3VERA

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz in complex with carbamoyl adenylate intermediate
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
566
structure length
566
Chain Sequence
MRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERFTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
total genus 189
structure length 566
sequence length 566
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3verA01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3verA02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3verA03
5JLHA 5F0XA 3CIPA 4H5RA 3TTCA 4BC3A 3CI5A 3EKSA 5BREA 4CBWA 1TYQB 3EO3A 1GLDG 3ZX0A 3UKRB 4CZKA 3ENOA 1HX1A 1NMDA 4K25A 4L3QA 5LJVA 3MN5A 4B1VA 2QWOA 1NGBA 4ISEA 3SMPA 1BO5O 3KZBA 4FWPA 1E4FT 5I9EB 4IXCA 2QWRA 1H1VA 4BR0A 4EAHD 1Z05A 1S3XA 4MO5A 3R6MA 2ZF5O 3BF3A 1WUAA 4CI6A 3QFUA 3DXKA 3TU5A 2V7YA 3IFRA 4O8KA 4B1WB 1HUXA 4IWVA 2FSKA 2HF4A 5AQIA 5LJWA 1HPMA 4A2AA 3EZWA 1GLAG 4FO0A 1HLUA 4K41A 2D0PA 4E1JA 4QS7A 3BP8A 5F1XA 4IJNA 4CZFA 4DQ8A 4BGBA 4BR2A 3J8AA 5KPTA 2YJFA 1QQMA 5FPDA 3IUCA 5BRDA 2FSNA 3MN9A 1JCEA 2P9LB 3WT0A 4FWMA 3I8BA 4BR7A 3HI0A 3A8YA 3A0IX 4DHYA 1TYQA 2GUPA 2YHWA 3CJ1A 4BRNA 3S41A 4KBOA 3UKRA 4JD2B 1HKBA 4EHTA 3H6EA 2A40A 2GEMA 5B8HA 2FXUA 1OKJA 5FPNA 2A6AA 2IVPA 5AQFA 1KAYA 4BC4A 4H03B 1KXPA 5AZIB 3SK3A 4BRLA 3TTDA 1NGIA 4XEIA 3H3NO 1E4GT 2V7ZA 4H0XB 4FWRA 2E1YA 3B8AX 5JMVA 3U4LA 4BG9A 5AQVA 4CZMA 2QWQA 3VEZA 2WUSA 2QWLA 3TSPA 2E2QA 2D0OA 3BEXA 3VGMA 5BPLA 4JHDB 4BRIA 2HMPA 4B9QA 1BG3A 5KQDA 1BDGA 1RFQA 3CJ9A 4BQLA 3O4WA 2W41A 4B1XB 3BF1A 3CJ7A 5FPEA 2QWNA 3VEWA 3EL2A 3AAQA 2BTFA 4PKIA 3WQTA 5AZJA 2P9LA 3QDKA 3LDNA 1BWFO 1X9JA 3VEXA 1GLCG 5KPRA 3O6WA 1HJOA 1QZ6A 4JD2A 1NBWA 4CBUA 4CD3A 2IVOA 3P4IA 3FFKB 4PL8A 1J6ZA 2P9UB 3FE1A 2F9TA 1BOTO 3O80A 4FWOA 4Z94A 3ZX2A 2W40A 5AZIA 3GDQA 4PL7A 1HKGA 4BC2A 2P9SB 5AQWA 5AFUH 5F2RA 4H0PA 2I7PA 3ATVA 4O5FA 2Q1NA 1MA9B 3M3ZA 4FWKA 1RGIA 3GBTA 3SJHA 4CZHA 3ULEB 3G25A 3H1QA 1LOTB 1GLJO 2H3GX 3LDQA 1T6DA 3VGLA 3TPQA 1KAZA 2ASOA 3GL1A 1NGJA 4JHDA 1V4SA 2Q0UA 3CJBA 4B1ZA 4M7XA 3VEYA 1GLBG 4JAXA 3LM9A 4FWNA 4CJ7A 1MDUB 4CBXA 4K43A 4K42A 4PKGA 2FF3B 2ZGYA 1T6CA 1ZC6A 4NB4A 3C7NB 4CZLA 4H5NA 3CQXA 4DB3A 3HTVA 3O1BA 2PAVA 3FGUA 1HKCA 2YHXA 4JNEA 1NGFA 2UYTA 3I33A 3O5BA 2P9IB 3O1WA 1NGDA 2QM1A 1YAGA 4HWIA 5AQSA 1XQSC 4FPBA 3LDPA 2A42A 4FWQA 3DJCA 2P9UA 3L0QA 4BGAA 1QZ5A 2FF6A 5KQ8A 2YI1A 1G99A 4XH5A 4MO4A 5AQKA 3CJAA 3H45C 1IG8A 5ELZA 4CZJA 1Y64A 4ISGA 2P9SA 3TSUA 2E8AA 2PBDA 3MN6A 5LY3A 4BR9A 2VYPA 4BRGA 2CGKA 1BUPA 3DWLA 4FWLA 2ASPA 3ULEA 2Q2RA 3QBWA 5AQNA 4CZIA 3VPZA 4LC9B 2P9NB 4FOEA 4WQ5C 4BRDA 1D4XA 2NRHA 5AQHA 4H0OA 3AY9A 2E20A 5BN9A 1MWMA 2FLOA 1DGKN 3KVGA 3VERA 1Q18A 2CH6A 3U9DA 4BC5A 2VWBA 3FR0A 2ZGZA 1QHAA 3UE5A 3TTFA 5AQRA 1BU6O 2ITMA 3F9MA 4H5VA 3C7NA 3ZX3A 1SQKA 4H0VB 4MLHA 2YHYA 4GNIA 1ATRA 4RTFD 4IZ9A 4CD1A 1P8ZA 4QS9A 2P9IA 3QICA 1ATSA 4NO7A 4BRQA 4FSVA 3DXMB 4BG8A 3R8EA 1ZBSA 3GG4A 5EY4A 3C0BA 5CE3A 2F9WA 3RSEB 5BPNA 1BA0A 4H5TA 3ZETB 3VETA 2YJEA 1K8KB 2ZWHA 4M63C 3W3DA 4RWTA 3TSQA 5E84A 2AA4A 3ZEUB 2E1ZA 1NLVA 3VEOA 3VESA 2IVNA 1MWKA 3HSCA 3M1FA 3CHWA 4WYBA 2NZTA 2BUPA 1LCUA 3WXKA 5EX5A 4EIAA 2P9NA 2A3ZA 1R59O 4BREA 3DAWA 3CQYA 4FOIA 2E2NA 3HZ6A 5BR9A 4RCHA 3CJCA 3R9PA 2GTDA 3U8XA 2E88A 3L6QA 3MMVA 5ADXA 1KAXA 1GLEG 1YVNA 1IJJA 2EWSA 1NGEA 1TUYA 3ATUA 5AFUA 4H5WA 3VF6A 3W0LA 3WXIA 4BR5A 3QB0A 4F9OA 3FZKA 3AAPA 5BRFA 3D2FB 4YDUC 5EXWA 4I6MB 1X3MA 4FL9A 3H46O 4FPAA 4C23A 3DXMA 5EVZA 1CZAN 1NGAA 3SMSA 1RDWX 4IO8A 5E26A 2Q97A 3RSEA 3VTHA 4DCHA 3ZETA 3MN7A 3AARA 5AQPA 1TUUA 1K8KA 4BQZA 2I7NA 1NGCA 3M6GA 2V52B 3O08A 3CERA 1QQNA 3A5NC 2KHOA 2Q0RA 2QW9A 4WQ5A 3VENA 3ZEUA 4MLEA 4A2BA 3VF2A 3FZHA 5AQZA 1WOQA 3H3OB 4H0YB 3FZFA 3OHRA 3QMLA 1T44A 2D1KA 4BRMA 4B1YB 2J4RA 2QWPA 3VGKA 3WQUA 1NGGA 3KHYA 3WEEB 2P9PB 1XC3A 3FZLA 4AM7A 3SLCA 2HF3A 4IJAA 4XH4A 4CZEA 3LDLA 4J8FA 5FPMA 3JS6A 1YXQA 3CETA 3O8MA 1ATNA 4BRAA 2QWMA 5KPZA 4XH1A 2CGJA 3L4IA 1JCFA 2FSJA 4BR4A 2P9KB 2NLXA 3VF4A 4EHUA 3D2FA 3HBTA 4I6MA 1YUWA 2GELA 5AQMA 4BVOA 1XUPO 4BVPA 3FZMA 2GWKA 3VOVA 4A62A 1DEJA 3H1VX 4B1UB 5AZJB 4H0TB 4Y0WA 2CGLA 4ISFA 5AQTA 3UB5A 2DPNA 2E2PA 3GOIA 5AQQA 1NGHA 3JXUA 3WXLA 3LDOA 4WQ4A 3FLCO 3A5MC 3ID8A 5AQLA 1U2VB 3D2EB 5AQUA 3UKUB 5JLFA 3MK6A 1S22A 2QXLA 5BRHA 1Z6RA 3IMXA 4BRFA 1C0FA 2AP1A 1JCGA 1U6ZA 1ESVA 1SZ2A 2HOEA 5AR0A 4BROA 1ZXOA 1X3NA 3GE1A 3WXJA 5AQYA 1SAZA 5AQXA 3WEEA 2P9PA 5AQGA 4EFHA 4QS8A 3MCPA 5JICA 3HM8A 4BRCA 2CH5A 1QQOA 5TKYA 4M7YA 5AQJA 4AM6A 4YDUA 3U9ZA 1V4TA 5BPMA 4BRKA 2Q36A 2V51B 4WQ4C 4BRHA 4A61A 2P9KA 4CZGA 3DXKB 3EKUA 5BN8A 3EN9A 3IDHA 4HTLA 3LM2A 2Q31A 3A5OC 3ENHA 5AQOA 3A5LC 3QFPA 1NWKA 1EQYA 3VEVA 2A41A 2VCPA 4PKHA 2IIRA 3LL3A 1GLLO 1DKGD 3MDQA 5EOYA 1U2VA 3D2EA 1BA1A 1NM1A 3BUZB 2E2OA 3UKUA 3D7EO 2YCHA 2D4WA 4BRPA 4GY2B 2ASMA 2OANA 1GLFO 2GWJA 5ADXH 2A5XA 1C0GA 3QBXA 4JN4A 3WUHA 4FWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L3TA 3AVIA 4H5RA 2ZM6K 3TTCA 2X74A 3SV4A 5BREA 3A2FA 3AVJA 3WNFA 2JWKA 3OTOK 3ENOA 3TI0A 4NYFA 4L3QA 2YV0X 4NLBA 3RRGA 3MN5A 3CQ8A 4B9LA 4DU4A 5GIOA 3G6EN 3EZ5A 4E19A 1BO5O 3KZBA 5I9EB 2QWRA 4FJ7A 3BF3A 1WUAA 1RBSA 4BE2A 1HUXA 5AQIA 4DSEA 2UUCK 3CYMA 3BGRA 3WNEA 4DV2K 4DF8A 3MGZA 3L2VA 1S1UA 4F3OA 2HHSA 1GLAG 1HLUA 3HL8A 1WSEA 3D0PA 5I3UA 1KLMA 1S1WA 5KPTA 2YJFA 1JLBA 2XHBA 1NOYA 4AF1A 2GX9A 1QQMA 5FPDA 1XHZA 3IUCA 1FKOA 3TAFA 4L8RB 2E6LA 1JCEA 4J2DA 3I8BA 1K4LA 3A8YA 2YHWA 3CJ1A 4JKHA 3HK2A 3L8BA 3OYAA 4EHTA 5KI6A 4FK4A 4Q0BA 3NMUA 4B9UA 4Z0UA 2A6AA 2IVPA 1XC9A 2MX1A 4BRLA 3OYDA 3AO4A 1E4GT 3WNGA 3CM6A 2V7ZA 4JS4A 3ZSZA 5J2MA 4ELTA 1T8EA 2QWQA 2WUSA 5I42A 1YJ9N 2E2QA 1D8YA 1UOCA 1RILA 3TABA 5HRPA 4P8JA 3KLEA 3JYTA 3SUQA 4JHDB 2NRVA 1BDGA 1T3VA 1YJNN 4JKGB 4BQLA 4B1XB 1T05A 3P31A 3ZSOA 3DLRA 2G8KA 3V1RA 4DFKA 3V9XA 3AAQA 4PKIA 4CEOA 3WQTA 3R3LA 3KKSA 3BZKA 4CEQA 3O6WA 1HJOA 3B6PA 2YHAA 4CHZA 3P4IA 3U3GA 5GAGP 5FRMA 2BANA 4OO1J 2F9TA 3O80A 1J5EK 3AVBA 4KHNA 1WBBA 4OKJA 3LS6A 3OJSA 1XMOK 4GMJB 5JS1A 3QETA 1KCFA 2F8SA 1JCUA 4O5FA 3NFAA 4CJTA 4FWKA 4CGIA 4DTPA 3SJHA 4CF8A 4AHRA 4IG0A 4HVJA 3OYBA 3MAQA 2H3GX 3LDQA 4CFCA 1WAJA 4JHDA 1V4SA 1LAWA 1XHXA 3TAEA 2B4JA 1TK0A 2G8WA 4JKGA 4YORA 4ILGB 3OYFA 4NCAA 4CBXA 4K43A 4PKGA 2FF3B 1K73O 1T6CA 4QCLA 4Z4GA 4CZLA 3CQXA 3MEGA 4IFVA 3O1BA 2PAVA 2YHXA 1Q86O 4YOTA 1NGDA 5HRRA 3HVTA 4O5BA 3L0QA 1KQSM 3AO3A 1QZ5A 3IKMA 3PX6A 1L5UA 2YI1A 1G99A 4XH5A 3ISNC 5AQKA 3OVNA 1NJXA 3H45C 4CZJA 4DKWA 3S3MA 1Y64A 3NF7A 1VSKA 2E8AA 3TSUA 4IBNA 4RW8A 5LY3A 1NMNA 1BUPA 4ZHRA 4HUEA 2HW3A 3O9RA 1T03A 4K8XA 2NRRA 5CY4A 3QESA 3CC4N 3VPZA 3V9WA 2P9NB 3THWB 4WQ5C 4BRDA 1G15A 5C15A 2E20A 1MWMA 3NF6A 3IS9A 4CEEA 3KVGA 4RW6A 4BC5A 4B9VA 2PYLA 3TTFA 3LRJA 1RT6A 5HROA 1VQ8N 1HNIA 4CJ3A 3ZX3A 2FBXA 1QVFM 4H0VB 2YHYA 1RT3A 4OVLA 4IZ9A 4BRQA 4FSVA 4KHYA 2KFNA 3HPOA 3GG4A 1D9DA 4X62K 2XY6A 1BA0A 3C65A 4G9ZA 1NKCA 4FYDA 3VA3A 3SAGA 2ZWHA 4KO0A 4F2RA 1LV5A 4FJHA 3HJFA 3TSQA 5E84A 2AA4A 2E1ZA 3ZSRA 4DR7K 5K14A 2KKZA 3WXKA 3O4QA 3HT3A 5EX5A 2P9NA 3THWA 2UUBK 3P5JA 3CQYA 1C0TA 2Z1JA 3U8XA 5D3GA 2E88A 5ADXA 5GIPA 1GLEG 3KD5E 1YVNA 4CK2A 1NK4A 1Z26A 4ID1A 1C0MA 1ZBHA 1TUYA 5J1EA 3RMBA 4M3TA 3AAPA 3D2FB 4I6MB 3QEXA 4QOZB 4FL9A 3ZLJA 4C23A 2KZMA 4CEZA 3NAEA 3HPHA 3CCVN 1K9MO 1NGAA 2OPRA 4YNQA 4C8MA 3VTHA 3T3FA 4DCHA 3AARA 1TUUA 3QNOA 1BISA 2OCEA 2V52B 1HYZA 1N36K 2QW9A 1L3SA 4BWMA 4B9NA 2NRZA 2KLAA 3H3OB 4Y1CA 3MK5A 1TGOA 2GUIA 2D1KA 3AA3A 4A59A 4BRMA 2JLEA 2QWPA 3KHYA 3OBWA 3LP3A 3IRXA 3QEWA 3RMDA 4XH4A 1SL2A 3LDLA 4OLAA 1Q81O 5CZ2A 2NRXA 4IOAL 2P5GA 3FFIA 4M41A 4UQGA 1K7JA 1ATNA 3HPGA 4XH1A 4FJNA 2VG7A 1SV5A 1VSEA 2HHWA 4B8AB 4CIGA 1WAFA 3D2FA 3DLHA 3HBTA 4I6MA 2GELA 1ZBFA 4CFBA 1XUPO 3ZT4A 4A62A 5AZJB 4LF6K 4ISFA 4XIUA 4FM2A 2DPNA 4JI0K 4LF7K 4N76A 5AQQA 1J5OA 1YTAA 4LF9K 4M3YA 3ID8A 5AQUA 4JKAA 3K57A 2YNFA 1UWBA 3AVAA 3MK6A 2QXLA 2FC0A 2O8BB 3I55N 1OH6A 3C6AA 5J2QA 1J54A 2OZSA 3CMEN 1VSLA 4E7LA 1ZXOA 1X3NA 3WXJA 5AQYA 4FCYA 3AVGA 4KTWA 5AQGA 4LH5A 2R7YA 2QKKA 4QS8A 5JICA 5LL6Z 4IFYA 4CHNA 4YFUA 2W6LA 1V4TA 1VRUA 4BRKA 4U7BA 5FROA 2V51B 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 2ITM A;  4DTM A;  4H5V A;  1TL3 A;  1TAQ A;  3DOL A;  3CXC M;  4ELU A;  3SCX A;  4CJE A;  4GNI A;  1K4I A;  4KHS A;  4CD1 A;  2P9I A;  1RBV A;  3LP1 A;  4FZZ A;  2LSN A;  3CC7 N;  1JL2 A;  4H4O A;  1HNX K;  2O8C B;  3HP6 A;  3C6T A;  4H5T A;  3K2P A;  3ZET B;  2O8F B;  3K59 A;  3LPU A;  4DSL A;  4IO9 L;  2YJE A;  4CJW A;  4F4K A;  3DOK A;  3DRS A;  4RWT A;  4KV8 A;  3J7Z O;  3ITH A;  3VEO A;  5HL7 L;  1TL1 A;  3OYN A;  3LP0 A;  2ZJR L;  3SBT A;  3M1F A;  3MXJ A;  2FBV A;  1R59 O;  2IS3 A;  4BRE A;  4Z4I A;  4CF2 A;  3HZ6 A;  4ZTJ A;  1W0H A;  3CJC A;  3R9P A;  2GTD A;  4FLV A;  3L4Q A;  3HM9 A;  3CCJ N;  1RDC A;  1CZB A;  3S3N A;  3CCR N;  1O13 A;  4B8C A;  1K8A O;  3HRG A;  1NGE A;  3ATU A;  4DTX A;  4H5W A;  1QHT A;  3FZK A;  5BRF A;  1X3M A;  1WBD A;  2DFH A;  4DG1 A;  4HHT A;  1KFS A;  5EVZ A;  4IO8 A;  2O8C A;  2Q97 A;  3E9L A;  3ZET A;  3MN7 A;  1U47 A;  5AQP A;  2O8F A;  3SPZ A;  4CHP A;  1RTI A;  1YTU A;  2I7N A;  3M6G A;  3G0Z A;  3O08 A;  1U4B A;  4LFA K;  2HBK A;  4DQS A;  3VEN A;  3CFP A;  4MLE A;  1VSJ A;  3VF2 A;  2EQA A;  3MX2 A;  3MIO A;  4I2P A;  1RBR A;  1T44 A;  4DS4 A;  1TKT A;  2J4R A;  1VSI A;  1XNR K;  3VGK A;  4M3U A;  1NGG A;  4AM7 A;  3SLC A;  3O9S A;  4CZE A;  3T19 A;  5DM7 L;  3JAM O;  1C1B A;  1LWC A;  1OH5 A;  4M3R A;  5KRS A;  3O8M A;  2QTD A;  4ICL A;  4IDH A;  2P9K B;  3THV A;  2NLX A;  5C25 A;  1YUW A;  4F2S A;  1RBU A;  4BVP A;  1TK8 A;  2B6A A;  1NK0 A;  4KHP K;  2ITG A;  5AQT A;  2VQF K;  2RHK A;  2E2P A;  4OPH A;  4Q5V A;  3CCM N;  3WXL A;  3LDO A;  5C12 A;  5SWM A;  5AQL A;  2HB5 A;  3D2E B;  3N4Q A;  3HOT A;  3NGY A;  3K5O A;  4P77 A;  4CGJ A;  5BRH A;  3TAQ A;  4DS5 A;  1YF5 L;  1ESV A;  1SZ2 A;  2D0A A;  4BRO A;  5HRS A;  1GOA A;  1RDA A;  4W5T A;  1DTQ A;  2ATQ A;  3D45 A;  4MDB A;  3LZI A;  1YHQ N;  1QQO A;  1WSI A;  5E41 A;  2NRW A;  4YDU A;  1TKX A;  4CHO A;  5BPM A;  4FJJ A;  3LZJ A;  4MQ3 A;  1KD1 O;  1JL1 A;  4IEE A;  4FLU A;  4FJI A;  4A61 A;  1S1T A;  2P9K A;  1QS4 A;  3ZYY X;  1RBT A;  3RRH A;  4CEF A;  2F96 A;  4A57 A;  3EN9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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