 1JCFA 4DHYA 4AM7A 4CZKA 4BRMA 1GLBG 3OHRA 3DXKB 2PAVA 3BUZB 5JMVA 2GELA 1QZ6A 2NRHA 3HTVA 3A5OC 2QWQA 3A8YA 4FWMA 3ZEUA 1MDUB 3HBTA 4H0PA 5AQGA 2ZGZA 3UKRA 1BA1A 1RDWX 1YUWA 3G25A 1NGIA 3C7NB 4M7XA 2P9UA 4O5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLEA 4K42A 5JVHL 1WLJA 2IDOA 4LFBK 4BG9A 3FZMA 4GY2B 5DM7L 4CEDA 4F9OA 4EHUA 3DOKA 5C15A 1S3XA 2FBYA 4FOIA 3DOLA 4I6MB 4KI6A 1LCUA 4BRNA 2FBTA 1DTQA 3T69A 3O9RA 3C6HA 2HVHA 3OYKA 2OA8A 2O8BA 2G8WA 1VQ8N 5KI6A 3DLBA 4ISGA 4KHNA 3VQQA 4XJXA 4YNQA 3U3YA 1BGXT 1NGAA 3QNOA 4BE0A 4CK2A 4YDUA 3ULDA 1TKXA 1X3MA 1HMVA 2W6KA 4ELTA 4XH5A 3S5TA 3VQCA 2QKBA 2XY7A 3I0RA 3PV8A 5AQKA 3EO3A 1N8RO 1Q18A 1IO2A 4DKWA 5AZJB 3R1XA 4BQLA 1XMQK 2WFBA 4LH4A 4DQQA 2F7TA 4PUOA 1D8YA 2KFNA 1KVAA 4JI0K 3VTHA 2CGKA 2D1KA 2IAJA 1VQ5N 2QWNA 1Y97A 2CGLA 1VHXA 2E88A 2ASMA 3E01A 3QERA 4GVEA 3HYFA 4AHSA 2YNIA 3OS1A 2V7ZA 4IJNA 4CFDA 4G9ZA 3DYAA 2O8CA 4YFUA 4DU1A 5J2PA 3WQUA 4KH5A 3UIQA 4WFAL 4PKIA 1M1KO 3PX0A 2VWBA 4RW4A 1N5YA 1ASUA 5FPMA 5M1NA 3VEWA 3KTQA 3ID8A 1RT3A 3PIOL 3I33A 1VQ7N 4JLHA 5BRFA 5BN8A 2P9LB 1WUAA 4BDPA 3FE1A 1TL3A 2E1YA 4KHPK 4QCLA 1GLEG 3RMBA 4IKFA 1JL2A 4FJXA 4AHUA 4KHUA 4BC5A 3OYEA 1VQON 1QSSA 1Z6RA 2P51A 1RT1A 1ESVA 4X65K 3U6FA 3EE9A 1ZBFA 3ATVA 1C1AA 3LM9A 3V9UA 3D2EB 3H6EA 2RE2A 3D6RA 2Q2RA 2OPRA 2G8KA 1QVGM 4FJMA 2HHVA 3VENA 3TAFA 4B1VA 3L2QA 3CFRA 5HRSA 4HUGA 4QOZB 3A5NC 3HM9A 2RF2A 4ILHA 4CHNA 1N6QA 3KWGA 3VTIA 3IDHA 3CIPA 4R79A 2O8FA 3U9DA 1VSMA 3V1RA 2VCPA 4M3TA 4CEAA 3G0ZA 3QO9A 2HVIA 4BR4A 3D2FA 4ILGB 4CZIA 1HRHA 4KHYA 1BA0A 4ICLA 4K0KK 2X6SA 1U47A 4WYBA 2DFHA 1NWKA 1L3TA 3SBGA 3NF9A 4E7HA 1IG9A 1KQSM 5LJVA 1WAFA 4PKGA 3S3NA 3UKUB 2IVOA 3F2KA 3P5JA 4JI1K 3FFIA 4GW6A 1ZBIA 1S1VA 4EP5A 5AFUH 4AF1A 3WXLA 3CG7A 3FZKA 1J53A 3J7ZO 2F8SA 3C95A 4IWVA 4CCHA 4M3ZA 1IH7A 2D5RA 3DLKA 5JS2A 4KPYA 5AFUA 3KLHA 2QK9A 4BREA 1X9MA 2I7PA 4JD2B 2R7YA 3SV3A 3CETA 5E41A 2QWLA 2HHIA 4DF8A 2IGIA 1FKOA 4WF9L 4PWDA 2B5JA 3BEXA 5MLCQ 5IWAK 3HM8A 5C24A 5HRPA 4CBUA 3ZYYX 1KRPA 5AQQA 2KHOA 4DS4A 4Z4CA 4I7FA 3L3UA 2G8FA 4NLBA 2YX6A 2Z1HA 4LC9B 1BI4B 3AGKA 1BISA 5AQXA 2D0CA 5I3UA 3ZSXA 3TAPA 3TTFA 3CCQN 4XH1A 4CGFA 3EZWA 1RCHA 3MK6A 1HNWK 4MDBA 1BCOA 4UQGA 3MEDA 3CCUN 4FO0A 2UYTA 4HTUA 3AVMA 3S3OA 2ASPA 2RHKA 3KK1A 4BC2A 4DB3A 3CHWA 1EWRA 5CHIA 2QWPA 1HUXA 2V51B 1KXPA 5AQTA 4B1XB 1BL3A 4FJJA 2E6LA 4HTLA 2QKKA 1ZXOA 1NJIO 1TVRA 1CXUA 3VEVA 3AVKA 5LY3A 3CFPA 3HI0A 3OVNA 5BRDA 4FWRA 3G4SN 1Q9YA 1F21A 3AA4A 2E2QA 1EXQA 3ZX0A 2P9PA 3LWLA 2FXUA 3ULEB 3THWA 1S72N 4FXDA 4I2PA 1QTMA 4KFBA 5AJ3K 2HBJA 3SUQA 5C2DA 3MN7A 4DV4K 4WCEL 5J2QA 4JEPA 1Q82O 1SZ2A 3OYDA 3ZSVA 3CCJN 1BDGA 1LOTB 2F96A 3KD5E 1KCFA 3OYBA 2UUCK 4JRQA 4FJLA 3LANA 1K8AO 3E9LA 1LW0A 2NZTA 3T19A 4KKOA 4OO1J 2P5OA 1YAGA 4CGDA 4DTJA 1SQKA 4MLEA 3V1OA 4E19A 2A6AA 4FJHA 3R6MA 4C23A 3VQAA 4PKHA 3RR8A 4C8OA 3L6QA 4FCYA 1HYVA 1QZ5A 2E2PA 4CZLA 2O8BB 1RT4A 4I2QA 2PYLA 3VEOA 4JKHA 2KZZA 3FGUA 5GAGP 1VQNN 3RTVA 4KH6A 3FZHA 2IS3A 4V19S 3PSIA 1I39A 4B9UA 1BO5O 1EP4A 4CGIA 2AJQA 4DTPA 4JHDA 4DTMA 3B6OA 1Z05A 3CC4N 2D0OA 4QAGA 4E89A 2IVNA 4WQ5C 1T44A 1QQCA 1ZYQA 1TUUA 2HBLA 2AP1A 1KAZA 3R8EA 4YOVA 1U49A 1NJWA 4M3XA 4DSLA 1OVYA 3D0PA 3NE6A 2HBMA 2GUIA 4CIFA 1RILA 4B1WB 3AVCA 2YNHA 3C6AA 3KIOA 4J8FA 5EU7A 4FM0A 1L3SA 5KQDA 5GADP 4FPAA 5BPMA 3QDKA 3M8PA 5HP1A 2ZJRL 2A1RA 4OLAA 3TSUA 4CD1A 3LDOA 5CR4A 4W5RA 4H5NA 4ILJA 4FWKA 1YHQN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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