4I6MB

Structure of arp7-arp9-snf2(hsa)-rtt102 subcomplex of swi/snf chromatin remodeler.
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
437
structure length
396
Chain Sequence
PFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an actin-related subcomplex of the SWI/SNF chromatin remodeler.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 7
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 115
structure length 396
sequence length 437
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB01
3.90.640.60 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4i6mB03
4BRAA 1CZAN 2FF3B 1V4SA 4E1JA 2DPNA 4CJ7A 2E2QA 4FWOA 3ZETB 4CZLA 2YJFA 1RGIA 4F9OA 1ATSA 3MN6A 3O5BA 4CZKA 4HTLA 1S3XA 4QS7A 1KAYA 1HKBA 1NGEA 2Q2RA 4Y0WA 5EX5A 3WXKA 3ZX3A 4A62A 2V52B 3H3OB 4PKGA 1BUPA 2ZWHA 4FL9A 4FPBA 4H0PA 3O6WA 1NMDA 3H6EA 2AA4A 4ISFA 1MA9B 4Z94A 1YXQA 4RCHA 5LJWA 1T6DA 3ZX0A 3H1QA 3WXLA 3QB0A 5AQHA 1QQOA 2V7YA 3EKUA 4H0YB 4MLEA 4FSVA 4IZ9A 5AQZA 4O5FA 4CZHA 1ATRA 3ENHA 1WOQA 3WXJA 2Q97A 2IVNA 4BR0A 1S22A 3IDHA 1ATNA 5E84A 1YAGA 1C0GA 5FPEA 3LDLA 3UKRA 4EAHD 3F9MA 3EL2A 2PAVA 5EXWA 4CBXA 1GLLO 4FWNA 3UKRB 4MO4A 4PL8A 3ZX2A 2Q36A 3OHRA 3WT0A 2E20A 5JLFA 5AQGA 4JN4A 1D4XA 4BG9A 5BPMA 1QZ6A 1V4TA 4RWTA 1GLDG 1NBWA 3L6QA 1BG3A 4JHDB 5AQSA 1IG8A 4BVOA 4BRKA 2CGJA 1ZC6A 3WUHA 3M6GA 3IMXA 2P9IA 2GTDA 2F9TA 2QWRA 3O08A 3FE1A 3QBWA 5ADXA 4H0TB 4FWKA 3ZEUA 3W3DA 5AQPA 2QWNA 1K8KA 3C7NA 4IJAA 2BUPA 4BREA 2A40A 1ESVA 4DQ8A 2J4RA 2PBDA 4BVPA 4H5VA 4B1ZA 4FWSA 4CBWA 3CJ9A 4FOEA 2Q0RA 5KPZA 2UYTA 3C7NB 3WEEA 3IUCA 3CETA 4BRNA 5KQDA 2W41A 3U9DA 3D2FA 2WUSA 3FZMA 4XH4A 2HF3A 4I6MA 3U8XA 1RDWX 4BGBA 3VGMA 3WQUA 5F1XA 3D2FB 2QWLA 3LL3A 4I6MB 2H3GX 4BC3A 1QQNA 1SQKA 4BRIA 5AZJA 1E4FT 5AZIA 3HI0A 1BA0A 3R9PA 2HOEA 1KXPA 2A3ZA 1TUYA 3VEOA 3A5MC 2E1YA 2E8AA 1LCUA 3A5OC 1T6CA 3O8MA 3QBXA 3BF1A 3MN5A 4A2AA 5AQIA 3A0IX 2P9LA 4CZFA 1YUWA 4B1YB 3VEZA 3ULEA 2P9NA 4AM7A 4CZMA 3MMVA 1HKCA 3R8EA 3I33A 4EHUA 3ENOA 4WQ4A 3VEYA 4CD1A 5I9EB 3SMSA 1HLUA 3H1VX 3JS6A 4BG8A 3GE1A 2NRHA 4AM6A 5BPLA 3VOVA 2FSNA 4BR9A 1NGGA 4IO8A 1GLEG 3MN7A 4DCHA 1NM1A 4K41A 4FOIA 1KAZA 3A8YA 2IVPA 4WQ4C 5ADXH 1JCFA 1HX1A 5AQMA 1GLFO 2D4WA 2QWPA 1P8ZA 5BN8A 1Q18A 4J8FA 1Y64A 5KPTA 4H0VB 2I7NA 3H45C 1NGFA 4H5RA 3HSCA 4RTFD 3DWLA 2E2OA 4H0OA 2E2NA 2IVOA 5JICA 1ZBSA 1J6ZA 1QQMA 2GWJA 4JAXA 4FWQA 4EIAA 5AQKA 3WQTA 3JXUA 3QMLA 3AAQA 4H5WA 2A42A 4PL7A 3FZLA 1NGBA 3DXKA 4PKHA 3LM9A 4WQ5A 2HMPA 1NWKA 3VF4A 4HWIA 4BQLA 1NGJA 1QHAA 4BRLA 3M3ZA 3AAPA 3EO3A 4M63C 3HBTA 2ASOA 3DXKB 3L4IA 3DXMA 3RSEA 1NGCA 5F2RA 3VETA 1JCEA 4BRMA 1DKGD 4A2BA 3LDPA 2A41A 4BRQA 4WQ5C 3DXMB 1U6ZA 2YJEA 3VPZA 4BC5A 3UKUA 4O8KA 3L0QA 4WYBA 1E4GT 4CD3A 3VF2A 2Q31A 3CERA 3SJHA 5LJVA 4A61A 4LC9B 2P9IB 3ATVA 1NLVA 4QS8A 4EHTA 3QFUA 5AQXA 4CZEA 1Z6RA 3H3NO 3VENA 3LDQA 3I8BA 1HJOA 2GEMA 3KHYA 3ZEUB 5TKYA 3DAWA 4BRGA 1K8KB 5CE3A 4YDUA 2YCHA 3MDQA 4H03B 2VYPA 1SZ2A 1EQYA 2GELA 1DGKN 3AY9A 3WEEB 1Z05A 5KPRA 2QWMA 2YHWA 1XC3A 3O1WA 4NB4A 2E1ZA 4YDUC 1GLBG 2QWQA 1WUAA 5AQTA 4IXCA 3R6MA 4XEIA 2P9SA 4QS9A 3ATUA 3VESA 4B9QA 2V51B 3CI5A 1R59O 2I7PA 5AQNA 4M7XA 2CGKA 3B8AX 5AZJB 2FF6A 5BRDA 5AZIB 3HTVA 1OKJA 3H46O 2FSKA 1GLCG 2QW9A 3ID8A 1BO5O 5EVZA 4CZIA 4CI6A 2ZGYA 1G99A 3CJBA 3D2EA 2NZTA 3A5LC 3CQYA 4B1UB 4PKIA 1RFQA 2A5XA 2E2PA 4H5NA 2P9LB 2VWBA 3GOIA 4MLHA 1BDGA 3D2EB 1X3NA 2E88A 3CJAA 1JCGA 3CHWA 2P9NB 2HF4A 3GBTA 3ULEB 3IFRA 3ZETA 4DB3A 5AQOA 1BU6O 5AQWA 3S41A 1ZXOA 4H0XB 4BR4A 2FSJA 1MWKA 1SAZA 1MWMA 5AFUA 2F9WA 4BQZA 4FWPA 4L3QA 2P9UA 4BROA 3BF3A 3LDNA 3VGKA 1BWFO 4B1XB 3VEXA 4B1VA 4BRFA 5AQFA 3G25A 5AQQA 4FWLA 2NLXA 1LOTB 3VEWA 3O80A 3AARA 3QFPA 3FZKA 5F0XA 3UB5A 4XH5A 1H1VA 2P9UB 3D7EO 4M7YA 4NO7A 4KBOA 4DHYA 3CJCA 2YHXA 3MK6A 3M1FA 2QM1A 4BRCA 4FO0A 4EFHA 1TUUA 3VF6A 3VGLA 1C0FA 3TPQA 3W0LA 3FZHA 2P9PA 2CH6A 3U4LA 2CH5A 2P9KA 5AQUA 4CZJA 3UE5A 3EZWA 2P9PB 1U2VA 1TYQA 3EKSA 4BRPA 4BR2A 5FPMA 3U9ZA 1BOTO 3DJCA 5JLHA 2FLOA 2P9KB 3SK3A 5ELZA 1U2VB 4FWMA 1XQSC 1TYQB 3MN9A 4FPAA 2IIRA 4FWRA 2ZF5O 2QXLA 2QWOA 5LY3A 3FFKB 3RSEB 2ITMA 3HM8A 4JD2A 4IJNA 3GDQA 4BGAA 5E26A 4CBUA 1NGDA 4JHDA 2D0OA 1NGAA 2CGLA 2D0PA 4K43A 3UKUB 4JD2B 5FPDA 2YI1A 2Q0UA 2KHOA 1DEJA 2W40A 4XH1A 3FLCO 4K25A 5AQYA 3LM2A 4BR5A 1T44A 4JNEA 3HZ6A 1BA1A 3O1BA 1GLJO 3BEXA 3EN9A 3C0BA 5AQLA 1NGIA 5BRFA 2ASMA 5AQVA 5KQ8A 3MCPA 1HPMA 4MO5A 4ISGA 5AQRA 4BRDA 3SMPA 1QZ5A 3A5NC 2ASPA 2YHYA 2FXUA 3BP8A 1X9JA 5AFUH 4CZGA 4BR7A 3KZBA 1X3MA 2BTFA 3GL1A 5B8HA 5AQJA 3TU5A 1HKGA 5BPNA 2Q1NA 3CJ7A 4K42A 5JMVA 1IJJA 5AR0A 3GG4A 5BN9A 4GY2B 4BC2A 4GNIA 2A6AA 3CJ1A 1NGHA 2EWSA 3FGUA 3LDOA 2V7ZA 3FR0A 3VERA 3FZFA 2P9SB 4BC4A 4H5TA 4BRHA 4B1WB 5BREA 3O4WA 3QICA 3SLCA 3J8AA 2D1KA 1GLAG 5FPNA 5EOYA 5BRHA 2GWKA 2GUPA 2OANA 3KVGA 3P4IA 3QDKA 2VCPA 3CQXA 1YVNA 5BR9A 1MDUB 4ISEA 4IWVA 4C23A 3CIPA 1HUXA 2ZGZA 3VEVA 1XUPO 3BUZB 1KAXA 3WXIA 5EY4A 2AP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KLAA 1U48A 2FF3B 4E1JA 4OX9K 2E2QA 4BEBA 4CZLA 3AV9A 3T1YK 3DLKA 3MN6A 4B9TA 4CESA 4FM1A 1S3XA 1T05A 5LMNK 1WB9A 1RTDA 5EX5A 4C8OA 3LP0A 3G10A 4FL9A 4DKWA 4H0PA 3O6WA 4PY5A 3DLBA 3QEVA 4ISFA 4KB1A 4B9VA 4Z94A 4PA1A 2OZSA 5LJWA 3CC4N 4DU3A 2XY5A 2NRWA 3QB0A 5AQHA 2V7YA 3SJJA 1O13A 3TSQA 3THXB 3ENHA 4DU4A 3WXJA 1KVCA 4ID5A 1ATNA 3K58A 1YAGA 5FPEA 4B9MA 3UKRA 3U3YA 2OPSA 1X9SA 4JI3K 1VAZA 4OGEA 4JKGA 4LFCK 4FLXA 1EWRA 4JI8K 1GLLO 4N5SA 1ZBLA 1Y97A 4CF8A 4YY3K 4B9UA 4PL8A 5A2QO 3ZX2A 1SL0A 4JI1K 4NYFA 1D4XA 1RDBA 5BPMA 1RTIA 3VQ6A 3S3MA 3QLHA 1NK7A 3AVFA 2ZE2A 3E9OA 3AVGA 4B3SK 1VRUA 4AHRA 4DV1K 2P9IA 4YFUA 2F9TA 4CHPA 3S3OA 2O8DA 4DR2K 3I8DA 5DM7L 2XO7A 4RW4A 3QBWA 1HQUA 4ZTFA 4WFBL 4JS5A 3HPGA 2DFEA 5E41A 2ITGA 4FWKA 4CGIA 4DFMA 2OTLN 1U47A 4NCBA 4IJAA 2BUPA 3S3NA 2A40A 5T7BA 2Q3SA 3SUOA 2KFZA 1T03A 3AVHA 4CBWA 3CJ9A 4AHTA 2UYTA 3C7NB 1S6QA 3KLIA 3IUCA 2A1SA 3MCAB 3SQ1A 1X9WA 4BRNA 1CZBA 1TK8A 3D2FA 1UAXA 3FZMA 4YHHK 4IOAL 3HOSA 5CHIA 3VGMA 3HK2A 1XNRK 1FKOA 2QWLA 2HBJA 4EZ6A 3E66A 1SQKA 3V9ZA 4LY7A 4DLGA 4BRIA 4LF4K 1E4FT 4FJGA 2HOEA 1KXPA 1TUYA 4FK0A 4FLYA 1KSPA 1N5YA 5HRPA 4UQGA 2HHWA 1IO2A 3ULEA 2KZMA 4AHCA 4CZMA 1VK0A 3JYTA 3OYMA 5C10A 4JYAK 3I33A 4EHUA 3CXCM 1C6VA 3SAGA 2FBYA 1DTQA 4U67L 4WQ4A 1NKBA 3G4SN 4DSJA 3TAGA 2WOMA 5JS2A 1RDDA 3BDPA 1KVAA 4CE9A 4AM6A 1YF5L 3C6HA 1SV5A 3DI6A 1IKWA 1GLEG 4K41A 4FOIA 4MQ3A 3KK1A 3QIPA 1JCFA 4CEQA 1R0AA 3OYAA 5BN8A 5GAHP 1Q18A 3L4QA 5C24A 4E7LA 5JVHL 1NGFA 2JGUA 4W5NA 2HBMA 3LWLA 3MEEA 4KFBA 4RW8A 4M41A 4LSLA 3AVBA 3KTQA 3ZT3A 4JV5K 1VSEA 1WSEA 2GWJA 3ZSYA 4FWQA 4J2DA 2QTDA 3WQTA 4DTJA 4JEPA 4DQPA 1NWKA 3VF4A 4HWIA 4BQLA 1IBKK 3F2KA 4BRLA 3VQ7A 3MAQA 2D5RA 3MX2A 3EZ5A 3ZSRA 1VSFA 5HP1A 4WQ5C 3VPZA 5KGXA 3L0QA 1OVQA 3I55N 1YT3A 4CD3A 3VF2A 3SJHA 1Q81O 2ZJPL 3P83D 4LC9B 1RBVA 3CCMN 1TK0A 4QS8A 4RW9A 3RMAA 3QFUA 3LWMA 3LDQA 1HJOA 2GEMA 3PO4A 5TKYA 1BQNA 4DTXA 1K8KB 5CE3A 3P5JA 4FJJA 3DLEA 2RN2A 2YCHA 3SV4A 2A1RA 3MDQA 1SZ2A 1QS4A 3HRGA 3RVCA 3HP9A 2WONA 3OJUA 1DGKN 3AY9A 2QWMA 3TAMA 3V9WA 1VQ9N 4NLCA 5BR8K 1X9MA 2VWKA 3K9JA 4NB4A 3NFAA 3SZ2A 3O3GA 4FJ8A 3V1RA 2IAJA 1VQLN 4XEIA 3LP3A 1RT4A 4BECA 5AQNA 3L2VA 4XIUA 3H46O 2FSKA 3BGRA 1BO5O 1JLQA 2BH1A 4JKAA 5EVZA 3J7ZO 3D2EA 2NZTA 4CGFA 1JJ2M 3VQBA 2UU9K 3CFOA 2A5XA 1LW2A 4BE7B 3GOIA 1RNHA 1S1UA 1X3NA 3T1HK 3CJAA 1JCGA 3LZJA 2P9NB 4W5TA 5AQOA 3LPUA 2XY8A 1ZXOA 5I3UA 1MWKA 1SAZA 4J2BA 4CHOA 4FWPA 1J5EK 1HYVA 2WTUA 2HHXA 3VGKA 4B1XB 1N8RO 4BRFA 5AQFA 4KI4A 3VN5A 3VEWA 3QFPA 4B3OA 2G8KA 2NRTA 4B3RK 1WBDA 3UB5A 5GAEP 3EEQA 1D5AA 3D7EO 4DHYA 1XWLA 2KFNA 4C1NK 2G8WA 1C0FA 2VQFK 3TPQA 1YHQN 4CJSA 4CHYA 3ZSWA 4CK2A 1XMQK 4DG1A 4CHNA 1TK5A 1U2VA 1TYQA 2KW4A 4BR2A 2RE2A 3U9ZA 1NK4A 5GAGP 5JLHA 3ZYYX 2ZJRL 1WN7A 3SK3A 4H8KA 1XHZA 2F4VK 1XQSC 3CFRA 5J2PA 4N41A 4CGHA 3WNHA 4YOUA 1S1WA 4E0DA 4LF9K 3CF5L 5LY3A 4W5OA 5FRMA 4JD2A 4CJEA 4BGAA 1J54A 3V1OA 4JHDA 1NGAA 4DUYK 1KFDA 1NK0A 4KTWA 1SKSA 2YI1A 4DV6K 2Q0UA 1DEJA 4JI4K 1BCOA 4KHQA 1T44A 3HO1A 2E6LA 1BA1A 5DMRA 3BEXA 5AQLA 1NGIA 3ZT4A 4ZTJA 1Q7YO 2HHIA 4FW1A 4FJNA 3OBWA 3DYAA 3A5NC 3SMPA 1Q9YA 2ASPA 2YHYA 5AFUH 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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