5JLHA

Cryo-em structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
EEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, cytoplasmic 2
molecule tags Contractile protein
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 374
sequence length 374
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlhA03
3SK3A 5BR9A 4CBWA 1YVNA 3H3NO 2ZGZA 3MN9A 3QFPA 4IJAA 1C0FA 4MLHA 1HX1A 3WT0A 2GEMA 4IWVA 4BR0A 4EFHA 4FWOA 4A61A 5AQPA 3FZMA 4JAXA 1ZC6A 4BVOA 3ULEA 4H0YB 1BA1A 4CJ7A 3LDOA 2I7NA 3DJCA 2FF3B 2IVNA 3BP8A 4BGBA 2FLOA 3F9MA 1ATRA 3MN7A 3U9DA 4C23A 1NMDA 3ZEUA 1GLDG 5FPDA 1E4GT 2CGJA 4DQ8A 2V7ZA 2ZF5O 2E1ZA 3DXMB 1NWKA 2Q36A 4BRQA 1BDGA 3R9PA 2IVOA 3AAPA 3L0QA 2PBDA 2QWOA 4EIAA 3WXIA 4FPBA 3SLCA 2VYPA 3VF2A 5FPEA 3UE5A 2E2QA 1K8KB 3QBXA 4FPAA 3CIPA 3P4IA 4CZIA 1H1VA 3H1QA 5FPMA 4BC2A 2HF3A 3ZX3A 1S3XA 3A5MC 1HPMA 3W3DA 1NGFA 3LL3A 3LDQA 4MLEA 4B1ZA 4NB4A 5AQYA 2PAVA 4BRCA 3MK6A 4ISGA 2W40A 1QQMA 3ATUA 3ATVA 4PKHA 3HM8A 2E1YA 2ITMA 3ULEB 4H0PA 1Y64A 1HKCA 2E88A 1NGDA 4QS7A 3AAQA 4BRFA 3HSCA 5AFUH 4PKGA 1J6ZA 3LDPA 1WUAA 2HMPA 3FR0A 3WQUA 5AFUA 1Q18A 1JCFA 5AQKA 3ZEUB 2V51B 5BRFA 5BN8A 3VEVA 1NGCA 1NGHA 3O4WA 4LC9B 2IIRA 2P9LA 3BF3A 5TKYA 5F0XA 3D7EO 4YDUC 5AQOA 4BG8A 2A41A 1ZXOA 3C0BA 1HUXA 3EL2A 3VGLA 4FWNA 3EN9A 1G99A 2WUSA 4QS8A 5ELZA 1NGEA 2FF6A 4H0XB 4H5VA 1TYQA 2CGKA 3RSEA 1MWKA 4XH5A 1RDWX 3FZKA 5KQ8A 4H0VB 3VEOA 2F9WA 4M63C 4BC3A 4K25A 4O5FA 4H5WA 4FOEA 5BRHA 1P8ZA 3M6GA 4I6MA 2P9SA 3DWLA 1GLLO 3WQTA 4FWRA 4BQZA 2I7PA 3LDNA 2ZGYA 1GLCG 3JXUA 3KHYA 3DXKA 4JN4A 2HOEA 3EKSA 4FWKA 2Q97A 1KXPA 4CBUA 1XQSC 3WUHA 5ADXA 3CJ7A 4H5RA 3QB0A 5CE3A 3A5NC 3ENHA 3HI0A 4WYBA 4XH4A 5KPTA 2FSNA 4AM7A 2P9UA 4FWSA 3U9ZA 2P9LB 2VCPA 4JNEA 1GLAG 4JHDB 3CQYA 2YI1A 4XH1A 4BRGA 3GOIA 1BWFO 4H0TB 3MMVA 4BRPA 5AQGA 3C7NA 2QWMA 3A5LC 4BQLA 5BREA 1HLUA 3ID8A 2CGLA 4HWIA 3GG4A 2IVPA 3U8XA 3GBTA 3CETA 2BUPA 2D4WA 5LY3A 2QWRA 5AZJA 1TYQB 4GNIA 4CD1A 3RSEB 5I9EB 2FSKA 5BPLA 3HBTA 5AQTA 1BOTO 4BRNA 1X3MA 2P9PB 3ZETA 1NGIA 3BF1A 2E2NA 1KAXA 2ZWHA 1V4TA 4MO4A 4A2BA 4IXCA 4I6MB 2P9SB 1OKJA 2NLXA 3WXJA 3A5OC 1ATSA 1DKGD 4PKIA 2CH5A 2QWPA 3BUZB 4FWMA 3LM2A 3VGKA 3DXKB 1JCEA 1YAGA 3FZHA 2QWQA 1QZ5A 2VWBA 4BR7A 3O6WA 1KAZA 5AQSA 4CBXA 1GLJO 3GE1A 4QS9A 2NRHA 4FWPA 1ESVA 1SAZA 4O8KA 4DHYA 3CJBA 4B1UB 3WEEA 2AP1A 4BRAA 2YCHA 1YUWA 4Z94A 3BEXA 2P9UB 3UKRA 3G25A 4RWTA 4YDUA 3CJ9A 2BTFA 3SMPA 5E84A 4BRDA 5KPZA 1QQOA 2YHXA 4CD3A 1BO5O 1T6CA 4H03B 3ZX0A 1BUPA 4B1YB 4PL8A 5AQRA 3C7NB 3MCPA 3VPZA 3M3ZA 5F2RA 4PL7A 4BRIA 3CJAA 1SZ2A 4E1JA 1KAYA 3CJCA 5EX5A 1IJJA 4JD2A 2QW9A 5KQDA 3D2FA 3KVGA 4ISFA 3ZX2A 3SMSA 5AZJB 1T6DA 3WXLA 1XUPO 3L4IA 2GTDA 4BR4A 4BREA 4EHUA 5EXWA 2GUPA 3ZETB 4RTFD 3U4LA 1U6ZA 4IO8A 3VESA 3OHRA 4FSVA 1NLVA 4CZEA 3CQXA 1NGJA 5AQUA 1HKGA 4FOIA 4B1WB 1XC3A 3H6EA 1X9JA 4H5NA 1IG8A 5AQFA 4WQ5C 3I8BA 1YXQA 1HKBA 3HTVA 3IMXA 1SQKA 1BA0A 3UKUA 2UYTA 4CZGA 4CZJA 1CZAN 4BRMA 1HJOA 1QQNA 4WQ4C 5AQVA 4BRLA 3M1FA 4CZLA 4CZKA 3TU5A 5AQMA 3UKRB 2GWJA 1GLFO 1D4XA 4A62A 2P9KA 1WOQA 4CZMA 5JLHA 3VEZA 5AZIA 4M7YA 3VGMA 2NZTA 1K8KA 3HZ6A 5BPMA 1ZBSA 2A5XA 1NGAA 1BU6O 1TUYA 3TPQA 5AQXA 4K41A 2Q0UA 3O80A 3QBWA 1QHAA 4FWLA 2Q1NA 2YHYA 4JD2B 3AARA 5JMVA 2HF4A 5AQIA 1MWMA 3H46O 4MO5A 5AQHA 3GDQA 2GWKA 1R59O 4GY2B 3CERA 1QZ6A 2QM1A 2V52B 3FZLA 4BR5A 3KZBA 3ENOA 4BGAA 2E2PA 3S41A 1NBWA 3VERA 5EY4A 3WXKA 3D2EA 1C0GA 2EWSA 1Z6RA 1S22A 3O08A 1NGBA 4FWQA 1Z05A 2YJEA 4K43A 4BVPA 2P9NA 2ASOA 2FSJA 4KBOA 5JICA 2Q0RA 3A0IX 3UKUB 5B8HA 2A3ZA 3VOVA 4EHTA 4FO0A 2OANA 2H3GX 4ISEA 5BN9A 2ASPA 4BR2A 5JLFA 2A6AA 2CH6A 1DEJA 3FFKB 2E2OA 2KHOA 4H0OA 4BR9A 3O1BA 3GL1A 3R8EA 4F9OA 5F1XA 3QDKA 2P9KB 3H45C 3MN6A 4L3QA 3QMLA 4K42A 4M7XA 2E8AA 5AZIB 3IFRA 4FL9A 4BRKA 3EZWA 2P9IA 3O8MA 4B1VA 3FLCO 1BG3A 1RGIA 4NO7A 1V4SA 2QWNA 1NGGA 2AA4A 3O1WA 2YJFA 5EVZA 3FZFA 5BRDA 2QXLA 1U2VA 1X3NA 3AY9A 3I33A 4H5TA 5AR0A 4EAHD 2Q2RA 3SJHA 2E20A 2Q31A 4IZ9A 4CI6A 4WQ5A 3QICA 1E4FT 3L6QA 3VF4A 4HTLA 4BC4A 3JS6A 3UB5A 5KPRA 2D0OA 3W0LA 3CJ1A 3CI5A 3D2EB 4A2AA 5AQWA 1TUUA 3FE1A 4AM6A 1T44A 4DB3A 4WQ4A 4RCHA 3LDLA 3LM9A 5AQLA 2P9NB 5LJWA 3MDQA 1LOTB 4BG9A 4BROA 3VEYA 1GLEG 2QWLA 4Y0WA 1ATNA 4JHDA 2W41A 5E26A 2A42A 2F9TA 3QFUA 2FXUA 1JCGA 1RFQA 3B8AX 5AQZA 2GELA 3VF6A 4CZFA 4B1XB 3EKUA 4IJNA 2V7YA 4BRHA 2D1KA 3MN5A 4J8FA 5EOYA 3IUCA 3VEXA 3VEWA 3WEEB 2DPNA 2P9IB 5AQJA 2A40A 4DCHA 3DXMA 5LJVA 1MDUB 4B9QA 2D0PA 5FPNA 3H3OB 3R6MA 5AQQA 4BC5A 4CZHA 3IDHA 5AQNA 3DAWA 1MA9B 2P9PA 3A8YA 4XEIA 3VENA 3O5BA 1DGKN 1U2VB 2YHWA 5BPNA 3EO3A 1NM1A 1EQYA 3J8AA 1GLBG 3FGUA 5ADXH 3VETA 3H1VX 3CHWA 3D2FB 1LCUA 2ASMA 2J4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BR9A 1TVRA 4M42A 1YVNA 3QFPA 1C0FA 3WT0A 4YOWA 1RDDA 3NFAA 2HMIA 4BR0A 4FWOA 4IOCL 2XY7A 3MEGA 4CEAA 4G1QA 3FZMA 3K9JA 3L3UA 5EU7A 3EYZA 3NE6A 4CJ7A 4HCCA 3LDOA 1LW2A 2HW3A 3QESA 1VQNN 4E7LA 1KSPA 4BGBA 4DTRA 3NGYA 2FLOA 5GAHP 3THXA 3U9DA 4NYNA 4PWDA 5TKWA 2V7ZA 2E1ZA 2G8VA 2B5JA 4YOVA 1BDGA 1S1XA 1VQ4N 5FPEA 2KTQA 1KRPA 1GOAA 3CIPA 1XMQK 2BDPA 4FW1A 2I5JA 4AHTA 4BC2A 3O9QA 3LP0A 3TSPA 3AVAA 2HHWA 1S3XA 3W3DA 1NGFA 3QNOA 3LL3A 4MLEA 1VQ7N 2FC0A 4ID5A 3S3MA 1SKRA 3O3GA 1NK5A 2WC9A 2RN2A 1L3SA 4ISGA 2F4VK 1HNVA 3PV8A 1NK9A 3QINA 4QS7A 3K59A 4B08A 4PKGA 1J6ZA 4Z4HA 3LDPA 1WUAA 5HRRA 3SJJA 3ZEUB 1YIJN 3OYIA 5BN8A 3VEVA 1P90A 3FFIA 3HRGA 5TKYA 2ZM6K 3CXCM 3D7EO 3TAPA 2O8DA 2NRZA 3HPHA 4GMJB 3PUFA 1TK0A 3EN9A 2NRXA 4OGEA 2UXCK 4R79A 3IG1A 2KQ2A 3NF6A 4H5VA 3E9OA 4JKAA 2OPSA 5M1PA 1W9HA 1RDWX 3FZKA 1Q7YO 3VEOA 4Q0BA 1JJ2M 4BC3A 2QKKA 4K25A 4O5FA 4DWIA 1KVAA 4N41A 4O55A 2P9SA 3DWLA 3WQTA 3LDNA 3JXUA 1EXQA 4BACA 4GKKK 4JN4A 2P51A 5HRSA 1XQSC 4IEIA 3A5NC 3ZT3A 3HI0A 4XH4A 4DTJA 2IDOA 4AM7A 3Q7CA 4ZTJA 1RTDA 4IFEA 4E3SA 1DTQA 4B8CA 1GLAG 3HSTB 4JHDB 1LWEA 3CQYA 2Y1IA 3SUNA 4DQQA 5AQGA 1SS6A 4BQLA 4DLEA 2CGLA 4JKFA 1GOBA 3PX0A 3BDPA 3U3GA 3V9XA 3GBTA 4DU4A 4JEPA 2XHBA 5AZJA 3RSEB 4JYAK 4BRNA 1TAQA 3LWLA 1TKDA 1NGIA 4LH4A 4DTSA 4O5BA 2E2NA 4B3TK 4AILC 4DSIA 4ZHRA 2BH1A 1YTUA 4I6MB 1OKJA 1FKPA 2NLXA 3A5OC 4CFCA 2CH5A 4AHSA 3CC7N 3AGRA 3VQ4A 3DXKB 4Z4IA 1IV0A 3CCRN 2VWBA 4CBXA 4C1NK 2NRHA 1OVQA 4O8KA 4DHYA 4PUOA 3VQ7A 4B1UB 3WEEA 2XY6A 2NUBA 2YCHA 4KO0A 5CHIA 3BEXA 1YJWN 3G25A 4YDUA 4NYFA 1HNXK 4BRDA 5KPZA 1LAWA 1BIZA 2O8EA 4MDAA 1T6CA 3CG7A 1RILA 5DMRA 3VQ9A 4ILGB 4B1YB 3THXB 3TAQA 5F2RA 4B9NA 1N8RO 1SZ2A 4DSKA 4LFAK 4L8RB 4JD2A 1UA0A 5IT9O 3ZX2A 5GAEP 2ZJQL 2XY5A 1ASUA 3H08A 3J7ZO 4BR4A 1W7AA 4EHUA 3ZETB 4RTFD 3DRPA 2QTDA 4BWMA 4DS5A 5AQUA 3ULDA 4OGCA 3WNGA 2HHTA 2KW4A 3I0RA 1CZBA 1SQKA 2HHQA 1KLMA 4CZGA 4CZJA 4JKCA 2FBVA 3WNFA 1NK7A 3RRHA 2KKZA 1UA1A 3NF9A 1RT2A 1N33K 4CZLA 3ZSXA 1I94K 5AQMA 3UKRB 4X62K 3LAKA 1XI1A 1GLFO 1L3UA 1WOQA 4BEBA 1QTMA 3VEZA 4M7YA 3KLFA 2G8UA 3DLBA 2Z1GA 1TUYA 1BIUA 3O80A 3QBWA 1HYSA 3V4IA 2G8HA 4F2SA 1M1KO 2YHYA 3AARA 5JMVA 4JI1K 3WNHA 1R0AA 5DM6L 3H46O 1XNRK 1OH6A 1S6PA 5AQHA 1SL2A 1Z26A 4LY7A 3HXMA 1YHQN 5KI6A 1VSLA 3FZLA 4DF8A 4JKGA 4QCLA 2UU9K 4WF9L 1U49A 3CPWM 4JK7A 1EX4A 4K43A 3QEIA 2Q0RA 3A0IX 2A3ZA 1IBLK 3VOVA 4DV2K 2OANA 1EKEA 3CM5A 4OPAA 4CF8A 1Q86O 1HJRA 1RBSA 2VWJA 4FJIA 4KHWA 5GINA 2E2OA 1KFSA 4H0OA 3R8EA 4OLBA 2P9KB 3QIPA 4L3QA 4RW4A 5FRNA 2E8AA 3DMJA 4CW7B 3SQ0A 3CC2N 1IO2A 1FK9A 3I0SA 4FL9A 1N32K 3HP9A 4IG3A 2W00A 3EZWA 4OO1J 3OYNA 4KB0A 4NCGA 3FLCO 2O4GA 1V4SA 3RR7A 1NMNA 1FKOA 4RG8A 4KFBA 2AA4A 1XNQK 1WNSA 4FM0A 5J2PA 1ZBLA 3VQ8A 4CHZA 2DTUA 1U2VA 1X3NA 4EAHD 2DFHA 3CPEA 2NRRA 3CF5L 2E20A 3MX5A 4CI6A 3VF4A 1E4FT 4BC4A 1NJWA 1BQNA 1I3AA 5KPRA 3W0LA 3SCXA 1K8AO 1X9WA 4IDHA 1WN7A 4DQSA 5AQWA 1TUUA 3FE1A 4AM6A 4WQ4A 3LM9A 3AV9A 1WAJA 1WLJA 3MDQA 3VQPA 2XO7A 4DR1K 1RT4A 1VSJA 2FXUA 1JCGA 1RFQA 5FRMA 3WNEA 3L2VA 3EKUA 3V1QA 3LZIA 3MXIA 4CJRA 4FJ7A 1NKBA 2IGIA 1VSMA 3VEXA 3WEEB 2DPNA 1KFDA 3LP1A 2ATQA 2A40A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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