4RWTA

Structure of actin-lmod complex
Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
369
structure length
369
Chain Sequence
ALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (16-21)TIV1 (13-16)TVIII1 (27-30)S1 (8-11)TII1 (21-24)TIV5 (47-50)S3 (29-32)TIV6 (61-64)TIV4 (44-47)AH1 (56-61)S8 (75-76)TIV3 (43-46)S5 (53-54)S6 (65-68)TVIII2 (69-72)TII2 (108-111)TIV8 (76-79)AH3 (113-126)AH2 (79-93)TI2 (97-100)TIV9 (129-132)S10 (131-136)S9 (103-107)TI3 (98-101)TI11 (353-356)TI10 (352-355)3H3 (350-352)TIV12 (332-335)AH4 (137-145)TIV10 (156-159)AH10 (289-295)S11 (150-155)S17 (297-300)S13 (169-170)S12 (160-166)TIV11 (165-168)S14 (176-178)TI5 (172-175)AH6 (203-216)AH5 (182-195)TI7 (242-245)TI6 (234-237)AH7 (223-231)S16 (247-250)S15 (238-241)AH8 (252-262)TII3 (306-309)3H1 (264-267)TI8 (286-289)TI9 (322-325)S18 (329-330)TIV13 (334-337)AH12 (337-348)TIV14 (365-368)AH13 (359-365)S7 (71-72)TIV7 (71-74)TI4 (171-174)AH9 (274-284)TVIII3 (220-223)AH11 (309-320)S19 (357-358)3H2 (302-304)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
source organism Drosophila melanogaster
publication title Mechanisms of leiomodin 2-mediated regulation of actin filament in muscle cells.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-5C
total genus 107
structure length 369
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rwtA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4rwtA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4rwtA03
4Z94A 4I6MB 3A8YA 3VEZA 4BRMA 1C0FA 3CJ9A 3IUCA 3KVGA 3IDHA 2GTDA 3L6QA 3EO3A 1JCEA 3LL3A 2D4WA 1KAXA 1TUUA 4CJ7A 3DXMB 2D1KA 4WQ4A 4FO0A 2GWKA 1MWKA 3HI0A 4B9QA 3MK6A 4BR5A 3GDQA 5BR9A 5BN9A 4EHUA 2E20A 2NZTA 4PL7A 3LDQA 4CI6A 3M1FA 5AQSA 3VENA 2IVNA 2QM1A 1NGCA 3ZEUB 1WOQA 4DB3A 1GLJO 1BG3A 2YI1A 2P9KA 5AZJB 3M3ZA 2FLOA 3MN7A 3D7EO 4IO8A 4MLHA 1K8KB 2V52B 4PL8A 3UB5A 2AA4A 4EFHA 1YAGA 3HBTA 5AQNA 4CBWA 4K25A 2V7ZA 5AQTA 2ZF5O 3ATUA 3H1VX 4C23A 4CZGA 5EX5A 4FWRA 1GLCG 4BVOA 2IVOA 3AY9A 3CHWA 4CZHA 4CZLA 1NGBA 3H6EA 3OHRA 2P9KB 2A41A 1NGDA 4BRDA 3O4WA 5AQVA 2W40A 4FWNA 4K41A 1KXPA 1ATSA 5KQDA 5LY3A 3D2EA 2E2QA 4H5RA 5BREA 2P9PA 3VGKA 2YHYA 5CE3A 4BRGA 1XQSC 3EKSA 4RCHA 3BF3A 2ASPA 3SMSA 2Q31A 4JD2A 4BRIA 1U2VB 4IZ9A 4BG8A 1T44A 2E88A 2W41A 2BUPA 3ZX3A 1CZAN 3JS6A 3UKUB 3O1WA 4H5NA 2V51B 3SJHA 3WT0A 2V7YA 2E2PA 3WXLA 1HPMA 1Y64A 5AQJA 5LJWA 3VEYA 4H0TB 4BRPA 1DEJA 5AQOA 3VEVA 1OKJA 3H3OB 4O5FA 4H5VA 1H1VA 1X3NA 3HSCA 4JN4A 4K43A 5F2RA 4H0OA 3HZ6A 3VEWA 3WQUA 2PAVA 3GOIA 3IFRA 1JCGA 4PKHA 4XH1A 5AQHA 4ISEA 3EL2A 4GY2B 3UKRA 2P9SB 3VEOA 1XC3A 5AQZA 2FSKA 1HJOA 3ULEB 1HUXA 1NM1A 1NMDA 4XEIA 3EN9A 4GNIA 4H0XB 4H03B 5BRDA 2FF6A 1GLLO 4F9OA 4I6MA 1MDUB 3FFKB 3AARA 1DGKN 4Y0WA 3H1QA 1EQYA 3O5BA 1Z6RA 2QWQA 1JCFA 2Q0UA 1NGJA 1U6ZA 2YCHA 4BRFA 5AZIB 1NWKA 3MN6A 4A61A 1C0GA 5AQWA 1BU6O 4BR2A 3FZLA 3C0BA 2YJFA 1T6DA 1V4SA 3U8XA 2A3ZA 3ZEUA 4FWOA 1BOTO 5AZJA 3CQXA 4FOIA 3ZX2A 3DWLA 3MDQA 2P9UA 4MO5A 1K8KA 4H0YB 3S41A 4EHTA 3VESA 3O80A 3JXUA 5ADXH 2BTFA 3RSEB 4BR9A 5EVZA 1GLBG 3HM8A 1SAZA 3ATVA 2ZGYA 2IVPA 3VF6A 5AQKA 3R6MA 1HKBA 3FZMA 3CJAA 3CIPA 1S22A 4BRLA 5ADXA 2F9TA 1TYQB 3AAPA 2HMPA 4LC9B 4CZFA 1T6CA 2FSJA 3A0IX 2P9UB 1ATNA 3CJ7A 4H0PA 3I8BA 5E26A 3P4IA 4BQLA 2VWBA 4K42A 5KPTA 4QS8A 1Z05A 3WEEB 2HF4A 3VF2A 2GELA 4CZKA 3VEXA 2Q36A 1U2VA 4QS9A 3W3DA 3SLCA 1QQMA 1S3XA 2Q0RA 3UKUA 1ZXOA 3CQYA 2IIRA 3BEXA 2QW9A 3FZKA 4HTLA 5AFUH 2QWNA 4FOEA 2GUPA 2P9LB 2I7PA 2OANA 5AQFA 3ZETB 3A5MC 5JICA 1RDWX 4FL9A 4BRCA 5KQ8A 4FPBA 3FZHA 2FXUA 2AP1A 5BRFA 5AFUA 5E84A 4FWSA 3VERA 2H3GX 3MN9A 5I9EB 2QWOA 5AQQA 2P9SA 4IJAA 3U9DA 4NB4A 4H5TA 4PKGA 4BC2A 3ULEA 3LM9A 1NGIA 4H5WA 3O8MA 1ATRA 3A5OC 1KAYA 1NBWA 4MO4A 4XH4A 4KBOA 2FF3B 1XUPO 5JLFA 3C7NB 4CBUA 4B1ZA 4MLEA 3EKUA 4PKIA 3CJBA 2P9NB 2GWJA 5AZIA 1NLVA 3VGLA 4BC5A 5AQIA 2Q1NA 1YXQA 3A5LC 3MN5A 3DJCA 2A40A 4FPAA 4IXCA 4WYBA 4CZEA 3WUHA 5AQMA 4A62A 3MCPA 5AQXA 3U4LA 1RFQA 1SQKA 3IMXA 4ISFA 4CZMA 5KPZA 4O8KA 2P9IB 3FE1A 2D0PA 2E1ZA 1MWMA 3MMVA 1BWFO 3KZBA 3I33A 1IJJA 2KHOA 1ESVA 4A2BA 2E2NA 3RSEA 3VGMA 2DPNA 3U9ZA 2VYPA 3WXKA 3F9MA 3DAWA 1RGIA 4QS7A 1KAZA 1NGFA 1QQNA 2WUSA 3SK3A 4M63C 3UE5A 3BP8A 3GE1A 1WUAA 2CH5A 3M6GA 4BREA 4DQ8A 1BO5O 3L4IA 3O08A 1GLEG 4H0VB 3ZX0A 4CZJA 1TYQA 3LDLA 3TPQA 1QZ5A 1NGGA 4IJNA 5KPRA 4BRHA 3CETA 5JMVA 4JHDB 4RTFD 3H3NO 5FPMA 5JLHA 2Q97A 2YHXA 3QBXA 5AQYA 2E8AA 3WXIA 4EIAA 2E2OA 2CGKA 4M7YA 2EWSA 3WEEA 3FLCO 5BPLA 3ID8A 4B1VA 3DXKB 4HWIA 2ASOA 1YUWA 3QDKA 2I7NA 3O1BA 1GLDG 4BR4A 2A5XA 2F9WA 4E1JA 2YHWA 3D2FA 1HKGA 1NGAA 1D4XA 3J8AA 3VOVA 3W0LA 2CH6A 4XH5A 1GLFO 1QQOA 2P9LA 3ZETA 3B8AX 4J8FA 2NLXA 2GEMA 1NGHA 4FWQA 4BGBA 4B1WB 1SZ2A 5F1XA 4ISGA 3CI5A 3QFPA 3AAQA 4FWMA 1DKGD 5F0XA 4FWKA 2QXLA 1P8ZA 3D2FB 4BR0A 3QMLA 4BROA 4BRKA 2FSNA 4YDUC 5AQPA 3LM2A 4M7XA 1E4GT 4BG9A 4BRNA 5BPMA 1J6ZA 3QB0A 5LJVA 5BN8A 5AQRA 1QZ6A 1GLAG 5FPDA 5AQLA 3C7NA 5EY4A 2ITMA 4BC3A 3FR0A 4FSVA 4WQ5C 4CD3A 4L3QA 2P9NA 3VETA 3WXJA 1ZBSA 4BRAA 1BA1A 1V4TA 5ELZA 4EAHD 5BRHA 2QWLA 4RWTA 5EXWA 3VPZA 3BF1A 1QHAA 4NO7A 3LDPA 4AM6A 1LCUA 4WQ4C 1R59O 2CGLA 3H45C 3R9PA 2UYTA 5EOYA 2HOEA 3ENOA 1BUPA 2P9IA 3L0QA 5BPNA 5FPEA 3D2EB 3QICA 3BUZB 2ZWHA 3A5NC 2PBDA 2P9PB 3CERA 1HKCA 1E4FT 2A42A 5AR0A 1BA0A 3O6WA 3TU5A 3H46O 3QFUA 1HX1A 2CGJA 3FGUA 3WQTA 4BRQA 4BR7A 1G99A 5B8HA 4JD2B 4FWLA 3GBTA 4BVPA 3LDNA 4CBXA 2YJEA 1TUYA 4JNEA 3ENHA 1ZC6A 4BGAA 3SMPA 3LDOA 3QBWA 4JHDA 2E1YA 4DCHA 3CJCA 3HTVA 4B1UB 2VCPA 3GG4A 1X3MA 2ZGZA 4B1XB 2HF3A 4A2AA 2A6AA 4YDUA 5AQGA 3GL1A 2Q2RA 5TKYA 4CZIA 2J4RA 3DXKA 3CJ1A 5FPNA 3R8EA 1LOTB 1Q18A 4JAXA 3FZFA 3EZWA 2QWMA 1MA9B 4AM7A 1IG8A 1BDGA 1NGEA 3VF4A 1X9JA 4DHYA 3UKRB 3KHYA 3DXMA 4B1YB 2D0OA 2QWRA 3G25A 1YVNA 4FWPA 5AQUA 4WQ5A 4BQZA 4CD1A 2QWPA 4BC4A 4IWVA 1HLUA 2ASMA 2NRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B6AA 3A8YA 3TANA 4OKEA 4CGIA 4GW6A 1JCEA 1UWBA 3QESA 4O0IA 1TL3A 3THXB 1N34K 4CJ7A 3L2UA 2D1KA 4C8LA 3NH2A 3TAFA 1MWKA 4K8XA 3VQEA 4DTPA 2E20A 4N41A 2NZTA 1WNSA 3LDQA 3CC2N 4I7FA 4KPYA 3ZSWA 4CJ3A 1WOQA 1YT3A 1SS6A 3WXMB 4DB3A 1BG3A 3SAHA 5AZJB 1IKWA 3MWPA 3M3ZA 2HB5A 3D7EO 1YTUA 4O0JA 1YAGA 4CBWA 4K25A 3IKMA 3MXIA 1TK8A 2ZF5O 3HSTB 2PZSA 3H1VX 4AH9A 4WFAL 3SQ4A 1GLCG 2IVOA 4CFDA 1LWCA 4FK0A 4E7KA 4Q0BA 4Z4FA 2HHIA 4CZHA 3DOLA 1XMQK 1NGBA 3MAQA 3OYJA 2W6LA 5AQVA 1SL2A 4YOXA 5LY3A 1VSIA 1WSFA 2HBLA 3L2QA 4CEDA 1RILA 4DFMA 3HYFA 3KD1E 3SYZA 3VGKA 2YHYA 4CJUA 3TWHA 4FJJA 1XQSC 4RCHA 2ASPA 5K14A 2D0CA 3SMSA 2Q31A 4E7IA 2ZD1A 3DRPA 2KTQA 2BUPA 3TI0A 2HBJA 3ZCMA 4H5NA 3WT0A 2V7YA 2E2PA 3RMAA 4JKDA 1HPMA 1TKTA 1HMVA 1OVQA 3MXJA 3PSIA 3SJJA 5SZTA 3NVMA 3LDSA 1TV6A 4H5VA 5C12A 4JN4A 4W5OA 5F2RA 4W5RA 3ZSYA 3GOIA 3IFRA 4QAGA 3C6UA 4AHTA 3VQDA 1MU2A 1IH7A 3CCEN 3D0PA 4GNIA 4H0XB 1NJYA 4F4KA 3AVBA 2DY4A 2P5GA 3RMDA 1VRTA 3AVJA 1MDUB 3FFKB 1D9DA 1DGKN 5HRNA 4CJKA 2QWQA 3T69A 1JCFA 4BRFA 3CYMA 3OYMA 4DV4K 1JLQA 1BI4B 3THXA 2YNGA 1ASWA 4A61A 4BR2A 3FZLA 3C0BA 3LP1A 1D9FA 1SKSA 1Q82O 1RCHA 2X6SA 4GKJK 4DKWA 5AZJA 3CQXA 2ITGA 3KK1A 4LF7K 4MO5A 2A1RA 5C25A 4LD0A 1TK0A 3O80A 1YJ9N 3C6AA 3V6DA 1BIUA 2BTFA 3MEEA 3RR7A 4BR9A 5EVZA 4M45A 3CCQN 4CHPA 3CQ8A 3ZT0A 2ZGYA 2IVPA 3S3OA 4ELTA 3VTIA 2ZE2A 3FZMA 3F73A 1IO2A 2BH1A 3CIPA 1S22A 1YJNN 5KRSA 1TYQB 3AAPA 1JXBA 1T6CA 4OJRA 2P9UB 1HQUA 1B9FA 1P90A 2ATQA 4CEFA 3LP0A 3BY5A 1XI1A 4A57A 2VWBA 1Z05A 2PY5A 3VF2A 2R7YA 5DMRA 4CZKA 4E89A 1JLEA 1WLJA 5BR8K 3HOTA 1T7PA 4F3TA 1VQ6N 1K9MO 4LSNA 3CQYA 3IS9A 4CHQA 3EYZA 1NMNA 2GUPA 2I7PA 2P9LB 5JICA 1GOBA 1RDWX 1TAQA 3VQAA 5KQ8A 3PO4A 4LF9K 1ILYA 3FZHA 3QETA 1Q86O 2FXUA 3ZSVA 4JRQA 1WSJA 5C42A 1WAJA 2VQEK 3MN9A 5I9EB 3SUPA 1RT1A 2QWOA 4BACA 2F96A 4NB4A 3TSQA 1YHQN 4M3RA 3RMCA 3A5OC 1KAYA 4DR2K 1NBWA 2FF3B 3ZT2A 4HUFA 4DTSA 3PX0A 2E6LA 2XO7A 3C7NB 3ENBA 4CBUA 4MLEA 3EKUA 1ZBLA 2P9NB 1X9SA 3VGLA 1BI4A 1BHLA 4J2AA 3KLFA 3VQ6A 4AHRA 4DSJA 4FJXA 3H08A 1NU0A 4LF8K 2G8UA 4L8RB 3DJCA 3O3FA 4FPAA 4CZEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B6A A;  3A8Y A;  3TAN A;  4OKE A;  4CGI A;  4GW6 A;  1JCE A;  1UWB A;  3QES A;  4O0I A;  1TL3 A;  3THX B;  1N34 K;  4CJ7 A;  3L2U A;  2D1K A;  4C8L A;  3NH2 A;  3TAF A;  1MWK A;  4K8X A;  3VQE A;  4DTP A;  2E20 A;  4N41 A;  2NZT A;  1WNS A;  3LDQ A;  3CC2 N;  4I7F A;  4KPY A;  3ZSW A;  4CJ3 A;  1WOQ A;  1YT3 A;  1SS6 A;  3WXM B;  4DB3 A;  1BG3 A;  3SAH A;  5AZJ B;  1IKW A;  3MWP A;  3M3Z A;  2HB5 A;  3D7E O;  1YTU A;  4O0J A;  1YAG A;  4CBW A;  4K25 A;  3IKM A;  3MXI A;  1TK8 A;  2ZF5 O;  3HST B;  2PZS A;  3H1V X;  4AH9 A;  4WFA L;  3SQ4 A;  1GLC G;  2IVO A;  4CFD A;  1LWC A;  4FK0 A;  4E7K A;  4Q0B A;  4Z4F A;  2HHI A;  4CZH A;  3DOL A;  1XMQ K;  1NGB A;  3MAQ A;  3OYJ A;  2W6L A;  5AQV A;  1SL2 A;  4YOX A;  5LY3 A;  1VSI A;  1WSF A;  2HBL A;  3L2Q A;  4CED A;  1RIL A;  4DFM A;  3HYF A;  3KD1 E;  3SYZ A;  3VGK A;  2YHY A;  4CJU A;  3TWH A;  4FJJ A;  1XQS C;  4RCH A;  2ASP A;  5K14 A;  2D0C A;  3SMS A;  2Q31 A;  4E7I A;  2ZD1 A;  3DRP A;  2KTQ A;  2BUP A;  3TI0 A;  2HBJ A;  3ZCM A;  4H5N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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