5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
molecule keywords Actin
molecule tags Contractile protein/transferase
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
1Q18A 3UKRB 3C0BA 3O5BA 2A41A 2IIRA 4CZLA 5AR0A 2J4RA 3IMXA 1Z05A 4B1YB 4BR9A 1NM1A 5F2RA 5EX5A 4BROA 4FWSA 3UKRA 4FO0A 5JLFA 3A5LC 1RGIA 2QWMA 5EXWA 1YUWA 1QZ5A 3LDQA 1HX1A 1MWKA 4BVOA 4MO4A 3VEWA 3DXMB 5ADXA 3WXJA 3P4IA 1NBWA 1V4SA 1NGGA 2HOEA 4A61A 5AQKA 2D0OA 2QXLA 4B1WB 5AQTA 3RSEB 3DXMA 2P9UB 4DHYA 4MO5A 4H03B 4H0TB 2F9WA 2AP1A 5AQLA 1NGBA 4F9OA 2FF6A 3QFUA 3UE5A 4M7YA 1X3NA 3ZX0A 2P9PA 3G25A 3L4IA 3UKUB 4Y0WA 4BQLA 3A5MC 3I8BA 3IFRA 3MN9A 5LJWA 4AM7A 2F9TA 3U9DA 5TKYA 1GLBG 3D2FB 3H46O 3A5OC 2Q36A 4IO8A 1T44A 3LDNA 1DKGD 3CERA 5FPEA 4O8KA 3BUZB 3MK6A 5AFUH 1RFQA 4BVPA 1MA9B 2ZGZA 3O1BA 1ATSA 4BQZA 4RTFD 1T6DA 3U9ZA 1JCGA 1HKBA 1WUAA 3ID8A 3FR0A 2P9IA 4IXCA 2GWKA 3ATVA 3FZFA 1SQKA 1DGKN 3FE1A 3FZHA 3MCPA 4H0YB 1ATRA 3GBTA 3CI5A 4GNIA 1SAZA 4QS9A 4FSVA 5AQWA 3FZMA 4I6MB 2YI1A 4XEIA 4YDUA 2YCHA 2HF4A 4B1XB 5BN8A 4CZFA 2E2OA 1V4TA 4H5TA 4L3QA 1HKCA 4BG8A 5EY4A 3H3NO 1EQYA 1NGHA 1R59O 3WEEB 2E2PA 3ZEUA 4K42A 1HLUA 1NGFA 3F9MA 3VEYA 3LL3A 4PKIA 1XQSC 3WEEA 3WUHA 2GWJA 3BEXA 1KAYA 4BRQA 4M63C 4LC9B 4NB4A 1BWFO 1T6CA 4BR5A 4JHDB 5BPLA 1G99A 4CZHA 4WYBA 1U6ZA 2YJEA 3EO3A 5FPDA 3LM2A 5AQMA 3CJ1A 3H3OB 5KQDA 1NGEA 5AZIB 4CZJA 1NGIA 4BRIA 5F0XA 1LCUA 3GOIA 4JHDA 4BREA 1RDWX 1SZ2A 3H45C 1K8KB 4FWPA 1YVNA 3D2EB 1GLCG 3JS6A 5AQJA 3VEXA 3R8EA 4CBWA 3EL2A 2QW9A 4E1JA 1TUUA 3IDHA 5FPMA 1JCFA 3CJAA 3KZBA 2GELA 3CETA 2W41A 4WQ4C 3MMVA 5EVZA 1GLJO 1Y64A 5BRDA 2CGJA 4BC5A 2ZF5O 1BOTO 4FPBA 3WXIA 3FLCO 3ENHA 2IVNA 4K43A 4PKHA 1ZXOA 4B1UB 2OANA 3GE1A 4H0OA 1HPMA 4MLHA 5AQPA 3H1VX 2D0PA 3MN7A 1GLDG 3U4LA 4JAXA 2P9LB 4JD2B 3A0IX 3VGKA 2VYPA 3W0LA 1BDGA 2FSKA 2HF3A 4DCHA 3SJHA 2BTFA 4FOIA 4FPAA 3RSEA 3M3ZA 1BUPA 2P9UA 2QWLA 4JNEA 4FOEA 5AZJB 4DB3A 5BRHA 5BPMA 3TPQA 5KPZA 3O8MA 1IJJA 3FZKA 4WQ5A 3R6MA 2GEMA 5BPNA 3L0QA 3QMLA 1TYQB 3UKUA 5AZJA 1NGJA 5KPTA 1D4XA 3AAQA 4FWNA 2E1ZA 3ULEB 4BR0A 3WT0A 3D2FA 2PAVA 3ZETB 3HI0A 5AQVA 4BRPA 3WQUA 2FXUA 3CHWA 4WQ5C 3VF4A 4K25A 4EAHD 3CJBA 3QICA 4EHUA 2P9SB 3L6QA 1Z6RA 3SMSA 4FWRA 5BN9A 3VF2A 4PL8A 3HM8A 3BF3A 4BC3A 3C7NB 4B9QA 3KVGA 4BG9A 3OHRA 3TU5A 1MWMA 2QM1A 4CZMA 1NMDA 1BA1A 2ITMA 4H5RA 3C7NA 1H1VA 3VOVA 3FZLA 3SMPA 3D7EO 4B1VA 2E20A 2Q97A 2EWSA 5FPNA 3CQYA 4BRNA 1WOQA 1X3MA 4K41A 2P9NB 4C23A 3VPZA 3EKUA 3HBTA 4XH5A 2I7NA 2ZGYA 4I6MA 3W3DA 3GG4A 3I33A 4BRAA 1GLLO 4BRCA 1QQMA 2P9NA 5AQOA 4BRDA 1IG8A 2E1YA 5LY3A 5AQRA 1NWKA 2VCPA 3O80A 3FFKB 1KAZA 4YDUC 1HKGA 1TUYA 1QQNA 2D4WA 3LDPA 5CE3A 4BGAA 1NGAA 3VEZA 1DEJA 3VESA 4NO7A 3AY9A 5B8HA 3VGLA 5JLHA 3EZWA 3ZX2A 4H0PA 3J8AA 5KPRA 2Q0UA 3H6EA 1GLAG 4AM6A 5AQXA 1E4FT 5AZIA 1C0GA 2YJFA 1U2VB 3QBXA 3AAPA 1P8ZA 3QBWA 2P9KB 2A42A 5AQZA 4CI6A 4A62A 1K8KA 4CZIA 2FSJA 2QWPA 3HZ6A 4BRGA 3LDLA 1ZBSA 2FLOA 3D2EA 4CD3A 2P9KA 5EOYA 2IVOA 4H0VB 2H3GX 5AQUA 2A6AA 1QQOA 1C0FA 2WUSA 1YXQA 4B1ZA 1YAGA 4EHTA 4CZGA 1HUXA 5AFUA 3ZX3A 4BR2A 5KQ8A 1QZ6A 5JMVA 3EKSA 4H0XB 4PKGA 4H5VA 2NRHA 2Q31A 3FGUA 3IUCA 1BA0A 2BUPA 3B8AX 4DQ8A 5ADXH 2YHYA 3JXUA 3CJ9A 3MDQA 4BRLA 4J8FA 3MN5A 3O4WA 2E2NA 2P9LA 3SLCA 2Q2RA 2NZTA 3HTVA 4JD2A 3VERA 2E88A 4KBOA 3VEVA 5AQSA 4XH1A 4CZKA 2V7ZA 2QWNA 4EIAA 1BU6O 4FWQA 3ATUA 3BF1A 3O08A 5ELZA 3CQXA 5E26A 4BR7A 2D1KA 2QWRA 1ZC6A 2E2QA 4BRFA 2V51B 2ASMA 2P9PB 3A5NC 2ASOA 2V7YA 2YHWA 3M1FA 1QHAA 1TYQA 1XUPO 3VGMA 1NGCA 4CBXA 1E4GT 2I7PA 3ENOA 3O1WA 3GDQA 4RCHA 1XC3A 3ULEA 3A8YA 4ISGA 3R9PA 3ZETA 2GTDA 2VWBA 4IZ9A 3SK3A 2W40A 4Z94A 4MLEA 1J6ZA 2A5XA 2E8AA 4CZEA 3U8XA 3M6GA 2P9SA 3VEOA 5I9EB 5AQFA 5AQNA 2V52B 3DXKB 3UB5A 4A2BA 4HTLA 4QS8A 4BRHA 4FWMA 1ESVA 2GUPA 3BP8A 2ZWHA 1NLVA 1GLEG 2IVPA 3DXKA 2KHOA 2P9IB 4GY2B 4EFHA 3CJ7A 3GL1A 1NGDA 3MN6A 4BR4A 2Q1NA 4IJNA 4JN4A 2A3ZA 3WXLA 2A40A 1BO5O 3CIPA 1KAXA 2CGLA 4ISFA 4XH4A 4BC4A 2YHXA 3DWLA 4PL7A 2CGKA 2QWOA 4A2AA 4H5NA 4CD1A 3KHYA 1MDUB 3VENA 3QFPA 3ZEUB 2PBDA 5E84A 3H1QA 1JCEA 2HMPA 4IWVA 1X9JA 4IJAA 1LOTB 3O6WA 3VETA 3HSCA 1GLFO 5F1XA 4BGBA 5BRFA 5JICA 4BC2A 1BG3A 4FWKA 3AARA 2DPNA 4CJ7A 4FWOA 2QWQA 5AQGA 4ISEA 1HJOA 3DJCA 4BRKA 3S41A 4BRMA 2Q0RA 1KXPA 2NLXA 2AA4A 4FWLA 1U2VA 4QS7A 2ASPA 3VF6A 2CH5A 1ATNA 5AQYA 3QDKA 3EN9A 5BREA 5AQIA 3DAWA 3LDOA 5AQQA 1S3XA 2FF3B 2UYTA 3WQTA 4WQ4A 2CH6A 4FL9A 3LM9A 4H5WA 1CZAN 4CBUA 5BR9A 4M7XA 3WXKA 2FSNA 5AQHA 3CJCA 4RWTA 5LJVA 1OKJA 4HWIA 4O5FA 3QB0A 1S22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ7A 4KO0A 3C0BA 1T3VA 4AHUA 3MWTA 4CZLA 5SZTA 4ZTJA 3P38A 1XNQK 2J4RA 3LZJA 4B1YB 1NM1A 3LAMA 4CVNE 4FO0A 1RGIA 4AQYK 2QWMA 5EXWA 3R1XA 4MO4A 3VEWA 1VQPN 2F4VK 4Z4CA 4DS4A 2IGIA 1TGOA 3RSEB 3DXMA 4CF2A 3C94A 4YOTA 3NF8A 4M7YA 5T7BA 3L4IA 5CYMA 3DI6A 3V9SA 4BQLA 3HP6A 4LF9K 3IFRA 3RR7A 4JLHA 5TKYA 1GLBG 4ELUA 5C0YA 4AHRA 1NOZA 4IO8A 4W5OA 2HHTA 3CERA 2Y1JA 4DWIA 3SI6A 1ASUA 1EXQA 3VQ6A 3MK6A 3DLHA 1FJGK 1RFQA 1K9MO 1U48A 1MA9B 3MEGA 1ATSA 1DTTA 3DRPA 4J2BA 1JCGA 4I2QA 4H4MA 3OY9A 2P9IA 3O9SA 1BCMA 2G8FA 1J54A 2E6LA 4H0YB 3TSPA 1S1WA 3CI5A 2YKMA 4DQRA 3E9OA 3HOTA 4M3YA 5GIOA 5AQWA 1S5JA 2YI1A 4I6MB 4XEIA 2YCHA 2HF4A 3S3MA 2FBTA 3NF6A 3AVAA 1IO2A 2E2OA 5EY4A 3CMAN 1NGHA 2E2PA 4JRQA 3BY5A 2ZQBA 3WEEA 1XQSC 3BEXA 1OH7A 1NK7A 3TSQA 4BRQA 4NB4A 1BWFO 1T6CA 4DS5A 4FJ8A 4CZHA 1S72N 4WYBA 1U6ZA 2YJEA 1RT2A 3AVLA 1IV0A 3H3OB 5KQDA 1VRTA 1VSKA 4JHDA 3GOIA 1RDWX 4Y1CA 4LF8K 3VEXA 4CBWA 4LFBK 2QW9A 4BWJA 4YOYA 4E1JA 2OTJN 1JCFA 3K5NA 1QVFM 4DV2K 4HCBA 3PV8A 2GELA 3CETA 4CIGA 1OH5A 3OYIA 4FM0A 4DQPA 4FZYA 2UXBK 2CGJA 4FPBA 3ZT1A 4G1QA 4O4GA 1ZXOA 1JL2A 3GE1A 4H0OA 2G8IA 4E7LA 4NYNA 4KHWA 4DQQA 3U4LA 4JAXA 2HVHA 3F5TA 3SAHA 3SYZA 1J5EK 4DTJA 2EHGA 2FSKA 2HF3A 3AVCA 4KH5A 2BTFA 3WNEA 4DSJA 1BUPA 2P9UA 2QWLA 4PQUA 3THWB 4FOEA 1RBRA 5BRHA 3ZCMA 1GOCA 3R6MA 2JWLA 3QEVA 3O9UA 3VQPA 1RDBA 1S1TA 3CXCM 1NJXA 3UKUA 5KPTA 4X66K 2B6AA 1L3UA 5E41A 3WT0A 4AH9A 3ZETB 3WNHA 4C8LA 4JI4K 3LWLA 1LW0A 1RBVA 2HHXA 1QS4A 2P9SB 1KLMA 1KTQA 4CF9A 3C7NB 4B9QA 1WB9A 1FW6A 4KHQA 5J2MA 5M1PA 1HNZK 3TU5A 5CR4A 4CZMA 3AGRA 3CFRA 2RF2A 4B9VA 1YJWN 3P1GA 4B9LA 1OH8A 1RT1A 2EWSA 3S3OA 3SQ1A 5C10A 4N56A 3SCXA 1X3MA 2IDOA 4E7JA 2WBNA 3AVFA 4CFAA 2P9NB 3VPZA 3EKUA 4B3TK 1LWEA 2I7NA 3W3DA 5I42A 4O8UA 3ISNC 1QQMA 3QLHA 5KGXA 4BRDA 3O80A 4KB0A 1KAZA 4DLGA 4DFKA 3LDPA 5CE3A 1KD1O 1SL0A 3PIOL 1DEJA 3VQ8A 3VGLA 3CCLN 2PYLA 2PYJA 4DKWA 5GAGP 3J8AA 1O1WA 2Q0UA 1C0GA 3LP1A 3QBXA 4LF6K 4TSXA 1P8ZA 2P9KB 4FYDA 2A42A 4IO9L 3SUQA 1GOAA 1K8KA 1K6YA 4BRGA 4DFMA 5J1EA 4CD3A 4PA1A 4FJ5A 4JKFA 4H0VB 1WSEA 1EO1A 3B6OA 3U6FA 5AFUA 3ZX3A 1RBUA 4H0XB 1JKHA 2Q31A 4GV6A 2ZE2A 3B8AX 3ZT0A 3LP2A 4CEQA 4DQ8A 3TAEA 4CK3A 3JXUA 2OTLN 4I9LA 3M8SA 2E2NA 2OCEA 2BANA 1VSLA 1M90O 3SLCA 2Q2RA 2NZTA 3VERA 3AVGA 3AVKA 2O8CA 3VEVA 4JKHA 4KBOA 3SQ2A 2O8EA 3KLEA 1T05A 3KD5E 3KWGA 3AO1A 5HBMA 4FWQA 3ATUA 3CFPA 4KI6A 4ELTA 2VG7A 4AHTA 2Z1JA 3ITHA 4E19A 4BRFA 2F8SA 2V51B 1C1BA 3BZKA 3A5NC 3CG7A 3O4QA 4K0KK 3VGMA 1E4GT 3BDPA 3C65A 1XC3A 4FJMA 5C2FA 1FKOA 1TK8A 3L8BA 4DV0K 5M1OA 4O5BA 2W40A 4MLEA 1ZBHA 4FJHA 1VSHA 1NK4A 1SL2A 4CZEA 4PWDA 1ZBUA 2IOCA 4E1NA 3HYFA 1VHXA 2X6SA 5MLCQ 3OW2M 2NRVA 3ZSZA 4K8ZA 3BP8A 2ZWHA 1NLVA 2IVPA 4C8NA 2P9IB 4M3ZA 3CJ7A 3N4PA 3MN6A 2BDPA 2Q1NA 4IJNA 3K9JA 1VSIA 4LY7A 4DSFA 1U49A 2CGLA 4BC4A 4PL7A 1S9GA 2CGKA 1C0UA 4CD1A 3HVTA 2NRTA 1BIUA 2OZMA 3KHYA 3MEEA 3ZSOA 3CC7N 3QFPA 4KB1A 5E84A 3H1QA 2PFUA 1EX4A 1JCEA 2HMPA 4IWVA 3V4IA 1X9JA 4IJAA 4JKAA 3O6WA 3SQ0A 5F1XA 5BRFA 1Y97A 1BG3A 3OBYA 1T8EA 4FWKA 3VQCA 4ICLA 3AARA 2OYQA 2AJQA 4FWOA 2QWQA 3OYFA 4C1NK 3THXB 4ISEA 5SWMA 1NG9A 1YJ9N 3DJCA 4CEEA 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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