3VENA

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
571
structure length
571
Chain Sequence
HMRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERLTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTKDLRH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
total genus 201
structure length 571
sequence length 571
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3venA01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3venA02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3venA03
2ASPA 3VEWA 4WQ4A 3DXKA 3VTHA 3UKUA 5KQDA 5LJVA 1GLLO 1V4TA 3H1QA 1KAXA 3HBTA 3W3DA 2J4RA 4FO0A 3O08A 4I6MA 2V7YA 4AM7A 4CBUA 1D4XA 2VCPA 3VERA 4BVOA 3A8YA 3HTVA 4CBWA 1NGHA 2P9LA 3ZX3A 5JICA 2BUPA 4BRDA 3I8BA 3BEXA 3VETA 1BG3A 2Q1NA 3ZETB 3B8AX 1BWFO 3H45C 3F9MA 3EKSA 3DAWA 3QDKA 3MN7A 3O1WA 1V4SA 4CZGA 3R9PA 2FXUA 3L6QA 3QICA 4CBXA 3TTDA 1E4FT 4IZ9A 1R59O 4B1XB 2DPNA 3D2FB 3AY9A 4BRCA 3SLCA 1IJJA 1QZ5A 4BRIA 4MO5A 2D1KA 1NM1A 1K8KA 2P9SB 3G25A 3IUCA 3O8MA 4CZLA 5JMVA 5ELZA 2CH5A 3D2EA 4FPBA 4H5VA 2HMPA 1J6ZA 3IFRA 5AQVA 5AQJA 5EXWA 4Y0WA 4BRAA 5AFUA 2CGJA 3AAPA 3CJAA 3LDQA 4DCHA 4JAXA 2HOEA 3LDLA 3ULEB 2IVPA 1X9JA 4FWLA 3VGKA 5AQXA 3VF2A 4QS7A 3A5LC 5AQUA 5AQWA 4JNEA 1HJOA 4BC4A 4Z94A 4B1ZA 1GLJO 2IIRA 3WEEB 4FOEA 5AQPA 1LCUA 3BP8A 3FZHA 3C7NA 4EFHA 1E4GT 1NGCA 3ATVA 4H0OA 3GE1A 4PKGA 1ZBSA 2ZGZA 3VEXA 1BA0A 2YHWA 2NZTA 3LDOA 1NLVA 2AA4A 2FF3B 4FWSA 3LDPA 4BRHA 2QWRA 5ADXH 5AQNA 5AQKA 4BR0A 4CZKA 5AZJB 1NMDA 2YCHA 4EAHD 4FWOA 3VENA 3UE5A 5JLHA 5F1XA 3H6EA 3L0QA 1MWKA 5KPZA 1HPMA 4RWTA 2YHXA 4FL9A 5KPTA 2P9PB 4FPAA 3DWLA 1BOTO 1QQOA 3O6WA 4CZEA 1GLCG 5AQIA 4IJNA 3QFUA 1X3MA 5BR9A 4H5TA 2VWBA 5EOYA 3ID8A 5AQHA 4BC5A 5AQQA 4HWIA 4QS8A 5B8HA 2E20A 3HI0A 4H5NA 3L4IA 3FGUA 2E2NA 5FPDA 4EIAA 4JHDB 3D2FA 4ISGA 5BN9A 2P9UB 4H0YB 4CZFA 4J8FA 4BRPA 1YVNA 4CZMA 3TSQA 1GLFO 1HLUA 1X3NA 1EQYA 3AARA 3TU5A 2HF4A 3CERA 3D7EO 2GELA 4PKIA 3HZ6A 2IVNA 1TUYA 3J8AA 3QMLA 1YAGA 3VF6A 3C0BA 4WQ4C 3TTCA 5FPNA 1YUWA 2YJFA 3CJ1A 3WXKA 4K25A 4BR7A 3FLCO 4WYBA 3P4IA 3UKRB 4B9QA 2F9WA 5LY3A 3U9ZA 4E1JA 2CH6A 4DQ8A 3O1BA 3O80A 3FZKA 4A2AA 2UYTA 4BRNA 4O8KA 4IJAA 4DB3A 1QHAA 1NGFA 1BA1A 3IMXA 2A40A 3WEEA 1S22A 1BUPA 4GY2B 1TUUA 4BQLA 3WXLA 4BC3A 5BPMA 2GEMA 1JCEA 3I33A 5EX5A 2FSNA 2P9KB 5JLFA 2QM1A 3GDQA 3MCPA 3AAQA 4H0VB 2P9NA 1MWMA 5AZIB 4BC2A 2ASOA 1RGIA 4XEIA 4FWPA 4FWKA 1NBWA 5BRFA 1HUXA 2BTFA 3VEOA 3WXIA 2P9PA 3TSUA 2P9IA 2A3ZA 3ENOA 3ENHA 2D0PA 4O5FA 4JD2A 3SMSA 1DEJA 3QBWA 1ZXOA 1NGIA 3EKUA 4H03B 4HTLA 1NWKA 3CQYA 4MLHA 1H1VA 5F0XA 2YJEA 4BQZA 3JS6A 3M1FA 3CJCA 4B1VA 2QXLA 4BR5A 2F9TA 3JXUA 3TTFA 4BRFA 4IO8A 2KHOA 5EVZA 3A5NC 5TKYA 4PL7A 1BU6O 4YDUA 2A42A 3S41A 1ATSA 2YI1A 4H0PA 3ZEUA 3GBTA 5FPMA 3DXKB 4CD1A 2FLOA 4KBOA 4YDUC 3O5BA 1HKGA 4JHDA 3VGMA 1RDWX 1SQKA 3VGLA 2Q97A 2E1YA 3CQXA 3GG4A 5KPRA 2D0OA 1T6CA 2FSJA 3BUZB 3MMVA 1Z05A 4AM6A 1MDUB 4B1UB 5FPEA 1OKJA 3DJCA 3MDQA 2NLXA 1P8ZA 2V7ZA 5BRHA 3VEYA 4BRLA 2Q2RA 3MN5A 3WQTA 3VOVA 5AR0A 3M6GA 4WQ5A 4A62A 4EHUA 2CGLA 1ZC6A 1IG8A 3FFKB 4K43A 1NGJA 2D4WA 2E2QA 2IVOA 3LL3A 4WQ5C 3W0LA 3UB5A 1T6DA 4PKHA 4C23A 3ZETA 3MN9A 2Q31A 4BR9A 4CZJA 5CE3A 1KAZA 1TYQB 4FSVA 3VEZA 1DKGD 2PBDA 2ZGYA 1MA9B 1YXQA 1RFQA 4M7XA 1BDGA 4K42A 1GLBG 4QS9A 2P9KA 1U6ZA 5AQFA 3FR0A 4MO4A 5AFUH 2QWQA 3DXMB 3FZLA 4BREA 5BRDA 5AZIA 1GLAG 4MLEA 2P9SA 3CJ7A 3U4LA 2E88A 2V52B 4RTFD 3KZBA 5AQZA 2QWNA 3RSEB 3LM9A 1WUAA 2VYPA 1SAZA 2CGKA 3R8EA 3H1VX 3SMPA 4H0TB 2QWPA 5AQRA 2E8AA 3KHYA 4FOIA 4A2BA 4F9OA 2QWMA 3WUHA 4IXCA 3BF1A 4FWMA 3TSPA 2ZF5O 4BRGA 4K41A 2Q0UA 3EL2A 3ULEA 5AQGA 3HSCA 2AP1A 3EO3A 1ESVA 2QWOA 5AQLA 4NO7A 1HX1A 3H46O 3WQUA 3OHRA 2A5XA 1QQNA 2I7PA 1U2VB 3VPZA 2ITMA 1BO5O 2GUPA 2HF3A 4BVPA 5AQSA 2Q0RA 5BPNA 3A5MC 3LM2A 4FWRA 1SZ2A 4CJ7A 5E26A 1NGDA 3M3ZA 4BGAA 4B1YB 4XH4A 5KQ8A 3H3NO 5AZJA 3VEVA 1NGAA 1XQSC 1DGKN 2GTDA 4M7YA 3U8XA 3KVGA 1S3XA 1QZ6A 5ADXA 3GL1A 3WT0A 4BR2A 4BR4A 4EHTA 2WUSA 2EWSA 2ZWHA 5AQTA 4H5WA 2FF6A 3LDNA 1JCGA 1G99A 1HKCA 4H0XB 4CD3A 3CJ9A 3TPQA 1TYQA 5AQMA 5EY4A 3CIPA 1XC3A 4BGBA 3SJHA 2E1ZA 3BF3A 1Q18A 2A6AA 3SK3A 1LOTB 3VF4A 2V51B 4GNIA 1HKBA 3ZX0A 4DHYA 4XH1A 3WXJA 5AQOA 1WOQA 3UKUB 3ATUA 4BROA 3DXMA 2FSKA 2P9UA 3FZMA 4CZIA 4FWNA 4CZHA 4I6MB 4FWQA 4BG8A 1NGBA 1C0FA 2QW9A 2E2OA 4M63C 2QWLA 2P9LB 2PAVA 3IDHA 3CI5A 1Z6RA 4BG9A 3RSEA 4IWVA 3GOIA 3UKRA 5BREA 5F2RA 2GWJA 2I7NA 3FE1A 3ZX2A 3HM8A 4PL8A 3VESA 1NGEA 3H3OB 2Q36A 2E2PA 4L3QA 3QFPA 1CZAN 1NGGA 3A5OC 1ATRA 1KAYA 4LC9B 4H5RA 2NRHA 2P9NB 3U9DA 5BPLA 4A61A 1U2VA 1C0GA 3CETA 2OANA 1K8KB 4B1WB 3QB0A 3FZFA 2GWKA 1XUPO 2W41A 5E84A 1ATNA 2P9IB 3CHWA 3D2EB 3MN6A 5I9EB 4JD2B 3EN9A 2YHYA 1T44A 5AQYA 2W40A 3O4WA 3EZWA 4ISEA 2H3GX 3CJBA 3R6MA 3MK6A 4JN4A 1GLEG 2A41A 4XH5A 3ZEUB 2ASMA 4ISFA 5BN8A 4BRMA 4NB4A 1KXPA 1GLDG 1QQMA 1JCFA 4RCHA 1Y64A 4BRKA 5LJWA 3C7NB 4CI6A 3QBXA 4BRQA 3A0IX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K4IA 3V1OA 3CCJN 4KB0A 3AVLA 3W3DA 3CM5A 2ZE2A 4FO0A 3SPYA 2HBMA 2V7YA 4I6MA 1NMNA 4I9QA 4J2DA 5GIOA 1HNIA 1D9DA 3HRGA 3HTVA 4CBWA 4B9LA 5JICA 2MX1A 2BUPA 2XY7A 3VETA 3MXJA 5DMRA 3F9MA 4K8XA 3EKSA 3VMFB 1QVFM 3QDKA 5J2MA 5J2PA 1VRUA 4CGGA 1XNQK 1V4SA 4AHRA 4CZGA 4IG3A 3KKRA 4NCAA 3L6QA 3OS0A 3LAKA 5BR8K 4FW2A 1UA0A 2JWLA 4P6PA 1FXXA 1VSEA 5DM6L 3RR8A 1IJJA 5M1QA 2D1KA 1BIUA 1NM1A 1K8KA 1JL1A 3G25A 1ZYQA 3L2VA 3O8MA 4B3TK 4DTXA 1DTTA 4CFDA 4ILJA 3QLHA 3D2EA 4PHTX 2PFUA 4H5VA 2HMPA 1T3VA 5AQJA 3V1QA 4Z4HA 4FJ5A 1TKXA 3VQQA 5AFUA 1VSJA 3AAPA 4CJ5A 3OYIA 1X9JA 3VGKA 5AQXA 4FZXC 1NJWA 5AQUA 2QEXN 3QEIA 3F5TA 4BDYA 5AQPA 3ZSWA 1S1TA 4FYDA 3O9SA 4H0OA 3VEXA 4PKGA 1BA0A 2VG6A 4DSEA 4X65K 4ICLA 3LDOA 4QOZB 3J7YP 3SQ1A 4DTJA 2QWRA 3CFOA 5ADXH 4BR0A 1IKWA 5AZJB 3OYAA 3OJSA 2XO7A 1A5VA 4EAHD 1SKSA 3S3OA 3LP1A 5F1XA 3C6TA 1VQ7N 1QSSA 3PX4A 1WSJA 3K57A 4H4MA 4RWTA 4FLXA 4CJQA 2P9PB 4BE2A 4CZEA 4CK3A 1VQ9N 3HSTB 3CD6N 1NKEA 3E9LA 2YNIA 4H5TA 4ID5A 3AVBA 5EOYA 4DS5A 4BC5A 5AQQA 4QS8A 1IO2A 3ZT3A 1IV0A 3PY8A 1HNVA 3DRSA 4H5NA 3L4IA 3FGUA 1Q81O 3L3UA 3R3LA 5FPDA 4QCLA 4EZ9A 4JHDB 4H0YB 2RISA 3CCLN 4BRPA 3SAGA 4CZMA 1GLFO 1HLUA 4DV3K 5MLCQ 1U47A 3CERA 1TUYA 3WXMB 3KJVA 1J5EK 4F8RA 4WQ4C 1HNZK 2Y1JA 2YJFA 2YV0X 1NK6A 5LY3A 3U9ZA 4E1JA 2CH6A 4CIEA 3L2WA 4CK2A 3FZKA 4A2AA 1K8AO 4BRNA 2EX3A 3D45A 4DB3A 4CJRA 1G57A 4GW6A 1TUUA 3K9KA 2GEMA 4DTPA 4LF6K 1Q82O 3I33A 1DLOA 5EX5A 2P9KB 1J5OA 4CERA 3SBTA 4FW1A 2KW4A 2GX9A 5H1SQ 4C8KA 1U4BA 1VQLN 1KQSM 3CFRA 5E41A 4BC2A 2RN2A 3LPTA 2WTUA 2OYQA 2R7YA 1HUXA 3WNGA 2BTFA 5D3GA 3WXIA 2P9PA 2NUBA 4FJMA 2DFFA 4JD2A 1ZBUA 3HPOA 2X74A 3M1FA 3JS6A 3CJCA 3ISNC 3U3GA 1J9AA 3V1RA 3JXUA 4B1VA 1VRTA 2BDPA 3AVNA 2VWKA 1TVRA 4CEAA 4FLUA 1XC9A 1L3UA 3C6AA 5FPMA 5GADP 4FCYA 5C12A 3M8PA 2NNWA 1HKGA 5M1KA 4JHDA 4CF8A 4HHTA 2HW3A 3VGLA 2OPSA 2JLEA 5KPRA 5HLFA 3HPHA 1LWFA 1BCMA 3BUZB 1W9HA 3THYB 1NK5A 1Z05A 4AM6A 1OVQA 1HNXK 4O4GA 3AO3A 3AVIA 2HNDA 1JLQA 3T19A 4E7LA 3LRJA 3VOVA 3VQ7A 4JI3K 4A62A 3M6GA 4EHUA 2CGLA 1ILYA 4K43A 3QO9A 4DV1K 1HYZA 4DG1A 3UB5A 3TAQA 1T6DA 4C23A 1DT9A 3ZETA 2Q31A 3LP3A 3J7ZO 1IG9A 1KAZA 4FK2A 3VEZA 4DSJA 2BGGA 2EQAA 1JKHA 4Z4EA 1REVA 1BDGA 2KZMA 4K42A 4QS9A 1QHTA 1Z25A 2P9KA 3K0SA 3L7VA 1EP4A 2ZJRL 5J1EA 3G71N 1XNRK 3O9UA 5AFUH 3DXMB 3J7AP 3FZLA 4BREA 4P8EA 1WAJA 3VA3A 1VSDA 1VK0A 4RW9A 4YHHK 2G8FA 3MK5A 2HB5A 3KZBA 4RW8A 4YOTA 5AQZA 3PSFA 4CF2A 3KK3A 1YF5L 4Y1DA 1W2BM 1CXQA 3SMPA 3R8EA 4BDZA 3SQ0A 2E8AA 4R79A 3OBWA 4F9OA 3TSPA 3WUHA 4IXCA 4BRGA 3ITHA 4CGJA 3DLLL 3QIPA 2YX6A 1EX4A 3HSCA 3AVCA 3EO3A 2Q3SA 3PLAA 3DLGA 5AQLA 4NO7A 4N47A 3M5RA 3OHRA 2A5XA 1QE1A 1QQNA 1HPZA 3E9PA 4RW7A 3THYA 4FWRA 1SZ2A 5KGXA 2XRIA 4CJ7A 1NGDA 2JWKA 3M3ZA 4IEIA 3H3NO 2E6MA 3DYAA 1XQSC 5GIPA 3OYBA 5I42A 4M7YA 3U8XA 3JAMO 1VQ8N 3SCXA 1S3XA 1QZ6A 1K4PA 4C8MA 1W97L 3WT0A 4BR2A 4KAZA 1RT1A 4I2PA 4EHTA 3CF5L 3RRHA 4B8CA 3PX0A 4DQIA 1JLBA 4CD3A 3NH1A 5AQMA 5HOOA 3THXA 3OYFA 4YOYA 1S9GA 1IEZA 4HUFA 1JXEA 1ASUA 3WXJA 4CJEA 3QETA 3UKUB 4M3ZA 3DLKA 3DXMA 2FSKA 4OVLA 1A5WA 2HNZA 4CZIA 1WN7A 4Y1CA 4FWQA 1NK9A 4JI4K 4TSXA 2QWLA 1TL1A 3HM9A 2PAVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VSL A;  4BR9 A;  4KHN A;  3VQB A;  4JLH A;  1NG9 A;  2ZGY A;  3QNO A;  1YXQ A;  3HL8 A;  3VQE A;  3NE6 A;  4B3M K;  4M7X A;  3BZK A;  1GLB G;  3NGI A;  1VQO N;  5C0Y A;  2QWQ A;  1MU2 A;  4ELT A;  1N36 K;  3O3G A;  4YNQ A;  5BRD A;  3OY9 A;  5AZI A;  4LFA K;  4OKE A;  4OJR A;  4MLE A;  3SZ2 A;  2WOM A;  4CES A;  5GIN A;  3U4L A;  4DQR A;  4DU3 A;  2E88 A;  1ASW A;  3RTV A;  1R0A A;  1HRU A;  4KHS A;  1RDU A;  2QWN A;  4LY7 A;  4CF0 A;  4CEE A;  2IC3 A;  2DFH A;  3KHY A;  1C0U A;  1RTJ A;  3SYZ A;  2QWM A;  3AO2 A;  4LF9 K;  3BF1 A;  4FWM A;  2ZF5 O;  4OLB A;  1F21 A;  3ID6 A;  2Q0U A;  4K41 A;  3ULE A;  4BDP A;  3OW2 M;  3Q7B A;  3CPE A;  4CGF A;  2RE2 A;  3AA4 A;  4CFC A;  2WC9 A;  1HX1 A;  3H46 O;  3EYZ A;  4N5S A;  2NRT A;  4EP4 A;  1U2V B;  3VTI A;  4YOU A;  3VPZ A;  1K4O A;  1BO5 O;  3BY5 A;  3MEC A;  3TAB A;  3C95 A;  5AQS A;  1VQ6 N;  5E26 A;  1NK0 A;  4BGA A;  4B1Y B;  4HUE A;  2ZQB A;  3VEV A;  1NGA A;  3QEV A;  4X62 K;  1DGK N;  3VQP A;  3OYJ A;  3KVG A;  5ADX A;  3DLR A;  3F73 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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