4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
4BRHA 4EHTA 2E1YA 4H0VB 4I6MA 5AQUA 5EX5A 5AFUH 2BTFA 4CJ7A 5BR9A 1GLJO 3ZETB 1EQYA 5I9EB 3SLCA 3MN5A 5AQPA 2YJEA 4H0TB 3MCPA 5LY3A 3VPZA 5AQNA 3FZKA 1NGBA 4Z94A 2P9LB 3FGUA 4AM7A 4EAHD 2Q0RA 4BRMA 3FZMA 3BUZB 1NBWA 4ISGA 1Q18A 1BU6O 3AAPA 3UKUA 3U8XA 2KHOA 1NGAA 4PKGA 3LDQA 4H5NA 5AQMA 3AARA 3JXUA 2DPNA 3O1BA 4YDUA 4CD1A 3D2EA 3U9DA 2QW9A 3M1FA 5AQZA 5FPDA 1NM1A 3DXKB 3VF6A 4BRNA 3HTVA 1YUWA 4LC9B 3VEXA 5BREA 3VEVA 3LDLA 4MO4A 3C0BA 2GWJA 4CZJA 3ZX2A 2HF3A 1RFQA 3H3OB 3CETA 2FF6A 3HZ6A 5FPMA 4BRDA 1DGKN 1MDUB 4CBXA 4EFHA 1BA0A 5JLFA 4MO5A 2IVPA 5BRHA 3O5BA 1QHAA 2I7PA 1SQKA 3RSEB 1GLCG 1GLAG 4JN4A 1S22A 4GNIA 4BC5A 2V51B 3WQTA 4JNEA 1TYQA 1WUAA 5AZJB 5LJVA 1DEJA 2WUSA 3I8BA 2GUPA 5AQYA 3WEEA 4CZGA 1QQNA 2F9TA 2QWLA 3VEZA 3HM8A 4B1XB 5ADXH 3DXMA 3H45C 4QS9A 1QZ5A 5ELZA 4JD2B 2A6AA 4CI6A 2HMPA 2V52B 1S3XA 4BC2A 4M63C 3MMVA 2GELA 3FFKB 3A0IX 3QICA 4BR9A 1HUXA 4BRKA 3MN9A 2P9UA 5E26A 4PKHA 3WUHA 1HX1A 3L4IA 1P8ZA 3O8MA 1BOTO 1KXPA 1NGDA 3M6GA 5AQTA 3UB5A 3VERA 3WXIA 4EHUA 1IJJA 1QQOA 1WOQA 1HKCA 4A61A 4B1WB 1X9JA 4XH5A 2P9PB 3GE1A 4BQZA 2QWPA 4L3QA 4BGBA 1XUPO 5JICA 5JLHA 4PL8A 1QZ6A 5EY4A 2QM1A 1BDGA 4BR4A 1OKJA 2GEMA 4FOEA 2A40A 5AZIB 1D4XA 5AQGA 5BN9A 1MA9B 2P9NA 3QMLA 2GWKA 5F2RA 3IFRA 3CQYA 3BEXA 3ULEB 4AM6A 2P9LA 5AQSA 3UKRB 4FWOA 4BRAA 1NGFA 4CBWA 3CERA 5KQ8A 2A42A 3A5LC 3CJAA 1NWKA 4NO7A 4IWVA 5AQVA 1RGIA 3C7NA 2D0OA 4BRFA 3QDKA 4FOIA 1U2VB 2P9KA 2QXLA 2ASPA 2HF4A 5E84A 1MWKA 1ATRA 3ATUA 4BROA 2PAVA 4WQ4A 3FE1A 2F9WA 4CZKA 1BUPA 2W41A 1K8KB 2E2OA 2HOEA 3W0LA 3IMXA 4PKIA 3AY9A 4H5VA 5EXWA 4FWLA 3KHYA 4BRQA 3R8EA 4B9QA 4BR0A 5BPMA 4FWRA 4RWTA 3D2FB 1ATSA 2YJFA 1XC3A 3VEWA 4BGAA 3WQUA 2D1KA 3FLCO 3HBTA 1C0FA 3QFPA 4CZFA 3WXKA 4EIAA 2QWRA 1X3MA 3QBWA 4CZIA 3J8AA 2CH5A 2D4WA 1NGJA 4BC3A 5KQDA 2VYPA 3HI0A 1GLBG 3GG4A 3MN6A 4J8FA 5AZJA 4BRCA 1SZ2A 2AP1A 3O08A 2PBDA 3BF1A 3EO3A 2QWNA 3LDNA 2ZGYA 2UYTA 1BO5O 1ZXOA 3VF2A 3ZEUB 1NGIA 2IVOA 3IDHA 1HPMA 1T6CA 3VESA 2FLOA 2P9SA 3VF4A 1T6DA 4JD2A 2GTDA 2V7YA 3VGMA 1TUUA 3EKSA 4B1UB 4FWKA 3VETA 4JHDB 4CZEA 2E8AA 2Q36A 3A8YA 3CIPA 1LCUA 4K43A 3F9MA 4BQLA 3QFUA 3CQXA 1GLLO 4FL9A 2ASOA 3D2EB 4IJAA 4QS8A 3OHRA 3UE5A 3IUCA 1G99A 2W40A 2CGLA 3VEYA 4WYBA 2P9PA 1Z05A 3SMSA 1HKBA 5BPNA 4E1JA 3EZWA 1U6ZA 3GOIA 4BRGA 2YI1A 2Q0UA 3CJ1A 4K41A 2A41A 3H1QA 4BRLA 2P9IB 2EWSA 4GY2B 4FPAA 4BRIA 4FPBA 5AZIA 3P4IA 5JMVA 3U4LA 2CH6A 4H5WA 3R9PA 4ISEA 2FF3B 4FWMA 3H1VX 3ULEA 1E4FT 4KBOA 3R6MA 4FO0A 3UKRA 2YCHA 4RCHA 5CE3A 2ZWHA 4M7XA 3CHWA 4K25A 3KVGA 4MLEA 3CJBA 4XH4A 3ZETA 3LM2A 4CZHA 3DXMB 3FR0A 4JAXA 4CD3A 1NGHA 1ATNA 1KAZA 3WT0A 1NMDA 1YVNA 3ENHA 4H0PA 3S41A 5AQFA 2NLXA 4IO8A 1RDWX 2P9UB 4CBUA 1MWMA 1QQMA 2IVNA 1JCFA 3M3ZA 5FPEA 2YHWA 4XH1A 4A62A 5FPNA 2VCPA 1ESVA 2ITMA 4A2AA 2QWQA 3MN7A 1BA1A 4FWPA 4BREA 3JS6A 5F1XA 4BVOA 2J4RA 3BP8A 1H1VA 3VENA 2OANA 1V4TA 3DXKA 3DWLA 3ENOA 3H6EA 4BR2A 2Q2RA 4M7YA 1DKGD 1ZBSA 3ATVA 4B1VA 4BR5A 4FWSA 4H0OA 3BF3A 5AQRA 5AQOA 1KAXA 1ZC6A 4IZ9A 3U9ZA 3A5OC 5AQXA 1NGCA 3FZHA 2BUPA 1JCGA 4H03B 5KPZA 2E20A 4DCHA 2QWMA 1JCEA 2YHXA 4BRPA 1YAGA 2P9NB 4WQ5C 5AQHA 3ZEUA 3H3NO 1XQSC 5AQWA 3GBTA 2AA4A 3O4WA 4C23A 4O8KA 5EVZA 2FXUA 2E88A 3RSEA 4H5RA 1HLUA 1IG8A 4DHYA 2Q31A 4I6MB 1Z6RA 2A5XA 4JHDA 3LDPA 5AQKA 3C7NB 4CZMA 2V7ZA 4H5TA 2P9KB 4H0XB 3L6QA 3GL1A 1TUYA 1KAYA 1LOTB 2IIRA 1R59O 5BRFA 5EOYA 3O6WA 3VGLA 3LL3A 1J6ZA 3VEOA 3FZLA 5TKYA 3DAWA 1NGGA 3SMPA 3KZBA 2NZTA 3UKUB 2Q1NA 3GDQA 3CJ7A 4DQ8A 2ASMA 4RTFD 1SAZA 4FSVA 4PL7A 5AFUA 1Y64A 3B8AX 2P9IA 1NLVA 4HWIA 2I7NA 4IJNA 3WXLA 5B8HA 3EL2A 2E2QA 5AQJA 3AAQA 4K42A 2VWBA 3DJCA 3QB0A 4CZLA 4Y0WA 2QWOA 2A3ZA 3H46O 4IXCA 4B1YB 4ISFA 4WQ4C 3VOVA 2CGJA 3EKUA 1HJOA 3LDOA 3FZFA 4F9OA 4BC4A 4BG8A 2Q97A 4FWNA 3G25A 2FSNA 3LM9A 5BN8A 4XEIA 4DB3A 2P9SB 1X3NA 2ZF5O 4HTLA 5BPLA 4BVPA 3O80A 4YDUC 2E1ZA 1GLEG 5LJWA 3WXJA 1GLFO 2YHYA 1YXQA 3I33A 4BG9A 2D0PA 1TYQB 2ZGZA 3EN9A 3HSCA 3QBXA 5AQLA 3SJHA 2FSKA 4NB4A 5AR0A 3MDQA 1C0GA 4WQ5A 3WEEB 4B1ZA 1NGEA 3MK6A 3A5MC 3TU5A 2NRHA 1HKGA 1U2VA 2E2PA 4BR7A 4QS7A 3L0QA 1V4SA 4A2BA 2E2NA 5BRDA 1K8KA 3A5NC 3VGKA 3W3DA 1BG3A 5AQQA 3ZX0A 5AQIA 4MLHA 1BWFO 3O1WA 4FWQA 1CZAN 2H3GX 1GLDG 4O5FA 2FSJA 3D2FA 3CI5A 1T44A 2CGKA 3TPQA 4H0YB 5ADXA 3ID8A 3ZX3A 3CJCA 5KPRA 5F0XA 3D7EO 3CJ9A 3SK3A 5KPTA 1E4GT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MXJA 4CFCA 3AA2A 1WSHA 3OS2A 2E1YA 5EX5A 1X9WA 3MX2A 4CJ7A 3P38A 1GLJO 3VTIA 5I9EB 4KFBA 3SLCA 4DR5K 4GVMA 2R7YA 1F21A 2F96A 4IO9L 3RTVA 1VK0A 4DQRA 1NOYA 4C1NI 4H0TB 4CJWA 5H1SQ 5LY3A 4BEBA 5AQNA 1Y97A 5C10A 2P9LB 1M1KO 3OYKA 1B9DA 2HBLA 3E01A 1BCMA 2O8FB 3V4IA 3BUZB 3T69A 3UKUA 1BU6O 3HVRA 3NDKA 4FJHA 3C95A 3SV3A 1NGAA 4RG8A 3LDQA 1WB9A 3O1BA 4Q5VA 2KFZA 2QW9A 5AQZA 5FPDA 3HK2A 4M41A 1RDAA 4AHCA 4CJ4A 1NOZA 5KRSA 3VEVA 3IKMA 3EE8A 4IG3A 2JGUA 3J81O 4IKFA 3OJSA 1O13A 3SV4A 3HZ6A 3E9OA 3HYFA 4C1NK 3EE9A 3CCQN 4ELUA 2IVPA 1SUQA 3OYBA 5GADP 3G10A 3SBGA 2I7PA 1SQKA 2HBJA 1JLCA 4JN4A 4GNIA 3OYEA 4JNEA 4NCAA 3OYDA 4B9TA 4JKEA 1DEJA 4YOWA 3SAHA 1XHXA 5AQYA 3ZT0A 4ZTJA 1IV0A 1TGOA 2AJQA 2RPIA 3VEZA 2XY5A 3DXMA 4I7FA 1QZ5A 4DS4A 3DI6A 2HMPA 4IOCL 2ATQA 4M63C 3MMVA 3A0IX 4CJEA 3AO3A 2Z1HA 3T3FA 2P9UA 1EWQA 1VRUA 2IGIA 1BOTO 3VERA 3WXIA 4EHUA 1VSHA 4J2BA 1HMVA 1WNSA 4B1WB 4ELVA 4CJQA 3DLBA 2YKMA 4L3QA 1XUPO 5JICA 3J7YP 1YVUA 1BDGA 3V1QA 1ZBLA 3AVNA 1VSKA 4LSLA 2O8EB 3DLEA 1MA9B 2P9NA 2RHKA 5C42A 3HPOA 3QMLA 3IFRA 1KLMA 2P9LA 3JSMA 4E7LA 3MECA 3TTFA 2O8FA 4CBWA 3CERA 5KQ8A 1OH7A 3CJAA 3E66A 3O9TA 3THXB 2OPQA 4BRFA 2HHIA 3PUFA 5SZTA 1RBRA 4BROA 4DSKA 1GOBA 2VG5A 4WQ4A 4CZKA 4W5QA 4FZXC 4X66K 2W41A 4Q0BA 1EO1A 1K8KB 5AJ3K 4RW9A 1EETA 3D0PA 3O9SA 3KHYA 3AVFA 4BR0A 1BQNA 1Q86O 1JXBA 2YJFA 1DT9A 4KKOA 5C12A 1VQON 3FLCO 4CZFA 1U47A 2EX3A 3J8AA 3KWGA 5KGWA 5MLCQ 4HTUA 1NGJA 4EP4A 2VYPA 3GG4A 2NNWA 1XMQK 3O08A 2VGNA 4CIEA 2PBDA 3BF1A 4CJPA 4JYAK 1UAXA 3SUPA 2UYTA 1ZXOA 2IVOA 1HPMA 3MAQA 1N36K 2P9SA 3VF4A 3AVLA 3VGMA 3PIPL 4B1UB 4KHWA 5GAEP 4OKKA 4FM2A 3G0ZA 1LCUA 3ZT2A 3F9MA 4JS4A 4DG1A 4CF0A 4CK3A 3QINA 4QS8A 2BGGA 2W6KA 4HUGA 4ID1A 1G99A 2KZMA 3VEYA 4WYBA 1RT7A 3SMSA 3ZLJA 1HKBA 5BPNA 3ASMA 4E1JA 3OYGA 4FJIA 1SL2A 1JJ2M 3SUNA 2G8KA 3AVGA 1CXUA 3VMFB 2ZJPL 2EWSA 3VQDA 2NRWA 3ITHA 4GY2B 2X74A 5JMVA 3U4LA 2UU9K 2P5OA 2O8EA 4ISEA 2FF3B 4CVNE 4H8KA 3OYAA 4FWMA 3P83D 1RT5A 1S1TA 4FO0A 4W5RA 1N34K 3SI6A 4NLCA 3PX0A 3AVHA 2IAJA 3THXA 4K25A 1E3MA 3CJBA 4ZHRA 1J5OA 2HBMA 4FJLA 4CEOA 1YVNA 3ENHA 4ZTFA 2A1RA 2NLXA 4IO8A 4CBUA 1MWMA 1IKVA 4CFAA 3TAPA 4E1NA 3TTDA 1DTQA 3NHGA 2QWQA 1VQMN 1BA1A 4FWPA 4F4KA 4GMJB 1QS4A 3JS6A 1C1BA 4WF9L 5KRTA 3WNFA 3NBPA 2OANA 3CYGA 3H6EA 4BVOA 3V9ZA 1DKGD 1ZBSA 4BR5A 3BF3A 1VSIA 5AQRA 1T03A 4FVUA 1TKTA 1WAFA 3EYZA 2XRIA 3AVKA 3L8BA 4PY5A 5AQHA 3H3NO 3HP6A 1OVQA 1OVYA 4IFEA 3ZSQA 5JVHL 2FXUA 3E1YA 4CF8A 4E7KA 2IDOA 4FW2A 3VN5A 1U04A 4Z4HA 1TKZA 2A5XA 2YX6A 5I3UA 2O8CB 3C7NB 3CCEN 2YHBA 4JV5K 2XY7A 2ZQBA 4JKHA 1IKYA 1KAYA 2IIRA 3DOLA 4CJFA 5EOYA 2KW4A 3O6WA 4DTSA 3VGLA 3EEQA 1BL3A 3SMPA 3KZBA 2Q1NA 2GV9A 3ID6A 3CF5L 3QNNA 1P90A 1SAZA 4JK8A 3B8AX 4E0DA 1YTUA 5J1EA 3ZSYA 3KKSA 3EL2A 4K42A 3TAMA 3NE6A 5HBMA 4DF4A 1K8AO 5GIPA 4CZLA 3K9JA 2A3ZA 4FJ9A 2XO7A 3EKUA 4ICLA 3KJVA 1WBDA 4DV0K 4CHYA 1NJZA 4FJKA 3F5TA 1VSJA 4FLUA 3G25A 3A2FA 1J53A 2FSNA 2FBVA 3V9XA 4B9VA 4XEIA 1X3NA 2ZF5O 3LPTA 4HTLA 4BVPA 1KVCA 4KPYA 1KTQA 1NMNA 3QLHA 1FXXA 5FRMA 3THVA 3QBXA 1TYQB 3PX4A 1Q9XA 1BISA 1YT3A 3OS1A 3G6EN 1A5VA 4NB4A 3RVCA 3V1OA 2KTQA 4FJXA 3WEEB 3AVCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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