4JHDA

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTEEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELKDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
total genus 124
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdA03
3EN9A 3VERA 4IO8A 1T6CA 3SJHA 4H5NA 4BC2A 4BRHA 4DCHA 3KZBA 1S3XA 5BN8A 4MLEA 4H0PA 1NGJA 2F9TA 4IZ9A 2F9WA 1C0FA 1U2VA 5AQWA 3VEYA 2YHWA 1X9JA 1TUYA 4YDUC 1QQOA 3MN6A 4CZEA 3AARA 1HPMA 4CZJA 3R9PA 4DQ8A 3EKUA 2VCPA 3ENHA 2AP1A 5ADXH 1DEJA 3WEEB 5F0XA 2Q31A 1ATSA 4AM7A 3A0IX 4L3QA 5E26A 5AQMA 5AQNA 3CQXA 3M6GA 2NZTA 4FPAA 4B1WB 2DPNA 2QWNA 4B1VA 5AQFA 4I6MA 1QHAA 3O6WA 3MN7A 5EXWA 1Z6RA 2CGJA 2GTDA 2NRHA 3L4IA 3M3ZA 5AQIA 3VETA 2P9KB 5AQTA 4XH5A 3U9DA 2Q0UA 4BRAA 3VESA 2A40A 3IDHA 1NM1A 5BREA 4PKIA 1HX1A 4PL7A 2QWPA 1MDUB 3CJ7A 3VEOA 3D2FA 4KBOA 4BQLA 4BRFA 4WYBA 2GUPA 1SZ2A 1BA0A 4EHUA 1ATNA 3A5NC 2HOEA 3ULEB 4CBXA 1GLJO 3ZETA 2FSJA 3CJAA 4H5RA 4J8FA 3MN5A 3QMLA 5EVZA 2E88A 3WXLA 2V51B 4BRCA 3ZEUA 4FWSA 4FOEA 3FR0A 3FZHA 2A3ZA 3ZX3A 3WXKA 4BR2A 1TYQB 3FZFA 3EKSA 1XUPO 1BG3A 4B1XB 1NGDA 1XQSC 1JCGA 3D7EO 5AQVA 3W3DA 3CHWA 3D2EA 2AA4A 4BR4A 4BG8A 5AQQA 4H0OA 2QWRA 4B1UB 3O5BA 1G99A 2A42A 2E2NA 2YI1A 3H1QA 4FWKA 3O1WA 1V4TA 2PBDA 2HF3A 3A8YA 2ITMA 2P9PB 3SMPA 2P9UA 2Q97A 4FO0A 3H45C 1JCFA 1GLDG 1NGIA 4IJNA 3AAQA 1Q18A 1T6DA 5I9EB 3UKRB 1NBWA 3TPQA 4BC4A 3H46O 3VOVA 4F9OA 1BWFO 2KHOA 3QBXA 1P8ZA 1KAYA 4IWVA 3DXMB 5AQYA 2FF3B 3MDQA 4M7YA 4RTFD 2D1KA 2E1YA 2Q0RA 4BREA 1ZC6A 2ZGYA 5BR9A 1ZBSA 1D4XA 5KPRA 2GWKA 1LOTB 2CH5A 2P9LB 3QBWA 2V52B 3WEEA 4FL9A 2IVOA 3JS6A 3H3NO 4JAXA 3L6QA 5AQSA 2CGKA 1MA9B 1XC3A 4DB3A 3EZWA 2QXLA 4EAHD 2HMPA 1TUUA 5AQLA 4E1JA 4CZLA 5AQHA 3O1BA 2FSNA 2QM1A 3AY9A 4O8KA 2I7NA 2QWMA 2P9KA 4BG9A 4B1ZA 4C23A 1KAZA 3GL1A 4FWQA 5AQOA 4BR7A 2P9IB 2P9SB 3H3OB 3MK6A 4GY2B 4CD1A 3VEXA 3WQTA 2ZGZA 2YJEA 3HSCA 1H1VA 4XH1A 3UB5A 3LM2A 3WXJA 1BU6O 2PAVA 3FFKB 3ULEA 3BF1A 2ASPA 3CIPA 3VGLA 4AM6A 4BRMA 3GE1A 3H6EA 5JLFA 2QWOA 1MWKA 4H0VB 3VF6A 4PL8A 3W0LA 3LM9A 3F9MA 4XEIA 3IMXA 1YVNA 3QDKA 1TYQA 3A5LC 3BF3A 1HKCA 3HM8A 3OHRA 4B1YB 2Q1NA 2VWBA 3DXKB 4A61A 2YJFA 5EX5A 3JXUA 2CH6A 5ADXA 3B8AX 4B9QA 4JNEA 2A5XA 1T44A 1LCUA 2P9PA 2QWQA 1K8KB 4JN4A 4DHYA 4BGBA 4HTLA 1BO5O 5AQKA 3GG4A 3H1VX 1SQKA 2W41A 3L0QA 1NLVA 3BEXA 5EY4A 5TKYA 3UKRA 4MO5A 3SLCA 4CBWA 5JMVA 1QQNA 4LC9B 4NO7A 4H0TB 3CQYA 3DAWA 1QQMA 1NGCA 1BOTO 1YUWA 3MN9A 5B8HA 2V7YA 5LY3A 3C0BA 5AZJB 3A5OC 1BUPA 2YHYA 4K42A 2H3GX 3DXMA 1EQYA 3QFPA 4FPBA 1OKJA 4CZGA 4RWTA 3CJ9A 2QW9A 4WQ5A 4PKHA 2P9LA 3VGMA 5AQXA 4ISFA 5KQDA 5KPZA 2J4RA 4CZMA 2BUPA 3R6MA 5F1XA 2P9NB 4BR9A 2ZWHA 5BN9A 2IVNA 4FWRA 5E84A 1NGFA 3WUHA 3LDNA 2Q2RA 2ASMA 1GLAG 1QZ5A 5KQ8A 3EL2A 1IJJA 3LL3A 5FPEA 1NMDA 2ASOA 5FPNA 4H03B 4CJ7A 4CBUA 4HWIA 1RDWX 2E1ZA 2IVPA 2Q36A 3ZX0A 1NGHA 3FZKA 4CZFA 3LDPA 3C7NB 4JD2B 3U9ZA 3SMSA 4CI6A 1SAZA 1X3MA 5EOYA 3VENA 2P9IA 2P9SA 4EFHA 2FLOA 1R59O 4NB4A 4YDUA 5AQJA 5FPMA 3U4LA 2IIRA 3DWLA 4QS7A 3GDQA 4BR5A 3GBTA 4IJAA 3FGUA 3QICA 1DKGD 2ZF5O 3IFRA 3CJ1A 3I33A 1HLUA 4BRDA 3CERA 4BRKA 3DJCA 2FF6A 1ESVA 1E4FT 3QB0A 1RFQA 2WUSA 1ZXOA 2UYTA 4CD3A 2VYPA 3FZLA 3A5MC 2YHXA 3ATVA 2YCHA 3U8XA 1HKBA 2GELA 3UKUB 4JHDB 1V4SA 3EO3A 1Z05A 4BC3A 1HUXA 3RSEB 3DXKA 3BP8A 2OANA 1KXPA 4WQ4C 2E8AA 5AZIB 4PKGA 5BRHA 3CJBA 3O08A 1YAGA 4M63C 3WQUA 3AAPA 1WUAA 3KVGA 1K8KA 3FLCO 1NGBA 4QS8A 3VEWA 2HF4A 4FWOA 3LDQA 3MMVA 3CI5A 4FWLA 2EWSA 2D0OA 5AFUH 4K25A 4ISEA 2W40A 3J8AA 2E2QA 2NLXA 4BRGA 1Y64A 2E2OA 3BUZB 5ELZA 5BRDA 1MWMA 3UE5A 1GLFO 2FSKA 1U2VB 1NWKA 1X3NA 4O5FA 1DGKN 3M1FA 5AQRA 5AZJA 1S22A 1E4GT 1NGAA 3ZX2A 4RCHA 5CE3A 4GNIA 4IXCA 4BGAA 3HTVA 3LDOA 5BPLA 1BA1A 4MLHA 5BRFA 3MCPA 3P4IA 4FWPA 3ENOA 3VF2A 4CZIA 1QZ6A 2I7PA 2A6AA 2P9NA 4FWNA 3VEZA 5FPDA 3VPZA 4XH4A 4ISGA 4A2BA 5BPMA 4I6MB 4BRLA 4BROA 4QS9A 3TU5A 5LJWA 1JCEA 1CZAN 3FZMA 1RGIA 5JLHA 1NGGA 4M7XA 4BVOA 2FXUA 1YXQA 4BRIA 1WOQA 1NGEA 3FE1A 1C0GA 4FSVA 3GOIA 4MO4A 3O8MA 1HJOA 3WT0A 5AFUA 4JD2A 3C7NA 5KPTA 3KHYA 4BRQA 3HI0A 4BR0A 1GLLO 3D2FB 1J6ZA 2D4WA 3VEVA 3IUCA 3ID8A 4K43A 4H5TA 4BRPA 3VGKA 1ATRA 3ZETB 3HZ6A 5AQPA 2CGLA 2D0PA 4CZHA 3HBTA 1GLCG 4H0YB 1GLBG 5BPNA 2QWLA 3ZEUB 4K41A 1GLEG 1IG8A 2V7ZA 3G25A 3R8EA 4FWMA 2GEMA 3WXIA 3O4WA 4A62A 4BC5A 4Z94A 3S41A 5AQGA 4A2AA 5JICA 3UKUA 4JHDA 3O80A 2E20A 3D2EB 4EIAA 2BTFA 4BQZA 4BRNA 1HKGA 1BDGA 4BVPA 4WQ5C 3QFUA 3CETA 3RSEA 5F2RA 2E2PA 5AQUA 5AZIA 5LJVA 1U6ZA 4FOIA 2P9UB 4H5WA 3SK3A 3LDLA 5AR0A 3VF4A 4CZKA 5AQZA 4Y0WA 1KAXA 3ATUA 4WQ4A 4H0XB 2A41A 3I8BA 4EHTA 2GWJA 3CJCA 4H5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BZKA 4U7BA 1T6CA 3SJHA 2OPRA 4H5NA 4NYFA 1S3XA 1HNVA 2F9WA 1C0FA 1EWRA 3VEYA 1VQ9N 3C6TA 4J2BA 1HPZA 4JI6K 4CZEA 2IOCA 5KRTA 4X66K 3IS9A 3CCLN 3ZT0A 4DR3K 2KQ2A 2O4GA 1DEJA 4DS4A 4YOTA 4AM7A 4L3QA 1DTTA 1EO1A 3L4QA 3M6GA 4KHQA 4IFYA 4M41A 1TKTA 4OPKA 1NJZA 1J5OA 1QSSA 2GTDA 3L4IA 1BCOA 2ATQA 3R3LA 2B6AA 5AQIA 1D9DA 1RT2A 1I94K 4BRAA 3T3FA 3VESA 3IDHA 3VQ8A 1K73O 3VEOA 2B5JA 3CJ7A 1K9MO 2GUIA 4BRFA 4F3OA 2WC9A 1SUQA 4GV6A 3PX0A 4CJ3A 3CCUN 1VQPN 4CBXA 1RTDA 3ZETA 4H5RA 3J7AP 2HNYA 1FXXA 5M1OA 3CC7N 5EVZA 3KLEA 2E88A 3O4QA 4KV8A 3WXLA 3CMEN 3O3GA 1LW0A 3A2FA 3K58A 4IOCL 3ZX3A 3TAEA 1W7AA 1IO2A 4M3WA 1NGDA 2JLEA 1JCGA 3D7EO 2AA4A 1P90A 4DTOA 5AQQA 2G8VA 2QWRA 4B1UB 3MXIA 3BGRA 1G99A 2A42A 1NJXA 2YI1A 1VQMN 1N8RO 4LFCK 4FJ5A 3HOSA 4CE9A 2KLAA 2Q97A 4NCBA 4FO0A 2VG5A 1O13A 3THXA 4YORA 3WNFA 4JRPA 4B9VA 1VRTA 3VOVA 2KHOA 3QBXA 4C8MA 2Q3SA 1KAYA 2O8EB 2FF3B 4RTFD 4CK1A 2D0AA 2D1KA 3ZT4A 4ILHA 1VSJA 2ZGYA 5BR9A 3TAPA 3AGKA 3JSMA 2UXCK 4FL9A 2YX6A 4JAXA 1NK7A 1C0UA 5AQSA 3KD5E 4OGCA 2KKZA 2NRVA 1XC3A 3M8QA 4DTJA 3SJJA 4AHVA 4LF8K 1RBRA 2HMIA 3AO3A 3LPUA 1TUUA 3ZSXA 4JYAK 3CCVN 5AQHA 4CJTA 4JI2K 3RVCA 4B1ZA 3VTIA 3GL1A 3V9UA 3NBPA 2F8SA 4BWJA 3H3OB 3MK6A 3CG7A 3WQTA 4CJQA 3RMDA 4C1NI 4H4OA 3UB5A 1OH6A 3LM2A 1A5VA 2PAVA 3CF5L 3S9HA 3KLGA 2QWOA 1MWKA 5CYQA 3O9QA 3VF6A 3W0LA 3IRXA 5J2QA 3LM9A 3F9MA 4FZYA 2D0BA 3J7ZO 1OH7A 1RBTA 1UOCA 1QSLA 4GV9A 4FJMA 4WFNL 3CFOA 1RT6A 5EX5A 3JXUA 1WAFA 3L3UA 1C1BA 4B9QA 1FKOA 2OPPA 1T44A 1KFDA 1C0TA 3PX4A 1LCUA 2QWQA 4CEZA 1K8KB 4DHYA 1XHZA 1YJWN 3KKSA 1B9FA 1WSGA 3H1VX 5TKYA 1NLVA 3BEXA 1Q9YA 2R7YA 3ULDA 2YHAA 3K0SA 3NVKA 4KTQA 4N76A 4PA1A 3DAWA 3IKMA 4LH4A 4DUYK 5LY3A 2V7YA 2Z1IA 3CFRA 3KIOA 2QEXN 2O8EA 1CXQA 2XY6A 1EXQA 1SS6A 1YTAA 3WNEA 3J81O 3EE8A 1VHXA 1N6QA 4CF1A 4ILGB 3VGMA 5KQDA 4CZMA 2ZWHA 5BN9A 2IVNA 4ELTA 3CM5A 1BL3A 3QESA 4QOZB 4CEQA 5DK5A 3EL2A 1VSMA 4DSFA 2IS3A 2HHVA 3LL3A 2LSNA 1NMDA 3D45A 2HB5A 2FBYA 4HWIA 2Q36A 2JWLA 3U9ZA 1X3MA 5EOYA 4UQGA 3KLFA 3S3NA 4K8XA 5AQJA 3U4LA 1S1WA 2VQFK 4TSXA 1GOBA 3C6HA 3TWHA 1Q8IA 2HHUA 3N4PA 3FGUA 4F2SA 1DKGD 3KK7A 4E1NA 4JI0K 4L8RB 5JENA 3CJ1A 1HLUA 4BRDA 2XO7A 4FZZA 3S3OA 3OY9A 3NDKA 1S6PA 1GOAA 2HHWA 1FJGK 1ZBUA 4KHPK 4CD3A 2VYPA 2YHBA 4CJVA 4DV4K 1E3MA 2GELA 3DOKA 3KK1A 2C1IA 1SKRA 3EO3A 3SI6A 1MU2A 4CFCA 5HRPA 1HUXA 2RHKA 2DFFA 3RSEB 2HHQA 2O8FB 2E8AA 5AZIB 4PKGA 4O0IA 3O08A 5J2MA 1VAZA 4O5BA 1K8KA 3VEWA 4CFDA 3NF9A 4FWOA 4BE0A 3CCEN 3MMVA 3CI5A 4RW6A 4M45A 4CEBA 2EWSA 3TTCA 2D0OA 2W42A 4O8UA 4K25A 1KLMA 4NXMK 4IDHA 4KREA 4BRGA 1Y64A 2E2OA 4Z4CA 3TSPA 4CF2A 3OS1A 4CCHA 1WSJA 2NRRA 1S22A 3SAFA 3ZX2A 4LFBK 1W2BM 4RCHA 1L3VA 4JKAA 4BGAA 3C6UA 4AHRA 4AILC 3P4IA 4Q0BA 3VF2A 2E6LA 4KI6A 3V9SA 2I7PA 3M8PA 2A6AA 4GVEA 4OVLA 1JL2A 4DR6K 1JJ2M 1KVAA 3O9TA 4QS9A 1VSEA 3FZMA 2O8CB 4FLVA 3EEQA 4M7XA 5JS1A 4CIGA 1NKEA 3FE1A 4MO4A 5AFUA 3GOIA 3K9JA 4CHNA 3HO1A 3AGRA 1KQSM 3HI0A 3QIPA 3D2FB 3DYAA 3LANA 4RW9A 1JLQA 2HBKA 4KHYA 1R0AA 3C65A 1LWFA 2D4WA 2G8IA 4FW1A 4JKBA 4CJ5A 1ZBFA 4BRPA 4W5QA 1VQ4N 4C8LA 4KAZA 1QQCA 4C8OA 3E9LA 2CGLA 3PSFA 1GOCA 4LD0A 4BY9C 4FK0A 1WNSA 4H0YB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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