4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
3WXJA 4BREA 4LC9B 5AQUA 3BUZB 2QWMA 4BVPA 3FR0A 1NM1A 1HKBA 2QWLA 3WEEB 3WXKA 3WXLA 1C0GA 1QQNA 3SJHA 4BRKA 4YDUA 2CGKA 1E4GT 4BRIA 3VPZA 2E2NA 4IO8A 4B1ZA 1KXPA 2BUPA 4BC5A 3BF3A 3ZX0A 4PKHA 4BR5A 2Q2RA 3QBXA 4H5RA 5AQVA 4EAHD 4IJNA 1BU6O 1KAYA 3BEXA 3VETA 4BGBA 3ZETA 4PKGA 1LCUA 5AQSA 2P9NA 4FWNA 1YXQA 2YHYA 4H0XB 3EKUA 4JAXA 4A62A 4WQ4C 4BRNA 3EL2A 3BP8A 3LDOA 1QZ5A 2GELA 2ZGYA 5E26A 1TUYA 2V51B 5EOYA 5AQWA 3BF1A 4B1UB 1NWKA 3S41A 1MDUB 4J8FA 2QWOA 2IIRA 1MA9B 2FF3B 4HTLA 4BROA 4NB4A 3DWLA 3I33A 5BN9A 2ZGZA 3VESA 3KVGA 3ZEUB 1HLUA 2FXUA 2QWRA 4B1YB 1KAZA 2Q31A 3I8BA 5EVZA 3ULEB 2PAVA 4YDUC 1S22A 5AQKA 3GG4A 4FOIA 3VENA 3U8XA 1YVNA 3GDQA 4BRGA 4CZFA 1WUAA 2P9PA 4CZIA 4Y0WA 3DXMB 1QQOA 2GTDA 3O08A 3DJCA 4K25A 3R9PA 4B1XB 5BRDA 2P9UA 2FSJA 4BRHA 4MO4A 3D2EB 4AM7A 5AQOA 2YJEA 3H45C 3FZMA 4PL8A 4FL9A 1X3NA 1GLDG 4M7YA 5F0XA 4EFHA 2FSKA 3P4IA 2QXLA 5JMVA 3U4LA 5AQYA 3AAQA 1KAXA 4CZLA 4JHDB 1QQMA 2WUSA 4MLEA 4O5FA 5AQZA 3WEEA 2E2QA 4GNIA 1RDWX 5AQQA 1XUPO 1RFQA 1BUPA 1C0FA 5AR0A 5FPDA 4HWIA 1WOQA 5AQHA 3KHYA 1GLAG 2HF3A 3VF2A 3LM9A 5ELZA 1NGGA 3SK3A 1J6ZA 1NGIA 3EZWA 4I6MB 4O8KA 1Z6RA 1RGIA 4CBXA 3SLCA 1NGFA 4H5NA 3MN9A 1GLEG 4IJAA 3DXKB 2VCPA 1HUXA 1Y64A 3GL1A 5B8HA 5BPNA 3ULEA 3MN7A 3FZKA 3R8EA 3LDLA 2P9SA 4F9OA 5EX5A 1ATSA 1NBWA 5JICA 4CJ7A 2HMPA 3ENOA 3MN5A 3H3OB 2J4RA 3IUCA 2E1ZA 2ZWHA 5AQMA 3H6EA 4XH5A 4ISGA 4FWKA 4DHYA 2FLOA 3HZ6A 4WQ4A 3VOVA 4FWOA 3HSCA 3LDNA 4BC3A 3ATVA 5FPNA 3W0LA 3UE5A 3VGMA 3O6WA 3GBTA 2VYPA 5AQFA 2P9IA 4A2BA 3O1BA 2UYTA 4H0OA 1HPMA 3ZX3A 4BG8A 5BN8A 3LL3A 5JLFA 5JLHA 4BRMA 5BRHA 3FZFA 3CJ9A 3DXMA 3D7EO 4FSVA 2Q97A 2D4WA 5AQXA 4BC4A 2E2OA 3AARA 1NGCA 4H03B 3CJBA 3D2EA 4QS8A 1MWMA 5TKYA 1HKCA 4FWQA 3TPQA 4XH1A 2D0OA 2ASPA 2P9LB 3L4IA 5AQPA 3WUHA 5ADXA 4JHDA 1U6ZA 2PBDA 3QMLA 3HBTA 5F1XA 2CGLA 3SMSA 2E1YA 1ESVA 3AAPA 4BRDA 1QZ6A 3O5BA 4C23A 4BGAA 2P9SB 5AZJA 3MN6A 3VEWA 4CD1A 3QFPA 3EO3A 2HF4A 1NGDA 4CZGA 4K41A 1BOTO 5EXWA 4DCHA 2A5XA 3CQYA 3RSEB 5KPRA 4IXCA 1T6DA 4I6MA 3EKSA 3CI5A 5AQIA 3CIPA 4DB3A 3DXKA 2P9IB 1MWKA 3UB5A 3SMPA 1GLCG 4CZHA 2AP1A 5CE3A 3H3NO 4CD3A 3A5MC 4FOEA 5F2RA 4L3QA 2NRHA 4AM6A 2YHXA 3VGKA 3TU5A 3CJAA 1JCGA 1HX1A 2CGJA 4BR4A 2E20A 1K8KB 2ZF5O 1NGAA 4QS9A 3U9DA 4FPBA 3QICA 1BA1A 3H1VX 1ZXOA 2YI1A 2HOEA 5AFUA 5KQ8A 4B1VA 2ASMA 3GOIA 4FWPA 5AZJB 2A41A 4H0VB 4DQ8A 3ID8A 2W40A 1GLLO 4BR7A 2E8AA 5E84A 3C7NB 4MO5A 1HJOA 2Q0RA 4BRLA 1X3MA 3O8MA 3HM8A 3UKRA 2P9LA 4BR0A 1S3XA 2OANA 2IVNA 1ZC6A 1QHAA 5AZIB 3WQUA 5AQTA 1V4SA 3O80A 1Z05A 5LJVA 4H5WA 3CJ1A 4EHTA 1LOTB 2A3ZA 1SAZA 1U2VB 3FLCO 3L6QA 1EQYA 3VEOA 4M63C 2VWBA 2V52B 3LM2A 4RWTA 4BR9A 4IWVA 4FPAA 5AQGA 3RSEA 3A5NC 2QWQA 4Z94A 1D4XA 1IG8A 2KHOA 2FSNA 4PKIA 3AY9A 4CBWA 4JNEA 4CZKA 1BO5O 3MK6A 4H0TB 3ZX2A 2FF6A 3CERA 5BRFA 3CJCA 3CJ7A 2D1KA 2GWKA 4FWMA 2IVPA 2V7ZA 2AA4A 4RTFD 4M7XA 2Q0UA 1V4TA 2YHWA 2V7YA 1XC3A 2CH6A 3A8YA 1T44A 3M6GA 2QWNA 3JS6A 5AQLA 4BVOA 3A5LC 2I7NA 3FE1A 3OHRA 1G99A 4FWSA 4ISEA 4BQZA 1TYQB 3O1WA 4JD2B 1ATNA 1K8KA 3QDKA 2EWSA 5FPMA 4BG9A 3UKRB 4E1JA 2I7PA 5BPLA 3CQXA 1DGKN 4FWLA 1SZ2A 5BR9A 3EN9A 3L0QA 3A5OC 3VEXA 4QS7A 5BPMA 3H1QA 3VERA 3VGLA 4FWRA 1T6CA 1NLVA 1SQKA 2NLXA 2Q36A 4CZJA 2A6AA 4MLHA 4BRQA 4BQLA 1YUWA 2ITMA 2NZTA 3C7NA 5BREA 3MCPA 4XEIA 3IDHA 3D2FA 1P8ZA 3W3DA 3U9ZA 3C0BA 1BG3A 1GLFO 2BTFA 5I9EB 4H5TA 5AZIA 2GUPA 3VF4A 2F9TA 3CHWA 5AQNA 4H0YB 3M1FA 1YAGA 3GE1A 1U2VA 1H1VA 3J8AA 4XH4A 4CZEA 1XQSC 4FO0A 3WT0A 1TUUA 4B1WB 4KBOA 2ASOA 3UKUA 3VEVA 2Q1NA 1GLJO 3A0IX 4RCHA 2A42A 1IJJA 3H46O 4IZ9A 2YCHA 2E2PA 3KZBA 1DKGD 3FFKB 2P9KA 4ISFA 2D0PA 4BR2A 2QW9A 4WQ5A 4B9QA 3HTVA 3QB0A 5FPEA 5ADXH 1X9JA 4A61A 1NGEA 3LDPA 3QFUA 3FZLA 1CZAN 1TYQA 4JD2A 2QM1A 2CH5A 3DAWA 4PL7A 3FGUA 5LJWA 2QWPA 2GEMA 3ZETB 3D2FB 5EY4A 2P9NB 1JCFA 2E88A 5KQDA 1ATRA 3MMVA 4JN4A 2H3GX 3F9MA 4BRAA 1OKJA 3O4WA 1JCEA 3HI0A 3JXUA 4K43A 4BRPA 1BWFO 1GLBG 4CI6A 3VEYA 4BRFA 2GWJA 1NGJA 4CZMA 3ENHA 2IVOA 3UKUB 1R59O 3IMXA 1BA0A 5AQJA 3R6MA 3WXIA 3VEZA 3FZHA 3QBWA 4WQ5C 3G25A 1Q18A 4GY2B 4BRCA 3IFRA 2P9KB 5KPTA 4H5VA 3VF6A 4CBUA 3WQTA 2P9PB 4NO7A 1ZBSA 5LY3A 1DEJA 2A40A 4BC2A 2W41A 3LDQA 4WYBA 4EHUA 1E4FT 4K42A 3MDQA 2DPNA 4A2AA 1NGBA 4EIAA 1HKGA 5AQRA 5AFUH 2P9UB 1NMDA 2F9WA 1BDGA 3M3ZA 3CETA 4H0PA 5KPZA 2YJFA 3B8AX 3ZEUA 1NGHA 3ATUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ENBA 4BREA 3HM9A 4IG3A 2QWMA 5D3GA 3WXLA 3K0SA 4JKCA 4YDUA 2CGKA 3OYBA 3VPZA 4IO8A 4BC5A 2G8UA 1JLEA 2UXDK 3BF3A 3K5LA 3V1QA 4FVMA 3KLEA 3VETA 3ZETA 3LZJA 4PKGA 3TAGA 4FJGA 2P9NA 5C12A 2YHYA 1M1KO 5JS1A 4JAXA 1HMVA 2QA4N 1NJWA 1RBUA 5HRSA 1HNWK 1TUYA 4DLEA 5M1PA 2BDPA 3AVHA 1C6VA 5KI6A 1MDUB 2HHWA 4BROA 1MA9B 3DWLA 4OVLA 1NOYA 2OPQA 3OYJA 1HLUA 2QWRA 3M8PA 5EVZA 3I8BA 1XNQK 1S22A 3E9OA 4JI4K 3GG4A 1KVCA 4CZFA 1L3UA 1YVNA 3GDQA 4OLAA 3F2KA 2P9PA 1SV5A 4IFVA 4FM0A 4Y0WA 2KTQA 1QQOA 1RT7A 4FLWA 2P5GA 3K9KA 4B1XB 3RVCA 3H45C 3FZMA 2NUBA 1X3NA 2RE2A 3I0RA 4DR4K 4E7KA 4KHUA 4CJKA 4CEFA 3RR8A 5J2QA 4JLHA 3T19A 3NVKA 4DV7K 1CZBA 4UQGA 1VQNN 3AA2A 1QQMA 2WUSA 4MLEA 3LZIA 2NRZA 3SPYA 4CHNA 3V4IA 2RKIA 3O3GA 4NLBA 1XUPO 3TAQA 4DTPA 5AQHA 2HMIA 1GLAG 1Q82O 3R1XA 4LH4A 4W5RA 1B9FA 3V1RA 3SK3A 2F8TA 2JWKA 1OH5A 1RDCA 1C0TA 4O8KA 1Z6RA 4CBXA 4H5NA 4L8RB 3MN9A 5CYMA 4IJAA 4B9UA 2X6NA 3DRPA 4DF8A 1K9MO 1IBLK 3PLAA 1NBWA 4CJ7A 3PX4A 2O8CB 1GOAA 4O0JA 3ENOA 4KI6A 3RR7A 3AVFA 4DQQA 5AQMA 4XH5A 4ISGA 4JS4A 4DHYA 2FLOA 2YNGA 4AHCA 1WAFA 1QVFM 4WQ4A 3K9JA 4FWOA 4IG0A 4KTWA 3LDNA 1JKHA 3ATVA 4BC3A 3PUFA 3W0LA 3VGMA 2HBMA 1TAUA 4CEOA 2UYTA 3SUQA 3ZX3A 4BRMA 4BWJA 3DXMA 3MEDA 3O9TA 2Q97A 2ZJRL 4JI6K 3AARA 2XY6A 4YHHK 2UXBK 5TKYA 1MWMA 2HHUA 3A2FA 1IBKK 2VGNA 4FWQA 2QKBA 2D0OA 4AHSA 2P9LB 4QOZB 2DFEA 3NH1A 3VQDA 5ADXA 3LP0A 1U6ZA 3SQ4A 3VTHA 4CVNE 2CGLA 1QZ6A 1C1BA 4C23A 2P9SB 3QFPA 1HRHA 1KVAA 1E3MA 3EO3A 1NGDA 4FM1A 4LSLA 4M3ZA 4DCHA 4RW8A 3TAEA 2KFNA 3RSEB 1WN7A 2Z1IA 4G1QA 3ULDA 4IXCA 1T6DA 1K8AO 4LF5K 4CF9A 5AQIA 5DMRA 2P9IB 4EP5A 1MWKA 3UB5A 2PZSA 3SMPA 4CFAA 4DSIA 4CIGA 3OYMA 4B3TK 3VQEA 2HHXA 4F3TA 3H3NO 3HSTB 3VQ5A 4FJJA 5FRMA 2YHXA 2D5RA 3VGKA 4CGGA 2UU9K 5C2DA 5SWMA 4KHPK 1NGAA 3EZ5A 4RG8A 2OPPA 3GOIA 4FWPA 4AQYK 5J2NA 4GVMA 4H0VB 4B8AB 1WLJA 4IOCL 4CF8A 2QXFA 4MO5A 1HJOA 4CK3A 1T03A 3SQ0A 3OYNA 4KH4A 4FK2A 4O8UA 4IKFA 4Z4IA 3CPEA 4CIFA 3DRSA 4KRFA 4B9VA 4I7FA 4HUFA 3O80A 1FW6A 1Z05A 4KHSA 2G8VA 3CJ1A 4EHTA 2UXCK 1SAZA 1DLOA 1S1WA 2VWBA 5GAHP 1ILYA 4RWTA 5I3UA 3LP1A 1D4XA 3IAYA 3THWB 3KJVA 5JS2A 1OVYA 3CMAN 3V9SA 3NH0A 3ZSZA 1KLMA 4DR3K 3MK6A 3OW2M 4JI7K 2FF6A 1TL3A 2D1KA 2V7ZA 4RTFD 4M7XA 2Q0UA 3I56N 3E9LA 2YHWA 2V7YA 1HQEA 4ZHRA 1XC3A 4JV5K 3RRHA 4AHUA 5AQLA 4BVOA 4CCHA 1G99A 1LAVA 4ISEA 4OX9K 2AJQA 4ZTJA 3OVNA 3O1WA 1S6PA 3OS2A 1BQMA 3OA9A 1K8KA 2F8SA 4FZYA 4FJHA 1YHQN 3HJFA 4DF4A 2P1JA 5FPMA 4FWLA 4CJWA 4I2PA 1SZ2A 1W2BM 4XIUA 1WSJA 4CGIA 2IS3A 5HLFA 2E5LK 4DUYK 4NCGA 1SKSA 1RNHA 3OYLA 3VGLA 3ZLJA 2O8FA 1T6CA 1SQKA 4BRQA 2BGGA 3MXJA 4XEIA 4J2BA 4CGHA 1P8ZA 4RW7A 1T7PA 1XWLA 3U9ZA 3C0BA 1LWEA 4C8LA 4DSEA 2I5JA 3VF4A 3C6AA 3CHWA 2GBZA 3MEEA 1YAGA 3AVCA 3J8AA 1H1VA 1T3VA 1L3VA 4DTXA 3CCJN 4KFBA 4DWIA 1YJWN 2PYJA 4KH5A 4FLZA 3A0IX 3L3VA 4C8MA 4O55A 2FBYA 3C6TA 2YCHA 3SV3A 2E2PA 1W0HA 3ZSVA 1SL1A 1YT3A 4ISFA 2OPRA 4DV1K 2BE2A 3CQ8A 2D0PA 3VA3A 3QB0A 5FPEA 1ASVA 1D9FA 3DLBA 3QINA 1NGEA 4X66K 3LDPA 3MWTA 3QESA 3CYMA 1EKEA 4E7HA 3SNNA 3O4NA 3LP2A 3VQ6A 5LJWA 2QWPA 3TSPA 3ZETB 2P9NB 1NMNA 1QE1A 1RT6A 4JN4A 4W5NA 2VWKA 4MDAA 2H3GX 1OH7A 3HYFA 4BRAA 1BGXT 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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