4PKGA

Complex of atp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkgA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkgA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkgA04
3IFRA 2E2OA 3O1BA 1WUAA 4WQ4C 1GLAG 3LDOA 4BVPA 1WOQA 5AQJA 2IVNA 4YDUC 1XUPO 3FZHA 5BRDA 2QWLA 4BRQA 1P8ZA 4M7XA 2A40A 4PKIA 3CETA 1HUXA 1NM1A 3VPZA 3TU5A 3OHRA 3UKUB 2E2QA 4BVOA 3GOIA 4RCHA 3UB5A 3O8MA 5BR9A 2ASPA 4RTFD 4B1WB 5ELZA 1U2VA 3ZETB 1S22A 1ZC6A 3QB0A 3VEVA 5AQNA 2I7NA 5BPLA 5ADXA 4BQLA 1HJOA 3CI5A 2V51B 3ID8A 4NO7A 3JXUA 5FPEA 2EWSA 2FSNA 3UKUA 4CZFA 2V7YA 2YJFA 3EZWA 3UE5A 3VETA 4L3QA 2J4RA 1QZ5A 4BG9A 1XQSC 2P9NB 3EKSA 3ZETA 4BRPA 1NGAA 4MLHA 4WQ5C 5I9EB 4FWPA 2CGKA 3KVGA 4BRNA 5AQMA 2E2NA 4Z94A 1X9JA 2WUSA 4K41A 3D7EO 2E88A 3H3OB 5BPMA 1J6ZA 2AP1A 4HWIA 5KPZA 3WXLA 1NGEA 2QWNA 2A42A 2CGJA 4BGBA 5KQDA 3EL2A 2GUPA 4FL9A 3VEWA 4GNIA 2Q1NA 4CZLA 5AQVA 2P9NA 4BC4A 5AQQA 1NGFA 3R6MA 2A41A 2D4WA 3QMLA 1C0FA 4H03B 4H5WA 4NB4A 2P9IB 3VESA 3LDQA 5AFUA 1MDUB 3QFUA 4CZHA 4PKGA 1R59O 4H0YB 5AQHA 5F2RA 1NGBA 4I6MB 4M7YA 5BREA 2Q36A 3R9PA 3A5NC 4MO5A 4JAXA 1E4GT 1E4FT 2E8AA 1H1VA 4IJAA 3U8XA 4H0OA 5AQXA 4CD3A 2IVPA 5KPTA 5F1XA 3KZBA 1QQOA 4WYBA 1T6CA 4IXCA 1Y64A 2YHYA 2FF6A 4BGAA 2P9IA 3UKRB 1SAZA 1JCFA 4EHTA 3D2FB 4QS8A 3GE1A 4H0PA 4XH5A 1QHAA 3EO3A 4MO4A 5AZIB 3FZKA 1NBWA 3HI0A 3AAQA 3CJ9A 4I6MA 2P9LA 4LC9B 5JMVA 3DXKB 4FOEA 4H0XB 4BG8A 3VEXA 5AZJB 1YAGA 1MWMA 4EIAA 4H0TB 2BTFA 1Z05A 3P4IA 4FWSA 2BUPA 4H5RA 4DHYA 1T44A 3A8YA 3IDHA 3MMVA 3TPQA 3DWLA 2P9KB 4XEIA 3UKRA 2FXUA 2ITMA 4BR7A 3MN7A 3D2FA 3AARA 4BRFA 2NRHA 3DXMB 3VEZA 4BRIA 3FZMA 4FPAA 4EHUA 3VGLA 1V4SA 5AZIA 3VF4A 1NLVA 3SK3A 3D2EB 3GDQA 3DXKA 3ULEB 3L0QA 2OANA 3L6QA 4CI6A 5AZJA 1MWKA 2GWKA 3I8BA 4FWQA 3SJHA 3WXJA 3CJCA 4BR5A 3H1VX 3HTVA 2ASMA 3SMSA 4BQZA 2P9KA 4PKHA 2A6AA 3H46O 1GLFO 4B1ZA 1RGIA 4B1YB 3DXMA 5JLFA 4FOIA 1D4XA 2NZTA 4A2BA 4JD2A 3H3NO 1NGJA 3D2EA 3ZX3A 3ULEA 3IUCA 3LL3A 1S3XA 2F9TA 4DQ8A 3H6EA 3I33A 1LCUA 4BC3A 1ATRA 5ADXH 3CIPA 2Q97A 1K8KB 3QICA 5BRHA 3MN6A 3C0BA 2A3ZA 4A61A 4JNEA 3B8AX 2IVOA 4XH4A 3S41A 4ISGA 2W40A 2Q0RA 4O5FA 2QWPA 2QXLA 2FSJA 4WQ4A 4CZIA 4FSVA 1BA1A 4FWRA 1T6DA 3GG4A 2VWBA 3HBTA 3ATVA 4KBOA 4YDUA 4BC2A 3MCPA 3O08A 3O5BA 5FPDA 1BA0A 4BC5A 4HTLA 5AQTA 4CZMA 2IIRA 1TUUA 4H0VB 2Q2RA 1SZ2A 1HKCA 3H45C 3O6WA 2HMPA 4JN4A 2QWMA 5BN8A 1K8KA 4AM7A 1BUPA 5E84A 2D1KA 5EXWA 4BR2A 4BR0A 4IZ9A 3SMPA 3VF6A 3WUHA 1QZ6A 5AQKA 4B9QA 2ZWHA 2D0PA 4EFHA 3BUZB 5JLHA 4C23A 3VEYA 1YUWA 1KAZA 4IJNA 4DB3A 1ATSA 2P9LB 3M6GA 1NGDA 2VCPA 2H3GX 2FLOA 3EKUA 1MA9B 3ZEUB 3G25A 4MLEA 5EX5A 3W0LA 1GLCG 4DCHA 1NGHA 1NMDA 2HF3A 2PAVA 5EVZA 5AFUH 4BRGA 1BU6O 2E1ZA 2HF4A 3W3DA 3MN9A 3QBXA 5AQGA 3DJCA 3AAPA 1HKGA 2ZGZA 3WEEB 3F9MA 3HSCA 4PL8A 4BR9A 4IWVA 5JICA 2CH5A 2YCHA 3HM8A 1YXQA 1ESVA 5AQFA 4AM6A 1HX1A 3ZEUA 1HPMA 2HOEA 3QFPA 4BR4A 4K42A 1JCGA 4B1VA 5EY4A 5LY3A 1IJJA 5CE3A 4BRMA 5EOYA 4BRDA 1BOTO 1YVNA 1CZAN 2QWRA 4CZEA 2GWJA 1Q18A 3BF3A 3M3ZA 5KPRA 4BRCA 2Q0UA 3WEEA 4Y0WA 1HKBA 4QS9A 4CBXA 2V7ZA 4JD2B 5AQZA 1QQNA 1GLEG 3FZFA 5BN9A 4CJ7A 3BEXA 3CJ1A 4M63C 5AQWA 1NGIA 4FWOA 5FPMA 1GLJO 3FZLA 3LDNA 3ZX2A 3MN5A 1KAXA 4O8KA 3QBWA 3ATUA 2P9UB 2AA4A 3CQYA 1GLLO 3VOVA 2A5XA 4J8FA 4ISEA 5B8HA 1TYQB 1XC3A 2CH6A 3EN9A 1IG8A 2YHXA 1RFQA 2PBDA 2V52B 4BROA 5AQLA 3U4LA 3CERA 3GL1A 5AQOA 3RSEB 3H1QA 5AQPA 3VGKA 4BRHA 1ATNA 2ASOA 3WT0A 3A5OC 1X3MA 3FLCO 2P9UA 2YI1A 3U9DA 4H5NA 3WQTA 1C0GA 3A5MC 2E2PA 2VYPA 2YHWA 5BRFA 1TYQA 1DGKN 2F9WA 2GELA 3ENOA 3CJ7A 5AQSA 3VENA 4CZJA 2P9SB 4FWKA 1KXPA 2ZGYA 5TKYA 3VF2A 1EQYA 1BWFO 2CGLA 2E20A 3RSEA 2D0OA 2QWOA 2W41A 5LJWA 1NGGA 1JCEA 3GBTA 1TUYA 4JHDB 4CZKA 3O1WA 4EAHD 1HLUA 2I7PA 4FO0A 5LJVA 4ISFA 3LM9A 1ZXOA 4FPBA 3O80A 5AQRA 3WXIA 3QDKA 4CBWA 3J8AA 1NGCA 3VERA 2FSKA 4CD1A 1U6ZA 3LM2A 3VGMA 2YJEA 2P9PB 3FE1A 4E1JA 1G99A 2P9SA 4QS7A 4H5VA 5AR0A 4FWMA 4BRLA 3WXKA 3AY9A 1KAYA 3CHWA 2UYTA 4CZGA 4JHDA 3CJAA 5AQUA 1SQKA 4B1UB 3FFKB 4GY2B 2DPNA 4BRKA 3SLCA 4IO8A 2ZF5O 4PL7A 4F9OA 5F0XA 1V4TA 4BRAA 1QQMA 2QW9A 2E1YA 1BG3A 2FF3B 4WQ5A 3VEOA 2P9PA 3A5LC 3L4IA 3MK6A 4K25A 3DAWA 3C7NB 3LDPA 1LOTB 3JS6A 3A0IX 3O4WA 3WQUA 1BO5O 1OKJA 1Z6RA 3ENHA 5BPNA 3M1FA 1ZBSA 5KQ8A 1X3NA 3IMXA 4FWNA 3FGUA 2NLXA 3ZX0A 4H5TA 1DEJA 3R8EA 4A2AA 3CJBA 4BREA 3LDLA 3U9ZA 3HZ6A 3MDQA 5E26A 3BP8A 1GLDG 2GEMA 1RDWX 2GTDA 2KHOA 4XH1A 1GLBG 4K43A 3C7NA 1DKGD 2QWQA 3CQXA 4FWLA 4A62A 5AQIA 4RWTA 5FPNA 1NWKA 2QM1A 1BDGA 2Q31A 3FR0A 3KHYA 3BF1A 5AQYA 4CBUA 4B1XB 1U2VB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1RA 1W2BM 1OH6A 3O1BA 1WUAA 3EZ5A 3LDOA 3ZT3A 2ZQBA 3CETA 4JLHA 4JKAA 3TAFA 3S5TA 3OHRA 2E2QA 4IG3A 3UB5A 1JLQA 3RWUA 1TKDA 4B9NA 3CQ8A 1U2VA 1C1AA 3ZETB 3O4NA 3TABA 3K9KA 5AQNA 2I7NA 5ADXA 1ZBFA 4AF1A 4JI0K 5FPEA 4FJ5A 1YT3A 4NCGA 4N5SA 3MX2A 4CE9A 3IS9A 1EWRA 3VQPA 3KK1A 1RBTA 3VETA 3NCIA 1RBRA 2J4RA 4OPJA 4O0IA 2B5JA 3D6RA 1NU0A 3PIOL 3ZETA 1NGAA 1RT2A 3CMAN 3ULDA 2PZSA 2XY8A 4FWPA 2CGKA 4FJXA 1X9JA 3O3GA 3CC2N 4HWIA 4K8ZA 5KPZA 2QWNA 4CGHA 5KGWA 1DT9A 1KTQA 1QSSA 4CZLA 4BC4A 4LF9K 4ELUA 2A41A 3LWLA 3QMLA 2ETJA 1C0FA 3V1OA 3ZSOA 1LWFA 2P9IB 3DLKA 3LDQA 2NRZA 4IOAL 2P5OA 2BANA 4CZHA 1S1TA 4CEZA 4OGEA 1N33K 3J7YP 1YITN 4CJTA 3LALA 1ZYQA 1LAVA 4M7YA 2Q36A 3Q7CA 4FW2A 3HL8A 4BE0A 1HQEA 1E4GT 3VMFB 5AQXA 3J81O 4O4GA 3LP3A 1RDBA 1P90A 4B3MK 3KZBA 2NNWA 4JS5A 3LZJA 3SUOA 2EHGA 3P39A 1Y64A 3C6TA 4KV8A 4BGAA 2P9IA 1FXXA 3D2FB 3GE1A 4FLYA 1QHAA 3TWHA 1JLGA 4MO4A 3QINA 3KLGA 1NBWA 2YNFA 4E7JA 1BISA 3CJ9A 2DFEA 3T1YK 3NBPA 3VEXA 1MWMA 4EIAA 4FJ8A 2HHIA 3SI6A 3ZT2A 1BIUA 2BTFA 1Z05A 4MDAA 1J5EK 4FJNA 3RMAA 4B3RK 4CVNE 1VK0A 3A8YA 3IDHA 1VQKN 4JKEA 3DRRA 1BI4B 3MN7A 3D2FA 5KRSA 1U45A 2NRHA 4E89A 1NJYA 4PA1A 2DFHA 2VWJA 3D2EB 1CXQA 1S72N 3L0QA 4N76A 1YF5L 2F7TA 3OYAA 1Q7YO 4YOWA 1VQ8N 3WXJA 2B4JA 2BE2A 3H1VX 2G8FA 3MAQA 1EO1A 2A1SA 2O4GA 2Z1HA 3HP9A 4ID5A 2KFZA 3KLEA 2A6AA 3D0PA 1UWBA 3OBWA 1G15A 4A2BA 4JD2A 4C8LA 4FJJA 3D2EA 4DUZK 1VSDA 3LZIA 3IUCA 4WFAL 3ZT4A 1LCUA 2E4LA 1ATRA 5ADXH 2G8HA 3T1AA 2A3ZA 4DLGA 1NJWA 3DOKA 4HCCA 3CF5L 4CK3A 4DR2K 3U6FA 4O5FA 4BWJA 1YTUA 3HBTA 1RTHA 4KI4A 3MCPA 3TTDA 5AQTA 4H0VB 2HMPA 4IKFA 1BUPA 1NJZA 4BR2A 4PQUA 3L2VA 4B8AB 3HYFA 4CIFA 1RILA 3ZSRA 4DSIA 5JLHA 4C1NK 5C12A 3WNHA 1BHLA 1YUWA 4IJNA 4UQGA 5T7BA 1N36K 2P9LB 2H3GX 4IG0A 2RE2A 3ZEUB 4BWMA 2X74A 5C25A 5EX5A 5KPTA 1NGHA 1NMDA 3NH1A 4WFBL 3OS0A 2E1ZA 3SAGA 3W3DA 2E6LA 5LMNK 1C0MA 4CF8A 4FJGA 3VTHA 3AVGA 4C8OA 1VSMA 3VQ4A 4IWVA 3CC4N 3SNNA 3HM8A 4M3WA 4DQQA 4AM6A 3ZEUA 1HPMA 5D3GA 5LY3A 4O44A 5CE3A 4AH9A 1L3TA 1YVNA 5J2NA 2I5JA 3TARA 2X78A 3E66A 3NF9A 4O0JA 3ZSQA 4AHUA 3EEQA 1VQ7N 1S5JA 4EZ6A 4DTPA 3I0RA 4CJ7A 4OPHA 4LSNA 3ASMA 3B6PA 3LDNA 1X9MA 4F2RA 4CW7B 4W5TA 4CEAA 1GLLO 1WBDA 3AA4A 5HRRA 1CZ9A 4DU1A 5FRMA 1WSGA 1VQON 3CFPA 5AQLA 3CERA 3GL1A 4CJPA 3F9KA 4DV1K 4U67L 2RKIA 3RSEB 2QEXN 1S6QA 1RT5A 4DR7K 4DU3A 1ATNA 3AVAA 2HNDA 3V1QA 2ASOA 3OBYA 5J1EA 1NNEA 1JL1A 3A5OC 3FLCO 4Z4CA 4DWIA 1RTJA 4ILHA 4OO1J 3HPOA 4H5NA 4FZXC 3AO5A 3RMDA 2F8SA 3CG7A 2GV9A 4BE2A 4W5RA 4JRQA 4FWKA 5TKWA 3DM2A 2ZGYA 1BWFO 3RSEA 1W7AA 1ITGA 1WSHA 2D0OA 4DR6K 2GUIA 4DTXA 4GKKK 1JCEA 3VQ9A 4FO0A 1N5YA 4DTMA 3LM9A 5HRNA 4CBWA 5DM7L 3J8AA 4KH4A 5C2FA 1U6ZA 2W6KA 4F8RA 3OYKA 3QEVA 4B9SA 3O9TA 3I0SA 1G99A 3VQ8A 1Q81O 4OLBA 1A5VA 4BRLA 3K5OA 3AY9A 3ZSXA 4EP5A 3CHWA 4CJSA 4CZGA 4CCHA 3ISNC 4HUGA 1SQKA 2ZD1A 1U49A 4IO8A 3U3YA 3VQCA 2D0CA 4PL7A 3DRSA 4BRAA 5GINA 1JXEA 4Q5VA 2QW9A 1BG3A 3SQ1A 4I7FA 5A2QO 4F4KA 4N41A 4NCBA 1LWEA 3JS6A 5GAHP 1BO5O 1OKJA 1Z6RA 3M1FA 1ZBSA 4NLBA 3CCMN 1Q9YA 4FWNA 3ZX0A 2OZSA 4KRFA 1ASVA 4H5TA 4CEBA 4LFAK 4KTQA 3CJBA 3LDLA 4OJRA 5E26A 2FBTA 4GVEA 1J54A 3S3OA 3VQQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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