4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
4FOEA 3MN5A 1QHAA 2FSNA 4K41A 4PL7A 2D1KA 4BGAA 3CJ1A 1T6CA 4A2AA 1BOTO 3RSEB 4XEIA 2KHOA 4RCHA 3CJCA 4GNIA 3VGKA 1BU6O 3O1WA 3H1VX 2E1ZA 1C0FA 3HM8A 2BTFA 1HJOA 3J8AA 3SMPA 3U9ZA 4NB4A 3FZKA 2E2QA 4FWRA 2GWKA 4YDUA 4J8FA 4BRNA 2FSJA 5FPMA 1Y64A 3CJAA 2P9SB 3WXJA 2FLOA 4CZJA 1ESVA 4AM7A 2V51B 1G99A 2QWRA 2GTDA 4IJNA 1X3MA 3VGLA 3GE1A 4H5WA 3CERA 1HPMA 3LDLA 2Q36A 1NMDA 2GEMA 3IMXA 3P4IA 3A5OC 4JHDB 3ID8A 4JHDA 3B8AX 1T44A 1IJJA 3FGUA 2Q0UA 3VENA 3A5NC 3UB5A 5EXWA 2QWOA 4IJAA 5CE3A 2VYPA 2P9NA 2IVPA 3MN6A 5AZIB 4PKHA 1ATSA 5JMVA 3VEWA 5AZIA 4BRQA 1E4GT 3DAWA 4PKIA 4BR9A 2I7NA 2PAVA 2QWMA 3IUCA 2QWLA 4O5FA 5F2RA 3VOVA 3MN9A 4B1ZA 1ZBSA 3LL3A 2V7YA 1GLFO 3FFKB 1YVNA 5BPLA 3GDQA 2CGKA 3QDKA 5AQSA 4CBXA 5JLFA 2GELA 3ZX0A 1V4SA 2YCHA 3U4LA 2QWNA 3BF1A 3WXKA 4A61A 4EIAA 1ATNA 3G25A 3U8XA 1GLEG 4MLEA 4C23A 4H0OA 2A42A 2WUSA 4FWNA 4H03B 3ZEUB 2E88A 5AR0A 3ZEUA 5KPRA 4B1VA 2ZF5O 3LM2A 3H1QA 3IFRA 5BREA 1K8KB 4MLHA 3A5MC 5B8HA 4CZKA 4M7XA 4FWPA 3CHWA 5AQTA 1RGIA 5BPMA 1YXQA 1ZXOA 3D2FB 3UKUB 4BGBA 5LY3A 3D2FA 3DWLA 4MO4A 1BUPA 4IWVA 3UKRB 1SAZA 3A8YA 3UKRA 1V4TA 5AQXA 4BC2A 4CZEA 3VETA 1T6DA 2ZGYA 3VESA 4I6MB 1QQNA 3R8EA 3QBXA 1JCFA 1NGFA 2Q31A 2FSKA 2GUPA 5KPTA 2ZGZA 1IG8A 3R9PA 4FSVA 1GLAG 1WOQA 3F9MA 3M1FA 3LDQA 4JD2B 3LDOA 2FF6A 4JNEA 4QS8A 3EN9A 1LOTB 2YHYA 2J4RA 5F1XA 1C0GA 2W40A 5AQUA 5JLHA 3GOIA 4CD3A 1BA1A 1KAXA 4MO5A 3RSEA 3OHRA 3ENOA 3FLCO 3QICA 1EQYA 3IDHA 3WUHA 2Q1NA 2D0PA 1Q18A 3H6EA 4H5VA 4BRFA 2ASMA 3FE1A 3VPZA 2ZWHA 4DB3A 4BR2A 1U2VB 4O8KA 5KPZA 4EFHA 1U2VA 5EY4A 3ZX2A 5JICA 2D4WA 4XH5A 3HTVA 5AQPA 5BN8A 3VEVA 1NGCA 2IVOA 2A6AA 1JCEA 1NGJA 5AFUA 5FPDA 4BC4A 2P9SA 3CQYA 1DGKN 3ZX3A 4BG9A 3LM9A 4DQ8A 2AA4A 1JCGA 1RFQA 3VEYA 2OANA 1GLJO 3EO3A 5FPNA 2E2NA 3VGMA 2ASOA 5AFUH 3QFPA 3WQTA 1HUXA 5EX5A 4Y0WA 5AQQA 4K43A 3SK3A 4BVOA 4ISEA 4FWKA 3W3DA 2VCPA 4CD1A 3KHYA 1S3XA 1NWKA 2QM1A 1YUWA 2A5XA 5AQKA 1QZ6A 3M6GA 4H0VB 4IXCA 3CQXA 3JS6A 4CZHA 1BA0A 4IO8A 4EHTA 1X9JA 1KXPA 4WQ4C 4LC9B 5BRHA 3BP8A 4B1UB 5KQ8A 3QFUA 3QB0A 4K42A 2P9PB 3M3ZA 2Q0RA 4B1YB 3O5BA 3C7NB 3FZHA 4A2BA 3C7NA 1X3NA 5I9EB 1Z6RA 3O6WA 3AAPA 1KAZA 3MCPA 3BUZB 4M63C 4CZIA 5KQDA 3SJHA 2YHXA 3MN7A 3EZWA 3EKSA 5BN9A 3VEXA 3VERA 4B9QA 3O8MA 4CBWA 3KVGA 3CJ9A 3QBWA 5AQGA 2CGLA 3ULEB 5BRDA 2F9TA 3H3NO 2P9UB 4IZ9A 4FL9A 4NO7A 1CZAN 4WQ4A 2P9UA 4XH4A 2A3ZA 2H3GX 3LDPA 4BRDA 5AQHA 2IVNA 4FWOA 4CZLA 1NGEA 4BR7A 2IIRA 1K8KA 4H5NA 5LJWA 4BRPA 1H1VA 2AP1A 3I33A 1J6ZA 1NGIA 3FZLA 5E84A 1GLLO 1NLVA 3DXMB 4BC3A 2E20A 3UKUA 3DXMA 5TKYA 5FPEA 3H45C 3WXLA 1BG3A 1QQOA 1HKBA 4I6MA 3HSCA 5LJVA 4FWQA 4BRHA 1KAYA 3W0LA 3MDQA 3GL1A 3UE5A 4DCHA 3BF3A 5AQMA 3EL2A 4JD2A 5AQOA 3CETA 4BRIA 4CZGA 3GG4A 4EAHD 4H0PA 1YAGA 3DJCA 5AZJB 4FOIA 2YHWA 4BROA 5AZJA 3WEEB 4BRMA 2HMPA 4EHUA 1RDWX 3WEEA 3CIPA 3C0BA 4CZMA 3WT0A 4WQ5C 4JAXA 4RTFD 1SZ2A 3LDNA 4WYBA 3VF2A 4FWSA 2YI1A 4FWMA 4HTLA 1DKGD 4CZFA 3GBTA 3O4WA 2P9LB 3AY9A 5BR9A 2P9LA 3L4IA 1GLDG 3KZBA 4BC5A 4XH1A 1MWKA 2W41A 1OKJA 2A41A 4BRKA 3MMVA 3ATVA 2FF3B 2F9WA 5AQNA 3ATUA 1HLUA 1NGDA 4Z94A 2QW9A 4DHYA 4PKGA 3FZMA 3ENHA 5AQRA 4JN4A 1NM1A 1MWMA 3L0QA 3O08A 3TPQA 3AARA 1BO5O 3D2EB 3JXUA 2BUPA 4WQ5A 2QXLA 3D2EA 4PL8A 3HI0A 4CBUA 4AM6A 2QWQA 4HWIA 5AQLA 1WUAA 2CGJA 5EOYA 4BR5A 3WQUA 2D0OA 3VEZA 2E2OA 2HOEA 2Q97A 3S41A 3VF6A 3D7EO 2GWJA 5AQIA 3SMSA 1S22A 1HKGA 5AQWA 3VEOA 2I7PA 3R6MA 1QZ5A 3I8BA 3FZFA 2VWBA 3U9DA 1NGBA 2HF3A 3HBTA 3HZ6A 4CJ7A 2V52B 2QWPA 1NGGA 2A40A 3FR0A 5F0XA 2ASPA 3A0IX 2DPNA 3WXIA 2P9PA 4H0TB 4M7YA 3SLCA 2P9KB 3QMLA 2ITMA 4QS7A 2P9KA 4H5RA 1R59O 1LCUA 2EWSA 4BRLA 1XC3A 3CJBA 4FPAA 1QQMA 2P9NB 2YJFA 3EKUA 4FO0A 1NGHA 1NGAA 4H5TA 4B1XB 4FWLA 5E26A 4RWTA 2E2PA 1GLCG 1ATRA 1ZC6A 4L3QA 1BWFO 1MA9B 4BRGA 3ULEA 1E4FT 4ISGA 3H46O 2P9IB 5AQFA 4BRAA 3A5LC 2HF4A 1GLBG 1XUPO 2P9IA 2CH6A 5EVZA 1BDGA 1HX1A 5BRFA 2UYTA 3O1BA 4BREA 4BR4A 1SQKA 1TUYA 2Q2RA 2YJEA 3DXKB 1NBWA 3TU5A 3MK6A 4B1WB 4BQZA 3DXKA 3AAQA 5AQVA 2E1YA 2NLXA 4F9OA 4BQLA 1TYQB 3L6QA 5ADXA 1HKCA 1TYQA 4BVPA 4H0XB 1Z05A 5ELZA 4GY2B 2NZTA 2NRHA 3VF4A 3ZETB 4KBOA 2V7ZA 3ZETA 4BR0A 4BG8A 2E8AA 5AQJA 4CI6A 1P8ZA 5BPNA 3H3OB 4H0YB 4QS9A 4A62A 5AQYA 3O80A 2FXUA 1DEJA 3CJ7A 4E1JA 1D4XA 1U6ZA 4FPBA 5ADXH 1TUUA 3CI5A 3BEXA 1MDUB 1XQSC 2CH5A 4ISFA 5AQZA 2PBDA 4BRCA 4K25A 4YDUC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3GA 4OPKA 2IOCA 2YV0X 1BQMA 2P1JA 1BOTO 1F21A 3LWMA 1VQ6N 3CJCA 4GNIA 1BU6O 4A59A 1TKZA 3TTFA 1C0FA 3HM8A 2YHAA 3K9JA 1Q82O 3SMPA 3U9ZA 1RT3A 4CFDA 3HO1A 4JI4K 1U48A 3ZSZA 1J9AA 1VQKN 5CY4A 2FSJA 2HVHA 1Y64A 1RBTA 3PLAA 1BCMA 4QCLA 1ESVA 4DU3A 3N4QA 1E3MA 4NLBA 1BGXT 4RW4A 3O3HA 3K59A 4X64K 2NRXA 3NF7A 3BZKA 4PY5A 3VGLA 2Z1GA 3L2RA 1SL2A 1HYVA 2F8TA 4FW2A 1NMDA 3P4IA 4GV3A 2OPRA 2OTLN 5M1FA 1KRPA 3FGUA 4C8KA 5HOOA 4CJPA 3VENA 3NAEA 3VQ8A 4DSFA 3QEIA 5EXWA 4FXDA 1IBLK 3NE6A 3MN6A 3MWPA 4PKHA 3J7ZO 3DAWA 4IFYA 4CEAA 4DTJA 4BR9A 4W5OA 3MN9A 4B1ZA 3LL3A 2V7YA 3V4IA 4DS4A 3FFKB 1VSHA 4FVUA 3OYKA 3GDQA 1LWFA 3C95A 5AQSA 2GELA 3U4LA 4JI0K 2RKIA 4A61A 3WXKA 3G25A 2JLEA 3AVIA 5DMRA 3LP2A 4H0OA 4FWNA 2WUSA 3K2PA 3ZEUB 2VWJA 2Q3SA 4AHRA 1X9WA 4B1VA 3TARA 3LM2A 1REVA 4KHSA 1K8KB 4MLHA 5B8HA 4M7XA 2O8EB 3HOSA 5C24A 1RGIA 4E89A 1YXQA 1Q86O 4BGBA 1BIZA 4DTPA 4MDAA 4GMJB 3ALYA 4IWVA 2XHBA 5DM6L 4I2PA 3TAQA 1V4TA 3DRRA 2G8HA 3VQQA 4F4KA 1S9EA 1XHZA 3VETA 4N47A 3VESA 3OA9A 3S3NA 1QTMA 4UY8O 1JXBA 3HRGA 4KHPK 3ZT3A 1HNZK 2BE2A 3VQDA 5J2MA 3M1FA 5LMNK 2P5OA 4OVLA 2J4RA 1KSPA 3ISNC 3QERA 1XWLA 3NF8A 2W40A 1QSYA 2KTQA 1K8AO 1KAXA 3KKRA 4R5PA 1K73O 4MO5A 3FLCO 3QICA 4CERA 1NK5A 1EQYA 3WUHA 1S1TA 2XO7A 1GOAA 3HPHA 1NK8A 3K5MA 4O5BA 4H5VA 3MCAB 3VPZA 4BR2A 5KPZA 5EY4A 4I9QA 3SNNA 3HSTB 1NGCA 2HBKA 1C0UA 5AFUA 1X9MA 5JENA 4CF2A 4DQ8A 3ZX3A 3H08A 3LM9A 3DLHA 5C10A 2YNGA 1JCGA 4JKBA 3VEYA 2OANA 1GLJO 5FPNA 1KLNA 2E2NA 1TV6A 3QFPA 1JLFA 4Y0WA 3OVNA 4KO0A 4ISEA 4CEFA 4DSLA 4FWKA 3W3DA 4KTZA 2GUIA 3EEQA 3OYGA 5J2PA 4HUEA 1NWKA 3NGYA 3AA5X 1ZBIA 2A5XA 5AQKA 1QZ6A 3M6GA 4H0VB 4ILJA 4CZHA 4IO8A 4DS5A 5IT9O 1G15A 3C6TA 3M5RA 4KI6A 4LSNA 3QFUA 4K42A 3M3ZA 2Q0RA 2QEXN 1U49A 4A2BA 3CC4N 2KKZA 3DM2A 5I9EB 2HHVA 1VQPN 5GADP 4CGGA 3HPOA 4DV5K 4FZYA 3EZWA 1IKWA 1KLMA 1NJYA 1VQ8N 3D0PA 5AQGA 3P38A 3ULEB 4DUYK 4JKGB 2P9UB 3AO3A 4DQRA 4NO7A 2A3ZA 2H3GX 1IKYA 3CF5L 4YHHK 3VA0A 1YT3A 2IVNA 4FWOA 4CZLA 1K8KA 4BRPA 1H1VA 2F7TA 2KQ2A 1Y97A 4IDHA 3DXMA 3Q7CA 1YTAA 4B9VA 3NGIA 1XMQK 4OGEA 3NF9A 1OH7A 2KFZA 3ZSQA 3HM9A 1HYSA 5LJVA 1QQCA 4AQYK 1RDUA 4BRHA 3W0LA 2BANA 3UE5A 4W5NA 3DLGA 1U04A 4YFUA 4DTXA 4NCGA 5DK5A 4CEEA 1L3UA 1YAGA 3TI0A 2PZSA 5AZJA 3AVFA 4U7BA 3CIPA 3C0BA 2DTUA 1SZ2A 3ZSRA 3HVRA 1JL2A 5J2NA 2XY7A 4WYBA 4FWSA 1DKGD 4CZFA 5C25A 4WFBL 2O4IA 5BR9A 1GLDG 3KZBA 4FJGA 4E1MA 5LL6Z 1KD1O 4BC5A 2VGMA 4XH1A 3DI6A 1MU2A 3TAEA 2A41A 3AV9A 4BRKA 4DG1A 4KHNA 3ATUA 1HLUA 4Z94A 3AO5A 3ENBA 3V9ZA 1A5WA 1NOYA 3LPTA 3L0QA 3O08A 3AARA 1OH5A 4WQ5A 1N6QA 3D2EA 1RT6A 1ZBFA 3MEDA 4CBUA 4HWIA 4FZXC 2CGJA 2OZMA 1I94K 4BWJA 3WQUA 4NLCA 3KK1A 4OJRA 4TSXA 1VQMN 5I3UA 3OYIA 1HNVA 1YF5L 3D7EO 3OW2M 2HNZA 3VEOA 2I7PA 1QZ5A 3PUFA 3FZFA 2VWBA 4DQIA 1WSFA 2HF3A 1XC9A 3SQ0A 5J1EA 3CYMA 4OLBA 1ZBUA 5AJ3K 2QWPA 1NGGA 4MDBA 3VQ9A 1SKWA 5F0XA 3RR7A 5SZTA 1D5AA 3UIQA 3QIOA 4Z4IA 4DR6K 2ITMA 2P9KA 2HHTA 4BRLA 5T7BA 3EYZA 1XC3A 3J7YP 1HNIA 4CEOA 2VG6A 2P9NB 4LD0A 3RR8A 4FO0A 4B1XB 3P31A 3QNNA 4FJKA 1BWFO 1N5YA 2HBJA 3DLKA 3ULEA 2Z1JA 4FK0A 1ASVA 2YNHA 4JKGA 5CHIA 2P9IB 3WXMB 2E5LK 4BRAA 4CHNA 3IS9A 1GLBG 3VTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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