4K41A

Crystal structure of actin in complex with marine macrolide kabiramide c
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
363
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
total genus 118
structure length 363
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k41A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k41A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k41A03
1K8KB 4BQZA 3JXUA 2HF3A 4CJ7A 2E88A 2VYPA 3HTVA 4DHYA 5BR9A 2I7PA 3H46O 1T44A 5KPZA 1BOTO 2CGLA 1NGAA 5AQPA 5AQNA 5AQQA 2P9LA 5TKYA 4CD1A 3U9ZA 4A62A 2E20A 3D2FA 2NZTA 1QHAA 3FE1A 5AQXA 1SZ2A 4BRCA 3CQYA 2QWNA 3BEXA 3FZFA 3QBXA 2Q0RA 1D4XA 3LDLA 3QMLA 2P9UB 5ELZA 3VPZA 4Z94A 2P9NB 4CI6A 3AARA 4FO0A 3H1VX 2GWKA 3C7NB 3CIPA 4JNEA 3UE5A 4BR7A 1GLAG 3O1WA 4FOEA 4RTFD 4XH5A 3VF2A 3VENA 5JLHA 4ISGA 3VGLA 2CGKA 3HSCA 2P9KB 3VEVA 1GLDG 3O08A 2DPNA 4EHTA 4H5VA 4BC2A 2Q97A 5FPMA 3FZKA 3ENHA 1NWKA 2CH5A 2QWPA 5AQKA 2A5XA 3SJHA 2CH6A 3EKSA 4B1WB 2AA4A 5JLFA 2E2NA 3J8AA 2GUPA 3UKUA 3O4WA 4CZKA 5AQTA 3IMXA 5KQDA 1IG8A 1NGDA 2P9SA 5BRDA 1YAGA 3FGUA 3FR0A 4IJAA 5B8HA 1MDUB 1RGIA 2VWBA 3ZEUB 1KXPA 1NM1A 3BF1A 5EX5A 3WUHA 3VF6A 3EO3A 3ATVA 3FFKB 4BRMA 2FF6A 3I8BA 2IVNA 5LY3A 1QZ6A 4XH4A 1QQMA 1E4GT 1RDWX 2NRHA 4ISFA 4DQ8A 4K43A 4BC4A 4EHUA 5AZJA 4BRGA 1Q18A 4PKIA 3W0LA 5BPLA 2D4WA 2QWMA 4K41A 5EXWA 4FPBA 2D0OA 2FXUA 3CHWA 4WQ4A 1DGKN 2W40A 4BR0A 2GELA 1U6ZA 3M1FA 4CBXA 4PL7A 5ADXA 2BUPA 3VETA 3LDPA 4H03B 1WOQA 3H3OB 4FSVA 1YUWA 2P9IB 2E2OA 4J8FA 4M7YA 4CBUA 2PBDA 4DCHA 5AZIB 4FOIA 2P9PA 3CERA 5BPMA 3A8YA 1P8ZA 3M3ZA 3HBTA 4C23A 3MCPA 3AAPA 1HX1A 1GLJO 3MDQA 2W41A 3IUCA 1ZXOA 4A2AA 4BQLA 3A5NC 3DJCA 5AQSA 1GLFO 1WUAA 3WEEB 3ZX3A 3DXMB 5KPTA 3O6WA 4K42A 4GY2B 1MWMA 4I6MB 3SK3A 3G25A 4BR4A 3LDQA 3A5LC 1JCFA 3VEZA 1HPMA 4AM7A 3H6EA 1NGHA 3DXKB 5BREA 1S22A 3VESA 4EIAA 3LM2A 1XC3A 2Q36A 4LC9B 3QICA 3UKRA 3ZETA 2IIRA 4L3QA 4B1UB 4CZEA 4FWRA 4JD2B 1TUUA 1T6DA 1NGFA 4O8KA 3EZWA 2ZWHA 3EL2A 1YVNA 5AQVA 3ZX2A 3D7EO 1NLVA 4FL9A 3D2EB 3CJAA 5AQRA 3WQUA 1GLEG 4NB4A 4EAHD 3CETA 4CZIA 3CQXA 3LDNA 3RSEB 1MA9B 1V4SA 4JHDB 5EOYA 5EY4A 4Y0WA 2D1KA 1TYQB 1K8KA 1Z05A 4BG9A 3W3DA 2FSNA 2Q2RA 3EN9A 1U2VB 5BRFA 3H1QA 3IDHA 4BG8A 5BRHA 4B1XB 3U9DA 2Q31A 1KAXA 4ISEA 3L6QA 3CJBA 3MN9A 4BGBA 1T6CA 4CZJA 5F1XA 3A0IX 4FWNA 5AQUA 1OKJA 2P9UA 4WQ4C 3BF3A 2P9NA 3HI0A 2A40A 3CJ7A 4IO8A 4H0PA 3C7NA 1BA1A 3ULEB 1HJOA 2BTFA 4AM6A 2CGJA 3KVGA 4B1YB 4BR5A 1BU6O 3KHYA 2P9KA 3LDOA 3R9PA 3HM8A 2I7NA 4IXCA 4WQ5A 3WQTA 2ASMA 4K25A 3I33A 2GEMA 2QWLA 2E1YA 4BRPA 1X3NA 4A61A 3VEXA 1TUYA 2AP1A 5KQ8A 2ZF5O 3DAWA 5AQYA 3CJ1A 2YJFA 3FZMA 3UB5A 3ATUA 4GNIA 4MO5A 5CE3A 1KAZA 1NGCA 1SAZA 3TU5A 1C0FA 1E4FT 5AQJA 3VOVA 3ZEUA 3EKUA 1V4TA 1ZBSA 3GE1A 2NLXA 3M6GA 5AQLA 5EVZA 3FLCO 1NGIA 4RCHA 3VEWA 3VERA 4H5TA 4WYBA 4BROA 5AQFA 3SLCA 3L0QA 2EWSA 3MN6A 5E26A 5LJWA 4HTLA 3GL1A 5AFUH 1HKBA 2YHYA 3H3NO 2ZGYA 1GLBG 3QFPA 4FWLA 4BRAA 1LCUA 4NO7A 2ASOA 2F9TA 4BRFA 3ZX0A 1QZ5A 2V52B 2HOEA 3A5MC 4BRLA 4FWSA 2H3GX 2QWRA 3GDQA 3BUZB 3VEYA 4BC5A 4JAXA 1KAYA 1ESVA 3QDKA 5FPNA 4CZMA 4DB3A 2YCHA 1NGJA 5FPEA 1QQNA 2ASPA 4BRIA 2YJEA 4CD3A 4KBOA 4IZ9A 4MO4A 3P4IA 1ATSA 1CZAN 2P9IA 1MWKA 4FPAA 4IWVA 2P9LB 2FSJA 2KHOA 5AZIA 3O80A 3D2FB 4CBWA 1DKGD 4A2BA 4H0YB 4PKHA 4FWMA 3QB0A 5AQGA 1JCEA 2IVPA 1HKGA 1Y64A 5FPDA 1LOTB 2FSKA 3WEEA 1RFQA 3DXMA 4M7XA 2GWJA 2D0PA 3B8AX 2QWQA 4I6MA 3O5BA 3CJ9A 3CI5A 2UYTA 3WXIA 4WQ5C 1NGEA 4B9QA 3LM9A 1IJJA 5AQIA 5AQZA 3DXKA 4PL8A 3UKUB 3R6MA 2V51B 1ATNA 3ENOA 2YHXA 1BG3A 3U8XA 4BR9A 4CZLA 5F2RA 4JD2A 2YI1A 2P9SB 4MLEA 5AQHA 4CZGA 5I9EB 3WXKA 1NMDA 3ID8A 3BP8A 4XEIA 4B1ZA 4FWOA 1NGGA 2E2PA 1JCGA 3R8EA 2WUSA 2A42A 3D2EA 4M63C 3LL3A 1XQSC 1R59O 1HKCA 3KZBA 5AQOA 2QW9A 4H0XB 3RSEA 1NBWA 4JHDA 4EFHA 2GTDA 1BDGA 4JN4A 3F9MA 3MN7A 2V7YA 4XH1A 1BWFO 1TYQA 5E84A 2E2QA 4H5NA 2J4RA 5AZJB 4H0VB 1U2VA 5F0XA 2V7ZA 4QS8A 2F9WA 4CZFA 4QS7A 2IVOA 1BA0A 3DWLA 2Q1NA 4QS9A 3O8MA 5KPRA 4H5WA 2HMPA 1NGBA 3AAQA 3HZ6A 3VGMA 5LJVA 5AFUA 4CZHA 3C0BA 5BN8A 2E8AA 5JICA 1S3XA 3ULEA 4E1JA 3VEOA 2A41A 1SQKA 4RWTA 2P9PB 1GLLO 4BRQA 1HUXA 3VGKA 1DEJA 3L4IA 3FZLA 4PKGA 4BRKA 4YDUC 1GLCG 4BRNA 4H0OA 1XUPO 4F9OA 5JMVA 3GG4A 1YXQA 3JS6A 3MK6A 3OHRA 1Z6RA 5AQWA 2QXLA 4BVOA 2YHWA 2FLOA 3FZHA 1G99A 4BGAA 2A3ZA 3MMVA 3H45C 3IFRA 1C0GA 3S41A 3MN5A 4MLHA 3CJCA 4H0TB 5AR0A 4BR2A 1EQYA 2FF3B 4H5RA 3SMPA 1J6ZA 4BVPA 1QQOA 2PAVA 3QBWA 1BUPA 3AY9A 4FWQA 3GBTA 3UKRB 3ZETB 4BRDA 1ATRA 1HLUA 2E1ZA 3WXJA 5BN9A 5ADXH 3SMSA 1X9JA 2HF4A 3VF4A 2Q0UA 4FWKA 5AQMA 4HWIA 4IJNA 4YDUA 2QWOA 3WT0A 1ZC6A 3TPQA 2QM1A 4FWPA 2VCPA 3U4LA 4BREA 3A5OC 4BRHA 5BPNA 1H1VA 2OANA 2A6AA 2ZGZA 3O1BA 3WXLA 4BC3A 4O5FA 2ITMA 1BO5O 3QFUA 4B1VA 1X3MA 3GOIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULDA 4BQZA 1T03A 3O9TA 3DLBA 1TAUA 1E3MA 3TWHA 5J2NA 3H46O 3CD6N 2HHWA 1BOTO 3IRXA 4DV5K 5AQNA 2P9LA 4I9LA 2C1IA 4A62A 3CQYA 1ILYA 2QWNA 3LWMA 3QBXA 4W5RA 5SWMA 3NF7A 2P9UB 5FROA 2JWKA 4E7KA 5CZ1A 2A1SA 3T7ZA 1GLAG 4LSNA 5JLHA 5LMNK 2DY4A 2CGKA 3NF6A 3BDPA 3CYMA 3VEVA 1GLDG 3O08A 2HBJA 2HHSA 1LWEA 1YJNN 4BC2A 5HROA 1D9DA 3NHGA 2CH5A 5C15A 2QWPA 4FYDA 3OTOK 4QAGA 4KHNA 3J8AA 3VQEA 3UKUA 4GKJK 2OPRA 4CZKA 3VQ7A 4NCAA 5AQTA 2KZMA 1NGDA 3NAEA 5BRDA 3ZSRA 3HM9A 1BQNA 4JS4A 1VSEA 2WOMA 3RMCA 3D6RA 5FRNA 3OJUA 4Z4FA 3P38A 3CC4N 1S1VA 4KHWA 1GOBA 4DR7K 2WONA 4XH4A 2NRHA 4U67L 4I2PA 4IFEA 4BC4A 4EHUA 1VQ7N 1JLEA 1B9FA 3CCLN 3W0LA 1HRHA 1EP4A 1DTQA 3VQQA 1SL2A 4CERA 4K41A 4F3TA 3T69A 4FPBA 1SKRA 4B9SA 3BGRA 4CGJA 4PL7A 3LDPA 4J2DA 4H03B 1WOQA 1VQNN 2RPIA 4FSVA 1YUWA 2P9IB 2E2OA 4J8FA 3QETA 1HNXK 4BECA 3CMAN 4DCHA 1UWBA 4FOIA 3A8YA 4N5SA 2KZZA 4CFAA 2BDPA 3LZIA 1GLJO 1NJZA 3AA5X 4EP4A 1Q81O 4OVLA 2HNZA 3OYFA 4FLYA 3A5NC 5T7BA 3ZX3A 1RBSA 3O6WA 4DFMA 2OZSA 4FJJA 1MWMA 3IKMA 3G25A 1KLNA 3U6FA 4X64K 4KTQA 2P5OA 4AM7A 3TI0A 4V19S 3V4IA 4M3XA 4FK2A 3CCEN 1XC3A 3CM5A 3QICA 1HR0K 4FJ9A 4FWRA 2ZJQL 4DTSA 1T6DA 2E6MA 1L3TA 4YOWA 4O8KA 3ZSQA 4YOUA 1A5VA 3NF9A 3SAGA 5AQRA 4CK1A 4F3OA 4BACA 4CHYA 4EAHD 1NK8A 3CETA 5HRNA 1VQLN 3NGZA 3JSMA 3LDNA 4KI4A 1RDAA 5EOYA 1FK9A 4E72A 4Y0WA 3LDSA 3RMAA 1TV6A 4CK3A 4FJLA 1VQMN 1U2VB 3R3LA 5C2DA 4BG8A 1KFDA 4YOVA 4KHPK 2D0BA 3PSIA 4B1XB 4KB0A 4ISEA 3K5LA 3L6QA 4BGBA 3KKRA 1TGOA 3A0IX 4L8RB 4FWNA 3I0RA 1BI4A 3BF3A 1DLOA 1NJIO 2QKBA 2P9NA 4B9TA 4BWMA 3CJ7A 3NH2A 1T3VA 3NCIA 4H0PA 5DM7L 4O4GA 3OS0A 3AO2A 3CFRA 1VAZA 2BTFA 3KHYA 2P9KA 3O9SA 3SUPA 1YVUA 1D5AA 3ZSZA 3NBPA 5GAHP 1RT1A 4WQ5A 3EE8A 3WQTA 1TL3A 3RRGA 3ZT2A 4OPKA 1X3NA 4GVEA 3EY1A 5KI6A 5C0YA 3AO5A 1TUYA 3V1QA 1ZBUA 5KQ8A 4DQQA 1Z25A 4MO5A 3AA4A 4LFCK 1NGCA 3TU5A 1E4FT 3TSQA 5AQLA 4CGIA 1EWRA 4CJRA 5CZ2A 2XY8A 3VEWA 4K8XA 4FZXC 3HP6A 3DLEA 4WYBA 5AQFA 3V1OA 5LJWA 3V9ZA 1B9DA 4HTLA 3THXA 3H3NO 1NK5A 2ZGYA 1GLBG 1D8YA 2JWLA 3A5MC 2H3GX 3DOLA 4B3TK 4IDKA 4R5PA 3BUZB 4O0JA 1FW6A 4BC5A 1NG9A 4FLZA 5FPNA 4CW7B 2HNDA 2YCHA 2W6KA 2PY5A 4OGCA 1NGJA 1OVQA 3CPWM 2YJEA 1VRUA 3THWA 1ZBFA 3J7AP 1W7AA 4IZ9A 1SUQA 3CCMN 4GV3A 2KHOA 5AZIA 1VSDA 1DKGD 1QSSA 4DSIA 2Z1GA 3QB0A 4HUGA 1RTDA 2IVPA 5GINA 1Y64A 4FJIA 4IEEA 4I9QA 2GBZA 4HHTA 4JI4K 1RNHA 3TANA 1IO2A 1C1BA 4I6MA 2YHBA 4QOZB 3TAFA 2HHIA 5J2MA 4CFDA 3WXIA 5SZTA 1WSFA 4WQ5C 1NGEA 1WSJA 1O13A 3E9OA 5AQIA 5AQZA 3B6PA 4M3TA 3ZSYA 3SUOA 3MXMA 2E5LK 3OYGA 2P9SB 4MLEA 3P1GA 4AHVA 4CZGA 1JLAA 4ID5A 3KD1E 1NGGA 1HNIA 1QS4A 3QLHA 3RWUA 3D2EA 2JLEA 1HQUA 3LL3A 2RN2A 1XQSC 3DLLL 2WFBA 4AILC 1NK9A 4C8KA 1L5UA 3RSEA 2ETJA 1NBWA 3VQPA 4JHDA 4I2QA 3E9PA 2GTDA 4XH1A 1BWFO 4DTXA 1TYQA 4CGGA 1T05A 2DFHA 2J4RA 1SL1A 3J80O 3AVCA 2YNHA 1QTMA 4PY5A 2F8TA 4QS7A 2IVOA 3DWLA 1UOCA 4DV6K 1ZBLA 3OYCA 3AAQA 4HVJA 1X9WA 4EZ9A 1R0AA 3HOTA 3C0BA 3VQ8A 3RR7A 4DSEA 1Q86O 3NVKA 1BHLA 1XHZA 2A41A 1BCOA 3K9JA 4RWTA 4GMJB 1NJYA 3VGKA 4KB1A 1VQON 3L4IA 4ZTJA 2QKKA 3FZLA 1L3UA 4IOCL 4Z4CA 4YDUC 3S3NA 5CY4A 4BRNA 2QI2A 4F9OA 2HSTA 1YXQA 3PSFA 1RT2A 4E3SA 2A3ZA 3MMVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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