4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Gene regulation
molecule keywords Actin-related protein 8
publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
5AQIA 3W0LA 3KVGA 1GLBG 2Q31A 4XEIA 3A5OC 4CZGA 2GTDA 1T6DA 3VEXA 2IVPA 3ZX0A 3IFRA 4FWNA 4BG8A 2FXUA 5KPRA 3FZFA 5BRHA 1WUAA 3EKUA 4DHYA 3ID8A 4K41A 5FPEA 3QMLA 4JD2A 3O4WA 3M3ZA 1QQNA 1NGEA 1X3MA 5LJVA 1X9JA 3CJ7A 2YHWA 2J4RA 2GWJA 3AAQA 3CI5A 3FFKB 2E2OA 2A6AA 2DPNA 3DAWA 2QWOA 1TUUA 5JLFA 2AP1A 3F9MA 4BRQA 3DXMB 5AZIA 2W41A 3I8BA 4K43A 2QXLA 3C7NA 1V4TA 3M6GA 2YI1A 1BUPA 4ISFA 3MMVA 1GLLO 3MDQA 2IIRA 3ULEA 3VETA 4GNIA 2P9NB 4CBUA 4BRNA 3W3DA 1MDUB 2I7PA 3CHWA 3VF4A 2A3ZA 3M1FA 4H0PA 3UKRB 4ISEA 4JAXA 2D1KA 1MWKA 4NB4A 4DQ8A 1ATRA 1BG3A 1NGBA 3HTVA 4BG9A 2A40A 3FZLA 5LJWA 3HSCA 3VEVA 1TYQB 1BWFO 4Y0WA 3WEEA 4PKGA 4BGBA 4FWKA 3ZETA 2NLXA 2Q1NA 3A0IX 4J8FA 1DKGD 1HJOA 5AZJA 2Q2RA 2Q0UA 4A62A 1DEJA 3EO3A 1ZBSA 4PKHA 3A5NC 2F9WA 2A41A 1U2VB 2IVNA 4CZFA 1T6CA 3MK6A 4BRIA 2P9IB 3UKUA 4CZEA 3GL1A 3QBXA 4BVPA 4CD1A 3JS6A 4B1ZA 4IWVA 3LDQA 4AM6A 2AA4A 4CJ7A 2P9UA 4M63C 4BC4A 2CGJA 2NRHA 1ZXOA 2QWQA 5BRFA 4H0TB 1J6ZA 5AQTA 2D4WA 5TKYA 5AQYA 5BPLA 3D2FB 1HKCA 2FSJA 3HI0A 1T44A 2A5XA 3HBTA 4WQ5C 4MO5A 5BN8A 3ZEUA 1SQKA 2E2PA 4BR9A 3HZ6A 3BP8A 3O6WA 1YAGA 3D2EB 1NWKA 4H0VB 2QWPA 3VGKA 4BROA 5EVZA 5AQWA 4QS8A 3RSEB 2HOEA 1LOTB 3ZX2A 4EHTA 3VF6A 3UE5A 2QWLA 1ATSA 1NGJA 2CH5A 2QWRA 3FR0A 2E20A 2QWNA 3DJCA 4EAHD 5ADXA 3VENA 1MA9B 5KPTA 1TUYA 3WXKA 5AQHA 3TPQA 5BREA 4FWRA 4H5NA 4B9QA 4C23A 2FF6A 4M7YA 1XUPO 4I6MB 4BRHA 3R9PA 4BRMA 3LDOA 2Q97A 4H5WA 3CQYA 4O8KA 4H5VA 1IG8A 4BVOA 5EX5A 5AQUA 1IJJA 3CETA 5JICA 1NGAA 3BF1A 2ASOA 3QFPA 4IJAA 2ITMA 3FE1A 1GLDG 4BRFA 1C0GA 1ZC6A 2HF3A 4CZKA 3DXKB 3EL2A 4YDUC 1JCEA 4BR2A 3AARA 3P4IA 5AQPA 5E84A 4FOIA 4XH5A 1HKGA 3O1BA 2BUPA 4CZJA 3VERA 5BPMA 1RFQA 3QDKA 2QWMA 4XH1A 1QZ6A 5AZIB 5I9EB 3EKSA 4FWOA 2ZGZA 3WXLA 4BRKA 1ESVA 3ULEB 5AQZA 1HX1A 2IVOA 3IUCA 3H45C 3FZMA 4E1JA 1LCUA 1P8ZA 4Z94A 4FWQA 4IO8A 3GE1A 3G25A 3DXMA 3VEWA 1NGDA 4ISGA 2V7ZA 3DWLA 4DCHA 4BQZA 2PAVA 4WQ4C 2P9LB 2H3GX 1S3XA 1XC3A 3OHRA 4CZIA 4RTFD 1E4GT 5AQVA 3SMPA 3TU5A 5KQ8A 5AZJB 5BR9A 2EWSA 1GLEG 2WUSA 1HUXA 1BOTO 1WOQA 5AQFA 4JHDB 3O1WA 1DGKN 3O80A 3BUZB 1NLVA 3L6QA 3O08A 3AAPA 4FO0A 2Q36A 5JLHA 5JMVA 1C0FA 3SJHA 2W40A 4EIAA 3O8MA 3JXUA 3BEXA 1GLCG 1RGIA 4H0OA 1NMDA 2GEMA 3IDHA 3ZX3A 2VCPA 4GY2B 5BPNA 3CIPA 4IJNA 3LM2A 3I33A 1EQYA 3VPZA 4BR0A 5KQDA 1U2VA 3D7EO 4H5RA 1QQOA 4BREA 3WUHA 2VYPA 3AY9A 3H3OB 2FLOA 4RCHA 5LY3A 5ELZA 2V7YA 3BF3A 2YJEA 3A5MC 3FGUA 1KXPA 3A8YA 2PBDA 5CE3A 4FWLA 3J8AA 4O5FA 3VGLA 1KAXA 2NZTA 5AQRA 5AFUH 1SZ2A 2FF3B 1E4FT 1D4XA 3LDLA 4YDUA 3WQTA 3ENHA 3H3NO 1HLUA 2P9PB 4PKIA 1NGFA 3D2FA 2UYTA 3VOVA 3VESA 4A61A 4EHUA 4JNEA 5FPMA 4H0XB 3U8XA 4CZHA 1NGCA 1NBWA 2CH6A 1Q18A 2CGLA 2P9KB 4MO4A 3D2EA 2V52B 3FZKA 2P9SA 2E1YA 3CQXA 3QBWA 2FSKA 3QICA 4H5TA 3KZBA 5AQGA 1K8KB 4CI6A 1GLAG 3SMSA 3FZHA 3B8AX 2OANA 3U4LA 4A2BA 2HF4A 3WT0A 1V4SA 4HWIA 2D0PA 4EFHA 1BA0A 1MWMA 3CJAA 3LDPA 4L3QA 2ZWHA 4B1VA 4WQ4A 1G99A 1Z05A 4BR4A 4BRPA 4F9OA 3VGMA 4B1UB 4FSVA 2YHYA 5F2RA 5AQKA 5E26A 3CJCA 3GG4A 2YCHA 3LM9A 4JD2B 4FWSA 4I6MA 5EY4A 2VWBA 4CZLA 1KAZA 4LC9B 4K25A 4RWTA 3C7NB 1QHAA 3MN5A 5KPZA 4A2AA 3GBTA 1OKJA 5AQOA 5AQNA 3DXKA 3EN9A 1JCFA 3A5LC 4BRAA 3KHYA 1NM1A 1GLJO 1NGGA 2YHXA 3IMXA 1Z6RA 4CBWA 4IZ9A 2QW9A 5B8HA 4PL7A 4H03B 4B1YB 2ZF5O 5AQSA 1Y64A 3QB0A 3SLCA 4BRCA 1KAYA 3WQUA 1YVNA 4WQ5A 2P9NA 3VEYA 5FPNA 3WEEB 3ZETB 4BRGA 1RDWX 2E2QA 2ZGYA 4BC2A 2QM1A 3UKRA 4PL8A 5F0XA 1HKBA 1ATNA 1R59O 1X3NA 4CZMA 1XQSC 4IXCA 1CZAN 1BDGA 3CJBA 5AQLA 4B1WB 4DB3A 3SK3A 2D0OA 1TYQA 3MCPA 4FPAA 2F9TA 2GELA 5EOYA 3CJ9A 2P9LA 3UB5A 3R8EA 1BO5O 3L0QA 3UKUB 2V51B 3H6EA 3L4IA 5AQJA 3GOIA 3FLCO 4JHDA 2ASMA 3WXIA 3MN9A 3ENOA 4H0YB 3H1VX 4BR5A 3GDQA 2E8AA 3C0BA 4QS7A 5AR0A 2FSNA 2P9UB 3ATVA 3EZWA 4FPBA 3LL3A 2E1ZA 4XH4A 3VEOA 4FL9A 4KBOA 1QQMA 2P9IA 3H1QA 4CBXA 4BGAA 5BN9A 4WYBA 3ZEUB 1GLFO 2YJFA 1YUWA 4FOEA 4M7XA 1JCGA 1NGIA 2BTFA 3MN6A 4BC3A 5ADXH 3QFUA 5EXWA 5BRDA 3WXJA 4NO7A 1BA1A 2E88A 4BQLA 3CJ1A 4AM7A 4K42A 5AQQA 3S41A 1YXQA 4BRLA 4JN4A 4MLEA 2GUPA 1U6ZA 4BC5A 2HMPA 3LDNA 3O5BA 2ASPA 3HM8A 2KHOA 4BRDA 3R6MA 5AQMA 1HPMA 2E2NA 1SAZA 5AQXA 4FWMA 2GWKA 2P9SB 2I7NA 4FWPA 3VEZA 2P9PA 4CD3A 3RSEA 3VF2A 1NGHA 5FPDA 4BR7A 2Q0RA 3CERA 3U9DA 1S22A 1BU6O 3H46O 2A42A 3ATUA 4HTLA 2P9KA 4B1XB 3U9ZA 5AFUA 3MN7A 1H1VA 1QZ5A 2CGKA 4QS9A 5F1XA 1K8KA 4MLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRTA 3DOLA 5DM7L 1B92A 1OVQA 1HMVA 4E0DA 4FJLA 1WNSA 3HL8A 4HCBA 2GTDA 2JWLA 1L5UA 3ZX0A 3ASMA 4MDBA 1IKYA 4DHYA 3RMCA 4IG3A 3KWGA 3RTVA 4B3RK 4KHYA 5FPEA 3VQPA 2KZMA 3LZJA 1X3MA 3CJ7A 1FK9A 2YHWA 2J4RA 2GWJA 5C2FA 3SPZA 1QSLA 1YT3A 2VWJA 3AO3A 2QXLA 3C7NA 2D0BA 2VGNA 1BUPA 1XNRK 2HHQA 3MDQA 4Z0UA 3L2QA 3VETA 4CERA 3MXIA 1NKEA 2UUCK 1RDAA 4HUGA 3SYZA 3L8BA 2DY4A 3BY5A 4AHTA 2P5OA 3NH2A 2D1KA 3ITHA 4DQ8A 1NK6A 1RBUA 3CM5A 3OYKA 2A40A 3QNOA 3VEVA 2VG5A 1VSIA 4DLEA 1VRUA 3AA3A 3THYB 2D5RA 1HJOA 3ZSZA 2NRVA 1ZBSA 4M42A 5EU7A 4DU1A 3CFOA 3EE8A 2W00A 3DLHA 3MK6A 4DTPA 3CD6N 3HVRA 4JI0K 4ID1A 4B3OA 1FJGK 4CHYA 1FKPA 5BR8K 3JS6A 2HHVA 3PO4A 4B9MA 3HP9A 4X65K 1VQPN 1TKZA 1S1UA 4BC4A 3S5TA 1J5EK 2NRHA 5BRFA 4H0TB 1J6ZA 4C8LA 5TKYA 3V9XA 2P1JA 5AQYA 5BPLA 2O8BA 4NXNK 2RPIA 5CYQA 3J7YP 4WQ5C 4FZXC 4MO5A 5BN8A 1BL3A 1VSHA 3CMAN 1C1AA 3O6WA 1YAGA 3HXMA 1UAXA 4KPYA 3KTQA 4H0VB 4AH9A 3VGKA 3NVKA 4QS8A 3RSEB 3CYGA 3UE5A 3THXB 2BGGA 4C8NA 4Q0BA 3RMBA 1VQ4N 1I94K 3M8RA 5GAEP 3OJSA 4H8KA 2FF6A 3LP0A 3ZSYA 1NK9A 2VG7A 5JS2A 2D0CA 4BRHA 3SV4A 3I0SA 4BRMA 4U67L 4DU3A 3ZT0A 5J2PA 2O8CB 5AQUA 1VQLN 1NGAA 3DRSA 1VQMN 2ITMA 3LDSA 4BRFA 4CF8A 4WFAL 2NRXA 1ZC6A 3KK3A 3DLGA 4CGFA 3PX0A 2UU9K 3KKRA 4XH5A 1HKGA 3O1BA 3NH0A 2BUPA 4KTQA 1C0TA 2BANA 2QTDA 4IDKA 4JLHA 5BPMA 3QDKA 2QWMA 2IDOA 3AVGA 4JKAA 4Q5VA 4FJHA 3G6EN 2ZGZA 4IEIA 4BEBA 4BRKA 4CJ3A 2O4IA 3JSMA 3RMAA 1RT4A 3ULEB 3T1HK 1HX1A 3QIPA 4E1JA 4IO9L 3GE1A 3CCEN 3DXMA 4OLBA 4YOUA 1IV0A 1ZBUA 1B9DA 4YY3K 2V7ZA 3ZCMA 5J2QA 4CGDA 1IO2A 2PAVA 1HQUA 3G10A 3O9RA 4PUOA 4CESA 4IOCL 1CZ9A 4LF5K 3SMPA 3TU5A 3OYEA 4DTOA 2WUSA 4B3TK 1WOQA 1BOTO 1DGKN 3BUZB 4DFMA 2XY6A 4FO0A 2KKZA 5JMVA 3LANA 1CLQA 3O3GA 2DFEA 3JXUA 4B9NA 3BGRA 1NMDA 2VCPA 1J54A 4GY2B 5BPNA 4JS4A 3LM2A 3VPZA 2Z1HA 1L3TA 1C1BA 3LP3A 1E3MA 4RW4A 2V7YA 3BF3A 3HT3A 4BDPA 4FWLA 4CVNE 2NRRA 4E7LA 5AFUH 1I39A 4XIUA 4M3YA 4DTMA 1JLBA 4KO0A 4OKKA 3H3NO 4HUEA 1HLUA 1HYVA 2XHBA 2PFUA 3VESA 4A61A 4EHUA 4H0XB 3U8XA 4ID5A 4CZHA 3SUPA 4JKEA 3HYFA 2JLEA 4R79A 4FJMA 2CH6A 1Q18A 4KH6A 1OVYA 2Y1JA 1VQ5N 2P9SA 2W6KA 4TSXA 2YKNA 3QBWA 1XHZA 3QICA 4KHUA 3KZBA 3K5MA 1FW6A 3K57A 3TAMA 5HRNA 4M41A 2OANA 4A2BA 5FROA 4DSIA 2HF4A 3DLRA 1YJNN 2UXDK 1BA0A 1MWMA 4L3QA 3DRPA 4DSFA 2ZWHA 3VQQA 1Z05A 4F9OA 3VGMA 3OYMA 4DUYK 3CCLN 3VQAA 4GW6A 3GG4A 2RKIA 3P39A 2BE2A 1G15A 5EY4A 1KCFA 2HHWA 4FXDA 4JV5K 4JI7K 2NRWA 1C0MA 4FJ8A 3C7NB 4JRQA 3MN5A 1XHXA 3VQ9A 4DR5K 4A2AA 5AQNA 3TAEA 4JEPA 4WFBL 4GV3A 4BRAA 1GOBA 2YHXA 1GLJO 3IMXA 3G4SN 1BGXT 3O9SA 4CJLA 3P5JA 5B8HA 1IG9A 4B1YB 4FVUA 2ZF5O 3TTDA 3CPEA 3KLHA 3QB0A 1N8RO 1EO1A 3K59A 2O8EB 2BH1A 5HROA 2QK9A 4BRGA 1RDDA 3TTFA 3VA0A 1FKOA 4OGCA 4E72A 1HKBA 1EX4A 1XQSC 4CHNA 1U4BA 1CZAN 3DOKA 3HJFA 5AQLA 2HVHA 4M3ZA 1NKCA 4F3TA 5C24A 1YVUA 2P9LA 3UB5A 4KI4A 3CPWM 1S1XA 3ZYYX 2GUIA 1JL1A 4CJPA 2ZJQL 3V9WA 3GOIA 1T3VA 1KSPA 3T7ZA 2RN2A 4BR5A 4MDAA 3HVTA 3E9PA 1XNQK 3THVA 3LL3A 4XH4A 4KBOA 4I2PA 1QQMA 3K9JA 2O8BB 4FJNA 3V1QA 2XY7A 3V1OA 4A59A 4BGAA 4CJEA 5KTQA 4B3MK 4Z4IA 4YFUA 1HNVA 1VRTA 4OKJA 1JCGA 3QNNA 2BTFA 3MN6A 5ADXH 3SAGA 3WXJA 4X62K 2OTLN 2OPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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