5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (13-16)S1 (8-12)TVIII2 (69-72)AH3 (113-127)AH1 (55-61)S2 (16-21)S3 (29-32)TVIII1 (27-30)S4 (35-38)O1 (32-34)TIV3 (37-52)S6 (65-68)S5 (53-54)3H1 (62-64)AH4 (137-145)TI1 (97-100)TII2 (108-111)S7 (71-72)TIV5 (76-79)TIV4 (71-74)AH2 (79-93)S8 (75-76)TI2 (98-101)S9 (103-107)S19 (357-358)AH9 (274-284)S10 (131-136)S11 (150-155)TIV7 (165-168)TI3 (156-159)3H4 (264-267)S12 (160-166)3H2 (172-174)S13 (169-170)S15 (238-241)AH5 (182-196)S14 (176-178)O2 (178-180)TI4 (234-237)AH7 (223-232)AH10 (290-295)AH6 (203-216)S17 (297-300)TVIII3 (220-223)TI5 (242-245)S16 (247-250)AH8 (252-259)3H5 (287-289)AH11 (309-320)3H6 (302-304)TII3 (306-309)TIV8 (322-325)S18 (329-330)TI6 (332-335)3H7 (335-337)AH12 (338-348)TI7 (350-353)TIV9 (349-352)TI8 (351-354)TI9 (352-355)TI10 (353-356)TIV2 (24-27)TIV6 (129-132)3H3 (260-262)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein/transferase
source organism Yersinia enterocolitica
publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
molecule keywords Actin
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
1NBWA 2P9NA 2P9UA 3SMPA 1T6CA 4EHUA 2CGJA 3WXIA 5FPNA 1JCEA 4DHYA 4WQ5C 2FF6A 4BRAA 3WEEA 5BREA 1H1VA 2YJEA 3C0BA 2OANA 3M6GA 4FWSA 2EWSA 1NMDA 3UKRA 1GLFO 4FPBA 5BRFA 4IWVA 3VF6A 4H0OA 4JHDA 2FSNA 2VWBA 4NO7A 1X3MA 3UKUA 2Q0RA 3ZEUB 3R8EA 3MDQA 3H6EA 2FF3B 4M7XA 1NGJA 1G99A 5AQTA 3U4LA 1U6ZA 4PL8A 5LJWA 2ASPA 3B8AX 1RGIA 3J8AA 4JNEA 2BUPA 3F9MA 3HI0A 4BC3A 3FZKA 3DWLA 5AQHA 2ASOA 3UB5A 1EQYA 3MN6A 1T6DA 2V7ZA 1RDWX 5FPDA 4ISEA 2KHOA 4B9QA 4CD1A 2V51B 3D7EO 1GLLO 3A5LC 3EKSA 2QWPA 1XUPO 2FLOA 4CZKA 4BC5A 3WQUA 4BVPA 1GLJO 1ESVA 1BU6O 3ZX2A 3VEYA 1YXQA 3O1WA 4MLEA 3CJBA 5AQLA 3BP8A 4CJ7A 4F9OA 2VYPA 5F1XA 4KBOA 3BF3A 2D0PA 3EL2A 4PKIA 3IUCA 4I6MB 5AR0A 3C7NB 3ZX0A 3WQTA 5AQJA 1LOTB 4FWNA 1NGHA 4DCHA 1XC3A 2ASMA 5ADXA 4CZGA 4BRMA 4ISGA 2P9NB 1NGEA 2P9UB 5AZIA 1HX1A 5AQYA 4C23A 2QWRA 1P8ZA 3QB0A 3WXKA 4BG9A 4CZIA 5KQDA 3EO3A 3IDHA 3S41A 2FSKA 3AARA 1BA0A 4BR5A 4XH5A 3L0QA 4LC9B 3WEEB 2F9WA 2YHWA 4BRNA 4MLHA 3IMXA 2GEMA 4A61A 5JICA 4K41A 4QS9A 3LL3A 5E26A 3UKRB 3ATVA 2D0OA 4BVOA 3FLCO 3VGKA 4JHDB 3LDOA 2QWOA 3UKUB 4EHTA 2QWLA 4NB4A 4B1VA 4BR4A 4EFHA 1HKGA 5ELZA 1MDUB 4FPAA 4GNIA 3DXMA 2WUSA 1ATRA 3DAWA 2E20A 1KAYA 5AQKA 1IJJA 3MK6A 2IVNA 2Q0UA 3BF1A 4EIAA 1E4GT 5JMVA 2ZF5O 4K43A 4CZEA 4BRLA 4CZLA 1GLCG 3A5OC 2IIRA 2PBDA 1BDGA 1NGFA 1HKCA 3ZX3A 5BPNA 3P4IA 2A5XA 1SAZA 3TPQA 3OHRA 3I8BA 1HJOA 2P9SA 4M7YA 2J4RA 4FOEA 4IO8A 2VCPA 3CQYA 3D2EA 3VEXA 3O5BA 4CD3A 3FGUA 1SZ2A 1KAXA 1T44A 2IVPA 1MA9B 3A0IX 3BEXA 3CIPA 4BC4A 4IZ9A 5AFUH 1ATNA 3VF4A 3VERA 3LDLA 3WXJA 4IJAA 4H0VB 5AQFA 3A8YA 5KPZA 5AZJA 4H0YB 5AZIB 4FL9A 4WQ5A 3FZHA 3WUHA 2GUPA 2Q97A 3KHYA 4B1UB 3KZBA 1YVNA 3M3ZA 4CZFA 1TUUA 4E1JA 1GLBG 4H5NA 5AQSA 4BGBA 2YHXA 1ZC6A 5AQUA 1NLVA 2CH6A 4A2BA 1R59O 2A6AA 2PAVA 5KQ8A 4B1WB 4H0PA 4CBUA 2E2QA 2QWQA 1NGBA 3SJHA 3DXMB 5EOYA 3H3OB 1BG3A 2D1KA 5AQQA 2GWKA 3R9PA 3GBTA 3MN7A 4K42A 5AQNA 4O8KA 2E1ZA 4JAXA 3ATUA 3AAQA 2Q31A 1WOQA 3L4IA 4BR0A 1JCFA 4FWLA 2YJFA 3RSEA 3G25A 3O4WA 5JLHA 2HF4A 3VEZA 5KPRA 2AP1A 4PL7A 4BR9A 5LJVA 3HZ6A 4WYBA 4MO4A 1Z6RA 1K8KA 2P9SB 5EX5A 4BGAA 4BRDA 3VGMA 1JCGA 3D2EB 3WT0A 1QQMA 3CHWA 2E2OA 4BQZA 2YHYA 3CJ9A 5BN8A 5AQIA 3O08A 4CI6A 2NLXA 3VGLA 2Q2RA 3GE1A 5AZJB 1S3XA 2HMPA 5CE3A 1TUYA 4PKGA 4QS8A 4WQ4C 1YAGA 4BRIA 4CZMA 4H5VA 3R6MA 3H3NO 4J8FA 4HWIA 2A41A 2ZGZA 1BUPA 3QICA 4FWQA 3ZETA 3MMVA 4CZJA 1ZXOA 2I7PA 1IG8A 5BPLA 3W3DA 4IJNA 3JXUA 2P9LA 3FZMA 5ADXH 4FSVA 1NM1A 4JD2A 2DPNA 2FXUA 3FR0A 3GL1A 2ITMA 3VPZA 3D2FA 4BRHA 4FWMA 3LDPA 3QBWA 5JLFA 4RTFD 3LDQA 1GLEG 5AQWA 3MN5A 3GOIA 3SLCA 2CGKA 2Q36A 4CZHA 3CQXA 4IXCA 5AQMA 4BQLA 3DJCA 3ULEA 3FFKB 4FWPA 1HUXA 3RSEB 2E2PA 1BO5O 2P9IA 2YCHA 2HOEA 4FO0A 3VF2A 3M1FA 3HTVA 1Z05A 2P9KA 1GLDG 1K8KB 4BG8A 3VENA 2ZGYA 4BC2A 2E8AA 1QZ6A 3FZFA 5LY3A 3BUZB 4H5RA 2QWMA 3H46O 2GELA 4BROA 4EAHD 4BRKA 2A40A 1C0GA 1XQSC 1OKJA 3MN9A 4H0TB 2V52B 4DB3A 4DQ8A 5F0XA 4FWOA 3TU5A 4PKHA 4HTLA 3MCPA 4BRGA 1MWKA 3HSCA 2QWNA 3A5MC 4CBWA 3VEWA 3CI5A 4YDUC 3LM2A 4BRCA 4FWKA 1TYQA 2QXLA 4H5TA 4CBXA 3O1BA 3QFUA 5AQPA 1NGAA 1RFQA 5BRHA 3QFPA 3O8MA 5AQOA 5FPMA 4YDUA 3I33A 4BRQA 3ENHA 4AM7A 3ZETB 4BREA 2GWJA 4FWRA 1QQOA 1KXPA 1NGCA 1DGKN 1X9JA 2P9LB 4JD2B 1D4XA 4B1XB 3CJ1A 3VESA 4L3QA 3D2FB 2HF3A 4BRFA 3GG4A 3CJ7A 3WXLA 2P9PA 4AM6A 5AQXA 5B8HA 1HPMA 1U2VA 1NGGA 3H1QA 3ENOA 4A62A 4QS7A 1MWMA 1CZAN 1QHAA 3ULEB 3U8XA 1DEJA 1E4FT 2D4WA 3SK3A 2P9IB 5EVZA 4BR7A 3DXKA 4M63C 1C0FA 1V4SA 1WUAA 3H1VX 4O5FA 4XEIA 2P9KB 3AAPA 4GY2B 2A42A 4JN4A 4K25A 1NGIA 2QW9A 5BPMA 3O80A 3CJAA 1KAZA 2I7NA 2GTDA 2YI1A 2IVOA 3HM8A 4H0XB 3LM9A 4RCHA 2AA4A 1HKBA 2E2NA 3AY9A 5AQZA 3SMSA 3QBXA 3EKUA 3VETA 1QQNA 4RWTA 3UE5A 4WQ4A 2NRHA 4FOIA 1GLAG 2BTFA 4A2AA 1BWFO 1TYQB 3KVGA 4MO5A 1Y64A 3CETA 1NGDA 2F9TA 3CJCA 4Z94A 2H3GX 3FE1A 2W41A 3H45C 3ZEUA 4B1YB 3VOVA 2W40A 3O6WA 4H5WA 1X3NA 1BA1A 3GDQA 3VEVA 2NZTA 2Q1NA 5AQGA 2E88A 1J6ZA 1S22A 3EN9A 3QMLA 3ID8A 2CGLA 3VEOA 5AQVA 4ISFA 5AFUA 1NWKA 1ZBSA 5TKYA 2QM1A 3JS6A 2FSJA 5F2RA 5BRDA 2P9PB 4Y0WA 5I9EB 3U9DA 4B1ZA 3L6QA 5BR9A 3EZWA 1DKGD 5AQRA 3CERA 3W0LA 2E1YA 1Q18A 5EXWA 1U2VB 1YUWA 5KPTA 3QDKA 1QZ5A 2CH5A 1SQKA 1V4TA 3U9ZA 3HBTA 5FPEA 5E84A 1LCUA 1HLUA 5EY4A 3FZLA 4XH4A 2UYTA 4I6MA 2V7YA 3DXKB 3C7NA 3LDNA 5BN9A 3IFRA 4BR2A 1ATSA 2A3ZA 1BOTO 3A5NC 4XH1A 2ZWHA 4BRPA 4H03B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBWA 4IFVA 3B6PA 4B9SA 4DU3A 3NF6A 2BANA 1NKBA 1UWBA 3TAMA 3TWHA 5FPNA 1QSLA 2HVHA 4BRAA 3CM5A 5BREA 4BACA 3E9LA 3DLKA 4W5NA 3KTQA 3V9SA 1I3AA 3QNOA 1A5WA 4M3WA 3LP3A 1O1WA 1D8YA 2KZZA 2RHKA 4DQIA 2XY7A 2Q0RA 5AJ3K 3V9XA 4HUFA 3R8EA 3G10A 4M7XA 3WNEA 3M8QA 3U4LA 3O4QA 5AQTA 4E89A 4M3YA 3J8AA 3CMEN 3E1YA 2O8DB 4ILHA 3PY8A 4BC3A 1TKZA 3LAMA 1S1TA 4N56A 1EQYA 4DV2K 1WB9A 5KRTA 1RDWX 4GV3A 4E1NA 5C15A 3O9UA 2V51B 3HVTA 1GLLO 2QWPA 2FLOA 3KJVA 3BZKA 3HOSA 2QI2A 3IG1A 5M1OA 2G8IA 1BQNA 3V1OA 3IUCA 4I6MB 3LDSA 2HMIA 1X9SA 1QQCA 1LOTB 1NGHA 1IKXA 4DCHA 4DF8A 4DTSA 1XC3A 5ADXA 2P5GA 3ULDA 2HHSA 2P9NB 1Y97A 3TTDA 2VGMA 4C23A 3C6HA 2QWRA 4BG9A 4M3UA 2O8FA 3PX4A 4ILJA 2VG5A 3TAEA 3IDHA 4BR5A 4KHPK 4OGCA 4XJXA 4LC9B 1VQ7N 3BZCA 4O44A 4BRNA 4LFCK 4A61A 3AVAA 4K41A 3EE8A 3UKUB 2F7TA 4B1VA 1RILA 3C6UA 1IKWA 4KH6A 4GKKK 1ATRA 4X62K 2O8CB 4IFYA 3OYKA 1KAYA 3QNNA 5AQKA 2Z1IA 1VK0A 1C1BA 4E0DA 1VQMN 4CK1A 4K43A 1ZBLA 3A5OC 3C6TA 4CGIA 3L2UA 1ASWA 1BDGA 4M3XA 1HKCA 3ZX3A 3P4IA 3TPQA 4DFJA 4M7YA 4FOEA 4B3RK 3LPTA 3VEXA 5KRSA 3L3UA 3O5BA 1Q86O 4CD3A 3HO1A 2IVPA 4ZTJA 3A0IX 5JS2A 4BWMA 1ATNA 3CPWM 2FBYA 5C10A 1RDAA 1FW6A 1YT3A 4I2QA 5AZJA 1SL2A 4CHZA 3ZT3A 3PIPL 3I0SA 4WQ5A 1NJIO 2Q97A 3KHYA 2HHWA 4AHVA 3KZBA 1TUUA 2X6NA 5C2DA 4H5NA 4FK4A 4CFDA 2CH6A 5JENA 1R59O 1TAQA 1OVQA 4H0PA 1BCMA 5CZ2A 2O8EA 4CBUA 1W2BM 1RDDA 2D1KA 2GWKA 3KWGA 4J2BA 4CF8A 5HOOA 2E4LA 5AQNA 2G8HA 2XO7A 2E1ZA 3OYFA 1IV0A 1NK8A 5GINA 3S3NA 4CEEA 2P5OA 2HHUA 1XWLA 1N36K 4U67L 1A5XA 5JVHL 3VEZA 3AVMA 1IBLK 3HZ6A 1ITGA 3HL8A 1K8KA 4ZHRA 4FM1A 5EX5A 2QK9A 4BGAA 1U04A 4JI6K 3WT0A 3CHWA 3NBPA 5BN8A 3O08A 1IG9A 4AHUA 5HRRA 2NLXA 2O4IA 3HP6A 3AO3A 1K8AO 1WAFA 2HMPA 1HYVA 1KVCA 1TUYA 3SAFA 2FBTA 4F3OA 1Z25A 4BRIA 4CZMA 5E41A 1YIJN 3R6MA 4CGJA 1Q9YA 3KLIA 3VN5A 1YJ9N 3VQ6A 2ZGZA 2ZJRL 4CEFA 3MMVA 2P9LA 1EP4A 3G6EN 1NM1A 2HNYA 5KGXA 3L2QA 1VQON 1JL1A 5GIOA 2RE2A 1Z26A 3E9PA 1GLEG 2D5RA 2ZD1A 3GOIA 4FLYA 2Q36A 3CQXA 3QEIA 4LY7A 3TAQA 3QEPA 4MFBA 1TGOA 2ZJPL 3O4NA 1K6YA 3RSEB 2P9IA 2BGGA 2GUIA 1IBKK 3HTVA 1Z05A 1GLDG 4I9LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NBW A;  4IFV A;  3B6P A;  4B9S A;  4DU3 A;  3NF6 A;  2BAN A;  1NKB A;  1UWB A;  3TAM A;  3TWH A;  5FPN A;  1QSL A;  2HVH A;  4BRA A;  3CM5 A;  5BRE A;  4BAC A;  3E9L A;  3DLK A;  4W5N A;  3KTQ A;  3V9S A;  1I3A A;  3QNO A;  1A5W A;  4M3W A;  3LP3 A;  1O1W A;  1D8Y A;  2KZZ A;  2RHK A;  4DQI A;  2XY7 A;  2Q0R A;  5AJ3 K;  3V9X A;  4HUF A;  3R8E A;  3G10 A;  4M7X A;  3WNE A;  3M8Q A;  3U4L A;  3O4Q A;  5AQT A;  4E89 A;  4M3Y A;  3J8A A;  3CME N;  3E1Y A;  2O8D B;  4ILH A;  3PY8 A;  4BC3 A;  1TKZ A;  3LAM A;  1S1T A;  4N56 A;  1EQY A;  4DV2 K;  1WB9 A;  5KRT A;  1RDW X;  4GV3 A;  4E1N A;  5C15 A;  3O9U A;  2V51 B;  3HVT A;  1GLL O;  2QWP A;  2FLO A;  3KJV A;  3BZK A;  3HOS A;  2QI2 A;  3IG1 A;  5M1O A;  2G8I A;  1BQN A;  3V1O A;  3IUC A;  4I6M B;  3LDS A;  2HMI A;  1X9S A;  1QQC A;  1LOT B;  1NGH A;  1IKX A;  4DCH A;  4DF8 A;  4DTS A;  1XC3 A;  5ADX A;  2P5G A;  3ULD A;  2HHS A;  2P9N B;  1Y97 A;  3TTD A;  2VGM A;  4C23 A;  3C6H A;  2QWR A;  4BG9 A;  4M3U A;  2O8F A;  3PX4 A;  4ILJ A;  2VG5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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