4JD2B

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
377
Chain Sequence
QGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIREIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
total genus 104
structure length 377
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2B01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2B03
3ZETB 2IVPA 1D4XA 5I9EB 1BA1A 3VEZA 4CJ7A 2ZWHA 3BF1A 2CGLA 3DXMB 2A42A 1XUPO 2NRHA 4NB4A 1BUPA 1KAZA 1NLVA 3CHWA 3VEYA 4MLHA 3UKRA 1GLEG 1NGDA 2AP1A 3EKUA 3SK3A 1QZ5A 2Q0UA 1NGIA 3RSEB 4CZHA 3ULEA 4CZIA 3U4LA 3QDKA 1EQYA 1HKGA 2QWRA 4FWPA 3QICA 1RDWX 3QFPA 5KPZA 4XH5A 5AQFA 4WQ5C 2CGJA 5FPNA 3C7NA 3FZMA 3H3NO 2P9SA 3D2EB 3ZX2A 1Z6RA 2AA4A 3VEOA 4B1YB 3R8EA 3FGUA 2P9IB 3FLCO 3MMVA 4FWRA 3WT0A 3CJBA 3R6MA 1GLJO 1ZBSA 1IJJA 2ITMA 5AR0A 3CJ1A 2YJFA 3L6QA 1C0FA 3WXIA 3TPQA 5AFUH 2ASMA 3MN6A 2D1KA 4BC2A 2HF3A 3J8AA 5AZJB 2QXLA 4BC3A 3O80A 3VF6A 3VEXA 3HSCA 3VENA 2VCPA 4BRGA 3IFRA 1ATRA 3D7EO 4BR4A 4CBWA 1TUYA 1ATNA 4GNIA 2E88A 2QWPA 2P9PA 3VF4A 3WXJA 3SMSA 4BRPA 4CBUA 3VF2A 1NM1A 2A3ZA 3W0LA 4AM6A 4RTFD 3EO3A 3WXLA 2QWOA 2P9LB 3KZBA 3VGLA 3HTVA 3WUHA 4K25A 4WQ4A 2Q31A 5FPEA 1NGGA 3AAPA 3VESA 2GUPA 3SJHA 5KPTA 3L4IA 3VGMA 3LM2A 2CH5A 3O5BA 1T44A 4CZJA 2EWSA 1NGCA 4Z94A 1QQOA 4CZKA 4LC9B 4H5NA 3M1FA 5ADXH 1GLLO 1Z05A 5AQMA 2E1ZA 1NGFA 1P8ZA 4MLEA 1HJOA 1XC3A 3ZEUB 3G25A 3HI0A 2J4RA 4E1JA 4FO0A 5AQLA 1YAGA 4K41A 4WQ4C 4YDUA 1HKCA 2Q97A 3MN5A 4H5RA 3O1BA 2D0PA 2F9WA 4PKHA 3HM8A 3VETA 3FE1A 3H1QA 4H0OA 3H1VX 1ZXOA 1GLCG 3CQXA 4JHDB 5AZIA 5AQPA 2D0OA 5AQGA 5AQHA 4BG9A 3C0BA 3AAQA 5BRHA 2FSJA 3LDQA 4C23A 3SMPA 1U2VB 3FFKB 4I6MB 2QWNA 1KAYA 1BWFO 3U9DA 4BRMA 5AQTA 5EX5A 4IZ9A 4YDUC 4QS7A 4HWIA 1QZ6A 5TKYA 4AM7A 2NLXA 3DXKB 4MO4A 4Y0WA 5KQ8A 5AFUA 4JNEA 2HOEA 3IMXA 4H0YB 5JICA 4L3QA 2YI1A 1BA0A 2VYPA 2HMPA 3MDQA 2FF3B 3HZ6A 3LDOA 5AQKA 1NWKA 3BP8A 5BN8A 4CI6A 1WOQA 1BDGA 4O8KA 4J8FA 2Q2RA 4PKGA 3O4WA 2YHXA 3WXKA 2YCHA 3GG4A 4MO5A 3MK6A 3BF3A 4M63C 2QWMA 2YJEA 4BRCA 2GWKA 4H0TB 4M7XA 1K8KB 2PBDA 1TYQA 2I7NA 1QQNA 3VEVA 4BR0A 1U6ZA 5AQIA 3M3ZA 5EXWA 1G99A 4BRIA 5BPNA 2BUPA 3CQYA 3VPZA 4B9QA 1NGAA 4BRKA 3W3DA 1R59O 2FSKA 4CD3A 4A62A 1NMDA 3A5LC 2IVNA 4FWSA 3WEEA 5AQVA 3ATUA 3ZX0A 3HBTA 5JLFA 4FOEA 4ISEA 4JD2A 5EY4A 3GL1A 1RGIA 3MN7A 5F2RA 1X9JA 3UB5A 4FPBA 3ZETA 3BUZB 3D2FB 2E2PA 3DXMA 3LM9A 1NGJA 4FWOA 4DQ8A 3SLCA 1SZ2A 5AQUA 5EVZA 4BGBA 4BRHA 3UKUB 2E2QA 3CJ9A 3RSEA 5AQYA 1T6DA 2P9UA 3VERA 5AQNA 4QS9A 3WQTA 2I7PA 2V52B 1YXQA 1BU6O 5AQRA 2V51B 1NGEA 3D2EA 4CZLA 2GWJA 1YVNA 1HUXA 4FWMA 3VGKA 3A0IX 2P9IA 3LDNA 5JLHA 2P9KB 4RWTA 4FL9A 4BR5A 3DJCA 2A41A 1IG8A 2E20A 4HTLA 4DCHA 1LOTB 4BR2A 4BROA 2V7YA 2PAVA 4BG8A 4BREA 4RCHA 4B1ZA 5FPDA 4IO8A 1BG3A 3S41A 5AZJA 5AQSA 3EN9A 4EAHD 1J6ZA 4BC4A 1BOTO 3O8MA 5AQJA 1WUAA 3EZWA 1YUWA 3ENOA 4FWNA 1OKJA 2P9NB 4IJNA 4F9OA 4PL7A 1NBWA 1X3MA 4K42A 1S3XA 4ISFA 5LJVA 3CERA 2WUSA 1JCFA 1MDUB 3BEXA 2P9LA 1DEJA 2IIRA 2QW9A 4BRAA 2FSNA 4CD1A 5E26A 3QBWA 4H0VB 3CJCA 4O5FA 2Q36A 3GE1A 2YHWA 4BC5A 2ZF5O 2CGKA 2D4WA 1SAZA 1JCGA 2NZTA 1Q18A 1DKGD 3LDLA 3UKRB 3ZEUA 1X3NA 5AQZA 2UYTA 3FZFA 5BREA 1ESVA 1HKBA 1TUUA 1LCUA 2E8AA 1HX1A 3ULEB 5ELZA 1DGKN 3AARA 4M7YA 4KBOA 2CH6A 4EHTA 3C7NB 2P9SB 5E84A 4FWLA 3UE5A 4H5VA 4NO7A 3EKSA 3QMLA 4XH1A 3MN9A 4JHDA 5BPMA 3ZX3A 4A2AA 3A8YA 4WYBA 3FZLA 4GY2B 3B8AX 3LDPA 3JXUA 4WQ5A 3P4IA 1U2VA 3DWLA 1QQMA 4I6MA 2E2NA 2Q0RA 4IWVA 4BR9A 5B8HA 3H46O 4H0XB 4BGAA 5AQOA 4BRDA 3GDQA 3GBTA 3M6GA 5ADXA 3DXKA 2HF4A 4CZMA 3U9ZA 4BRQA 2A6AA 3KHYA 2Q1NA 4A2BA 3QB0A 3VOVA 1XQSC 1S22A 2IVOA 3O08A 5AQQA 1RFQA 2VWBA 2P9UB 2GEMA 4FPAA 3TU5A 2H3GX 1HLUA 2P9PB 1GLDG 3QFUA 5JMVA 2QWLA 4PL8A 1H1VA 1GLFO 1K8KA 2FLOA 5BRFA 4QS8A 3ATVA 2GELA 5FPMA 4EIAA 3A5NC 3I33A 3LL3A 3R9PA 4PKIA 4B1UB 3JS6A 5KPRA 4BRLA 4ISGA 4CZFA 3CJAA 3H6EA 4FOIA 1E4FT 4DHYA 2E2OA 5LJWA 4CBXA 4JN4A 3L0QA 3IDHA 2ASPA 3H45C 4JAXA 4B1XB 4BR7A 2E1YA 4H5WA 1KXPA 4EHUA 3D2FA 1T6CA 2W40A 3A5OC 3QBXA 3CETA 5BN9A 5BPLA 4BRNA 1ZC6A 1MWMA 2QWQA 3O1WA 1MA9B 3CI5A 4DB3A 3UKUA 3ENHA 1V4TA 2A40A 5KQDA 3GOIA 5AZIB 4K43A 3FZHA 1GLBG 3I8BA 2ASOA 5AQWA 4BVOA 3WQUA 2W41A 3CJ7A 3H3OB 1MWKA 4H0PA 1QHAA 2GTDA 4XEIA 5EOYA 1ATSA 1NGHA 1JCEA 4B1VA 5BR9A 4B1WB 2DPNA 4FWQA 3EL2A 1E4GT 1KAXA 1V4SA 4BRFA 2P9KA 4A61A 4CZEA 1NGBA 2YHYA 4FWKA 3U8XA 1BO5O 3CIPA 3F9MA 2ZGZA 1Y64A 1C0GA 5CE3A 4H5TA 4BQLA 5LY3A 3DAWA 3ID8A 1TYQB 1HPMA 2FXUA 2OANA 2BTFA 2FF6A 2ZGYA 4FSVA 4EFHA 2A5XA 3FR0A 5F1XA 5AQXA 3AY9A 2P9NA 3IUCA 1SQKA 5F0XA 4BQZA 4H03B 3FZKA 1GLAG 4IXCA 4CZGA 2QM1A 4IJAA 2KHOA 2V7ZA 2F9TA 5BRDA 3WEEB 3KVGA 3VEWA 3A5MC 4XH4A 3MCPA 1CZAN 3O6WA 4JD2B 3OHRA 4BVPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHQA 2RHKA 5C24A 3CCJN 4LFAK 4NB4A 1BUPA 3VEYA 4FJXA 3KWIA 3VQ8A 1IBKK 3K2PA 3SK3A 1QS4A 4E89A 4KHUA 1MU2A 3G4SN 4FWPA 3QICA 2JWLA 4KHPK 4BDPA 1VAZA 5AQFA 4WQ5C 3H3NO 3D2EB 4JKCA 3PY8A 4H8KA 5T7BA 4B1YB 5GADP 2E6LA 4CEQA 4FZXC 5DM7L 3LPTA 2YJFA 3OY9A 3OW2M 5AFUH 3DI6A 3K0SA 4C1NI 3MN6A 3NH2A 4CJSA 3F73A 3VQ6A 4BECA 1IV0A 1S9EA 5AZJB 4LF8K 2VQEK 3O80A 3VF6A 5I42A 3JSMA 2VCPA 1HNVA 2O4GA 1ATRA 3HP9A 3SPZA 3LP0A 4BR4A 4CBWA 3M8PA 1ATNA 4M3TA 1RTDA 3D45A 1J53A 4OPAA 1NM1A 2A3ZA 4RTFD 1HPZA 3EO3A 1NJXA 2QWOA 3VGLA 4B08A 4FM2A 1VSIA 4FJ9A 5FPEA 2DFHA 3AAPA 3VESA 3MX5A 1QSLA 1U45A 5KPTA 1W97L 4I7FA 2EWSA 4DR6K 3ZCMA 4FJMA 4EZ6A 1P8ZA 2Z1HA 3QO9A 1XC3A 3ZEUB 3DLKA 4E1JA 5KGXA 1WBDA 3SQ4A 3RR7A 5M1NA 4K41A 4FXDA 2OPQA 2FBYA 1YJWN 4CGJA 5C2DA 4B9UA 1SUQA 2Y1JA 2IOCA 1VHXA 3VETA 3KIOA 3H1QA 5GAHP 4RW4A 5AQHA 1HRHA 4C8KA 3HPHA 3K9KA 4FJLA 4A5BA 3FFKB 1VQ5N 5LL6Z 3G6EN 1OVYA 1L3UA 3CFRA 4YDUC 4QS7A 4HTUA 4HWIA 4MQ3A 4MO4A 4JK7A 1KC8O 3F2KA 4OPHA 5AFUA 4FJ8A 4H0YB 4CEFA 4MDAA 1S9GA 3THYA 3ZYYX 2YI1A 1DT9A 2HMPA 2FF3B 4O8KA 2Q2RA 4GV9A 4PKGA 4CK3A 2YHXA 3KK3A 4MO5A 3SAHA 3J81O 4H0TB 1T8EA 3OBYA 3C65A 3TAEA 1HJRA 3OS0A 2OA8A 4DTSA 3VEVA 4BR0A 1OH6A 2PYJA 3M3ZA 4E7IA 4DS5A 3OYJA 2QXFA 4DF8A 4OGEA 2BUPA 4FM1A 1Q82O 2PY5A 1EXQA 4JLHA 1L3SA 2C1IA 2IVNA 4FWSA 1RT6A 1VRTA 4KRFA 3AVAA 4ISEA 1NK0A 3MN7A 4CEAA 3BUZB 3RMCA 3VA3A 1YF5L 2YKNA 4Y1CA 2E2PA 3DOLA 3DXMA 3LM9A 1NGJA 4FWOA 5JS2A 3AGKA 1J5EK 1SZ2A 4B9MA 3RWUA 1HNZK 4DTOA 1VSDA 1QSYA 3RSEA 1BIZA 1X1PA 2P9UA 3WQTA 3PX0A 4KHYA 1RDUA 2HHHK 1WSEA 2I7PA 3ALYA 2PFUA 4CJ4A 4FLTA 1YXQA 1NGEA 3SUOA 1LW2A 3QEXA 3MXJA 2HVIA 1KFSA 3L2WA 3A0IX 5JLHA 4NXMK 1DTQA 3CC4N 4BR5A 2A41A 3ZSWA 1SKWA 2E20A 4J2EA 3NGYA 4FJIA 1LOTB 3OJUA 1W0HA 1RDDA 3DM2A 4BREA 3LPUA 4KH4A 3DLLL 4FLUA 2G8VA 4RW8A 4LFBK 5JS1A 1J6ZA 2YV0X 3K5NA 5AQJA 2KW4A 3EZWA 1NK6A 1YUWA 1TL3A 3K59A 3NGZA 1OKJA 2P51A 4FLXA 4E19A 3CC2N 3HK2A 4PA1A 4ISFA 4YNQA 1YT3A 1JCFA 4CF8A 3M5RA 3O9SA 1VSHA 1HNWK 2IIRA 4LH5A 4BRAA 1TK5A 4DV5K 4CGDA 4KB0A 5M1QA 3QBWA 2G8FA 1BI4B 3WNHA 4KHSA 3O9UA 1XWLA 4M3UA 4N76A 2Z1GA 3HOTA 3LWLA 2ZF5O 4O55A 1QE1A 1Q18A 3UKRB 1NKEA 5AQZA 3WXMB 1WSIA 4O0IA 1IO2A 3K5LA 1A5VA 3IRXA 1ESVA 2E8AA 1HX1A 3SQ1A 5FLXO 1ZBIA 1YJ9N 1CXQA 3AARA 4M7YA 4CESA 3S3NA 3QMLA 4DFKA 4JHDA 5BPMA 1B9DA 3QEVA 3SPYA 4I9LA 3NF7A 1RBVA 1OVQA 3JXUA 4JS5A 3KK1A 4WQ5A 4E7HA 1QQMA 4IWVA 2E2NA 3V1OA 3H46O 4QAGA 4BGAA 3GDQA 4YHHK 3SJJA 3DXKA 4I2QA 4LF6K 3U9ZA 4BRQA 4JKDA 2GUIA 1EETA 1IBLK 4NLCA 3AO5A 3O08A 1JLBA 4FPAA 4FK4A 2H3GX 5M1KA 4HCCA 4PL8A 1H1VA 2FLOA 4QS8A 2W42A 4B9VA 2W6LA 4PKIA 2O8BB 4E1NA 3BGRA 4FOIA 3L2VA 4JI2K 1SS6A 2E2OA 3THVA 2HMIA 3L0QA 3IDHA 4PY5A 3KJVA 3H45C 1RT2A 1S1VA 4B1XB 4BR7A 3TAGA 1WSFA 2ZM6K 3WNFA 3RMDA 1D8YA 1KSPA 2W40A 3A5OC 3CETA 5BPLA 4BRNA 2QWQA 4K8XA 4OKEA 4GV6A 4DB3A 3UKUA 4KTQA 3ENHA 3V1RA 5D3GA 1BQNA 4K43A 1C0MA 3HL8A 4LF7K 3VQBA 5AQWA 3HOSA 3CJ7A 1L3VA 3TI0A 1QHAA 1S5JA 3SBGA 1J5OA 4ID5A 2GTDA 1NK9A 5EOYA 1ATSA 4IOAL 3AA2A 4IFVA 3EL2A 3QIPA 3OYFA 1KVBA 4A59A 3QINA 3QIOA 1N36K 4FWKA 1UAXA 2GBZA 2QI2A 4HHTA 1BO5O 3F9MA 2ZGZA 1OH8A 2G8UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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