5ADXA

Cryoem structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN RELATED PROTEIN 1
molecule tags Structural protein
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5adxA03
2ZWHA 4CZEA 4BGAA 3O8MA 2V52B 2DPNA 4BRPA 2P9NA 1HUXA 5F0XA 3RSEB 4B1UB 3U4LA 4DCHA 1RGIA 2CH5A 5BR9A 5BRHA 2YI1A 4JNEA 3VF2A 3A0IX 5AQWA 5LJWA 1NGCA 4GY2B 5KPRA 4B1ZA 5BPNA 1C0GA 2IVPA 3DXMA 3SJHA 3CJ9A 3W0LA 2I7NA 4A62A 3LDPA 1GLLO 2GEMA 4FSVA 5BRFA 2QW9A 5AQFA 3CQXA 3CI5A 3FZMA 4L3QA 4CBWA 4CBUA 2Q36A 3ATVA 1MWKA 1NGIA 3GG4A 5AZJB 4DHYA 2QWNA 1OKJA 1NWKA 2YCHA 1RFQA 2P9IA 3DWLA 3ULEA 2FSNA 2GWJA 2NLXA 2P9UA 3O6WA 1BDGA 5AQMA 4CZLA 3J8AA 1U6ZA 3AY9A 4BRFA 1KXPA 4BG8A 1HX1A 4EFHA 3P4IA 5AQVA 4BGBA 2QXLA 2W40A 3EKSA 3EKUA 3IMXA 1RDWX 4E1JA 1KAZA 2A3ZA 5E84A 1BA0A 2ZF5O 1NGGA 5AQQA 4QS9A 4WQ4C 2ASPA 4DQ8A 3CJBA 1NBWA 5AQRA 4CJ7A 2Q0RA 2GELA 5AQYA 4I6MA 2D4WA 3ID8A 4XH5A 1XQSC 5EY4A 2ASOA 3CJ1A 2A6AA 2F9TA 1H1VA 4BRKA 4IJAA 4JD2B 1YUWA 2IIRA 2BUPA 3VF4A 3ATUA 3DXKA 1NGFA 3WXKA 1U2VB 5JMVA 2NZTA 2UYTA 1ATNA 5AQTA 3SLCA 4H0OA 2P9PB 3BF3A 1X9JA 3VEXA 3F9MA 3HM8A 4DB3A 4H5NA 3CIPA 2J4RA 2P9KA 4H5TA 1ZXOA 4WQ4A 3MN9A 5KPZA 4BR0A 3QBXA 5BN9A 2A5XA 5KQDA 2VWBA 3GDQA 3FZFA 1SAZA 1LOTB 4CZJA 3GBTA 3DAWA 3VEZA 1BU6O 1QZ5A 4BRNA 3L6QA 2CH6A 3FGUA 3EL2A 1HPMA 3WXJA 3BP8A 3I8BA 2VCPA 1TYQB 2YHYA 3ENHA 1MA9B 3FLCO 4H0PA 3RSEA 2FF6A 5EX5A 3FFKB 4NO7A 5F1XA 2QWQA 3QB0A 1GLFO 1IJJA 1P8ZA 3A5LC 3FZLA 1Z05A 4AM7A 5AQGA 2A40A 1NGAA 3LDNA 5KQ8A 2ITMA 4K41A 3HZ6A 2GTDA 3VEYA 4WQ5C 4A61A 3MN6A 3ZX2A 5BRDA 4BR4A 3CETA 3QDKA 5BPLA 2H3GX 2VYPA 1MWMA 4ISFA 4ISEA 1BWFO 2E88A 3WXIA 1T6DA 4C23A 3AARA 4CI6A 3EO3A 5AQUA 4B9QA 4HWIA 4PL8A 2P9SA 4BROA 5AZJA 1XUPO 1X3NA 3M1FA 4FWKA 1DGKN 3LL3A 4BQZA 1YVNA 4IWVA 4CZIA 2FSJA 2QWPA 1DKGD 3WT0A 4O8KA 1HKCA 3A5NC 4JHDB 3R9PA 4WQ5A 3FZKA 1ATRA 4GNIA 4MLHA 3M6GA 2QWRA 1ZC6A 4PKHA 2OANA 2E2QA 3UB5A 5BREA 3U9DA 3O4WA 2E8AA 2V51B 4H03B 3TU5A 1JCFA 3AAPA 2P9LB 5KPTA 3UKUB 2GUPA 5TKYA 1TUYA 2EWSA 1NGJA 3FE1A 5AQJA 5EXWA 3ZX0A 3A5OC 4CZKA 4Z94A 3IUCA 1Y64A 1QQOA 1GLEG 1JCEA 2QM1A 5AR0A 4IZ9A 3CJAA 4B1WB 4FWQA 1WUAA 4F9OA 1GLJO 4FOIA 2Q31A 5AQIA 3O08A 1NMDA 4PKIA 1KAXA 3ZETB 4CZMA 3VGLA 4FWPA 4JD2A 4BRQA 4FWSA 4EHTA 2HMPA 1JCGA 1ESVA 3JS6A 5AQKA 3R6MA 1U2VA 3QBWA 5LJVA 4ISGA 2PAVA 3H3OB 4BC5A 3O80A 2P9PA 4BREA 4FWNA 2BTFA 4CD1A 5BN8A 1T44A 4IXCA 2PBDA 3HTVA 4BRGA 2FXUA 4IJNA 2YHWA 2YJEA 5AZIB 5I9EB 3CQYA 3IDHA 1GLCG 3H6EA 4AM6A 1BO5O 4HTLA 2HF3A 1E4FT 4BR9A 1SZ2A 4JAXA 5AFUA 2E2PA 3D2EB 5AQPA 4RCHA 3O5BA 1TYQA 1NM1A 3LM2A 4NB4A 2YHXA 5BPMA 4BR5A 2A41A 3BUZB 2IVNA 1BUPA 1YAGA 1V4SA 3GE1A 5JICA 1QQNA 3VEWA 2QWLA 3BEXA 4FWRA 3VGMA 3AAQA 2CGKA 1WOQA 2E2OA 5AQXA 4K25A 5AQZA 1X3MA 3EZWA 5B8HA 2E1YA 4KBOA 5CE3A 1G99A 3LDQA 4EHUA 3HBTA 3O1BA 1NGHA 4FWMA 3WXLA 2HF4A 5AQSA 1D4XA 1T6CA 4K43A 5FPEA 4JN4A 4BQLA 1IG8A 4M7XA 1S22A 4JHDA 3U9ZA 3VENA 3QMLA 2E20A 5FPNA 3H1QA 5ADXA 4FPBA 3CJCA 4BC3A 1BG3A 4EIAA 3MN7A 3UKRB 3GOIA 4H5WA 4H5RA 3OHRA 1GLDG 3D2FB 2ZGYA 4BR7A 2P9LA 3DXKB 3UKUA 1ZBSA 3C7NB 4EAHD 3VERA 3ENOA 3VEVA 4B1YB 4O5FA 4H0YB 3GL1A 1QHAA 2NRHA 1NGEA 4FWOA 3HI0A 5AQLA 3SMPA 5AQHA 4B1XB 4BRLA 3ZETA 1CZAN 2D0PA 2ASMA 2ZGZA 3DJCA 4H5VA 2FSKA 3WEEB 1C0FA 3U8XA 3WUHA 4RWTA 3LM9A 2QWMA 2E1ZA 3CHWA 3ZEUB 3CJ7A 4H0TB 4M7YA 4MO4A 4IO8A 5F2RA 2IVOA 3KZBA 2V7ZA 3MCPA 4BRCA 4CZHA 4BRDA 4H0VB 4QS7A 1QQMA 2AP1A 1K8KB 3UE5A 4PL7A 4J8FA 4BVPA 3H3NO 1NLVA 1XC3A 3A5MC 4M63C 5AQOA 5AZIA 1HKBA 4FPAA 3S41A 4YDUC 1MDUB 3D7EO 1HJOA 3JXUA 2F9WA 4CZFA 3D2EA 4BVOA 1R59O 3MDQA 3BF1A 2FF3B 4A2AA 2P9NB 2CGJA 5EOYA 2P9SB 2Q2RA 2WUSA 3WQTA 1Q18A 5AFUH 1EQYA 4XH4A 4H0XB 4RTFD 2E2NA 2W41A 3A8YA 4XH1A 3VEOA 3WQUA 4FWLA 3TPQA 3L4IA 1E4GT 4FL9A 3VPZA 3DXMB 3VOVA 1BA1A 3H45C 4YDUA 4FO0A 5JLFA 1BOTO 2FLOA 5FPDA 4BG9A 2D1KA 4MO5A 1DEJA 3VGKA 4BC2A 1KAYA 2AA4A 2D0OA 3H1VX 3C0BA 3VF6A 2HOEA 2V7YA 4BC4A 1HKGA 5EVZA 1NGBA 4BRHA 2CGLA 3FZHA 1GLAG 5JLHA 3SK3A 5LY3A 3FR0A 2KHOA 3LDLA 3VETA 2P9IB 4XEIA 2YJFA 2Q1NA 1V4TA 3QFUA 3ULEB 4BRMA 3HSCA 3UKRA 2P9UB 3MK6A 4BRIA 1LCUA 4PKGA 4BRAA 3CERA 3D2FA 3B8AX 3LDOA 1GLBG 5ADXH 4WYBA 3ZX3A 3C7NA 3KVGA 3M3ZA 1SQKA 2A42A 3MMVA 4CD3A 3G25A 4CBXA 3W3DA 1YXQA 5ELZA 3L0QA 5E26A 2QWOA 3IFRA 2I7PA 4A2BA 4QS8A 2Q97A 1TUUA 2Q0UA 4I6MB 4Y0WA 5AQNA 3WEEA 3SMSA 1Z6RA 1J6ZA 3ZEUA 3MN5A 1QZ6A 3QICA 5FPMA 3H46O 4MLEA 3R8EA 1NGDA 1K8KA 3KHYA 3VESA 1ATSA 4CZGA 3EN9A 2P9KB 3I33A 1HLUA 4FOEA 4BR2A 3QFPA 4K42A 3O1WA 1S3XA 4LC9B 2GWKA 4B1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2BA 4BGAA 5DK5A 4DR2K 2OPSA 3QINA 2KKZA 2KFNA 4YOYA 3AVLA 1UAXA 2YI1A 3DLLL 4RW6A 4X64K 3SV4A 4JNEA 3THXA 4CHOA 5CZ2A 5LJWA 4GY2B 5KPRA 4NLCA 1C0GA 4DV1K 2G8VA 3DLKA 2I7NA 4A62A 5JS2A 5BRFA 4FSVA 1XNRK 1YTUA 1VSEA 1X9SA 5J2PA 1BCOA 4JKFA 3Q7CA 3T69A 1D9FA 3CC2N 3HOSA 4CJ3A 1W0HA 1RFQA 4I2QA 3OYDA 3NMUA 2P9IA 1N33K 4FXDA 3ULEA 1NU0A 2GWJA 2NLXA 3CYMA 3O6WA 2IS3A 1RDUA 3C65A 4B3SK 1U6ZA 3AY9A 4BRFA 4XJXA 4OKEA 4EFHA 3ZSZA 4DFJA 2HHXA 4OGEA 3TAFA 1RDWX 1WBDA 4CGHA 4DLEA 5E84A 2OTLN 4AH9A 2A1RA 2YKNA 2ASPA 1NBWA 3PSIA 3V4IA 2ZD1A 3KWGA 4M41A 4B9NA 4N41A 3CMAN 3I55N 2P5OA 2O8FA 3QERA 5EY4A 3CJ1A 2A6AA 1NK4A 3AVAA 3L3UA 4FM2A 3SUPA 2BUPA 1S1VA 4KTZA 3ATUA 1KCFA 5KTQA 1EX4A 2NZTA 2UYTA 1RT7A 3VMFB 3JAMO 4DR6K 1C0UA 3NAEA 3OYKA 4CK2A 1RBTA 4H5NA 2J4RA 4WQ4A 1ASWA 3QO9A 4BR0A 5C24A 1T8EA 4M3WA 3QBXA 3K9KA 3MXJA 1EETA 3FZFA 4CZJA 1RDAA 3O9RA 4DR1K 2YHBA 2G8KA 3D0PA 2CH6A 3AGKA 3DLBA 3FGUA 2W00A 3M8SA 4FJHA 3I8BA 4YY3K 4DV6K 1TYQB 2YHYA 1TK5A 5EX5A 2QWQA 1GLFO 3AO4A 2YX6A 4DUZK 5IWAK 4C8NA 2ITMA 2DY4A 3VEYA 4FJIA 3R3LA 3CETA 2VYPA 1MWMA 4X62K 3SJJA 4ISEA 1BWFO 1XHXA 3HT3A 3DRPA 4I9LA 3KD5E 3LP3A 4MFBA 4CI6A 3EO3A 1JJ2M 4IO9L 3U6FA 2BANA 4FWKA 3OYAA 4FJ9A 1YVNA 3LDSA 2JWKA 3D6RA 3WNEA 3O9SA 3WT0A 4BWJA 4M3YA 1ATRA 1JKHA 2NRVA 3KK7A 2YNFA 2QWRA 4PKHA 3V1RA 2OANA 1NJWA 3LAMA 4DMNA 3O4WA 1RCHA 2V51B 1S1XA 4H03B 3AAPA 4GVMA 3K9JA 4FK0A 2P9LB 1NGJA 3NH2A 5EXWA 4CZKA 1HPZA 3IUCA 3RTVA 1Y64A 1GLEG 1JCEA 3BDPA 2QM1A 2UUCK 4IBNA 4B1WB 1C0MA 3VTHA 2Z1GA 5TKWA 4CHYA 1KAXA 3KLEA 1LWFA 4FWPA 3VGLA 3OYEA 2HMPA 4Q5VA 4M42A 5AQKA 3R6MA 3QBWA 5LL6Z 1HMVA 4ISGA 2PAVA 1HQEA 4DV2K 3O80A 1A5WA 4JI4K 2IDOA 2I5JA 1J54A 1T44A 4V19S 3G71N 4J2AA 5LMNK 4IJNA 1VQMN 3L2UA 2D0CA 3P1GA 4CFAA 4CJ4A 1RTDA 4DFMA 2IOCA 3VQ6A 2P1JA 5M1OA 4HUFA 4RCHA 1TYQA 3LM2A 3HXMA 4BR5A 3BUZB 5JICA 3RR8A 3ZSQA 4KREA 3S9HA 3V81A 4DQRA 1NK6A 2QWLA 3BEXA 4HUGA 3M5RA 2JWLA 3AAQA 5AQXA 5DM6L 4EP4A 4K25A 3E9PA 5AQZA 3EZWA 4JKGA 3HBTA 1LW0A 4ZHRA 1GOAA 1D4XA 4I2PA 5FPEA 3OYBA 3QIOA 5C42A 3HYFA 3SUOA 1VSKA 3U9ZA 4AHRA 2E20A 1QHTA 1DLOA 4FPBA 1U48A 4H5WA 3ITHA 5I42A 4CGJA 2P9LA 2OPPA 1NJXA 2BDPA 2AJQA 1QVGM 3NGIA 3T3FA 4EAHD 2DFEA 3QESA 2DTUA 3CM5A 4CJWA 3O4QA 4FWOA 2OYQA 4IEEA 2IGIA 1M90O 2D0PA 4E89A 4B9LA 3DJCA 2F8TA 4JKCA 3K5MA 3LM9A 2E1ZA 4OPHA 4E7KA 1NG9A 4DR4K 3TSPA 4B9SA 2FC0A 4LF8K 4CZHA 4H0VB 1HNIA 4PWDA 1VHXA 1QQMA 4E19A 1K8KB 3WNFA 1BHLA 5CYQA 4C8LA 3P38A 4CF8A 4BVPA 3H3NO 1S72N 3A5MC 4M63C 3V9XA 5AQOA 4FLTA 1HKBA 1NOYA 1B92A 4NCAA 4KHUA 3D7EO 1FKPA 1HJOA 4IOXA 2KZZA 2RPIA 1YITN 4BVOA 3ZT1A 3PIPL 1ZBFA 4CGFA 4A2AA 2CGJA 1SL1A 2HNYA 3TTDA 5AFUH 1Z26A 4KI6A 2B5JA 4AF1A 2E2NA 2O4IA 3PSFA 4FWLA 4CFCA 2RN2A 5JVGL 1CZBA 4CJQA 3DXMB 3H45C 4HUEA 5JLFA 2FLOA 3ZSRA 1KAYA 1VSMA 4HTUA 2V7YA 4BC4A 1RT6A 1SV5A 2FBTA 4I9QA 3FZHA 4Z4CA 3WXMB 1HNWK 2HVIA 3SK3A 3VQPA 3VETA 1JLBA 2Q1NA 1V4TA 4JI8K 4BRMA 1S6QA 3HSCA 4BRIA 3MK6A 1HNXK 4BRAA 3SQ0A 4BE2A 1WN7A 3CERA 5HRSA 4ID1A 4O4GA 3MCAB 5CHIA 2Y1IA 5GADP 3I8DA 4E7LA 2B6AA 3ZX3A 3OTOK 1VSFA 3SQ1A 1JL2A 3P5JA 4RW8A 3ZLJA 3G25A 1YXQA 3ZSYA 3E66A 3LZJA 1TKDA 4A2BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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