5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
molecule tags Contractile protein/transferase
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords Actin
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
2FSKA 2AP1A 2IVOA 2AA4A 1SZ2A 2YJEA 4AM7A 3VF4A 5JLFA 3WUHA 2GWJA 2A41A 3A5LC 2P9LA 3AAPA 3R8EA 3WXLA 4PKHA 3VEYA 3FZFA 5AR0A 1HJOA 3BEXA 4CZMA 3TPQA 3AY9A 5EX5A 1TYQA 1RDWX 4K41A 1K8KA 3H46O 2FSNA 5AQXA 3HTVA 4CZHA 4BRCA 3LDNA 4BR4A 4BRHA 2Q2RA 1HX1A 4YDUA 3IFRA 3EL2A 1BWFO 1R59O 4H5TA 2QXLA 4XH5A 4FPAA 1T44A 4BRQA 3CETA 3O4WA 4BRIA 1QZ6A 1MWMA 2ZGZA 3MN9A 5AQGA 3VGLA 5AQWA 3VOVA 2QWRA 4IO8A 3FZKA 4JNEA 3EKUA 4BRDA 1T6DA 1NGAA 4BC3A 4FL9A 3BUZB 4JHDA 1Z05A 1BA1A 2P9PB 5AQSA 4EAHD 3O80A 3EZWA 3ZETA 3VEZA 3DXKA 2FF6A 1BG3A 3GG4A 3U9DA 4EIAA 3D2FA 1X9JA 1NGDA 3C7NA 2I7NA 3VF2A 3SLCA 1NGEA 4BG8A 4CD1A 5B8HA 1JCFA 4FWRA 3D2EA 4QS9A 3FE1A 4JD2A 2E20A 1XQSC 2NLXA 4WQ5A 2Q97A 2YHWA 3F9MA 3VENA 3UKUA 4CZKA 4Y0WA 4MLEA 3FR0A 4H03B 2FLOA 4PKGA 1QZ5A 4RTFD 3S41A 2Q0UA 2FF3B 1G99A 3A5NC 3A5OC 3EKSA 3ID8A 5AQKA 3MDQA 5TKYA 4EHUA 1LOTB 3IMXA 3LM2A 5AQYA 3QB0A 3VETA 3VGMA 3WQTA 3HSCA 5AQMA 4BR0A 3H3NO 4FOIA 3KVGA 3ENHA 2QWQA 3M6GA 4BRLA 1EQYA 4CJ7A 5BR9A 4F9OA 2A40A 3CJAA 4BC5A 3VEVA 2ITMA 4CZGA 1NM1A 3JXUA 5AQVA 4E1JA 2E1ZA 2QM1A 1GLAG 3CQYA 3HBTA 3BF3A 1MA9B 1KAZA 4QS8A 3FZMA 4B1XB 4CI6A 3ATUA 1Q18A 1NGFA 5BPNA 1QHAA 1TUUA 3R6MA 2GELA 4FSVA 1NBWA 1GLEG 4BQZA 1JCGA 4FWQA 4IWVA 3SMSA 5AQIA 3H6EA 4FWLA 4ISFA 2E2OA 5EVZA 1NGBA 5I9EB 5AFUH 5FPEA 1RGIA 3VGKA 1YXQA 4BRNA 3C0BA 2J4RA 2BTFA 3D7EO 4BVPA 5AFUA 3DXMA 3IUCA 1HKBA 3SK3A 1GLFO 1WUAA 4RWTA 3SJHA 3BF1A 3VERA 2UYTA 2IVNA 3H45C 2A3ZA 3ZEUA 1QQMA 5BRFA 2YHXA 4Z94A 4M7YA 2E2NA 2P9PA 4EHTA 2EWSA 2A6AA 1NGIA 2A42A 2F9WA 2YJFA 4ISEA 3ENOA 2QWOA 5E26A 2D4WA 3L6QA 3O1WA 3WEEB 4WYBA 5AQOA 2P9UA 1XUPO 4GY2B 3UKRA 4BR9A 1NGCA 4H5VA 1KAXA 5AQPA 4A61A 3U9ZA 4DB3A 3LL3A 1NWKA 1NLVA 3LDQA 3FZHA 3ZX3A 4AM6A 2W40A 4KBOA 2P9NB 1YAGA 3WT0A 1P8ZA 4BRKA 3QBWA 3MK6A 2P9KB 5E84A 3CJCA 1NGGA 2A5XA 4PL7A 3WXKA 4H5WA 3LDLA 5AQJA 3U8XA 2ASPA 3TU5A 2ZWHA 4K43A 4HTLA 2HF4A 1RFQA 5BN9A 3ULEB 5FPMA 1E4GT 1BDGA 2D0PA 4WQ4C 2ASOA 5AQRA 1ATSA 3WQUA 3R9PA 2P9SB 1BOTO 1ATRA 1X3MA 1Y64A 4HWIA 3U4LA 3QBXA 4IXCA 3L4IA 2BUPA 5AQNA 5AZJA 4A2BA 3MN5A 4L3QA 2OANA 5AQFA 2QWPA 3VESA 2D0OA 4BC4A 2CH6A 3O6WA 4H5RA 2YHYA 2HOEA 2P9LB 2WUSA 3HZ6A 1V4TA 3MMVA 4O8KA 2GEMA 1S22A 3LM9A 2V7YA 4PKIA 1DGKN 1DKGD 2DPNA 3P4IA 4BVOA 1XC3A 2Q36A 4MO5A 1J6ZA 4A2AA 2ZGYA 3VEXA 5F0XA 4XH1A 3MN6A 2V51B 4H0PA 3FZLA 1C0GA 3EO3A 1IG8A 5JICA 2W41A 3A8YA 3A5MC 5JLHA 3CJ7A 4BRGA 5BPMA 3OHRA 1HLUA 4XEIA 4FWMA 4B1WB 3GOIA 4BGAA 3L0QA 4A62A 2E8AA 3UE5A 3UB5A 4CBUA 3CIPA 3J8AA 3MN7A 4JAXA 3CERA 1SAZA 4H0XB 5CE3A 5AZIB 3WEEA 4GNIA 4CZLA 2V52B 4CD3A 3ZX2A 5BREA 1HKCA 3QFUA 3KZBA 3O1BA 1DEJA 4FPBA 1MDUB 1MWKA 3I8BA 4FWPA 3UKUB 2P9NA 1YUWA 4YDUC 3CJ9A 2F9TA 4B1YB 2E2QA 2Q31A 2QWLA 3GDQA 5AQLA 1GLDG 3WXJA 1ZC6A 1QQOA 3VF6A 4PL8A 1SQKA 3ULEA 2IIRA 2QWMA 4K42A 2HMPA 1U2VB 2P9SA 1NGJA 4BG9A 1NGHA 2P9IB 4XH4A 3GL1A 4QS7A 4BR2A 4B1ZA 2ASMA 2KHOA 1CZAN 3H1VX 2Q1NA 2ZF5O 4I6MB 5AQTA 4BRMA 5FPDA 1T6CA 4FWOA 4IJNA 3SMPA 1V4SA 3A0IX 3W0LA 2I7PA 2H3GX 3HI0A 1Z6RA 3CJBA 3QICA 4FWNA 1BO5O 1WOQA 2CH5A 2CGKA 4WQ5C 5FPNA 3VPZA 1X3NA 3VEOA 1E4FT 2CGLA 4B1VA 4FOEA 3AAQA 3G25A 3EN9A 2Q0RA 4H0YB 5AQZA 4B1UB 2NZTA 5BN8A 2QW9A 3B8AX 2VWBA 1JCEA 3H1QA 2NRHA 3QMLA 3DXMB 3DJCA 1KXPA 4H0VB 1YVNA 3M1FA 3RSEB 4FWKA 1NMDA 2VCPA 3MCPA 4LC9B 3KHYA 5LJWA 3I33A 3ZEUB 3GE1A 4CZJA 3ATVA 4IZ9A 3FLCO 3QFPA 4H0TB 2E1YA 1ATNA 4DCHA 4H5NA 4IJAA 2E88A 4RCHA 1OKJA 5KQ8A 1ZBSA 4FWSA 5AZIA 4CBWA 1TYQB 1LCUA 1K8KB 3VEWA 4J8FA 2P9UB 3UKRB 4ISGA 3H3OB 4JN4A 2E2PA 4C23A 4M7XA 2GUPA 3FFKB 3JS6A 1HKGA 4H0OA 3O5BA 5EXWA 2HF3A 2V7ZA 4BGBA 1QQNA 3FGUA 4BRPA 4NO7A 2PBDA 4EFHA 4CZIA 1HPMA 1S3XA 2YI1A 5ELZA 4DHYA 1GLBG 3HM8A 3LDOA 5KPZA 2FSJA 5KQDA 4DQ8A 4JHDB 5ADXH 5AQHA 4WQ4A 5BRHA 1BU6O 1KAYA 3O8MA 3ZETB 4NB4A 4CBXA 3DXKB 4K25A 4BRAA 1IJJA 4MO4A 3WXIA 4BR5A 3GBTA 4CZFA 5ADXA 3O08A 1U2VA 1BUPA 3D2FB 2P9IA 2CGJA 3C7NB 1ZXOA 5EOYA 3W3DA 3BP8A 5F1XA 1C0FA 4FO0A 5AZJB 4I6MA 3D2EB 4BC2A 1U6ZA 4JD2B 2VYPA 4MLHA 5KPTA 2QWNA 5BRDA 3ZX0A 4CZEA 3LDPA 1HUXA 3AARA 4O5FA 2P9KA 5AQQA 3CHWA 4M63C 4B9QA 5F2RA 3M3ZA 5BPLA 1GLJO 3IDHA 2FXUA 5KPRA 1D4XA 1TUYA 2D1KA 1ESVA 2YCHA 5LY3A 3CJ1A 1H1VA 2IVPA 2PAVA 2GWKA 4BQLA 3CI5A 4BR7A 4BRFA 4BREA 3DWLA 5AQUA 5JMVA 3CQXA 4BROA 3RSEA 5EY4A 1GLLO 5LJVA 1BA0A 3DAWA 1GLCG 3QDKA 2GTDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVOA 2AP1A 2AA4A 2NUBA 3BZCA 5GADP 3VF4A 4LY7A 3WUHA 3M8SA 1EX4A 2RHKA 5CZ1A 4DU4A 3C6UA 4NCGA 1IO2A 3FZFA 4RW4A 3BEXA 1TYQA 1RDWX 4CF0A 3ZCMA 1T8EA 1RTDA 3T1YK 4BRCA 3IS9A 3LDNA 4TSXA 3TAPA 3ASMA 1B9FA 2DFEA 1R59O 4BRQA 2O8FB 4BRIA 1T44A 2NRRA 3VMFB 1JLEA 1QZ6A 4NCBA 2QKKA 4IEEA 5AQWA 3OYNA 1VQNN 4KKOA 3TARA 2D0AA 4FL9A 4JHDA 4LH4A 1Z05A 4EAHD 1NMNA 3HJFA 1NOZA 3VEZA 5FROA 3OYBA 3U9DA 3D2FA 4BDPA 4B9TA 1X9JA 1NGDA 2I7NA 3VF2A 1N32K 3J7ZO 4CD1A 5B8HA 4FWRA 1NG9A 3NGYA 4DSKA 3ZSVA 1U48A 1XQSC 4M3YA 1WSHA 3WNGA 4PWDA 1QHTA 2Q97A 3UKUA 4Y0WA 5GIOA 2FLOA 3S41A 5HOOA 1G99A 1WLJA 3A5OC 4CJWA 5TKWA 1S1VA 3QO9A 3MDQA 1YVUA 1LOTB 4BWJA 3QB0A 4CJTA 1NU0A 3HSCA 4IFVA 1A5XA 5AQMA 4BR0A 3V81A 1KD1O 2QWQA 3M6GA 4K0KK 2A40A 3CJAA 3DLKA 4OKKA 4KH5A 2ITMA 3OS2A 4FK2A 2GV9A 4X64K 2BDPA 1GLAG 1LWFA 4CGFA 1MA9B 4B1XB 1Q18A 5BPNA 1QHAA 3PIOL 2GELA 4DFJA 4J2DA 4IG3A 2KW4A 5FDLA 2PY5A 2KKZA 4W5OA 1GLEG 4CJ5A 4BQZA 3LP2A 1GOCA 3H6EA 3K2PA 2E2OA 1NGBA 3SQ1A 3CM6A 1RGIA 5T7BA 1YXQA 4KH4A 4BRNA 4WFBL 3VQBA 1HNVA 2QK9A 2VQEK 4JYAK 1HKBA 3O9SA 4QAGA 3SJHA 3BF1A 3ZYYX 1D9FA 2IVNA 4DQRA 4CF8A 1SS6A 4DTRA 1QQMA 1WSEA 4Z94A 4HUGA 3K59A 4M7YA 2E2NA 4CEOA 2A6AA 3R3LA 2OPRA 4KV8A 4FJ5A 1LWCA 4DR1K 4FJHA 4CEBA 4JKEA 1EWQA 3K58A 1FXXA 1UWBA 4WYBA 2P9UA 3QEPA 3C6HA 4FZYA 1KAXA 5J2NA 4IDKA 3U9ZA 1NLVA 3D45A 3FZHA 4E89A 4KREA 1XMOK 4AM6A 3V9WA 4X62K 3WT0A 4V19S 3LWLA 3QIOA 2P9KB 4N47A 5E84A 1NGGA 2HBKA 3LDLA 4FM2A 2ZJPL 3TU5A 3THWA 2ZWHA 4K43A 3ALYA 4M3RA 1BI4A 1E4GT 4M3WA 4IOXA 1QSSA 2Z1HA 3K5LA 4YOTA 1RDBA 2IC3A 1HRHA 2VGNA 4HWIA 1HR0K 3U4LA 4LF6K 4IXCA 4CEEA 4JKFA 1RDUA 4DTPA 4H5RA 5EU7A 1X9SA 2YHYA 3NGZA 2G8WA 2P9LB 5HP1A 2KFNA 3HZ6A 1QS4A 3DLEA 5HRRA 4CHNA 4ILGB 2V7YA 2OPQA 3AGRA 4DG1A 1DKGD 1L3TA 4CEZA 1S1XA 4BVOA 1RBSA 4DMNA 4DLGA 3JYTA 1VSJA 4J2EA 3SYZA 3NH0A 1QSLA 3M8RA 3L2VA 1U49A 3QLHA 2DFFA 3MN6A 2V51B 1N33K 4A5BA 4CJRA 4DTSA 5JLHA 1EO1A 2NRXA 5BPMA 1VSDA 4YOUA 1A5WA 4CJQA 2JLEA 4Z4CA 2PFUA 4DTOA 3GOIA 4CIEA 3L0QA 3ISNC 2E8AA 1CZ9A 3E9LA 3ZSQA 4OLBA 3UB5A 3CIPA 3CCMN 3S3MA 1NKCA 2EX3A 5CE3A 2HVHA 4GNIA 4CZLA 1HKCA 4ZHRA 1VQON 3KZBA 3M5RA 1QVFM 2KTQA 1DEJA 2A1SA 2OTLN 1MDUB 3OS0A 3TTFA 3QETA 4E72A 4M45A 3AA4A 4ELVA 3D0PA 2Q31A 3GDQA 3S5TA 3WXJA 1TK8A 2WONA 2WC9A 3VF6A 1DTTA 2E5LK 4I2QA 5KRSA 3C94A 2E6LA 1TL3A 1F21A 1U2VB 3LZJA 1VRUA 3GL1A 3P1GA 5CR4A 1J53A 4FLVA 4JKGA 3AVHA 2Q1NA 2ZF5O 4BRMA 3A0IX 2UUCK 2I7PA 3HVTA 2H3GX 3BY5A 3DRPA 1NK5A 2P5OA 1Z6RA 3CJBA 1WOQA 5FPNA 2P51A 3I56N 1VK0A 2CGLA 2RN2A 1WSIA 3AAQA 5BN8A 3EN9A 4FLWA 5LL6Z 3OYGA 1L3UA 3DM2A 2QKBA 3B8AX 3P5JA 3CD6N 4KTZA 2VWBA 2YNIA 3H1QA 2Z1GA 3AVJA 3CCEN 4CGDA 3DXMB 1KXPA 3M8QA 4H0VB 1YVNA 1LV5A 4JI2K 3HVRA 4GV6A 5HRSA 3KHYA 3KKRA 3SAFA 1BGXT 1SUQA 1JLCA 3GE1A 3QIPA 4CZJA 3MEDA 1D9DA 3DOLA 3LPTA 3T7ZA 2E1YA 4H5NA 4PA1A 2LSNA 3OYIA 5C42A 1EP4A 1S9EA 2E88A 3RRGA 3O4QA 4RCHA 3EYZA 1VSEA 3K0SA 1S1TA 3THXA 2GX9A 4JK8A 4JN4A 2QTDA 3FFKB 4CJVA 5EXWA 2HF3A 1QQNA 2O8CA 2PBDA 4EFHA 4DFKA 1QSYA 4CZIA 1IKVA 1HPMA 1XHXA 4BWMA 5ELZA 3MXIA 3LZIA 3T1HK 4ILJA 1FW6A 4UY8O 4CE9A 3SV4A 1BU6O 3O8MA 4NB4A 4CBXA 3DXKB 5C25A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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