4EAHD

Crystal structure of the formin homology 2 domain of fmnl3 bound to actin
Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
368
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHR
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)TI2 (69-72)AH2 (79-92)AH4 (137-145)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)S3 (29-32)TIV1 (37-52)S4 (35-38)S6 (65-68)AH1 (56-61)TI3 (97-100)TII1 (61-64)TII2 (108-111)TIV4 (72-75)TIV3 (71-74)TIV5 (76-79)TIV6 (92-95)TI4 (98-101)S7 (103-107)AH12 (338-348)AH3 (113-127)AH9 (275-284)S8 (131-136)TIV7 (165-168)S9 (150-155)3H1 (264-267)TI5 (156-159)S10 (160-166)S11 (169-170)S13 (238-241)TIV8 (172-175)TVIII3 (171-174)AH5 (182-195)S12 (176-178)TI6 (233-236)AH7 (223-228)AH6 (205-216)TIV9 (202-205)AH10 (290-295)S15 (296-300)TIV10 (234-237)S14 (247-250)AH8 (252-262)TII3 (306-309)3H2 (287-289)AH11 (309-320)3H3 (302-304)TI7 (322-325)S16 (328-330)3H4 (335-337)S2 (16-21)S5 (53-54)TVIII4 (220-223)TVIII5 (229-232)TI8 (332-335)TI9 (349-352)3H5 (353-355)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Protein binding
source organism Mus musculus
publication title FMNL3 FH2-actin structure gives insight into formin-mediated actin nucleation and elongation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 104
structure length 356
sequence length 368
chains with identical sequence F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4eahD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4eahD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4eahD03
3BF3A 3A0IX 2V7YA 3LL3A 4BREA 4BC5A 2QM1A 3DAWA 4XEIA 5CE3A 4WQ4A 3WUHA 3U8XA 1H1VA 2Q0RA 1TYQB 1RDWX 3DXMA 3M1FA 4I6MA 3O6WA 1NBWA 5AQMA 2A5XA 4MO5A 2FSKA 5BRDA 4BRDA 2ZWHA 1GLLO 1X3NA 2IIRA 4NB4A 5LY3A 3LDNA 4PL8A 1R59O 5JLFA 5AQXA 1KAZA 3U9ZA 1DEJA 1GLBG 4CJ7A 5AQNA 4FWRA 3H3OB 3I8BA 1ATRA 3FGUA 5AZIA 3VENA 3ZX0A 4EIAA 3LM2A 2KHOA 1ZBSA 3VOVA 1NMDA 1MA9B 3KVGA 1HKGA 4B1YB 1HX1A 4F9OA 2FF6A 1BWFO 4B1ZA 4JHDB 4CZGA 3QFPA 4BR7A 4QS8A 3H6EA 4JAXA 4H5RA 4K42A 3CJ1A 2Q31A 4H5VA 2E88A 5AQSA 5AR0A 2V52B 4BRLA 2OANA 4WQ5C 2CGLA 4ISGA 5AQLA 3L0QA 3H1VX 2P9UA 1QQMA 3O8MA 3MN5A 2GTDA 2QWQA 4B1VA 3LM9A 2GUPA 3ID8A 3A5OC 4IJAA 4MO4A 3CJ9A 4A2BA 3R8EA 1SZ2A 4ISFA 3H46O 1LOTB 1Y64A 3H45C 4CZIA 4BRIA 1Z05A 3M3ZA 3F9MA 4EHTA 3AY9A 3O08A 1U2VA 4CI6A 3MCPA 1X9JA 4BC2A 3MN9A 4A62A 4H03B 2P9NB 5EVZA 3VGLA 4BRQA 1NGJA 3HBTA 4HTLA 3D2FB 4BGAA 2YHYA 1NGHA 1QQNA 5ELZA 4BRGA 4K25A 1C0FA 4BVOA 1RGIA 1YXQA 2P9PA 3H3NO 4BR9A 1NM1A 2YJEA 3SMSA 3IUCA 2E2QA 4PKIA 3SLCA 2IVPA 3C7NB 2QWRA 2DPNA 4WYBA 1T44A 1NWKA 1SAZA 3WEEA 3RSEB 3ZEUB 5BPLA 5FPNA 3SK3A 3CIPA 4XH1A 4PKGA 4QS9A 1HJOA 2IVOA 4BR4A 4BROA 1WUAA 3VF4A 4CBWA 3D2EA 3D7EO 3CQXA 3JXUA 2P9LA 2P9SB 4FPBA 1ATSA 1NLVA 3WQUA 1V4SA 1BUPA 3CETA 2E2OA 3GL1A 3QMLA 2Q1NA 4GNIA 3BP8A 3S41A 1JCEA 2VYPA 4CZFA 3QDKA 2P9KA 1LCUA 3O80A 4BG8A 1KXPA 2P9IB 3O1WA 5F0XA 4FWMA 2ITMA 2D1KA 3FE1A 5AQKA 1ATNA 4A2AA 3CQYA 1YUWA 2A41A 3EN9A 5AQQA 3MMVA 3CJAA 1GLAG 3BF1A 4EFHA 4H0OA 3ATUA 3VETA 1QZ6A 2QWLA 4CBUA 1K8KB 4Z94A 5AZJB 2HF4A 4BQZA 2YI1A 4RCHA 1BOTO 4M7XA 4B1UB 1T6DA 4PKHA 3ULEB 3HTVA 3VERA 4M7YA 3A8YA 3GOIA 2QXLA 3TPQA 1HUXA 3MDQA 3VEXA 3GBTA 2H3GX 3CJ7A 3VF2A 3QB0A 3ZETA 3LDLA 2YHXA 4Y0WA 5JLHA 2AA4A 1P8ZA 2UYTA 3CJCA 3W0LA 5LJVA 5AQIA 5BN9A 2A6AA 3UE5A 5EOYA 3EZWA 3UKRB 2D0OA 4CD1A 5BR9A 2E1ZA 2J4RA 3FLCO 3IDHA 4JD2A 4QS7A 2ZGZA 3VEOA 1YAGA 2Q97A 4E1JA 3WXJA 3WT0A 4FWSA 2WUSA 4WQ4C 5AQUA 2W41A 3DXKA 4FOEA 4IJNA 1NGFA 4CD3A 3DXMB 1HPMA 4I6MB 3WXKA 4BRPA 3O1BA 1NGCA 1JCFA 4K43A 5BPMA 3EL2A 4IXCA 3DWLA 4DB3A 5AQOA 1KAXA 1E4GT 2E1YA 3DJCA 3VESA 4YDUA 3UKUA 1CZAN 2A40A 1BO5O 3ZX2A 3WXLA 4KBOA 3J8AA 1J6ZA 5EXWA 3R6MA 5FPMA 4FSVA 4JNEA 5AZIB 2CH5A 1Q18A 5AQGA 5KQDA 2FLOA 5E26A 4H5NA 4K41A 2D4WA 1BU6O 5FPDA 1IG8A 3O4WA 4B9QA 3FZKA 3EKUA 2D0PA 1QZ5A 1T6CA 4NO7A 2FXUA 2CH6A 1BA0A 2QWOA 1KAYA 1C0GA 1TYQA 2Q2RA 4ISEA 4IWVA 3BEXA 5JICA 2GELA 1XC3A 4BRMA 3FZLA 4FPAA 2V51B 4FWPA 3HM8A 1YVNA 4BRCA 3QICA 3VGMA 2P9UB 2E20A 1ZC6A 4BG9A 4B1WB 4BR0A 2CGJA 3H1QA 4LC9B 2EWSA 3MN7A 3U9DA 3CERA 3QBWA 2GWJA 3FFKB 1XQSC 5LJWA 4CZMA 5BRFA 1SQKA 1GLFO 4JN4A 2IVNA 2QWPA 3ATVA 3LDQA 1ESVA 1D4XA 5AQYA 4IZ9A 2ZF5O 3UB5A 4H5WA 4BRKA 2E8AA 4C23A 1TUUA 1U2VB 3KHYA 1NGIA 2NLXA 3A5NC 5ADXH 1ZXOA 1MWKA 3FZFA 1X3MA 3MN6A 3VF6A 2BUPA 3A5LC 4PL7A 4CZLA 2E2PA 3B8AX 4EHUA 1BG3A 5KPRA 5AQWA 4BRHA 3HSCA 3M6GA 4L3QA 4WQ5A 5AFUH 5AQTA 1MWMA 2NRHA 1U6ZA 2E2NA 3U4LA 1OKJA 2P9PB 3MK6A 5AQZA 3WXIA 3HI0A 3I33A 3WQTA 1HKCA 4BRFA 4B1XB 2Q36A 1NGEA 3OHRA 4FWLA 1GLCG 2HF3A 5EX5A 4FWOA 4AM6A 2YCHA 1IJJA 3WEEB 4XH4A 2CGKA 1GLDG 3O5BA 2A42A 2AP1A 3VPZA 4RTFD 4BQLA 4CZJA 3HZ6A 1NGAA 1G99A 4H0XB 3L6QA 4BRAA 3D2EB 2Q0UA 4BRNA 2P9NA 4DHYA 5KQ8A 2P9LB 1Z6RA 4CZEA 3QFUA 3D2FA 5F2RA 4DCHA 4RWTA 2GWKA 1GLEG 4BC3A 1DKGD 3FR0A 3R9PA 4XH5A 3VGKA 3ENOA 3EO3A 3EKSA 3BUZB 2P9KB 1NGGA 3C7NA 1S3XA 2I7PA 2I7NA 3W3DA 5BREA 3RSEA 3ZEUA 1HLUA 1RFQA 1WOQA 4J8FA 4DQ8A 5AQPA 3VEVA 4CZHA 5KPTA 4BVPA 3TU5A 2P9SA 1NGDA 2FSNA 4IO8A 3L4IA 2QWNA 2VWBA 2ASPA 3CI5A 3GDQA 4CZKA 2QWMA 1S22A 2HOEA 4BGBA 2F9WA 5F1XA 4H0TB 5KPZA 2F9TA 4GY2B 2W40A 5E84A 5TKYA 2PAVA 4A61A 3AAQA 3FZMA 1XUPO 2GEMA 2P9IA 3IMXA 3LDPA 3LDOA 4FWQA 3P4IA 3G25A 5AQJA 3ZETB 3VEZA 5AQHA 2YHWA 1V4TA 3ENHA 4HWIA 5I9EB 5B8HA 4H5TA 3JS6A 2BTFA 4CBXA 3QBXA 4MLHA 2QW9A 2ASMA 2ZGYA 5AQRA 4AM7A 3VEWA 1GLJO 4FL9A 3A5MC 4H0VB 1K8KA 5AZJA 5BPNA 4FOIA 4JD2B 2ASOA 1JCGA 2NZTA 5BN8A 5ADXA 4EAHD 2FF3B 3ULEA 1NGBA 4MLEA 1HKBA 4FWNA 4FWKA 5AQVA 1QQOA 3KZBA 3DXKB 4M63C 5AFUA 5FPEA 2A3ZA 2YJFA 4FO0A 2HMPA 4BR5A 3IFRA 3FZHA 3SMPA 3CJBA 3GE1A 3VEYA 4JHDA 1TUYA 3AAPA 2FSJA 4O5FA 4BR2A 1BA1A 5AQFA 5EY4A 1BDGA 4YDUC 1QHAA 3SJHA 3UKUB 3AARA 4O8KA 3GG4A 3UKRA 4BC4A 1EQYA 4H0YB 1MDUB 2V7ZA 1DGKN 2PBDA 2VCPA 3C0BA 4H0PA 5BRHA 1E4FT 5JMVA 3ZX3A 3CHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9SA 3LL3A 4BREA 3D45A 2QM1A 3KWIA 1IKVA 4IDKA 5CE3A 3HYFA 2VGNA 3WUHA 4FLZA 4CK2A 4HHTA 1UOCA 1M1KO 3M1FA 4M3ZA 3O6WA 5GIPA 3S3NA 3SCXA 3LAKA 4YY3K 2FSKA 3I8DA 3ZT0A 4BRDA 2NRVA 3J80O 1NK7A 5LY3A 3V6DA 4CGDA 3NGYA 2OA8A 3ZYYX 4ILHA 1KLMA 4CJ7A 5MLCQ 4EIAA 3I8BA 1ATRA 1NNEA 2OPPA 3EEQA 3G10A 3HXMA 4F9OA 4CZGA 4BDZA 4K42A 3HPGA 4H5VA 1N33K 4BRLA 1VSKA 4CGFA 5AQLA 2DY4A 1RT2A 3MN5A 2IC3A 3TABA 4DU3A 5J2QA 3QETA 4N5SA 3EY1A 3T1AA 3THWA 2JGUA 3HPHA 2ATQA 4ISFA 4IO9L 1X1PA 3OYMA 4ID1A 3DRSA 4CZIA 2QKBA 4BRIA 3LP3A 4FJ5A 3ZSQA 1CZBA 4QCLA 4CJTA 4CI6A 3MXMA 4MFBA 4CERA 3MN9A 3SYZA 1XWLA 2OPQA 4FJNA 5C10A 3C94A 1N36K 2P9NB 5EVZA 3L2QA 3VGLA 4Y1DA 3OYIA 4FK4A 5HOOA 4BRGA 4BVOA 4O55A 3CC7N 1IBKK 1NK4A 3T3FA 4BR9A 1XI1A 2YJEA 3SMSA 2EHGA 4PKIA 3VQ7A 3BZCA 3SLCA 4EZ9A 4JI6K 3ZSOA 1RT4A 3THVA 4CJPA 5FPNA 4BE2A 4H4MA 5J2PA 3PX0A 1HJOA 2IVOA 1REVA 4BROA 3VF4A 1NMNA 4CBWA 3J81O 1T3VA 5IWAK 3OTOK 3DM2A 2P9LA 1S9EA 3O3GA 2F7TA 4FPBA 2XO7A 1IBMK 4BECA 3NMUA 4B9MA 3PLAA 3CETA 4WFBL 2FC0A 4IFYA 4DSIA 4NXNK 4GNIA 1X9SA 4JLHA 1C0UA 3S41A 4M3UA 2VYPA 5GINA 2P9KA 4BG8A 1KXPA 4WCEL 1U48A 2P9IB 2ZJQL 5F0XA 2ITMA 2D1KA 5AQKA 4A2AA 1D9DA 3OYEA 3CQYA 1RDAA 1YUWA 3NH1A 1RT3A 2GX9A 4EFHA 1UWBA 4E89A 1VSFA 4H0OA 3ATUA 3NF6A 3VETA 1HNWK 3V4IA 1RBTA 3KLHA 1YI2N 5AZJB 3NH0A 1UAXA 4JI2K 2YI1A 2XY8A 4M7XA 4B1UB 4FM1A 1TK5A 3HTVA 3SPYA 3VERA 1VSLA 4M7YA 3A8YA 1WSHA 3TAPA 4DF8A 1BL3A 3E66A 1XNRK 4GV6A 3LPUA 4V19S 2YNFA 4B08A 1HUXA 3HO1A 3TAEA 4Y0WA 1QSLA 5JLHA 2AA4A 1P8ZA 3CJCA 3C95A 1TKDA 5LJVA 2A6AA 2HSTA 5EOYA 4O0JA 3UKRB 3CM5A 3CM6A 1I3AA 2J4RA 3VMFB 1WBBA 2IAJA 3B6PA 2KLAA 5J2MA 4KB1A 4BWJA 2ITGA 5AQUA 3DXKA 4FOEA 1W2BM 3CXCM 4I6MB 3LZIA 1JCFA 5BPMA 4CIGA 1KAXA 3VESA 4IOCL 3T1YK 3RRGA 4KHNA 3UKUA 1YT3A 3OYGA 3DRRA 4CF8A 2HHWA 3OYNA 1Q82O 1J6ZA 4DV2K 1KC8O 4CHOA 3TSQA 5AQGA 4H5NA 1NOYA 2ZJPL 2RHKA 1T05A 3V81A 2D0PA 1QZ5A 1T6CA 4NO7A 2CH6A 1RBRA 1YIJN 2UXDK 1F21A 2O8EA 1KAYA 4DQQA 5DK5A 5JICA 3FZLA 4HCCA 3HM8A 3QO9A 3QICA 4DSKA 2E20A 1ZC6A 1HYSA 2CGJA 1L3SA 3KKSA 4ILJA 3TSUA 4JKFA 3SQ0A 1N6QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3V9S A;  3LL3 A;  4BRE A;  3D45 A;  2QM1 A;  3KWI A;  1IKV A;  4IDK A;  5CE3 A;  3HYF A;  2VGN A;  3WUH A;  4FLZ A;  4CK2 A;  4HHT A;  1UOC A;  1M1K O;  3M1F A;  4M3Z A;  3O6W A;  5GIP A;  3S3N A;  3SCX A;  3LAK A;  4YY3 K;  2FSK A;  3I8D A;  3ZT0 A;  4BRD A;  2NRV A;  3J80 O;  1NK7 A;  5LY3 A;  3V6D A;  4CGD A;  3NGY A;  2OA8 A;  3ZYY X;  4ILH A;  1KLM A;  4CJ7 A;  5MLC Q;  4EIA A;  3I8B A;  1ATR A;  1NNE A;  2OPP A;  3EEQ A;  3G10 A;  3HXM A;  4F9O A;  4CZG A;  4BDZ A;  4K42 A;  3HPG A;  4H5V A;  1N33 K;  4BRL A;  1VSK A;  4CGF A;  5AQL A;  2DY4 A;  1RT2 A;  3MN5 A;  2IC3 A;  3TAB A;  4DU3 A;  5J2Q A;  3QET A;  4N5S A;  3EY1 A;  3T1A A;  3THW A;  2JGU A;  3HPH A;  2ATQ A;  4ISF A;  4IO9 L;  1X1P A;  3OYM A;  4ID1 A;  3DRS A;  4CZI A;  2QKB A;  4BRI A;  3LP3 A;  4FJ5 A;  3ZSQ A;  1CZB A;  4QCL A;  4CJT A;  4CI6 A;  3MXM A;  4MFB A;  4CER A;  3MN9 A;  3SYZ A;  1XWL A;  2OPQ A;  4FJN A;  5C10 A;  3C94 A;  1N36 K;  2P9N B;  5EVZ A;  3L2Q A;  3VGL A;  4Y1D A;  3OYI A;  4FK4 A;  5HOO A;  4BRG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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