4JD2A

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
total genus 124
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2A03
3CERA 4FWPA 5F1XA 1Y64A 2ASOA 4RCHA 4LC9B 4JD2A 3IMXA 1Q18A 2P9NA 1BA1A 3CQXA 3QBXA 4H0VB 4Y0WA 3WQTA 4EHTA 3A5LC 1K8KB 2QWQA 5BPLA 3VEOA 1DGKN 5KPRA 1HKBA 3DAWA 3UKRA 3VF6A 4ISFA 4GNIA 4H5TA 4GY2B 1NGIA 3DXMB 1ATSA 2FF3B 1IJJA 2FSNA 5LJWA 1GLDG 3BF1A 2P9IB 4DHYA 3CJ9A 3VEXA 5AQGA 4FO0A 4JNEA 1T6DA 4BRAA 5FPEA 1GLCG 2HF3A 4RWTA 4J8FA 3VPZA 1V4TA 4BC5A 3D2FB 2D1KA 2GWJA 2HMPA 1C0FA 1QZ6A 4PL7A 3M1FA 3LDNA 3ID8A 1RDWX 4NO7A 5AQMA 2P9KB 3UKUB 2HOEA 2FSKA 4PKGA 5AFUA 3EL2A 4QS9A 5JLFA 3DXKA 3CJ7A 3LDLA 3UE5A 5JMVA 4CD1A 3C7NA 4FOIA 2CH5A 3VEYA 4HTLA 1YVNA 4CZJA 3F9MA 2A42A 2Q0RA 2FLOA 2BTFA 4CZKA 4FL9A 3QBWA 3VGKA 2CGLA 4PKIA 1U2VB 3EO3A 5AZJB 3A5OC 3EKUA 1EQYA 1TYQB 3ATVA 3CJAA 3QMLA 1LCUA 1XQSC 3FZKA 1KXPA 4FWSA 5AQNA 3MN6A 4A61A 4CZIA 1HUXA 4IJAA 1MDUB 4QS8A 5BN9A 1WOQA 4BRDA 1QQOA 5AR0A 1BG3A 2Q0UA 4H03B 4BR5A 4H5WA 4C23A 3EN9A 1ATNA 1KAXA 2P9UB 3FZFA 3SLCA 4H0OA 3CQYA 3S41A 2VWBA 4H5VA 3R8EA 5EY4A 3CHWA 1HKGA 4H0PA 2P9LA 2HF4A 4FWOA 5E84A 3HSCA 4CBWA 4FPBA 4BR4A 3SMPA 3GL1A 3ATUA 4KBOA 4BG9A 4MLEA 3O8MA 2Q31A 3CIPA 3VERA 2CH6A 2E2QA 3CETA 2WUSA 4EIAA 3IDHA 2YJEA 4EFHA 5AQJA 3M3ZA 1HLUA 3CJCA 1U6ZA 5BREA 4M63C 4FWQA 3WT0A 4H0TB 3ZX3A 5ELZA 1GLFO 4BRFA 3TPQA 1NGFA 4FWRA 3MN5A 3WEEA 4CZGA 3C7NB 2PBDA 5ADXA 3LDQA 4L3QA 5TKYA 3U4LA 4CI6A 4CD3A 3WXKA 1S22A 3SMSA 1YUWA 1ZBSA 3O80A 3GDQA 2ZWHA 3ENHA 4NB4A 1H1VA 3BF3A 3FZLA 2V7ZA 5CE3A 2GTDA 2P9PA 3ZX0A 1E4GT 4BRQA 4MLHA 4XH1A 3ZETB 5AQVA 3D2EA 1GLJO 1NGGA 1IG8A 4WYBA 4BG8A 1QZ5A 4I6MB 4B1XB 1G99A 4A2BA 5AQPA 1QQMA 2GWKA 2Q36A 4H5NA 1YAGA 3H1QA 3IUCA 1ATRA 2P9SA 4IXCA 5KPZA 5BR9A 4PKHA 2GELA 1RGIA 3O6WA 2D0OA 2A5XA 2QWRA 4BVPA 2PAVA 4FWKA 1BWFO 4YDUC 4BR9A 1KAYA 2QM1A 3JXUA 3MDQA 1SZ2A 2UYTA 3J8AA 3QDKA 5AQQA 2QW9A 2W40A 3HTVA 4MO4A 3O1WA 5FPMA 5AZIB 5AFUH 3RSEA 5BPNA 4WQ4C 1Z6RA 3O1BA 1Z05A 4HWIA 4MO5A 4AM7A 3ULEB 5FPDA 5EVZA 3O08A 5BRHA 2ZGYA 3UB5A 1NM1A 3DWLA 2BUPA 3H1VX 1BA0A 4FWLA 1XUPO 2IIRA 4CZEA 1J6ZA 2QWMA 3A0IX 4BREA 3WUHA 1CZAN 2YI1A 5AQYA 2CGKA 3JS6A 4BC4A 2A40A 4BRCA 1NGAA 4B1ZA 2FF6A 3L0QA 4XEIA 4M7YA 4IJNA 3QICA 5KQDA 3D7EO 4JD2B 2P9NB 5AQLA 4BRNA 4K43A 4JHDA 4JAXA 5AQTA 3VGLA 5EX5A 1HKCA 3QB0A 1MWMA 1OKJA 5I9EB 3ENOA 2A6AA 1K8KA 4BVOA 3UKRB 4BR2A 4FSVA 2DPNA 2FXUA 3D2EB 2QWOA 4WQ5A 5E26A 3L4IA 4BRHA 3VGMA 4DCHA 5EXWA 3VF4A 2A3ZA 2NLXA 2OANA 5AQIA 2D4WA 1S3XA 3DXMA 4M7XA 4ISGA 3FZMA 4PL8A 4E1JA 4YDUA 3HI0A 2NZTA 3GBTA 1NGDA 4BQLA 1DEJA 3SJHA 4H5RA 5KQ8A 1QQNA 5KPTA 2A41A 4K42A 2F9TA 2YHXA 2J4RA 3D2FA 4WQ4A 1ZC6A 1NLVA 5F2RA 2E1ZA 2Q97A 1GLBG 3A5NC 3VESA 4B1UB 5BPMA 2P9KA 4BRGA 4H0YB 4IZ9A 2I7NA 3UKUA 4BGBA 2QWPA 2E1YA 3VETA 3FE1A 3HZ6A 3QFPA 5AQXA 5ADXH 5B8HA 3DXKB 3FFKB 4AM6A 4BC2A 4BRMA 2YHWA 2V7YA 1ESVA 1E4FT 3MCPA 4CZFA 4CJ7A 4CZMA 1NGEA 4CZHA 1NGHA 3LL3A 4EAHD 4FWNA 1P8ZA 2KHOA 2YCHA 1U2VA 3GG4A 4B9QA 5BRDA 2CGJA 1QHAA 2NRHA 3M6GA 1BDGA 5AZJA 3O5BA 4BR0A 3H45C 3B8AX 1TYQA 3A8YA 1ZXOA 3BP8A 2E2PA 2AA4A 4XH4A 4K41A 3H3OB 2E20A 4WQ5C 5AQWA 4JHDB 3I8BA 4A62A 1X3MA 3FLCO 4O5FA 3H6EA 1D4XA 1T6CA 1GLAG 3C0BA 5AQFA 1LOTB 1NGJA 2E2OA 2E88A 3H3NO 3U9ZA 4O8KA 2FSJA 2P9UA 1RFQA 2IVPA 2V51B 2W41A 5AQZA 4BRLA 3CI5A 3AAPA 2F9WA 2P9LB 3KVGA 1HPMA 1HJOA 4IWVA 1X3NA 1NWKA 1GLEG 3FZHA 3ZEUA 3O4WA 3R9PA 3SK3A 5AQSA 1BOTO 1JCEA 1KAZA 2GEMA 2QWNA 3WXIA 2YHYA 3L6QA 3VF2A 4BRPA 3EZWA 3HBTA 4CZLA 4CBXA 4FWMA 3I33A 4JN4A 4DQ8A 2ASPA 3BEXA 2VYPA 5FPNA 5AQOA 2AP1A 4BRKA 1T44A 3FGUA 4B1VA 2ITMA 3LM2A 3LM9A 3WEEB 1JCFA 3MK6A 4ISEA 2EWSA 3W0LA 1YXQA 1NMDA 1BUPA 1SQKA 3VEWA 3U9DA 4F9OA 3FR0A 2E8AA 3MN7A 4CBUA 1BO5O 2P9PB 2Q2RA 2YJFA 3MMVA 1C0GA 1XC3A 5LJVA 3W3DA 3ZETA 4B1WB 3GOIA 3LDOA 4RTFD 2E2NA 4I6MA 4QS7A 2P9SB 1HX1A 1X9JA 1WUAA 4B1YB 4H0XB 2VCPA 4BROA 3KHYA 3KZBA 4IO8A 2P9IA 4K25A 3MN9A 5AQHA 3VENA 3WXLA 3WQUA 2I7PA 3TU5A 4Z94A 5BN8A 2QXLA 3AAQA 1SAZA 4BQZA 2Q1NA 2ZF5O 2H3GX 3QFUA 3VEZA 5JLHA 5LY3A 1TUYA 1TUUA 3IFRA 4BC3A 3A5MC 2V52B 5AQRA 3AY9A 5F0XA 1V4SA 4XH5A 5BRFA 3P4IA 3RSEB 3CJ1A 3CJBA 3G25A 4BRIA 1BU6O 5AZIA 4FOEA 3EKSA 3U8XA 3ZEUB 4DB3A 3OHRA 3ULEA 5AQKA 1MA9B 3ZX2A 4BGAA 2IVNA 1NBWA 4A2AA 4BR7A 4EHUA 1MWKA 2D0PA 3HM8A 2ASMA 2IVOA 3R6MA 2ZGZA 2QWLA 3VEVA 1NGBA 1GLLO 3H46O 3VOVA 5JICA 1R59O 5EOYA 3AARA 1JCGA 2GUPA 3WXJA 4FPAA 3GE1A 5AQUA 3BUZB 1DKGD 3DJCA 1NGCA 3LDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CERA 3P83D 3DLKA 3O3HA 5F1XA 1Y64A 3V9SA 2O4IA 3E9PA 4FVUA 2QA4N 4G9ZA 3IMXA 3CC2N 2VG7A 4HCBA 3QBXA 1KFDA 2JWLA 3WQTA 3A5LC 1L3VA 2HHHK 3U6FA 4C1NI 3DAWA 3VF6A 4KTQA 4OKKA 2OPRA 1ATSA 3TAPA 4FJ8A 1TKTA 1GLDG 2HMIA 1BHLA 4FK0A 4KHNA 3THXA 3LAMA 3CQ8A 2G8IA 4K0KK 1T6DA 4BRAA 1QQCA 2HNZA 5HOOA 1V4TA 4BC5A 3D2FB 1SUQA 5T7BA 4CF8A 4CIGA 1C0FA 4PL7A 2G8WA 3ID8A 1LWEA 3T1YK 3V81A 1VQKN 2FSKA 2ATQA 2OA8A 2HNYA 3AVGA 3TAFA 3CJ7A 1JLCA 4CD1A 3VEYA 4M3ZA 3F9MA 4LSLA 2A42A 2Q0RA 2BTFA 4CZKA 1HYSA 4B08A 3QBWA 1YJWN 4CHZA 4FZYA 1U2VB 3M8SA 3A5OC 2R7YA 4NXMK 4OKEA 1U47A 3CJAA 1KRPA 3OA9A 1LCUA 1XQSC 3FZKA 3QMLA 4DSLA 3CD6N 4CZIA 3WNFA 5GAGP 4KH5A 5BN9A 1QSSA 3JSMA 4DSKA 2O8EA 4O5BA 4DFKA 2Y1IA 4LF9K 1ATNA 3OYJA 2P9UB 5HRSA 3OYDA 1NJYA 3RRGA 3M8PA 3THYA 1C1AA 3S41A 3TAMA 4CFDA 3NGZA 4B3MK 4H5VA 3R8EA 4UQGA 4JI7K 3CHWA 2E6LA 4FWOA 1WSGA 3HSCA 5E84A 4CBWA 1RBVA 3QIOA 5FLXO 4FPBA 4E89A 3L2UA 3GL1A 4BG9A 2XHBA 1JKHA 3VERA 2Q31A 4GMJB 4DR7K 1FXXA 3N4QA 2WUSA 4IFEA 2BGGA 2VWJA 4KTWA 1HLUA 4KFBA 1IBMK 3V9ZA 3CCRN 2RN2A 1OH8A 1BISA 5HLFA 3WT0A 4H0TB 4FJLA 2WFBA 1RDCA 4BRFA 2ZQBA 4YOYA 3IKMA 4HUFA 4YY3K 3WEEA 3C7NB 3KKSA 1XHXA 1UWBA 5TKYA 4CI6A 4KAZA 3HOSA 3QEIA 4Z4GA 3CC7N 3AA4A 3ZSVA 4PY5A 1IKWA 3I0RA 3O80A 5SZTA 2ZWHA 3ENHA 3SAHA 1TK0A 3AV9A 1TK8A 1RTJA 3KLHA 2GTDA 3SZ2A 4BRQA 5JS1A 4MLHA 3VQ9A 1GLJO 4E7JA 1R0AA 4N47A 1C0MA 4B1XB 5M1OA 2UUCK 4B3SK 1T05A 3VQEA 5AQPA 2GWKA 1IO2A 4H5NA 2IS3A 2P9SA 5KPZA 2RF2A 2Z1HA 3G71N 2NRZA 2W6KA 4FWKA 3ULDA 1BWFO 5J2PA 1KAYA 3NF8A 5AQQA 2QW9A 3NHGA 1VQ8N 4DQPA 4DR5K 5AFUH 4CFBA 1YTUA 1XI1A 3DYAA 4MO5A 4AM7A 4CJUA 4AQYK 5EVZA 1OH7A 4RG8A 1CZ9A 3VQ7A 3B6OA 1VK0A 3HL8A 4KH6A 1XUPO 3O3FA 4DSIA 2OTJN 5K14A 4C8KA 3NGIA 1CZAN 2O8BA 1VSJA 2X74A 4CK1A 1ZYQA 3CCQN 1NK4A 4JKAA 3NMUA 3NFAA 4BRCA 4B1ZA 2FF6A 3L0QA 4XEIA 4F3OA 5KTQA 4JKCA 2B4JA 3T7ZA 1WSEA 3O3GA 3PLAA 3K0SA 3KIOA 4JHDA 5AQTA 3HPHA 4ID1A 3VGLA 1YJNN 2O8DB 3HM9A 2A6AA 2OPQA 4R79A 1K8KA 1F21A 3O4NA 3UKRB 4BVOA 1RTIA 4QAGA 4FLXA 4U7BA 3D2EB 1S5JA 1RILA 4E7IA 1X1PA 4M3RA 3S9HA 3S3OA 2A3ZA 2NLXA 4FM0A 3PO4A 1LAVA 2D4WA 1S3XA 3DXMA 4M7XA 4ISGA 4DUZK 4YDUA 4EP4A 2G8HA 2NZTA 3GBTA 1U48A 3VQBA 1SKSA 3SI6A 4A57A 4JI6K 4H5RA 5KQ8A 1O1WA 1TL3A 1BCOA 2A41A 4OPKA 2F9TA 2YHXA 1KD1O 1B9FA 4PHTX 3OBYA 2E1ZA 1GLBG 3A5NC 4CERA 1HR0K 4FLYA 2NNWA 1L3TA 3KD1E 4AHCA 3VETA 5ADXH 3FE1A 3QFPA 3CMAN 3ZT0A 4BC2A 2YHWA 2O8FA 3TI0A 4OX9K 1ESVA 2XO7A 1X9MA 2HBKA 3EEQA 4CJ7A 2DTUA 4FWNA 3LDSA 2KHOA 1D8YA 2YCHA 3SCXA 3KLIA 4DSJA 5AZJA 3O5BA 1TAQA 3H45C 4KV8A 3B8AX 4KH4A 4CF9A 2HHWA 3DLRA 2F7TA 1JXBA 2NRWA 4K41A 2E20A 2Q3SA 4WQ5C 5AQWA 3TSQA 3I8BA 4BACA 3CM5A 1X3MA 4NXNK 1RT6A 3C0BA 3NBPA 1FKPA 2FBVA 3WNGA 3KK7A 3H3NO 5GIPA 3DM2A 4KHUA 1NK8A 4DFMA 4JK8A 3AAPA 3VN5A 1HPMA 2A1SA 3NE6A 3IS9A 1NKEA 1GLEG 2P51A 4I9LA 2E6MA 4CGHA 4E72A 3R9PA 3BGRA 3CPWM 1JCEA 2QWNA 3WXIA 4WE1A 4IEEA 4I7FA 3EYZA 4CHOA 3EZWA 3G6EN 4CJWA 4FWMA 2QEXN 5FPNA 4GVEA 4OPAA 3OW2M 2VG6A 3MX2A 3SAGA 4DTMA 4CGGA 4JEPA 1BQNA 5CYMA 1T3VA 3VQ6A 2KKZA 4TSXA 4W5QA 4CEEA 3DOKA 3FR0A 1BIUA 2E8AA 3MN7A 2HVHA 1BCMA 4CBUA 4YORA 4O4GA 2YJFA 3RVCA 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4CVNE 1EETA 3OYAA 3OYLA 1A5WA 4PKGA 3AVKA 4QS9A 2UU9K 4ILJA 3UE5A 5HRNA 1YVNA 4CGFA 4DTPA 2QK9A 3ZSYA 3S3NA 1N5YA 3AO2A 5KGXA 3V4IA 4PKIA 3AVLA 2G8KA 3L4QA 4M3WA 3EKUA 4IG0A 1NJXA 2AJQA 3RRHA 1EQYA 1TKXA 1TYQB 5FRNA 3TAGA 3SQ2A 4FWSA 5AQNA 4A61A 5AJ3K 3HYFA 4DV2K 1QQOA 4QCLA 4AHVA 1QTMA 4H03B 4KO0A 4O44A 3NF9A 4C23A 3EN9A 3U3GA 3ITHA 1J9AA 1KAXA 3AA5X 1G15A 5LL6Z 4FLUA 1RDDA 4WFAL 3AVIA 5EY4A 4IOCL 4LH5A 4Y1DA 4DQSA 2EHGA 2P9LA 2HF4A 4ELTA 4OPHA 3SJJA 4F2SA 4FJJA 1EWRA 4MLEA 1KCFA 2E2QA 1N33K 1U45A 1OVQA 3PSIA 5GADP 4N5SA 5BREA 3AO3A 3ZCMA 4M63C 2OTLN 4IEIA 3ZX3A 3SQ4A 5ELZA 4QOZB 1GLFO 2XRIA 3IAYA 1WSJA 3CFPA 4FWRA 3KLGA 3LZJA 3KLFA 2PBDA 3G10A 3LDQA 4GKKK 4CD3A 4ZTJA 1U49A 1HNZK 1S22A 4LH4A 2YNIA 3SMSA 3J80O 1S1XA 3GDQA 1VSLA 4DMNA 1H1VA 4LFCK 3BF3A 2YKMA 2V7ZA 4FVMA 5IWAK 3ZETB 2FBTA 3JAMO 4M42A 1IG8A 1NGGA 4BG8A 1QZ5A 5M1QA 4IBNA 1QQMA 3IUCA 3TWHA 4A5AA 5BR9A 4JLHA 2D0OA 1NJIO 3CCJN 4ZHRA 4FXDA 3DRSA 3HT3A 2NRRA 2QM1A 3JXUA 1VRTA 3KWGA 3J8AA 3QDKA 2HBLA 3OY9A 4DV5K 1E3MA 3HTVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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