3VETA

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz in complex with tobramycin, carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
567
structure length
567
Chain Sequence
HMRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERLTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTSFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/antibiotic
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
total genus 192
structure length 567
sequence length 567
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vetA01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vetA02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vetA03
4CZKA 3MK6A 4A62A 5BPMA 2A5XA 2NRHA 3FZLA 4CZLA 4DB3A 2CH5A 4FWQA 3WXIA 4FOIA 4HTLA 4M7XA 3MN9A 4QS8A 5AQJA 4O8KA 1P8ZA 2V51B 1NGAA 4FOEA 2P9PA 3VEXA 4B1VA 2KHOA 1IG8A 5BRDA 1X3MA 2QM1A 3WEEA 3LDQA 3A0IX 4YDUA 5AQZA 3GE1A 2PBDA 3KVGA 1ATSA 3ZX2A 2QWMA 4PL8A 3EZWA 4B1XB 4FO0A 1NGDA 4CZEA 4M63C 3WXLA 2VWBA 1E4GT 1YXQA 2E2QA 4BRFA 3AAPA 3U8XA 1E4FT 3GG4A 4CZMA 1ZBSA 3UE5A 3UKUB 5KQ8A 4B1ZA 5LJVA 1HKCA 1ESVA 5EY4A 3ULEB 3LM9A 2CGJA 4FWNA 4J8FA 4WQ5C 4BG8A 3WXJA 1HKGA 3H3OB 3IMXA 2P9SA 2Q1NA 2IVPA 1HUXA 2Q31A 4H0PA 4I6MA 4EAHD 2W41A 2D4WA 3QB0A 1BWFO 4CD1A 3FFKB 5I9EB 2D0PA 1EQYA 3DXKA 4LC9B 3H6EA 3SMSA 4CBWA 4CBUA 3ENOA 3EKUA 2IVOA 3A5NC 4MLEA 1CZAN 4H5RA 5EVZA 3CIPA 1U2VB 2HF3A 5AQIA 1NGHA 2ZGZA 4ISFA 2GWKA 4KBOA 1OKJA 2Q2RA 3MN5A 5AZJA 4JN4A 1KAYA 3CJ1A 3D7EO 4BRNA 3VF2A 4PKGA 3CJBA 1JCGA 2A41A 1V4SA 2VCPA 1H1VA 1QZ6A 3EKSA 5FPNA 3DWLA 4Z94A 1J6ZA 2E2OA 1Z05A 3EO3A 5AQWA 3TSPA 2Q0UA 1GLFO 2YJEA 4B1UB 4BC3A 3WQUA 1G99A 3L6QA 3LDOA 1NMDA 1YAGA 4YDUC 3SJHA 2V7ZA 3ZX3A 2F9WA 2P9LA 4MLHA 4RCHA 4QS9A 4H0XB 4CZJA 2E20A 1T6CA 2CGKA 3HTVA 2GWJA 3VENA 2IVNA 1XC3A 1MWKA 3RSEB 1K8KA 2P9IB 3HM8A 3R9PA 5ELZA 1Z6RA 3TU5A 1BDGA 1QQMA 2E1YA 4CZFA 3ZEUA 4BRIA 3GL1A 3O8MA 4H5WA 3WXKA 4K43A 1HJOA 2E8AA 4QS7A 3HZ6A 5AQKA 2P9PB 3TSQA 3CQYA 3QICA 3CHWA 2QWLA 3IDHA 4BR5A 3BF3A 3WEEB 2Q0RA 4C23A 3LDLA 1QZ5A 3J8AA 2NLXA 3EN9A 5F1XA 2FF3B 1KAXA 3CERA 1BOTO 5EOYA 2CGLA 2P9UA 3MN6A 5BREA 5LY3A 5CE3A 3ZX0A 2E2NA 4K41A 3SMPA 3UKRB 4BROA 3QBXA 3CI5A 3BEXA 1T6DA 4H5TA 3P4IA 4BRMA 3FGUA 1DGKN 4FPBA 4BR2A 4GNIA 4B9QA 4FWSA 1SQKA 2QXLA 5AQLA 3MMVA 5JMVA 4DQ8A 5AQNA 4IO8A 1Y64A 2WUSA 5AQQA 4XEIA 1ZC6A 2P9SB 5AZIA 5BR9A 4I6MB 4XH5A 1LOTB 1NM1A 4FWLA 1SZ2A 1XQSC 1GLEG 3DXKB 3GDQA 3FLCO 2HOEA 2YHYA 5FPDA 5TKYA 4CBXA 2A42A 1GLBG 1X3NA 2GUPA 3QFPA 2I7PA 4MO5A 2EWSA 3KHYA 4IXCA 2FSKA 4PKHA 4IJAA 5AQPA 5BN8A 4BRAA 1NGJA 4BGAA 2ASMA 3M1FA 1TYQA 3F9MA 2HF4A 4CD3A 4H5NA 4JD2A 5AFUA 4BRHA 5BPLA 5EX5A 1XUPO 2QWNA 2QWRA 2VYPA 5AZJB 3WT0A 2QWPA 3D2FA 1NGFA 1WOQA 2YJFA 1ATRA 4BGBA 1S3XA 3A8YA 3MDQA 5AQUA 5BRFA 1IJJA 3CJ7A 2FF6A 1NLVA 4BVOA 1HKBA 4CZIA 4F9OA 2YCHA 1C0GA 5AQOA 4IJNA 5ADXA 2P9LB 4CZGA 1BA0A 2P9NA 4NB4A 4O5FA 4PL7A 4FWKA 3L0QA 3VPZA 1K8KB 2A3ZA 3M3ZA 3CQXA 4DCHA 3I8BA 1S22A 2GTDA 4FWPA 3TTDA 4EIAA 3VEWA 3OHRA 1RFQA 4H03B 3A5OC 1NBWA 1DKGD 1JCFA 2PAVA 4FPAA 4B1WB 2V52B 3O80A 4FL9A 2BUPA 1BO5O 1RGIA 3H45C 2QW9A 2FSJA 4FWMA 1JCEA 5E84A 1T44A 3FZHA 3U4LA 3VEVA 4BC4A 3LDPA 2D0OA 3VERA 4JHDA 2P9UB 4BR4A 1DEJA 4BRLA 3VETA 4BRDA 1HPMA 5AQFA 4BRPA 4NO7A 1NGEA 2GELA 3B8AX 3TSUA 3VOVA 4EHTA 2CH6A 2P9KA 1QHAA 3DXMA 3C7NA 3O6WA 3C0BA 4H0VB 2GEMA 3IUCA 4BREA 3O1BA 4BRGA 5BN9A 3D2EA 3FZKA 4HWIA 3RSEA 3VEYA 3MCPA 2W40A 3ZETA 3BP8A 4BC5A 4BVPA 2IIRA 5AQMA 3VEOA 2BTFA 5F0XA 1HX1A 1NGBA 4DHYA 3BF1A 3QFUA 2YHXA 3CJCA 3FZMA 5AQXA 4BR0A 4JNEA 5AZIB 3BUZB 4A2AA 2OANA 3U9ZA 1BA1A 2ASOA 2D1KA 1D4XA 2DPNA 4AM7A 3H46O 4M7YA 5EXWA 5KPZA 5AFUH 2UYTA 4JAXA 1QQNA 2NZTA 4BG9A 1NGGA 2I7NA 2V7YA 1YUWA 3R8EA 2J4RA 3SK3A 3W0LA 2QWQA 1TUYA 4H0YB 2FSNA 3ENHA 3GOIA 5AQTA 1ZXOA 1HLUA 4Y0WA 1TYQB 4MO4A 5JLHA 4BRCA 4JD2B 2E88A 3VGLA 3VEZA 3S41A 4XH4A 3G25A 3UKRA 1MWMA 2A6AA 1C0FA 2E1ZA 2HMPA 2ZWHA 4L3QA 5AQRA 4K25A 5ADXH 3D2FB 1GLLO 1LCUA 4IWVA 1TUUA 2A40A 5AQVA 5KQDA 2FXUA 4BR7A 3HI0A 5KPTA 3M6GA 4A2BA 4FSVA 3VF6A 1GLAG 3CETA 3O08A 2ASPA 4H0TB 3UKUA 3ATUA 1WUAA 5E26A 1V4TA 2YI1A 2Q97A 2P9NB 3VGKA 4BQLA 3TTFA 3ULEA 4WQ4C 1SAZA 3R6MA 1MDUB 3DAWA 4BRKA 1Q18A 3LDNA 3QBWA 3SLCA 3CJ9A 3QMLA 5AQYA 3H1QA 4EFHA 1R59O 4RWTA 3IFRA 3FE1A 3HBTA 5AQHA 2ITMA 5BPNA 4K42A 2QWOA 3TTCA 1BU6O 5AQGA 3A5MC 4B1YB 3A5LC 1BG3A 1QQOA 4E1JA 4EHUA 5AR0A 4A61A 3CJAA 3O5BA 1NWKA 1U6ZA 3UB5A 4XH1A 3ZEUB 5JICA 3TPQA 3FR0A 4IZ9A 4CI6A 1KAZA 5FPMA 4H5VA 4GY2B 1GLCG 5B8HA 1U2VA 3U9DA 5KPRA 2H3GX 2AP1A 3WQTA 3LL3A 3DJCA 3WUHA 2AA4A 1MA9B 1NGIA 4H0OA 4CJ7A 3VGMA 3VESA 4JHDB 4AM6A 3AY9A 2ZGYA 1RDWX 3ATVA 3HSCA 3ID8A 1YVNA 3O1WA 4BRQA 4FWRA 4WQ5A 3GBTA 3O4WA 3H3NO 5AQSA 1X9JA 1GLJO 2P9KB 4ISGA 3MN7A 5FPEA 3DXMB 3C7NB 5BRHA 3JS6A 4WYBA 3VTHA 2E2PA 4RTFD 1GLDG 3L4IA 3EL2A 4ISEA 3D2EB 4WQ4A 1NGCA 3KZBA 3FZFA 3ZETB 3QDKA 3VF4A 4CZHA 4FWOA 5JLFA 4BR9A 3W3DA 2YHWA 3AAQA 5F2RA 2ZF5O 1BUPA 2F9TA 2Q36A 3LM2A 4BQZA 3AARA 5LJWA 4PKIA 2FLOA 2P9IA 1ATNA 4BC2A 3H1VX 3I33A 1KXPA 3JXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLFA 1NJXA 4OLAA 3FZLA 4CZLA 1D8YA 3WNEA 1JXBA 1HNVA 4H4MA 3WXIA 4FOIA 1UAXA 4QS8A 5AQJA 2ZJPL 2V51B 1NGAA 3VEXA 2P9PA 2KHOA 1IG8A 1S1XA 4CGHA 1WSIA 4I9LA 2QM1A 3WEEA 4CJSA 1RBSA 5AQZA 3KK7A 2PBDA 2OTLN 3F9KA 3ZX2A 3DOKA 4JKEA 2XY6A 4U67L 1LW0A 1VRUA 2HNZA 2D5RA 1N33K 2G8KA 1E4GT 3LP3A 1K9MO 3M8RA 4IG0A 4JK7A 4CIGA 1HKCA 3ULEB 4FWNA 4J8FA 4BG8A 4QCLA 4E7IA 3RWUA 3LWMA 3PX4A 3OJSA 3H3OB 2Q1NA 2X78A 2RKIA 3C94A 4E0DA 1Q8IA 1B92A 3SMSA 5GIPA 3H6EA 4LF7K 4CJEA 5TKWA 3ENOA 3KD5E 5KRTA 4OGEA 3THXB 4CW7B 5HP1A 1CZAN 1XMQK 4F4KA 3CIPA 3OS2A 1HMVA 2HF3A 5AQIA 2ZGZA 3LAKA 4ISFA 4KBOA 2G8IA 1VSLA 1VQ7N 3KK1A 3VQAA 5AZJA 3AA3A 3T1HK 2VWKA 2A41A 4DLGA 2VCPA 2HHHK 3EKSA 2ZD1A 4KKOA 3TSPA 3EO3A 4Z94A 4IOCL 2HNDA 1LWFA 3O9RA 1N8RO 1GOAA 3SJHA 4YOYA 1EX4A 1EO1A 5JVGL 4DU1A 4DTOA 1J54A 5CZ2A 3THYA 2O4GA 2NRTA 1RBUA 5CHIA 2HVHA 4FFJA 3K9KA 3OS0A 1TKZA 2Z1GA 2IVNA 4E89A 4DFKA 4CIEA 3RSEB 1T03A 4J2EA 5ELZA 3K9JA 4GKKK 1BDGA 2E1YA 3OY9A 3CCRN 1VSDA 4JRPA 3VA0A 4AHUA 1DT9A 3H08A 3O4QA 4QS7A 2G8HA 3C65A 2QTDA 3E66A 5AQKA 3CQYA 3E9OA 1K4OA 3MECA 1RTJA 4CEDA 2OCEA 4OGCA 4C23A 3OVNA 4DU3A 1B9DA 3EN9A 3CERA 1BOTO 3ZYYX 2CGLA 3LZJA 4KHSA 3G71N 1VQMN 2JWKA 3ZSVA 3L2RA 4K41A 3DLRA 1KC8O 1VSHA 1XHXA 1RNHA 3QINA 3THVA 4GMJB 1YIJN 1L3SA 4BROA 3QNNA 1BI4A 4BRMA 3FGUA 1DGKN 4DG1A 1S9GA 2O8DA 4DQ8A 4C8NA 1NNEA 3DLBA 3CPWM 4X64K 5LL6Z 5BR9A 4ELTA 1HJRA 4I6MB 4E19A 5KRSA 1SZ2A 3M8PA 4KH5A 3V9ZA 3DXKB 1L3UA 4NCBA 2HHSA 2HOEA 2YHYA 1RDUA 4FVMA 1TAUA 5TKYA 4CBXA 3DRSA 4FK4A 2UUCK 1W9HA 3DRPA 4ZTFA 1X3NA 1KVCA 1YVUA 1RBRA 4MO5A 2PYLA 3VQEA 1QVFM 5C2FA 2FSKA 1WSGA 1K4PA 4JRQA 1DLOA 1TYQA 4J2BA 3TAFA 4JD2A 4KH4A 5BPLA 3CC4N 4IFEA 1HPZA 4DWIA 3MGZA 1YF5L 3PO4A 3OYHA 1ATRA 1VAZA 4KTQA 4IO9L 1S3XA 3CPEA 1IJJA 4CF0A 2XO7A 3MK5A 4A59A 4BVOA 4CEEA 4CZIA 1LWEA 1TGOA 2YCHA 4Q0BA 5AQOA 4Z4GA 3WNHA 2VQFK 4IJNA 5ADXA 1C0MA 3D0PA 1L5UA 1IBKK 4PL7A 4MDAA 4FWKA 4YFUA 1IG9A 1K7JA 4FWPA 1IKWA 3NE6A 3OHRA 3PLAA 3T1AA 4H03B 2PAVA 1U4BA 2V52B 3O80A 1B9FA 1ZBLA 1HNIA 2QW9A 3NVMA 5E84A 1T44A 2BE2A 3CF5L 3U4LA 5SZTA 3DLGA 3HXMA 4DV3K 4BR4A 1DEJA 4W5RA 5D3GA 1FKOA 1KK9A 4N56A 1NG9A 1NGEA 3TAQA 1HNZK 4H8KA 2P5GA 1TK0A 4DUYK 1J9AA 1KVBA 3OBWA 3C0BA 1HQEA 4LSLA 3KLIA 3IUCA 1Y97A 3D2EA 3RSEA 3ZETA 4BC5A 1HR0K 3K58A 4B3SK 5F0XA 2BTFA 4FK2A 4Z4EA 1Q82O 2HHXA 5AQXA 4YORA 1G58A 1CZ9A 3VA3A 1XI1A 1RT7A 3NCIA 3U3YA 4BY9C 4V19S 2W6KA 4AM7A 4FLWA 1ILYA 3PSIA 4M7YA 4LH4A 2G8VA 3M5RA 2UYTA 1YJWN 3HPOA 4BG9A 2P5OA 2I7NA 2V7YA 3P31A 3SK3A 3CFPA 1WSHA 4Y1DA 4H0YB 1IH7A 3NMUA 4B3MK 3VQ7A 2OPRA 3GOIA 1IV0A 3QERA 4R79A 4FXDA 3G25A 3PV8A 2HBMA 1MWMA 4GV6A 1GLLO 1LCUA 1N32K 5AQVA 2ETJA 4O0IA 3VQPA 2FXUA 5HRNA 3CCEN 2ZQBA 2ZJQL 3V4IA 3DLHA 1HNXK 4DR6K 3AGRA 2VGNA 2YHBA 2OPQA 4FCYA 4CF2A 4OKKA 2P9NB 3CG7A 4WQ4C 2KKZA 3ITHA 3R6MA 4E7JA 4X62K 3QETA 1D9DA 3QBWA 4KH6A 4RW6A 4I14A 5HROA 3SJJA 2PFUA 3MEGA 3ZT3A 1IBMK 1VSEA 4CEOA 5AQHA 3IG1A 3BZKA 3CD6N 1CXUA 1FJGK 1S1WA 5LMUK 4JKCA 4J2DA 3VMFB 4KHQA 5AR0A 3CJAA 1NWKA 3EE8A 3C6TA 2VG5A 1KAZA 2B5JA 4GY2B 1GLCG 5KTQA 1U2VA 1YTAA 3WQTA 4H0OA 4DR2K 3VESA 3AY9A 4KO0A 4N41A 2GUIA 3ATVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BUP A;  1BO5 O;  4Z4C A;  2P51 A;  4FW1 A;  2FSJ A;  4DV0 K;  4F2S A;  4OLB A;  4LH5 A;  3L7V A;  3LDP A;  3VER A;  4JK9 A;  4WF9 L;  2ZE2 A;  3MIO A;  2P9U B;  4BRD A;  1W0H A;  3O3G A;  1W2B M;  3O9T A;  1XHZ A;  5HOO A;  2O8E A;  3B8A X;  3TSU A;  2VWJ A;  3VOV A;  4EHT A;  1U49 A;  2P9K A;  1KFS A;  1QHA A;  3DXM A;  4Z0U A;  4KV8 A;  3O6W A;  4H0V B;  2O8C B;  3DRR A;  4BRE A;  4BRG A;  4CFD A;  3SBT A;  2JLE A;  3FZK A;  3VEY A;  4G1Q A;  1YJN N;  1QVG M;  3L4Q A;  1XNR K;  1NGB A;  4KTW A;  2HB5 A;  4DHY A;  3BF1 A;  3AVK A;  3QFU A;  3FZM A;  1O13 A;  4BR0 A;  1WBD A;  4B9N A;  2OTJ N;  3N4Q A;  4JNE A;  3BUZ B;  4A2A A;  2KW4 A;  1EKE A;  2MX1 A;  4FJK A;  4GV3 A;  4FZY A;  5KPZ A;  1NK5 A;  4BDZ A;  3AA5 X;  4JAX A;  4HUE A;  4IBN A;  4DS5 A;  4BWM A;  4KFB A;  3S9H A;  2A1R A;  1W7A A;  2J4R A;  2LSN A;  4CHO A;  2QI2 A;  4NLC A;  3W0L A;  1HLU A;  4OX9 K;  3NGY A;  4H4O A;  5CY4 A;  2UUA K;  5JLH A;  1ZBH A;  3F5T A;  1IO2 A;  4QOZ B;  2E88 A;  3O9S A;  1YTU A;  3VGL A;  3L3U A;  2QKB A;  3UKR A;  2A6A A;  2ZWH A;  2E1Z A;  3PUF A;  2DFH A;  2G8F A;  3THW A;  4K25 A;  1ZYQ A;  5HBM A;  3KLE A;  1NKE A;  4M3X A;  2A1S A;  2A40 A;  3VQD A;  4CEC A;  1VQ4 N;  4CK1 A;  3HOT A;  3SYZ A;  3HST B;  4A5B A;  4DTU A;  3CET A;  3SPY A;  4CEQ A;  3ENB A;  3UKU A;  1WUA A;  1CZB A;  5E26 A;  2YI1 A;  4KRF A;  3VGK A;  3TTF A;  3AO2 A;  4B3T K;  1JL2 A;  4BRK A;  1WNS A;  1SL0 A;  4M3U A;  3CJ9 A;  3QML A;  5AQY A;  4CGG A;  3KJV A;  3AVJ A;  4RWT A;  3FE1 A;  4CJV A;  3HBT A;  5M1O A;  2P1J A;  2Z1J A;  1BU6 O;  5AQG A;  2PYJ A;  4CIF A;  1BG3 A;  1Z26 A;  2JGU A;  1RTH A;  1SKS A;  2I5J A;  4XH1 A;  3OYC A;  1BL3 A;  3FR0 A;  4IZ9 A;  3E9P A;  3KLH A;  3HP6 A;  3H07 A;  3D45 A;  2H3G X;  2AP1 A;  3DJC A;  3WUH A;  4HTU A;  1MA9 B;  1NGI A;  5JS2 A;  4JHD B;  4AM6 A;  1S9E A;  2ZGY A;  1QQC A;  3HSC A;  3ID8 A;  2FBY A;  3IS9 A;  1KCF A;  3O4W A;  1RT6 A;  4DS4 A;  5AQS A;  1PVW A;  1X9J A;  3QNO A;  4ILJ A;  1BIU A;  1SS6 A;  4C1N I;  2E2P A;  4FLV A;  4CEA A;  1X9M A;  4DTR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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