5I9EB

Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
351
Chain Sequence
VAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (8-12)TIV1 (13-16)S6 (67-68)S3 (29-32)S2 (16-21)TII1 (21-24)S4 (35-36)O2 (32-34)AH1 (55-61)TIV2 (36-53)S5 (53-54)S8 (75-76)TVIII1 (69-72)S7 (71-72)TIV4 (76-79)TIV3 (71-74)AH2 (79-92)TI1 (92-95)3H1 (98-100)AH12 (337-348)S9 (103-107)AH3 (113-126)TIV9 (332-335)TI11 (349-352)AH9 (274-283)TIV6 (129-132)S11 (150-154)S10 (132-136)AH4 (137-145)TI2 (156-159)3H2 (258-261)AH8 (252-257)TI3 (171-174)TI4 (172-175)S14 (176-178)AH5 (182-196)AH6 (205-216)3H4 (287-289)AH7 (223-232)TI5 (234-237)S16 (247-250)3H3 (265-267)TIV8 (261-264)TII2 (306-309)AH10 (290-295)TI7 (301-304)S17 (297-300)AH11 (309-320)TI9 (322-325)S18 (329-330)S12 (160-166)TIV7 (165-168)S13 (169-170)TVIII2 (220-223)S15 (238-241)TI6 (242-245)TIV5 (108-111)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
publication title Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 4
total genus 95
structure length 351
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5i9eB03
3KVGA 3SLCA 3O5BA 2CH5A 3MMVA 1LCUA 2NZTA 4BR0A 4EIAA 4AM6A 2E20A 2YI1A 3I8BA 2GWKA 1ZC6A 5JICA 5KQDA 3VEXA 2E2NA 2HOEA 2CGLA 2P9PB 2GUPA 3O8MA 2Q97A 3CJBA 4IXCA 5AQSA 1HKGA 1X3MA 3ULEB 3CERA 4BR7A 4JNEA 3UKRA 1MA9B 3F9MA 4BRKA 3U8XA 5AQUA 4PL7A 3WXKA 1Z05A 1GLBG 3GE1A 1BDGA 3VEZA 4H0TB 2E88A 4A61A 4XEIA 3DAWA 1LOTB 1NLVA 2IVPA 1WOQA 4CD3A 3WQUA 3VENA 3QBXA 2P9IA 3ZX2A 1JCGA 1C0GA 2F9WA 2IVNA 3A5OC 3DWLA 4FO0A 5AQHA 3ZETB 2V52B 4BC2A 3BP8A 1YAGA 3O1WA 1U2VB 2VCPA 3J8AA 4FWKA 2AA4A 2A3ZA 3GDQA 3VF4A 4H0OA 3CQXA 1BA1A 3QFPA 3VEVA 4FWNA 4FL9A 1X9JA 2P9PA 3RSEB 4BRLA 4IJNA 2VYPA 1BU6O 5BPNA 4CZLA 3FZKA 3ZEUB 1E4GT 3G25A 3ULEA 4JN4A 2PBDA 2J4RA 4H5NA 4O5FA 3FZFA 3EO3A 1NWKA 3MDQA 4GY2B 2P9SB 3LM9A 3C7NA 4EFHA 1WUAA 2E2PA 3GBTA 4HTLA 4BRCA 4H5WA 1RGIA 3CQYA 3DXKA 5KPZA 4BGBA 2D0PA 2W41A 4IO8A 3O1BA 1XUPO 1H1VA 4BROA 4BVPA 3ZETA 3DJCA 3AY9A 5JLFA 4I6MA 1U2VA 2P9NB 5AQWA 2Q0RA 4BRGA 2AP1A 3FZHA 2I7PA 4BRIA 4CBUA 1ESVA 2QWPA 4FWOA 1EQYA 3CETA 4BG9A 1NGHA 3MN6A 4DB3A 1T6DA 3O80A 2QXLA 3HTVA 3LDLA 3O4WA 4JD2B 5BRHA 2Q0UA 1GLDG 4BR9A 1BOTO 3CJ7A 4FWRA 3D7EO 4FWPA 3ZEUA 4WQ5A 3SK3A 2YHWA 1GLEG 2ASMA 3H45C 2BTFA 4L3QA 2UYTA 3WUHA 1TYQB 4H0PA 3VERA 2E1YA 3QB0A 5AQJA 1GLLO 3L0QA 5AQVA 3H46O 3I33A 3CIPA 2H3GX 3HI0A 3U9ZA 1HX1A 1X3NA 4CBWA 4FWLA 3ENHA 1ATNA 4A2BA 2WUSA 3VEWA 4B1YB 5ADXH 4H0XB 2W40A 3LDNA 2FSNA 5BRDA 2P9NA 3M1FA 3FFKB 4PL8A 2P9KA 4BRAA 5LJVA 1HPMA 2YCHA 4ISEA 4JD2A 4B1WB 2ITMA 3B8AX 4BRDA 1G99A 5B8HA 1SZ2A 1IG8A 3QBWA 4RWTA 5FPNA 3L6QA 4BQZA 3FE1A 4QS9A 4BRMA 1GLCG 3DXMB 4H0VB 2HMPA 4C23A 1NGIA 1TYQA 3ATUA 3W3DA 4ISFA 3HM8A 3VEOA 2D1KA 2FF3B 1BG3A 4WQ5C 1NGGA 4CZGA 1BO5O 3WEEA 3AAQA 4JHDB 2FSJA 3C0BA 3D2EB 3IFRA 4A62A 4IZ9A 5LY3A 5EOYA 5AQOA 2ZGYA 2IVOA 5EVZA 4B1XB 4M7XA 1KXPA 5KPRA 3EKSA 1Q18A 4FWMA 3ENOA 4CBXA 5AQGA 2A42A 1HLUA 4QS8A 3GG4A 2ASPA 4CD1A 1QZ5A 3EL2A 3VF2A 3VOVA 4E1JA 3UKUB 3FR0A 1V4TA 3TU5A 3CI5A 3MCPA 1MWKA 1Y64A 3JXUA 5BRFA 4XH1A 2YHXA 1YUWA 2IIRA 2QWMA 1NMDA 3QDKA 3DXMA 4XH5A 3SMPA 1NBWA 4CZMA 2V51B 4EHTA 2P9LB 4PKIA 4M63C 4RTFD 2CH6A 1RFQA 3LDOA 4HWIA 4DQ8A 2HF3A 1NGEA 4Y0WA 3P4IA 4NO7A 5AQFA 5AQQA 3WXLA 3VF6A 1QHAA 3QFUA 2V7YA 3BF3A 2A5XA 4BR5A 4EAHD 3A0IX 5EXWA 5FPMA 1QQOA 3A8YA 2VWBA 1S22A 3EKUA 5AQIA 3LM2A 4BGAA 4DHYA 5BREA 5FPDA 2QWOA 1TUUA 1E4FT 4H5TA 1QZ6A 3FZLA 1HJOA 5AQZA 1Z6RA 4H0YB 2NLXA 5BPLA 1MWMA 4QS7A 3UKUA 1BUPA 1DEJA 3H3NO 5AR0A 1NGAA 2HF4A 4CZJA 4DCHA 3RSEA 5AFUA 5AZIB 3MK6A 4CZHA 1S3XA 4BC4A 2P9UB 1T44A 2P9LA 3JS6A 4PKHA 3O08A 1NGCA 3LDPA 3UB5A 1R59O 5EY4A 3CHWA 2P9SA 1KAZA 4XH4A 3O6WA 2FLOA 3HBTA 4FPAA 4CZKA 4MO5A 1XQSC 3S41A 5F1XA 4CJ7A 3QICA 1DKGD 1U6ZA 4EHUA 4CZEA 3AAPA 5AQTA 1GLFO 1ZXOA 2QM1A 3L4IA 4RCHA 1JCEA 2FF6A 2E2QA 4KBOA 1P8ZA 1ATRA 3ATVA 3H1QA 3UKRB 4BC5A 5FPEA 4K25A 4BC3A 4NB4A 3W0LA 3VETA 4H5VA 3VESA 3KZBA 3U9DA 2E1ZA 5AZIA 4BREA 1IJJA 2A40A 3ZX3A 1YXQA 5AQYA 2P9UA 2QWNA 4H03B 4IJAA 3H3OB 1D4XA 4WYBA 5E26A 3HSCA 1MDUB 2F9TA 3R9PA 2P9IB 3CJ1A 2ASOA 4YDUA 3U4LA 2QW9A 1XC3A 4FSVA 2D0OA 3WXJA 4K41A 1ZBSA 5JMVA 1DGKN 1ATSA 2YHYA 2PAVA 2DPNA 3QMLA 4FWSA 5AQMA 3D2FB 1OKJA 4CI6A 1HKCA 5AZJB 3HZ6A 1GLJO 2NRHA 1C0FA 4AM7A 3BF1A 1HUXA 2ZGZA 1J6ZA 2Q31A 1SQKA 3SJHA 3CJCA 5F2RA 2Q36A 3OHRA 3SMSA 4BG8A 2CGKA 2A6AA 2GTDA 5BN8A 4B1ZA 2YJEA 1T6CA 2QWLA 4JAXA 3C7NB 1CZAN 4B1UB 3GOIA 5BR9A 5KPTA 5F0XA 3UE5A 3DXKB 3LL3A 3VGLA 4CZFA 3H6EA 4B9QA 2EWSA 1KAXA 4I6MB 5AQRA 3WXIA 1V4SA 4J8FA 3IMXA 2D4WA 2QWQA 5AQXA 4BRPA 4BQLA 1TUYA 4MO4A 4YDUC 4JHDA 4FWQA 4MLHA 1NGDA 3D2EA 3D2FA 3H1VX 4PKGA 2GWJA 3GL1A 5AZJA 1QQNA 5BN9A 1NGJA 1NM1A 1K8KB 3CJ9A 3CJAA 4WQ4A 4BRFA 2E2OA 3WT0A 4K43A 4B1VA 2ZF5O 2Q1NA 2FXUA 3MN9A 5AQKA 5AQPA 5AQNA 2I7NA 1QQMA 4BVOA 2OANA 3IUCA 2GEMA 1RDWX 3EZWA 4CZIA 5JLHA 5TKYA 5I9EB 5AQLA 4M7YA 3A5NC 3M3ZA 3A5MC 2KHOA 4O8KA 4BRQA 5KQ8A 1HKBA 2ZWHA 2BUPA 3ZX0A 3IDHA 2P9KB 3M6GA 4FOEA 4MLEA 3FZMA 3FGUA 3TPQA 3MN5A 3WQTA 5LJWA 2QWRA 2FSKA 3BUZB 1BWFO 2Q2RA 4FPBA 4GNIA 5ADXA 2V7ZA 5EX5A 2YJFA 3VGKA 1K8KA 4BR4A 4F9OA 1BA0A 3VEYA 3VGMA 1KAYA 2E8AA 3AARA 5AFUH 5CE3A 4BRHA 4IWVA 5ELZA 4FOIA 3R6MA 1GLAG 3KHYA 3EN9A 4WQ4C 4LC9B 4K42A 3VPZA 3R8EA 1NGBA 1JCFA 3MN7A 4BR2A 3A5LC 3ID8A 3FLCO 3WEEB 1NGFA 4Z94A 5E84A 4H5RA 2A41A 1SAZA 2GELA 4ISGA 1YVNA 5BPMA 2CGJA 4A2AA 4BRNA 3LDQA 3BEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NZTA 5HBMA 3CFPA 2E20A 2E6LA 2YI1A 2GWKA 2Z1IA 1ZC6A 1RTHA 1N36K 4TSXA 3SV4A 3QETA 2E2NA 4F2SA 2GUPA 1BGXT 4DFPA 4DSKA 4YOYA 3CJBA 4IXCA 1SUQA 2Y1IA 5AQSA 3CERA 4BR7A 4K8ZA 4BRKA 2HHHK 4DFMA 3P1GA 2GX9A 3U8XA 1ZBLA 1VSIA 3DLRA 5KI6A 2WONA 4X64K 4DSJA 1VQMN 3HL8A 3C6AA 4FCYA 2QI2A 2FBTA 1JCGA 3DWLA 1JL2A 3ZETB 3O1WA 1YIJN 3ZT3A 1NKBA 2A3ZA 3VF4A 1BA1A 4LF4K 1VSFA 3QEIA 4G1QA 3RSEB 4IJNA 3O9RA 3OTOK 1J54A 2QKBA 4CZLA 3ZEUB 4OPHA 3G25A 5DMRA 2OPSA 3ZT4A 4W5RA 2HBLA 3EO3A 3AO1A 4LH4A 1D8YA 1FW6A 3LM9A 1SL1A 1K73O 5C10A 5KPZA 1RDCA 3HXMA 4J2AA 4IO8A 1XUPO 1H1VA 4CK1A 4CJUA 2PFUA 3DJCA 4I6MA 4CJVA 3SJJA 1YVUA 2AP1A 4BRIA 4WE1A 1ESVA 2QWPA 3VTHA 1XMQK 4LF8K 3O4WA 2Z1HA 4OPJA 2Q0UA 4ELUA 3CJ7A 2QEXN 3D7EO 4BE7B 3WUHA 4CJQA 4H0PA 3HPOA 4BWMA 4DQRA 4F4KA 3L0QA 3JAMO 4KV8A 2HBJA 4FZYA 4K8XA 4DTOA 3MWPA 4KFBA 3F2KA 5EU7A 3CCMN 4E1NA 3HVRA 3V9UA 3S3MA 2HMIA 4YFUA 4CBWA 4FWLA 4A2BA 4DSEA 2WUSA 3VEWA 4B1YB 5ADXH 1U45A 1UA0A 1L3VA 4M3ZA 3NH2A 5M1QA 1TKTA 3K5NA 4N47A 1Y97A 5LJVA 4CGHA 1HPMA 2YCHA 3BY5A 4ISEA 4X66K 4BRDA 3SCXA 1G99A 4UY8O 2KTQA 4B3RK 4GKKK 1HYSA 4E7KA 3PV8A 4BE0A 5FPNA 3CCQN 3L6QA 4CEAA 4BRMA 1VQ8N 4LY7A 3VQ7A 2HMPA 2NNWA 4PY5A 3S9HA 4JKCA 3QO9A 4DTXA 5CY4A 2KZZA 2JGUA 4DR6K 1VSKA 4CJPA 4JKGB 2DFHA 2ZJRL 2B6AA 4KI6A 3D2EB 4A62A 4DS4A 3LP3A 2IVOA 1RBVA 3OA9A 3N4QA 5CR4A 2HSTA 3EKSA 1KFSA 3C6HA 4OKKA 5DM6L 1HLUA 4QS8A 4OKJA 1QZ5A 3EL2A 3VF2A 4DV1K 4RW4A 1J5EK 2ZJPL 1ZBIA 3ULDA 3B6PA 3NF8A 1Q9YA 1N33K 4XH1A 3IS9A 3F73A 2QWMA 1NMDA 3DXMA 3THVA 3NFAA 4IG0A 3SMPA 4JEPA 3TSUA 1NKEA 4EHTA 4FW2A 1NMNA 4DSFA 4Y1DA 3OYMA 4CJ5A 2HF3A 3VQPA 1FKPA 4LSLA 4NO7A 2OZSA 1JLFA 1JLEA 4CW7B 4IKFA 1KLNA 3AVCA 1VQLN 1QHAA 1BQMA 3BF3A 1WSIA 4OGEA 2A5XA 4EAHD 1JLQA 2E4LA 1I3AA 3A0IX 3KLEA 1WAFA 4ILGB 3THYB 2GBZA 4NYFA 2VWBA 5CHIA 1N8RO 2ZQBA 5AQIA 1IKYA 4BGAA 4HCBA 1D9FA 1IKWA 2ITGA 4DF8A 1TUUA 2YHBA 5AQZA 1Z6RA 3LZIA 2VWJA 4NLBA 2JLEA 4YOVA 2O8BB 3H3NO 1S5JA 4I2QA 3SBTA 3RSEA 2P5OA 5AZIB 5C12A 3MK6A 3AA5X 3L2WA 4BC4A 1WLJA 4GMJB 3JS6A 3HO1A 3UB5A 2BE2A 4FJHA 1KAZA 4XH4A 4F3TA 3EE9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NZT A;  5HBM A;  3CFP A;  2E20 A;  2E6L A;  2YI1 A;  2GWK A;  2Z1I A;  1ZC6 A;  1RTH A;  1N36 K;  4TSX A;  3SV4 A;  3QET A;  2E2N A;  4F2S A;  2GUP A;  1BGX T;  4DFP A;  4DSK A;  4YOY A;  3CJB A;  4IXC A;  1SUQ A;  2Y1I A;  5AQS A;  3CER A;  4BR7 A;  4K8Z A;  4BRK A;  2HHH K;  4DFM A;  3P1G A;  2GX9 A;  3U8X A;  1ZBL A;  1VSI A;  3DLR A;  5KI6 A;  2WON A;  4X64 K;  4DSJ A;  1VQM N;  3HL8 A;  3C6A A;  4FCY A;  2QI2 A;  2FBT A;  1JCG A;  3DWL A;  1JL2 A;  3ZET B;  3O1W A;  1YIJ N;  3ZT3 A;  1NKB A;  2A3Z A;  3VF4 A;  1BA1 A;  4LF4 K;  1VSF A;  3QEI A;  4G1Q A;  3RSE B;  4IJN A;  3O9R A;  3OTO K;  1J54 A;  2QKB A;  4CZL A;  3ZEU B;  4OPH A;  3G25 A;  5DMR A;  2OPS A;  3ZT4 A;  4W5R A;  2HBL A;  3EO3 A;  3AO1 A;  4LH4 A;  1D8Y A;  1FW6 A;  3LM9 A;  1SL1 A;  1K73 O;  5C10 A;  5KPZ A;  1RDC A;  3HXM A;  4J2A A;  4IO8 A;  1XUP O;  1H1V A;  4CK1 A;  4CJU A;  2PFU A;  3DJC A;  4I6M A;  4CJV A;  3SJJ A;  1YVU A;  2AP1 A;  4BRI A;  4WE1 A;  1ESV A;  2QWP A;  3VTH A;  1XMQ K;  4LF8 K;  3O4W A;  2Z1H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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