3VF4A

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz s530a variant in complex with carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 194

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
566
structure length
566
Chain Sequence
MRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERFTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTAFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
total genus 194
structure length 566
sequence length 566
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vf4A03
3CQYA 5FPEA 1NGIA 2YJEA 4H0PA 4QS9A 1SQKA 2NZTA 3CJBA 1HJOA 5EXWA 1J6ZA 3ZEUB 5E84A 3WXKA 2A41A 3BF1A 3JXUA 3SJHA 2CGJA 3TSPA 4FPAA 3QBXA 3ZEUA 3A5NC 3EZWA 3LDPA 3CJAA 2EWSA 2Q0RA 3GL1A 1BU6O 4HTLA 4O8KA 4PL8A 4FWQA 4H5NA 2D0OA 2FSNA 4XH4A 3ZX0A 3MK6A 4M63C 1NM1A 1QZ5A 5AQWA 4RWTA 5FPDA 2A3ZA 3H3OB 2D4WA 4Y0WA 2FF3B 2HMPA 2NLXA 1OKJA 3C7NB 1GLEG 2QW9A 3FFKB 2E2NA 5LJWA 4K41A 3U4LA 2E2QA 4O5FA 1NGJA 1Y64A 3C7NA 4IXCA 4FWSA 3VEWA 3KZBA 1P8ZA 4FWLA 4JD2B 3TPQA 3UB5A 5AQXA 3O6WA 4BRQA 1IJJA 4FOIA 1KAYA 3U9DA 2ASMA 3VEXA 1DGKN 4FWNA 2FLOA 3SMPA 4JD2A 5CE3A 5BN9A 1HKCA 5AQGA 5EY4A 3ENOA 3EKSA 2QWOA 2WUSA 4IZ9A 4FL9A 5BRFA 3LDNA 1NLVA 3G25A 4K42A 4CI6A 4A2BA 2P9UB 1KAXA 2ITMA 1TUUA 3EKUA 2P9NA 2F9WA 2IVOA 3FZHA 4BC5A 3B8AX 5BRDA 5JICA 2P9UA 5AQZA 5AZJB 5AQFA 4B1UB 4EHUA 2BTFA 3IMXA 2DPNA 1ZXOA 1V4SA 2I7PA 1X3MA 3QDKA 4CBXA 3QBWA 4FWMA 4CD3A 1QQOA 5FPNA 1NGFA 5AZJA 4NB4A 5FPMA 4CZKA 1RGIA 3TTFA 2Q36A 3FZKA 3O1WA 4BRLA 3DWLA 3VGLA 1HPMA 3L0QA 1DEJA 5AQYA 1JCGA 4WYBA 4H5VA 2QWNA 3HSCA 4E1JA 1H1VA 1TUYA 2QWLA 3WXLA 2E1ZA 4A2AA 2AA4A 3VEZA 2E2PA 3UKUA 3ZETB 1EQYA 4FWKA 3VF4A 2YHWA 2NRHA 3ZETA 2V52B 1KAZA 3H46O 2GEMA 1NGAA 2D1KA 1NGBA 4EFHA 2VYPA 3DAWA 3A0IX 4PKGA 1ZBSA 2P9IB 4MO5A 1BA1A 2IVNA 3O5BA 1X3NA 3D2FB 1E4GT 4JN4A 3P4IA 3ZX3A 5B8HA 2P9IA 3ATUA 3LDLA 3FZMA 2ZF5O 3I8BA 3O8MA 1KXPA 4ISEA 1T6DA 3ULEB 4CZJA 5AQMA 4BROA 3CJ9A 2FSJA 5LY3A 1WUAA 4CJ7A 5AQPA 2CH6A 4FOEA 5LJVA 3LM2A 3CHWA 3ULEA 4BR7A 2GWKA 5F2RA 5JLHA 3WT0A 5AFUA 2I7NA 4BC2A 3WEEA 1MA9B 5AQQA 5EX5A 2P9SB 3O80A 3GOIA 3SK3A 2AP1A 3W0LA 5AFUH 3HM8A 1CZAN 2A40A 2P9SA 4RTFD 4BR5A 2V7YA 3FGUA 4I6MB 4CZLA 2YJFA 1ATSA 4BRKA 3VESA 5KQ8A 3GDQA 1XUPO 3R6MA 2OANA 3RSEA 2CGKA 4H0TB 4I6MA 3CJ7A 4NO7A 3AAPA 2IIRA 4BR9A 1QQNA 4KBOA 4H5TA 1S3XA 3JS6A 4FWPA 4B1WB 4BRNA 2YHXA 1RFQA 4K25A 3AARA 1Z6RA 4BR2A 1QHAA 1IG8A 1DKGD 2Q0UA 4B1YB 3MN5A 4HWIA 3O4WA 4BG8A 3ATVA 2J4RA 4ISGA 3SMSA 1Z05A 3WQUA 3DXMA 3QMLA 1YVNA 5AQLA 3VGKA 1K8KB 3VOVA 5BR9A 3HI0A 3I33A 1NGDA 2P9NB 3SLCA 3WQTA 4BGBA 3A5LC 1JCFA 4GY2B 2QWQA 3UKRA 3D7EO 1K8KA 4H0VB 3F9MA 3U8XA 1XQSC 4B1ZA 1QQMA 1XC3A 2A5XA 3WUHA 1JCEA 3MN6A 4B1VA 2V51B 3QB0A 3UE5A 1GLDG 3IDHA 3VPZA 2A42A 4WQ5A 3VGMA 3ENHA 4FWRA 4WQ5C 1G99A 4BQZA 4AM7A 3CERA 3S41A 2YCHA 3TSUA 1GLBG 2E8AA 3IFRA 1GLCG 2E1YA 4PKHA 2P9LB 1C0FA 5JMVA 2Q97A 3HZ6A 5KPZA 1GLJO 3VEYA 3MDQA 4BVOA 3O08A 3CI5A 5JLFA 3UKUB 1SAZA 2UYTA 4FSVA 3ZX2A 2P9LA 2QM1A 3TTCA 1MWKA 3BF3A 3CJ1A 4BRMA 4XH5A 4B9QA 3AY9A 2P9KB 2YI1A 4XH1A 3VERA 3KVGA 3VF2A 5AQIA 2P9KA 2HF3A 3LDQA 4H5WA 3H3NO 3L4IA 4BVPA 3FR0A 4RCHA 1NGEA 3H1QA 1YUWA 3D2EA 1X9JA 4IJNA 4BG9A 4BRGA 4DQ8A 4BRPA 1HUXA 5KPRA 2GUPA 5ADXH 2BUPA 1BOTO 2QWMA 5AR0A 1ATRA 2QWRA 1LCUA 4BRFA 5AQVA 3HTVA 3R9PA 4C23A 1C0GA 2W41A 5ELZA 5AQNA 2VCPA 4H0OA 2VWBA 3ID8A 3VEOA 4MLEA 3VTHA 4AM6A 3H6EA 3IUCA 4CZIA 4DB3A 4IWVA 3WEEB 4BRHA 4CZHA 3C0BA 2E20A 3CETA 4JNEA 1T44A 4J8FA 3GE1A 4A61A 3FZFA 1ZC6A 4PL7A 4MO4A 5BPLA 2HOEA 2E2OA 4WQ4A 1MWMA 3LM9A 4BRDA 3RSEB 4PKIA 1YXQA 4WQ4C 3R8EA 3VEVA 1NMDA 1HLUA 1BA0A 1E4FT 4BRIA 3CIPA 4BQLA 3J8AA 4CBUA 1D4XA 5AQHA 3VETA 3GG4A 2W40A 2P9PB 3TSQA 2ASOA 1ESVA 3WXIA 4DCHA 1BG3A 2FSKA 4XEIA 4BR4A 2P9PA 2ZWHA 2CH5A 2GELA 4FWOA 5EOYA 3CJCA 5F0XA 4BR0A 3BP8A 4JAXA 3BUZB 3DXMB 1S22A 5KPTA 3M3ZA 3M6GA 4BREA 1NWKA 5BN8A 3EN9A 3DXKB 4BRAA 3MCPA 3UKRB 2FXUA 4CZGA 1U2VB 4CD1A 3EO3A 2KHOA 3LL3A 1NGHA 3DXKA 5BRHA 3EL2A 1QZ6A 1ATNA 1GLLO 1U2VA 2H3GX 4CZFA 2D0PA 2F9TA 1HKGA 3KHYA 5AQTA 3VENA 4CZMA 4K43A 5BREA 1NGCA 1RDWX 1BDGA 3FE1A 4JHDB 2QWPA 2ZGZA 5BPNA 2QXLA 4H03B 3CQXA 2Q31A 3VF6A 3TTDA 5E26A 1U6ZA 4CBWA 4JHDA 1MDUB 5TKYA 4M7YA 2PBDA 3BEXA 5I9EB 3W3DA 4QS7A 4LC9B 4ISFA 5AQJA 3LDOA 4Z94A 2GTDA 3L6QA 1HKBA 1NBWA 3GBTA 5AQOA 2Q2RA 4CZEA 3MMVA 4DHYA 1NGGA 3QFPA 1Q18A 3WXJA 2ZGYA 4EHTA 4FPBA 4IO8A 4QS8A 3FLCO 5AQUA 5AQRA 3OHRA 3A5OC 2E88A 3D2EB 1TYQB 1WOQA 1YAGA 2ASPA 4H0YB 5ADXA 2CGLA 2IVPA 4MLHA 3A5MC 5AZIB 4BC3A 1R59O 3A8YA 3M1FA 1TYQA 3H45C 3FZLA 3O1BA 3H1VX 5AZIA 4FO0A 1GLFO 4M7XA 4IJAA 5BPMA 4F9OA 4BRCA 1BWFO 2YHYA 1BO5O 1LOTB 1BUPA 4H0XB 4H5RA 2PAVA 5AQKA 4GNIA 3TU5A 1SZ2A 5KQDA 3DJCA 3HBTA 3MN7A 3MN9A 5AQSA 1GLAG 2FF6A 3AAQA 5EVZA 2V7ZA 4EIAA 3QFUA 1T6CA 4BC4A 4BGAA 4A62A 2HF4A 1V4TA 3QICA 2GWJA 2A6AA 4YDUA 3U9ZA 4L3QA 1HX1A 4B1XB 4YDUC 2Q1NA 5F1XA 3D2FA 4EAHD
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M45A 1NGIA 3BZCA 2F8SA 5KI6A 2NRXA 5IWAK 2GUIA 2RN2A 1ILYA 1SQKA 3G4SN 4FJIA 3BF1A 1KQSM 2CGJA 3KK1A 4F3OA 4RW9A 5KTQA 3VA3A 2EWSA 4NYFA 4MFBA 1U04A 3BDPA 1BHLA 4W5TA 4PL8A 4E7HA 2D0OA 1NOYA 2I5JA 2DY4A 2HHVA 1Y97A 1NOZA 4QCLA 4FJLA 3OBWA 3KLFA 1SL0A 1GLEG 5LJWA 2KZMA 2E2NA 1K8AO 2FBXA 3SAGA 2R7YA 3ZYYX 2QKBA 3P38A 4O5FA 3LWLA 3OYCA 3KZBA 5SWMA 3AVJA 4JD2B 1T03A 3O6WA 4BRQA 1BISA 3AVAA 2YKMA 4FWNA 4KI4A 4JD2A 3OS2A 5BN9A 4DTOA 3KKSA 1CZBA 3KK3A 3VQ5A 4FL9A 3LDNA 4B9SA 4K42A 1B9FA 2P9UB 1BIZA 4CFCA 4DR3K 4NCGA 4BC5A 3B8AX 1YT3A 3DLRA 1YITN 2P9UA 4XIUA 3NCIA 4PUOA 5GIOA 3QLHA 1ZXOA 2HHQA 2I7PA 4FWMA 3RTVA 1QQOA 5FPNA 1RGIA 1VRUA 3ZT3A 3HT3A 4BRLA 3V1OA 1HPMA 3RVCA 1KVCA 5HL7L 4RW8A 5AQYA 3TAGA 4WYBA 1EP4A 3HJFA 4AHTA 4CEQA 4CECA 1TUYA 4GKJK 1OVYA 4HUEA 2E1ZA 2AA4A 2XY6A 3K5NA 4OGEA 3UKUA 3ZETB 1EQYA 1TGOA 2G8UA 1DLOA 3NGYA 4FWKA 4ILJA 3ZETA 4CESA 2GEMA 1NGAA 4FJ7A 1D9FA 4BWMA 3HSTB 4EFHA 2VYPA 3AVCA 1J54A 3A0IX 4PKGA 2E6MA 2DFHA 1VQ8N 1TKUA 2OPQA 2W42A 4CEZA 2HMIA 4JN4A 1G57A 3DLGA 2YNIA 3ATUA 1WAFA 3FZMA 3J7ZO 4DFPA 2VGNA 1A5XA 3T3FA 3O8MA 4CHOA 1VSIA 5HRRA 1T6DA 4BROA 5DK5A 2VG7A 2KQ2A 5AQPA 5CR4A 3N4QA 2Y1JA 3LM2A 4BR7A 1NK7A 2GWKA 4DTNA 1YTUA 3CC7N 2HHUA 4E1NA 3G71N 1SV5A 5EX5A 3VQ6A 4CCHA 5AFUH 2XY7A 3O9SA 3OYEA 4O4GA 2A40A 4JV5K 2YJFA 1ATSA 4BRKA 1YJNN 4FLWA 1RT1A 4BWJA 3HRGA 2VQEK 3TAPA 3TARA 4H0TB 1W7AA 3JAMO 2YV0X 4OKKA 1KCFA 3NBPA 4KI6A 1S3XA 1FK9A 4FWPA 4B1WB 4BRNA 3WNEA 3SQ0A 3MK5A 2RE2A 3BGRA 1QHAA 1DKGD 4LFCK 1Z26A 3O4WA 3SMSA 1Z05A 1S9GA 2F4VK 4LD0A 3J7AP 3VOVA 5BR9A 4B9LA 1WBBA 1JXBA 1S1WA 3WQTA 3UKRA 2QWQA 4HCBA 4I14A 1WSHA 4H0VB 3U8XA 1NG9A 3RMAA 2PZSA 3WUHA 3MN6A 3DRSA 3QB0A 3UE5A 1GLDG 4JKGB 4LFBK 4CJ4A 2G8FA 4E89A 4KHPK 4WQ5A 4CHZA 1G99A 3CERA 1GLCG 2XY8A 1C0FA 2Q97A 4FLZA 1GLJO 4BVOA 3O08A 3CI5A 3OYFA 3HYFA 4CJKA 3T1AA 4BRMA 4LF7K 3AY9A 4EP4A 4HHTA 3QEIA 1BIUA 4LH5A 3KWGA 4A57A 3AA4A 4LH4A 2Q3SA 2GX9A 4DQSA 1TKDA 3L4IA 4BVPA 3FR0A 4YNQA 2XHBA 4B9UA 3OA9A 1JLQA 3MEDA 1J9AA 3O9QA 4X65K 3T69A 4Z0UA 3ID6A 1M90O 4DU1A 1XNQK 4BRGA 1Q8IA 3V81A 1NK0A 1IKYA 4AHVA 1BOTO 4E7LA 3MCAB 4CF9A 3KTQA 2O4IA 1LCUA 1A5WA 1YVUA 4DV6K 4JS5A 4DQQA 4OLAA 3AO4A 4C23A 1C0GA 3S3NA 4IBNA 2W41A 3J80O 5AQNA 3ISNC 4DS4A 3U6FA 3LPUA 1VQON 4MLEA 4CW7B 4AQYK 3MWTA 3Q7BA 1S1XA 4JNEA 3H08A 3GE1A 2NRRA 1W9HA 1X9SA 1NKBA 1KFDA 1RTHA 2HOEA 3KLHA 4B3TK 4CJ3A 1JLBA 2VWKA 4AF1A 4M3RA 1U49A 4BRDA 2YHBA 4WQ4C 1E4FT 2KTQA 3J8AA 2NUBA 1LAVA 4B3MK 3WXIA 1ITGA 1RDDA 2FSKA 3M8QA 4CJSA 1Q81O 2CH5A 5EOYA 3OYJA 3PX4A 1VQPN 4JAXA 3MAQA 1E3MA 3M3ZA 3ASMA 1NWKA 4DS5A 3SAHA 1KD1O 4P8EA 1I94K 3V9WA 2FXUA 1TAUA 1U2VB 3LL3A 3L2VA 4JI4K 3PIPL 1ATNA 4GVEA 3OJUA 5FROA 1U2VA 4CZFA 2D0PA 3TAFA 2F9TA 1HKGA 4A5BA 3CCMN 3V9SA 1Q9YA 3HPOA 1N6QA 1RDWX 1RT3A 5BPNA 4H03B 1Q86O 3CQXA 3K59A 1NK9A 4IEEA 3FFIA 4CBWA 3O3HA 2O8EB 3DM2A 2ZJQL 4OGCA 2PBDA 2P5OA 3VQ7A 3CC4N 2O8EA 4LC9B 4JKBA 1N8RO 3JSMA 2WOMA 2OTJN 3GBTA 2OPSA 1VSEA 4CZEA 3MMVA 3VQ9A 3G6EN 1SS6A 5MLCQ 4FLUA 1VSKA 4J2DA 2ZGYA 2ATQA 3R1XA 3FLCO 5AQUA 1VSDA 3NAEA 1X9WA 1TYQB 2OYQA 4CEFA 3AO5A 2IVPA 3LQUA 1K6YA 3SAFA 2O4GA 1JJ2M 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3O4N A;  4CZG A;  4CHY A;  2HVH A;  4BDP A;  3RMC A;  3PLA A;  1NGH A;  4PWD A;  2KLA A;  5IT9 O;  1GLL O;  4W5N A;  3DMJ A;  4FK2 A;  3TAM A;  3RMB A;  3K5M A;  5AQT A;  2FC0 A;  3AJE A;  5BRE A;  1NGC A;  3FE1 A;  4MDA A;  4CE9 A;  4QAG A;  4Z4I A;  1QVF M;  1M1K O;  2Q31 A;  3VF6 A;  2E5L K;  2XO7 A;  5FDL A;  3OYH A;  1MDU B;  2P1J A;  1FXX A;  3C65 A;  1K7J A;  1C1B A;  4M3Z A;  4CHQ A;  3W3D A;  4DF8 A;  3SV4 A;  2QA4 N;  2YKN A;  4ISF A;  3LDO A;  4Z94 A;  1XC9 A;  2F8T A;  3L6Q A;  3AVL A;  4CFB A;  4B9V A;  1IH7 A;  2O8F B;  2RIU A;  5C10 A;  5LMU K;  3TWH A;  4AHU A;  1XWL A;  3QFP A;  4DTP A;  4FPB A;  2OZM A;  2YNG A;  2DFE A;  5AQR A;  3OHR A;  2ZQB A;  1NKC A;  1GOA A;  2ASP A;  4H0Y B;  3B6P A;  2G8V A;  3CD6 N;  3P5J A;  4C1N K;  2YNH A;  4C8K A;  4BC3 A;  1Q82 O;  1VSH A;  4FZY A;  3OW2 M;  3L4Q A;  3L2U A;  1GLF O;  4M7X A;  4IJA A;  5BPM A;  3IKM A;  1SKW A;  3UIQ A;  5DMR A;  4BRC A;  3PX0 A;  4B08 A;  3THX B;  4DG1 A;  3HPG A;  3TU5 A;  4ZTJ A;  3QO9 A;  3THX A;  3CYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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