4PKHA

Complex of adp-actin with the n-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
chains with identical sequence D, F, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkhA03
5AQPA 3C0BA 3VEYA 4CI6A 2CH5A 4B1XB 2Q31A 4H0YB 3AAQA 3M6GA 5AQYA 4K43A 4BRMA 3CJ7A 4CZLA 1MWKA 1NWKA 1TUUA 2YCHA 3O1WA 5B8HA 3GL1A 2P9SB 3H1QA 3U9ZA 1X9JA 1V4TA 2A5XA 2E20A 4FPAA 4FWRA 1NGCA 4A2AA 5LJWA 2CGLA 2IVOA 4EAHD 4CZJA 5AQNA 3EZWA 5ADXH 3O1BA 2V52B 5EOYA 4RCHA 4BRNA 3MCPA 1T6CA 5KPZA 2CGJA 2Q36A 2UYTA 5AQLA 3ZEUA 3WT0A 4CJ7A 1MA9B 3LDPA 4K41A 4PKHA 4RWTA 1LCUA 5EY4A 1QZ6A 2HF3A 1NGEA 4A61A 2QXLA 2W41A 5AQUA 5E84A 3ZEUB 4ISFA 5AQJA 4JHDA 1DGKN 3O5BA 4BRDA 4BQLA 1NMDA 2HOEA 3WXLA 4CZHA 1NGGA 3U9DA 2FF3B 4JHDB 5JMVA 3WXKA 4BRPA 4IXCA 4B1WB 5ADXA 2Q0RA 4J8FA 5BPLA 4CBUA 3KVGA 1LOTB 2Q97A 3CJ9A 2FXUA 3JXUA 3GG4A 1ATNA 5BN9A 4MLEA 4B9QA 5KPRA 2E2OA 4IJAA 4H5NA 1SAZA 5FPMA 3A5MC 3WUHA 4KBOA 5AQVA 1IJJA 2YJFA 1XUPO 4O5FA 4BVOA 1QHAA 4K25A 5AQFA 1R59O 2VCPA 2V7ZA 3ID8A 3M1FA 2ASPA 1S22A 2ZF5O 5AQMA 1HX1A 5F0XA 4CD1A 1Z05A 4FWSA 4AM6A 4MLHA 4BC2A 3UE5A 5BRDA 4XEIA 3H6EA 2QWRA 3O4WA 4BR0A 4BGAA 4BQZA 4BREA 4FSVA 5AQRA 4CZIA 3VF4A 4F9OA 2E1YA 1JCGA 2YHXA 3MN7A 4QS7A 5BREA 4H5RA 3ZX0A 2NZTA 4Z94A 3HZ6A 3U4LA 4BRQA 3F9MA 3SMSA 4BRHA 1SZ2A 3VF2A 1HKGA 3LDNA 2ZGZA 2QWMA 1HLUA 4QS9A 2GUPA 2F9WA 4PL8A 4CBXA 3QDKA 2I7PA 2P9LA 1E4FT 1JCFA 3EN9A 3VERA 2PAVA 4CZKA 1KAXA 3L4IA 2FLOA 1GLJO 3A8YA 4H0PA 3WQUA 4BRKA 2P9LB 3MN9A 1GLEG 2FSJA 1GLFO 4B1UB 3LDQA 4FWNA 4B1VA 4C23A 5F1XA 4H0XB 3SK3A 2D1KA 4HWIA 5AQKA 1V4SA 1K8KA 2W40A 1C0GA 5AR0A 3FR0A 5BN8A 4EHTA 4IWVA 2A40A 3EO3A 1X3MA 2A42A 4GNIA 1HKBA 4IO8A 4CZEA 1NM1A 1K8KB 3VGMA 3EKUA 3CI5A 3CJCA 1YXQA 4H03B 1X3NA 1G99A 2EWSA 2GWKA 2BUPA 4BC3A 1HPMA 2CH6A 1CZAN 1NGBA 4BR5A 1ZC6A 3FGUA 1C0FA 4CBWA 5I9EB 1NGFA 5JICA 5FPDA 3O08A 2YHYA 2ASMA 4FO0A 4MO5A 4FOIA 3CQXA 1MWMA 4M7YA 4GY2B 3AY9A 3UKUA 4CD3A 3VGKA 5KPTA 3MN6A 4I6MA 1TUYA 5EXWA 1Y64A 4FPBA 1NGHA 2J4RA 3IMXA 3W0LA 4BRAA 1T6DA 5AZIA 3UKUB 4BG9A 4I6MB 2E2PA 2AA4A 1KAYA 3GOIA 2GELA 2E1ZA 1BUPA 3CQYA 2A41A 3L6QA 1NGDA 1XQSC 2IVNA 4BRCA 3BF1A 5AZIB 4FWPA 3A5NC 4A62A 4E1JA 4BRFA 1S3XA 2QWNA 4QS8A 4FWKA 4FWLA 4BGBA 2ITMA 3HSCA 4BR2A 3HTVA 2YI1A 3AAPA 3FE1A 3L0QA 2QWLA 3CJ1A 3LL3A 2P9UA 2OANA 4JD2A 1YVNA 2A3ZA 1U6ZA 3U8XA 2QWOA 3O80A 1BU6O 3DWLA 5BPMA 5BPNA 1GLDG 1DEJA 2P9UB 3FZMA 4AM7A 4BG8A 4JD2B 3VEZA 3DJCA 2FSKA 3RSEA 1ZBSA 3QBXA 2VWBA 1WUAA 1D4XA 3D2EA 4H0VB 4H5WA 4CZMA 4JNEA 3VEOA 4NO7A 2ZGYA 2HMPA 4WQ5A 4WQ4A 3J8AA 1BOTO 1QQNA 3VF6A 2QWQA 2IIRA 4IJNA 4FWOA 3RSEB 4PL7A 2E88A 3OHRA 3S41A 3M3ZA 3D2EB 3MMVA 4YDUC 4O8KA 3W3DA 2E8AA 3LDLA 2NRHA 5E26A 2P9KA 2QW9A 3BF3A 3VGLA 5FPEA 2E2NA 4B1YB 1GLLO 3C7NA 3ATVA 2D0PA 3ZX2A 3BP8A 3O8MA 2PBDA 1GLCG 2GTDA 1ATSA 2P9KB 3IFRA 3CJBA 1WOQA 2FF6A 4B1ZA 4XH1A 4BRGA 1XC3A 1YAGA 4DHYA 3C7NB 3DAWA 3QMLA 5AQGA 2YHWA 3QICA 3KHYA 5TKYA 5KQ8A 4YDUA 1BDGA 5AFUH 1NLVA 3SJHA 3VETA 3FZKA 2CGKA 4XH4A 3ZETA 3KZBA 3FLCO 3FZLA 2P9IA 1KXPA 3FFKB 3LM9A 2E2QA 2QWPA 1DKGD 2Q2RA 3BEXA 4JN4A 1JCEA 3GE1A 3LM2A 3R6MA 3ENHA 4BR4A 1YUWA 4LC9B 4JAXA 2P9NA 4PKGA 5AQTA 1Q18A 3ZETB 5AQSA 2P9IB 4H5VA 3ENOA 3FZHA 3VEWA 2BTFA 3O6WA 2P9NB 1BWFO 2FSNA 5CE3A 4DCHA 4DQ8A 1SQKA 1BO5O 1HUXA 1J6ZA 4FL9A 5JLHA 3BUZB 3ULEA 5AZJA 2F9TA 3QB0A 3MK6A 5FPNA 4EHUA 3WXIA 4MO4A 3GBTA 3A0IX 4CZGA 3CERA 2IVPA 2QM1A 2HF4A 5AFUA 4BVPA 2DPNA 3ULEB 5AZJB 2ASOA 4L3QA 1RGIA 3H3OB 2D4WA 3QBWA 3R8EA 5AQXA 3IDHA 2Q1NA 3SLCA 4HTLA 3ATUA 3MN5A 5EX5A 2ZWHA 5BRFA 1NGJA 3VEVA 1HKCA 3QFUA 1ZXOA 3D7EO 5LJVA 1T44A 5JLFA 2I7NA 4EFHA 5F2RA 3VENA 3AARA 4FWMA 5AQWA 4FWQA 1RDWX 2Q0UA 3TU5A 1RFQA 2AP1A 4WQ5C 4ISEA 1GLAG 3CETA 4WQ4C 3IUCA 3VPZA 4BC5A 3MDQA 2WUSA 1BA1A 3CJAA 1MDUB 4M7XA 3HM8A 4FOEA 3B8AX 1NBWA 3I33A 3TPQA 1QQMA 3WXJA 3SMPA 1KAZA 4BRIA 1NGAA 3HI0A 4H0OA 1E4GT 2NLXA 3R9PA 4BC4A 3VEXA 4BR9A 1IG8A 2YJEA 1EQYA 5AQOA 4M63C 2A6AA 3H45C 4H5TA 1U2VA 3GDQA 4WYBA 5BR9A 3EL2A 1BA0A 2GEMA 1ESVA 3P4IA 4NB4A 3LDOA 3JS6A 3DXKA 5AQZA 1U2VB 1HJOA 2V7YA 1NGIA 3UKRA 1TYQA 4BROA 1H1VA 3WQTA 3DXKB 1P8ZA 5BRHA 4IZ9A 4PKIA 3I8BA 3WEEA 1Z6RA 3A5OC 2GWJA 3ZX3A 5EVZA 3UB5A 5AQHA 4EIAA 1BG3A 1TYQB 3UKRB 1ATRA 4ISGA 3G25A 4CZFA 3EKSA 5ELZA 4BR7A 3WEEB 3VESA 2P9PA 2KHOA 3CHWA 4DB3A 3D2FA 1OKJA 3H3NO 1GLBG 3HBTA 3QFPA 5LY3A 1QQOA 2V51B 5KQDA 3VOVA 3DXMA 2P9PB 3A5LC 4Y0WA 2H3GX 5AQIA 3D2FB 3H46O 2VYPA 4H0TB 3FZFA 1QZ5A 5AQQA 4A2BA 3CIPA 4XH5A 3DXMB 3H1VX 4K42A 2D0OA 4RTFD 4BRLA 2P9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQPA 4AF1A 1NJZA 3M6GA 4KFBA 5AQYA 4LFCK 4K43A 1JLEA 4LF4K 1TK8A 5E41A 2YHBA 3T1AA 4LF7K 4FWRA 1NGCA 2QTDA 2CGLA 5AQNA 1RTDA 3O1BA 4JKCA 3PO5A 2V52B 2X6SA 3VQ5A 1ASUA 3CD6N 1IH7A 3V1RA 5KPZA 2CGJA 1VSIA 1FW6A 4JKFA 5AQLA 3VA0A 4CHZA 4I9QA 3J7AP 1RTIA 4PKHA 2F96A 5DM6L 4F4KA 2OZMA 4G1QA 3HP6A 1W2BM 4B9MA 1QSLA 2HVHA 2KW4A 4IFYA 1FKOA 3ZT4A 4OPHA 3QEPA 1L3SA 1C0MA 1C0TA 1B9DA 3O5BA 4OPAA 1NMDA 5D3GA 4CZHA 4JV5K 1NGGA 3U9DA 3AVIA 3KJVA 1HQEA 2RHKA 3CCUN 4J2EA 1CZBA 4FLXA 1Q82O 3MAQA 3VQ9A 4FM2A 1VQ9N 3KVGA 4B9SA 1S1XA 3JXUA 3MX2A 1YITN 3GG4A 1ATNA 5KPRA 5HL7L 3ZT1A 4H5NA 3WUHA 5FPMA 4UY8O 2KTQA 1IJJA 2GUIA 1XUPO 4O5FA 4BACA 4FVUA 3LALA 4DV3K 3O3FA 3WNHA 1O1WA 2OZSA 2VCPA 3ID8A 1NK7A 5AQMA 1HX1A 1RTJA 4CD1A 4E7IA 1Z05A 4FWSA 4KHQA 5BRDA 5M1NA 1RT1A 1NK8A 3HXMA 4DS4A 5JENA 3DLLL 4Z4FA 2QWRA 1NK0A 2OTLN 3SV4A 4LSNA 4CERA 3KKSA 3AO1A 4DKWA 1IKYA 3CC2N 4Y1DA 5HRPA 2HNYA 2O8FA 5BREA 5FLXO 4CCHA 3ZX0A 1Z26A 3TWHA 3HZ6A 5HOOA 4BRQA 3SQ1A 4JKHA 1WAFA 2O8FB 3KLGA 1EO1A 2QWMA 4TSXA 1HLUA 4QS9A 4M45A 2IOCA 1NJXA 3QDKA 4FLUA 2I7PA 4CJUA 4YOXA 1VQON 3EN9A 4GV6A 2G8IA 2PAVA 3I8DA 2YKNA 3WXMB 4LF8K 5CZ2A 4NYFA 4KH4A 3SI6A 1GLJO 3A8YA 2NRRA 4JK7A 4RW6A 5SZTA 3LDQA 4JI2K 4CHQA 3NVKA 4A57A 5F1XA 4E1NA 1QQCA 2W40A 3FR0A 5BN8A 2FBVA 3E9LA 3HT3A 2VGNA 3AA2A 1A5VA 4HUFA 4CZEA 1NM1A 1J5OA 3EKUA 4JI6K 4DU1A 1VQ5N 2FBTA 2PYJA 1YXQA 4DV4K 3DRRA 3BGRA 4CJEA 1VHXA 1HPMA 4W5OA 4RW9A 3FGUA 5I9EB 1NGFA 1ZBFA 3AVJA 5FPDA 2W6KA 3OYEA 1OVQA 3IAYA 4FOIA 1MWMA 3UKUA 3VGKA 3G6EN 3MN6A 4I6MA 4PHTX 4M3ZA 5EXWA 1NGHA 1EX4A 3A2FA 3LWLA 1Y97A 3I0SA 3UKUB 2A1SA 4BG9A 2W6LA 4I6MB 2D0CA 4CGFA 4DTXA 3DMJA 5HBMA 3CQYA 3MEEA 2A41A 1NK9A 2IVNA 3OBYA 4CJWA 3S3MA 1R0AA 3WNGA 3A5NC 4BRFA 5HROA 3TR8A 2ITMA 3HSCA 3KLIA 4BR2A 4YFUA 3NGYA 3K5OA 5GIPA 4FK2A 4CHPA 4FM1A 3LL3A 4FJ5A 4GV3A 3RWUA 4HHTA 2OCEA 2YNHA 1YVNA 3QLHA 3O80A 4JKAA 1BU6O 2OPPA 4JI7K 1TAUA 2E6LA 4AM7A 4KTWA 4N76A 1ZBSA 4DTUA 3LZJA 1D4XA 2YNIA 4JNEA 3NMUA 2YX6A 2HMPA 1WSGA 2ZD1A 3J8AA 1QQNA 2OPSA 1HNVA 2IIRA 2O8EA 3OJSA 4PL7A 1WSIA 4FCYA 1JLFA 3OHRA 1FK9A 3CF5L 3M3ZA 3MMVA 2HW3A 3W3DA 1IKVA 3KD1E 5E26A 2P9KA 3T19A 1T3VA 4JKDA 4OKEA 3OS0A 1YJNN 4RW8A 2O8EB 4AHCA 4FJ7A 3MWPA 1NG9A 1LV5A 4GMJB 2P9KB 5H1SQ 2FF6A 4Q0BA 1KLMA 5GINA 1XC3A 2XY8A 4NLCA 3VMFB 5TKYA 2G8UA 2XY7A 2WOMA 3VETA 4XH4A 1ZBHA 3ZETA 1RDAA 3FLCO 4JN4A 3ZT3A 5JVHL 4E0DA 1YUWA 4M3XA 4CGGA 4PKGA 5AQTA 1Q18A 3ZETB 4KPYA 1S9GA 4H5VA 3K58A 3VQPA 1RT6A 1VSLA 3K9JA 3VEWA 3OTOK 3KLHA 1XI1A 3SAHA 2HSTA 4LF6K 4DQ8A 4JS4A 3LWMA 4W5RA 2AJQA 3C95A 3BUZB 1K9MO 3MK6A 4EHUA 4X62K 4CZGA 3A0IX 3CERA 2IVPA 4JS5A 3SQ4A 3AO2A 5AFUA 3IKMA 3QETA 2ASOA 4CHNA 3T1HK 4DQSA 1ZBLA 2Q1NA 3V9WA 3ENBA 3UIQA 3HPOA 1J9AA 1HKCA 3QFUA 4IO9L 4KI6A 4OLAA 4PY5A 3MECA 2I7NA 4WF9L 3AVHA 2NRVA 3VENA 4ZHRA 1RDWX 5C15A 4FZZA 3SPYA 1HRHA 4RW4A 2UUAK 1HYVA 3IUCA 1REVA 2RF2A 1BCOA 3MEDA 4FOEA 2HHXA 4B9VA 2GV9A 3OYAA 1YI2N 2HBLA 3QEVA 3NGIA 4CGJA 3F73A 3Q7BA 1RDCA 2NLXA 1VQNN 1ZBUA 3ZT0A 4CE9A 3VEXA 1IG8A 2YJEA 4DFMA 4IEEA 4O0IA 2XY6A 4Y1CA 1U2VA 1JLQA 1OH7A 1WSJA 3CPEA 4NB4A 3JS6A 4DTOA 3D6RA 1HNXK 3CFRA 1L5UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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