4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/protein binding
molecule keywords Actin-5C
publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
source organism Drosophila melanogaster
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
5KQ8A 1GLEG 4WYBA 3D2FA 3W3DA 4NO7A 5AQTA 4B1XB 4GNIA 2P9NA 3M3ZA 4FWNA 5EXWA 2QWNA 3LDLA 4H5WA 2HMPA 5BPLA 3B8AX 3BF1A 4FL9A 2E88A 5AQZA 3EKUA 5AQNA 3A0IX 3ZEUB 3VF2A 4MLHA 3HBTA 1GLDG 2QWRA 2P9IA 5AZJA 2QM1A 4H03B 1TYQA 2DPNA 2ASMA 2Q2RA 3C7NA 3VEXA 4BC4A 4CZEA 5AZIA 4IZ9A 5LJWA 3HTVA 4ISEA 4Y0WA 4CI6A 2P9LA 2E2PA 4K42A 1E4FT 4MO4A 3SMPA 3U4LA 2IVOA 3SJHA 2V52B 2QWQA 1E4GT 4CJ7A 1XC3A 3QFPA 4BRAA 2HOEA 1ESVA 4FPAA 5F0XA 3A5LC 3LM9A 5EVZA 5AQGA 4DQ8A 3EL2A 2QWOA 4ISFA 3FE1A 3CETA 2D0OA 4BR0A 3U8XA 1MWKA 2W40A 4CZFA 4EIAA 4FWPA 3MN6A 3HSCA 5AQKA 4BRPA 3UE5A 4H0XB 3VPZA 2I7PA 5BPNA 3LDQA 4L3QA 4XH1A 4H0YB 4BREA 3U9DA 3ZEUA 3H46O 5AQJA 1QHAA 3GBTA 3QBWA 2ASOA 4HWIA 3H45C 4QS7A 4WQ5A 4FO0A 2FXUA 5E26A 3VEYA 1QQNA 2Q1NA 4FOEA 3QB0A 4BR2A 4BRQA 4CZJA 5BR9A 5FPEA 1P8ZA 1ZBSA 4H0PA 4CZKA 3UKRB 2F9TA 4RTFD 1NM1A 4WQ4A 4A62A 5BN8A 4BGBA 4IXCA 1NGEA 4O8KA 4K25A 1NGIA 3CI5A 2CH5A 3GG4A 3AAQA 4BR7A 3IFRA 3C0BA 4PKIA 5AQPA 1XUPO 3O4WA 4H0OA 3GL1A 4FWRA 2AP1A 1KXPA 2D0PA 3A8YA 4QS9A 5BRDA 5KPZA 2ZGYA 2E1ZA 1Z6RA 3IUCA 2YHYA 3FZKA 1BO5O 1MDUB 1ZC6A 3CJ7A 4IJNA 4EHUA 4NB4A 3CQXA 5LY3A 1NGFA 3QFUA 3VERA 2VYPA 3FGUA 4DB3A 4KBOA 4WQ5C 1S3XA 3O5BA 2QXLA 4AM6A 4BRMA 1T6CA 2E20A 4BRNA 4H5NA 1U2VB 5LJVA 2HF3A 2GELA 1GLLO 3UKRA 4B9QA 2FSJA 1BU6O 4WQ4C 5AFUA 4JN4A 3QMLA 5E84A 5AQVA 3UKUB 3VGLA 3WUHA 3CJ9A 4BRCA 1NGGA 1YUWA 5EOYA 3JS6A 1HJOA 3CJ1A 5KQDA 1KAXA 3VOVA 2NZTA 3ATVA 2W41A 1HX1A 1Q18A 4CZIA 3O1WA 2QWLA 3ZX0A 3BP8A 3LDOA 4A61A 5BRFA 4BG9A 5BRHA 3FLCO 4FWSA 1KAYA 3F9MA 1X3NA 4CBXA 4M63C 1BUPA 3WXKA 1U6ZA 1LOTB 5AQUA 3R6MA 5AR0A 3ID8A 5I9EB 1U2VA 4BVPA 2FSNA 4BGAA 4RWTA 5AQHA 1JCGA 1Z05A 2H3GX 3HI0A 4CBUA 3VESA 3O80A 3U9ZA 5AQSA 2E2NA 3UKUA 4EFHA 3R9PA 1GLCG 4J8FA 3WQTA 4IO8A 1GLJO 4FWKA 2Q36A 4B1WB 3ENOA 3M1FA 4PKHA 5AQFA 2NRHA 3EKSA 1IJJA 1T6DA 5F2RA 4PL7A 5B8HA 1HLUA 3H1QA 3FZMA 1C0GA 5AQWA 2AA4A 3BF3A 2ZF5O 1NWKA 4DHYA 3MN7A 1BDGA 3SLCA 1OKJA 1JCEA 1NLVA 4BQZA 2FF6A 3MN5A 4LC9B 3R8EA 3VGMA 4BR9A 2YJFA 3DJCA 3L4IA 1HUXA 1YXQA 4CZHA 1RFQA 3A5OC 4XH5A 1WUAA 3MDQA 5AQOA 2I7NA 4A2BA 3BUZB 2KHOA 1QQMA 2ZWHA 5KPRA 3VF4A 5ELZA 5AQMA 5AQLA 4FOIA 3CJAA 3WEEB 3CJBA 3CHWA 3L0QA 5AQQA 2VCPA 2A42A 5TKYA 3VETA 3KVGA 1BA0A 1NGCA 1NBWA 1X3MA 2YI1A 1KAZA 1J6ZA 4I6MB 4B1YB 1G99A 3VEOA 2YJEA 1NMDA 5EX5A 3H6EA 4XH4A 4B1ZA 1K8KB 3CIPA 3HZ6A 2A40A 2V7YA 3D2EB 1QQOA 1D4XA 4BRGA 2GUPA 1SQKA 1HKGA 3MN9A 3O1BA 1LCUA 3VEVA 4BRIA 4A2AA 2QWPA 4YDUA 4FWOA 1DKGD 5BPMA 3O08A 1SAZA 2FF3B 1BG3A 1XQSC 5FPMA 4K41A 5JLHA 1ATNA 2IIRA 3EO3A 4O5FA 4BRDA 3H1VX 2CGKA 4BR4A 3TU5A 4GY2B 4CZMA 4H5RA 3WEEA 1ATRA 3FR0A 5EY4A 1TUUA 2YHWA 4Z94A 4H0TB 3G25A 5AFUH 3WXIA 1HKBA 1MWMA 3SMSA 2P9PB 3LL3A 3H3NO 3W0LA 3QBXA 2Q0UA 4I6MA 5AQXA 4FWMA 5BN9A 1K8KA 3VEZA 3D2EA 1DEJA 3WQUA 3GDQA 2D1KA 3EN9A 2V51B 2PBDA 3DXMB 4MLEA 2P9UB 4BRKA 2WUSA 3GOIA 3H3OB 4YDUC 4BVOA 4H0VB 2P9KB 2P9SB 3ZETB 4JAXA 2GTDA 1QZ6A 3QICA 2EWSA 1H1VA 1C0FA 1T44A 4K43A 1SZ2A 3A5MC 3HM8A 4JHDB 3WT0A 4BQLA 3P4IA 4CZGA 5CE3A 1NGJA 3RSEB 3ATUA 1S22A 2P9PA 4CZLA 1RGIA 1ZXOA 5ADXA 2V7ZA 5JLFA 3KHYA 2A3ZA 4FWLA 5ADXH 4EHTA 1V4TA 2NLXA 3BEXA 2E8AA 2HF4A 1EQYA 3D7EO 1JCFA 2QWMA 3AY9A 4FSVA 4BG8A 1NGDA 2BTFA 3DXMA 3TPQA 2P9UA 5FPNA 2A6AA 3ULEB 2BUPA 4DCHA 3WXLA 2P9KA 3VEWA 2P9SA 4JNEA 3ZETA 2Q0RA 3VGKA 4JD2B 4BC2A 4H5VA 1R59O 3GE1A 4XEIA 4IWVA 2ITMA 4JHDA 1GLBG 3DAWA 4PL8A 1X9JA 3JXUA 3AARA 4B1VA 1GLFO 3MK6A 4BROA 1IG8A 2GWKA 3RSEA 3CERA 1DGKN 2GEMA 3O8MA 3MMVA 2E2OA 1YVNA 3DWLA 3I33A 1HKCA 3LDNA 3AAPA 4BRHA 1BA1A 2YCHA 3VENA 2A5XA 1NGHA 3LM2A 1QZ5A 4ISGA 2OANA 2D4WA 5AQYA 3UB5A 3FFKB 1YAGA 2J4RA 2E1YA 1CZAN 4CD3A 4RCHA 3VF6A 3ZX2A 1ATSA 2PAVA 1MA9B 4E1JA 3ENHA 3ULEA 1TUYA 3M6GA 3LDPA 4MO5A 3IDHA 4M7YA 2QW9A 3OHRA 4BC5A 3DXKB 4JD2A 3EZWA 3WXJA 3A5NC 4QS8A 3S41A 1BWFO 4BR5A 3FZLA 1BOTO 5JICA 3D2FB 2FSKA 3CQYA 2P9NB 4IJAA 5AQIA 5KPTA 2CGLA 4M7XA 2UYTA 4F9OA 3CJCA 4BRFA 2ASPA 3I8BA 1Y64A 4B1UB 3FZFA 3QDKA 1RDWX 5F1XA 1HPMA 1WOQA 1V4SA 1GLAG 3ZX3A 5AQRA 2Q31A 2E2QA 4HTLA 4BRLA 5BREA 4FPBA 2P9IB 3MCPA 3SK3A 4FWQA 5AZJB 2FLOA 2A41A 2GWJA 2CGJA 4EAHD 3KZBA 1TYQB 2F9WA 2YHXA 3O6WA 2IVPA 3C7NB 5AZIB 4BC3A 4C23A 2P9LB 4PKGA 2ZGZA 4CBWA 2Q97A 5JMVA 3DXKA 3FZHA 2IVNA 2VWBA 4H5TA 3IMXA 4CD1A 4AM7A 5FPDA 1NGBA 3J8AA 3L6QA 1NGAA 2CH6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAMA 5KQ8A 1RTIA 3D2FA 3W3DA 1XMOK 5AQTA 4DV4K 1SKWA 4B9LA 1I39A 2HHUA 2HBLA 3EE9A 1Q86O 5BPLA 3B8AX 1XNQK 1YI2N 4M3TA 4JKFA 4MLHA 2QWRA 1RDAA 4KO0A 1KVAA 4H03B 1NJYA 1EXQA 3LAMA 3VEXA 3WNGA 4CZEA 4KTWA 3HTVA 4RW8A 2B5JA 5LMNK 2W42A 3OYEA 4O8UA 3SMPA 4OPJA 1T05A 4XJXA 3ZT4A 4CJ7A 3G4SN 4BACA 5CY4A 4BRAA 5F0XA 5JS1A 1WSJA 5EVZA 3PLAA 5AQGA 4DFKA 4K0KK 3BY5A 4DG1A 1T03A 4DR6K 3K5OA 4BR0A 2D5RA 1MWKA 4DV7K 1K9MO 2W40A 3M5RA 1RCHA 3SNNA 4CGJA 5M1KA 5J2QA 5E41A 2I7PA 3LDQA 1T3VA 4XH1A 4H0YB 3ZEUA 3PV8A 3F2KA 4HWIA 2YKNA 1X9SA 1U04A 3SUOA 4CZJA 1G15A 4BR2A 2E6LA 3O9TA 4H0PA 2F9TA 1UA0A 1NM1A 5BN8A 2VQEK 4O44A 4MFBA 4K25A 5GAHP 3HPGA 4C1NI 5DMRA 2CH5A 4OKKA 3GG4A 5A2QO 3IFRA 2KFZA 1VQON 3PUFA 4H4OA 2AP1A 2D0PA 3OYIA 2O8BA 4RW7A 5BRDA 2ZGYA 1KC8O 1Z6RA 2YNGA 3CCUN 3O9RA 3HSTB 3SAHA 4AH9A 3ZSXA 4OPKA 3CM5A 4DB3A 3PY8A 2KKZA 4KBOA 1A5WA 3K9KA 4CJKA 5LJVA 2E20A 3OYGA 4KFBA 2GELA 3NDKA 4B9QA 1RBTA 5AQVA 3UKUB 3VGLA 1NGGA 2OTJN 1LW0A 1W7AA 2FBXA 5KQDA 3VOVA 3EZ5A 3ZT1A 3THXB 3I0SA 1IKXA 1R0AA 1HX1A 1UA1A 1Q82O 3M8SA 3O1WA 3V6DA 3SUNA 1WNSA 3ZX0A 1KSPA 3LDOA 2PY5A 5BRFA 4BG9A 4FWSA 1B92A 4HHTA 3PX4A 4LF4K 5FROA 3WXKA 1U6ZA 5AQUA 3OYNA 1Q8IA 3M8RA 5AR0A 5I9EB 1QTMA 2FSNA 4CFDA 3K57A 3PX6A 5AQHA 1JCGA 5HROA 4CBUA 3HL8A 3O80A 4WF9L 4EFHA 1ZBLA 4J8FA 3QIPA 3VQPA 4CHPA 4KHSA 3L2VA 1RILA 1GLJO 4B1WB 3OYCA 4JLHA 4Y1CA 4PKHA 2G8FA 3SQ1A 4ILJA 4CF1A 1RT1A 3OY9A 1HLUA 4JKDA 1KRPA 1C0GA 4Z4HA 2BDPA 1VSFA 4DHYA 4CFCA 1S1WA 3SLCA 3NGZA 1VRTA 3TAFA 1TAUA 5CR4A 1CXQA 5C10A 4F8RA 1TKDA 3R8EA 5M1QA 1W9HA 1WAJA 3A5OC 1YJWN 5HOOA 4DSIA 2I7NA 4NLBA 1VHXA 3V1OA 4CERA 3J80O 4CJFA 1LW2A 3C6TA 3ZSYA 3CCJN 4AF1A 2DTUA 4KHUA 1X3MA 2E6MA 2GUIA 1SL0A 4DR3K 4O0JA 5EX5A 2A40A 1QQOA 4O55A 1SQKA 3K5NA 1GOCA 4JV5K 3O1BA 1N8RO 4BRIA 1VSMA 4A2AA 4YDUA 4FWOA 1XI1A 3VQ6A 1SAZA 3PSIA 1XQSC 2GV9A 5FPMA 4JYAK 5JLHA 1KCFA 3EO3A 4LFAK 3FR0A 1TUUA 3MEGA 4DKWA 2X6SA 4Z94A 4FK2A 4PQUA 3SMSA 2P9PB 3LL3A 3Q7CA 4LFCK 3LANA 4FWMA 4CECA 3DRPA 3QEXA 3T1AA 2C1IA 2OA8A 2KW4A 3VQ4A 4DLEA 3DXMB 4M41A 3H3OB 4YNQA 3G71N 4WFAL 2F8SA 2P9KB 3Q7BA 2QTDA 4IG3A 4JAXA 1X9WA 4CHOA 4E7KA 3K5MA 4F2SA 2EWSA 4OJRA 1T44A 4ID5A 4K43A 4N47A 1SZ2A 1HR0K 4BQLA 3NF7A 1N33K 1NGJA 3RSEB 2XY5A 1TKXA 1RT7A 1ZXOA 5ADXA 4AHVA 1QSLA 4DQIA 4K8ZA 3O9QA 1EWRA 1VQKN 5ADXH 4LF9K 2NLXA 4BEBA 1EQYA 4CK1A 3D7EO 4BDZA 4BG8A 1NGDA 1JLAA 2BTFA 3TPQA 5FPNA 2A6AA 1JLGA 4B9NA 2WBNA 4M3YA 2BUPA 3WXLA 1C1BA 3ZT3A 4QCLA 4OPAA 1S9GA 3ZETA 1B9DA 3VQCA 1R59O 1RT2A 1RDUA 1QVFM 4JHDA 1X9JA 3JXUA 4JKCA 3HPOA 1GLFO 3MK6A 2PFUA 3T1YK 2GEMA 3LP1A 5CZ1A 2VGNA 2RKIA 3HVTA 1EX4A 3MMVA 2WTUA 2XRIA 3R1XA 4BRHA 3VENA 1RTDA 3I56N 4ISGA 1RT3A 2D4WA 4CJRA 4N41A 1CZAN 4RCHA 2RN2A 3ZT0A 1ATSA 1UOCA 1XHXA 4KREA 1HPZA 3DXKB 3T19A 1YTUA 2Z1IA 5J2NA 3CPWM 4QS8A 4AHUA 4CVNE 3I8DA 1BOTO 4DU3A 5KGXA 4DMNA 3CQYA 3T69A 2I5JA 3KLEA 2P9NB 3AA4A 4JI4K 5MLCQ 3SQ0A 1NOZA 4H8KA 1NJIO 3I8BA 4B1UB 4BY9C 3FZFA 4M3RA 5DK5A 1RDWX 5F1XA 1HPMA 3OA9A 3HOSA 2KZMA 4B8AB 4BWJA 1QE1A 5C0YA 3G10A 4KI4A 3AA3A 4FWQA 5AZJB 2FLOA 2A41A 2GWJA 4KB1A 4K8XA 3AVNA 4C23A 5CHIA 4CBWA 4WFNL 2Q97A 4CJUA 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1VSEA 1U2VB 3SQ2A 1GLLO 3UKRA 3THWB 2HHIA 2ZQBA 1JXBA 4CJ5A 1BU6O 1XNRK 3NHGA 4B9MA 5AFUA 3QMLA 4ZHRA 4JK9A 3CJ9A 1S1XA 1S1VA 3SV4A 1JL2A 4DFPA 1WB9A 3CJ1A 1JLFA 5FDLA 1W0HA 3K2PA 5GIOA 4CCHA 1DLOA 3RMAA 1IKWA 4KH5A 1QS4A 2WOMA 4CJ3A 5JVHL 4DUYK 3BP8A 1N34K 3FLCO 4JI0K 3MECA 3ZSWA 3LP3A 2VQFK 2HBKA 2G8VA 2HW3A 3KWGA 1D5AA 3R6MA 3ID8A 3V1QA 4RWTA 4AHTA 2G8KA 4B9UA 2H3GX 2A1SA 3HI0A 4FJ8A 5DM6L 1N6QA 1NOYA 2E2NA 4KH4A 1OVYA 3R9PA 1GLCG 1NKEA 4X65K 2KZZA 4FJHA 2Q36A 4DV5K 3M1FA 5AQFA 5CYMA 3EKSA 1VAZA 3ZSZA 4FCYA 4PL7A 5B8HA 3OYLA 4I2PA 3HYFA 2G8WA 4FJJA 3BZKA 3OYBA 2AA4A 4NYFA 1FW6A 3RTVA 5C12A 2D0AA 1BDGA 1FXXA 4M3ZA 4GV3A 1QHTA 1JCEA 3AVJA 3A2FA 3OS2A 4BQZA 4Z0UA 5J1EA 3HPHA 4BR9A 2KFNA 3CPEA 3V9ZA 3L4IA 4FJNA 4GW6A 1S6PA 1WUAA 3MDQA 3NF9A 5AQOA 1FKPA 4IDHA 2KHOA 3CF5L 2ZWHA 5KPRA 5ELZA 5AQMA 1HJRA 1KFSA 4FOIA 3CJAA 3WEEB 3NE6A 3CHWA 1T8EA 3O3HA 1D9DA 2JWLA 5TKYA 3VQ5A 3KK1A 3VETA 1TKTA 5HRSA 4ELTA 4HTUA 2ATQA 4GVEA 4DSFA 1BA0A 1NGCA 4DQRA 4FW1A 2JWKA 2FBVA 1KAZA 3PIPL 4KHWA 3VEOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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