3VEWA

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz in complex with adp
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
567
structure length
567
Chain Sequence
HMRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERLTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
total genus 191
structure length 567
sequence length 567
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vewA01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vewA02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vewA03
4QS8A 2GWJA 2P9IB 3QB0A 4JAXA 2QWRA 1ATRA 5AQMA 3VEWA 2QW9A 1MDUB 4BR9A 1E4FT 4H5VA 5LJWA 3IDHA 5AQJA 4CZKA 2P9KB 3QBWA 4K25A 3O1BA 1JCFA 3VEXA 4XH1A 1X9JA 4H03B 3VETA 4AM6A 2IVNA 2V7ZA 3ZETB 5BRDA 3FZFA 4BC5A 1SQKA 3KVGA 3MN5A 4BQZA 4BVPA 5KPRA 4QS9A 4NB4A 3GBTA 3LDPA 2OANA 3D2FA 3VENA 3ZX3A 1QQMA 3G25A 3HI0A 2YHWA 3U8XA 3VESA 3F9MA 1T6CA 4M7YA 4CD3A 3QFPA 4FWQA 4CI6A 5E84A 3H45C 4IJNA 5AZJB 3VEOA 3WUHA 5BN8A 4WQ4C 5E26A 1BU6O 1NGEA 1YUWA 5TKYA 4EHTA 2A42A 5BREA 3HBTA 3GE1A 1BG3A 3UB5A 4BRQA 3TTCA 1KAZA 3CI5A 2PAVA 3WT0A 5BRFA 3QICA 3AAQA 4FWKA 3ENHA 5AQUA 1GLDG 3ZEUB 1V4SA 3VEZA 3VF4A 4K43A 4EIAA 4PKGA 1U2VA 2NZTA 4FWOA 3WXLA 4BRIA 5AQTA 1DKGD 2NRHA 2QXLA 3WEEA 4B1XB 1JCEA 3ZX0A 4BRCA 3TPQA 3CQXA 2A3ZA 1TUYA 2AP1A 4I6MB 1S22A 2BUPA 3WXKA 2ASMA 2F9WA 1YAGA 2QWQA 5BPMA 4BRPA 3A5LC 5AZIA 1C0FA 1SAZA 2YHXA 4B1UB 2E2NA 4BC3A 1BA0A 2P9PA 3J8AA 3SJHA 3DAWA 1IJJA 3SMPA 4Y0WA 3O4WA 5BRHA 1JCGA 4MO5A 4IXCA 4A2AA 5FPDA 2Q0RA 3ENOA 4DB3A 4MO4A 1GLFO 3UKUA 1MA9B 2IIRA 1R59O 3CJBA 4FWPA 3IUCA 1WOQA 4WQ4A 5B8HA 4BR4A 1ZC6A 1GLBG 2E20A 3FZHA 1LCUA 3EN9A 2QWLA 1LOTB 5FPMA 3FFKB 4AM7A 1NGAA 3O08A 1BA1A 4CZLA 4WYBA 2QM1A 3FZKA 4BRHA 3I33A 5F0XA 1Z05A 4BC2A 3MCPA 1KAXA 3VF6A 1IG8A 3A0IX 3MMVA 3QBXA 3VERA 5AQRA 3D2FB 5AQFA 4BRNA 3SK3A 2A5XA 1NGJA 1NWKA 1NMDA 5FPEA 1RFQA 3QDKA 4M7XA 1NGBA 4IJAA 1KXPA 3FR0A 4FWRA 3U4LA 4BREA 5EOYA 3L4IA 4ISGA 1QQOA 3B8AX 1TYQA 4MLEA 5KPZA 3WXIA 3H1QA 3AAPA 2E1YA 1XQSC 3CJ1A 1DEJA 1ZBSA 3W3DA 1G99A 3DXMA 3TSUA 4B1WB 3QMLA 4BC4A 4EFHA 3BF1A 3O1WA 5JLFA 3CJAA 3CERA 3IFRA 2KHOA 4FWLA 3FZMA 4J8FA 1X3NA 5CE3A 1WUAA 2UYTA 4FOEA 1XC3A 5AQZA 3O80A 4JHDA 4BRDA 4JD2B 3CQYA 2Q36A 2A41A 3TTDA 1E4GT 5AQGA 1ESVA 2E88A 2QWNA 3EO3A 1P8ZA 3ATUA 2VYPA 4E1JA 1NGCA 5AQYA 3TSQA 3CIPA 4MLHA 4XEIA 5I9EB 2P9PB 1MWMA 5AQXA 2ITMA 5EXWA 3O8MA 5BR9A 4B1YB 3CHWA 2CGJA 4B1ZA 1BWFO 2E2OA 1T44A 3BEXA 1GLJO 2VWBA 4CZFA 1HKCA 3SMSA 4GY2B 1QZ6A 1X3MA 3M1FA 2P9UA 1ATNA 4FPBA 4IZ9A 2GEMA 5AQSA 3ATVA 4H0VB 4BGBA 2GELA 4FOIA 3DWLA 3M3ZA 2CGLA 2I7NA 3CJ9A 2D0OA 4BROA 4CBWA 1HKBA 3VGKA 1QZ5A 2DPNA 2AA4A 2P9LB 1D4XA 3DXKB 3DJCA 2YCHA 4FWMA 3CJCA 5JICA 4IWVA 2ZWHA 4RTFD 1YXQA 2WUSA 1YVNA 2QWOA 3JS6A 4ISEA 2ZGZA 1U6ZA 2FSNA 3S41A 1GLLO 2P9KA 1K8KA 3C7NA 3LDOA 1GLCG 2W40A 1MWKA 3HSCA 5JMVA 3KHYA 4FWNA 4BG9A 2V51B 1BDGA 3ZETA 3MN7A 5KQDA 4H5RA 4CZEA 2H3GX 3HM8A 1TYQB 2ZGYA 2YI1A 5EX5A 3VF2A 3MN6A 2W41A 3GG4A 3HTVA 5AQPA 2D0PA 3DXMB 5AQIA 1BO5O 2GUPA 2YJFA 4YDUC 4K42A 5BPLA 3D2EA 1NGGA 4B9QA 4F9OA 1RGIA 2V7YA 3FE1A 4CZIA 3AARA 1V4TA 2IVOA 3RSEA 3EKSA 4BRGA 1C0GA 1GLAG 2ASPA 4DHYA 3ID8A 2P9SA 1Q18A 3FZLA 2ZF5O 1HUXA 3ULEA 5EY4A 1NLVA 1EQYA 5BN9A 5BPNA 3D7EO 2CH5A 1HPMA 4BRLA 4CD1A 1Y64A 3C0BA 4H0XB 3EKUA 2Q31A 1H1VA 1NBWA 1J6ZA 3UE5A 2P9NA 3IMXA 1CZAN 3HZ6A 2P9UB 4PL8A 1TUUA 1XUPO 3H46O 1KAYA 4H0YB 4BRAA 3CJ7A 3GDQA 3P4IA 4H5WA 4A61A 3MDQA 2Q0UA 5AQHA 4YDUA 3O6WA 2HMPA 1U2VB 4CBXA 2CH6A 2FSKA 4A2BA 4BR7A 4H0OA 3WEEB 5LJVA 2QWPA 4HWIA 5AQQA 1RDWX 5AQKA 4CZJA 2E2PA 2FF3B 2EWSA 4BR2A 5KPTA 3LM2A 2A6AA 2YJEA 2YHYA 2Q1NA 2I7PA 3VTHA 5AZIB 3TSPA 1K8KB 4C23A 3C7NB 2IVPA 5ADXA 2CGKA 1NM1A 3FLCO 3R8EA 3M6GA 4K41A 2D1KA 2QWMA 2FF6A 2FLOA 3LDNA 3JXUA 5LY3A 3VOVA 4H5NA 1NGHA 4JN4A 3UKUB 1HKGA 2FXUA 4FWSA 3L0QA 4JNEA 2GTDA 3EL2A 4NO7A 3R9PA 4BQLA 3H1VX 1HJOA 4DCHA 3D2EB 4DQ8A 3AY9A 3VEYA 3CETA 3MN9A 4BR5A 2J4RA 3LL3A 2E8AA 4CJ7A 4A62A 3GL1A 3UKRA 4RCHA 2P9IA 5ADXH 2ASOA 4RWTA 3H6EA 3RSEB 3KZBA 1ZXOA 4WQ5C 4H0TB 2Q97A 5ELZA 4PL7A 2P9SB 2GWKA 3H3NO 5AQNA 3WQUA 3A5MC 3TU5A 4BGAA 3BUZB 3ZX2A 1GLEG 3U9DA 3LM9A 3ULEB 1ATSA 4BR0A 3OHRA 4CZGA 2HF4A 5AQOA 4BRMA 3SLCA 4PKHA 4PKIA 3GOIA 1HLUA 1Z6RA 3VPZA 3A8YA 4JD2A 2HOEA 3I8BA 4FO0A 1NGIA 5EVZA 2P9NB 5KQ8A 1QQNA 3BF3A 2E2QA 1HX1A 4GNIA 3O5BA 4FPAA 3BP8A 2FSJA 2BTFA 4FL9A 5AFUA 3WQTA 4CZMA 2HF3A 3A5OC 3R6MA 5AZJA 3U9ZA 3W0LA 5JLHA 3WXJA 5AQVA 4L3QA 4JHDB 1DGKN 5AQLA 4O5FA 4O8KA 4QS7A 1BOTO 4IO8A 4WQ5A 3VGLA 4BG8A 4LC9B 3ZEUA 4BRKA 2D4WA 3MK6A 5AR0A 3A5NC 5FPNA 4CBUA 2NLXA 4FSVA 3FGUA 4KBOA 3L6QA 1OKJA 4H0PA 2PBDA 1SZ2A 2P9LA 3DXKA 4H5TA 4ISFA 3LDQA 1NGDA 5F2RA 4I6MA 4EAHD 5AFUH 3QFUA 3H3OB 3VGMA 4BRFA 5F1XA 1T6DA 2VCPA 4XH4A 2F9TA 2Q2RA 1S3XA 4B1VA 4XH5A 4Z94A 2V52B 3EZWA 1QHAA 4EHUA 2A40A 3TTFA 4BVOA 3VEVA 2E1ZA 3LDLA 1NGFA 5AQWA 4HTLA 4M63C 1BUPA 4CZHA 3UKRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QS8A 4OPJA 2GWJA 4J2BA 1ATRA 5AQMA 3VEWA 4FVMA 4CJQA 1MDUB 3JAMO 3C6HA 5LJWA 1FW6A 4K25A 4WFAL 4WCEL 1X9JA 4H03B 3VETA 1QS4A 4DS5A 2A1RA 4JI1K 4BC5A 5KPRA 3OYLA 1D9DA 4FJGA 3SQ4A 3O4NA 3TANA 3LDPA 2RN2A 4JRQA 4E3SA 4B9VA 4BE2A 2D0CA 1WLJA 3T1HK 4I9LA 3G6EN 4CE9A 3HYFA 4DQSA 5C2FA 5E84A 3K58A 3H45C 5AZJB 4OKKA 4DV0K 1JLEA 1YJ9N 3OYJA 4Y1CA 5BREA 3GE1A 2HHHK 3UB5A 4P6DA 4ELTA 3TTCA 3QNNA 4KB0A 4KHSA 1HNIA 1J53A 3OYEA 3AAQA 4K0KK 3ENHA 4XIUA 4B8AB 1VQKN 2G8WA 4JKGA 3VQDA 1V4SA 1BGXT 1TGOA 3VF4A 4K43A 2P51A 4PKGA 1U2VA 2BE2A 4FWOA 4LFAK 4FZZA 4DTNA 2NRHA 2QXLA 4BDYA 3ZX0A 2ZJQL 2A3ZA 1R0AA 4FXDA 1SS6A 3ZSOA 2BUPA 1WAFA 2F9WA 3CPEA 4OVLA 2Z1JA 3ZSQA 3CCJN 1YAGA 2VWJA 4LD0A 3C95A 4B1UB 4IKFA 4BC3A 3J8AA 2NUBA 1BI4A 3AJEA 1M90O 1XNRK 4PA1A 4DQIA 2Q0RA 3ENOA 4CK2A 5MLCQ 4KHNA 3UKUA 2G8IA 3CJBA 5KTQA 1KVAA 3IUCA 1WOQA 4LH4A 5DMRA 1HYVA 2E20A 3ZT3A 3I0RA 5FPMA 1C1AA 1FK9A 2OZSA 2KZZA 4F3TA 3SCXA 1TKDA 4YOTA 1Q8IA 1WSEA 4ZTJA 5CYMA 4CHYA 1Z05A 1KQSM 3MCPA 1KSPA 3KJVA 4YHHK 3SK3A 2A5XA 1J54A 3KK1A 4IBNA 5FPEA 4FJIA 1ZBIA 1CXQA 1LAVA 3FR0A 2HBLA 4FWRA 1N34K 3RMAA 2QKBA 2IGIA 1RDAA 1VQ6N 3B8AX 4IDKA 1TYQA 1CZBA 5KPZA 3WXIA 1SUQA 2XRIA 1DEJA 5K14A 4CJFA 4EZ6A 4DFPA 1G99A 3ISNC 1IG9A 3DXMA 3BGRA 3KLIA 4DTMA 3QMLA 4BC4A 4JYAK 5HLFA 4CK3A 4JS4A 3IFRA 1WSGA 1X3NA 1JL2A 3AGRA 3AVLA 2KQ2A 1Z26A 4CGDA 1XC3A 3TI0A 2UU9K 2XY5A 4KH5A 2Q36A 2A41A 3S3NA 2DFFA 2E88A 2OPRA 2QWNA 3PX0A 1P8ZA 4O55A 2IOCA 5AQYA 1MWMA 2ITMA 4JK9A 2OCEA 2RF2A 3CFOA 1BWFO 1IKVA 2E2OA 2JLEA 4ILHA 3CF5L 3P83D 5DK5A 4KHYA 4KH4A 2KZMA 4GY2B 5J2NA 1X3MA 4FJKA 4Y1DA 4B08A 2O8EA 1SNNA 4O4GA 1ATNA 3I8DA 4B9TA 2YHAA 3ATVA 4FOIA 3M3ZA 1VSJA 5JS1A 5C12A 3HP9A 2O8FA 1QSSA 3VGKA 4FLWA 1BQNA 1D4XA 4CJEA 2YCHA 3CJCA 2O8CA 4CJ5A 4IFYA 3DLLL 1GLLO 4Z4IA 2P9KA 1UA1A 3C7NA 2YNFA 1U49A 1K4IA 1MWKA 3HSCA 3E66A 1QTMA 1YJWN 3MX2A 4DKWA 1P90A 4CZEA 2H3GX 1TYQB 1HYZA 2YI1A 4DUYK 5EX5A 3SAFA 4A59A 2W41A 1K4PA 3DXMB 1KK9A 4KAZA 4OO1J 1RGIA 3FE1A 1XMQK 3PO4A 3M8RA 3TAPA 4CZIA 3QIPA 4BACA 1NK7A 4DV3K 4DU1A 1C0GA 3NF7A 4RW9A 3ZYYX 1Q18A 2PYJA 4W5NA 4P77A 4CFBA 4E1MA 4FCYA 2ZF5O 4CJVA 4ICLA 4FJNA 4KO0A 5FROA 5BPNA 3ULDA 1HPMA 2DFEA 4E19A 5I42A 4H0XB 4X66K 4DTJA 1EWQA 3EKUA 3E01A 2B6AA 4CJRA 4JKEA 1NBWA 1J6ZA 3UE5A 2O8EB 4E7HA 3HZ6A 1TK0A 5KGWA 1K6YA 3GDQA 3D0PA 4CHNA 4H5WA 3MDQA 1ASVA 1VSLA 4CGGA 3NF9A 4YOXA 2WOMA 2O8FB 4FJ9A 1SV5A 2CH6A 4DV5K 2QWPA 4CEFA 3R3LA 2IC3A 4M42A 3N4QA 1RDWX 2EWSA 4BR2A 4B3RK 3LM2A 2YJEA 3OYIA 3J81O 4HCCA 1VQ9N 1KCFA 5AZIB 4M3ZA 5GADP 3C7NB 1LAWA 1NM1A 4DS4A 2XY7A 1TKUA 4K41A 2D1KA 4AHSA 2QWMA 3CCSN 3F5TA 3LDNA 1K49A 1S1UA 4H5NA 5SWMA 4CEOA 1N8RO 1DLOA 4CW7B 3KTQA 1S1VA 5HL7L 3THYB 5JS2A 2FXUA 4M3XA 2BANA 4JI5K 3EL2A 3BZKA 4HUGA 2JWKA 1VHXA 3R9PA 4BQLA 2Y1JA 4DTPA 1M1KO 3LZJA 3RMDA 3MN9A 1JL1A 2J4RA 3VA0A 4YY3K 4CJ7A 3B6PA 1N5YA 3UKRA 3OBYA 4DTXA 2P9IA 3ZSVA 4CJPA 3H6EA 5TKWA 1CLQA 4JRPA 2VGMA 2Q97A 3OS0A 2Y1IA 4PL7A 2GWKA 5AQNA 3WQUA 1VSDA 2Z1GA 3IRXA 1BL3A 4LSNA 3A5MC 5GAHP 4JV5K 1TVRA 4RW4A 3BUZB 3ENBA 1TL1A 1WSFA 1YT3A 3QIOA 4BR0A 3NFAA 4HTUA 2G8UA 1BHLA 1RT6A 4C8NA 3A8YA 2G8KA 4BY9C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1TKZ A;  4NO7 A;  3LP0 A;  3PY8 A;  2G8H A;  4GV9 A;  3H1V X;  2VG6 A;  4DCH A;  2XY6 A;  3MK5 A;  1T3V A;  1CZ9 A;  4BR5 A;  2E8A A;  3TAF A;  1HR0 K;  3MAQ A;  3VQP A;  3RRH A;  4CHO A;  5ADX H;  2ASO A;  4RWT A;  5FRN A;  3RSE B;  5FLX O;  1ZXO A;  1JLF A;  3HJF A;  1LW0 A;  3AA4 A;  3OYN A;  5ELZ A;  3SYZ A;  2P9S B;  3H3N O;  1NKB A;  1HNX K;  5HOO A;  2OTL N;  1VK0 A;  2B4J A;  3OY9 A;  3T3F A;  1ATS A;  1JLC A;  4CZG A;  4JI3 K;  2HF4 A;  1CXU A;  4CGJ A;  5KGX A;  3OYA A;  1I39 A;  3E9L A;  3AVJ A;  5M1Q A;  1U04 A;  2E5L K;  3VPZ A;  5C25 A;  2HOE A;  4GKJ K;  4FO0 A;  3QEP A;  2P9N B;  1QQN A;  4GNI A;  3BP8 A;  4NXN K;  2FSJ A;  4FL9 A;  5AFU A;  4CIF A;  4JI4 K;  1EWR A;  5AZJ A;  3W0L A;  3KIO A;  3SAH A;  3OYC A;  3HVT A;  5AQL A;  2BGG A;  4RG8 A;  3T1Y K;  1W97 L;  1BOT O;  4WQ5 A;  4BG8 A;  1EXQ A;  2F4V K;  1WN7 A;  2NRX A;  3A5N C;  1JCU A;  3OJU A;  4KBO A;  1SZ2 A;  4NYN A;  2P5G A;  4AF1 A;  4H5T A;  1GOB A;  3LDQ A;  3EY1 A;  4ELU A;  5AFU H;  4V19 S;  3LQU A;  1T6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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