3VF2A

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz m473i variant in complex with carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
566
structure length
566
Chain Sequence
MRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERFTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYIIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
total genus 190
structure length 566
sequence length 566
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf2A01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf2A02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vf2A03
5ADXA 3ZEUA 4BC2A 4PKIA 4CJ7A 2QWPA 1S22A 1JCGA 4BRQA 4RWTA 4CZIA 1BDGA 2P9SA 3CJ7A 4BQLA 2OANA 2QWOA 4H5WA 1TUYA 4WQ5C 3MMVA 3W0LA 1NWKA 5AQYA 2QWRA 4CZMA 4CBWA 3KHYA 3CQYA 3U9DA 4JAXA 1NGIA 3HSCA 4CBXA 4IJNA 2VCPA 3ENOA 2A5XA 1E4FT 2AA4A 4BC4A 5FPDA 1JCEA 4BRFA 2QWMA 1LCUA 1GLBG 2GWJA 2QWQA 3CJAA 4BROA 4BRPA 2FSKA 5JLHA 3H45C 3VF4A 2AP1A 3DXKB 1TUUA 4CD1A 4AM7A 3CJBA 5BN9A 4C23A 3FZMA 4H0YB 5I9EB 1E4GT 4FWOA 4BVOA 1WOQA 4RCHA 3FLCO 4BR7A 3H1QA 2ZF5O 4YDUC 3OHRA 1SZ2A 4K25A 1Y64A 5BREA 2A6AA 4FWPA 4ISFA 5BPMA 3HBTA 4H5VA 1HX1A 3CJ9A 5AQWA 3O1WA 5FPNA 1XUPO 4LC9B 2P9NB 1GLJO 3VEVA 5BRFA 4IWVA 5KPRA 1QQOA 2Q31A 3VPZA 2P9PB 3H6EA 2GELA 2E20A 5KPZA 2DPNA 3WQUA 3ATUA 3H3OB 4RTFD 4WQ4C 3FFKB 1BUPA 3RSEB 1NBWA 3VOVA 3VGKA 2P9LB 3ULEB 4CBUA 3TSQA 2CGKA 3WXKA 2Q0UA 1RGIA 4BR2A 2P9UA 3IMXA 3VESA 5FPEA 2GWKA 5F1XA 5E84A 3BUZB 3L0QA 4EHUA 5LJWA 3WXLA 1K8KA 2E88A 1NMDA 3A5MC 4H0OA 5EXWA 2IVOA 3VF2A 2NZTA 3VEZA 4J8FA 3LDPA 1LOTB 5AFUH 3ATVA 4H5RA 3AAPA 1D4XA 1NLVA 3O08A 1MWKA 4BRMA 2E2NA 5AZIA 3GDQA 4O8KA 2YHWA 5JICA 2W40A 4XEIA 3UKUB 4BRLA 4IJAA 3C7NB 3I33A 5AQXA 4IZ9A 3VF6A 5BRHA 2Q36A 2CH5A 4QS7A 3QMLA 3ZETA 3M1FA 1GLDG 1XQSC 3UE5A 4EFHA 3GBTA 3M3ZA 1DGKN 3FZLA 3LL3A 4IXCA 1HKGA 4IO8A 3SJHA 3O6WA 3P4IA 5AQUA 5KPTA 1RDWX 1EQYA 3IDHA 3J8AA 4A2AA 3WEEB 4CI6A 3HTVA 2Q0RA 3B8AX 1ESVA 2CGLA 3VGMA 3DAWA 3CIPA 2I7NA 3ZX0A 4BC5A 5EX5A 1MA9B 5AQIA 1MDUB 2P9KB 3QB0A 4O5FA 5AFUA 3CHWA 2ASOA 4CZHA 4DHYA 2YI1A 1ATRA 3UKRA 1P8ZA 4Z94A 2D4WA 2YHXA 4KBOA 3WXIA 3CJ1A 2IIRA 3D2EA 3FR0A 3TPQA 2QXLA 3FZFA 4H03B 3L4IA 2QWLA 4BREA 1GLEG 2YJEA 3SMSA 5BN8A 2V7YA 4H0PA 5AZJB 1NGBA 3WXJA 3MDQA 2FSJA 3TTFA 4BGBA 4ISGA 4I6MA 1ZBSA 5EOYA 4FSVA 2F9WA 1BWFO 3O4WA 3JXUA 5EVZA 1BO5O 2A41A 3CETA 3VETA 3WQTA 5AQGA 4BRIA 2KHOA 1NGAA 5AQMA 3HI0A 4QS9A 4CZJA 1YAGA 2D0OA 1BG3A 1X9JA 2WUSA 3U4LA 5BR9A 1Q18A 2FF3B 1U2VA 4FWMA 3IUCA 3O8MA 1T6DA 4PKHA 3D2FA 2CGJA 2QWNA 1GLCG 3VEYA 3DXMA 5AQQA 3I8BA 4JHDA 3EO3A 4XH1A 3HZ6A 3TTDA 1KAXA 3G25A 5BPNA 5EY4A 4BQZA 1YUWA 3MK6A 5AQLA 4B1YB 4H0VB 4XH4A 2P9IA 2CH6A 2FLOA 4PL8A 3LDLA 3LM2A 4B9QA 3CQXA 3QICA 2PAVA 5KQDA 1TYQB 1KAYA 2PBDA 3ID8A 4BR4A 3EKUA 4CD3A 2ZGZA 3DWLA 1R59O 4FL9A 5AQRA 3CI5A 3ZEUB 3A8YA 4FWLA 2D0PA 4JD2A 4E1JA 3GG4A 5CE3A 1C0FA 5BPLA 3UB5A 2P9SB 4WQ5A 3KVGA 2BUPA 5AQNA 4BR9A 5AQSA 1U6ZA 2ASPA 1OKJA 3MN5A 4BVPA 5FPMA 5AQTA 3VEWA 1MWMA 5BRDA 2UYTA 4H5TA 3H3NO 2W41A 3R9PA 2F9TA 3SLCA 4BG8A 2E8AA 5AQFA 1HLUA 2E2QA 4FPAA 1DKGD 3FGUA 4XH5A 3H1VX 5AQVA 4BC3A 3DXKA 1QZ6A 5TKYA 3LM9A 4DCHA 3TSPA 3QBWA 4F9OA 5AQPA 4JNEA 3CJCA 4YDUA 4B1ZA 2J4RA 3VEXA 2QM1A 4K41A 3TTCA 1U2VB 3ENHA 2IVNA 3AAQA 5AQZA 2ITMA 3ZX2A 4QS8A 5AQKA 3KZBA 4B1WB 4A2BA 4BGAA 3C0BA 5LY3A 2HF3A 4H0XB 1QZ5A 2E1YA 5JMVA 5B8HA 3A5NC 4EHTA 3A5OC 4BRGA 1NM1A 3IFRA 1QHAA 4FO0A 2P9NA 3BF1A 3ZX3A 2YCHA 2P9PA 3BEXA 5AQOA 3EL2A 3GE1A 5LJVA 3RSEA 3F9MA 2P9LA 1NGGA 3ULEA 1GLAG 4CZLA 3VEOA 3D7EO 1SAZA 4JN4A 2NLXA 3EZWA 5AQJA 4BRHA 1ZXOA 3MN7A 2P9UB 1G99A 1NGHA 2QW9A 1QQMA 1T44A 1C0GA 1V4SA 3O80A 3HM8A 3LDQA 4BR0A 2E2PA 2EWSA 3EN9A 4BR5A 1K8KB 4FOEA 3TU5A 2FF6A 3GOIA 4M7YA 3BP8A 4MLEA 4B1XB 2Q1NA 2GEMA 4FWRA 1HJOA 4PKGA 4DQ8A 1WUAA 3WUHA 4FWQA 1ZC6A 5AZIB 2GUPA 4WYBA 3LDNA 3EKSA 4GY2B 3MCPA 3U8XA 3U9ZA 4BG9A 4FPBA 4A61A 3QDKA 4FWKA 4M63C 3MN9A 5AR0A 2V7ZA 4BRDA 3UKUA 4H5NA 3ZETB 3CERA 1DEJA 1NGFA 1HKCA 3C7NA 1NGEA 3JS6A 4FWSA 1S3XA 2A3ZA 3QFPA 1RFQA 4K43A 2ASMA 3DJCA 2Q97A 2VYPA 4B1UB 1X3NA 2V51B 2HF4A 1Z05A 2BTFA 3AY9A 4K42A 4M7XA 4FWNA 3AARA 3WEEA 4EAHD 3WT0A 1X3MA 2FSNA 4H0TB 4L3QA 1ATNA 2HMPA 2ZGYA 4MO4A 4PL7A 4HWIA 2GTDA 3GL1A 4BRNA 1J6ZA 4ISEA 1Z6RA 3BF3A 2E2OA 3VERA 3UKRB 3VENA 4AM6A 2P9KA 1HKBA 1YXQA 3LDOA 2I7PA 3D2EB 5KQ8A 4BRAA 3MN6A 4CZKA 1KAZA 4CZFA 5F0XA 4MO5A 2D1KA 4BRCA 3FZKA 1BA1A 5ELZA 3O5BA 1GLFO 4CZEA 2Q2RA 4MLHA 1KXPA 5AZJA 1ATSA 4I6MB 3A0IX 1JCFA 1XC3A 3A5LC 2A40A 5F2RA 1H1VA 4B1VA 2A42A 4NB4A 4GNIA 4A62A 3H46O 5ADXH 1GLLO 1NGDA 3L6QA 3TSUA 3S41A 1YVNA 4NO7A 1IJJA 5JLFA 1HPMA 4Y0WA 2HOEA 5E26A 5AQHA 1CZAN 2YJFA 2FXUA 3QBXA 1T6CA 3R6MA 3W3DA 3D2FB 3VTHA 3DXMB 1BU6O 4JHDB 4CZGA 2V52B 2ZWHA 4EIAA 1HUXA 3M6GA 2VWBA 3O1BA 3R8EA 3VGLA 3SK3A 3FZHA 1NGJA 2P9IB 4WQ4A 4FOIA 1BA0A 3SMPA 2H3GX 1IG8A 4BRKA 2IVPA 1BOTO 1V4TA 1NGCA 4HTLA 4DB3A 3FE1A 1TYQA 1QQNA 3QFUA 2YHYA 4JD2B 2E1ZA 2NRHA 1SQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEUA 1KCFA 4PKIA 3CCSN 1S22A 1JCGA 1LW0A 2RPIA 3CJ7A 4LF5K 3P1GA 5DM6L 4H5WA 4WQ5C 4KTZA 1UA0A 1NWKA 3O9RA 2QWRA 1QS4A 3RVCA 1KC8O 4JAXA 4CBXA 4IJNA 2B4JA 1ZBIA 2A5XA 4JKDA 1NKBA 3KLFA 3E1YA 4BC4A 2HHUA 2BE2A 1S9EA 2GWJA 1X9WA 2AJQA 5HBMA 4BRPA 2Z1IA 5AJ3K 3PIPL 4LF7K 2O4IA 4OJRA 3VQ6A 3VQBA 3MWPA 3CD6N 1GOBA 2QKKA 3CMEN 1E4GT 4M3UA 1U47A 3FLCO 4G1QA 4YDUC 3OHRA 1TL1A 2G8FA 4K25A 3AVBA 4CJ4A 4CECA 1IKWA 4FWPA 4DLEA 3THXB 3HBTA 1EXQA 3CJ9A 5AQWA 3O1WA 3CG7A 1TL3A 1NK5A 5CHIA 2Q31A 2VWJA 1VQ5N 3OS2A 1ZYQA 4ILGB 1RDUA 2E20A 2WC9A 3B6PA 3OYLA 1TKDA 1K4OA 1KFDA 1DT9A 4WQ4C 1WNSA 3FFKB 3VOVA 1HRUA 4FK4A 3VGKA 4FK0A 4DV3K 3QNNA 3TSQA 4CJTA 3CYMA 4YORA 2CGKA 2NNWA 4ILJA 1NJZA 1Q81O 3PX4A 4CJ5A 3WXKA 2OPQA 1RGIA 3OYBA 3AO3A 3IMXA 3VESA 4N47A 2GWKA 2HHTA 3HRGA 4I14A 3AVHA 3THWB 1G15A 2P1JA 5GAGP 1S6QA 1IV0A 4I9LA 4B9VA 4ICLA 2VQFK 1JXBA 1LOTB 3QEIA 3AO4A 1KD1O 3AAPA 3UIQA 4FLTA 3SAHA 3I0RA 5AZIA 4GKKK 4FVUA 3CM6A 2HB5A 4NCGA 4FJHA 4XEIA 4CCHA 5SZTA 4P6CA 3UKUB 3OYIA 3K59A 3C7NB 5AQXA 5BRHA 4N41A 3M1FA 1GLDG 4B8AB 4EFHA 4B9MA 3LL3A 2G8IA 3U3GA 4IXCA 3M5RA 5AQUA 2KKZA 2RF2A 3IDHA 3WEEB 1C6VA 4CI6A 3DM2A 4C8OA 3HXMA 1I94K 2Q0RA 1RT1A 3VGMA 4DSLA 3DAWA 2WFBA 4OKEA 1MDUB 3PSFA 5CZ2A 3RRGA 4JKAA 4O5FA 4FZZA 3CHWA 3MX2A 4DHYA 1ATRA 4AHCA 4Z94A 3OYCA 2OZMA 4V19S 3FR0A 3TPQA 1REVA 3PUFA 3L4IA 2GX9A 2QWLA 4BREA 4HUFA 1SNNA 3BDPA 2XRIA 3U6FA 4AHTA 4Z4HA 4DFMA 5AZJB 2HW3A 2X6NA 1K6YA 3MXIA 4BGBA 4DF4A 2I5JA 4I6MA 4KHWA 2HHVA 1BWFO 4YHHK 2G8KA 4AF1A 4CF2A 3V6DA 1BQMA 1BO5O 2A41A 3ZSQA 4YOYA 4BE0A 4NLCA 4L8RB 4IDHA 3AVCA 4N56A 2HHWA 2E4LA 4O55A 1YAGA 2D0OA 1BG3A 4DSKA 3H08A 3RMDA 5GINA 5BR9A 3R1XA 3NAEA 4FWMA 3IUCA 4YOUA 3NMUA 4LFAK 2VG6A 1HRHA 4I2QA 3KJVA 3VEYA 3RMCA 4XH1A 1KAXA 1U04A 3M8PA 1W9HA 2F4VK 1NK9A 4F8RA 1W0HA 2HBJA 5JS1A 4DU1A 4E1BA 1WSEA 1PVYA 1D5AA 3K9KA 3P5JA 1TYQB 3SYZA 1NKEA 2PBDA 4BR4A 3DWLA 1R59O 1EKEA 1K9MO 3TAMA 3A8YA 4FWLA 1R0AA 2D0PA 4JI3K 3MIOA 5CE3A 1NOZA 5HRSA 3LRJA 5BPLA 1SV5A 2OZSA 2P9SB 3PSIA 4KHQA 5AQNA 4KREA 1WN7A 5JVGL 1WSHA 2W6KA 3MN5A 5HROA 3R9PA 3CCRN 2E8AA 1KLMA 2F96A 5AQFA 4RW4A 4IFYA 3VQEA 4FPAA 1DKGD 2G8UA 4KB1A 3AJEA 4QOZB 3ENBA 3LZIA 4BC3A 3DXKA 4B3RK 4DCHA 4RW6A 3VQCA 2VGNA 4B9TA 3ISNC 4FJKA 1WSJA 2P51A 5AQPA 3DLBA 1FK9A 3P31A 4NXMK 1UA1A 4LF4K 1EETA 4K41A 1RT4A 2O8BB 1IBMK 2VWKA 4Z4CA 1TKTA 3E9OA 4M3YA 4A2BA 5D3GA 4BGAA 3C0BA 3L2QA 3H07A 4CIFA 1QZ5A 1HNVA 3A5NC 4EHTA 1QE1A 3J81O 1NM1A 2IAJA 2P9NA 3DLKA 3ZX3A 1WLJA 2KZMA 3BEXA 3ZSOA 1NK4A 3F9MA 5H1SQ 3KLHA 4CZLA 1GLAG 4OGEA 1BI4A 1C1CA 1CXUA 3ZSVA 4B3MK 4IFVA 3OYKA 5AQJA 4BRHA 1ZXOA 1VQ8N 3MN7A 1G99A 1NGHA 3LAKA 3O80A 3OYMA 4Z4GA 1J9AA 2E2PA 2EWSA 3EN9A 3I8DA 1Q7YO 4GV6A 4IG0A 4IOAL 5GIPA 4FW1A 4M7YA 3BP8A 3LALA 1ASVA 5CZ1A 5GADP 4JKFA 1ZC6A 1O1WA 1NMNA 1BL3A 4AHUA 3QETA 1ASWA 4NXNK 1NK7A 1T8EA 1YIJN 5AR0A 3MN9A 4YOTA 4O5BA 3TWHA 5LL6Z 3ZETB 3CERA 5GIOA 2UUAK 3MX5A 1Y97A 4IOXA 1TAUA 1W7AA 3NF8A 4DFJA 3HVRA 4F3TA 5HOOA 3CXCM 1Q82O 1CXQA 1X3NA 2HF4A 4DWIA 1Z05A 4K42A 4YNQA 4FWNA 4EAHD 4DUZK 2FSNA 3NVMA 3NGIA 1EO1A 2HMPA 2NRZA 4MO4A 3GL1A 1A5WA 3G10A 1VQ4N 3ZYYX 4ISEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2OCE A;  4JI6 K;  3NGY A;  2YJF A;  3R6M A;  3W3D A;  3D2F B;  4F3O A;  1DTQ A;  1JLG A;  4CJQ A;  2PFU A;  1S1V A;  3LWL A;  2DTU A;  4DTR A;  4HUE A;  4ID5 A;  5J2N A;  3SK3 A;  3FZH A;  4CGD A;  3KTQ A;  1Z26 A;  4FOI A;  1BA0 A;  4H4O A;  4PY5 A;  2D0C A;  3CC4 N;  3IAY A;  3CPW M;  3VQP A;  2KFZ A;  4M3T A;  1BOT O;  1NGC A;  4CJU A;  3FE1 A;  1TYQ A;  4CE9 A;  2YNH A;  1IKV A;  1KLN A;  4CGH A;  4BC2 A;  1YVU A;  3O3G A;  1U49 A;  1OH5 A;  2YV0 X;  5C0Y A;  2P9S A;  5LMU K;  4OPJ A;  2QWO A;  3W0L A;  3KHY A;  1IO2 A;  3M8R A;  1NJX A;  3DOK A;  4BRF A;  1XC9 A;  3TAF A;  1GLB G;  2E5L K;  3H45 C;  3VF4 A;  2AP1 A;  2ZD1 A;  4O0J A;  4EP4 A;  1ZBH A;  4CD1 A;  1UWB A;  3ITH A;  3S3O A;  2MX1 A;  3FZM A;  3DLR A;  4H0Y B;  3OJU A;  3IKM A;  4FWO A;  1I3A A;  2JWL A;  2DY4 A;  1WOQ A;  4BR7 A;  2YKN A;  3NBP A;  3KLG A;  3CC2 N;  4CHQ A;  5BRE A;  4KTW A;  1VSK A;  4M41 A;  2O8B A;  2YHA A;  1JKH A;  5BPM A;  3SQ2 A;  2WBN A;  3WNG A;  4DQS A;  1WSI A;  5BRF A;  3SCX A;  4BY9 C;  1JLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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