5ADXH

Cryoem structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
AALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (16-21)TI10 (332-335)TIV6 (98-101)AH2 (79-92)S1 (8-12)TVIII3 (69-72)S13 (176-178)TIV1 (13-16)TII1 (21-24)S3 (29-32)TVIII1 (27-30)TVIII2 (50-53)TIV2 (45-48)TIV3 (61-64)AH1 (56-60)O2 (32-34)S6 (71-72)TI1 (62-65)S5 (66-68)TI3 (171-174)S8 (103-107)AH3 (113-126)TI2 (97-100)TIV7 (108-111)AH13 (359-365)TI14 (351-354)TI12 (349-352)S9 (131-136)AH10 (289-295)AH4 (137-145)TIV8 (156-159)S10 (150-155)TI4 (172-175)AH9 (274-284)S11 (160-166)S12 (169-170)AH6 (203-216)AH5 (182-196)TIV10 (242-245)TI5 (234-237)TVIII5 (220-223)TI7 (301-304)TII2 (306-309)AH11 (309-320)AH7 (223-232)S15 (247-249)S14 (239-241)AH8 (252-262)3H1 (264-266)S16 (297-300)S17 (329-330)TI8 (302-305)TIV11 (303-306)TI11 (334-337)AH12 (337-348)TI13 (350-353)TI16 (353-356)S18 (357-358)TI15 (352-355)TIV4 (71-74)TVIII4 (76-79)S7 (75-76)AH14 (368-374)TI6 (286-289)TI9 (322-325)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural protein
publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN RELATED PROTEIN 1
total genus 92
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxH01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxH02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5adxH03
2W40A 2GUPA 4KBOA 3VGLA 1KAZA 1V4TA 4GNIA 5AQIA 3O1BA 1ZC6A 3CJ7A 4FPAA 4YDUC 3D2EA 4H0OA 4H0TB 4B9QA 4BREA 2P9PA 4PL8A 4CBWA 4EHUA 3TU5A 4I6MA 5AQTA 1QQMA 3ZETA 4AM7A 1NGIA 2Q97A 4FOEA 1E4FT 1GLLO 4FWPA 5AR0A 4K25A 4H0XB 2E2OA 3D2EB 2QWLA 5LJWA 2P9PB 1EQYA 4O8KA 3DWLA 4ISGA 3GL1A 1WOQA 5AQJA 2CH6A 3CI5A 2BTFA 4DHYA 4I6MB 3UKUA 3MN7A 3ZETB 2QXLA 3FZMA 2A40A 3H46O 3BF3A 2I7NA 4CZFA 2V51B 2QWPA 4YDUA 3CQXA 3QICA 2F9TA 1BA1A 3IUCA 2VYPA 3FZHA 4CZJA 1R59O 2V52B 3CHWA 4K42A 1BO5O 2CH5A 3J8AA 3MN5A 2QWMA 3KZBA 3WEEB 2A6AA 3EKSA 4CBXA 4FSVA 2CGJA 1GLAG 1H1VA 1BWFO 2ASMA 1BU6O 3I33A 5B8HA 3ZX2A 3O1WA 5E84A 4BRIA 3FZKA 3HTVA 2NRHA 1QHAA 3EKUA 4XH4A 3IDHA 2QWNA 4A61A 3AARA 2AA4A 4CBUA 1BG3A 3VENA 1HKGA 4B1UB 1YVNA 4BGAA 4BQZA 4BRHA 3H3OB 3QFUA 1Z05A 4H5RA 1KXPA 2GELA 4IXCA 3FLCO 3RSEA 5ADXH 1YXQA 1LOTB 3D7EO 1NGDA 3FR0A 3FZFA 3SK3A 3OHRA 2E1ZA 5AQNA 1TUYA 2Q1NA 4IJAA 2QM1A 2V7YA 4A2AA 4M63C 1NGFA 3MMVA 3WXJA 4H5TA 5AQOA 3RSEB 1JCFA 1NM1A 3A5OC 4BRPA 3F9MA 4FWSA 2HF4A 2D1KA 1ATNA 1D4XA 5AQUA 3JS6A 1XQSC 3UB5A 3ID8A 3O8MA 4B1YB 3B8AX 5AQRA 2YJEA 1ESVA 4BRNA 1Z6RA 5BR9A 3D2FA 5AQQA 5AQYA 3GOIA 3HSCA 3H45C 1Y64A 4BC5A 3CIPA 5BN9A 1RDWX 3VEZA 4AM6A 2ZGZA 2YJFA 4BVPA 1XUPO 3U9DA 3A5NC 3LM9A 1NGHA 3D2FB 1ZBSA 3A5MC 3HZ6A 3P4IA 5BRHA 1T6DA 2YCHA 3L4IA 2VWBA 2P9IA 4C23A 1J6ZA 1NGGA 2A41A 3EZWA 3MDQA 4ISFA 2D0PA 2ITMA 4CZMA 3ZEUB 4Z94A 3O4WA 4RWTA 1HKCA 4H5WA 2QWOA 2DPNA 1NMDA 3WQTA 4CJ7A 5AQVA 1SZ2A 2P9IB 4WQ5C 3SLCA 4JNEA 4XH1A 3WXKA 2OANA 3GBTA 4BRDA 1SQKA 3VGKA 1C0GA 1NGJA 2E2QA 3R8EA 3O6WA 3LDPA 4B1VA 2KHOA 3FGUA 3L0QA 4EHTA 3CJAA 3C0BA 1RGIA 1X9JA 5AQWA 1Q18A 3WT0A 3SMPA 1ATSA 3IMXA 3DXMB 4GY2B 3WQUA 1BUPA 2E8AA 1U2VA 1CZAN 4IWVA 4MLEA 2FXUA 4BROA 4FPBA 3EL2A 1HPMA 2PAVA 4H0PA 4BC4A 5BN8A 2YHXA 1QQNA 2Q2RA 1DKGD 3A5LC 4B1ZA 5LY3A 4A62A 3WEEA 4M7YA 4CZGA 3EN9A 1DGKN 5AQFA 1X3NA 1GLJO 4WQ5A 1U2VB 4K41A 5AFUA 3M6GA 5FPMA 3KVGA 3VEXA 4J8FA 3DJCA 1KAYA 4LC9B 4JD2A 3R6MA 5TKYA 4RTFD 2AP1A 2I7PA 3BUZB 4DB3A 3AAQA 2Q0UA 4B1XB 3VF2A 4BRCA 3TPQA 4JAXA 3HBTA 5KPTA 4BGBA 2IVNA 3A0IX 3UE5A 3LDLA 3CETA 2IVOA 4JD2B 4NO7A 4BR7A 2FSNA 1BOTO 3ATUA 3L6QA 4CZEA 3O5BA 4EIAA 3WUHA 4XEIA 3VEWA 5AQLA 1BA0A 3H1VX 3JXUA 4PKHA 1NGEA 1K8KA 4H0VB 5KQDA 1T6CA 4QS8A 3MN9A 2F9WA 2P9KA 2W41A 4QS9A 3BF1A 3H1QA 5AQMA 3HM8A 5BRFA 3H3NO 1WUAA 2J4RA 4QS7A 5AQHA 1K8KB 3DXKA 4PKIA 1QZ5A 5EY4A 3VERA 3VF6A 4XH5A 4FWLA 2UYTA 4WQ4C 2P9KB 3KHYA 5LJVA 1IJJA 2HOEA 3BEXA 4BC3A 2NZTA 3ATVA 3VOVA 3C7NA 4MLHA 4BG9A 3DXKB 2QWQA 1GLDG 1HLUA 3SMSA 2YHWA 4E1JA 1OKJA 2FSKA 1HUXA 5BPMA 3ZEUA 4M7XA 3U8XA 3C7NB 2P9SA 5EVZA 1GLFO 1QZ6A 3CJCA 2FLOA 5JLHA 2V7ZA 2FF6A 4WQ4A 3R9PA 3QMLA 3GE1A 2GWJA 3ULEA 1RFQA 3I8BA 4BR9A 1MDUB 4H0YB 3O08A 3AY9A 4CD1A 2P9SB 1ZXOA 5F2RA 1V4SA 3DXMA 3A8YA 3CJ1A 4WYBA 2QWRA 4BR2A 4CD3A 4BRGA 1MWMA 3QFPA 3ULEB 3LDNA 2Q31A 3S41A 3MN6A 4RCHA 2YI1A 5I9EB 5F1XA 5EXWA 5ADXA 3UKRA 3QBWA 3CJBA 1G99A 1YAGA 2CGLA 4BRAA 5FPEA 1TYQA 3VEVA 4IO8A 2QW9A 3FFKB 2Q0RA 1XC3A 4FOIA 2YHYA 1KAXA 2HF3A 3FE1A 4FWRA 5AZJA 4ISEA 3CERA 4BC2A 3CJ9A 2FSJA 2Q36A 3UKRB 3LDQA 1JCGA 5AZIA 4JHDA 1X3MA 3VF4A 3SJHA 4IJNA 1TYQB 5ELZA 1T44A 2P9NA 1C0FA 4BQLA 3ENOA 3QB0A 5BREA 3QDKA 5AZJB 3HI0A 3O80A 4EFHA 5FPDA 4L3QA 5AZIB 1YUWA 4A2BA 4JHDB 1GLEG 5EX5A 2A3ZA 5JLFA 2ASPA 2P9NB 5AQPA 1HJOA 4EAHD 4HWIA 2GEMA 3VESA 5EOYA 3QBXA 1LCUA 4JN4A 5BPLA 1P8ZA 3U9ZA 3UKUB 3GG4A 1S22A 1NWKA 2FF3B 3GDQA 3BP8A 3ZX3A 3FZLA 3H6EA 1MA9B 3M3ZA 4BRFA 3LDOA 1HKBA 3MCPA 4K43A 4MO4A 2P9LA 5BPNA 1GLCG 3ENHA 5AQZA 4CZKA 4DQ8A 1E4GT 3LL3A 1IG8A 3G25A 4MO5A 4Y0WA 4CZIA 3ZX0A 5E26A 1JCEA 3IFRA 2VCPA 1NGAA 2EWSA 2A42A 3W0LA 1HX1A 4BRKA 2GTDA 2GWKA 4BR4A 2P9LB 5AQKA 2ASOA 4BRQA 2E2NA 3EO3A 4CZLA 2PBDA 4NB4A 5BRDA 1ATRA 5CE3A 2D0OA 4FL9A 4FWQA 4PKGA 2NLXA 4BRLA 3VETA 2IIRA 5KPRA 4PL7A 3LM2A 1NGBA 4FWKA 2E1YA 4BRMA 5KQ8A 3VGMA 1NLVA 4H5NA 4F9OA 5KPZA 4FO0A 1QQOA 1SAZA 2IVPA 5AFUH 2ZWHA 3AAPA 4FWNA 1DEJA 2H3GX 1MWKA 3VPZA 3W3DA 2A5XA 4H03B 4BG8A 4CZHA 1BDGA 2HMPA 1NGCA 4FWOA 5F0XA 2CGKA 4IZ9A 3DAWA 5JMVA 3M1FA 4FWMA 2E2PA 3MK6A 3VEYA 1U6ZA 2BUPA 2E20A 3VEOA 4H5VA 5JICA 2D4WA 5AQGA 5AQSA 2P9UA 4O5FA 4DCHA 3WXIA 3U4LA 3CQYA 1S3XA 2ZF5O 5FPNA 4CI6A 4BR0A 2ZGYA 4BR5A 1NBWA 4HTLA 4B1WB 5AQXA 1GLBG 3WXLA 1TUUA 2WUSA 2P9UB 4BVOA 2E88A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W40A 4Z4EA 5DMRA 1KAZA 1NMNA 1VSIA 1V4TA 3DYAA 4CEBA 3SQ4A 3D2EA 5EU7A 4CJKA 2PYLA 2I5JA 4FJ7A 3TU5A 5JVGL 1JL2A 1VHXA 4M3YA 3NH0A 4M3UA 2D5RA 4FJGA 1E4FT 1GLLO 2VWKA 5AR0A 4KTQA 4PUOA 4FJ8A 4KV8A 5M1PA 3D2EB 2ZE2A 1VQ8N 2QWLA 3JSMA 1ASWA 3OYIA 1WOQA 4AHTA 1SUQA 2HBJA 3OYDA 2DTUA 3PIOL 4E72A 4YY3K 4GKJK 4AHUA 4F2SA 3U6FA 2V51B 4LD0A 2RHKA 3QICA 3DLHA 3RTVA 2OPQA 3F5TA 3T69A 1R59O 2CH5A 4CGDA 1WSEA 4BACA 3J8AA 2A6AA 2G8WA 1RBVA 4FSVA 1GLAG 3C6UA 1BWFO 4B9LA 4AHSA 4IEIA 4BRIA 2NRHA 1QSSA 1QHAA 3HPGA 4BE1A 5SWMA 2KW4A 1EETA 4NXNK 1IO2A 1VSEA 3AARA 3VQ6A 1HKGA 5JENA 1QSYA 4BGAA 4DU3A 3H3OB 1Z05A 4F3TA 1IBMK 4C1NK 2GELA 2X78A 3RSEA 3FLCO 3CQ8A 4HCCA 2G8FA 4CJEA 3FZFA 3M8SA 2E1ZA 2RPIA 4G1QA 2WOMA 4CGIA 4AILC 4LFBK 4A2AA 2ZQBA 1TGOA 1RT5A 4O4GA 3RSEB 1VAZA 1NM1A 4CJ3A 1HMVA 2HHIA 4HTUA 4I2PA 3PX4A 1XQSC 5KGWA 3O8MA 4JKHA 1BIUA 5CZ1A 3CMEN 1J9AA 1Z6RA 1U04A 1VQNN 5TKWA 3V9UA 3MX5A 3HSCA 3TAMA 1XHZA 1TKXA 2P1JA 4JI5K 3LP0A 1XNRK 2WFBA 4BVPA 3U9DA 3CFOA 3LM9A 1NGHA 5BRHA 3P4IA 2KFNA 1T6DA 3L4IA 4CIGA 5BR8K 1XC9A 2P9IA 1BIZA 3VQCA 3CXCM 1CXQA 3TI0A 4CZMA 2O4IA 3D6RA 1HKCA 1RBTA 2WC9A 4CHZA 2DPNA 1N32K 1NMDA 4CJ5A 4CJ7A 5AQVA 3TTCA 2P9IB 4WQ5C 2HNYA 5C15A 4FK2A 3AVBA 3GBTA 2QXFA 2RN2A 4PY5A 1NGJA 1J5OA 3R8EA 1FK9A 3RMAA 2O8BA 4B1VA 4CJWA 4DTXA 1OVQA 3C0BA 3SMPA 1U2VA 4IWVA 3TAEA 2OTLN 1W7AA 1NKBA 3L2UA 1U4BA 3ZT4A 1VQKN 4OLAA 4BC4A 1HR0K 2Q2RA 2O8BB 4YNQA 1QSLA 5T7BA 4A62A 4DSJA 4I2QA 3K5LA 4BECA 1GLJO 4WQ5A 1U2VB 4Q0BA 1IH7A 3M6GA 2BH1A 4Z4FA 1VSHA 4B9MA 2YNFA 1TL1A 1VSJA 2HHHK 1D8YA 4FJNA 3VF2A 4JI7K 4JAXA 3HBTA 1IKVA 1B9FA 2JWLA 5KPTA 4JI4K 3MEDA 2IVNA 3UE5A 5FRNA 3LDLA 4CESA 3I0RA 4A5BA 3K59A 1BOTO 3ATUA 4CZEA 4EIAA 2IS3A 4XEIA 3PV8A 2PY5A 4Z4HA 4PKHA 4LF6K 4H0VB 5KQDA 4AHCA 4CJ4A 1VQLN 5AQMA 5IT9O 4CVNE 2UU9K 2G8VA 4QS7A 1R0AA 4A5AA 3DXKA 3KWIA 1OH6A 3NH1A 3VQDA 2P5OA 2UYTA 4OKKA 3DLEA 2YKMA 1X9MA 2YNIA 3AVIA 5LJVA 4CEDA 4GMJB 2NZTA 1YIJN 4FJXA 3DXKB 1GLDG 1OKJA 4CK2A 4BE2A 1NU0A 1DT9A 1TVRA 4CHQA 2HBLA 4KH6A 5KRSA 5FLXO 2BANA 2OA8A 1YTAA 4CE9A 2KFZA 2GWJA 4B9UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2W40 A;  4Z4E A;  5DMR A;  1KAZ A;  1NMN A;  1VSI A;  1V4T A;  3DYA A;  4CEB A;  3SQ4 A;  3D2E A;  5EU7 A;  4CJK A;  2PYL A;  2I5J A;  4FJ7 A;  3TU5 A;  5JVG L;  1JL2 A;  1VHX A;  4M3Y A;  3NH0 A;  4M3U A;  2D5R A;  4FJG A;  1E4F T;  1GLL O;  2VWK A;  5AR0 A;  4KTQ A;  4PUO A;  4FJ8 A;  4KV8 A;  5M1P A;  3D2E B;  2ZE2 A;  1VQ8 N;  2QWL A;  3JSM A;  1ASW A;  3OYI A;  1WOQ A;  4AHT A;  1SUQ A;  2HBJ A;  3OYD A;  2DTU A;  3PIO L;  4E72 A;  4YY3 K;  4GKJ K;  4AHU A;  4F2S A;  3U6F A;  2V51 B;  4LD0 A;  2RHK A;  3QIC A;  3DLH A;  3RTV A;  2OPQ A;  3F5T A;  3T69 A;  1R59 O;  2CH5 A;  4CGD A;  1WSE A;  4BAC A;  3J8A A;  2A6A A;  2G8W A;  1RBV A;  4FSV A;  1GLA G;  3C6U A;  1BWF O;  4B9L A;  4AHS A;  4IEI A;  4BRI A;  2NRH A;  1QSS A;  1QHA A;  3HPG A;  4BE1 A;  5SWM A;  2KW4 A;  1EET A;  4NXN K;  1IO2 A;  1VSE A;  3AAR A;  3VQ6 A;  1HKG A;  5JEN A;  1QSY A;  4BGA A;  4DU3 A;  3H3O B;  1Z05 A;  4F3T A;  1IBM K;  4C1N K;  2GEL A;  2X78 A;  3RSE A;  3FLC O;  3CQ8 A;  4HCC A;  2G8F A;  4CJE A;  3FZF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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