5AFUA

Cryo-em structure of dynein tail-dynactin-bicd2n complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DYNEIN TAIL
molecule tags Motor protein
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5afuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5afuA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5afuA03
5BPNA 1TYQB 4E1JA 2FF6A 2E1YA 3VGMA 1HKGA 4DB3A 3VOVA 2CGJA 4BGBA 1EQYA 4WQ5C 4O5FA 3MN9A 4FO0A 3DXMB 1BU6O 4NO7A 4PKHA 1X3NA 3CQYA 2ZWHA 3BF1A 4HTLA 2E2NA 3KVGA 1DGKN 2YHYA 2YHWA 2VCPA 4QS8A 2GWKA 1GLFO 1NGAA 3CJ1A 3UKUB 1X9JA 2CGLA 4EAHD 5BRFA 1RFQA 3U4LA 4DHYA 3QMLA 4WQ4C 5AQHA 3D7EO 4BRFA 3ZX0A 1MA9B 1BWFO 4MLEA 3WEEA 4XH1A 1BO5O 4K41A 3DJCA 4M7YA 3WXJA 2QM1A 5E26A 1YVNA 2FSKA 5LY3A 2HMPA 4Z94A 3MN7A 2Q0RA 3HM8A 3VENA 4M63C 4FWPA 1BG3A 2ASOA 3VF4A 1KAYA 4EHTA 1H1VA 2AA4A 4BQLA 5F0XA 1QZ5A 3CERA 1NGHA 4BR9A 5AQGA 3CJBA 3WQTA 3VEXA 1HKBA 1NGFA 3JS6A 3OHRA 3R6MA 5BN8A 3SLCA 1HJOA 1NGJA 3QBXA 3MCPA 3O8MA 3CIPA 4BRIA 4FWLA 4F9OA 5AQPA 4QS7A 1QQNA 1NMDA 3LDLA 4BRNA 3LL3A 4BGAA 1U6ZA 3CJAA 3O5BA 3EN9A 3GL1A 5EX5A 3D2EA 4H0VB 3QDKA 3EKUA 1ZXOA 5KPRA 3BP8A 3L0QA 1GLDG 2EWSA 3AARA 5AQUA 3ZX2A 3SMPA 2PAVA 3O80A 4FWNA 3WXLA 2E2PA 2A41A 1GLLO 4YDUA 2QXLA 3ZETB 2Q2RA 4I6MB 4PKGA 3H3OB 1SZ2A 3UKRB 1ESVA 4WYBA 1OKJA 3H6EA 3AAPA 4AM6A 4KBOA 4IZ9A 2IVOA 3B8AX 3GE1A 1GLCG 4A2AA 2QWMA 5I9EB 4A62A 3FZMA 3FZHA 1P8ZA 4H0OA 3SK3A 5CE3A 1K8KA 1R59O 1V4TA 5EVZA 3U9DA 4ISEA 2NLXA 4M7XA 4BG9A 4BRKA 4XEIA 4FWMA 1ATSA 1QQOA 3BF3A 3IFRA 4BRDA 4BQZA 4BC4A 1NM1A 4DCHA 4EIAA 3I33A 1U2VB 3CHWA 2YJEA 1NWKA 3ZEUB 2FXUA 2WUSA 2KHOA 2P9KA 2UYTA 2V52B 1HPMA 3H1VX 1NGGA 2OANA 2YI1A 5JLFA 1GLEG 4L3QA 3M6GA 4WQ4A 1G99A 1GLBG 5F2RA 4B1ZA 4FOIA 2CH6A 1NLVA 4JHDA 4JNEA 3VGLA 2V7ZA 5EOYA 3L4IA 4FWRA 5AQRA 4BRPA 3S41A 2VYPA 4PL8A 4BC2A 3P4IA 5ADXH 3AY9A 1C0FA 3A8YA 1V4SA 4H5RA 2GUPA 5BRHA 2E2OA 1DEJA 2D4WA 4H5TA 3VEYA 2IIRA 3FGUA 1LOTB 3ATVA 4FOEA 2P9SB 1S3XA 3D2FB 3ZETA 1X3MA 4LC9B 1MWMA 3WT0A 5JLHA 2ITMA 3UKRA 4RTFD 4XH4A 3EZWA 3CETA 5F1XA 4MO5A 2E1ZA 5JICA 4A2BA 2W41A 1E4FT 1JCEA 3VPZA 4B1UB 1HLUA 4IWVA 2DPNA 4MO4A 2P9LB 3SJHA 2I7NA 4FWKA 3RSEB 3DXKB 1BDGA 1LCUA 3A0IX 2P9UB 4FWSA 3VEZA 4CZHA 3MMVA 4XH5A 4H5NA 3VEOA 4CD1A 3O6WA 4CZLA 3TPQA 3ULEA 4CBUA 3KHYA 1IG8A 3ZEUA 1ATRA 4GNIA 4C23A 3HI0A 4H03B 3CJ7A 1Z6RA 5AQLA 3UB5A 2Q97A 3ENOA 3R8EA 4DQ8A 3LDNA 4JN4A 1WOQA 4K42A 3VF6A 2Q1NA 1KAZA 1TYQA 2E88A 2PBDA 4QS9A 5AQWA 2ZF5O 2Q31A 2P9NB 2Q0UA 5AQOA 3LDOA 2F9TA 3L6QA 4BR2A 2YCHA 2CH5A 2GWJA 3DXMA 1BA1A 3IUCA 1WUAA 3IMXA 4GY2B 3O1WA 4CZMA 3CJ9A 3H45C 3VEWA 4IJAA 5AQJA 4BROA 3A5NC 5KQDA 1MDUB 3CJCA 3FZFA 3D2FA 3VETA 3A5OC 3UKUA 2J4RA 5JMVA 4BR4A 5AZJB 1BUPA 5AZIB 1JCFA 1SAZA 4A61A 2CGKA 5EXWA 5BPLA 3EKSA 3LDPA 3C7NB 2HF3A 3FZKA 1YXQA 4K43A 4BRLA 2QWOA 3MN6A 5FPMA 1YAGA 4J8FA 5AQYA 1C0GA 5B8HA 4FPBA 1RDWX 5EY4A 5FPEA 4WQ5A 4B9QA 2QWPA 3TU5A 3A5MC 5AQVA 5AQSA 3U8XA 4AM7A 5LJWA 4BRQA 5LJVA 5AFUA 5AQZA 1BOTO 3A5LC 3VGKA 4NB4A 2A42A 1Y64A 2GEMA 2P9PB 2QWQA 3EL2A 3GDQA 4CJ7A 5AQNA 1ZBSA 1BA0A 2A40A 2V51B 3H1QA 1IJJA 4MLHA 4CZKA 4K25A 3WEEB 3BEXA 3JXUA 3O1BA 2HF4A 3DWLA 1HX1A 4JD2B 1XUPO 2NRHA 4CI6A 1GLJO 5FPNA 4BC3A 3GOIA 4CZJA 5AQKA 5FPDA 4YDUC 1QHAA 3W3DA 2NZTA 1HKCA 3IDHA 5AFUH 4BREA 3ID8A 1JCGA 3BUZB 5BREA 4B1YB 2YHXA 5AZJA 4H0YB 4PL7A 2GTDA 5AZIA 2I7PA 4I6MA 5AQQA 5AQTA 4FSVA 4FWOA 1KXPA 4ISFA 3QBWA 3C7NA 5KQ8A 3VERA 1QZ6A 3MDQA 4PKIA 2FSJA 2HOEA 2D0PA 2IVPA 4RWTA 1ATNA 3D2EB 4BVOA 4B1VA 2ASPA 2H3GX 4BR5A 4Y0WA 4FPAA 3O08A 3ENHA 2BTFA 3F9MA 4O8KA 4BG8A 1TUUA 2QWRA 1U2VA 3EO3A 5AQFA 2E20A 5AQMA 5TKYA 2P9PA 4BR7A 5AR0A 1YUWA 2FLOA 1SQKA 1T44A 1T6DA 1XQSC 3FLCO 4B1WB 4ISGA 2FF3B 3O4WA 1NGDA 4RCHA 4H0PA 4HWIA 4CZFA 2VWBA 3LM9A 2GELA 3HBTA 1J6ZA 1K8KB 4CZIA 4B1XB 4H5VA 4JD2A 3R9PA 2AP1A 2F9WA 2P9IB 4BRMA 5BPMA 1HUXA 4H0TB 4FL9A 3J8AA 2D1KA 4CBXA 5E84A 2ZGYA 3AAQA 3FR0A 4CD3A 3VEVA 3WXIA 2P9KB 4BRHA 1TUYA 2P9SA 4IXCA 2YJFA 1NGCA 2ASMA 3ATUA 2V7YA 5KPTA 1QQMA 1GLAG 3H46O 3FE1A 4BC5A 4FWQA 4JHDB 1NGBA 3CI5A 3QICA 1Z05A 3C0BA 2ZGZA 5AQIA 2IVNA 3CQXA 2P9LA 4H0XB 4H5WA 3W0LA 2W40A 1XC3A 1DKGD 4CZEA 3RSEA 2E2QA 3DXKA 3I8BA 4BRGA 2BUPA 1RGIA 2P9UA 3WUHA 3FFKB 2FSNA 3M3ZA 2Q36A 4BVPA 2QWLA 2QWNA 3G25A 1D4XA 5BR9A 4JAXA 1NGEA 4IO8A 2D0OA 3VESA 2A3ZA 3GBTA 5BN9A 3UE5A 4IJNA 1KAXA 3MN5A 1T6CA 3HZ6A 4BRAA 5KPZA 1ZC6A 3U9ZA 1E4GT 2P9NA 4EHUA 3WXKA 4BRCA 3H3NO 2P9IA 5AQXA 5ADXA 1Q18A 3ZX3A 1CZAN 1MWKA 3QFUA 5ELZA 2A6AA 3VF2A 3M1FA 5BRDA 3ULEB 3QB0A 3DAWA 3LM2A 3HTVA 4CZGA 2A5XA 3GG4A 3QFPA 1NGIA 4EFHA 3HSCA 3KZBA 1NBWA 3LDQA 4CBWA 3MK6A 3SMSA 2E8AA 1S22A 4BR0A 2QW9A 3WQUA 3FZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQB 2BH1A 1TL3A 5IWAK 3O9RA 1HKGA 2CGJA 3IRXA 4CF1A 4O5FA 1OVQA 3MN9A 1NJXA 3DXMB 4HHTA 1Z26A 3EE8A 1Q9YA 3CPEA 4PKHA 1X3NA 3NFAA 4HTLA 1JKHA 2E2NA 3VQ7A 3KVGA 4KH6A 3OJSA 3QETA 2GWKA 1VAZA 4JI4K 4O5BA 2KQ2A 4HCBA 4B8AB 1JLQA 4LF9K 1LWEA 3OYIA 1VSEA 2RPIA 3HP6A 3HRGA 4BRFA 3ZX0A 4DQIA 1BWFO 3E66A 2E6LA 3WNGA 2FBVA 3WXJA 4V19S 1VQMN 2FSKA 5LY3A 4DSJA 4DR4K 4CJFA 4CFCA 4B9LA 5HRNA 1KAYA 4AHVA 3EY1A 5JVGL 4PA1A 3THWA 4M45A 2Z1IA 5F0XA 1QZ5A 4GW6A 3G0ZA 1J9AA 3WQTA 3VEXA 3RTVA 3SUPA 3LAKA 3QEWA 1KRPA 3SLCA 1HJOA 2GV9A 2RE2A 1M1KO 5GAEP 3OYKA 1NMDA 3AA3A 4AH9A 3PV8A 2QEXN 3DM2A 1LAWA 3IAYA 2F8SA 2O8BA 3L3VA 1RDCA 3O3FA 3GL1A 3EKUA 3T1AA 1RDDA 1REVA 3BP8A 2JWLA 1WAJA 1TAQA 4FJJA 3O80A 3WXLA 4YDUA 2QXLA 4DTOA 3ZETB 3LZJA 4DFPA 2VWJA 3AVKA 3SAGA 3UKRB 1ESVA 3AVLA 3LP1A 2HBMA 2KW4A 4AM6A 2IVOA 4OPHA 4XJXA 4Z4IA 1Q9XA 4A2AA 1KSPA 4B3MK 5CE3A 3SK3A 4CJQA 1IO2A 1NU0A 1V4TA 5IT9O 3U9DA 2G8KA 2JLEA 3KLHA 2NLXA 1M90O 1ATSA 3V1OA 2VG6A 1TKXA 1IBLK 3PIPL 5HROA 4K8ZA 4LSNA 3ZSRA 3OBYA 1TKDA 1U2VB 2YJEA 4E3SA 2FXUA 3C6AA 2WOMA 3K9JA 2P9KA 2UYTA 4N41A 2BDPA 1ZBIA 3KK2A 4CJ5A 4FJ7A 3OYCA 2OANA 4CGIA 2YI1A 1GLEG 4OLBA 3V1RA 3OS1A 4FOIA 3WXMB 2CH6A 3O3GA 2I5JA 4ID5A 3WNEA 5EOYA 2E6MA 4YOYA 1ZBFA 3S41A 4KREA 2OTJN 2VYPA 4BC2A 1QTMA 3TR8A 1V4SA 2HVHA 2E2OA 5JENA 4CIGA 1D9FA 4IEIA 4JI7K 4YY3K 3H08A 4E19A 3WT0A 3PX0A 3DLBA 4RTFD 4XH4A 3EZWA 1HQEA 5F1XA 1XNRK 4MO5A 1Q81O 2PZSA 3VPZA 1XMQK 4B1UB 4EP4A 5GADP 3AO4A 1N33K 1VSLA 3K2PA 3ISNC 2I7NA 1IKWA 4WE1A 3WNFA 4B9NA 3RSEB 3SQ0A 2G8VA 1ZBUA 3HO1A 4FWSA 1XMOK 4GVMA 1OH8A 4XH5A 4JI5K 2QI2A 3O6WA 1TGOA 4CBUA 2DFHA 3ZEUA 4FCYA 3NVKA 4H03B 3CJ7A 4X65K 1S1WA 1QVFM 2Q97A 3ENOA 3R8EA 2XY7A 3LDNA 4JN4A 4JI3K 4OPAA 3TABA 1WOQA 5AQWA 2ZF5O 2Q31A 3NMUA 3QEVA 3CG7A 3LDOA 3L6QA 3CCSN 4DF4A 4RW8A 3IUCA 1C6VA 1K8AO 3IMXA 2DFFA 3O1WA 4CZMA 3H45C 4IJAA 1CLQA 3A5NC 1LWFA 2D0BA 3FZFA 5HOOA 3D2FA 3VETA 3HM9A 1ZBLA 5JMVA 4A5AA 4B3RK 2C1GA 1SAZA 3LAMA 1Q86O 2CGKA 3E9LA 5EXWA 3NF9A 2NUBA 1HYZA 1KFDA 3C7NB 1YXQA 4K43A 4CERA 3MN6A 5FPMA 4J8FA 1ASWA 5GAGP 1QS4A 4FPBA 4X64K 3CCEN 5EY4A 2O8DB 2G8WA 1Q8IA 1NKCA 4AM7A 5AQSA 2HHTA 4BRQA 3NE6A 5AQZA 1RBSA 4NB4A 3HK2A 2P9PB 3GDQA 1W9HA 1VQ8N 5AQNA 4BDPA 2A40A 3H1QA 1WSGA 3BEXA 3JXUA 5LMUK 4CE9A 2XY5A 3ZT3A 3T1HK 4DLGA 4JKFA 1KVAA 1IKYA 3VQEA 4JD2B 3L8BA 3QEIA 4KHWA 4LFBK 3K5MA 5FPNA 3ITHA 2WC9A 3M8QA 1BIZA 1RTJA 2HHXA 1ASUA 2QTDA 1ILYA 3BUZB 1TK0A 4B1YB 2YHXA 5AZIA 3VTIA 5J2MA 1BI4B 3N4PA 4CHPA 5KQ8A 3DOKA 3HPHA 3KK7A 2FSJA 4FM2A 1RDAA 4CJPA 4Y1CA 4BVOA 1RBUA 3DRRA 3A2FA 4FXDA 1FW6A 3ZSWA 1ITGA 4C8NA 4BDYA 4O8KA 4BG8A 4BY9C 3SAHA 4DTXA 3NCIA 5AQMA 3SNNA 2HSTA 2X6SA 4M3UA 1EXQA 2FLOA 1XQSC 3FLCO 5EU7A 4B1WB 3RMBA 4J2DA 3O4WA 3D6RA 4H0PA 4HWIA 4CZFA 4CEDA 3AVJA 3HBTA 4Q0BA 4KKOA 4B1XB 4H5VA 5CYQA 3CF5L 5DMRA 1S1XA 2P9IB 3SPYA 1Q82O 4FL9A 3J8AA 4FK0A 2QKKA 4B9VA 3WXIA 3KJVA 5LL6Z 1HMVA 4FJHA 3F73A 3ATUA 1TVRA 4FJIA 4FWQA 4JHDB 4BWJA 4TSXA 4DV4K 4CHYA 1J53A 2ZGZA 5AQIA 4H0XB 4JKGA 5E41A 1XC3A 1DKGD 1EWQA 3SZ2A 2GBZA 3QNOA 2O8CB 4BRGA 1YITN 5DM7L 3FFKB 3VQ8A 4FJGA 2HW3A 3O4NA 2PFUA 2G8FA 2Q36A 3QINA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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