4I6MB

Structure of arp7-arp9-snf2(hsa)-rtt102 subcomplex of swi/snf chromatin remodeler.
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
437
structure length
396
Chain Sequence
PFRQDSILIIYPRSQTTLVQFGLNEETFTVPELEIPTQIYRTTRQDGSYTYHSTNKDNKAELIKPIQNGEIIDISAFTQFLRLIFVSILSDRANKNQDAFEAELSNIPLLLITHHSWSQSDLEIITQYVFESLEINNLIQLPASLAATYSMISLQNCCIIDVGTHHTDIIPIVDYAQLDHLVSSIPMGGQSINDSLKKLLPQWDDDQIESLKKSPIFEVLSKNSDLEFNTFWDEKGNEIKVGKQRFQGCNNLIKNISNRVGLTLDNIDDINKAKAVWENIIIVGGTTSISGFKEALLGQLLKDHLIIEPEEEKSKREEEAKSFVPTIEYVQCPTVIKLAKYPDYFPEWKKSGYSEIIFLGAQIVSKQIFTHPKDTFYITREKYNMKGPAALWDVQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an actin-related subcomplex of the SWI/SNF chromatin remodeler.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 7
molecule tags Transcription/hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 115
structure length 396
sequence length 437
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4i6mB01
3.90.640.60 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4i6mB03
1NGEA 1HKBA 4PKHA 4I6MB 3R6MA 4YDUC 5LJWA 1P8ZA 4H0VB 5BPLA 4FPAA 1ZBSA 3C7NA 2CGJA 3LM2A 3WXKA 3BF1A 3VGMA 3VEWA 2E8AA 2QWNA 2HOEA 2QW9A 5EVZA 1SAZA 4F9OA 2D4WA 2W41A 1BOTO 3ZX3A 2Q2RA 4HWIA 5E26A 5AQFA 4AM6A 1V4TA 4QS8A 4CD1A 1NGFA 1GLEG 1H1VA 4DQ8A 4XH5A 2A40A 1XQSC 4H5VA 4I6MA 3FZHA 4FOEA 2QWOA 3IUCA 2IVNA 3SMPA 1S22A 5AQLA 1NBWA 1IG8A 1DGKN 3DXKA 5BREA 3FGUA 3GDQA 2P9SA 4K25A 3BP8A 2GWKA 2ZF5O 3F9MA 3QFPA 3JXUA 5JICA 2QWLA 5AQPA 1ATRA 4IWVA 3CJ7A 3DAWA 5CE3A 2E1ZA 4YDUA 4BC5A 1GLDG 4FSVA 5AQQA 3VETA 1BO5O 5TKYA 3CETA 1NGAA 4A2AA 3LDNA 5FPNA 4JHDA 3U9DA 3ID8A 2CGKA 3BF3A 1JCFA 2ASOA 4BQZA 3KZBA 3A5LC 1X9JA 4BQLA 3L4IA 3VF6A 5AFUA 4FPBA 1NWKA 3CJAA 3SMSA 4B1XB 1V4SA 3B8AX 1NGCA 2P9LB 3FZFA 1WOQA 1G99A 2VCPA 3WXIA 4BRKA 1JCGA 3HZ6A 2P9PA 3J8AA 4K43A 2PAVA 5EOYA 1TYQB 5AQUA 4BC4A 3D2EA 3WEEB 3DXMA 2GWJA 1NM1A 3HI0A 3U8XA 4B1YB 4H0YB 1QZ6A 3A5NC 4JD2B 4BRAA 4CZEA 3KVGA 3QDKA 4B9QA 2FSJA 3VEXA 3CERA 3M3ZA 3ULEA 2E2PA 3EO3A 1NGDA 2IIRA 3LM9A 3MMVA 5AFUH 2PBDA 5BRFA 2NLXA 1MWKA 1HLUA 2E88A 4CZGA 4DCHA 3U4LA 5AZJB 4BRFA 3VESA 3MCPA 1KAYA 1U2VB 4WQ4C 1KXPA 4H03B 1T6DA 4EAHD 3QBWA 2E1YA 2NZTA 5AQRA 4WQ5C 3LDQA 3ATUA 1XC3A 4B1ZA 4GNIA 5ELZA 4FWQA 3C7NB 2E2NA 2KHOA 3S41A 1HPMA 1EQYA 4FWNA 2HMPA 3VENA 4CD3A 1HKCA 2IVPA 4FWOA 4IJNA 2NRHA 1XUPO 3A5OC 1K8KB 1R59O 5AQKA 3A0IX 3AAPA 1U2VA 4EHTA 5AQJA 5LJVA 3MDQA 2QWQA 2Q36A 4BGBA 5AQXA 1ZXOA 3SJHA 1U6ZA 4FWRA 3H1QA 3QICA 3EKSA 2ITMA 4BVOA 3VGLA 4J8FA 2E20A 3VERA 3DXKB 5AR0A 3WXJA 2P9SB 4WQ4A 3I8BA 3A5MC 3I33A 4BRPA 3GE1A 1DKGD 2YCHA 4H0XB 2GELA 4B1UB 1CZAN 5I9EB 1K8KA 3HM8A 3EL2A 2FF3B 3GBTA 3UKRB 5BN8A 1Q18A 2IVOA 5AQGA 4CZFA 4BRGA 4CI6A 4BRQA 3D2FA 4BRNA 1GLFO 1HX1A 4Y0WA 3U9ZA 5AQSA 3HSCA 1YAGA 4LC9B 2Q97A 4JHDB 5BN9A 4H0OA 5BPMA 2Q0RA 2ASMA 3FZMA 5AQTA 3M6GA 3GOIA 4CZHA 3MN5A 4BRHA 4CZJA 3M1FA 2D1KA 3IMXA 4PKGA 3GG4A 4BRCA 4NO7A 5KPZA 3CJCA 1WUAA 4H5RA 3C0BA 3UKRA 2P9PB 3RSEA 2DPNA 4M63C 3D2EB 3DXMB 1YVNA 4BRLA 2OANA 4PKIA 3VOVA 3D7EO 3ATVA 2V7YA 3H46O 2FLOA 1KAZA 2WUSA 5BPNA 2A6AA 1GLBG 3FLCO 4H5NA 2VWBA 5EY4A 3ULEB 4CZKA 3EN9A 3VEOA 3O6WA 4BGAA 2A5XA 2H3GX 2A42A 3OHRA 3TPQA 4BG8A 1ESVA 1OKJA 2CGLA 5KPRA 3HTVA 4BC2A 4BG9A 1Z05A 3H45C 4BREA 1NGIA 3FR0A 5FPDA 1QHAA 4BR9A 4PL7A 4FO0A 3DWLA 3QB0A 4FWKA 3IDHA 5F1XA 2V51B 2QWMA 1IJJA 4EHUA 1MDUB 5EXWA 2I7NA 3O1BA 5AQZA 3UKUA 2QXLA 1SQKA 1GLLO 4CBXA 2YHXA 3QMLA 4H0TB 5JMVA 3UB5A 4B1VA 5KPTA 5AQHA 4A2BA 4MLHA 4FWSA 5BRDA 1MWMA 2GTDA 5FPMA 3VEVA 3CQXA 5ADXA 4MO5A 4CBUA 4KBOA 1ATSA 2Q1NA 5AQIA 3MK6A 5AQYA 2P9IB 3L0QA 2V7ZA 3GL1A 3CJ1A 4L3QA 3KHYA 2BUPA 1DEJA 4FWMA 1BWFO 1GLAG 3O5BA 1TUYA 3O8MA 2AP1A 2YI1A 3AARA 4O5FA 1BG3A 2GUPA 4XH4A 1X3NA 3ZEUA 5ADXH 4H0PA 1GLJO 3O80A 2YJFA 2ZGZA 5AQWA 3D2FB 1KAXA 4K42A 4XEIA 4PL8A 1NGGA 3EZWA 5AQNA 3SK3A 4B1WB 3FFKB 2P9IA 2QWPA 2Q0UA 4NB4A 3ZX0A 2P9KA 4JNEA 1X3MA 3W0LA 5AQMA 4QS9A 4HTLA 1YXQA 3MN7A 4BR4A 3AY9A 4AM7A 4CZMA 5FPEA 3SLCA 2FF6A 4O8KA 5AQOA 2YHYA 3O4WA 4WQ5A 1J6ZA 3CIPA 2A41A 3VF4A 3RSEB 5JLFA 3QFUA 4FWPA 3ENOA 5KQ8A 3P4IA 2CH5A 5KQDA 4H5TA 4MLEA 3AAQA 2P9UA 4IO8A 2FSKA 1S3XA 2ZGYA 3VF2A 1T6CA 3A8YA 4CZIA 3H6EA 3LDOA 3CJBA 1HJOA 1NMDA 3CI5A 3WXLA 3QBXA 3CHWA 1D4XA 3R8EA 1LCUA 1MA9B 2D0OA 1Y64A 3UE5A 4BC3A 4JAXA 4BR0A 1YUWA 5AZIB 4ISGA 1HUXA 4M7XA 2A3ZA 2QWRA 3BEXA 2V52B 3MN6A 1BA0A 1QQNA 1T44A 4XH1A 3UKUB 1HKGA 2HF4A 1RGIA 3JS6A 2BTFA 3BUZB 4WYBA 2YJEA 4BR2A 3H3NO 1ZC6A 3EKUA 3WUHA 4K41A 3TU5A 1RFQA 1GLCG 2EWSA 2P9NB 3LL3A 1BUPA 3ZX2A 4C23A 1E4FT 3IFRA 4EIAA 4MO4A 3LDPA 3ZETB 5AZIA 3R9PA 2ZWHA 4GY2B 3H3OB 3W3DA 3VGKA 4A62A 4RTFD 4IZ9A 2FXUA 2F9TA 5LY3A 4EFHA 1Z6RA 4ISFA 3VEZA 4BVPA 1NLVA 4BRMA 4FWLA 2W40A 3H1VX 1C0GA 4BR7A 4BR5A 3VPZA 3FZKA 1QQMA 3HBTA 4FOIA 4BROA 3WT0A 1NGHA 1BU6O 2P9NA 1RDWX 3ZEUB 4CJ7A 1E4GT 3FE1A 1JCEA 2QM1A 5BR9A 5F0XA 3L6QA 3ZETA 3VEYA 4Z94A 1NGBA 4IJAA 3WQUA 1LOTB 3G25A 4ISEA 3CJ9A 5EX5A 1QQOA 3CQYA 4CBWA 4FL9A 2E2OA 2J4RA 4E1JA 5BRHA 2P9KB 4M7YA 2P9LA 5AQVA 1BA1A 2HF3A 4DHYA 2D0PA 3LDLA 2I7PA 5F2RA 1TYQA 3WQTA 5E84A 3WEEA 4DB3A 3O1WA 4JD2A 1C0FA 2GEMA 4RWTA 3O08A 5B8HA 2FSNA 2F9WA 4RCHA 1BDGA 4JN4A 5JLHA 4BRIA 4IXCA 2E2QA 2ASPA 4CZLA 4A61A 2AA4A 3ENHA 3MN9A 1NGJA 2P9UB 2CH6A 4BRDA 1SZ2A 3FZLA 2YHWA 1ATNA 5AZJA 4H5WA 2Q31A 2UYTA 3DJCA 2VYPA 1TUUA 1QZ5A 4QS7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGEA 1A5XA 4KO0A 4YOVA 1HKBA 5CY4A 4CIGA 4I6MB 1TKZA 4JKHA 3CC7N 1P8ZA 4YHHK 5BPLA 3LM2A 3K58A 3VGMA 4GV6A 5GAGP 3OBYA 4WFBL 3HPHA 2D4WA 4IG0A 2OA8A 1YJNN 3TSUA 3M8RA 3QO9A 3PX4A 1M1KO 1XMQK 3K9KA 3V81A 4HTUA 1VQLN 2A40A 1XQSC 2GX9A 4I6MA 3FZHA 2YNGA 4CEZA 1A5WA 1QTMA 2IVNA 1VHXA 1NKCA 2HHHK 1Q8IA 1IG8A 4HHTA 3FGUA 1RT3A 3VTHA 5CHIA 4K25A 4WCEL 4X66K 3BP8A 3OYJA 3CC4N 3QNOA 3O9QA 1YHQN 3SQ1A 1EX4A 5AQPA 3L2UA 4DV5K 5CE3A 4F3OA 4YDUA 1GLDG 4JEPA 1L5UA 4A2AA 1WSIA 3LDNA 4I2PA 4JHDA 2CGKA 2ASOA 4BQZA 1Z25A 2QKBA 3A5LC 3VQ7A 2ZM6K 1BQNA 4M3YA 1YVUA 4B1XB 4KAZA 4MFBA 4V19S 4Z4CA 1NGCA 2P9LB 3FZFA 4K8ZA 3HK2A 2VCPA 4F2SA 4JI1K 1JCGA 1BIZA 1HNVA 3K5LA 2O4IA 1NOYA 1TYQB 4JKGA 2WONA 2ATQA 4BC4A 3I55N 3C6AA 2JLEA 1NM1A 4CJUA 1QZ6A 2G8IA 4BRAA 4WFAL 3SZ2A 1NJZA 3KVGA 3ZLJA 4HCCA 1EP4A 3QDKA 4DR6K 1HYVA 1XNQK 4OX9K 3ULEA 4HUEA 4CIEA 3IRXA 1O13A 2KFZA 5LL6Z 2OZMA 2NLXA 2E88A 2D5RA 4DCHA 3K5MA 5AZJB 3AO5A 2OZSA 4BRFA 4O0IA 3AVMA 3PV8A 4Z4EA 1T6DA 5EU7A 4EAHD 4UQGA 3TAEA 1J54A 1GOAA 4JYAK 3KK1A 5AQRA 3I0SA 4KB0A 2EHGA 2YNIA 1LAVA 1RTIA 3LZIA 2DY4A 1I3AA 5D3GA 4B3OA 1EQYA 4FWNA 3HOSA 3DLEA 3T1HK 4H4OA 4DR5K 4IJNA 4FLZA 2RF2A 3OS2A 4JRPA 1K8KB 3E9LA 5AQKA 3A0IX 4E7LA 4JI3K 4OLAA 1BHLA 2HNYA 2RPIA 3MDQA 4BGBA 5AQXA 1ZXOA 4YY3K 3QICA 3VQ4A 1VRUA 1FK9A 2ZQBA 4J8FA 3SAFA 4Z4HA 3DXKB 1XMOK 2P9SB 2HBJA 4CJVA 2VWKA 3EZ5A 3A5MC 3ZSVA 3DOLA 1VSEA 2KW4A 1NNEA 1CZAN 2RE2A 4DG1A 1K8KA 3HM8A 3EL2A 3CCVN 3UKRB 3NF6A 4LFBK 1RBVA 1B9DA 4BRNA 3RMAA 3I8DA 3THYB 1WAJA 4LC9B 3CFOA 5KTQA 4H0OA 3FZMA 3LP3A 5AQTA 3WNEA 4NCAA 3VQBA 2ZD1A 3UIQA 1WSEA 3GOIA 3MN5A 4BRHA 3HP9A 3T69A 4CZJA 2F8SA 4AILC 3I0RA 4O5BA 3AGRA 3N4PA 5J2NA 4N56A 4H5RA 2XY5A 3UKRA 4CF1A 4NXNK 3M8PA 1WNSA 5FDLA 4BRLA 3SQ2A 2OANA 1VSIA 5SWMA 4PKIA 3H46O 2XY8A 3SBTA 1GLBG 3NF9A 4H5NA 5EY4A 4CZKA 3EN9A 3JYTA 3VEOA 3PLAA 1RT2A 4C8OA 3OHRA 5DMRA 3KWGA 1OKJA 2CGLA 3O9TA 4JKEA 3OJSA 4BG9A 4IBNA 4DSLA 4LF9K 4ZHRA 1JLEA 1DLOA 4A57A 1S5JA 3OTOK 1XHZA 1Z26A 2I7NA 3O1BA 2QXLA 1YJWN 1GLLO 3KD5E 1FKOA 4H0TB 4B9VA 3KJVA 2HB5A 4B1VA 5AQHA 4B8CA 4A2BA 2HW3A 1YI2N 1LWEA 3AA4A 4MLHA 3NCIA 4DF8A 1OH6A 4MO5A 1ATSA 4DV1K 2HHQA 4JI4K 5J2QA 2E5LK 4B9NA 4A5AA 5DM7L 2V7ZA 3BZKA 3AVLA 1DTTA 4E1NA 1DEJA 4FWMA 1BWFO 1XWLA 1KLMA 1TUYA 4AH9A 1BI4A 2IGIA 4CJWA 1RTHA 3O8MA 4CJPA 3EYZA 1VK0A 4O5FA 1BG3A 5I42A 2Z1JA 1FJGK 1FKPA 1UWBA 1X3NA 1NMNA 2BANA 3ISNC 3TTCA 5AQWA 1FW6A 4K42A 1NGGA 3RVCA 3LZJA 1HYZA 4M3WA 3J7YP 4EZ6A 2O8DB 2OPSA 3ASMA 2P9KA 5LMUK 4MDAA 1WSJA 5KRTA 4GV9A 2KLAA 4KHNA 3QEXA 4AM7A 2P51A 5FPEA 3TAFA 3SLCA 5AQOA 4ELUA 1W7AA 3O4WA 1ZBFA 3RSEB 3CG7A 3QFUA 4CF8A 3ENOA 3P4IA 4CF0A 2HBKA 1K6YA 2YHAA 4H5TA 2B4JA 1S1VA 4BDZA 2DFFA 3OA9A 3VF2A 1T6CA 1YTAA 3A8YA 3SUPA 4NYFA 4PHTX 1RT1A 1HJOA 3CI5A 2XY7A 1KVCA 4B3RK 3C6TA 3J7AP 3CHWA 1MA9B 2UU9K 3B6OA 3MEDA 1X9WA 4L8RB 5C42A 3HPGA 2G8KA 5JVHL 1RTDA 3MN6A 3SQ0A 3KK2A 2OPRA 3DM2A 1T44A 4XH1A 3AVNA 1HKGA 2ETJA 4BY9C 3C94A 3SPYA 3JS6A 3WUHA 3TU5A 1RFQA 4IG3A 3OYFA 2JGUA 1BUPA 1E4FT 1QE1A 4EIAA 4MO4A 3MX2A 3P5JA 4U7BA 4A62A 3AO4A 4IZ9A 2FXUA 4EFHA 5HROA 4KB1A 3TAPA 5M1OA 4OVLA 1NLVA 2JWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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