4K41A

Crystal structure of actin in complex with marine macrolide kabiramide c
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
363
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 118
structure length 363
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k41A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k41A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k41A03
1KAZA 5EX5A 4H0XB 3DJCA 4C23A 4B1YB 4QS7A 4AM7A 2A5XA 2P9LA 3U9ZA 3ATUA 3VEYA 2CH5A 1LCUA 1GLDG 4JD2A 5FPMA 3WQTA 2Q31A 2D1KA 3LDLA 4BR4A 3CHWA 4H5RA 1NGCA 5AQOA 3ZEUA 4CZLA 4CI6A 3JS6A 3H46O 1BWFO 4BG9A 4CZFA 3QBXA 4LC9B 3WXIA 4DQ8A 5EXWA 1P8ZA 4BQZA 3VPZA 5FPNA 3AARA 1MWKA 5AQQA 3H1VX 2D0OA 2VWBA 5KPTA 4BGAA 3AAPA 4YDUA 1GLJO 2YI1A 1NGFA 1QHAA 4BRHA 3VF4A 1ZXOA 2NRHA 5JICA 4CZGA 1T6DA 3BUZB 1ATRA 3RSEA 3VEVA 2QWMA 3ATVA 2GTDA 3ZETB 3HM8A 4L3QA 3OHRA 2P9IA 3BF3A 4K41A 3HTVA 3R9PA 1C0GA 2E20A 5BN9A 5JLHA 2YJEA 5AQTA 2E8AA 2IVOA 2J4RA 3WT0A 3FZFA 3LL3A 3ID8A 3G25A 1S3XA 4A2AA 4A62A 2HF3A 1X9JA 3LDOA 3MDQA 4CD1A 3MN5A 2IVPA 4BG8A 4BC2A 4BC4A 4E1JA 4IO8A 3LM9A 1NGGA 3A5LC 4EHTA 4BC5A 2NZTA 4FOIA 3UB5A 2ZF5O 2E2OA 5BREA 2YHXA 3H1QA 1ZC6A 3C7NB 3VETA 3GBTA 3MN6A 3QB0A 2P9SB 4FWKA 1V4SA 4RCHA 3ENHA 1MWMA 5BR9A 4K43A 1QZ5A 1GLCG 3KHYA 4MO4A 4JAXA 1KXPA 3O08A 4FWQA 5FPDA 4O5FA 1RGIA 5F2RA 3EO3A 3VF6A 4CZMA 1R59O 1BA1A 1YXQA 3EKSA 4IWVA 5AR0A 1Y64A 3CQYA 2E2PA 3IFRA 3MMVA 4H03B 3M6GA 3WEEA 1KAYA 1Q18A 1X3MA 4BRCA 4XH4A 3FLCO 3ULEB 5BN8A 4CJ7A 2KHOA 1BDGA 4WQ4A 1K8KA 3O80A 5EOYA 3TU5A 1LOTB 3UE5A 1SZ2A 4WQ4C 5AQMA 4CD3A 5KPZA 1IJJA 1YVNA 3I33A 3IMXA 4I6MB 4ISGA 1BU6O 2QXLA 3L6QA 3DWLA 1S22A 5EY4A 2ASMA 1TYQA 4BRGA 1V4TA 3CI5A 3SMSA 4A2BA 1NWKA 4BRKA 3FZKA 5AQYA 1HUXA 3D2EA 3CQXA 3MK6A 3BP8A 2GWJA 1WOQA 2AP1A 1JCFA 1HX1A 4JNEA 3U8XA 4RTFD 2V52B 4DCHA 5LJVA 5ELZA 4CZEA 2V51B 1NGAA 3LDPA 3SK3A 3VGMA 3A5MC 3FR0A 4BRFA 3W3DA 1HJOA 3O8MA 3H3NO 1IG8A 3VESA 3DXMB 2F9TA 4B1XB 2P9UB 1NM1A 3IUCA 3DXKA 1U2VB 4B1WB 3UKUA 4PL7A 2E2QA 2GWKA 4JHDA 5AQWA 2Q97A 2A40A 5AZIA 5BPNA 2QWRA 1QQNA 3FE1A 1BUPA 1QZ6A 3O1WA 3WQUA 4EFHA 2P9LB 2ASPA 3CETA 3L0QA 4Y0WA 2HOEA 1YUWA 3MCPA 4JD2B 4BGBA 3WUHA 3VEXA 2I7NA 2BUPA 3LDNA 5AQRA 1SAZA 3GE1A 3L4IA 3QBWA 4AM6A 3H6EA 4BR5A 2ZGYA 4XEIA 5F1XA 3CJCA 2W40A 4BRAA 3ZEUB 5AQLA 1CZAN 2P9PB 1E4GT 4FPAA 5AQHA 3VEZA 3VERA 3A0IX 4WQ5A 1XUPO 4FWSA 4MLEA 3TPQA 1NGEA 3F9MA 4WQ5C 4BVPA 3KZBA 2P9KA 2D0PA 4CZHA 1RDWX 5I9EB 2NLXA 4EIAA 3ZX0A 2V7ZA 4BRDA 2H3GX 3CERA 1GLAG 4HWIA 2GEMA 2QWNA 4ISFA 4XH1A 2A41A 3RSEB 3EZWA 2Q0RA 3FGUA 2Q1NA 3D2FA 1GLFO 4BRLA 1MA9B 2F9WA 2ASOA 3C7NA 2P9IB 1RFQA 2DPNA 2PBDA 3C0BA 4CZJA 1BA0A 2W41A 4KBOA 4CBXA 3VF2A 3P4IA 4CZIA 1DKGD 4BRIA 4BRMA 1TUYA 4BR7A 1T44A 4H5NA 4B1ZA 2D4WA 3BEXA 1GLEG 3GG4A 4B9QA 3KVGA 2I7PA 3SLCA 2FF3B 3UKRA 4H5VA 4B1UB 5AQUA 4H5TA 1GLLO 5AZJA 4IZ9A 3HI0A 4M63C 3VEOA 3U4LA 2AA4A 1ATNA 4F9OA 4RWTA 1SQKA 4BC3A 1XC3A 4BREA 4GY2B 1NBWA 3EKUA 1X3NA 2E1YA 2P9NA 4H0OA 2FSNA 5JMVA 2QW9A 4FWRA 4PL8A 3WXKA 3QDKA 1NGIA 5BRHA 4FPBA 4XH5A 1Z6RA 1HLUA 3GOIA 4BR2A 3A5NC 2ZWHA 3QFUA 4BR0A 4EAHD 3EL2A 1QQOA 5AQIA 2Q36A 4PKHA 1H1VA 5E84A 2FXUA 5AQKA 3SMPA 3WEEB 4GNIA 2QWOA 3O6WA 2GUPA 4BROA 3LDQA 1E4FT 3MN7A 1QQMA 5F0XA 1J6ZA 2A3ZA 1K8KB 3IDHA 4ISEA 4DHYA 2EWSA 2PAVA 5KQDA 3CJ9A 1U2VA 4FWMA 4FL9A 3GL1A 5AQGA 4MO5A 2E2NA 4BRPA 5EVZA 5AQPA 1TYQB 2ITMA 3W0LA 3ZX2A 3D2EB 5FPEA 1ATSA 3S41A 1NLVA 3LM2A 3O4WA 3QMLA 1NGBA 5AFUH 5AQVA 3ZX3A 2CGKA 4FWNA 3HSCA 1XQSC 3QICA 3VENA 2HMPA 5E26A 2V7YA 3SJHA 5AQFA 5AFUA 1Z05A 2CGJA 3ZETA 4PKIA 5JLFA 2FLOA 4FWOA 4NO7A 3M1FA 4O8KA 4K42A 2P9PA 1HKBA 1ESVA 1NGJA 2YCHA 3EN9A 4IXCA 3GDQA 2BTFA 1YAGA 5KQ8A 3DXKB 3FZLA 4DB3A 2Q2RA 3O5BA 4BRNA 3UKUB 5BRDA 4JHDB 4BVOA 1OKJA 4FSVA 2WUSA 5AZIB 4QS8A 5LY3A 4Z94A 5AQZA 2QWLA 4H0TB 2A42A 2VCPA 1T6CA 1KAXA 4YDUC 3O1BA 5ADXH 3VGLA 2A6AA 2ZGZA 5BRFA 4FWLA 4PKGA 2E88A 3CJAA 2OANA 3U9DA 1BOTO 1D4XA 3H3OB 3CJ1A 2CH6A 5ADXA 3H45C 5AQJA 5LJWA 1HKGA 3R8EA 3HBTA 4H0YB 5BPMA 3VEWA 4NB4A 2Q0UA 4FOEA 1NGDA 3MN9A 3CIPA 2P9SA 4IJNA 1NMDA 1DEJA 3J8AA 3AY9A 1EQYA 5AQSA 4CBWA 4CZKA 2P9KB 4H0PA 3VGKA 1HKCA 3CJ7A 4BR9A 1JCEA 1BO5O 3CJBA 3WXJA 4EHUA 4IJAA 4FWPA 4M7XA 1JCGA 4J8FA 3R6MA 1C0FA 3BF1A 5CE3A 3D7EO 3M3ZA 3D2FB 3WXLA 2UYTA 1MDUB 3ULEA 4HTLA 4H5WA 2GELA 2YJFA 3HZ6A 3A8YA 1HPMA 3ENOA 3A5OC 2VYPA 2E1ZA 2IVNA 4I6MA 2HF4A 3DAWA 4BQLA 3QFPA 1GLBG 2YHYA 3FZMA 4CBUA 3VOVA 2FSJA 4JN4A 5AQXA 4B1VA 3B8AX 3AAQA 3UKRB 3FZHA 5AZJB 4MLHA 1NGHA 1BG3A 2FF6A 4K25A 2FSKA 1U6ZA 5TKYA 4M7YA 5B8HA 1WUAA 2QM1A 4QS9A 3JXUA 1G99A 2P9NB 5AQNA 2CGLA 3I8BA 1DGKN 1ZBSA 5BPLA 2YHWA 3DXMA 5KPRA 2P9UA 2QWPA 4FO0A 1TUUA 3FFKB 4H0VB 4WYBA 2IIRA 4BRQA 2QWQA 4A61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DJCA 4C23A 4CVNE 4AM7A 3QO9A 3VEYA 5CYQA 4CJQA 1LCUA 5I3UA 4I7FA 1D8YA 3LDLA 2UUCK 1J5OA 2X6SA 3KKSA 5CYMA 1RDBA 3DLBA 4M3TA 5FROA 2OA8A 4H5RA 4CZLA 4CI6A 4LC9B 1EX4A 2VWJA 3VQ6A 3MXJA 2C1GA 3OYNA 3K9KA 4CJLA 2ZJQL 1EXQA 2VWBA 1R0AA 3CMAN 3AVJA 1W0HA 1C0MA 3AAPA 4O5BA 4KO0A 3AVNA 1QHAA 3VF4A 1REVA 1S1UA 4NYFA 1SV5A 3NAEA 3RRHA 3L8BA 3E66A 4CF8A 3HSTB 3VEVA 2QWMA 1W9HA 4FLUA 2YNHA 3ZETB 4A59A 3SV4A 1EETA 2HHVA 4K41A 1CZ9A 4IOXA 2DFHA 2IVOA 3WT0A 1B9FA 3FZFA 3ID8A 3G25A 4FK2A 2Z1HA 2HVHA 3KK7A 4OVLA 4RW8A 4Y1DA 4A62A 2HF3A 5HRSA 3DRSA 3LDOA 3SYZA 1NU0A 2OZSA 3KLGA 2NRVA 5IWAK 4E1JA 1TAQA 3OYJA 4N41A 3OJUA 5HRPA 4Q5VA 4XJXA 1LW2A 4DMNA 4M3YA 3C7NB 4DV2K 4CEQA 1UAXA 3ENHA 4N5SA 1MWMA 5BR9A 4QAGA 2NUBA 4MO4A 4JAXA 3O9TA 1RTIA 4YOWA 4FM1A 2YNFA 3LALA 1YXQA 4H03B 2E2PA 4BDZA 2E5LK 1IKVA 4A5BA 4DWIA 1Q18A 2WTUA 2XY5A 3FLCO 1YT3A 3PIOL 1BDGA 3BZKA 4F2SA 5EOYA 3PIPL 2X78A 4DTRA 1F21A 1KD1O 2QKBA 4G1QA 1YTAA 1ZBFA 3ZCMA 4CJEA 3MEDA 4BRGA 3OYBA 1M90O 3BY5A 2ATQA 4PUOA 3TAQA 4KREA 4MDAA 5CZ1A 1HX1A 4RTFD 5JENA 5ELZA 3ZT2A 1BI4A 2FBYA 1QSYA 2KZMA 4JI2K 1Q82O 3NF7A 3H3NO 1JLEA 1HRHA 1YIJN 3EY1A 4B1XB 2P9UB 3KK2A 1U2VB 3KD1E 2E2QA 3KWIA 1TL1A 5AQWA 2A40A 5CZ2A 1QQNA 3FE1A 1EWQA 1S9EA 3O1WA 4CF2A 3WQUA 4EFHA 2ZM6K 3CETA 1EO1A 3TSQA 2GX9A 1XC9A 4JD2B 4BGBA 2EX3A 1W2BM 3L4IA 1DT9A 4FJGA 3K5MA 4KHYA 4DV7K 2F8TA 4OJRA 4JKGB 3PV8A 3V9XA 1E4GT 3VEZA 4BEBA 4FWSA 2G8UA 1HQEA 4MLEA 3TPQA 3F9MA 4BVPA 4JKBA 1VQ5N 3P39A 4HUEA 2D0PA 5I9EB 4KV8A 2YNIA 3OS2A 1SKSA 1L3TA 1OH7A 3TAEA 4DFKA 1J54A 4JI7K 2H3GX 3HPOA 3DRPA 2GEMA 1LAVA 4H4MA 3DRRA 4U67L 3RSEB 1GLFO 1WSFA 4LH5A 1WSEA 4CHPA 4H4OA 2D0CA 1EP4A 2DPNA 2PBDA 1XMOK 2W6LA 4KBOA 4CBXA 4DQRA 3VF2A 3DLEA 4CJUA 4CZIA 4W5TA 1T44A 3VQEA 1GLEG 3SQ0A 2WBNA 4FLVA 3UKRA 1IKWA 5AQUA 4ZHRA 2F7TA 3V9SA 4CJPA 3HI0A 1TK5A 2BE2A 4FZYA 1HYSA 4IEIA 3PX0A 4JKFA 1XC3A 4BREA 4PY5A 4KTWA 1X3NA 5HBMA 2HBMA 2NRZA 4RW7A 3ZT4A 5JMVA 4IFYA 4CFAA 1FKOA 2ETJA 3DLLL 3HPGA 3K9JA 4LF8K 3QINA 4FPBA 3KTQA 1HYZA 5M1QA 4DV1K 3QFUA 3EL2A 3DMJA 4C8NA 1H1VA 2Z1JA 4CHYA 2OPSA 5KGWA 1TKXA 5AQKA 5KRSA 4CEFA 4J2AA 3O6WA 2KFNA 1E3MA 2UU9K 1E4FT 1QQMA 1OH8A 1J6ZA 3IDHA 4ISEA 3KK3A 2EWSA 2F8SA 4FJKA 2KZZA 4ILJA 4DU4A 4FL9A 3GL1A 4FJNA 5M1PA 3NMUA 4NYNA 4MO5A 4BRPA 3EZ5A 1VAZA 3OJSA 2X6NA 4Z4IA 5J2NA 3W0LA 4FJ9A 3C95A 2VQFK 5FPEA 1VQON 3DM2A 3PSIA 4BECA 5AQVA 4KFBA 1K6YA 4LFAK 5SZTA 3ULDA 2PY5A 3SJHA 2XRIA 4PKIA 2HHXA 3M1FA 4W5RA 4K42A 1ESVA 1NGJA 2YCHA 3MCAB 4CGHA 2D0BA 3OS0A 5J2QA 4CW7B 3FZLA 3DOLA 5HL7L 3AVLA 3K0SA 1OKJA 3VA0A 1Q8IA 2A42A 4B9MA 1T6CA 1KAXA 5FRNA 2RN2A 4E19A 3O9RA 4YDUC 3G4SN 3O1BA 2VQEK 1YF5L 4FJ7A 3CCSN 1NMNA 3CCEN 4BY9C 4HCBA 4JKHA 3C94A 4PKGA 1RT2A 1S1TA 3U9DA 3CCMN 2IGIA 4YY3K 3PY8A 3H3OB 2CH6A 1LWFA 5LJWA 1KLMA 1HNWK 1RTDA 3HBTA 1I3AA 4ILGB 3VEWA 3AA3A 1VSJA 2QXFA 4Y1CA 2P9SA 1C1CA 4IJNA 4CF1A 5CHIA 1RDAA 4OPKA 5AQSA 3J81O 4I2PA 3F73A 2PYJA 3TTCA 4H0PA 3ZSZA 3SUOA 2YV0X 3DLHA 1HKCA 1IH7A 4BR9A 1JCEA 3THVA 3QIPA 4GV6A 1BO5O 1LW0A 1UA1A 4M7XA 1JCGA 4DQQA 3R6MA 3LPUA 1C0FA 1JL2A 5CE3A 4HTUA 3D7EO 4M42A 1RT5A 3RR8A 2NRTA 1IO2A 2GELA 4DQSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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