5AFUA

Cryo-em structure of dynein tail-dynactin-bicd2n complex
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DYNEIN TAIL
molecule tags Motor protein
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5afuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5afuA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5afuA03
2UYTA 3A5NC 3VF4A 2J4RA 5AQNA 3TU5A 2HMPA 5LJWA 2IVOA 2F9WA 2E88A 4H5WA 3CJ1A 3DAWA 1QZ6A 5AQUA 1YXQA 3WXJA 5AZJA 1U2VA 2ZWHA 4CZLA 3G25A 1SQKA 4H5RA 5JMVA 3VERA 3BEXA 5BPNA 1SZ2A 3M1FA 3MK6A 4J8FA 2Q0UA 3SK3A 1BWFO 2HOEA 3QFUA 4IO8A 3ZX2A 4BC5A 4E1JA 5KQDA 4NO7A 5EVZA 5I9EB 2HF3A 5E84A 3GG4A 2GWJA 1BUPA 3VEVA 2YHXA 2ZGYA 2YJFA 1IJJA 3CJAA 1HPMA 4CBWA 2Q36A 3L4IA 3GOIA 3DXMB 2NZTA 3RSEB 4FWPA 2QWNA 2CGJA 4CZHA 2E20A 1BA0A 3FR0A 1QQNA 5LJVA 5ADXH 4BRMA 4RWTA 4A61A 3SLCA 3QDKA 5AQYA 4BC2A 2VCPA 2OANA 1GLDG 3MN9A 3QB0A 4B1UB 1S3XA 5AQXA 4XH5A 3M6GA 2D4WA 3VEOA 3UKUA 2P9KA 5JLFA 3EKSA 3FFKB 5AQKA 3A0IX 3LDNA 2ASOA 4BR9A 3GDQA 1RGIA 2D0OA 4M63C 1X9JA 3VF6A 2P9SB 3D2EB 1MWMA 3UKRA 4JD2B 4EAHD 4FWNA 1NBWA 1QQMA 5AQHA 5F0XA 3WT0A 4CZFA 2KHOA 2GUPA 2QW9A 4CBXA 4GY2B 1DGKN 4F9OA 4M7XA 4O8KA 3EZWA 3AARA 3HSCA 1H1VA 4IZ9A 4BREA 1E4FT 1GLFO 4IWVA 3FZKA 2CH5A 1GLAG 2P9LA 4I6MB 4C23A 4BVOA 3DXKB 1BU6O 5EXWA 2QWPA 3I8BA 4H0OA 3CJ9A 3MMVA 2CGLA 1ZBSA 4H0XB 3C7NA 1TUYA 4BROA 3IMXA 3GBTA 4H03B 2I7NA 4FWMA 1KAYA 4K41A 5AZIA 5TKYA 3ULEB 3CI5A 3A5OC 4BRCA 4EFHA 3IFRA 3LDPA 2YHWA 4BG9A 1EQYA 1GLEG 4EHUA 1V4TA 2GEMA 3FZFA 5ELZA 3EL2A 3I33A 5BRDA 3UB5A 3B8AX 4HTLA 4IJNA 3ZETA 4WQ4C 3OHRA 4ISEA 4NB4A 1BG3A 1TYQA 5EX5A 4EHTA 3C0BA 3QBXA 4H0YB 3FE1A 4WYBA 4JHDA 1ZXOA 1K8KA 3TPQA 4JNEA 4BGBA 1GLLO 1U6ZA 3VEYA 2ASMA 3WEEB 3L6QA 4B9QA 1ESVA 4PL8A 3VGKA 1HX1A 2YI1A 2A40A 3S41A 2QWOA 1WOQA 4Y0WA 4H0TB 3DJCA 3H6EA 3O1BA 4MLHA 2E2QA 2P9IB 1NGGA 1SAZA 3BF1A 3FGUA 5BN8A 4RCHA 4CD1A 5JLHA 4BG8A 5AQPA 4PL7A 2H3GX 4BC3A 2QWMA 1MDUB 3WXKA 1NGHA 5AQLA 2W40A 3M3ZA 4FO0A 3O80A 4ISFA 2P9UB 1V4SA 5KPZA 5ADXA 5AFUH 4BQZA 2E1ZA 2D1KA 5EY4A 2P9NB 5AQFA 1WUAA 4AM7A 3JXUA 1KAXA 4HWIA 2VWBA 4LC9B 2CGKA 3H3OB 3CIPA 3LDLA 3VEZA 4A2BA 4DHYA 4RTFD 4BR0A 1BDGA 2I7PA 3FZMA 3CHWA 5EOYA 1NGIA 3WXIA 3VENA 2D0PA 3ZEUB 4BR4A 4CZGA 3QICA 4B1WB 2FF6A 2V52B 4IJAA 2P9PA 1YVNA 3U4LA 4H5VA 2E1YA 2FSKA 1DKGD 1GLBG 4BC4A 4FPAA 3A8YA 4BRAA 3BP8A 1MWKA 2BTFA 4AM6A 3D2FA 5BRHA 5BN9A 4FWOA 3LM9A 5FPNA 3FLCO 4H5TA 5AQGA 5BRFA 4K42A 1LCUA 2BUPA 3CETA 3VETA 4JN4A 2IIRA 2HF4A 2FF3B 3VOVA 1OKJA 4CBUA 3ZX0A 4BQLA 5CE3A 4BRIA 2FSJA 2ZF5O 3ATUA 1X3NA 4CZJA 3WQTA 4K43A 3VEWA 5AZJB 4QS7A 1U2VB 3R6MA 4K25A 3LM2A 3MCPA 4CI6A 1NGCA 1HKBA 3MN7A 5AQJA 2ASPA 3DXMA 3LDQA 3RSEA 1RDWX 3U9DA 5AQQA 4H0PA 3H45C 3WUHA 4H5NA 3SJHA 1XC3A 4PKIA 1NLVA 4FOEA 4BRNA 5B8HA 4BRHA 2V7YA 5AQZA 5KPTA 2E2OA 4XH1A 1IG8A 4MO4A 4BRDA 1G99A 1Y64A 4M7YA 1BOTO 3U9ZA 2YCHA 2E2NA 2A3ZA 2PBDA 3DWLA 2A5XA 3KVGA 4B1VA 1ATSA 4QS9A 3H1VX 2E8AA 2P9SA 3A5MC 3D2EA 3ZX3A 2QWRA 1YUWA 1KAZA 3O6WA 3O8MA 4FPBA 4JD2A 1XQSC 5BREA 3UKUB 2P9KB 1Q18A 3LL3A 1C0GA 1JCFA 1QQOA 1X3MA 4EIAA 3A5LC 2FSNA 3IDHA 3EN9A 4FWQA 4B1ZA 4L3QA 2E2PA 1R59O 3D7EO 1JCEA 3CQXA 5KQ8A 3UKRB 1NGDA 5F1XA 5BPLA 4I6MA 4WQ4A 2Q1NA 3LDOA 3MN6A 3DXKA 3W0LA 1RFQA 1S22A 5AQSA 4FOIA 3GE1A 4FL9A 5KPRA 4BR5A 4FWLA 4BRKA 5AFUA 1KXPA 4BGAA 3QMLA 1GLJO 1QHAA 4IXCA 5BR9A 5JICA 2P9LB 1BO5O 3ULEA 4XH4A 1ATNA 3VPZA 4YDUC 4CZMA 2YJEA 5AQIA 3SMSA 4BRGA 3CJBA 3C7NB 3AY9A 1NGBA 3FZHA 5AZIB 3CQYA 4H0VB 2FXUA 1T6DA 2QM1A 4A2AA 3F9MA 1NGAA 1Z6RA 2A6AA 3JS6A 4KBOA 5FPMA 3VGLA 3QBWA 3CJ7A 1NGEA 4PKGA 3ID8A 4JAXA 1T6CA 3J8AA 1ATRA 2GELA 2A42A 3U8XA 4CJ7A 2VYPA 3MN5A 4BRQA 4BVPA 1NWKA 2ITMA 4FWKA 3ATVA 3ENHA 3ZETB 4CZKA 3CERA 5AQMA 4MO5A 1NMDA 4MLEA 1HJOA 1TYQB 2FLOA 3HTVA 3WEEA 3FZLA 4YDUA 3R9PA 2V7ZA 4DCHA 3O08A 2DPNA 2W41A 5AQOA 5FPDA 2AA4A 3H3NO 4JHDB 1Z05A 1K8KB 4BRLA 4DQ8A 1ZC6A 3O1WA 1CZAN 1HUXA 2PAVA 3HM8A 4CD3A 4B1XB 2Q0RA 5AQWA 3GL1A 2P9IA 1HLUA 4XEIA 3KZBA 3L0QA 3IUCA 2IVNA 1HKCA 4FSVA 1NGFA 4FWRA 3HBTA 2GTDA 3SMPA 2Q97A 3HZ6A 3R8EA 3O5BA 1JCGA 5AR0A 4GNIA 1YAGA 2QWQA 3EO3A 3AAQA 4WQ5C 3VF2A 2A41A 2QXLA 2P9UA 2Q31A 4BRFA 3BUZB 3H1QA 5AQTA 3EKUA 3WXLA 1TUUA 2V51B 4ISGA 2P9NA 2F9TA 2GWKA 1J6ZA 1NM1A 4BRPA 3P4IA 1NGJA 3H46O 1DEJA 1C0FA 1D4XA 2Q2RA 3W3DA 4Z94A 3BF3A 2ZGZA 3CJCA 4CZIA 4PKHA 1LOTB 4A62A 3HI0A 2CH6A 3MDQA 3KHYA 2IVPA 5AQRA 5FPEA 3ZEUA 2WUSA 3VEXA 3WQUA 1BA1A 3VESA 2NRHA 1XUPO 3ENOA 2NLXA 4WQ5A 5LY3A 1QZ5A 5AQVA 3AAPA 1P8ZA 1MA9B 2YHYA 3O4WA 2EWSA 1GLCG 2AP1A 4DB3A 5E26A 4O5FA 3VGMA 2P9PB 4CZEA 3QFPA 5F2RA 1HKGA 4BR2A 3UE5A 5BPMA 4B1YB 1T44A 4QS8A 3D2FB 4FWSA 1E4GT 2QWLA 4BR7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JYTA 3HSTB 1WBDA 3IAYA 2OZMA 3BY5A 2YKMA 3SAFA 3V6DA 1SKWA 2E88A 4M3TA 1Q8IA 3DAWA 1HQUA 4DQSA 2JWKA 2G8UA 3I55N 1HNXK 1U2VA 4GV6A 3AA4A 4CZLA 5I3UA 1QS4A 4Z4FA 3MK6A 1VRTA 3M1FA 4CGHA 4OKEA 1HJRA 3SQ2A 3G4SN 4CESA 2E6MA 1BWFO 4BC5A 2I5JA 4JEPA 4E1JA 1NJIO 3THYA 4KTQA 1EXQA 4PY5A 3GG4A 1UA0A 2GWJA 3SZ2A 1D9DA 3VEVA 3VQPA 2YHXA 1IJJA 1HPMA 4C1NI 4CBWA 3GOIA 3O3FA 3DXMB 3KD5E 3RWUA 3KLFA 4DTMA 1RDDA 2QK9A 4FJ7A 1KLNA 3LDSA 4DTOA 1XNQK 1WAJA 4KH4A 1W0HA 1NK0A 5KGXA 3AO4A 1N6QA 2W6LA 2D4WA 4HUGA 3K5MA 5GAHP 4BDPA 1RT3A 3UKUA 4E19A 4E7IA 3D2EB 1MWMA 3UKRA 1X1PA 4JD2B 1QQMA 3QLHA 3G10A 1CXQA 4YFUA 3HM9A 3VQBA 3WT0A 2HVIA 4FJJA 1W7AA 2QW9A 4CBXA 2RF2A 4GY2B 1DGKN 1WSGA 4RG8A 4O8KA 3EZWA 4BREA 1GLFO 4CJ5A 4CHQA 1BGXT 1QHTA 1TVRA 2CGLA 3C7NA 1TUYA 4BROA 3IMXA 2KZMA 4O0JA 4H03B 2I7NA 3S9HA 1KAYA 2UUBK 1QVFM 5CYQA 1NJXA 4R5PA 1VSKA 4DTNA 3LDPA 2VGMA 1VSEA 3KLIA 1EQYA 4EHUA 2GBZA 1V4TA 3OYDA 3CYGA 2OPPA 4NCBA 5ELZA 2VG7A 3UB5A 3ZETA 4HTLA 2QA4N 4DTUA 2WC9A 4M3XA 3AO5A 3LP2A 4WQ4C 3OHRA 1Q9XA 5EX5A 1DLOA 2WOMA 3QBXA 3DRSA 1VQ5N 4FJIA 4JHDA 5HRNA 4JNEA 4BGBA 1NK4A 3VEYA 2ASMA 3HVTA 2HHQA 2GX9A 1ASUA 1VQ9N 3S41A 3PX0A 2QWOA 3K5OA 4DSJA 1C1CA 1WOQA 4DSLA 3KD1E 3H6EA 4FW2A 5GINA 4B9NA 1NGGA 4CE9A 4BWJA 3OJUA 4Y1DA 4I9QA 4ICLA 1HYZA 3ZCMA 2ZD1A 1BIUA 4FJXA 1NK9A 3M3ZA 3BDPA 1V4SA 4NXNK 1RDCA 4FK4A 5ADXA 3MX2A 4BQZA 2C1IA 1QE1A 3VTHA 4NYNA 2P9NB 5AQFA 1O13A 4AM7A 1FKOA 4JI8K 4JLHA 3VA3A 1IKVA 4YOVA 2CGKA 3CIPA 4IOCL 3L2QA 4FYDA 4IEEA 3G71N 2I7PA 3FZMA 4JI6K 3OS1A 1ILYA 1BCOA 3E1YA 5FLXO 1OVQA 4B1WB 4CEEA 4JKDA 3U4LA 1ITGA 3N4PA 3E9LA 4N47A 4BC4A 4FPAA 3HO1A 3OYLA 1D9FA 1L3TA 3DOKA 3HL8A 1B9DA 4AQYK 2IDOA 5BN9A 1VSFA 3LM9A 2NRXA 3B6OA 1KVAA 4XIUA 1TK5A 1JL2A 4DFMA 1IKWA 3ID6A 3HRGA 2OYQA 3SUNA 5AQGA 1HMVA 4OPJA 1YHQN 3HOSA 4CJQA 4K42A 4OLBA 3BGRA 2IIRA 3AVNA 2FF3B 2D0CA 1OKJA 4JRPA 4KHUA 1VK0A 3CM6A 4JKEA 4B3MK 3TABA 3M8RA 4B3TK 3NAEA 4AHRA 4CFBA 5JENA 3R6MA 4JKHA 3LDQA 4JI7K 1RDWX 4M3UA 3P1GA 4E1NA 3OYGA 4C8NA 3WNGA 4H5NA 4KFBA 3PO5A 1NMNA 1XC3A 4BE1A 4JS5A 2E2OA 1EWQA 1KFDA 1NK6A 4KHQA 2P1JA 1JLEA 3U9ZA 3T3FA 1T03A 4I7FA 3ZSVA 5GAGP 5HRSA 2IGIA 2YCHA 4DFKA 2PBDA 3DWLA 2A5XA 3KVGA 4LFBK 2HMIA 1ATSA 1L3SA 2X6NA 4QS9A 2E8AA 2P9SA 4FLZA 1YUWA 1HR0K 3O8MA 4FPBA 1J9AA 3TSUA 2P9KB 4OKJA 3LL3A 1C0GA 1JCFA 4EIAA 4EZ9A 3IDHA 4FWQA 1HQEA 3ZYYX 4DV4K 3J81O 4CECA 2E2PA 4CJFA 4FJMA 1JCEA 4LFCK 2PFUA 2OZSA 1S6QA 1NKBA 1XWLA 5BPLA 4I6MA 4ID5A 2FBYA 1QVGM 4C1NK 1VQPN 4Z4HA 5AQSA 3QO9A 4FOIA 3TAGA 1S5JA 4BRKA 1MU2A 4CJRA 1QHAA 5JICA 3NVKA 1WNSA 4XH4A 3L8BA 4Q5VA 2HSTA 4YDUC 4CZMA 5I42A 3SMSA 5KTQA 1QSSA 4Z4IA 1JLFA 2O8DB 4CK3A 4H0VB 4B3RK 3LANA 4A57A 4WFNL 1NGAA 1J54A 4CGJA 3VQ5A 3THWA 4YOWA 4CEFA 1EKEA 3L3UA 4PKGA 1C0UA 4OPKA 1T6CA 4E89A 3J8AA 2BANA 2GELA 2A42A 2IOCA 4DS4A 3MN5A 2ITMA 1R0AA 2DFFA 4CZKA 3CERA 2VQEK 4BDYA 2ZJRL 4AF1A 3O08A 1JLGA 2W41A 4F3TA 3C95A 2AA4A 2YNFA 5JS1A 2ZM6K 2XY5A 1CZAN 1HUXA 4J2BA 3OA9A 4XEIA 3L0QA 4KHNA 2IVNA 3Q7CA 4FSVA 4FWRA 3T19A 3NGYA 3QEIA 4DKWA 4DQIA 1X9SA 1I3AA 3EO3A 3VF2A 3C6AA 3E66A 3DLEA 2A41A 2QXLA 2P9UA 4BRFA 2C1GA 4Y1CA 4BECA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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