5I9EB

Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
351
Chain Sequence
VAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 4
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
total genus 95
structure length 351
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5i9eB03
4WQ4A 4RTFD 4EAHD 3ZETB 1WOQA 4B1YB 5FPEA 3KZBA 3QMLA 5EOYA 2CGJA 3C0BA 3S41A 1E4FT 1GLEG 3UB5A 3DAWA 4Y0WA 2A40A 3FZMA 4CZIA 5BRHA 4HWIA 3EKSA 5ADXH 2P9SA 1NGCA 3DXMA 5EX5A 3W3DA 4FWPA 3R9PA 3O1WA 4DHYA 4FL9A 3CI5A 3VEVA 1HJOA 5KPRA 3LDOA 2NZTA 4GY2B 1U2VA 1EQYA 3VF4A 3LM9A 4FWKA 3GL1A 2W40A 1K8KB 5AZIB 4IO8A 1LOTB 3VEZA 3AY9A 2E88A 3HBTA 4WQ5C 4CZEA 2YJEA 2HF4A 2V7YA 3IDHA 5AQTA 3WXIA 3GBTA 1DEJA 1KXPA 1CZAN 4RWTA 3ZX3A 1KAZA 3HI0A 4BRQA 3OHRA 3RSEB 3H6EA 5AQGA 1NGIA 1Y64A 5AQUA 1QZ6A 5BPLA 4O5FA 2VCPA 4BRKA 4A2BA 4WQ4C 4YDUA 2IVOA 2E2PA 2OANA 3O5BA 4AM7A 1NMDA 2AA4A 2YI1A 3CJCA 4K25A 1QQMA 3MN9A 5AQWA 2QWLA 5E84A 1S3XA 3D2FA 3VEXA 3M6GA 4A2AA 3EO3A 4H0YB 1NLVA 3O80A 3CJ9A 4H5VA 2YHWA 2DPNA 2QW9A 3A8YA 3B8AX 5AQZA 4M63C 5JLHA 4H5WA 3W0LA 1V4TA 4H5NA 4QS7A 3SK3A 5AQNA 4BC5A 5ELZA 3FZHA 3CJBA 4BC2A 3H46O 4C23A 3VEOA 1BA1A 3LL3A 4H0VB 5AQXA 4BRDA 1SQKA 4PKGA 1OKJA 4BR0A 4DB3A 5AR0A 1NGJA 1NWKA 3U9DA 3WXJA 3TPQA 4CBWA 4CZGA 4J8FA 4BREA 3BUZB 2I7NA 2P9SB 1JCFA 3DXMB 2IVPA 5AQSA 2CGKA 4M7XA 4BGBA 1RDWX 2J4RA 4E1JA 1WUAA 2HF3A 3D2EA 2ASOA 1IJJA 2D1KA 3IUCA 2E2QA 4FWRA 3WEEA 5TKYA 3ZX0A 2BUPA 2FXUA 1YVNA 4M7YA 2NRHA 1BU6O 4WQ5A 4K43A 1NGGA 2FF3B 3AARA 1HKCA 2IIRA 3LDPA 1X3MA 4BR7A 4O8KA 4CJ7A 1NGFA 2A6AA 2KHOA 4CBUA 2QXLA 4NB4A 3QBXA 2QWNA 4ISEA 2P9NA 3VGKA 4PKIA 3C7NA 5AQHA 5LJVA 3SJHA 4BQLA 3A5OC 4CZJA 1YXQA 5BN8A 4BG9A 5E26A 3KHYA 4BG8A 3H1QA 4MO5A 4IJAA 1X9JA 4BRMA 1JCEA 3FZKA 2D0OA 3H1VX 4BR4A 2UYTA 3D2FB 4FWLA 3VGMA 3KVGA 2Q31A 4XH5A 3DXKA 4FWOA 4IJNA 3ZX2A 1C0FA 3VESA 1GLDG 5AFUA 5KQDA 4I6MA 4B9QA 1HX1A 4F9OA 3CJAA 3UKRA 3VOVA 1QQNA 1NGBA 1MDUB 1T6CA 2A41A 3CJ1A 1S22A 4H0PA 4BRFA 3CERA 1G99A 4IXCA 5AQKA 5BN9A 4XH4A 3BP8A 5F0XA 2Q0RA 3L4IA 3SMPA 2PBDA 3VEWA 1TYQB 2CH5A 3D2EB 1NBWA 4H0XB 4Z94A 3WEEB 3EZWA 1C0GA 4MLHA 1TUUA 3VF6A 1IG8A 1H1VA 4BROA 3GDQA 5EVZA 2P9LA 4BR9A 4FWMA 2P9KA 2Q0UA 2P9UA 5AQLA 4DQ8A 2V51B 3WUHA 2YHYA 4JHDA 4WYBA 5EY4A 2ZGZA 5AQYA 2VYPA 2ASPA 1RFQA 2P9PB 1QZ5A 1ZBSA 2P9NB 1XC3A 3C7NB 5AQIA 3ULEB 1BDGA 3MMVA 1Q18A 1QHAA 2GWJA 4A62A 1JCGA 1BG3A 5LY3A 2FSKA 2F9TA 3MDQA 4KBOA 4FO0A 5KPZA 3IMXA 3VPZA 4B1VA 4CZLA 3O1BA 3UKUA 3CIPA 3U8XA 4JD2A 3R8EA 3SMSA 2I7PA 5BPNA 5AQRA 4CD1A 3ATVA 3QFPA 2Q36A 2H3GX 1E4GT 3J8AA 1NM1A 3FZLA 3G25A 3ENHA 3A0IX 3P4IA 4I6MB 3A5LC 2IVNA 3MN7A 1ATSA 1U2VB 5B8HA 3CJ7A 5I9EB 3O4WA 1RGIA 4EHUA 2GUPA 4ISGA 4FWNA 5JMVA 2A3ZA 4H5TA 4NO7A 2P9IA 3DJCA 5BRFA 3GE1A 1HKBA 2ZWHA 2QM1A 3FE1A 4HTLA 2E1ZA 3VF2A 2E20A 4AM6A 5AQFA 3H3OB 4BRLA 1NGDA 4CZFA 4CZKA 3FLCO 2GTDA 4JN4A 1NGAA 4DCHA 3O08A 3RSEA 5AZJA 4H0OA 2FSJA 3LDNA 3U4LA 2QWQA 4BRGA 4BRNA 4BRHA 1X3NA 4B1XB 3CHWA 1HPMA 4EIAA 5AQQA 3HSCA 4BRPA 1GLFO 2YJFA 3WQUA 4GNIA 1DKGD 2HMPA 3O8MA 3U9ZA 1BWFO 1GLJO 1SZ2A 3AAQA 2P9KB 3QICA 3R6MA 2P9UB 1BO5O 4BRCA 2Q1NA 3MN6A 1MA9B 2YHXA 4K42A 4JHDB 3L6QA 1KAXA 3M3ZA 3ID8A 5AQOA 3BEXA 5BREA 4B1UB 2CH6A 2E1YA 3A5NC 4BR5A 4MO4A 2F9WA 1J6ZA 4H5RA 3HTVA 4BR2A 3VERA 5BPMA 1ZXOA 1ESVA 1GLLO 1MWKA 3QBWA 5BRDA 3UKUB 1GLBG 3EN9A 3SLCA 3H45C 4JD2B 1DGKN 2ASMA 2YCHA 2QWOA 3A5MC 4XEIA 1BOTO 5KPTA 4JAXA 4FOEA 5F1XA 3F9MA 1MWMA 1ZC6A 4CI6A 4MLEA 3ATUA 2Q97A 3ZEUA 2ZGYA 2D0PA 4EHTA 4BVPA 2FLOA 1BA0A 2PAVA 5JICA 2NLXA 2P9IB 5F2RA 3WXKA 3ENOA 3VETA 4QS8A 5BR9A 3EL2A 4FSVA 4RCHA 3I8BA 5LJWA 3D7EO 1T6DA 4B1WB 3UE5A 5EXWA 3LDQA 2E8AA 4BVOA 2EWSA 2WUSA 4L3QA 2QWPA 5AQMA 1LCUA 4A61A 4FPBA 5FPNA 5AZJB 3QB0A 2D4WA 3CQXA 3WQTA 3JS6A 4BGAA 2QWMA 1SAZA 1V4SA 1XQSC 3GG4A 3ZETA 3MCPA 5AFUH 1KAYA 3HZ6A 5AQPA 3EKUA 3FZFA 1Z6RA 3QFUA 1U6ZA 3IFRA 4FOIA 3O6WA 3AAPA 2W41A 3FR0A 2E2NA 3BF1A 3VGLA 1YAGA 2ITMA 4CD3A 4B1ZA 3H3NO 4FWSA 1QQOA 3DXKB 4LC9B 1ATRA 5AQJA 2FF6A 2VWBA 3TU5A 1YUWA 1ATNA 3JXUA 2AP1A 2QWRA 1T44A 3M1FA 3FFKB 4PL7A 3LDLA 1R59O 2E2OA 3UKRB 4CZHA 2GELA 3GOIA 5AZIA 1K8KA 4H0TB 5AQVA 2A42A 1XUPO 5KQ8A 4BC3A 3HM8A 4PKHA 5ADXA 4BRAA 5JLFA 3CETA 3LM2A 1BUPA 4FPAA 3MK6A 1Z05A 2GWKA 3CQYA 4IWVA 1P8ZA 1HUXA 4ISFA 3WT0A 2HOEA 1TYQA 1D4XA 3ZEUB 1HLUA 2ZF5O 4BQZA 2GEMA 1NGEA 4QS9A 4EFHA 2Q2RA 2P9LB 3WXLA 1NGHA 1GLAG 1TUYA 4FWQA 3I33A 3VEYA 2V7ZA 4K41A 3FGUA 5CE3A 4PL8A 4IZ9A 2A5XA 4YDUC 2BTFA 4CZMA 2CGLA 3BF3A 4H03B 1GLCG 5FPMA 4JNEA 4XH1A 3MN5A 2FSNA 2P9PA 3L0QA 3VENA 4BRIA 5FPDA 1HKGA 3QDKA 3ULEA 3DWLA 4BC4A 4CBXA 2V52B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WBBA 4DV5K 1E3MA 2HHSA 1WOQA 2A1RA 1YHQN 4LF5K 3SAGA 3QMLA 3LWMA 4GVMA 1GLEG 1T05A 2P5GA 3WNEA 3FZMA 3QNOA 1SV5A 4O8UA 1TAUA 2P9SA 3V1OA 3W3DA 1HMVA 2Y1IA 1T03A 1QHTA 1K73O 4ID5A 3R9PA 4DHYA 3VEVA 5C10A 3JSMA 1HJOA 3TAPA 5CYMA 3LDOA 4ELVA 3P5JA 4KTQA 1RT3A 4IO8A 4CGFA 4E72A 2W6LA 3HBTA 4WQ5C 4FLUA 1N34K 5M1NA 4DV6K 1KQSM 5AQTA 2V7YA 4DU4A 3DLHA 3WXIA 4FK0A 1KXPA 1D8YA 4RWTA 1G15A 2G8IA 1VQ7N 1XWLA 1IH7A 3OHRA 4NLBA 4DV3K 1EP4A 1NGIA 5DM6L 1S9GA 3G4SN 4E7IA 3OVNA 5AQUA 5BPLA 4IDKA 4O5FA 2VCPA 3BDPA 3FFIA 4FVMA 4AHCA 3BGRA 3SYZA 1DTQA 2E2PA 2AA4A 3CJCA 4CJVA 3VTHA 3VEXA 3EO3A 1CZBA 4H0YB 3O80A 2YHWA 3A8YA 2QW9A 5HRNA 3V4IA 1S1UA 4A5AA 3VQ4A 4H5WA 4QS7A 4CJSA 1R0AA 3TAGA 1KLNA 4Z4GA 2XY6A 2QKBA 1SUQA 1B9FA 4BWJA 4DSIA 1WAJA 3LL3A 3HP9A 4PKGA 1K8AO 4JI7K 1Q86O 4IOXA 1LAWA 1NWKA 4H8KA 1CXUA 4RW8A 3NH1A 5C42A 3SZ2A 2BDPA 5AQSA 2W00A 3ZSVA 1VQ9N 2C1GA 4BGBA 4E1JA 1J5OA 1IJJA 2D1KA 3CC4N 1KSPA 3THXA 5GAHP 4XJXA 2OA8A 2FXUA 5GAGP 3LAMA 4K43A 1NGGA 1Z26A 2FF3B 3ID6A 2IIRA 4CGGA 4Y1DA 5J2PA 3O4QA 4O44A 1UWBA 2XY7A 5C2DA 1TKZA 4CBUA 4JS4A 4J2EA 1U47A 1RBVA 2YNGA 3QBXA 4ISEA 4E1MA 4KFBA 2YNIA 1RDAA 5AQHA 3JAMO 3OYIA 3A5OC 1YXQA 4F2RA 5E26A 3KHYA 4BG8A 4BDYA 4MO5A 3KLHA 3SUPA 4KTWA 4Z4EA 4BR4A 1VSDA 2UYTA 1NG9A 4FWLA 4FJJA 2YHAA 2Q31A 4XH5A 1QE1A 4FWOA 5KQDA 4XIUA 2PFUA 3QO9A 3AA2A 4FK2A 3C65A 3CJAA 4RW4A 2UU9K 3OYBA 2KZMA 1MDUB 2A41A 1O13A 3LP0A 3AO4A 1A5VA 2X74A 3VQBA 2BANA 3BY5A 3CERA 5BN9A 3OA9A 2Q0RA 2KTQA 3L4IA 4W5TA 2PBDA 3KWGA 5CYQA 4H0XB 3U6FA 3G6EN 4FW2A 1C0GA 5JVHL 1SKRA 1CZ9A 1NU0A 5FRNA 4CEOA 4CEBA 3VF6A 3G10A 2VGMA 1IG8A 4FJHA 4O5BA 4DLEA 2O8BA 4F4KA 2XHBA 4FJ5A 4FWMA 4DS4A 4CJFA 2NRTA 2ASPA 2P9PB 3QEVA 1ZBSA 2P9NB 3KKSA 2G8UA 1JJ2M 1ASVA 3C7NB 5GAEP 4PQUA 1Q18A 1VSLA 4A62A 3RMBA 3S3NA 4FO0A 5KPZA 4FLVA 1YTUA 1KVCA 5GINA 3VPZA 2QA4N 3UKUA 2HHHK 3CIPA 4JI3K 4JD2A 3R8EA 3SMSA 3CCUN 2Q36A 3K9JA 3T3FA 4CHOA 1NK9A 1OH6A 4M3ZA 3A0IX 4I6MB 3ZT4A 2IVNA 3MN7A 3NF7A 1WSJA 1ATSA 4X62K 3CJ7A 3MWTA 3NAEA 1CXQA 2P9IA 3DJCA 3O9TA 2QM1A 1YJ9N 2E1ZA 4JLHA 4N41A 1BHLA 4CEDA 4Z4CA 3J80O 3KD1E 4CZKA 3V9UA 4JN4A 2HNYA 4KHQA 1F21A 1NGAA 3ZT2A 3OYAA 3O08A 4FJ7A 4GVEA 2EHGA 1X3NA 4B1XB 3D0PA 2X6NA 1HPMA 4CIFA 4O55A 2YJFA 1DKGD 4KHSA 3QEWA 3R6MA 3AAQA 1DLOA 2W42A 2P9UB 1YI2N 4JI0K 2YHXA 1Q81O 3KTQA 4DMNA 1QVGM 5AQOA 3VQ6A 5JENA 4GMJB 4Z4FA 4UY8O 4B1UB 5C2FA 1N32K 4JI6K 1I3AA 1VSFA 3A5NC 4BR5A 3TAFA 1J6ZA 4F3TA 1S1TA 4LFBK 3VQ8A 1ESVA 4DKWA 3EN9A 2OPSA 3H45C 5CZ1A 1Q9YA 2ASMA 3OJSA 3TR8A 3NDKA 4G1QA 3A5MC 4PWDA 1TKXA 5HROA 2YHBA 3S3OA 1QQCA 4FW1A 5HRSA 5AJ3K 3LALA 3F9MA 1MWMA 4E3SA 1ZC6A 4DR7K 4CGDA 3THXB 3HOSA 2Q97A 4BVPA 3T1HK 1BA0A 2PAVA 1C1AA 4KRFA 3WXKA 1NK0A 1NMNA 4QS8A 5BR9A 3SUNA 3CFOA 1T6DA 4B1WB 3UE5A 4B9VA 1LW0A 5EXWA 4BVOA 2EWSA 3RMCA 2QWPA 4C8KA 5AQMA 2KFZA 1KCFA 3CCSN 4A61A 1GOAA 3T1AA 3M8SA 1NKBA 3J7AP 4ID1A 5LMNK 4ZTJA 1SAZA 4B8CA 1RBTA 2P5OA 3DLKA 5AQPA 1NK6A 1Z6RA 3QFUA 4E7LA 4KHUA 1J53A 5I3UA 1X9MA 4CFDA 4FOIA 4OLAA 1D5AA 2YNFA 4KI6A 2F8TA 1EWQA 4LC9B 3CCEN 1QQOA 3VN5A 1A5WA 4CEEA 5AQJA 2IC3A 4NCGA 3TU5A 1YUWA 5HOOA 1VQLN 1HJRA 3OYMA 2E2OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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