4RTFD

Crystal structure of molecular chaperone dnak from mycobacterium tuberculosis h37rv
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
355
structure length
349
Chain Sequence
RAVGIDLGTTNSVVSVLEGGDPVVVANSEGSRTTPSIVAFARNGEVLVGQPAKNQAVTNVDRTVRSVKRHMGSDWSIEIDGKKYTAPEISARILMKLKRDAEAYLGEDITDAVITTPAYFNDAQRQATKDAGQIAGLNVLRIVNEPTAAALAYGLDKKEQRILVFDLGGGTFDVSLLEIGGVVEVRATSGDNHLGGDDWDQRVVDWLVDKFKGTSGIDLTKDKMAMQRLREAAEKAKIELSSSQSTSINLPYITVDNPLFLDEQLTRAEFQRITQDLLDRTRKPFQSVIADTGISVSEIDHVVLVGGSTRMPAVTDLVKELTGGKEPNKGVNPDEVVAVGAALQAGVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Crystal structure of molecular chaperone DnaK from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
total genus 99
structure length 349
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rtfD02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rtfD03
1BU6O 2Q0RA 3J8AA 3DXKB 4FL9A 3ULEA 1YAGA 3VGKA 5BPLA 1YXQA 4HWIA 3DJCA 3ATUA 3BEXA 1GLBG 2NZTA 3IMXA 3IDHA 3MN6A 4M7XA 4BGAA 1HX1A 4H0XB 4RCHA 5FPMA 3CHWA 1KAYA 2GTDA 3QMLA 2A41A 5AQNA 5BPNA 1Z6RA 2E20A 4RWTA 2DPNA 1LOTB 3GDQA 4MO4A 3QFPA 1ATSA 5AQWA 1QZ6A 3CJ9A 4BC2A 4IJNA 1IG8A 2YJFA 2GWKA 3WEEB 3VPZA 4BRQA 2PAVA 3H1QA 3UKRB 3ZX2A 4CBWA 5KPZA 1QQOA 3UKUA 3VEZA 2E1YA 1MWMA 2QWMA 5EX5A 4PKHA 3EKUA 2ASOA 4NO7A 4BRHA 2ASPA 4JAXA 3HI0A 4A2BA 4BR9A 3KZBA 2QWRA 4H0PA 2F9WA 3ATVA 2HF4A 5AQFA 1YUWA 4K41A 1XUPO 4BRGA 3LL3A 2QWOA 3LDQA 4QS7A 4BC5A 2BUPA 3QICA 4BRIA 1NGFA 1Y64A 1EQYA 3ZEUA 3MK6A 4BREA 4EIAA 1BUPA 3D2FA 2NRHA 2EWSA 3U9ZA 4B1VA 4BC4A 3HBTA 1NGBA 2QWLA 4A2AA 5AQPA 3VESA 4PKGA 2QWQA 1NGIA 3GL1A 3H6EA 4JNEA 1BA1A 3AAPA 5EVZA 5AQMA 5AQZA 1HKBA 4ISEA 4FSVA 1TYQB 3FZMA 3R8EA 3TU5A 4BC3A 4WQ4C 2YHWA 4BRCA 3SJHA 4BG8A 3UKUB 4BRLA 3SK3A 5LJWA 4GY2B 3WQTA 3VGMA 1BG3A 5FPNA 5BPMA 2VCPA 2QWNA 3H46O 3VOVA 1NGHA 2IIRA 1NGJA 1XC3A 1V4SA 4H0VB 3O1WA 1HUXA 3GG4A 2FSNA 4CD3A 3VF6A 3B8AX 4BR0A 2GUPA 4H5NA 3P4IA 4YDUC 3ZEUB 4B1UB 4FWNA 2Q31A 5AFUH 2A6AA 2YHYA 2PBDA 2D1KA 3CJBA 4BRNA 2UYTA 1ATNA 4H03B 1TUYA 4BVOA 2E2NA 5KQDA 1SAZA 1QZ5A 3RSEA 2FLOA 3ZETA 1BWFO 1IJJA 3FZFA 3FZLA 5AZIA 4BVPA 5ADXH 3QBWA 4A61A 3GOIA 5BRHA 1MA9B 2P9IA 4LC9B 5AQYA 1NGAA 2YHXA 2P9UB 3FFKB 1HKGA 2ZGYA 2E2PA 1C0FA 4FWQA 3I33A 3BF1A 5AZJA 4HTLA 1RDWX 3QFUA 4DCHA 4A62A 1HLUA 4WQ5A 5AQOA 3DXMA 3WXKA 3HM8A 3EZWA 4XEIA 4XH4A 5BN8A 3H1VX 4BR7A 3FGUA 5EY4A 3VENA 3JXUA 1WOQA 1DKGD 3HTVA 1NLVA 4NB4A 3VETA 5JMVA 2P9NA 3WQUA 3HZ6A 4K43A 4BQZA 2QW9A 3R6MA 3OHRA 4C23A 2V7YA 1SQKA 3SLCA 3VEOA 1ZC6A 2F9TA 5EXWA 3CJCA 2A5XA 2P9PB 4Y0WA 3CQXA 4B1ZA 4MLEA 3ZETB 3MMVA 1ESVA 1QHAA 4BR2A 1U2VB 3LM9A 5AZIB 2P9KA 2P9IB 2V51B 4M7YA 1BA0A 4EHUA 4CD1A 3U9DA 3A5OC 5E84A 3H45C 4JD2A 5AQLA 3L0QA 5AQSA 1GLFO 1XQSC 2FSJA 2OANA 5AQRA 5AZJB 3ULEB 1SZ2A 1E4GT 1X3MA 3DAWA 3DXMB 3O5BA 3D7EO 4WQ4A 3CIPA 5ADXA 2QXLA 4FWPA 2ZF5O 4JHDA 3O80A 1MWKA 2ZGZA 2P9SA 5AQKA 2A42A 2E1ZA 5ELZA 4FOIA 2VYPA 4H0OA 4B1XB 4PL8A 5JLFA 3LDNA 3VEYA 1RFQA 1HJOA 1GLJO 2ASMA 3U8XA 4XH5A 3ENOA 3H3NO 4KBOA 3U4LA 4MLHA 2CGJA 4PL7A 1C0GA 3C0BA 5KQ8A 2Q0UA 1U6ZA 3WT0A 4FPBA 3MN5A 2V52B 4ISGA 5AQJA 1NGDA 3UE5A 2QM1A 3A5MC 4EHTA 5JICA 1KAZA 3A0IX 3WXLA 3IFRA 2J4RA 5AQGA 4WYBA 5AR0A 2P9KB 1LCUA 2V7ZA 4BRPA 4CBXA 4FPAA 1K8KA 4DQ8A 1QQMA 3SMPA 2IVOA 3BP8A 4B1YB 1DEJA 2ZWHA 4JN4A 2HMPA 3W3DA 4O5FA 3GBTA 3D2FB 3DXKA 1NWKA 2W41A 3VEVA 1S22A 1KXPA 2P9SB 3O08A 3QB0A 4H5TA 1WUAA 2CGLA 4DB3A 3DWLA 1BOTO 3LDPA 3G25A 4QS9A 3ZX0A 1T44A 4FWSA 3VEXA 2Q36A 3C7NA 3H3OB 3WXJA 4CZKA 4CZMA 3EO3A 2A3ZA 1NGEA 4O8KA 4PKIA 1R59O 4CZFA 4CZGA 4EFHA 2H3GX 4RTFD 3WEEA 2E88A 3CERA 4FWLA 2WUSA 1NBWA 2BTFA 1GLDG 1RGIA 2E2QA 3ID8A 2D0PA 5KPRA 3VGLA 5F0XA 1Q18A 1ZBSA 1K8KB 3M3ZA 3CI5A 3UB5A 3TPQA 1GLLO 3AARA 1D4XA 1KAXA 1JCGA 4BRDA 3QDKA 5F2RA 3CJ1A 5FPEA 3ZX3A 3FLCO 3M1FA 3FZHA 4CJ7A 1T6DA 3JS6A 5JLHA 2AP1A 3M6GA 3CETA 2D4WA 1GLEG 3CJAA 1NM1A 2D0OA 1DGKN 2W40A 4I6MA 4CZLA 3L6QA 4XH1A 4B1WB 3RSEB 3VEWA 4F9OA 3EN9A 3WUHA 4BR4A 3FZKA 2HOEA 3C7NB 4AM6A 5AQHA 5FPDA 3ENHA 4MO5A 3VF2A 5AQUA 3A5LC 2I7PA 3CQYA 3R9PA 5AFUA 3CJ7A 1HPMA 4K25A 3KVGA 4B9QA 2QWPA 3W0LA 1NGGA 4BG9A 4BGBA 2FF3B 3AAQA 1HKCA 3MDQA 4IXCA 3EKSA 3LM2A 3VERA 1Z05A 1TYQA 4WQ5C 3GE1A 2E8AA 1TUUA 2FSKA 3O8MA 4H5VA 4BQLA 4FO0A 5KPTA 5LY3A 1X9JA 4AM7A 4H5WA 2IVNA 4FWRA 5TKYA 3VF4A 2CH6A 1OKJA 4J8FA 2P9LA 4CZIA 4EAHD 5B8HA 4IZ9A 3EL2A 2P9NB 5AQQA 4BRAA 2GEMA 2FF6A 2CGKA 3I8BA 3QBXA 3O1BA 3F9MA 4BRFA 2HF3A 4H0YB 4IO8A 2YI1A 4YDUA 4I6MB 5BRDA 3AY9A 3FR0A 1NMDA 4K42A 4BROA 3HSCA 1GLCG 1V4TA 2YJEA 3O4WA 1H1VA 4CZHA 5BREA 1ZXOA 4DHYA 1P8ZA 3MN7A 5I9EB 3IUCA 2ITMA 1G99A 4E1JA 4IWVA 3O6WA 2CH5A 5AQVA 5F1XA 5EOYA 4JD2B 1MDUB 4Z94A 5BR9A 1S3XA 2IVPA 3D2EA 3A5NC 2Q97A 1J6ZA 5BRFA 2P9UA 1BO5O 4BR5A 3BF3A 4L3QA 5LJVA 2A40A 4JHDB 1CZAN 2FXUA 3BUZB 2GWJA 5AQTA 1E4FT 2P9LB 4FWMA 1QQNA 2E2OA 1T6CA 1BDGA 3SMSA 3MN9A 2VWBA 2KHOA 5BN9A 3LDOA 4CZJA 3KHYA 2NLXA 5E26A 4CBUA 4H0TB 1JCFA 1JCEA 4FWKA 3A8YA 5AQIA 3LDLA 3MCPA 4GNIA 3UKRA 5CE3A 2P9PA 4IJAA 2GELA 2YCHA 2Q2RA 4FWOA 4ISFA 4CI6A 4H5RA 1ATRA 1U2VA 4BRMA 5AQXA 4FOEA 4QS8A 3WXIA 1GLAG 4CZEA 3L4IA 3D2EB 1NGCA 2Q1NA 4M63C 3S41A 2I7NA 1YVNA 3FE1A 4BRKA 2AA4A 1X3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKCA 3J8AA 3DXKB 1YAGA 1JXBA 5BPLA 2ETJA 1SKRA 3PX6A 3PO5A 4JI1K 3IMXA 3TSUA 3L2RA 3OY9A 4EZ6A 5DM6L 3K57A 1OVYA 3CHWA 1KAYA 2GTDA 3QMLA 3HVRA 4LFAK 1QS4A 5HRNA 3OBYA 4DSJA 1Z6RA 2E20A 4DTRA 2W6LA 4FVUA 2HHHK 1HQUA 5AQWA 1QZ6A 3SQ2A 3LDSA 3RR8A 1RBVA 2PAVA 3CFOA 3UKRB 3ZX2A 4U7BA 1O13A 3UKUA 2E1YA 1YITN 3MEDA 2QWMA 5EX5A 4WCEL 4JI4K 1OVQA 1DT9A 5J2QA 2XO7A 3HI0A 1D9DA 1X1PA 3V1OA 3QERA 1W0HA 3V4IA 3ATVA 2HF4A 1YUWA 3N4QA 4K41A 1XUPO 3NVKA 3TWHA 3KD1E 4BRIA 2QKBA 4JK9A 1Y64A 3ZEUA 4EP5A 3MECA 2WOMA 2ZQBA 4FM1A 2EWSA 4B1VA 4Y1CA 3CCVN 5GAEP 3HBTA 2QWLA 2QA4N 4BE1A 3B6OA 3J81O 4PKGA 2G8KA 4XIUA 3GL1A 3H6EA 2XRIA 4JNEA 1QSLA 2KZZA 2RE2A 4KTZA 1S1XA 3AAPA 3WXMB 5AQZA 1HKBA 4ISEA 1BL3A 4LF4K 3FZMA 3TU5A 4BC3A 2D0CA 2HBJA 4BRCA 3SJHA 2G8UA 4E7KA 4GY2B 3L8BA 1S1UA 4LF8K 1IKVA 5FPNA 1ZYQA 1XNRK 5IT9O 3VOVA 3VQ9A 2IIRA 1NGJA 1XC3A 5HRPA 3ZCMA 3HXMA 2P1JA 1HUXA 3GG4A 3CYMA 4LY7A 3VF6A 3B8AX 3O3GA 4ILHA 3P4IA 1U45A 1ZBFA 4YDUC 3P39A 4FWNA 3WNFA 2Q31A 2A6AA 2PBDA 3ZT0A 3SQ0A 5C0YA 4CJFA 4CEAA 3AV9A 1NK9A 4UY8O 4E1NA 4LD0A 1L5UA 4DQQA 3SUNA 4BVPA 3SQ1A 2X6SA 1MA9B 2F96A 3U3GA 3DLKA 2YHXA 4DTUA 2P9UB 5HRSA 1HKGA 4JI2K 4FWQA 5AZJA 3OJUA 4I9LA 4A62A 4CJSA 4DTNA 3WXKA 3HM8A 1BCOA 3KKRA 4B9TA 5HP1A 4CCHA 4XEIA 4X66K 1WAFA 5J2NA 4JKGA 2NRXA 4DTJA 3VENA 1WOQA 4C8NA 5C24A 2XY8A 3MEGA 3VETA 4LF5K 4IKFA 1BI4B 5LMUK 1S9GA 2P9NA 3HZ6A 4BQZA 2QW9A 4C23A 5CY4A 3N4PA 3VEOA 1VSJA 4CEOA 2F9TA 4OGCA 4DQPA 3S3OA 1WSEA 3OTOK 1TK5A 4CGHA 3EEQA 4MQ3A 2UUAK 4M45A 3QEXA 4B8CA 3HYFA 1JLQA 1ESVA 3LZJA 2P9KA 1U4BA 2V51B 3RMAA 5CYQA 4DLGA 1HNWK 4N5SA 1KVBA 3THYA 2VGNA 1BA0A 4ID5A 4DMNA 3V9XA 1ZBLA 5AQSA 3H45C 4CE9A 1DLOA 3P38A 1GLFO 3CYGA 1XQSC 5AQRA 4W5RA 1X3MA 1E4GT 4CJUA 2G8FA 3DXMB 3D7EO 3NF7A 4OJRA 1HYVA 5K14A 3AVIA 2YNGA 2QXLA 4ELVA 4CGIA 3ZT2A 5AQKA 1VAZA 3TANA 1GOCA 2NRTA 2E1ZA 3CFRA 3K2PA 3ZLJA 4CIFA 2VYPA 2HHIA 4GV3A 4PL8A 4BACA 4KTQA 3AA5X 3VEYA 1RFQA 3V81A 4E3SA 3ZSXA 3VQ6A 4XH5A 2HNZA 1SL2A 2PY5A 4PL7A 3WT0A 4GKKK 3MN5A 2IOCA 3E1YA 1NGDA 2RKIA 4RW7A 4MDAA 5AQJA 4JRPA 3DLGA 3KK3A 2YNIA 3HL8A 1LCUA 3OYCA 1K8KA 2PYLA 1QQMA 4CEQA 4C8OA 4OO1J 3QESA 2DFHA 1J9AA 3J7YP 4HCBA 3HOSA 1RDBA 3D2FB 3FFIA 1JLBA 2WBNA 1S22A 3L2UA 4YOXA 3O08A 3QB0A 1KD1O 1YJWN 2OPPA 5C10A 4O44A 1NOYA 2IDOA 3ZX0A 4CK3A 1T44A 4FWSA 2Q36A 3C7NA 3OYHA 3WXJA 4CZKA 2A3ZA 1NGEA 4MFBA 4PKIA 4ILJA 4NYFA 3VQPA 4CZGA 4CZFA 4ZTFA 3DLHA 4EFHA 1HR0K 1I94K 3NGZA 1NKBA 1S9EA 3WEEA 1YF5L 2E88A 5GAGP 4GV6A 2F8SA 1SKSA 3BDPA 3CD6N 2HHTA 4DU3A 4JKHA 3AO3A 3NF9A 3HPOA 4DFKA 3VGLA 5F0XA 1ZBSA 4I7FA 3R1XA 3QLHA 4DF4A 1KAXA 3C6AA 3QDKA 3E9PA 3PX4A 4DSFA 3CJ1A 4GVEA 5FPEA 3OYKA 2OTJN 4FJ5A 3AVNA 2HHSA 2A1RA 3R3LA 4RW8A 1GLEG 4DQIA 1RT6A 4IOAL 1NM1A 2D0OA 1DGKN 2HHXA 4O5BA 4KH4A 4B1WB 3RSEB 3VEWA 1XMQK 4NLBA 4BR4A 5KTQA 3D45A 5AQHA 2OZSA 3A5LC 3ZSYA 4ID1A 4K25A 2P5OA 3TAMA 3W0LA 3CM5A 2FF3B 2QTDA 2UXDK 4IXCA 1K6YA 1Z05A 4DTOA 4NCBA 1IH7A 1TUUA 3O8MA 4H5VA 4FJ7A 1WAJA 3K5LA 3S9HA 4FO0A 4Z4FA 3MWTA 3O9RA 1NK4A 1RDDA 3L3UA 4AM7A 4CK1A 1WBBA 3CC4N 4FWRA 2RN2A 2UXCK 1OKJA 4J8FA 3KK7A 1XHZA 4A5AA 3ZYYX 3CCJN 1OH5A 2GEMA 2FF6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MXM A;  3QBX A;  3O1B A;  3L3V A;  3O9U A;  1VSK A;  1ZBI A;  3V6D A;  4E72 A;  3HSC A;  4CEB A;  1V4T A;  1XNQ K;  4BWM A;  2ZM6 K;  4IDK A;  1XWL A;  4CFB A;  5I9E B;  3IUC A;  2ITM A;  4J2A A;  4IWV A;  4DFM A;  2CH5 A;  3QIP A;  5AQV A;  3E9L A;  1RDC A;  4OVL A;  5EOY A;  1J5E K;  1MDU B;  4BEB A;  3D2E A;  3THW B;  4KHY A;  3A5N C;  4F3T A;  1J6Z A;  1ITG A;  5FRN A;  3KK2 A;  1TKX A;  3KD5 E;  1VQK N;  3E9O A;  5C2D A;  1QVF M;  3O3F A;  2OPQ A;  2QEX N;  2O8C A;  1QQN A;  3ZSZ A;  4E7L A;  1T05 A;  1SKW A;  3F2K A;  5FDL A;  4CZJ A;  3HPH A;  2ZJQ L;  3TAG A;  3M8R A;  2PYJ A;  5KGW A;  4KO0 A;  4CHQ A;  4H0T B;  1JCF A;  2DY4 A;  1HYS A;  2RPI A;  3HM9 A;  4IDH A;  1LW0 A;  3AGK A;  2P9P A;  4IJA A;  2HHQ A;  4FM0 A;  4RG8 A;  4CJV A;  4WFN L;  1B9D A;  2Q2R A;  4FWO A;  4CI6 A;  4H5R A;  1U2V A;  3AA4 A;  4FOE A;  4QS8 A;  1T3V A;  1EKE A;  4JS5 A;  1NK6 A;  4DR1 K;  2F4V K;  1BQN A;  2O8F B;  2E5L K;  3NAE A;  2AA4 A;  3AVA A;  5M1O A;  1X3N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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