4PL8A

Structure of rabbit skeletal muscle actin in complex with a hybrid peptide comprising thymosin beta4 and the lysine-rich region of cordon-bleu
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
370
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/structural protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural basis of thymosin-beta 4/profilin exchange leading to actin filament polymerization.
pubmed doi rcsb
total genus 123
structure length 356
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pl8A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pl8A03
2D1KA 3UKUB 1QZ5A 3QDKA 1KXPA 5AZIA 1JCGA 1V4SA 3KVGA 4GNIA 3O08A 5F1XA 2I7PA 3CJCA 4H0OA 4JD2B 1RGIA 1S3XA 2EWSA 3A5MC 5AQVA 3U8XA 4MLHA 4DCHA 1GLAG 1K8KA 2V51B 3FFKB 3R6MA 4Z94A 2QWRA 2D0PA 3WXJA 1Z05A 3GL1A 3QBXA 3WXIA 2P9NB 2IIRA 3CHWA 2YHYA 4MO5A 1BA0A 1Y64A 4FWKA 4B1UB 1DGKN 3LDQA 4H5VA 4BGBA 3ZEUB 3I33A 3QMLA 3HBTA 2GTDA 4FWOA 1HKGA 3A5OC 5BRFA 5KQ8A 5F0XA 3MMVA 3U9DA 2VWBA 2HOEA 3FLCO 3UE5A 5FPDA 2ZGYA 4MLEA 4XH4A 3AAPA 3LDNA 4JNEA 1WOQA 3R9PA 4BC2A 4E1JA 1NGAA 4YDUA 1C0FA 4IJNA 1BA1A 1QQOA 2HF3A 4ISEA 4WYBA 4WQ5A 2QWLA 4PL8A 1V4TA 1TYQA 3I8BA 3A5NC 4H0YB 3ZX2A 2HMPA 5EY4A 1DEJA 5FPMA 3CIPA 3MN7A 5JLFA 5AQFA 3L4IA 5AQYA 4ISFA 3IMXA 1HJOA 3ID8A 4NB4A 4XEIA 3VETA 4BR5A 4FWMA 3DXKB 3IDHA 4L3QA 3H6EA 4A61A 5AQJA 4BRHA 2CH6A 1ATNA 4EHTA 4WQ4A 4PL7A 5FPEA 3CQYA 2UYTA 3S41A 2E20A 3DWLA 4BR4A 5AQZA 2CH5A 3VEXA 1RDWX 2P9KB 2CGLA 4BROA 4DB3A 3LDOA 1X9JA 4BR0A 4H0PA 3VPZA 1QQNA 3CJ1A 2E2QA 5ELZA 2GUPA 4QS9A 3MCPA 2FXUA 5JICA 4PKGA 1XC3A 5ADXA 3C7NB 5AQXA 3M3ZA 4B1WB 4A2BA 5AZJB 1GLBG 1HLUA 2YI1A 2P9LB 3BEXA 5AQTA 3D7EO 2ASMA 5EXWA 2P9IA 4FPAA 4FWLA 3H3NO 1OKJA 3DXMA 2YHXA 3D2EB 3W0LA 4PKHA 3VESA 3WXLA 2A3ZA 1Z6RA 3DAWA 5BN8A 5BR9A 2HF4A 3ZX0A 5BPMA 4BR7A 4BC5A 2P9SB 2GELA 3SMPA 3TU5A 4FWSA 4JHDA 4I6MA 1GLCG 1CZAN 5AR0A 3VGKA 3MN6A 1P8ZA 3M1FA 1NWKA 4BRLA 3JXUA 2NRHA 4BVOA 2E8AA 5AQGA 3IFRA 3HM8A 3M6GA 4RCHA 4FO0A 4H0VB 1BDGA 5AQSA 3R8EA 5AQIA 3RSEA 2E2NA 4B1XB 3F9MA 4H5NA 3WT0A 4H0XB 3ZX3A 5BN9A 4H5RA 2Q1NA 3CETA 1E4FT 3HZ6A 4DQ8A 5AQQA 1SAZA 4HWIA 3HI0A 5I9EB 5BRHA 3BP8A 3P4IA 1ZBSA 2QWMA 1U2VB 4BRKA 2A5XA 1YAGA 3MK6A 3ATUA 3VGMA 5AZIB 3CJAA 4CZKA 3WEEA 3EN9A 2FSKA 4H5TA 5EX5A 3O1BA 4JN4A 5AQHA 3D2FA 1LCUA 4BG8A 4CBUA 2P9UA 1K8KB 3CQXA 3OHRA 4IWVA 3ULEA 2GWJA 4J8FA 3VGLA 2KHOA 5AQLA 4EAHD 2VCPA 3MDQA 3B8AX 3ENOA 3VEWA 4BR9A 4CBWA 5KQDA 4BREA 1ATSA 4CZFA 2E2OA 1HKBA 2F9WA 5AQKA 4FWRA 1HPMA 5LJVA 4FWQA 2FSJA 3H1QA 2QWOA 3GOIA 1GLDG 3A0IX 4CBXA 4BRFA 1BU6O 1BG3A 1X3MA 2Q2RA 3ZETA 4BC4A 4CD1A 3LDLA 2E1ZA 2NLXA 1NGDA 3HTVA 3VEZA 3VF6A 3U9ZA 2P9PA 5FPNA 2QW9A 4BRPA 5AQPA 2QWQA 4LC9B 5AFUH 5LY3A 4B1VA 1NGEA 2GEMA 3QFPA 5EVZA 3BF1A 3VOVA 4FOEA 4XH1A 3W3DA 1RFQA 3O80A 3G25A 4FOIA 3AARA 2E1YA 3VEYA 2A41A 1QQMA 2Q0RA 4FL9A 4F9OA 4IZ9A 5AQMA 1TYQB 3JS6A 4IO8A 2QWPA 4CZJA 3UKRA 2FSNA 3H1VX 3VF2A 2IVPA 4BRMA 2V7YA 4BRAA 3FGUA 3EKSA 2V7ZA 3CJ7A 2IVNA 2A6AA 1HKCA 4AM6A 3CI5A 3KZBA 2CGJA 3SJHA 4EFHA 4IXCA 3EL2A 4FWPA 1JCEA 1Q18A 2GWKA 4FWNA 5TKYA 3FE1A 3GE1A 3UKUA 4BRCA 4CD3A 4HTLA 1QHAA 3J8AA 3L6QA 4O8KA 1NGGA 2I7NA 2YJFA 1D4XA 3QBWA 4M63C 1E4GT 1MWMA 1MWKA 3C0BA 4O5FA 4CZLA 4JD2A 2QM1A 4BR2A 3BUZB 3GG4A 3EZWA 3O6WA 2A42A 1XUPO 1BO5O 4JAXA 4FSVA 3LDPA 4RWTA 3CJ9A 4QS8A 1T6DA 3DJCA 2P9NA 4BRIA 3MN5A 5AQUA 1SZ2A 4H03B 4B1ZA 1ESVA 3A8YA 4KBOA 1C0GA 3H3OB 5LJWA 3VEOA 2P9IB 2YCHA 3QB0A 3U4LA 3DXMB 4QS7A 4M7YA 2ZGZA 1IJJA 2PAVA 3ZEUA 4CZIA 2W40A 3FZLA 3VEVA 4BRNA 5E84A 4NO7A 3FZMA 4XH5A 3L0QA 3FR0A 1T44A 5E26A 4BG9A 2Q97A 1J6ZA 3VF4A 2QXLA 3FZKA 4JHDB 4I6MB 4B1YB 4YDUC 4K25A 1MA9B 4EIAA 3MN9A 1TUUA 3O5BA 3HSCA 3H46O 1KAXA 4WQ5C 5JLHA 4EHUA 2OANA 1MDUB 2ITMA 2Q0UA 5KPZA 2J4RA 4H5WA 4A62A 3WXKA 3RSEB 1S22A 1HX1A 1WUAA 3WUHA 1NGHA 1DKGD 3LM9A 1GLJO 4K43A 5AQWA 4B9QA 4A2AA 1JCFA 1ATRA 1YVNA 2VYPA 3CERA 3CJBA 3EO3A 3LL3A 3A5LC 4PKIA 1H1VA 1IG8A 2CGKA 2H3GX 4CZGA 2F9TA 2NZTA 4WQ4C 4GY2B 1KAYA 4DHYA 3O1WA 3QFUA 3FZHA 1NGBA 4CZEA 1NGFA 3DXKA 2A40A 3WEEB 1ZXOA 1GLLO 5BRDA 2AA4A 4MO4A 3LM2A 5EOYA 2AP1A 2BUPA 2QWNA 3D2FB 3VERA 1KAZA 2P9UB 4BRQA 5B8HA 2FLOA 1YXQA 3ENHA 3H45C 3ULEB 4CJ7A 1ZC6A 2P9KA 4FPBA 5AFUA 1QZ6A 1EQYA 4CZMA 1GLEG 1BOTO 3IUCA 3C7NA 3FZFA 5AQNA 4BRDA 5AZJA 4H0TB 3TPQA 5BPLA 3SLCA 4M7XA 2P9LA 4BQZA 1SQKA 2BTFA 2W41A 3BF3A 5KPTA 1XQSC 2YJEA 3ZETB 3KHYA 3SMSA 2WUSA 4CZHA 3O4WA 2PBDA 1G99A 1R59O 1LOTB 3D2EA 4BGAA 1TUYA 2P9PB 2ZWHA 3UB5A 2E88A 4K41A 5BPNA 4BQLA 4CI6A 1U6ZA 1NMDA 3EKUA 3GBTA 2P9SA 5F2RA 3GDQA 5BREA 3AY9A 1X3NA 3O8MA 1YUWA 4K42A 4C23A 5ADXH 4BVPA 1NLVA 2E2PA 1T6CA 1HUXA 2FF3B 4RTFD 2Q31A 2D0OA 2ASOA 4BRGA 4IJAA 5KPRA 3WQTA 3WQUA 4Y0WA 3UKRB 3QICA 2ASPA 1BUPA 2D4WA 3AAQA 2IVOA 2DPNA 1GLFO 2FF6A 2ZF5O 5JMVA 1NBWA 1NM1A 2Q36A 5AQOA 4AM7A 4BC3A 5AQRA 4ISGA 1NGIA 3VENA 1U2VA 5CE3A 2YHWA 1BWFO 3SK3A 1NGCA 2V52B 1NGJA 3ATVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7YP 1VSLA 2D1KA 2FBVA 3UKUB 5AZIA 1K6YA 3AVLA 5KRTA 4E72A 2UXDK 3VQCA 1R0AA 5AQVA 3CCRN 2HHHK 4MLHA 4Z4IA 1U48A 3SI6A 1SKRA 1NG9A 3QNNA 1SKSA 4C8LA 3V9XA 4ID5A 4MO5A 4OPHA 2W00A 3A2FA 5IWAK 4HCBA 4BGBA 3ZEUB 1S1XA 1VQNN 2XY5A 3QMLA 4FWOA 2UU9K 1RDUA 1TK0A 4CJUA 1S72N 3AVHA 5F0XA 1HRHA 3KK1A 4CEZA 4CF1A 3FLCO 4ZTFA 3CC2N 2VQFK 1SL1A 5KI6A 1WOQA 1JLAA 1O13A 1KSPA 4FJIA 4IJNA 3LP3A 2KZMA 4BE0A 3VA3A 4GMJB 1TKTA 3HP9A 2PYJA 1V4TA 4H0YB 3ZX2A 1Z25A 3O3GA 1EXQA 4B9MA 5FPMA 5EY4A 1DEJA 2ZJRL 5JLFA 4IG3A 3DRPA 1U4BA 4CF2A 5GIPA 4DS4A 1VAZA 3TI0A 1NK6A 4DWIA 3IDHA 4DU3A 3R3LA 3OYHA 4F2RA 4A61A 4YFUA 1VQ7N 2CH6A 3HOSA 4IKFA 4PL7A 4DQSA 5HLFA 2UYTA 3RR7A 1T7PA 2NRRA 4DTUA 5AQZA 4ICLA 4OX9K 4CJ5A 3V1OA 4BROA 1LW2A 3WXMB 4KH6A 4O0JA 4HHTA 3LDOA 1X9JA 1VSHA 4BR0A 4BECA 5MLCQ 3ZSOA 4JYAK 4CEBA 5ELZA 1ASUA 5JICA 2QKKA 5ADXA 1N8RO 5AQXA 5AZJB 1HLUA 4E0DA 2E6LA 2P9LB 3BEXA 2UXCK 1A5XA 3ENBA 2ASMA 4W5QA 4W5TA 3SPZA 3H3NO 4DR5K 2Y1IA 1HYVA 3DXMA 1A5WA 1QVGM 4B9UA 4FK2A 4BDPA 2HF4A 5J2QA 3U6FA 1VRUA 3AVBA 3FFIA 2Q3SA 3K5NA 4FWSA 3AVFA 4CFAA 1VK0A 3VGKA 1IKVA 4WE1A 4NXMK 5BR8K 2KLAA 3M1FA 3ZLJA 5C2DA 3JXUA 4B9LA 1HYZA 2HW3A 3LANA 5AQGA 3HM8A 1VSFA 3V9ZA 1QTMA 4FO0A 4B1XB 3DLRA 1NK4A 4BE2A 5AQQA 1SAZA 1TL1A 1DTTA 3BP8A 1RTIA 4FVUA 1ZBSA 3LP0A 2QWMA 3HM9A 4AILC 4B8CA 4ZTJA 3MK6A 2HNDA 5E41A 3ATUA 1JXEA 3VGMA 2OPPA 4PHTX 3CPEA 3QETA 3RMCA 5CZ2A 3ID6A 3WEEA 4LF6K 1OVYA 4YOUA 1N36K 2WONA 1SL2A 4YY3K 1K8KB 2KW4A 3ULEA 1X9SA 1E3MA 1S1TA 4J8FA 2KHOA 3B8AX 4BR9A 4IOCL 4B9SA 4Z0UA 4BREA 4DV3K 1ATSA 4CZFA 4LD0A 3CFRA 1HKBA 2BE2A 3Q7CA 4B3OA 3H1QA 2QWOA 2C1GA 3MXMA 3TAMA 4CBXA 2F7TA 3K58A 2HBKA 2W42A 1KVAA 2VWJA 3TABA 2X6SA 3LDLA 2NLXA 3ZT3A 3VEZA 3VF6A 3J81O 2GUIA 2QW9A 4FJ5A 2FBXA 3RTVA 2IAJA 3RWUA 5EVZA 3OYJA 3BF1A 3VOVA 4FOEA 4IOXA 3W3DA 1WSEA 3O80A 3AVIA 3AARA 2E1YA 3CC4N 3VEYA 2A41A 3MCAB 4FL9A 4F9OA 5AQMA 3T19A 4CJLA 1TYQB 1I3AA 3RMDA 2PZSA 2QWPA 4YOYA 4FLXA 4FLZA 1VQPN 4N41A 1NU0A 3T7ZA 3VF2A 3I8DA 3CCQN 3EKSA 4FM0A 3H08A 3SCXA 4F3OA 4AM6A 5HL7L 3HOTA 1KVCA 4FWPA 4JK8A 4CD3A 1ASWA 4KTZA 2WOMA 3GE1A 1QHAA 2BH1A 3L6QA 1NGGA 2I7NA 2YJFA 3DYAA 4O8KA 3K9JA 3QBWA 1E4GT 3HRGA 3ZCMA 4JD2A 1WSFA 1N34K 4JK9A 4IO9L 1VQ9N 3EZWA 2PYLA 1XUPO 4B08A 1KC8O 1EWQA 4FSVA 4M41A 1FKOA 4RWTA 4QS8A 4BRIA 4LF8K 2KZZA 4JI6K 1BQNA 1ESVA 4DTJA 3IS9A 2QKBA 3VEOA 1EWRA 5GADP 2XHBA 2PFUA 4DR3K 3FZLA 3F73A 5E84A 4NO7A 3ZT4A 4JKCA 3SBTA 4TSXA 1T44A 4FZXC 4BG9A 1X1PA 1N32K 1J6ZA 3EYZA 2BANA 5GAGP 4JI7K 1MA9B 4JLHA 2JWLA 3NDKA 1TUUA 3HSCA 3H46O 4Q0BA 4WQ5C 2OANA 4RG8A 3TSPA 4O0IA 2Q0UA 3U3YA 3TANA 3WXKA 3WUHA 4KPYA 1DKGD 4A2AA 3SAGA 1SUQA 1YVNA 4MDBA 3CJBA 4IFYA 2HHWA 1H1VA 1IG8A 2CGKA 1BGXT 3PX4A 2NZTA 4WQ4C 3ZSZA 4W5RA 3L2QA 1KAYA 4DHYA 2Y1JA 2R7YA 1KLMA 1NJIO 4CIEA 2ZD1A 3E9LA 1LW0A 4KHUA 3AA5X 3BZKA 3E66A 2NUBA 4EZ9A 4BRQA 1YXQA 3ENHA 3QEXA 1ZC6A 3LP2A 4CGGA 5HBMA 3ZSXA 3HPGA 2QTDA 3CMAN 5BPLA 4I9LA 3ALYA 1RT3A 3G0ZA 2BTFA 2O8EB 1SV5A 2YJEA 3SMSA 4CZHA 5J2PA 1XNRK 2F96A 5EU7A 2PBDA 1G99A 1RBRA 1IBKK 4JKEA 3SQ2A 3D2EA 2P9PB 3M8RA 1EKEA 2E88A 4K41A 4CI6A 1U6ZA 1NMDA 2DFFA 4FZYA 5HRRA 5BREA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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