4M63C

Crystal structure of a filament-like actin trimer bound to the bacterial effector vopl
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Actin-binding protein
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule keywords T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
total genus 102
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence D, E
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2013-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4m63C03
2QXLA 1SQKA 2KHOA 5TKYA 3R8EA 3AAQA 3BF3A 3O80A 2I7NA 5EY4A 2E8AA 1RFQA 4GY2B 3VEOA 4H5NA 3EKUA 3UKRB 1HKBA 5FPMA 2P9UB 3EKSA 4PKIA 5E26A 3IDHA 5AZIB 5BRHA 1GLEG 4CI6A 1J6ZA 3WXKA 3FZFA 2Q31A 3LDLA 3A8YA 5AQGA 1XC3A 2FSJA 2P9UA 3IMXA 4I6MB 4BRKA 1QQNA 1XUPO 2Q2RA 3DAWA 4BQLA 1BA0A 4K41A 1NLVA 2QWNA 3DWLA 3VF2A 2NLXA 3KZBA 5AQUA 4BVPA 4BR4A 2P9IB 3O4WA 4WYBA 2FF3B 3SMSA 2IVPA 4WQ5C 3CJBA 5AQPA 1ESVA 4B1XB 4DHYA 2ITMA 1HJOA 4O8KA 5JICA 4XH5A 4BRNA 2YCHA 2A6AA 1NMDA 3UKUB 1E4GT 3A0IX 3CJCA 1DGKN 1BWFO 3VGLA 3JS6A 1C0GA 5AQSA 2D0OA 5EX5A 3BP8A 4HTLA 2A40A 1HPMA 2CGLA 2ZGYA 3QICA 4FOEA 1P8ZA 1SAZA 2Q0UA 3C0BA 3M6GA 3CJAA 2AP1A 3VESA 1U6ZA 5AR0A 5AQFA 1WOQA 3H3OB 1NGEA 4EIAA 2YJEA 5F2RA 1HKGA 4IZ9A 2IVNA 4BRCA 1TYQB 1ATRA 4A61A 5BPLA 3RSEB 3MDQA 3IFRA 3LDPA 4BRQA 1HLUA 5AQQA 1ZC6A 3LM9A 3U9DA 5LY3A 3L4IA 2NRHA 4FSVA 2FLOA 3RSEA 4CZGA 3P4IA 3HSCA 4AM7A 4CZHA 4JHDB 4MLEA 3GBTA 4YDUA 4CBUA 4Y0WA 2QWMA 4WQ4A 2E1YA 5JLHA 3WUHA 3MCPA 4JHDA 3LDOA 3O6WA 4CBXA 3VERA 5AQLA 3SMPA 1G99A 3D2EA 5B8HA 3WQTA 3FLCO 4LC9B 4ISEA 2GELA 4RWTA 1BOTO 4RTFD 1T6DA 1Z05A 5BR9A 5FPDA 4BRHA 3TPQA 3FGUA 3I8BA 4BR9A 1X3MA 2ZGZA 3DXMB 5AQWA 3FZMA 4M7YA 3H46O 2IIRA 2E2QA 3L6QA 4BREA 4FPAA 5BPNA 4Z94A 3O1BA 2A5XA 2AA4A 3EL2A 1HKCA 3DXMA 2QWRA 3CJ1A 2FXUA 2QWLA 4WQ5A 3MN5A 3M3ZA 1BA1A 3MN6A 1SZ2A 4WQ4C 3CQYA 2V51B 5EVZA 3ATUA 3QB0A 1MWKA 3WEEB 2IVOA 2YHWA 3ULEB 2Q97A 3EN9A 3HM8A 2W40A 2Q0RA 1JCGA 5BRDA 3W0LA 2OANA 4BG8A 1YXQA 4BGBA 2W41A 2A41A 3UE5A 5AFUA 3HZ6A 3UKRA 3WXLA 4H0PA 3ID8A 5KQDA 5AZIA 4CD3A 5F0XA 3F9MA 3VEWA 3VOVA 4MO4A 1CZAN 2V7YA 3LL3A 3A5NC 4I6MA 1EQYA 4B1YB 4FWRA 5JLFA 4FOIA 2HOEA 4NO7A 3FZLA 2GWJA 4H5WA 3QFPA 5BREA 2UYTA 3VPZA 4BR0A 4F9OA 2ASPA 3H1VX 3VF4A 1D4XA 1H1VA 1NGHA 2BUPA 4KBOA 3WXIA 4CBWA 3CQXA 2P9IA 2P9NB 1X3NA 1NGDA 1T44A 3IUCA 4A62A 2ZF5O 4K42A 3A5MC 3HI0A 3QBWA 4FWSA 4A2AA 3W3DA 2P9NA 5BN9A 4AM6A 1NGFA 3H6EA 3KHYA 4FWOA 1DEJA 3EO3A 1QZ6A 4DB3A 5AQJA 3WT0A 1MA9B 4BRAA 1XQSC 3UKUA 2P9PB 1K8KB 3R9PA 2PAVA 2GEMA 3M1FA 1RGIA 3SJHA 5AQXA 4CZJA 1BUPA 2FF6A 4DCHA 4CJ7A 3FZHA 5JMVA 1QQOA 1OKJA 1KAZA 1NBWA 4IO8A 5KPRA 3MK6A 5AFUH 4B1ZA 1DKGD 2E88A 2D0PA 4M7XA 5FPNA 3H1QA 3VENA 1TYQA 3MN7A 1QQMA 4CZFA 2ASMA 1RDWX 2YI1A 3CERA 4M63C 5F1XA 4PL7A 1LCUA 1S22A 5FPEA 2Q1NA 4H0VB 1LOTB 3DJCA 3ZX2A 3VEVA 2HF4A 4FWKA 4BC3A 2HMPA 1X9JA 2FSNA 5EXWA 3ZX0A 3BUZB 2YHYA 4EAHD 1YVNA 3TU5A 3CETA 4ISGA 3QFUA 5AQZA 4H5RA 4RCHA 5BN8A 2P9LB 3ATVA 1NGAA 2E1ZA 5BPMA 3DXKB 2YHXA 5AQNA 3HTVA 3O8MA 2WUSA 4MLHA 3SLCA 1T6CA 4BR5A 1QHAA 1BO5O 3GG4A 2VWBA 3G25A 4BRFA 1GLBG 2FSKA 2P9SB 1MDUB 3CIPA 4FWLA 3BEXA 2D1KA 3A5LC 1KAYA 3QDKA 4BRMA 2P9SA 1C0FA 4EFHA 1NGJA 1GLAG 3EZWA 2YJFA 3VGMA 2F9TA 4H5VA 3MN9A 2ZWHA 3O1WA 3I33A 3R6MA 1NM1A 4H5TA 4BRIA 4IJNA 1NWKA 3KVGA 4H03B 2GTDA 1KXPA 4BC4A 3WEEA 3ULEA 2V52B 3SK3A 2QWOA 3H3NO 3A5OC 3H45C 1BU6O 3CI5A 4B1VA 4C23A 3AY9A 3VGKA 1Y64A 4GNIA 1E4FT 1S3XA 4JAXA 2GUPA 2BTFA 4FWPA 4PKHA 5AQRA 4BRLA 2QW9A 1GLDG 3VF6A 1IJJA 2F9WA 3O08A 4HWIA 4K25A 5AQTA 5AQIA 5KPTA 4MO5A 4CZLA 4J8FA 3WQUA 4XH1A 3ZETB 5BRFA 4B1UB 1JCFA 1TUYA 2I7PA 1U2VB 4L3QA 2CH6A 3OHRA 2PBDA 4PL8A 4DQ8A 3ZETA 3ENHA 4NB4A 3QBXA 3U9ZA 2Q36A 3ZEUB 2A42A 3LM2A 1WUAA 4BRPA 1U2VA 3QMLA 4FWQA 4JNEA 3AAPA 3FE1A 4IWVA 4B1WB 4FL9A 4IJAA 2QWQA 3AARA 4JN4A 4BGAA 1HUXA 3ZEUA 5AQKA 3U4LA 4BROA 4BVOA 3J8AA 4BC2A 4FWMA 5KPZA 4QS9A 3B8AX 4BRDA 4PKGA 2P9PA 2CH5A 1BG3A 1K8KA 2ASOA 3GOIA 3S41A 4XH4A 4EHUA 1ZXOA 4BC5A 2EWSA 4FPBA 4CZMA 5KQ8A 2H3GX 5LJVA 1V4TA 3GE1A 1GLJO 3LDNA 4K43A 2E2NA 5ADXA 3VETA 2E2PA 2VCPA 2QWPA 3LDQA 3D7EO 4BG9A 3CJ9A 4H0OA 1NGIA 5AQMA 3ZX3A 5AQOA 3FFKB 4XEIA 2A3ZA 2GWKA 1Q18A 3U8XA 4H0YB 5AZJB 3FR0A 4H0TB 3VEYA 3CHWA 3C7NB 4BR7A 5AZJA 2NZTA 1JCEA 2CGJA 2D4WA 3JXUA 3C7NA 3VEZA 1GLCG 4QS7A 5LJWA 3BF1A 5AQVA 5AQYA 4JD2B 3FZKA 4ISFA 1BDGA 4BR2A 1YAGA 4FO0A 1Z6RA 4B9QA 2QM1A 1HX1A 3HBTA 3VEXA 4E1JA 1GLLO 4JD2A 2P9LA 1QZ5A 3DXKA 3D2FB 4BQZA 3CJ7A 4A2BA 3D2EB 1KAXA 2CGKA 5AQHA 3D2FA 4CZEA 1ATNA 5I9EB 3GDQA 5CE3A 4CZIA 1R59O 1NGBA 4FWNA 1NGCA 3L0QA 4EHTA 2E2OA 1TUUA 2P9KB 4QS8A 5ADXH 1IG8A 1MWMA 3WXJA 3ENOA 4BRGA 5E84A 2HF3A 1GLFO 2P9KA 3MMVA 5EOYA 5ELZA 4H0XB 1NGGA 3GL1A 4IXCA 2J4RA 4O5FA 1V4SA 1ZBSA 2E20A 3O5BA 4CD1A 4YDUC 1ATSA 2V7ZA 2VYPA 3UB5A 4CZKA 1YUWA 2DPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TGOA 1SQKA 2KHOA 2O8DA 5EY4A 4YOVA 1RFQA 3KKSA 3VEOA 4H5NA 3S5TA 3EKUA 3LAKA 3HK2A 1M1KO 5E26A 3VMFB 4IOCL 1GLEG 1G15A 3WXKA 2NRZA 3LDLA 3A8YA 5AQGA 4CHYA 5KRSA 4B9SA 3HSTB 4AH9A 2HHHK 4JK8A 3VA0A 5GAEP 3DAWA 1S1UA 3CCQN 1NLVA 2QWNA 4J2BA 1WAFA 2FC0A 4DUZK 4WYBA 3TTCA 3SMSA 4ZTJA 2GX9A 4OJRA 4DR2K 4FW2A 4DHYA 1VSMA 2O8CB 4KTZA 2UUBK 2ITMA 1VSHA 4BRNA 2A6AA 3VQ9A 2E6MA 5M1FA 3SI6A 3V9ZA 4C8KA 3IRXA 5J1EA 1C0GA 4C8NA 1ZBUA 2VWKA 4HTLA 1HPMA 1P8ZA 3MEDA 1FKPA 4I9QA 1D9DA 1SAZA 2ZE2A 3TANA 1KVAA 1O13A 1JLGA 4DS4A 3O4QA 3ZSWA 1HKGA 1QS4A 4DLEA 1KTQA 4A61A 3PX4A 3IFRA 1HMVA 3QEVA 1NJYA 4ELVA 3HPHA 3LM9A 3U9DA 2QI2A 4E1NA 3L4IA 3P4IA 1HNXK 4AM7A 3NGIA 4CFDA 2G8HA 2XY8A 4KHSA 4CBUA 1HYVA 1LWEA 3K57A 1QSLA 3WUHA 3MCPA 4NLCA 5KGWA 2NRRA 1KD1O 4JLHA 3THXB 3O6WA 2X74A 4CBXA 4DSFA 1U49A 5C15A 4F2RA 1G99A 3D2EA 2F96A 3WQTA 3FLCO 3ZSQA 4FLVA 4FZYA 1T6DA 1Z05A 5FPDA 1RILA 2AJQA 4BRHA 3KLIA 3I8BA 3AA2A 1YI2N 1ZYQA 3SAGA 5HRRA 2KFNA 4BR9A 4DFPA 1OH6A 2ZGZA 4M7YA 2KQ2A 1VSLA 2IIRA 4CVNE 4K0KK 2E2QA 1VSDA 4Z94A 4JKBA 3EL2A 2QWRA 3QEPA 3OYGA 4FLUA 3OBWA 3N4QA 4IG0A 3NHGA 3M3ZA 2A1SA 4CIEA 4JS4A 2OA8A 3ULEB 2IVOA 2YHWA 1UA0A 1SKRA 3EN9A 1S9GA 3HM8A 4KH5A 4JI6K 3HVRA 1CLQA 5BRDA 3HL8A 3HP6A 3F5TA 3HVTA 1KLNA 3PX6A 4JKCA 3UKRA 3WXLA 5KQDA 2BH1A 5TKWA 3LANA 4MFBA 3VEWA 1RTIA 3HPOA 4XJXA 4B1YB 3R3LA 4C1NK 3QFPA 3R1XA 5BREA 2YKMA 1NK5A 1H1VA 3OVNA 4X65K 5GAHP 3EE8A 4CF2A 3MX5A 4A5BA 3WXIA 2P1JA 4LSNA 4DV4K 1NGDA 4CJ4A 1T44A 3IUCA 4A62A 1Q86O 3HI0A 2F7TA 3RMAA 4A2AA 2B4JA 1RDDA 1NGFA 4DR1K 3ISNC 3MWTA 1DEJA 3EO3A 3PY8A 1QZ6A 4DB3A 4E0DA 3O3FA 1HQEA 2F4VK 4LD0A 3WT0A 1MA9B 3EYZA 4CHNA 4KAZA 5J2QA 3DLEA 1K8KB 1Q82O 1HPZA 2GEMA 5HRNA 4DG1A 4CZJA 2FF6A 3CCVN 3O3HA 2C1IA 2IS3A 4B1ZA 4AHRA 4NCBA 5GAGP 4YOWA 1SKSA 4IFYA 4KB0A 5FPNA 1RNHA 3NAEA 3LZIA 3H1QA 1TYQA 4AHUA 3LZJA 4M63C 3G4SN 4PL7A 3CERA 1LCUA 5FRNA 5HL7L 3N4PA 3OYDA 4WE1A 1LWFA 3TI0A 1EWQA 3CCUN 3CQ8A 5H1SQ 4FLTA 2HHSA 5AQZA 4H5RA 4RCHA 3ZYYX 4JI8K 4DTMA 4DTNA 5BN8A 4B3TK 1NGAA 5BPMA 1WBBA 2YHXA 5AQNA 1BISA 3MXJA 2OYQA 4FLYA 3SAHA 2C1GA 3OYNA 3SQ2A 1QHAA 3AGRA 3GG4A 4IEEA 4BRFA 4H8KA 3ZSZA 4DLGA 4RW9A 1ASWA 4JKAA 5J2PA 3OYHA 1WAJA 3NE6A 4B3SK 1VQNN 4R79A 2WFBA 4DMNA 4H5VA 3MN9A 2ZWHA 1VK0A 3I33A 5KTQA 3V1RA 4BRIA 1LV5A 1NWKA 4FLZA 2GTDA 1KXPA 2UXCK 1TKTA 1LW0A 4BC4A 4YY3K 3C65A 3A5OC 3H45C 3VGKA 3J80O 1TAUA 1KVCA 4BRLA 5HRSA 3VF6A 1IJJA 1RTJA 4LF7K 2F9WA 4CGDA 4HVJA 3NF9A 4HWIA 3VQCA 2IAJA 5KPTA 4CESA 4J8FA 3WQUA 1YTUA 4CEFA 4CJRA 4CEAA 4B1UB 4E7LA 3DMJA 3P83D 3OJUA 1IBLK 3OYIA 3AVGA 3AVMA 3U9ZA 4I9LA 1JLEA 1U2VA 4DV1K 4Z0UA 1EXQA 4FL9A 3J7ZO 1VQ6N 1ZBHA 4BVOA 3F73A 1T8EA 1Q81O 4B9TA 3NFAA 3ZSVA 1UAXA 4PKGA 1NMNA 2P9PA 1YT3A 4AILC 2ASOA 2KKZA 2RPIA 4DQPA 1ZXOA 2DFHA 3VQQA 5IT9O 4GV6A 2EWSA 3SPYA 4FJLA 3TTDA 1IG9A 4Q0BA 3LDNA 3ASMA 2E2NA 2PZSA 2BE2A 3RVCA 3D7EO 2BANA 4IOAL 3CJ9A 3S9HA 1NG9A 5AQOA 2WBNA 2D0CA 3BGRA 4XEIA 2YHBA 4H0YB 4H0TB 3OBYA 4ILGB 3I0SA 4JI3K 3C7NB 2QTDA 1K6YA 2F8SA 1RTHA 2NZTA 4JKFA 2D4WA 3SUPA 3RR7A 1GLCG 1NU0A 3OS0A 1VSIA 3AVBA 1VQKN 3FZKA 4ISFA 4B3MK 4BR2A 1WSEA 2G8KA 3QEXA 3OYAA 4BDZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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