4GY2B

Crystal structure of apo-ia-actin complex
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Arginine ADP-ribosylation mechanism based on structural snapshots of iota-toxin and actin complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin/structural protein
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords Iota toxin component Ia
total genus 115
structure length 360
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gy2B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gy2B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gy2B03
5AQIA 3W3DA 3D7EO 1NBWA 3OHRA 4XEIA 4CJ7A 1YVNA 5AZJB 2P9LA 3O5BA 1SQKA 2Q97A 3A5MC 1DEJA 2IVNA 4FWNA 3U8XA 4A2BA 4CZLA 4H5VA 1T6CA 3IMXA 3ZX2A 5E26A 3CERA 1IG8A 4JN4A 4FPAA 4BQZA 1WOQA 1BA1A 2P9UA 3CI5A 3VERA 3JXUA 1NGHA 4CZKA 1RDWX 4A62A 3CQXA 2Q0RA 2P9SB 3LDNA 1T6DA 3ZETB 2ZF5O 4B1WB 3VGLA 3WEEA 2QXLA 3FGUA 2P9PB 4ISEA 4IXCA 3LL3A 4QS8A 3O4WA 4YDUC 2AA4A 4WQ4C 3VF2A 4BRGA 1QQNA 2YI1A 4CZFA 3MN5A 4MO5A 4K42A 3QFPA 5BRFA 1ZBSA 4BR7A 2J4RA 3ENHA 2D4WA 2Q1NA 2YHYA 4CD3A 5BN8A 2W41A 5EY4A 1BG3A 2YJFA 1S22A 1XC3A 2QWOA 3L4IA 4FOEA 4RTFD 1MWMA 2ASOA 3L6QA 3VF6A 4BR5A 1HUXA 4BR0A 2UYTA 3O1BA 2GELA 3CJ7A 5BRDA 4BRNA 5AZJA 4M63C 5AQYA 5LY3A 4ISFA 1HKBA 1CZAN 4H0YB 2E2QA 3J8AA 3VEYA 4DCHA 2CGLA 3BUZB 1ESVA 2A40A 2GEMA 3FZHA 3A8YA 4IWVA 5BREA 2E1YA 3O08A 1ATRA 2QWQA 4A61A 3A5OC 4FOIA 2HF4A 1NGEA 4CZEA 5AFUH 1ATNA 1BO5O 3MN7A 3EL2A 4IZ9A 4B1VA 2P9SA 1NGGA 3VENA 3ZETA 3ZEUB 2FF6A 2QWMA 1KAZA 1HKCA 3JS6A 5AFUA 3HBTA 4DB3A 3VEVA 3A5LC 1NGFA 4BROA 2Q31A 4LC9B 4DQ8A 3A5NC 3VEXA 5EXWA 3ZX3A 1WUAA 2QWNA 3S41A 3WQUA 5E84A 1D4XA 3HTVA 2W40A 3MK6A 4CD1A 2QWRA 3MN9A 2FF3B 1NLVA 2VCPA 2HOEA 1QQOA 1RFQA 1KXPA 4M7YA 3MN6A 1NGAA 3AAPA 3R9PA 3BF1A 3AARA 5BRHA 2IIRA 2E1ZA 3D2EB 3ZX0A 1IJJA 1K8KA 4XH5A 2WUSA 1R59O 3EZWA 3LDLA 3LM2A 5AQFA 3BP8A 4BR4A 2E2OA 1V4SA 4DHYA 4CZMA 5KPZA 1TYQB 3I8BA 2P9IB 5AQSA 1YAGA 4JD2B 1C0GA 2A5XA 4BVOA 3FLCO 5F0XA 2F9WA 4J8FA 3D2FA 3R6MA 4BQLA 3WXLA 5BPLA 4Z94A 3WUHA 4H0XB 3CJAA 3HZ6A 3SLCA 4FPBA 3VESA 4BRLA 2V52B 3AAQA 4BRDA 3UE5A 2ASPA 2ZGYA 5JLFA 4IJNA 1LOTB 5ADXA 1C0FA 2AP1A 5FPDA 4GNIA 4H5RA 3EN9A 4FWLA 2QWPA 4I6MB 3GG4A 3CJBA 3ENOA 2PAVA 4FWKA 4H5WA 4AM7A 3DXKB 5FPNA 2HF3A 3VETA 4B1XB 3U4LA 5AQLA 3FZMA 3UKRB 3A0IX 3QICA 1DKGD 4CI6A 4BREA 1GLFO 3C7NB 4BRPA 3QBXA 2NRHA 2A6AA 2IVPA 3D2EA 2CGKA 2KHOA 4F9OA 4FWOA 3M3ZA 4H0PA 5AQGA 4WQ5A 3R8EA 2GWJA 4E1JA 2QWLA 3IFRA 2YJEA 1QQMA 2CH6A 3O6WA 1DGKN 1G99A 1X3NA 1YUWA 1OKJA 3ATVA 2OANA 5AQVA 3ULEB 3DXMB 3BF3A 1TYQA 4H5NA 3W0LA 4PKHA 4JD2A 1HPMA 4JHDB 4XH1A 5F2RA 4H0VB 1GLDG 3RSEB 3FR0A 5EOYA 3IDHA 1EQYA 1HLUA 3WQTA 4CBUA 4BRMA 1QZ5A 1HKGA 4CZHA 1TUYA 1NMDA 4HTLA 4O8KA 4RWTA 1HX1A 2FSNA 2P9KB 4MLHA 3M6GA 4FWMA 4BGAA 2ASMA 5F1XA 1MWKA 4GY2B 3ID8A 1SAZA 3VEOA 5BPMA 4PL7A 4WYBA 2P9LB 3TPQA 5AQHA 4WQ5C 4PKIA 2P9PA 5EX5A 4CZGA 4I6MA 5AQKA 3EKSA 4EHTA 4BC2A 2GTDA 3TU5A 1NGCA 4FWSA 3O1WA 2GWKA 5KPRA 3UKRA 1U6ZA 4BVPA 3LDOA 3QB0A 4MO4A 3CHWA 3C7NA 5FPEA 3AY9A 4FWQA 4CZJA 1MDUB 4IJAA 1JCEA 1NWKA 2FXUA 3L0QA 4BRKA 2Q0UA 5AQTA 1GLJO 2D1KA 3BEXA 4BC4A 3ULEA 5TKYA 4A2AA 3DXMA 2YHXA 3MDQA 4JHDA 3WXIA 3CJ1A 3RSEA 5LJVA 5LJWA 1U2VB 2P9NB 1NGDA 2ZWHA 3EKUA 4BG8A 3B8AX 2VYPA 4PKGA 2BUPA 3VGMA 3WXKA 1QZ6A 3SMSA 3U9DA 2E2NA 3VEZA 1E4GT 1RGIA 2V51B 4JNEA 5AQQA 2DPNA 4H03B 2CGJA 5JICA 2ITMA 4H0OA 3H3NO 1V4TA 4XH4A 3P4IA 3QDKA 4B1ZA 3HI0A 2P9KA 1Y64A 2BTFA 3H1QA 4BR9A 5ADXH 4BRHA 3VGKA 3LDQA 3UKUB 3ZEUA 1NM1A 3VEWA 3VOVA 3CJCA 4B1UB 3G25A 3IUCA 3C0BA 1JCFA 5ELZA 4PL8A 5CE3A 3FZFA 4QS7A 1NGIA 2QM1A 2YHWA 1GLLO 5AQJA 4AM6A 1LCUA 1BA0A 3KVGA 3I33A 3CQYA 2IVOA 4NO7A 1BU6O 3GBTA 2Q2RA 3M1FA 1E4FT 5BR9A 1Z05A 1GLEG 2FSJA 3KHYA 3QFUA 5AQRA 4BGBA 5AQNA 4BG9A 4BR2A 2ZGZA 3LM9A 2V7ZA 3WXJA 1BDGA 3EO3A 2FLOA 1T44A 2H3GX 3H6EA 1GLBG 1X9JA 2VWBA 4RCHA 2FSKA 3DJCA 1JCGA 1P8ZA 1XQSC 5AQOA 2NZTA 3MMVA 3WT0A 4EIAA 4FWRA 4CBWA 3FE1A 4FL9A 1H1VA 1U2VA 2P9NA 2YCHA 2P9IA 2GUPA 4H5TA 2D0PA 4CBXA 2A42A 4FSVA 3QMLA 5AZIB 1XUPO 5AQMA 1ZXOA 4EAHD 4QS9A 1MA9B 4MLEA 5B8HA 3GDQA 2E20A 2F9TA 4Y0WA 3UKUA 3U9ZA 1K8KB 2I7NA 3MCPA 2E8AA 4IO8A 3FFKB 3GL1A 5JMVA 5BN9A 3SMPA 3CETA 4H0TB 1ZC6A 3DAWA 4KBOA 5AQWA 4FO0A 1HJOA 3LDPA 3O8MA 4M7XA 5AQUA 1QHAA 2E2PA 3CIPA 4BRIA 4JAXA 5EVZA 5FPMA 5AQZA 2CH5A 5AQPA 4BC3A 3H1VX 2A41A 4BRAA 4CZIA 3D2FB 3DXKA 5AQXA 1J6ZA 3DWLA 1KAYA 2E88A 1YXQA 4K41A 1NGBA 1ATSA 5BPNA 3GOIA 3VPZA 2I7PA 2A3ZA 2EWSA 5JLHA 2P9UB 1Z6RA 3FZLA 1X3MA 1KAXA 4K43A 1NGJA 4EHUA 3O80A 3KZBA 1BWFO 5KQ8A 4B1YB 3H3OB 3WEEB 1SZ2A 1TUUA 3H46O 4K25A 4C23A 5KPTA 1Q18A 4NB4A 3SK3A 3UB5A 3SJHA 4B9QA 4FWPA 4BC5A 2V7YA 1GLCG 3CJ9A 3GE1A 4HWIA 5AZIA 2D0OA 2HMPA 3QBWA 4BRCA 3VF4A 2Q36A 1GLAG 5AR0A 4BRQA 4O5FA 3FZKA 3H45C 1S3XA 3HM8A 2NLXA 4BRFA 4EFHA 2QW9A 3HSCA 5I9EB 1BOTO 2PBDA 4ISGA 1BUPA 5KQDA 3ATUA 4YDUA 4L3QA 4WQ4A 3F9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT4A 4CF1A 4FJJA 5GAGP 1NBWA 4OPHA 4CJSA 4CJ7A 3JSMA 2FBYA 3CMAN 3M8PA 1ZYQA 4CZLA 3OYBA 1T6CA 3K9JA 4DKWA 2E4LA 3ZX2A 4JS5A 5E26A 4YOYA 4DQQA 3KK3A 2KFZA 4FPAA 3THXB 1OH6A 1RBSA 1BA1A 4IDHA 3OYAA 3UIQA 4J2DA 3CCRN 1IKXA 1YHQN 2P9SB 1T6DA 3EY1A 3VGLA 2UUCK 4KO0A 2KLAA 3VMFB 3WEEA 3CCEN 4DTOA 2HBLA 4DR3K 3O4WA 4E7JA 3S3MA 1BI4B 2AA4A 1QQNA 5SWMA 2YI1A 3MN5A 4CK2A 5BRFA 3NGIA 1ZBSA 2E6LA 4BR7A 1Q86O 4IDKA 1XMQK 2YHYA 1U04A 5BN8A 5C2DA 4Q5VA 2KKZA 2W41A 3OVNA 3CCSN 3J80O 4CERA 1RTJA 2ZQBA 2YJFA 3MAQA 4FOEA 1IKYA 4CJFA 2ASOA 3L6QA 4OPJA 4DV0K 1BCMA 1HUXA 2UYTA 1YF5L 1NK0A 4B9SA 4BRNA 4FCYA 3L3UA 3HRGA 4FK0A 3VEYA 2CGLA 3BUZB 4DSIA 2GUIA 1OVQA 3NBPA 2HMIA 3FZHA 4IWVA 2E1YA 3A5OC 4FJ5A 2HF4A 4PQUA 3OTOK 4DQPA 4FJ8A 4KH4A 4C8NA 1K73O 3VQEA 4CJ5A 4JK7A 1GOBA 2F96A 3MN7A 4B1VA 1LAWA 1YJ9N 3VENA 3ZETA 2OZMA 1UA0A 3JS6A 4G9ZA 3HBTA 3KTQA 2Q31A 4FZXC 4H4OA 2HHTA 1ASWA 4M3UA 4DQ8A 4OKEA 4W5QA 2DFHA 3OYMA 5EXWA 3CC2N 4RW8A 2O8EA 3S41A 4WE1A 3HT3A 2A1RA 4FZZA 1SL1A 3MK6A 4JI5K 1E3MA 2NRWA 1QQOA 4KREA 1KXPA 2HHVA 1NGAA 3AAPA 3HVTA 4CFDA 5BRHA 4N47A 1VSEA 3OYGA 2E1ZA 1VQMN 1IJJA 3IG1A 1K8KA 3LPUA 1WSGA 1A5WA 1N34K 3QESA 3EZWA 3LAKA 1W2BM 2QEXN 4BR4A 3AO5A 4IKFA 1D9FA 1T05A 4KHSA 1C0GA 1VRUA 5GADP 4E7HA 4J8FA 1X9WA 3D2FA 3R6MA 3KLFA 3WXLA 5BPLA 2O8BB 4Z94A 2NRZA 4RW7A 4H0XB 2V52B 4W5TA 4JS4A 4GV3A 4FJGA 3K2PA 2P5GA 1VRTA 3C6AA 1J54A 1IKWA 4JI6K 5ADXA 1C0FA 1HNIA 4GNIA 4HHTA 4FWLA 3DLEA 3TI0A 4JI2K 5LL6Z 5KRTA 4CF8A 1I94K 3CJBA 3ENOA 4FWKA 4H5WA 4AM7A 1KSPA 5KGXA 1IKVA 5AQLA 4M3YA 3QICA 4CGHA 1X9SA 2NRHA 3D2EA 4F9OA 4FWOA 4DTNA 3NF7A 2P1JA 1QQMA 1RDAA 1X3NA 2FBTA 3TAEA 1Q7YO 1B9FA 4KI6A 4FJLA 4LF4K 4DS5A 4CHNA 3DXMB 1I3AA 1NOYA 1TYQA 3HPGA 2C1GA 2LSNA 1QE1A 3TTCA 3C65A 1QSSA 4LD0A 4XJXA 4CBUA 5JVGL 3ISNC 3ZSRA 4CGDA 4OGCA 4O8KA 4AHRA 4I2PA 2BE2A 4AHSA 5C25A 3M6GA 3R3LA 4E3SA 4BGAA 4BECA 2DFEA 2ASMA 1XI1A 4DV1K 5BPMA 3OS0A 4WQ5C 4CZGA 1S6QA 4X65K 4DV2K 1LWEA 1NGCA 3CCMN 1RBRA 3U3GA 1KFSA 4C8LA 3O1WA 1QS4A 5KPRA 4OPAA 1TK0A 1U6ZA 2HW3A 3TAFA 3SZ2A 4B9LA 4FWQA 4I7FA 4O0JA 1YJNN 4JYAK 1CLQA 4HCCA 4Y1CA 3L0QA 4BRKA 4BY9C 1ZBUA 5C10A 3NGYA 1N36K 3ULEA 1OH8A 1RDCA 1JLFA 3HO1A 2YHXA 4RW9A 3NVMA 3CCJN 1RTIA 3MDQA 2NRXA 4JHDA 3WXIA 4LF9K 4Q0BA 3VQ4A 3RSEA 4HVJA 1NGDA 3B8AX 2HHUA 2NNWA 3AV9A 2VQEK 2XO7A 3CMEN 3TAQA 5HL7L 5AQQA 4H03B 2CGJA 5JICA 2ZJRL 2ITMA 4XH4A 3T1HK 1Y64A 4BR9A 3IKMA 4BRHA 1WSEA 4KHUA 1YI2N 1Q82O 3HP6A 4FLTA 2EX3A 3CJCA 3AA2A 2KZZA 1EXQA 3RRHA 5ELZA 1NOZA 5CE3A 3HOSA 4DUYK 4E19A 3OS2A 1CXQA 3K5OA 4AM6A 4NLCA 1XNQK 1LW0A 5GINA 4DTMA 3CQYA 2IVOA 4JKCA 3ZT2A 3F73A 1SKSA 2Q2RA 4FJMA 1D9DA 1X1PA 2G8FA 4BEBA 3SYZA 3KHYA 3QFUA 3K5LA 3PX0A 4BGBA 2ZD1A 4BR2A 3LM9A 4KB1A 2V7ZA 3EO3A 3OYNA 4JI1K 2VWBA 4RCHA 1TL3A 2F8SA 3MXJA 4R5PA 3T1AA 2RPIA 2NZTA 3MMVA 3WT0A 1HNWK 4N76A 4CW7B 4FWRA 3VQDA 3KLHA 3KD1E 1JLEA 4FL9A 3RR8A 4Z4CA 3DLRA 1IO2A 1RDUA 4DF4A 1RILA 3QMLA 4F2RA 1XUPO 2UXBK 3MX2A 1N6QA 5HBMA 2IAJA 1MA9B 2YNGA 1C1CA 2JWKA 3ZT3A 5B8HA 3GDQA 3UKUA 1NK5A 4IO8A 4CEDA 2KW4A 4H0TB 2O8DB 3DAWA 5AQWA 3G4SN 4OPKA 4FO0A 3SCXA 3LDPA 5AQUA 1QHAA 2F4VK 2DTUA 2FBVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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