4CI6A

Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by yopo
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase/structural protein
source organism Yersinia enterocolitica
publication title Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN
total genus 114
structure length 358
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ci6A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4ci6A03
3HTVA 1EQYA 2FSJA 4QS7A 3DAWA 2F9WA 3GBTA 1GLBG 3O1BA 3AAPA 4IXCA 3BP8A 2QXLA 2YJEA 4O5FA 4CBUA 3QBXA 5AQIA 3UKUB 4BRQA 2NRHA 2J4RA 3CI5A 2D0PA 1K8KB 5EVZA 3H46O 1BU6O 3OHRA 2YHYA 4ISFA 4XH5A 1H1VA 1WUAA 2NZTA 3VF4A 2V7ZA 1ZBSA 1HX1A 2QWRA 3VEVA 5E84A 3LDPA 3O6WA 1YAGA 3AAQA 3D2EA 2FSNA 4BRMA 5LJVA 3FE1A 1GLJO 3KHYA 3LM2A 4A61A 3VOVA 4BR7A 1XUPO 3CJCA 4BC5A 3LDOA 4BR2A 4K43A 4CZFA 2ZGYA 2DPNA 1BOTO 2GWKA 3ZX3A 4EHTA 2ZGZA 2P9UB 3DXKB 2YHXA 3VEZA 1J6ZA 3B8AX 3UKUA 2HF4A 2Q0UA 3ZX2A 1NGIA 5FPEA 1Y64A 3QMLA 5KQ8A 1BA1A 4BRCA 1XQSC 5AR0A 3VGMA 1GLEG 2QWOA 3FZMA 4JHDA 5AQNA 4B1UB 4H5RA 3A8YA 3QB0A 4CZJA 1TYQB 4FWLA 5BRHA 5BREA 4FWRA 4FPBA 2ITMA 2I7PA 2ASOA 3ZETB 1RDWX 3SJHA 4BR9A 3W3DA 4BROA 4M7XA 5AQOA 4WQ4A 3HBTA 3EN9A 1NGBA 5AQYA 1BG3A 3CETA 3ZEUA 3ULEB 5JICA 1YUWA 2Q31A 1GLAG 3CJ1A 4FWQA 4JD2A 2I7NA 1LOTB 5EOYA 1SZ2A 4EHUA 3FZHA 3SLCA 1SAZA 1X3MA 3ENOA 5AZJA 3P4IA 4H0TB 3ZETA 4A2BA 2KHOA 4FWOA 4HTLA 4L3QA 2P9SA 3F9MA 3JS6A 3H1VX 2Q2RA 1JCFA 4M63C 4IJAA 1QQMA 4EAHD 2P9IB 3GL1A 4CZKA 2IVPA 4PL7A 3HI0A 3QBWA 3BEXA 3C7NB 3SMSA 3UE5A 4BQLA 1V4TA 5BPNA 3A5MC 4CD1A 4K42A 4B1ZA 4E1JA 3CQXA 4H0VB 2W41A 2FF3B 3CJ9A 4BVPA 3A0IX 4FOIA 3VENA 3WQTA 5BRFA 2QWPA 1E4GT 5FPNA 1BWFO 4FOEA 1ZXOA 3ZX0A 4RTFD 4BRLA 2FSKA 2NLXA 1XC3A 3C7NA 1MA9B 2A3ZA 4QS9A 5LJWA 3A5LC 4FSVA 2VCPA 5KPZA 1OKJA 5KQDA 4BRGA 2HMPA 1MDUB 1NGCA 4HWIA 2D4WA 4ISGA 1NM1A 4PKIA 1NGAA 3MN6A 4Y0WA 4Z94A 4PKGA 2P9PA 5FPMA 3UKRB 3FR0A 4O8KA 4IWVA 4WQ5C 2YCHA 1GLFO 1NGFA 2E2NA 5AQUA 4QS8A 3TU5A 3FZLA 3M3ZA 3L6QA 4PL8A 4BC2A 2BTFA 1ESVA 5BRDA 2CH5A 3FZKA 1SQKA 4GNIA 4JHDB 2V52B 2QWLA 1LCUA 4DHYA 1IJJA 3MDQA 2A5XA 4CD3A 3S41A 3VESA 2IVNA 2CGLA 3UKRA 3CQYA 4K41A 4FPAA 4K25A 4FWNA 4CZEA 5AQZA 5JMVA 5BPMA 4XH4A 3MCPA 1HJOA 2P9KA 4H03B 3CJBA 4JAXA 3RSEA 4MO5A 3ZEUB 4CZIA 3I33A 4DCHA 3JXUA 3O8MA 4FWPA 3QFPA 1ATRA 3FZFA 2E2OA 4JD2B 3I8BA 3LDLA 5AQMA 3IUCA 2VWBA 4FWKA 2P9NA 3W0LA 3WUHA 5ADXA 5JLFA 5B8HA 5AZJB 5AZIB 1JCGA 2EWSA 3QDKA 1BUPA 2FXUA 3M6GA 4BR5A 4BR0A 4BRNA 5AQHA 3EO3A 2P9SB 4B1XB 2IVOA 2WUSA 4RWTA 2V7YA 2OANA 3MN7A 3VEYA 1TUUA 5KPRA 1C0GA 2AP1A 3CERA 1NLVA 3O4WA 4BC3A 3DXMA 5BR9A 1GLCG 1KAYA 2CGKA 2HOEA 3IMXA 2GELA 3CHWA 3U4LA 5AQFA 5AZIA 4H5TA 4CBWA 5BPLA 2YHWA 4F9OA 3G25A 5I9EB 2Q97A 4PKHA 2HF3A 5ADXH 4BRPA 2CH6A 3MN5A 4H5WA 3MK6A 3KVGA 1QQNA 3J8AA 4YDUC 5AQLA 1U2VA 3MN9A 2A41A 1BA0A 1T6CA 4B9QA 2GEMA 1P8ZA 4B1VA 2D1KA 1Q18A 1V4SA 1HUXA 1YXQA 1HLUA 2P9PB 1RFQA 4XH1A 5TKYA 3R9PA 3U9DA 3SK3A 4EFHA 2QWNA 3A5OC 1C0FA 2E2QA 4WYBA 3HZ6A 3BF3A 4H0PA 4H5VA 4CZHA 4BGBA 3GDQA 5E26A 3EKUA 1HKCA 4NB4A 3VEOA 1KXPA 3WQUA 4BC4A 4AM6A 4GY2B 4H0YB 5AQRA 2CGJA 3H1QA 4KBOA 4H5NA 3D2FA 3U8XA 1GLLO 1NBWA 3ATUA 1X3NA 3GOIA 2E88A 3O1WA 2FLOA 3VEXA 2W40A 3VGKA 1T44A 2ZF5O 2UYTA 2QM1A 2P9KB 2QWQA 3ENHA 4ISEA 5AQQA 1TUYA 5F0XA 1QZ5A 3DWLA 3RSEB 5AQKA 4JN4A 4WQ5A 5F1XA 1WOQA 1MWKA 3FFKB 1NGHA 3VF6A 5F2RA 2E1ZA 1G99A 3WXJA 4IJNA 2A6AA 2P9NB 1KAZA 1RGIA 4IO8A 4BRKA 3D7EO 4JNEA 4A2AA 4MLEA 3H3NO 1E4FT 2AA4A 3H6EA 1ZC6A 1QHAA 3WXLA 3WEEB 3R6MA 5EXWA 3QICA 4C23A 4A62A 2D0OA 2Q1NA 5ELZA 3R8EA 1BO5O 4BQZA 2GWJA 1NGGA 3H45C 1GLDG 1HPMA 4CJ7A 1NGJA 3MMVA 3DXMB 3C0BA 3VGLA 4CI6A 3IDHA 3CJ7A 3AY9A 2ASMA 3DJCA 3FLCO 3WXKA 5AFUA 4AM7A 1CZAN 1NWKA 2ASPA 4BG9A 3A5NC 3HM8A 3HSCA 3VF2A 1ATSA 3WEEA 1K8KA 5KPTA 2V51B 1IG8A 3KZBA 4EIAA 4BRFA 5AQVA 2H3GX 4CBXA 2P9LB 4NO7A 4DQ8A 3IFRA 1QQOA 1U2VB 3L0QA 1S3XA 4CZLA 4FL9A 4FWSA 4BGAA 3VPZA 5AQSA 1D4XA 2E8AA 2PBDA 3L4IA 4WQ4C 4I6MB 1S22A 4MLHA 2BUPA 1R59O 1BDGA 5AQTA 1DKGD 3U9ZA 2P9UA 3WXIA 1DGKN 3DXKA 3FGUA 4H0XB 3GG4A 3WT0A 2Q0RA 2F9TA 3LM9A 2A42A 1NMDA 1MWMA 5AFUH 1T6DA 1ATNA 4BREA 3O80A 4DB3A 5AQXA 4BVOA 2GUPA 2P9LA 5AQJA 1KAXA 3UB5A 3M1FA 3GE1A 4BR4A 5LY3A 4J8FA 1Z6RA 1TYQA 2E20A 5BN9A 1Z05A 4XEIA 1NGDA 4BRAA 1JCEA 2QW9A 3D2FB 4YDUA 5AQWA 3VEWA 4I6MA 2VYPA 3EKSA 2PAVA 3QFUA 2E1YA 1QZ6A 3LL3A 3VERA 4BRIA 5JLHA 4BRDA 5AQPA 2YI1A 2QWMA 3BUZB 3CJAA 5AQGA 3ID8A 2Q36A 1HKBA 3CIPA 3ATVA 2ZWHA 4CZGA 4CZMA 1NGEA 3ULEA 3LDNA 3LDQA 3H3OB 3BF1A 2FF6A 4FO0A 4RCHA 1U6ZA 4BRHA 3EL2A 3TPQA 2IIRA 3SMPA 2GTDA 4B1YB 4FWMA 2E2PA 5EX5A 1DEJA 4IZ9A 3O08A 4BG8A 5FPDA 3EZWA 2YJFA 4H0OA 3AARA 3O5BA 1X9JA 5BN8A 5CE3A 2P9IA 1YVNA 4M7YA 4B1WB 2A40A 3VETA 4LC9B 3D2EB 5EY4A 4MO4A 1HKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOYA 3WXMB 2YNFA 2JLEA 3PSFA 1EETA 1GLBG 1FK9A 3RRGA 1KC8O 2QXLA 4CJ5A 2YJEA 3O9TA 4CHOA 2RN2A 3UKUB 2NRHA 4CK3A 4OLAA 1NG9A 3K9KA 4CJFA 3CPEA 1ZBSA 3BZCA 5GAEP 3AA5X 2UXBK 3OBYA 3LDPA 3NF9A 3O6WA 3D2EA 3R3LA 3LWLA 1LWFA 3KHYA 4FJ9A 3JYTA 2YV0X 5CR4A 3M8RA 4JI6K 3DRPA 5TKWA 1BOTO 2GWKA 3ZX3A 4EHTA 1X1PA 2P9UB 3K59A 3DXKB 3VEZA 1LAVA 2HF4A 2Q0UA 2G8UA 4PHTX 2LSNA 3QINA 5AR0A 1GLEG 2QWOA 4B1UB 2RPIA 4CZJA 1HNWK 2B4JA 1RDCA 1JL1A 4HUEA 4FWRA 1JLBA 1A5VA 2ITMA 4OX9K 2ASOA 1KVCA 3ZETB 4JK8A 5M1OA 3EYZA 1S9EA 3IS9A 2O8EB 4M7XA 5AQOA 3O9SA 3HBTA 2A1SA 1NGBA 5HP1A 2NUBA 4QCLA 3ULEB 4RW4A 5M1QA 1BCMA 3SAGA 2I7NA 2O8DA 4EHUA 3ENOA 4IEEA 4J2DA 3QEVA 3P4IA 3K58A 1BGXT 2D0AA 1RDAA 1Y97A 3CCLN 3I0SA 3DI6A 4I2QA 3OA9A 4L3QA 1TKZA 3H1VX 2Q2RA 3SUQA 3KTQA 3THVA 5M1KA 1X9SA 1ZBLA 1SKWA 3SUNA 5KGXA 3Q7CA 3BEXA 3KK1A 4DTMA 4BQLA 2VQFK 2JWLA 3EY1A 5BPNA 3G6EN 1RT4A 1XMQK 3V1QA 4M3TA 4E1JA 1VSEA 1E3MA 2XY8A 1RTJA 3CFPA 3VENA 4NCAA 4JLHA 4FJXA 4BEBA 1BWFO 2HHUA 1ZXOA 3ZX0A 4DU1A 2NLXA 3C7NA 4Z0UA 4QS9A 5LJWA 3HOTA 2VCPA 3TR8A 1YF5L 1B9FA 3TSPA 2HMPA 4I2PA 5J2PA 4HWIA 4ISGA 4Y0WA 4CEEA 4PKGA 3ZT1A 4KTWA 3O4QA 4IWVA 2KFZA 5AQUA 1GOCA 5SZTA 3M3ZA 4BDZA 4PL8A 3THYA 3KKSA 2G8KA 1X9MA 4JHDB 4FVMA 5A2QO 4E3SA 3ISNC 4A57A 4DHYA 4CJEA 1IJJA 2VQEK 3G0ZA 4CD3A 2QA4N 3VESA 2IVNA 2DTUA 3QEWA 3UKRA 5AQZA 4B9NA 5HRSA 4IFVA 1WSJA 3TAMA 1UA1A 3CJBA 3OTOK 1J5EK 3VQAA 1IBKK 4JKGA 3TAFA 3I8BA 3LDLA 2P1JA 3IUCA 1C6VA 1VAZA 5B8HA 4K8XA 4FW2A 1JCGA 3OYHA 4BRNA 4FZXC 2NRXA 1RT2A 3CG7A 1JLFA 2BH1A 2P9SB 3L2UA 3EZ5A 3SUOA 2FBTA 1HNIA 2V7YA 2YX6A 2G8HA 2OANA 1YT3A 3SBGA 1NKBA 2E6LA 2F7TA 4OLBA 3VEYA 2Z1JA 2WOMA 2KW4A 2D5RA 5KPRA 1N5YA 1NLVA 4HVJA 4DKWA 4K0KK 3DXMA 1NK0A 3E66A 4OJRA 2HOEA 1A5WA 4TSXA 2IS3A 2GELA 3U4LA 2HVHA 3BY5A 3OW2M 1N36K 4NLBA 2YHWA 3G25A 5I9EB 1EP4A 3MAQA 1W0HA 4FLVA 2W42A 4N5SA 3V9SA 1U4BA 1QE1A 4DSEA 3M8SA 3MK6A 4YORA 5C2FA 3CC2N 3E1YA 3DOLA 3QERA 2GBZA 1QQNA 4YDUC 4CK2A 2HHQA 1RBSA 3V4IA 4N76A 1VQKN 2KZMA 3LDSA 4LY7A 3G71N 2JGUA 4HCBA 4KI6A 4B1VA 1LWCA 3HK2A 1YTAA 1HUXA 4KKOA 4XH1A 3R9PA 4GVEA 4UQGA 2QWNA 1ZBHA 2E2QA 3T1AA 2OZSA 3EEQA 4BGBA 5E26A 2HNZA 3P31A 3KK7A 3WQUA 4BC4A 4OKKA 1TGOA 4GY2B 4H0YB 4JKFA 1MU2A 1NBWA 4J2BA 4Z4GA 3GOIA 4KV8A 2FLOA 3VEXA 3N4PA 1KLNA 1Z26A 4DQSA 1YITN 1T44A 3DM2A 3TAPA 3HPGA 2ZF5O 2PYJA 3ENHA 4ISEA 4DV6K 2IC3A 5AQKA 4A5BA 5F1XA 1FKPA 4DMNA 4O0JA 5F2RA 4CJLA 4OPJA 3DLKA 1B9DA 3PIOL 4DV2K 4LH4A 3VQQA 3MEDA 3H3NO 4YY3K 4FZYA 2HBLA 3SQ1A 3WXLA 3SAHA 3WEEB 2G8VA 4KHWA 4RW7A 2HBMA 4IFEA 5EXWA 3CCRN 3R1XA 4C23A 3SAFA 5ELZA 4M3WA 3PSIA 3NFAA 1NGGA 3H45C 4DV0K 5C2DA 1HPMA 1JL2A 3KLGA 4PUOA 3CJ7A 1NU0A 4B9UA 4AM7A 4AH9A 2HVIA 3KWIA 4CF1A 2GX9A 4DG1A 3AVCA 4NYNA 4AHRA 2WC9A 1O1WA 3RRHA 4R5PA 1K73O 4J2AA 2NRTA 3C95A 3NVMA 4M3RA 3OYMA 4O5BA 3IFRA 4DWIA 1ZYQA 1YIJN 1S3XA 2X78A 4LF4K 4OKJA 4GV6A 5AQSA 1D4XA 4DS5A 1OH8A 2E8AA 3L4IA 4YOUA 4WQ4C 4Z4FA 3OYDA 1S72N 1VQ4N 4BY9C 1XWLA 2G8IA 1R59O 2ETJA 3T1HK 1DKGD 5GINA 1ASVA 3WXIA 3FGUA 4DU3A 3WT0A 4JKDA 1C1BA 4JRQA 2A42A 5BR8K 1JLAA 5AFUH 1ATNA 4O0IA 4BR4A 2P9LA 5AQJA 3THWA 1VSLA 3ITHA 3DLEA 4J8FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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