5JLFA

Structure of the f-actin-tropomyosin complex (reprocessed)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
367
structure length
366
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
source organism Mus musculus
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 94
structure length 366
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 5jlfA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlfA04
1HKGA 2E1ZA 3GL1A 4AM6A 2D1KA 3A5MC 3VGMA 4NB4A 1E4GT 3KHYA 2I7NA 3HZ6A 4IO8A 4FOEA 3VETA 2IVPA 3SK3A 1DEJA 3QFUA 1GLDG 1BO5O 5F2RA 4BRDA 4RTFD 5ADXH 1ATSA 1WOQA 4BC2A 3VOVA 5AQJA 3A5LC 3FZKA 3H46O 3WEEA 3J8AA 1NGIA 3FZMA 2HMPA 4BR4A 1E4FT 3A5OC 3WXIA 4CBWA 4QS8A 4BC4A 4B1YB 5AQWA 4J8FA 4BRFA 4FWMA 2IVNA 1KXPA 5TKYA 3R6MA 2YJFA 3ZEUB 3AAPA 4BG9A 1G99A 3B8AX 3MN5A 4CZGA 3LDLA 5E26A 3DXMB 4MO4A 3LM9A 2ASMA 4JD2B 2ASPA 1TUYA 3VEVA 4CI6A 4BGAA 3ID8A 2F9WA 3VF2A 3W3DA 5JICA 4IXCA 4YDUC 4CD3A 1C0FA 3LM2A 5BR9A 4FWRA 4BRKA 1S22A 3CJ7A 5BRDA 4FOIA 1ZC6A 4HTLA 5AQVA 5LJVA 3AAQA 2V51B 1NGDA 3VF6A 3ZX2A 1IG8A 5LY3A 3MK6A 3O08A 2ZGZA 2E8AA 3ZEUA 3O80A 3I8BA 4F9OA 5KPZA 5JLFA 5AQXA 1QZ6A 2E88A 3TPQA 3DJCA 4Z94A 4PL8A 3JS6A 2PBDA 4BRCA 3H1QA 4BGBA 4H5WA 5BN9A 2A6AA 2EWSA 1YAGA 3M3ZA 1LCUA 4DB3A 5EY4A 4JAXA 2OANA 3CERA 4BRLA 3QMLA 3VERA 2QXLA 4JHDB 4H0YB 3P4IA 2ASOA 2YJEA 3BUZB 4H5RA 4H5NA 2F9TA 3WQTA 4PL7A 2BTFA 5FPDA 2IIRA 4BRHA 5AQMA 3DWLA 3CJ9A 3VEZA 5BN8A 2A40A 3FLCO 5AQTA 1EQYA 5EX5A 4B9QA 4C23A 3BF1A 4Y0WA 2P9PB 4H0TB 4WQ5C 2CGKA 5EVZA 4DHYA 4BR0A 3ATVA 1BUPA 3QB0A 1U2VB 5AQUA 3MN6A 5FPMA 2Q2RA 1NGCA 4ISFA 3H45C 4XH4A 3R9PA 4CZHA 4B1VA 3VEOA 3MCPA 3HI0A 3LDNA 4JHDA 3GBTA 3MMVA 3UKRB 5BREA 2YCHA 2GUPA 3BF3A 2A41A 5AQHA 1QQOA 3D2FB 2QWOA 2J4RA 2P9LA 2GWJA 4CZLA 3H3NO 3S41A 2P9PA 1P8ZA 1YUWA 4MLHA 3EN9A 3LL3A 3ATUA 2AA4A 2BUPA 2W40A 4HWIA 2YHXA 1TYQB 3VGKA 5KPTA 3EL2A 3CJAA 3W0LA 1U2VA 1NGAA 3CQXA 1X9JA 4H03B 4XH5A 5EXWA 4RCHA 1ZXOA 2QWNA 3ULEA 3FZFA 2ZWHA 5AQQA 4O8KA 3R8EA 4K25A 4BR9A 2E2OA 2E2QA 3GDQA 4MO5A 1BU6O 2Q97A 5AFUA 1U6ZA 1NBWA 1GLJO 4FPAA 3UKRA 1BWFO 4WQ5A 3ZX3A 3TU5A 1QQMA 2V7YA 2FSKA 3D2EB 4BVPA 2FSJA 4BRIA 3D2FA 3QICA 2Q1NA 3UB5A 3QBWA 1QHAA 1XC3A 4FWQA 1R59O 4H0XB 2YHYA 1TYQA 1NGFA 3O1BA 3CIPA 2YI1A 1NMDA 1XUPO 5AQGA 3WQUA 3IFRA 3LDQA 5ADXA 5E84A 2ZF5O 3EKUA 2ITMA 3QBXA 4PKIA 4CD1A 1ZBSA 1HPMA 3MN7A 4M7YA 3HTVA 2FSNA 2D4WA 3D2EA 1HKBA 3SJHA 1IJJA 3IDHA 3SLCA 3C7NB 3DXKB 1MA9B 2CGLA 5KQ8A 3WT0A 2GTDA 1X3MA 4O5FA 3DAWA 3DXMA 2FXUA 4K43A 2QM1A 3ZETB 4CZMA 4BR7A 1NWKA 4JD2A 3FGUA 2P9SB 1ESVA 5AQKA 4GNIA 1ATRA 4CJ7A 3L4IA 2PAVA 4BRMA 3UE5A 2H3GX 4H0PA 5AQNA 2Q0UA 1YXQA 3RSEB 4AM7A 3KZBA 3ENOA 3G25A 2UYTA 4I6MB 4K42A 3LDPA 5LJWA 3M1FA 4M7XA 4H0OA 3U9DA 4BG8A 1J6ZA 1KAXA 3C7NA 4IJAA 4A61A 1NGGA 2E1YA 5AQLA 1ATNA 2A42A 1Z05A 1MWMA 3CJ1A 3FZHA 3L0QA 4WQ4C 1SQKA 3VPZA 4YDUA 2I7PA 1C0GA 2NZTA 3GOIA 5AQRA 4FPBA 2QW9A 3ZETA 2QWPA 5AZJB 4EHUA 4PKGA 4EFHA 4DQ8A 4B1XB 2FLOA 2YHWA 4QS7A 1BOTO 3VESA 1BA0A 3M6GA 4K41A 1LOTB 3RSEA 2A3ZA 4H5VA 5AQOA 3SMSA 3BP8A 2E2NA 2WUSA 3O4WA 4I6MA 2HF4A 4WYBA 3LDOA 1T6DA 3A8YA 5AQIA 5EOYA 1NGJA 4CBUA 4FWSA 3HSCA 4GY2B 4BROA 3VEYA 4BR2A 4XEIA 1HKCA 2QWRA 4RWTA 1RGIA 3L6QA 1GLFO 1GLAG 5BPLA 1SAZA 3IMXA 5BPMA 3VEXA 5AQYA 5CE3A 3GG4A 3WXLA 4B1WB 4BRNA 1V4SA 2P9NB 4BREA 4FWNA 2V52B 3QFPA 1CZAN 2CGJA 1NM1A 5KPRA 4E1JA 4IZ9A 2VWBA 4CBXA 3FFKB 3GE1A 4BRAA 2P9IB 3O1WA 3ZX0A 4WQ4A 3VGLA 4CZIA 1QQNA 2VYPA 1HLUA 5AZIB 3A5NC 4FL9A 3U9ZA 5FPEA 2P9KB 4BR5A 5BPNA 4CZJA 4CZFA 5F1XA 3HM8A 3OHRA 1H1VA 2E20A 2P9UB 3UKUB 1DKGD 1GLCG 2D0PA 3HBTA 2P9NA 3C0BA 4PKHA 4LC9B 2QWMA 3FE1A 3CHWA 4MLEA 3FR0A 3IUCA 4IJNA 5JLHA 2W41A 1MDUB 4NO7A 4BRQA 4FWPA 4QS9A 2P9IA 1XQSC 3WUHA 4L3QA 2VCPA 4FSVA 4FWLA 4ISGA 1GLBG 1K8KB 3CJBA 4IWVA 5AZIA 2QWLA 4BVOA 2P9KA 4BQZA 4JNEA 1RDWX 2A5XA 3EO3A 1YVNA 3SMPA 1D4XA 1Y64A 4A62A 2CH5A 3JXUA 3H6EA 2P9UA 3WXKA 3UKUA 5BRHA 3CJCA 1NGHA 4B1UB 2GWKA 1BA1A 3O8MA 5BRFA 3A0IX 1GLLO 1WUAA 1KAYA 1HJOA 3QDKA 2KHOA 2GEMA 5AQFA 1Z6RA 2FF6A 4H0VB 1BG3A 3CQYA 1X3NA 3FZLA 4M63C 1JCFA 3CI5A 5ELZA 3VF4A 2NLXA 4FWOA 5AQPA 4DCHA 4EAHD 4BRGA 1RFQA 5AQSA 3D7EO 1K8KA 4EIAA 4A2AA 1GLEG 3BEXA 3CETA 5FPNA 3DXKA 2V7ZA 1Q18A 2Q0RA 2NRHA 1MWKA 3O6WA 1S3XA 4XH1A 1NLVA 1T6CA 1BDGA 3AY9A 1SZ2A 3H1VX 2HOEA 3AARA 4BC5A 1V4TA 1OKJA 1JCGA 2QWQA 4B1ZA 3VENA 1T44A 5B8HA 1TUUA 2P9SA 1NGEA 3EZWA 2Q36A 5F0XA 2IVOA 4ISEA 3WXJA 4FWKA 2CH6A 3MN9A 1KAZA 1NGBA 3H3OB 4KBOA 1JCEA 4A2BA 4EHTA 3I33A 3O5BA 2P9LB 3U4LA 1QZ5A 2Q31A 1DGKN 3F9MA 4CZKA 2HF3A 5AQZA 4BC3A 2D0OA 4BRPA 1HX1A 3MDQA 5JMVA 3EKSA 3KVGA 3ULEB 5KQDA 4CZEA 5AR0A 3U8XA 1HUXA 5AZJA 2GELA 3WEEB 3ENHA 4FO0A 5AFUH 2FF3B 5I9EB 3VEWA 4H5TA 2DPNA 2E2PA 2ZGYA 2AP1A 4JN4A 4BQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N34K 3K58A 1EP4A 1S1XA 3G0ZA 1WNSA 2X74A 3A2FA 4B08A 4OPAA 4ELUA 3HZ6A 1RDUA 3WNFA 4ZHRA 1KSPA 1BO5O 3KWIA 4RTFD 5TKWA 4OLBA 2P51A 1TKDA 1VSEA 3LPTA 4DR1K 1TAQA 4DR7K 2VG7A 1U45A 1HPZA 4FJIA 1SUQA 4DF8A 3SQ4A 5C0YA 2P1JA 1IKYA 2HMPA 1T7PA 4WE1A 4B1YB 4KI6A 5AQWA 4BRFA 4FWMA 3CCVN 3K9JA 4DS4A 5TKYA 1NKCA 2PYLA 2HHQA 3ZEUB 3CPEA 2XY7A 4DSIA 1A5WA 3MWPA 4CZGA 4XIUA 3LDLA 2HHVA 4MO4A 2O8FA 4OPKA 3LM9A 2ASMA 5GAHP 3J7ZO 1NKBA 5C42A 4R5PA 4N5SA 5JICA 4AQYK 4IXCA 3T19A 4JKGB 4CVNE 4LH5A 3ZSRA 3OS1A 5BR9A 1CLQA 4BECA 4OKKA 3OJUA 3CJ7A 3MX5A 5BRDA 1NJYA 3TR8A 4AILC 3CCRN 3F9KA 1NK7A 5J2QA 5J2PA 1BI4B 2IS3A 4KB0A 4DFKA 3QLHA 5C10A 3O08A 2ZGZA 1CXUA 5J2NA 2BANA 5AQXA 1HQUA 4NYFA 2PBDA 1WLJA 3C6AA 3R1XA 5BN9A 4CJLA 3VN5A 2A6AA 4CIGA 1YAGA 3ULDA 3HO1A 3AVMA 1LCUA 5EY4A 2OANA 4M3WA 2RF2A 4B9LA 1S5JA 2O8BB 3LAKA 3VERA 3LP2A 1NJZA 4FJ8A 4H0YB 3P4IA 2ASOA 4PL7A 4H5RA 3WQTA 5FPDA 4M3YA 1B9FA 5AQMA 3S3MA 1KLMA 2ITGA 3CJ9A 5AQTA 1EQYA 5EX5A 4M3TA 5I42A 2YNGA 4DHYA 1GOBA 1NK0A 4G9ZA 2HMIA 4BR0A 3K59A 3ZT3A 1VRUA 4KHWA 3DLLL 1OH8A 1U2VB 3MN6A 3RVCA 4CCHA 2ZM6K 2Q2RA 4XH4A 1IH7A 5GIOA 1C0TA 1RBVA 3PY8A 4AH9A 3E1YA 1YIJN 3UKRB 5BREA 2O8DB 5AQHA 1QQOA 4FJMA 4CFDA 2QWOA 1YTAA 4CGGA 3SAHA 2GWJA 1A5XA 4N56A 4MLHA 1UWBA 3ATUA 2W40A 1TYQB 5KPTA 3W0LA 4DTMA 1Q8IA 2Z1GA 4DTUA 3FZFA 2ZWHA 1Q81O 3R8EA 3O3FA 3IAYA 3D6RA 4JKFA 5AFUA 4MFBA 3ZX3A 3TU5A 4FLTA 2FSKA 3D2EB 4BRIA 2OPSA 2LSNA 4A57A 5M1KA 1OVQA 3QBWA 1QHAA 4CF1A 4FZYA 2VWJA 3O1BA 4RW4A 2YI1A 3NH1A 1XUPO 5AQGA 3WQUA 5DM7L 3LDQA 3N4QA 5ADXA 1RDAA 3ZSWA 1KLNA 4CJ5A 4X66K 3PLAA 1JL1A 3DLRA 1WB9A 3HJFA 1S1VA 4JKBA 5SZTA 4E3SA 4O8UA 4FLXA 5C2DA 2HBKA 3DLKA 2F96A 2FSNA 1RT7A 3SLCA 1IJJA 1DTQA 3TAEA 4KTQA 1MA9B 2CGLA 2O8EA 3AVCA 1X3MA 3PO4A 4OJRA 2OTJN 1KRPA 3I56N 2W6LA 4OGEA 4BR7A 4YOXA 3FGUA 2A1RA 1TL3A 4JKDA 4CJ7A 2I5JA 3S3OA 4KH5A 1TK8A 1SKWA 4E7KA 1KQSM 1NKEA 4H0PA 4G1QA 5AQNA 4AM7A 4IDKA 3G25A 2QA4N 4M7XA 4H0OA 3EZ5A 3F5TA 1BI4A 3C7NA 4NLBA 3AV9A 5CR4A 1NGGA 2UU9K 3CJ1A 1SQKA 4YDUA 2I7PA 3E66A 2YNIA 4EHUA 3KLHA 4LF6K 4EFHA 3SQ2A 2YX6A 4FVMA 4KHQA 1C1BA 2FLOA 2YHWA 4QS7A 5CZ1A 1TVRA 4FXDA 1W7AA 4KHUA 4YOUA 3RSEA 1LWCA 2QEXN 4WFAL 1VAZA 1T6DA 1SKRA 4CBUA 3SUOA 4FWSA 3MEDA 3HSCA 4CJFA 4YHHK 1LWFA 4LF9K 4KTZA 4E1NA 1HQEA 1ILYA 3HRGA 3AVAA 1XMOK 5BPLA 3IMXA 3SAFA 3VEXA 3G4SN 1T05A 4QAGA 3J7YP 1OH5A 4BRNA 1X1PA 1QS4A 3L3VA 4BREA 2V52B 1EXQA 3KKRA 2CGJA 4FLUA 4YY3K 2AJQA 3OTOK 3LZIA 3HT3A 1L3TA 2VWBA 3FFKB 2YKMA 4DV4K 4DV2K 4LF5K 1WSJA 4DLEA 3AVLA 2O8DA 2NUBA 4DSLA 5FPEA 1BGXT 2P9KB 3G71N 4EZ6A 3NE6A 3D0PA 4Q5VA 4AHTA 3OHRA 4UY8O 3AVNA 4JI5K 3U3YA 1UOCA 4JI8K 1YHQN 3ENBA 3C0BA 4PKHA 1Q7YO 4DTPA 2YNHA 4CHNA 4IJNA 4AHUA 1RTHA 2YV0X 1S1TA 1T3VA 4LSLA 4CFBA 1YF5L 3O4NA 4CFAA 2VCPA 3MEGA 4ISGA 1GLBG 1JL2A 5AZIA 2QWLA 3LP0A 4JNEA 5GAGP 2UXBK 4PA1A 1W0HA 4A62A 4ILGB 4NCGA 4FK0A 3WXKA 4FLZA 5BRHA 3MEEA 1SL2A 4B1UB 1BA1A 1ITGA 4HTUA 3ZLJA 1WUAA 3QDKA 3CM5A 2GEMA 5AQFA 4CHOA 2FF6A 4M63C 1X3NA 3FZLA 4DQSA 2JWKA 1XNQK 4J2DA 3CI5A 4NCBA 3TAFA 4IOAL 4Y1CA 4BY9C 4BRGA 1K8KA 4EIAA 4A2AA 3CETA 3OYGA 1R0AA 3SPYA 3OS2A 1S3XA 4XH1A 3THYB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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