5JLFA

Structure of the f-actin-tropomyosin complex (reprocessed)
Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
367
structure length
366
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H6 (335-337)EMPTYS1 (8-13)S3 (29-31)TVIII1 (27-30)TVIII3 (50-53)TI1 (61-64)TIV3 (72-76)AH1 (55-60)S4 (35-38)S5 (53-54)S6 (65-68)TIV2 (71-75)S7 (103-107)TVIII4 (69-72)TIV4 (108-111)AH2 (79-93)3H1 (98-100)AH3 (113-126)S8 (131-136)3H2 (172-174)3H7 (350-352)AH10 (289-296)S9 (150-155)S10 (160-165)TIV9 (286-289)TIV5 (165-168)TIV6 (166-169)AH9 (274-284)AH6 (203-216)S11 (176-178)S14 (297-300)AH5 (182-193)TI5 (242-245)TIV7 (233-236)S13 (247-250)TVIII6 (220-223)3H5 (302-304)TII3 (306-309)AH11 (309-320)AH7 (223-231)3H4 (264-267)AH8 (252-262)S15 (329-330)AH12 (338-348)TII4 (332-335)AH13 (359-365)TI7 (352-355)TI8 (353-356)S16 (357-358)S2 (16-21)TII1 (13-16)TVIII5 (76-79)S12 (238-241)TI4 (234-237)TI6 (322-325)AH4 (137-145)TI3 (156-159)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Contractile protein
source organism Mus musculus
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 94
structure length 366
sequence length 367
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 5jlfA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlfA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlfA04
4GNIA 4NB4A 4BREA 5F1XA 4IXCA 2AA4A 2NZTA 1Z05A 3JXUA 1NGBA 4B1XB 5I9EB 3WQUA 2D0OA 3VESA 2P9NA 4IZ9A 3CJBA 4YDUC 2VCPA 1TUUA 5E26A 1XQSC 3VGLA 3BEXA 2FSJA 5BRDA 3CHWA 1GLAG 2FLOA 2E2QA 4JD2A 2CGKA 4CZGA 2QWQA 1NGDA 1X3NA 5AQTA 4ISGA 2A3ZA 2E8AA 4FOEA 4BRKA 5JICA 2F9WA 2QW9A 4CJ7A 2E2OA 3D2EA 2FF6A 2P9NB 1BA0A 2P9KB 5AZIA 4CZIA 3LL3A 3A5MC 3QFUA 3U9DA 2F9TA 2NRHA 2Q2RA 3BUZB 2Q0UA 4HWIA 3CJAA 3I33A 1GLLO 3EL2A 1HKGA 2GELA 4PKHA 3FZKA 2A41A 4JD2B 4CZKA 1V4TA 5AQLA 3VF6A 1IG8A 4FWNA 1QQOA 4M63C 3HBTA 1U6ZA 4MO4A 5BN8A 1NGJA 1XUPO 3W3DA 3BF3A 5AQHA 5AQGA 1HJOA 4BC4A 1MA9B 1S22A 3WT0A 1NGGA 3JS6A 3G25A 4FOIA 3H3NO 1IJJA 3LDOA 4CZMA 2CH5A 5FPEA 1E4FT 4C23A 5KPZA 2YHYA 4BRFA 4BC2A 4BRDA 3FFKB 5ADXA 1U2VB 2ASOA 3O5BA 4WQ4C 1X3MA 2NLXA 2YHWA 3MDQA 3CQXA 5AQFA 5ADXH 1NBWA 1SZ2A 3C7NA 1QHAA 5BREA 1NGEA 1T6DA 3CERA 1MWKA 3LDQA 4BGAA 3FGUA 3FLCO 3IDHA 4BROA 3LDPA 1TYQA 4IWVA 3P4IA 3I8BA 2P9LB 4WQ5C 1RGIA 3CQYA 2IVPA 3SMSA 1WOQA 4BC3A 4H0YB 2CGJA 1ATRA 2CGLA 4BRCA 3QB0A 5BR9A 3ULEA 5AQSA 5AQOA 3O8MA 3D7EO 4RTFD 3VETA 1YXQA 1ATSA 3R9PA 3WXKA 4BRAA 1YUWA 2QXLA 1QZ5A 5KPRA 1TYQB 1T44A 3VEOA 3ATVA 3QBWA 4BRIA 2GTDA 3WXJA 4BRNA 3ZX3A 4BR5A 5BPLA 4AM6A 1Z6RA 4EHTA 4BRLA 3C0BA 3CJCA 2V51B 1RFQA 1HLUA 4BG9A 2I7PA 3DXMA 3H3OB 5AQJA 4JN4A 4CBUA 2J4RA 3EZWA 5AQNA 2QWMA 3GL1A 4J8FA 2P9PB 1SAZA 1X9JA 2QM1A 4BR7A 2VYPA 4I6MB 2V7ZA 4H5VA 2E88A 2D1KA 5F0XA 3A5NC 4B1ZA 3CJ7A 3L6QA 1ESVA 2EWSA 4KBOA 1BWFO 5AQWA 3F9MA 3LDNA 1WUAA 1NLVA 4CD3A 1D4XA 3QFPA 3MK6A 4L3QA 2ASMA 2UYTA 3LM9A 4RWTA 4BRMA 2PBDA 3H46O 4IJAA 4CZJA 4DHYA 4HTLA 3ZEUA 4PKIA 2A5XA 3CJ9A 4M7XA 1LCUA 2P9SA 5AR0A 4DCHA 4QS7A 3J8AA 2QWNA 1KAXA 2FSKA 3D2FA 3WQTA 4BRQA 1R59O 3FR0A 4CZLA 3H1QA 4FPBA 4JHDA 3EN9A 2QWLA 4Y0WA 2YCHA 3M6GA 5FPNA 3GDQA 2CH6A 3MN5A 1BUPA 3VPZA 3HTVA 2D0PA 2YJFA 3HI0A 4M7YA 2E1ZA 3EO3A 4WYBA 1K8KA 3MN6A 5EVZA 4H03B 3AARA 3MCPA 4JHDB 1MWMA 3VEWA 3ZX2A 2AP1A 2FSNA 2IVOA 4WQ5A 1T6CA 5FPDA 1ZXOA 3HSCA 4MLEA 3GE1A 1ZBSA 1BA1A 4K43A 5AQVA 3DXKA 3D2EB 4NO7A 5AZIB 3VEYA 5KQDA 1HX1A 2P9IA 1RDWX 5LY3A 4XEIA 4F9OA 4FL9A 1K8KB 5BRHA 3VENA 3M1FA 4H0PA 2P9UA 3UKRA 4EAHD 1C0FA 1NGFA 4BR2A 5E84A 4K41A 4CBXA 5KQ8A 5AZJA 3S41A 3WUHA 2I7NA 4H0XB 3A5OC 2GWKA 3ID8A 2Q97A 3DXKB 3IFRA 1H1VA 2FF3B 2P9IB 3AY9A 1HKBA 3EKUA 1YVNA 2V7YA 3FZMA 5AQIA 5B8HA 4A61A 1NGAA 4RCHA 1CZAN 3LDLA 3IUCA 3UKRB 2YI1A 4FWMA 5AQMA 5AZJB 2A40A 1NGIA 3VGMA 4BR9A 5JLHA 3C7NB 4B1UB 2QWRA 3TPQA 4BG8A 4FWKA 2YJEA 4A2BA 3CIPA 5AQQA 3GG4A 2VWBA 3KZBA 3LM2A 4A2AA 1C0GA 3DWLA 2Q0RA 5AQPA 4FSVA 3A8YA 3U9ZA 1NGHA 2FXUA 3SJHA 4CZFA 4QS8A 3WEEA 4XH4A 3VEVA 4EFHA 4CD1A 3O08A 3RSEA 2DPNA 1KAYA 2PAVA 2WUSA 4E1JA 4YDUA 5AQRA 1JCGA 3HM8A 3ULEB 3ATUA 3ENHA 5JMVA 1LOTB 4A62A 3SK3A 3CETA 3FZFA 1XC3A 1G99A 4B9QA 3SMPA 4AM7A 4ISEA 5AQUA 4BGBA 5F2RA 4BR0A 3QBXA 1QQMA 2QWPA 4K25A 3OHRA 1OKJA 3DXMB 3H45C 4BQLA 3R8EA 4K42A 5AQXA 4IO8A 4CZEA 4FWRA 4H5RA 1TUYA 2QWOA 5LJVA 1NGCA 3O6WA 3L0QA 2OANA 5LJWA 1KXPA 5CE3A 1BU6O 1GLBG 2IIRA 3AAQA 1E4GT 3GBTA 4O8KA 3VERA 3ENOA 4FWLA 4PL8A 3VEZA 1JCEA 1NM1A 3H1VX 4BRGA 4WQ4A 2E20A 2BTFA 4LC9B 3ZEUB 3O80A 4H0OA 2BUPA 3CJ1A 2P9SB 2P9KA 2ZGYA 3UB5A 3UKUA 3O4WA 3D2FB 2YHXA 4H5NA 3GOIA 3DJCA 1GLDG 1HUXA 1MDUB 4QS9A 3FZHA 5EX5A 3A0IX 4BVOA 3FZLA 4H0TB 4JAXA 3VOVA 3KHYA 4JNEA 1DKGD 1GLJO 1J6ZA 3WXLA 2Q1NA 3HZ6A 3MN7A 4B1WB 2GUPA 4CZHA 2KHOA 4FPAA 3UKUB 2HMPA 2Q31A 5FPMA 1SQKA 1GLEG 4BVPA 4PKGA 2E2NA 4IJNA 1U2VA 2HF4A 2V52B 4B1YB 3AAPA 1V4SA 5ELZA 5BRFA 4GY2B 1Y64A 2W40A 5EOYA 1ATNA 1YAGA 5AQKA 2ASPA 3EKSA 5AFUA 4H5TA 1Q18A 3ZETA 2P9UB 3CI5A 1BG3A 5AFUH 2P9LA 2Q36A 3VEXA 3VGKA 4H5WA 1QQNA 2ZWHA 4ISFA 4BR4A 4BRPA 1P8ZA 5JLFA 2HF3A 1GLFO 4PL7A 3KVGA 4FWQA 3TU5A 3M3ZA 3WXIA 1KAZA 2E2PA 1DEJA 4FWSA 1BOTO 4BC5A 4BRHA 3QMLA 3DAWA 4EHUA 3MMVA 3ZETB 5BN9A 3SLCA 1BO5O 1GLCG 3U4LA 4FO0A 5AQZA 2GEMA 3B8AX 1JCFA 3BP8A 3VF2A 2ITMA 3L4IA 3MN9A 4DB3A 2A6AA 2A42A 3O1WA 3BF1A 2H3GX 1ZC6A 1QZ6A 4MO5A 3FE1A 5KPTA 4XH1A 3VF4A 2P9PA 4O5FA 1EQYA 3R6MA 2D4WA 3QDKA 5AQYA 4I6MA 3ZX0A 3WEEB 4EIAA 1NMDA 3A5LC 3RSEB 3IMXA 4BQZA 4B1VA 2ZF5O 5BPNA 2GWJA 5EXWA 4CI6A 5BPMA 1DGKN 5TKYA 1HKCA 4CBWA 4Z94A 2HOEA 3QICA 5EY4A 2W41A 2E1YA 3W0LA 4H0VB 3U8XA 4DQ8A 4FWPA 3O1BA 4FWOA 4XH5A 3UE5A 1S3XA 1HPMA 1BDGA 3H6EA 2ZGZA 4MLHA 1NWKA 2IVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BREA 4FJ9A 2AA4A 1UAXA 3OYEA 1Z05A 4Z4CA 2W6LA 4DTXA 2A1RA 1BQNA 5I9EB 2Y1IA 4JI7K 1BIZA 1Y97A 3CJBA 4YDUC 3FFIA 3NGIA 1T3VA 3CCQN 1TUUA 4CW7B 4BY9C 3RR8A 4Z4IA 2FSJA 4DF4A 3M8RA 4E7IA 3CHWA 2FLOA 3ULDA 2IDOA 3CPWM 3WNGA 4DMNA 5AQTA 4ISGA 3AVNA 4FOEA 5JICA 4TSXA 2QW9A 3QETA 2P9NB 3CMEN 3LL3A 1LWFA 3A5MC 2NRHA 4O0JA 3HK2A 2Q0UA 4PKHA 4JRPA 1UA0A 4C8MA 5C12A 1Q9YA 5AQLA 3SJJA 3VF6A 3S3MA 4N47A 2IOCA 5BN8A 3BF3A 5AQHA 3PSFA 3V6DA 3H3NO 3G10A 1IG9A 5FPEA 1E4FT 3VQ4A 4C23A 5KPZA 2DFEA 3RMBA 3HVTA 2KLAA 3HP9A 5ADXA 1VQ8N 3OVNA 1NK7A 5AQFA 1VSDA 3CQXA 3PO5A 1REVA 1IV0A 1HNVA 3E9LA 4BGAA 4BROA 4EP4A 1S1WA 4L8RB 5H1SQ 1CZ9A 2NRVA 3P4IA 3I8BA 1YTUA 1RTHA 1ATRA 4DV7K 1ASUA 2YHBA 3QB0A 5BR9A 3ULEA 5AQSA 3OYLA 4RTFD 3D7EO 3U3YA 5I3UA 1YXQA 3QEXA 1R0AA 1K8AO 2Z1GA 2HHVA 2HMIA 3WXKA 2HHWA 1YUWA 2I5JA 1TYQB 4JKFA 4DQPA 4BRIA 3K57A 3WXJA 4BRNA 1EWRA 5LL6Z 3DI6A 1YITN 1TK0A 2V51B 2BH1A 4BG9A 1OH8A 2I7PA 5MLCQ 1JL1A 4CBUA 5JS2A 2P9PB 1X9JA 3MECA 4CFDA 1EKEA 2V7ZA 3VQQA 5F0XA 3A5NC 1A5XA 4CJTA 1S9EA 3LDNA 4DV0K 4FK2A 3D6RA 4CECA 3QFPA 2X6NA 4CVNE 2RE2A 4LSLA 1Q81O 1VHXA 1JLQA 1P90A 4CZJA 4HTLA 3ZEUA 4IBNA 4WE1A 1YF5L 1SV5A 1VAZA 4AHCA 3KLFA 2Z1JA 3G71N 1KAXA 4YOYA 1LWCA 1YJ9N 1R59O 3LP3A 1JXBA 3CXCM 2QWLA 3IG1A 2EHGA 4Y0WA 4DFMA 2YCHA 1SL2A 4OGEA 3TAQA 3M6GA 4OKEA 4LF9K 4O8UA 5HRRA 3HTVA 3I56N 5FLXO 3K5NA 5K14A 1CXQA 1K8KA 4M3TA 3P39A 2XO7A 3NVKA 3AARA 4JHDB 1MWMA 4WQ5A 2DTUA 1T6CA 1ZXOA 4CJQA 1ILYA 1NKEA 4M45A 3NF6A 4CEBA 5TKWA 3EEQA 5AQVA 5KQDA 1RT6A 2OTJN 1RDWX 4FXDA 1K73O 4R5PA 4FL9A 2VG6A 2IC3A 3SUNA 4EP5A 2BGGA 4LY7A 2JLEA 3KKSA 3KKRA 5AZJA 1T8EA 1TKTA 3OJSA 2I7NA 1F21A 4BACA 3ID8A 4X64K 3IFRA 3WNHA 4LF6K 2ZE2A 3CD6N 5D3GA 3AY9A 3EKUA 4IG0A 1YVNA 3FZMA 4FJIA 5AQIA 4A61A 4FVMA 1CZAN 3CF5L 3ITHA 5FRMA 4CHPA 4FWMA 3IAYA 5AQMA 3V81A 4G9ZA 5JLHA 1IKXA 1IO2A 2P1JA 2QWRA 1HQUA 4FWKA 3SUOA 4V19S 5AQQA 3GG4A 3CM6A 3LM2A 1C0GA 1YI2N 2D0BA 3AVHA 4CZFA 5CZ1A 4QS8A 4M3ZA 4CD1A 3O08A 1N5YA 1KAYA 4YDUA 3ULEB 1WN7A 3QEIA 1NKBA 3QERA 3PV8A 3J80O 1N36K 4LFBK 3AVIA 4LF8K 5HL7L 4B9QA 1G99A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BRE A;  4FJ9 A;  2AA4 A;  1UAX A;  3OYE A;  1Z05 A;  4Z4C A;  2W6L A;  4DTX A;  2A1R A;  1BQN A;  5I9E B;  2Y1I A;  4JI7 K;  1BIZ A;  1Y97 A;  3CJB A;  4YDU C;  3FFI A;  3NGI A;  1T3V A;  3CCQ N;  1TUU A;  4CW7 B;  4BY9 C;  3RR8 A;  4Z4I A;  2FSJ A;  4DF4 A;  3M8R A;  4E7I A;  3CHW A;  2FLO A;  3ULD A;  2IDO A;  3CPW M;  3WNG A;  4DMN A;  5AQT A;  4ISG A;  3AVN A;  4FOE A;  5JIC A;  4TSX A;  2QW9 A;  3QET A;  2P9N B;  3CME N;  3LL3 A;  1LWF A;  3A5M C;  2NRH A;  4O0J A;  3HK2 A;  2Q0U A;  4PKH A;  4JRP A;  1UA0 A;  4C8M A;  5C12 A;  1Q9Y A;  5AQL A;  3SJJ A;  3VF6 A;  3S3M A;  4N47 A;  2IOC A;  5BN8 A;  3BF3 A;  5AQH A;  3PSF A;  3V6D A;  3H3N O;  3G10 A;  1IG9 A;  5FPE A;  1E4F T;  3VQ4 A;  4C23 A;  5KPZ A;  2DFE A;  3RMB A;  3HVT A;  2KLA A;  3HP9 A;  5ADX A;  1VQ8 N;  3OVN A;  1NK7 A;  5AQF A;  1VSD A;  3CQX A;  3PO5 A;  1REV A;  1IV0 A;  1HNV A;  3E9L A;  4BGA A;  4BRO A;  4EP4 A;  1S1W A;  4L8R B;  5H1S Q;  1CZ9 A;  2NRV A;  3P4I A;  3I8B A;  1YTU A;  1RTH A;  1ATR A;  4DV7 K;  1ASU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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