4Z94A

Actin complex with a chimera of tropomodulin-1 and leiomodin-1 actin-binding site 2
Total Genus 110

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI9 (332-335)AH2 (79-93)S1 (8-12)S12 (176-178)S3 (29-32)TI1 (13-16)TVIII1 (27-30)S2 (16-21)AH12 (337-348)TII1 (21-24)TIV3 (61-64)TII'1 (47-50)TIV5 (72-76)AH1 (55-61)S4 (35-38)TIV1 (39-42)TIV2 (44-47)TI2 (45-48)S6 (65-68)TIV4 (71-75)3H1 (98-100)AH3 (113-127)TIV7 (129-132)S8 (131-136)S7 (102-107)TI4 (108-111)AH13 (359-365)AH14 (368-373)S17 (357-358)TI13 (351-354)TI11 (349-352)AH10 (290-295)AH4 (137-145)S9 (150-155)3H2 (172-174)S10 (160-166)TI5 (156-159)S11 (169-170)TIV8 (165-168)AH9 (274-284)AH6 (203-216)AH5 (182-195)TI6 (234-237)TVIII4 (220-223)S14 (247-250)3H5 (302-304)TII2 (306-309)AH7 (223-232)TI7 (242-245)S13 (238-241)AH8 (252-262)3H3 (264-267)3H4 (287-289)TI8 (322-325)S15 (297-300)S16 (329-330)AH11 (309-319)TI10 (334-337)TI12 (350-353)TI15 (353-356)TI14 (352-355)TVIII2 (69-72)TIV6 (76-79)TVIII3 (147-150)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Protein binding/structural protein
source organism Homo sapiens
publication title How Leiomodin and Tropomodulin use a common fold for different actin assembly functions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 110
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4z94A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4z94A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4z94A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4z94A04
5BPMA 2P9SA 1GLJO 4O5FA 1YXQA 3WXLA 3AY9A 3O8MA 4FWPA 4JHDB 2CH5A 2YHYA 5AZJA 4FSVA 5KPTA 3C7NA 1TYQA 1GLCG 3VEVA 3BF1A 5CE3A 5AZIA 2UYTA 5AQRA 1QQOA 4Y0WA 4FPAA 3M3ZA 1NGFA 1HKBA 3U8XA 4EIAA 1U2VB 2Q0RA 3ENOA 3A5OC 4BR0A 2DPNA 3G25A 3DXKB 3ZX3A 4BREA 4CZGA 5AFUH 5AQVA 2NRHA 1BWFO 4RWTA 4FWKA 3GL1A 3DXMA 2HF4A 4AM7A 2ASPA 4BQZA 3HSCA 4QS7A 3CHWA 1KAYA 3L6QA 3H3NO 1ATSA 4XH1A 2CGJA 3VPZA 1YVNA 1NGEA 3D7EO 3ZX0A 1NGJA 2I7NA 3WQTA 2QM1A 2NLXA 5B8HA 4RTFD 4H5WA 4WYBA 5LJVA 3WUHA 4BRCA 2ASMA 2YHWA 2FF6A 3WXIA 5JICA 3R6MA 1ZBSA 5EY4A 4DQ8A 4CZMA 4M63C 3RSEB 4FWMA 1NGBA 3ZETB 4JN4A 3VEOA 1Z05A 4BRPA 2E2OA 2P9SB 3EN9A 4CJ7A 4IXCA 2QWNA 3EL2A 4I6MA 3HTVA 1HPMA 1S22A 5FPMA 4JAXA 5AZJB 3C7NB 2E1YA 1GLBG 1TYQB 4MLEA 1XQSC 2FSJA 2Q36A 3IFRA 5AZIB 2P9IA 4HWIA 4BR5A 1ZXOA 3I8BA 3U4LA 4H0OA 2YHXA 3MN5A 4FWRA 3IUCA 2VWBA 3HI0A 3VEYA 3KHYA 3QFPA 3VERA 3P4IA 1RGIA 4FWQA 2ZGYA 2E2NA 2E20A 3DXMB 4IO8A 5EVZA 3MN9A 2GTDA 3CJCA 1GLAG 2E8AA 1HJOA 5EOYA 2PAVA 3UB5A 5BPLA 3BP8A 2ZWHA 3R8EA 3EZWA 1NGCA 4B1ZA 1ATRA 2E1ZA 4K25A 4A61A 2QWLA 1NGIA 2Q31A 5FPEA 5AFUA 3GE1A 2V7YA 3BEXA 4BR2A 4XH4A 3VEZA 2E88A 3CIPA 1NMDA 2YJFA 3S41A 5E84A 3I33A 3A5LC 4CBXA 4BRIA 5F1XA 1BDGA 3HBTA 5AQGA 5AQOA 2H3GX 4BRQA 4I6MB 1GLFO 3C0BA 2QXLA 3U9ZA 4WQ5A 5AQWA 3LDPA 5I9EB 3UE5A 2P9IB 3FZKA 4JD2A 4WQ4A 1NLVA 1GLEG 1JCGA 3O80A 4H5VA 4BC2A 4CI6A 4A62A 3FZMA 3O1BA 3LDLA 2P9PA 5EXWA 2QWPA 3O4WA 3CJ1A 3QFUA 1EQYA 1BA1A 4BC3A 2V52B 4H0PA 3H3OB 2A3ZA 4H0YB 1ESVA 1SQKA 1ZC6A 1BUPA 4BRAA 3UKUA 3CETA 4H0XB 3L4IA 1RFQA 2I7PA 5KQ8A 3M1FA 1NGAA 3A8YA 4BG9A 5E26A 3EKUA 2J4RA 2A40A 3F9MA 3W0LA 5AQJA 5F0XA 3CJ9A 3ATUA 2P9UA 3SJHA 4FWOA 5AQTA 3AAPA 3VETA 3WXKA 2QWOA 1X3MA 4GNIA 4BG8A 3LDQA 5EX5A 4FWLA 4NO7A 2QWQA 2ASOA 1E4GT 3DJCA 5AQQA 3VEXA 3LDNA 2A6AA 4WQ5C 3WT0A 2FSNA 3ENHA 4CZFA 3QICA 1QQNA 2QWMA 1QHAA 1OKJA 2V7ZA 5AQSA 4JD2B 4B1WB 2GWKA 5FPNA 4WQ4C 2E2QA 3MCPA 3WEEA 3QBXA 1V4TA 2P9PB 3IMXA 5AQIA 4BR9A 1KXPA 5JMVA 4BVPA 1QZ6A 2HMPA 2VCPA 2GELA 3CI5A 4M7XA 3VOVA 4YDUA 3VEWA 3A5MC 2V51B 4ISGA 3CQXA 3UKUB 4FO0A 4H0VB 1D4XA 4XEIA 2HF3A 4IJNA 3TPQA 2Q0UA 3FGUA 2IVPA 2WUSA 4QS8A 4CZHA 2CH6A 4EFHA 3MMVA 4B1XB 3A0IX 2FF3B 4FOIA 3FLCO 2A41A 2FXUA 5AR0A 5BREA 4PKIA 2P9UB 4XH5A 1MA9B 3H1VX 4CZJA 1KAXA 2HOEA 3SLCA 5BRDA 3MDQA 1TUYA 1XC3A 5F2RA 3QDKA 3ATVA 4Z94A 3VGMA 1P8ZA 3JXUA 4M7YA 2OANA 4EHTA 1NBWA 1WUAA 1Y64A 3H45C 3EKSA 5BPNA 3VF6A 4B1VA 1J6ZA 3JS6A 4DB3A 2NZTA 3GDQA 3ULEA 4H5NA 1Z6RA 2EWSA 3FZLA 4FOEA 3ZX2A 4PL8A 4CZIA 3SMSA 4NB4A 2YJEA 3WEEB 5BRFA 3VENA 2FSKA 4BRMA 2GUPA 1DEJA 5AQXA 3MN7A 4EHUA 1QZ5A 2IVOA 4QS9A 1G99A 5AQUA 2ITMA 1NGDA 3LL3A 4YDUC 5TKYA 3O1WA 2F9WA 3MN6A 2QW9A 3O5BA 3W3DA 4BGAA 5AQHA 3OHRA 3SK3A 2A42A 1MWKA 2GEMA 4CBWA 5AQFA 3AARA 4H03B 4EAHD 1H1VA 5BN8A 4A2AA 4BR4A 1YAGA 2P9LA 3CJBA 2FLOA 3FZFA 3H46O 4ISEA 1K8KA 3ZEUA 1GLDG 4MLHA 1X9JA 2Q1NA 4PKHA 4BVOA 3LM2A 2Q2RA 2D4WA 3GBTA 3CQYA 3ULEB 2P9NA 3QBWA 4LC9B 2D0PA 3BUZB 3L0QA 3LDOA 1JCFA 3CJAA 4A2BA 4GY2B 1SAZA 1IJJA 1BG3A 2AA4A 5AQLA 3DAWA 5AQZA 3EO3A 1V4SA 1BO5O 5KQDA 3FR0A 3QMLA 3U9DA 4BRKA 4K43A 4MO5A 5BR9A 3HM8A 5BN9A 4F9OA 4KBOA 1YUWA 4DHYA 4H5TA 2BUPA 2E2PA 3LM9A 3UKRA 4BC5A 2CGKA 3FZHA 3VF2A 2PBDA 4BRHA 2VYPA 3SMPA 2AP1A 1NGHA 4C23A 3VGLA 4BRGA 1GLLO 1MDUB 3GG4A 3O6WA 3D2EA 2BTFA 1X3NA 2KHOA 1TUUA 3R9PA 2P9KA 3GOIA 2P9LB 1HKCA 1KAZA 3QB0A 1K8KB 2QWRA 5AQNA 1NGGA 3ZEUB 4J8FA 3B8AX 4BRNA 4BQLA 2W41A 3FE1A 2W40A 5AQKA 5JLFA 5ADXH 4CZEA 1XUPO 2D0OA 1DGKN 2P9NB 2IIRA 1QQMA 1DKGD 4E1JA 1BA0A 1SZ2A 1HX1A 3KZBA 5AQPA 1LCUA 3VF4A 3TU5A 1NM1A 5BRHA 1ATNA 3WXJA 5KPRA 1NWKA 4K42A 4FWNA 4BROA 1RDWX 3DWLA 1BOTO 3D2FA 3UKRB 3J8AA 1MWMA 4CD3A 3MK6A 4IJAA 4CBUA 3HZ6A 4B1YB 4JHDA 4CD1A 1R59O 3M6GA 4PKGA 1T44A 4FPBA 4IWVA 3WQUA 4B9QA 4DCHA 2D1KA 3AAQA 4BR7A 4CZKA 5AQYA 3VGKA 3D2EB 4FL9A 1C0GA 1T6DA 1T6CA 3O08A 2P9KB 4PL7A 4HTLA 5JLHA 5KPZA 1LOTB 1E4FT 4JNEA 5LJWA 1Q18A 2ZF5O 3ID8A 1U2VA 4O8KA 3KVGA 3IDHA 3CJ7A 5FPDA 4L3QA 2A5XA 3DXKA 4RCHA 3H6EA 4K41A 4BC4A 4IZ9A 4FWSA 1BU6O 2Q97A 1HLUA 1S3XA 2GWJA 5AQMA 4BGBA 4CZLA 1HUXA 2ZGZA 2F9TA 3H1QA 1U6ZA 1HKGA 2CGLA 3CERA 1C0FA 4BRFA 4H0TB 3FFKB 5ELZA 3BF3A 2YI1A 4BRDA 1JCEA 4MO4A 4BRLA 1WOQA 2IVNA 4AM6A 3VESA 4ISFA 4H5RA 4B1UB 3RSEA 5LY3A 1CZAN 1IG8A 3ZETA 2YCHA 5ADXA 3A5NC 3D2FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9SA 4JKFA 3I56N 1Q82O 4YOVA 4BACA 4AHCA 4JHDB 2YHYA 3C7NA 4CJLA 1L3SA 3VEVA 4Z4IA 5IWAK 5AQRA 5K14A 2IDOA 1NGFA 1HKBA 3U8XA 4I7FA 4DU1A 1P90A 1RDAA 3OYFA 2KFZA 3G25A 3ZX3A 3DXKB 3CXCM 1YITN 3ZLJA 4IG3A 5AFUH 2HNDA 2EX3A 2NRHA 1BWFO 4RWTA 4FWKA 3V9SA 5C10A 3NAEA 1QSLA 4AM7A 4B08A 4B8AB 3O4NA 3ALYA 3H3NO 3ZSWA 1UOCA 3VPZA 1NGEA 2FC0A 3D7EO 3V1QA 2WBNA 3V4IA 2I7NA 5H1SQ 4JEPA 2NLXA 2KZZA 4F3TA 1IBLK 2Q3SA 1RT3A 4FJ9A 3CC2N 3E9PA 4DQ8A 4CZMA 4M63C 3RSEB 4FWMA 4RW6A 2F7TA 2FBXA 1RDCA 2E2OA 2P9SB 3EN9A 2ETJA 4TSXA 1BCMA 4FJIA 5FPMA 3C7NB 3ZSZA 1XQSC 2NUBA 3TR8A 2Q36A 2YKNA 2P9IA 3HXMA 3PX6A 2O4IA 4PA1A 1RBRA 1SUQA 1WLJA 2DFEA 3P4IA 3NH0A 2X78A 1MU2A 1XI1A 4IO8A 3CCEN 2JLEA 4NCBA 1Q9YA 4Z4FA 5CZ2A 4DQPA 1NMNA 3SI6A 3K5LA 2XHBA 1HJOA 5MLCQ 4N5SA 3BP8A 4GV6A 3VQCA 3MAQA 3R8EA 1B92A 3THWA 4PHTX 5J1EA 2PYLA 4B3MK 4R5PA 3KWIA 3AA5X 2QWLA 3AVGA 3DLKA 1NK9A 1IBMK 3VEZA 1VQNN 3CIPA 2HW3A 4J2EA 3N4QA 1OVYA 2Y1JA 4BRIA 3R1XA 2YNHA 3AVKA 4BRQA 2F8SA 3U9ZA 3AO4A 4DUZK 1REVA 1W0HA 3TI0A 3LDPA 4FZZA 2P9IB 3FZKA 2C1IA 1JCGA 4CI6A 4BE1A 3O9RA 4RW4A 1JKHA 3P5JA 3HVRA 4RW8A 3NCIA 2P9PA 2QWPA 1VQKN 5GADP 1WB9A 3THXA 3HSTB 1GOBA 1RT1A 3AVLA 4E7IA 3ENBA 3HPHA 1KVBA 3OYGA 1ZC6A 4KTWA 1JL1A 3L4IA 1S1TA 1LWFA 3AGRA 3THWB 1NGAA 5C42A 1XHZA 4FWOA 5KGXA 3QO9A 2R7YA 3VETA 3EYZA 3L2WA 3WNHA 4KO0A 4BG8A 5FLXO 4DTMA 3TAPA 1U45A 3CPEA 3BY5A 3MWPA 1KLNA 4F2RA 2QWQA 1WNSA 3MWTA 3OS0A 4OGCA 4WQ5C 3ENHA 4PUOA 4CZFA 3D0PA 1QQNA 1EWQA 1OKJA 2V7ZA 5AQSA 3MXIA 4B1WB 5FPNA 4JS5A 4C1NI 4N56A 1NK4A 1SL1A 3WEEA 3THVA 4CJWA 2P9PB 3SAHA 3LZJA 4QOZB 3IMXA 5AQIA 4BR9A 2GX9A 4DQSA 3THXB 4PQUA 1QZ6A 2HMPA 4EP4A 4M3RA 2GELA 2VGNA 4K8ZA 4YOWA 5KRTA 2V51B 3NDKA 4FO0A 4H0VB 3SCXA 1D4XA 5J2NA 4DLGA 3M5RA 4OX9K 1WBBA 3KD5E 5KGWA 2HHQA 4QS8A 4YOUA 3VMFB 3ZSVA 3D6RA 4E3SA 3LP2A 3DLEA 3A0IX 2FF3B 2KTQA 2A41A 2FXUA 5AR0A 1NKBA 2VWKA 3TAQA 1I94K 2NRWA 3CM6A 1MA9B 4FM0A 4CZJA 5LMUK 2HOEA 3AVBA 3EE8A 5BRDA 5JVGL 3I0SA 1TUYA 5F2RA 3ATVA 4CEZA 3NH2A 4CHZA 2OA8A 3PLAA 3H45C 3VF6A 1LV5A 4JKEA 4FCYA 4H5NA 3HP6A 2YHAA 2UXDK 2EWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P9S A;  4JKF A;  3I56 N;  1Q82 O;  4YOV A;  4BAC A;  4AHC A;  4JHD B;  2YHY A;  3C7N A;  4CJL A;  1L3S A;  3VEV A;  4Z4I A;  5IWA K;  5AQR A;  5K14 A;  2IDO A;  1NGF A;  1HKB A;  3U8X A;  4I7F A;  4DU1 A;  1P90 A;  1RDA A;  3OYF A;  2KFZ A;  3G25 A;  3ZX3 A;  3DXK B;  3CXC M;  1YIT N;  3ZLJ A;  4IG3 A;  5AFU H;  2HND A;  2EX3 A;  2NRH A;  1BWF O;  4RWT A;  4FWK A;  3V9S A;  5C10 A;  3NAE A;  1QSL A;  4AM7 A;  4B08 A;  4B8A B;  3O4N A;  3ALY A;  3H3N O;  3ZSW A;  1UOC A;  3VPZ A;  1NGE A;  2FC0 A;  3D7E O;  3V1Q A;  2WBN A;  3V4I A;  2I7N A;  5H1S Q;  4JEP A;  2NLX A;  2KZZ A;  4F3T A;  1IBL K;  2Q3S A;  1RT3 A;  4FJ9 A;  3CC2 N;  3E9P A;  4DQ8 A;  4CZM A;  4M63 C;  3RSE B;  4FWM A;  4RW6 A;  2F7T A;  2FBX A;  1RDC A;  2E2O A;  2P9S B;  3EN9 A;  2ETJ A;  4TSX A;  1BCM A;  4FJI A;  5FPM A;  3C7N B;  3ZSZ A;  1XQS C;  2NUB A;  3TR8 A;  2Q36 A;  2YKN A;  2P9I A;  3HXM A;  3PX6 A;  2O4I A;  4PA1 A;  1RBR A;  1SUQ A;  1WLJ A;  2DFE A;  3P4I A;  3NH0 A;  2X78 A;  1MU2 A;  1XI1 A;  4IO8 A;  3CCE N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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