4M63C

Crystal structure of a filament-like actin trimer bound to the bacterial effector vopl
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
369
structure length
361
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Actin-binding protein
molecule keywords T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
publication title The Bacterial Effector VopL Organizes Actin into Filament-like Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
total genus 102
structure length 361
sequence length 369
chains with identical sequence D, E
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2013-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m63C02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4m63C03
3FLCO 2A5XA 1IG8A 3ZEUB 1KAZA 4FWQA 1JCFA 3GL1A 4GNIA 2GEMA 3LDNA 4FWLA 4CZLA 3LDPA 4EFHA 4WQ5C 4BRHA 1C0FA 2BUPA 1KAXA 5ADXA 1SAZA 1K8KA 5AQXA 4BG8A 4EAHD 5BR9A 2NZTA 2Q0UA 4H5VA 2ASOA 3GE1A 4C23A 5FPEA 5AQFA 1XQSC 3ENOA 4J8FA 5AQOA 4XH5A 1YXQA 4PKHA 3ATUA 3WQTA 4BR7A 3CJ9A 1SQKA 2VCPA 3O1WA 3M6GA 3L4IA 2IVPA 3P4IA 3VGLA 4BC2A 3MMVA 2A3ZA 2D0PA 3CJBA 4QS7A 4BRLA 4BRQA 2GTDA 1BDGA 3IFRA 4H0XB 3SMPA 5EOYA 2FSKA 3A0IX 4BRPA 3ZX2A 2F9WA 2AA4A 1WOQA 2QXLA 5AZIA 5BN9A 1BA1A 3QFPA 3U9DA 3CJAA 4I6MA 4PKGA 5E26A 4CZKA 4B1ZA 3L6QA 4WYBA 5AQNA 2E2QA 1ATNA 4H0TB 3VEWA 4FOIA 3U8XA 1DGKN 3SMSA 3VEZA 3WQUA 4EHUA 5BRFA 1D4XA 3VENA 3IDHA 3WXJA 3H1QA 4ISFA 3MDQA 1BOTO 5TKYA 2P9NA 5AQTA 3WT0A 1V4SA 3C7NA 4M7YA 3VESA 3HBTA 2Q0RA 1T44A 2V51B 1NGDA 3CI5A 3GOIA 3JXUA 4BRFA 3RSEA 3GDQA 4AM6A 4ISGA 1J6ZA 2P9LB 4CJ7A 4K43A 4CZGA 2FSNA 2YHYA 4BVOA 3A5LC 3UKUB 3BUZB 5AQLA 4IXCA 3MN9A 2P9IA 1DKGD 3ZETB 1HKBA 3H45C 1NM1A 4CBUA 1KXPA 1MA9B 4WQ5A 1NMDA 2HF4A 3EKSA 4KBOA 3A5OC 1DEJA 2CGJA 1RFQA 2FF3B 1Q18A 2P9SA 4BGAA 3IMXA 5F1XA 4FL9A 2QWMA 4FPAA 2HOEA 1NGBA 2E2NA 1GLDG 3MCPA 4RTFD 2PBDA 4BRAA 5EY4A 1HKGA 3G25A 1BUPA 3H46O 4M63C 4RWTA 1T6CA 1GLJO 1CZAN 4FWOA 3O6WA 3ATVA 4NO7A 4BR4A 2D4WA 1NGHA 5BRDA 4H5RA 1IJJA 3AAPA 3LM9A 5AR0A 2ITMA 4H03B 5EXWA 3SK3A 4BR2A 3U9ZA 1WUAA 4IJNA 4K42A 3CHWA 5AQUA 3WXIA 4CZHA 2P9KA 3EZWA 2GELA 2ZGYA 4DCHA 1U6ZA 3EO3A 1NWKA 5EVZA 1E4FT 1MWKA 3R8EA 4YDUC 4FWSA 4PL7A 4CZIA 4BR5A 4MLHA 1HX1A 2QWNA 4FWPA 2YCHA 4RCHA 3DJCA 5ELZA 3CJCA 3O5BA 5KPZA 5LJWA 1TYQA 1YAGA 3O8MA 4CBWA 4HWIA 3VEXA 2I7PA 3W3DA 5BRHA 5BPLA 1HKCA 2AP1A 4FOEA 4BRKA 3LM2A 3VEVA 1MWMA 3H1VX 3UE5A 3WXKA 4JHDA 1G99A 2P9PB 3U4LA 3DXMA 3QBXA 2FF6A 5AZJB 3W0LA 3DXKB 4CZFA 4M7XA 4B1VA 5AQKA 4H5NA 2HF3A 5FPMA 3VGKA 4IJAA 4B9QA 3WEEB 2IVNA 4DQ8A 3QB0A 3KZBA 3D2EB 4H0VB 5EX5A 3VGMA 4Z94A 4MO5A 5AQGA 3A5MC 2E2PA 4BC4A 2EWSA 4FWMA 2W41A 3D2FB 2DPNA 4HTLA 2P9UA 3I8BA 3MK6A 4O5FA 3MN5A 4BC3A 1H1VA 3LDQA 4DHYA 3VF6A 4LC9B 1HPMA 2FXUA 2QM1A 4JN4A 4WQ4A 4K25A 3GBTA 1K8KB 1X3MA 4XH4A 1NGIA 3O4WA 3BP8A 2YJEA 4QS9A 5AQZA 1U2VA 3FZLA 2Q36A 1C0GA 1NBWA 5AQMA 1BU6O 2BTFA 5BN8A 4H0YB 4K41A 3ULEA 3VF2A 1ZXOA 2HMPA 4O8KA 2KHOA 1TYQB 1NGEA 5LJVA 1OKJA 3IUCA 1ATSA 4BRGA 2D1KA 3M1FA 1LCUA 3ZEUA 2YJFA 5KPRA 2FLOA 4BROA 2E8AA 2ASPA 4FWRA 4QS8A 3EL2A 3H6EA 5JICA 1ZBSA 2ZGZA 1R59O 1X3NA 2QWLA 5KQDA 5BPMA 3JS6A 2FSJA 1RGIA 2NRHA 5FPDA 4CI6A 5JLFA 1NGGA 1TUYA 1QQOA 1Z6RA 4BR9A 5AZIB 3DAWA 4MLEA 2CH6A 4I6MB 1E4GT 1QZ5A 4EIAA 2V7ZA 3A5NC 3QICA 3AY9A 1GLFO 5B8HA 1GLLO 4BRDA 3WUHA 2E2OA 2GWKA 2E20A 4BRMA 1S22A 2I7NA 3MN6A 3CETA 4B1UB 4BRIA 3EKUA 1BO5O 4IO8A 3J8AA 4JAXA 1Z05A 2NLXA 4H5WA 1JCGA 2PAVA 3QBWA 3FGUA 2P9NB 5AQQA 3H3OB 3C7NB 5AFUH 4CZEA 1V4TA 1NGAA 3CJ1A 4PKIA 5AQWA 3A8YA 3CERA 1YVNA 3MN7A 4BR0A 3HZ6A 3RSEB 4FWKA 4EHTA 3BEXA 4BC5A 1BA0A 2QWQA 2YI1A 4NB4A 3ULEB 1EQYA 3WXLA 4A2BA 3M3ZA 3F9MA 3R6MA 1ZC6A 3VERA 2Q31A 3O08A 2P9IB 2CGLA 3C0BA 2VYPA 1YUWA 1KAYA 4H0PA 3BF3A 2J4RA 3UKRA 5F0XA 4FO0A 3VEOA 5AQSA 2V52B 4CBXA 4CD3A 3I33A 1HJOA 1XUPO 4BVPA 1XC3A 5JLHA 1TUUA 5AQYA 2GWJA 1MDUB 4E1JA 1QQNA 3FE1A 5F2RA 2ZF5O 2P9SB 5ADXH 4FPBA 5JMVA 5AQVA 4XH1A 2E88A 2P9LA 2E1YA 3HTVA 1NGJA 2IVOA 2H3GX 4BRNA 3ENHA 3HI0A 1LOTB 3FR0A 3UKUA 2YHWA 2QWOA 4IWVA 2QWPA 5I9EB 5KPTA 3ZETA 3FFKB 2CGKA 4MO4A 4Y0WA 5FPNA 2VWBA 1QZ6A 3ID8A 1BG3A 1QHAA 1X9JA 4H0OA 4GY2B 2A6AA 5BPNA 4A62A 1T6DA 3B8AX 3HM8A 2W40A 4BQLA 3DWLA 4A61A 2OANA 4ISEA 2ASMA 2P9KB 2ZWHA 3BF1A 1JCEA 2IIRA 2A41A 5E84A 5CE3A 5AQHA 3O80A 2A42A 1GLCG 3VETA 4CZMA 1HLUA 4JD2A 2CH5A 3CJ7A 1NLVA 3HSCA 3SLCA 3VF4A 1Y64A 1RDWX 3UKRB 1P8ZA 3R9PA 5BREA 3AAQA 2QW9A 3L0QA 3QMLA 2YHXA 1GLEG 1HUXA 5AQRA 3GG4A 5AQPA 3KVGA 4FWNA 1SZ2A 3ZX3A 3SJHA 4JHDB 4DB3A 3DXMB 4XEIA 4CZJA 4YDUA 4BG9A 1NGCA 5AQIA 1ATRA 3O1BA 4L3QA 3OHRA 4FSVA 2WUSA 4B1WB 3KHYA 3CQXA 4JNEA 4BQZA 4F9OA 1BWFO 4A2AA 3VPZA 3FZMA 3LDLA 4H5TA 4B1YB 3H3NO 1GLAG 3CIPA 3VEYA 3EN9A 2Q1NA 3LL3A 4B1XB 5AQJA 2P9UB 3TU5A 3TPQA 3UB5A 2P9PA 2A40A 2D0OA 2Q2RA 5AFUA 1S3XA 3FZFA 3QDKA 1ESVA 2V7YA 1GLBG 3DXKA 4WQ4C 5AZJA 3FZKA 3QFUA 4BREA 3AARA 4IZ9A 5LY3A 3FZHA 4PL8A 2E1ZA 2QWRA 4BRCA 3WEEA 2GUPA 3D2EA 2F9TA 3ZX0A 3D7EO 1U2VB 4JD2B 1QQMA 2Q97A 3CQYA 4BGBA 3LDOA 5KQ8A 3VOVA 3S41A 4AM7A 3D2FA 1NGFA 2UYTA 4CD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FLCO 1JLBA 1IG8A 1JCFA 3C65A 3AVCA 4FWLA 3QO9A 3IG1A 3RMDA 4RW4A 1C6VA 5ADXA 1K8KA 3CCVN 4DV5K 3AVMA 2W6LA 3M8PA 5AQFA 3V9UA 3NCIA 1LAVA 1N6QA 4DFPA 1LV5A 5AQOA 3QETA 4XH5A 1RDDA 5IWAK 2NRRA 2VWKA 1Q8IA 2IVPA 4BC2A 2A3ZA 4C1NI 4NLBA 4K0KK 4LF5K 4CF2A 5EOYA 3VQ8A 5JVHL 5BN9A 1WOQA 2GV9A 3CJAA 4FLUA 1XNQK 4B1ZA 5AQNA 3VEWA 2NUBA 3SMSA 1QSLA 3S9HA 1D4XA 1KTQA 1OH6A 3OJUA 3VENA 3IDHA 3T69A 1VHXA 3SAFA 2JWLA 3H1QA 3DRRA 4FLTA 4ISFA 3KLIA 3LWMA 4XJXA 2Y1IA 4JS4A 3MDQA 1BOTO 5TKYA 4HHTA 4BE1A 3LWLA 2F4VK 2P9NA 1S1WA 3MAQA 1C0MA 1CLQA 3VESA 2Q0RA 4IDKA 4JI2K 2XY5A 4N5SA 4HVJA 4HUGA 4IBNA 2P9LB 4DTXA 4K43A 2ZJRL 4ILJA 4DQQA 1Q9YA 2VG7A 3A5LC 4OKEA 3CFRA 3BUZB 3K5NA 3O4NA 5AQLA 4IXCA 1HNWK 3MN9A 4FZXC 3ZETB 4B9MA 4CJ4A 5T7BA 4CBUA 4WQ5A 1NMDA 4CK3A 3HXMA 2IOCA 1HQUA 4KBOA 4KKOA 5K14A 5FDLA 2CGJA 1UOCA 3DLEA 1Q18A 2P9SA 3NGYA 4Y1CA 1FJGK 4NXMK 4FL9A 1RDUA 4Z4FA 1J9AA 4GVEA 4RTFD 4CK2A 1W2BM 1WN7A 2BGGA 3SI6A 3VQCA 4FM0A 3VMFB 1CZAN 3LPUA 1YVUA 4E7LA 4GKKK 2KZMA 3LP2A 4KH4A 5DMRA 1NGHA 2G8FA 4FLXA 3LM9A 4WE1A 4AHSA 5HRPA 4FJNA 4IJNA 4K42A 3SV3A 3ZT3A 4KV8A 4DCHA 4CEFA 4FLYA 1NMNA 3L2VA 5EVZA 1E4FT 2Y1JA 1MWKA 4FWSA 4PL7A 3TSPA 4FVMA 3PIPL 4FWPA 3OYJA 4RCHA 3P38A 3NGIA 2FC0A 3O5BA 3AA5X 3OS2A 3O8MA 3IKMA 3V9XA 3W3DA 4JI3K 3ZSXA 4FOEA 3MXJA 2OZSA 1MWMA 4A59A 4LFAK 3NF9A 4CJWA 2P9PB 3HSTB 4B3OA 3DXMA 4MDAA 3OW2M 2NRVA 4M7XA 4H5NA 3QIPA 3SPYA 2OTJN 3WEEB 3T3FA 1REVA 4CF9A 2W00A 5AQGA 1LWEA 4E0DA 4FJJA 3DRSA 4LH4A 3EEQA 1FKOA 1VSHA 3I8BA 1G15A 4O5FA 1JL2A 4KO0A 3CFOA 2QI2A 4WQ4A 2F7TA 2RHKA 4JI1K 3I0RA 3GBTA 3B6PA 3O4WA 4CERA 4CEAA 1P90A 1EX4A 3J7YP 3ZT4A 1U2VA 3ZT1A 2Q36A 4JV5K 5AQMA 1EWQA 4GV6A 1BU6O 2BTFA 5FRMA 4DMNA 4H0YB 4K41A 3ULEA 1ZXOA 3IS9A 4YOXA 4O8KA 1S6QA 4WFBL 4YHHK 2DFFA 3DLRA 1ATSA 3ZEUA 3WNEA 4DTOA 4CESA 4EZ6A 2IC3A 2FLOA 2ASPA 3MECA 3G6EN 3ZT0A 3D0PA 3QEVA 2NRZA 4B3TK 3K57A 5BPMA 2YNFA 4O4GA 3CCQN 2ZE2A 1QQOA 3DAWA 4MLEA 1D9FA 3HP9A 4CHNA 4JK9A 1GLFO 4BRDA 2WC9A 3WUHA 2E2OA 2GWKA 4BRMA 4AH9A 4B1UB 3OYKA 4B3SK 4BDPA 4YOTA 5GAGP 4KTZA 3SCXA 4IO8A 4H5WA 4FK2A 3FGUA 5J1EA 4CZEA 3A8YA 5CY4A 1YVNA 3ZSOA 5KTQA 3RSEB 1NJZA 1YJNN 4BWJA 3CCRN 1VQ8N 3K2PA 4A57A 1BA0A 3VQEA 3I8DA 1J54A 1I94K 1TK5A 1RT1A 3M3ZA 3C6UA 3F9MA 3R6MA 1ZC6A 3VERA 2W6KA 3IRXA 4JKEA 1KAYA 3BF3A 5I3UA 4F4KA 3VEOA 1YHQN 3PO5A 4C8KA 3OJSA 3JSMA 2V52B 1HJOA 1XUPO 4BVPA 5M1FA 1SKWA 1QQNA 2HW3A 4OKKA 2HHXA 2E6MA 3KLHA 3C6HA 4FPBA 4RW7A 5JMVA 3E01A 3RRHA 1D8YA 1BISA 3EY1A 5JVGL 3F2KA 3HK2A 4M3YA 1TGOA 1HPZA 1KSPA 3FR0A 4PA1A 3UKUA 4IWVA 3HO1A 2O8CB 1TVRA 1TK8A 4CVNE 1NK5A 2HHQA 1NKBA 4MO4A 3V1OA 1F21A 1GOAA 3O9SA 1IH7A 3ID8A 1HYVA 2WFBA 4FZZA 4KREA 1BG3A 1QHAA 3T7ZA 1S9GA 5C42A 4IOXA 1T6DA 2W40A 3L2UA 4BACA 5HLFA 3SQ2A 4IFVA 3PSIA 3QNNA 1NJYA 3PSFA 1C1BA 2IIRA 5E84A 3O80A 4DSFA 3KIOA 4J2BA 4CZMA 4CIFA 4JD2A 2CH5A 3CJ7A 1NLVA 3SLCA 4RG8A 1TKDA 4FLWA 3S3MA 3UKRB 4E89A 2QW9A 1ILYA 2YHXA 1J5EK 2IS3A 5AQRA 4GKJK 3GG4A 2C1IA 4GMJB 2KLAA 3ZX3A 2R7YA 4X66K 4N56A 1N33K 4IDHA 4DFKA 4OPHA 1NGCA 5LMUK 1VSJA 3F9KA 5HBMA 2WUSA 4B1WB 2B5JA 1WSJA 4R5PA 1KFSA 3LDLA 4HUFA 4H4OA 4AHVA 4DR1K 3LZJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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