3VF4A

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz s530a variant in complex with carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
566
structure length
566
Chain Sequence
MRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERFTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTAFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
total genus 194
structure length 566
sequence length 566
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vf4A03
4CD3A 5AQJA 2J4RA 2E2NA 3FR0A 3MK6A 4EHUA 4FWKA 1CZAN 2QWMA 4IXCA 1HUXA 4BR2A 1MDUB 1YXQA 2P9KB 3FE1A 3CERA 1HKBA 1SQKA 4K43A 4CZIA 1QZ5A 3BF3A 1U6ZA 3MN9A 2KHOA 2P9NA 3O5BA 1DEJA 3O08A 3GG4A 3R8EA 4WQ4C 1JCGA 3DJCA 4CZEA 4JD2A 4FWQA 3U9DA 5JLFA 3ZX0A 1S22A 4FPAA 5BN8A 2HF3A 4BG8A 4BC3A 1ATNA 3HSCA 4F9OA 4FWOA 2HMPA 3GL1A 3LDOA 3DWLA 3VOVA 2FF6A 3SJHA 1HLUA 2Q0RA 3FGUA 2IVPA 4CD1A 2HOEA 3AY9A 3CIPA 3H45C 5KPTA 2P9KA 4ISGA 4BRNA 1TYQA 3UE5A 3U8XA 3GDQA 1K8KA 2A3ZA 2QXLA 1HX1A 3QFPA 2P9LA 2E2QA 4CZHA 3ZX2A 4BC4A 3VEZA 4CZGA 2CH5A 3VGKA 3TTDA 3MDQA 4MLHA 1GLAG 3A5OC 3GOIA 3QB0A 5F0XA 3IFRA 1GLJO 1QQOA 2OANA 2YJEA 1RFQA 5B8HA 4K42A 5AQGA 1X3MA 1U2VB 1QQNA 1MA9B 2CGKA 2I7PA 2Q36A 4Z94A 1Z6RA 2AP1A 2IVOA 3EKSA 3D2EB 4MLEA 3JXUA 2P9UA 1OKJA 2CGLA 1EQYA 3H1QA 4FO0A 4CZJA 4B1ZA 4HWIA 3TTFA 3QBXA 4CZFA 3ATUA 2F9TA 3JS6A 5BRHA 3HM8A 3OHRA 3MMVA 4BGAA 3EL2A 1DKGD 2FSKA 3A5MC 4DB3A 3WQUA 4BRQA 3DXKA 4I6MB 4H0TB 3VTHA 3H1VX 3LDPA 4QS9A 1Q18A 1ATSA 3EN9A 1GLBG 3MN7A 1NGDA 3I33A 1X9JA 1NGJA 5AQPA 5ADXA 4LC9B 5LY3A 3WEEA 4BRFA 4FWRA 3TTCA 1BWFO 2ASMA 3VF4A 4JAXA 5AQZA 3TSUA 3U9ZA 4BQLA 4MO5A 2CGJA 3F9MA 3C7NB 3LM9A 3ZX3A 4IJAA 3AAQA 3D2EA 4BC2A 2A41A 3I8BA 4DCHA 3EO3A 3CQYA 3KZBA 2P9PB 3VETA 4CBXA 1LCUA 4H0XB 2GWKA 4PKHA 1ATRA 2QWOA 2ASOA 3VGMA 1QZ6A 3A5LC 3CHWA 1ZXOA 4A2BA 4GNIA 1NGGA 3LDLA 4CZLA 5BRFA 3C0BA 4C23A 3R9PA 5BREA 4A62A 4H0OA 1ZC6A 3KVGA 2YHYA 3O8MA 3O1BA 2ZGYA 3CI5A 2QM1A 3B8AX 3CJCA 2D1KA 2YI1A 1J6ZA 3D2FA 5AQFA 3BF1A 1SZ2A 3H3NO 2D0OA 3S41A 2V51B 4FL9A 3QMLA 1KXPA 4ISEA 4H5WA 4BRDA 1NM1A 3TU5A 2E1ZA 5AZIA 5EX5A 5BPMA 1Z05A 2A42A 4WQ5A 2GUPA 3WQTA 4AM7A 1C0GA 2YHXA 1R59O 1X3NA 5JLHA 3HTVA 4H5NA 3VF2A 1QQMA 4FWNA 2P9PA 1GLFO 1C0FA 5AQHA 3A8YA 1NGIA 2V7YA 3A0IX 4XH5A 2E88A 2ZF5O 4BR9A 2F9WA 1TUYA 3ZEUB 3UKRB 2W41A 3CQXA 5EY4A 4B1VA 2D0PA 5AQSA 4BVPA 3O80A 1Y64A 1BG3A 2V7ZA 4M63C 4ISFA 4CBUA 2FF3B 3GBTA 3WXIA 4Y0WA 3QDKA 1WUAA 4QS8A 2ZGZA 4CZMA 4IWVA 4JHDB 1NWKA 3FZFA 3VESA 5KPZA 2QWPA 5E84A 1RGIA 3VGLA 3VEXA 2Q97A 2NLXA 4MO4A 3MN5A 5KQ8A 3RSEB 1XC3A 3VEOA 2VYPA 4BRGA 4B1WB 5AZJB 1NGHA 2P9IB 4L3QA 5EOYA 3FZHA 4BRIA 3UB5A 4XH1A 1V4TA 1BA1A 4DQ8A 1IG8A 4KBOA 4H03B 4RCHA 1MWKA 3FLCO 3L4IA 3WT0A 3ULEB 4JNEA 3O6WA 3ZETB 3WXKA 4EAHD 2QWNA 1V4SA 4J8FA 2YJFA 2GEMA 2IVNA 1YAGA 2W40A 3LM2A 3UKRA 3VEYA 2QW9A 3W0LA 1RDWX 3SLCA 3BP8A 3QICA 4NB4A 5AQIA 3M1FA 3KHYA 2E20A 5AQVA 3LDQA 4H0YB 5FPMA 5AQYA 3ATVA 4O5FA 3ID8A 1YVNA 2E8AA 3MN6A 3ENOA 4RWTA 1NGBA 4FOIA 4FOEA 3LL3A 5BR9A 1MWMA 1BA0A 4E1JA 2P9IA 2PBDA 1QHAA 2Q2RA 3FZLA 3HZ6A 2FSNA 2P9SB 4M7YA 1NLVA 2EWSA 4IJNA 4FWLA 1E4FT 5AQKA 4B9QA 4WQ5C 1KAXA 1U2VA 5I9EB 4DHYA 5AFUH 2QWRA 4B1XB 5FPEA 2BUPA 4FPBA 1P8ZA 3VEVA 3O4WA 3M6GA 1BU6O 2IIRA 1DGKN 4EIAA 3BEXA 3WUHA 1GLDG 1D4XA 3O1WA 5AR0A 5KPRA 4BREA 2UYTA 4A2AA 5FPDA 4BGBA 4BROA 1NBWA 4QS7A 3QBWA 4I6MA 3VEWA 4K25A 4CZKA 5EXWA 3VENA 4B1YB 2FSJA 3FFKB 1NGAA 5EVZA 2ASPA 4FSVA 5TKYA 1ZBSA 3TSPA 2YHWA 4BR0A 4AM6A 4BR7A 1GLLO 3CJ1A 3SMPA 4M7XA 2A5XA 2P9SA 3A5NC 4EHTA 1TYQB 4H5VA 3AARA 2H3GX 1K8KB 3C7NA 4BRHA 2P9LB 1KAYA 5JICA 1BO5O 5BPLA 4BRAA 3VF6A 4BR5A 3FZMA 2Q31A 3DAWA 3IMXA 2NRHA 4FWMA 4YDUC 1NMDA 3CJ7A 2GELA 2HF4A 1NGEA 3HI0A 4XH4A 1T6CA 1T6DA 4FWPA 4H5RA 5LJWA 2VCPA 5AFUA 5AQRA 1GLCG 3IDHA 2QWQA 2E1YA 1XQSC 2P9UB 3IUCA 2AA4A 2E2PA 5AQTA 3BUZB 3U4LA 2ZWHA 3LDNA 2WUSA 3P4IA 5AQXA 4XEIA 5ADXH 3CJAA 3DXKB 1IJJA 2YCHA 2CH6A 4IO8A 4PKGA 2A40A 4RTFD 2GWJA 5AQUA 5F2RA 1BUPA 3QFUA 2NZTA 3WXJA 5BRDA 3MCPA 3CJBA 3UKUB 4H0VB 4O8KA 1HPMA 2I7NA 2ITMA 4CJ7A 5LJVA 3ENHA 1WOQA 5AQLA 1S3XA 3WEEB 3FZKA 4WQ4A 5FPNA 3D7EO 4BVOA 3L0QA 1TUUA 1GLEG 4YDUA 5ELZA 1SAZA 3ZEUA 2DPNA 4EFHA 4BRKA 2E2OA 3L6QA 4H0PA 4BQZA 5BN9A 3CJ9A 1NGFA 4BRMA 4B1UB 3AAPA 3SMSA 5CE3A 1BOTO 4BRPA 1HKGA 4JHDA 3HBTA 1ESVA 3H46O 4BRCA 3DXMB 3W3DA 1NGCA 3GE1A 1JCFA 1YUWA 3RSEA 1KAZA 3VERA 5AZJA 3EZWA 4K41A 5E26A 1HJOA 1XUPO 1BDGA 3CETA 4BR4A 3R6MA 4BC5A 4PL8A 1H1VA 1HKCA 4FWSA 2V52B 5AQWA 4NO7A 2VWBA 5F1XA 5AQOA 5AQQA 4HTLA 2A6AA 1JCEA 3TPQA 3G25A 2P9NB 2D4WA 2GTDA 5AQMA 3ULEA 3UKUA 2Q0UA 3ZETA 4A61A 3H6EA 2PAVA 3D2FB 4WYBA 1G99A 3VPZA 2FLOA 4BRLA 1E4GT 2BTFA 4JD2B 3WXLA 2Q1NA 3J8AA 4JN4A 4IZ9A 3TSQA 1LOTB 5AZIB 3H3OB 4GY2B 3M3ZA 4CBWA 4PKIA 3EKUA 4CI6A 5KQDA 4H5TA 2FXUA 5BPNA 3SK3A 3DXMA 1T44A 5JMVA 5AQNA 4PL7A 2QWLA 4BG9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DR6K 4CD3A 2J4RA 5GAHP 4FWKA 4BR2A 1HUXA 1NK6A 4A59A 1MDUB 1YXQA 3FE1A 1HYVA 1NJXA 4DSIA 3IS9A 4KHYA 3I0SA 5JVHL 1NU0A 1L3UA 3SBGA 3O08A 3OS2A 4OKJA 4CJUA 1JCGA 4DTOA 3RTVA 2NRWA 3WNHA 4FWQA 3U9DA 2DTUA 2KLAA 1A5WA 3P1GA 2HF3A 5J2QA 1IKWA 4DV1K 1NKEA 3SJHA 1HLUA 4YFUA 2IVPA 3SQ0A 2OZSA 2HOEA 1EWRA 3CIPA 3H45C 4W5RA 1I3AA 3L7VA 2Z1HA 2GUIA 2RE2A 2E2QA 4CE9A 3ENBA 3LALA 3ZX2A 3AVCA 3VEZA 3VGKA 4GV6A 2QXFA 4RW8A 4JS5A 1GLAG 3GOIA 1RDBA 5F0XA 3MEGA 3IFRA 4BDPA 3PLAA 2YJEA 1UAXA 4DV7K 2VG7A 5AQGA 3DRPA 2HNDA 1U2VB 3HL8A 4LH4A 1OKJA 4FO0A 3F2KA 4X65K 3L3VA 4W5NA 4IFVA 1NOZA 1NK5A 4ZHRA 3MMVA 1ILYA 4BGAA 1FXXA 3QO9A 3A5MC 4B3MK 1RNHA 1D5AA 3NFAA 3PY8A 4H0TB 2O8DA 3O3GA 1YHQN 3LDPA 3PX4A 3E1YA 4F2RA 1KTQA 4DV3K 3SPYA 1Q18A 5M1OA 3F73A 1RTJA 1TL1A 4ID1A 4RW9A 2NRTA 1XMOK 1X9JA 3AJEA 4LC9B 1IKXA 4N56A 3WEEA 4BRFA 4JLHA 3CD6N 2ASMA 2YNIA 5AQZA 3TSUA 3U9ZA 3F9MA 1VQ9N 3LM9A 4LF6K 3OJUA 1SNNA 1KK9A 1S6PA 2F96A 4PUOA 4CGDA 4DG1A 3CQYA 2HBKA 1HNXK 2OTLN 2WFBA 1ATRA 1OH7A 4UQGA 4FZXC 2ASOA 2NRXA 3MWTA 3A5LC 1ASUA 2E6LA 4CZLA 1KRPA 4I9LA 4H0OA 4Z4HA 2NRRA 3O9RA 2QEXN 3CI5A 3NAEA 3K5LA 3CJCA 1TKZA 3MXIA 4H8KA 5AQFA 2HHQA 3BF1A 1SZ2A 1NK9A 4M41A 2XY7A 1KC8O 4E89A 1NJIO 3S41A 4N47A 4H5WA 1W0HA 3SNNA 1BQNA 1QSSA 1HR0K 1NM1A 2O8CA 2E1ZA 4DV0K 3KLHA 1SV5A 2GX9A 4A5AA 3WNGA 4WQ5A 3PSIA 2GUPA 3F5TA 4DSLA 2OZMA 1J9AA 1JXEA 1X1PA 3O9SA 4ELUA 2HHTA 2P9PA 1GLFO 5AQHA 1Q81O 3QERA 2Y1JA 3G4SN 4ZTFA 3NBPA 1T03A 1RDAA 3CQXA 4B1VA 1IEZA 1BG3A 1WAFA 3HP6A 2VG5A 4QS8A 4DR7K 4JHDB 4JI8K 3FZFA 4LFBK 5E84A 4CEQA 4MO4A 4Z4EA 1T3VA 3CCJN 2RKIA 4BRGA 3MXMA 5EOYA 3T19A 1J53A 3NF8A 3FZHA 5GAEP 3R3LA 4CECA 1T8EA 2WBNA 4DQ8A 4E3SA 4DS5A 3QNNA 1T05A 4LF5K 2F8SA 3L4IA 3V81A 2FBVA 3O6WA 3ZETB 4M42A 2PYLA 4CESA 4IDHA 2NRVA 4O5BA 4CJEA 2R7YA 1WSFA 2YJFA 4OKKA 2UUCK 2IVNA 2O4IA 1X9MA 1QHTA 2W40A 3SBTA 3IRXA 5JVGL 1VSMA 1RDWX 1YF5L 3S3MA 3QICA 4NB4A 4KHSA 4FCYA 1NK4A 2E20A 4O4GA 1I94K 4AHVA 3C94A 4AHTA 4O5FA 3SUPA 3OYFA 2E8AA 3VMFB 2YNHA 2HHSA 3RR7A 1EWQA 4FLTA 3U3GA 5BR9A 4E1JA 1BCOA 3FZLA 2P9SB 4ILJA 5EU7A 4DMNA 4FK2A 5I9EB 4DHYA 1KVAA 5HRPA 3SQ4A 5FPEA 3K57A 4BE1A 4FPBA 1BHLA 3O4WA 4CF0A 3CCEN 3SV3A 1FKOA 1LV5A 5C25A 1D4XA 5FRMA 1TGOA 1UWBA 3OTOK 4BROA 1NBWA 3JSMA 4I6MA 3VEWA 5GIPA 4CZKA 4B9TA 4XIUA 3L2WA 4LSLA 3S3NA 4CFAA 1NGAA 4C8MA 3HVTA 1ZBSA 1YIJN 5HRRA 4BR0A 1ZBIA 1GLLO 4KHQA 4N5SA 3SMPA 4ILGB 3BZKA 3HOTA 2KZZA 4HUFA 5JICA 4KH4A 2IDOA 5BPLA 1KSPA 3O4NA 2HBJA 3SUOA 1YTAA 3LZJA 1Q8IA 1GOBA 3MWPA 3CFRA 2NRHA 2E5LK 1LWCA 2QK9A 1NMDA 4FM0A 1T6CA 4FWPA 1RT7A 1EKEA 3ASMA 5AQRA 4YOUA 5CYQA 5SWMA 3PX6A 1J5OA 4LSNA 3ZSQA 3LDNA 3P4IA 3KKRA 5AQXA 2X78A 3QIOA 3QLHA 3T3FA 1LAVA 3ZCMA 1OVYA 2QTDA 1XWLA 4F3TA 5C24A 3NHGA 1QQCA 4OPAA 3LWMA 2O8EB 4KV8A 1JLQA 1WAJA 4FJNA 1NJZA 3AVLA 3QFUA 4EZ9A 5E41A 4M3TA 3MCPA 3CJBA 2XY6A 2EHGA 3UKUB 3CCQN 3OYHA 3T7ZA 4H0VB 2ITMA 3O4QA 4CJ7A 3EY1A 5LJVA 1WOQA 3VA3A 2FBYA 5FPNA 4HUEA 1GLEG 5ELZA 3Q7CA 1SAZA 5KRSA 3QEVA 3T1AA 5BN9A 1CXUA 4B1UB 3TAFA 4GVMA 4CHOA 4E7JA 1TV6A 3HT3A 5C10A 4CEEA 4F4KA 4JI4K 1U4BA 4X62K 3RSEA 4YOWA 3P38A 1S1WA 1YJ9N 1HQUA 4CGHA 4QOZB 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 3HXM A;  3NE6 A;  1T44 A;  4CJV A;  1QSY A;  5JMV A;  1RDU A;  2IC3 A;  2PY5 A;  4PL7 A;  2QWL A;  3LPU A;  5J1E A;  1S1V A;  3FR0 A;  1GOA A;  1SKR A;  4MFB A;  2P5O A;  1HKB A;  3OYA A;  1SQK A;  1JXB A;  4CJR A;  5DK5 A;  1NKB A;  1LAW A;  3I8D A;  3BF3 A;  1U6Z A;  3MN9 A;  2KHO A;  4JV5 K;  1DEJ A;  4CHZ A;  3GG4 A;  3R8E A;  4CHN A;  3P83 D;  1DT9 A;  3PIP L;  1NOY A;  4JKG B;  4CZE A;  1C1A A;  4E7K A;  3E66 A;  3ZX0 A;  1S22 A;  1TVR A;  4U7B A;  4FJH A;  1SKS A;  4F9O A;  5BR8 K;  4NCG A;  3RRH A;  3VOV A;  4DLG A;  3BY5 A;  5CR4 A;  4JKC A;  2D0A A;  4YOV A;  3EE9 A;  4DTS A;  1U45 A;  2OA8 A;  4HCB A;  4E1B A;  3NGI A;  1UA1 A;  5KPT A;  4CIF A;  2P9K A;  4JKA A;  1EP4 A;  3U8X A;  4CFB A;  3M8S A;  1VSK A;  4BDY A;  4C1N K;  2G8H A;  5IWA K;  3KJV A;  4B3S K;  3OS1 A;  3SUN A;  4WFN L;  4WF9 L;  3PO5 A;  4CEA A;  3MDQ A;  4MLH A;  2ZJQ L;  3A5O C;  4DR2 K;  5I3U A;  3ZSV A;  3E9P A;  4K42 A;  4G1Q A;  1JCU A;  2GV9 A;  1XMQ K;  4M3U A;  3V6D A;  3PV8 A;  2I7P A;  3NF7 A;  4MLE A; 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 2ZWH A;  3U4L A;  3JYT A;  1TKT A;  3OYK A;  1W97 L;  1WSI A;  5DMR A;  1HNI A;  1HPZ A;  5C0Y A;  1IJJ A;  2CH6 A;  1BQM A;  4PKG A;  4RTF D;  5AQU A;  3NVM A;  5F2R A;  2EQA A;  1BUP A;  3K5O A;  4B9V A;  2MX1 A;  4B8A B;  3M8Q A;  3KLE A;  3VA0 A;  4FJX A;  4K0K K;  4O8K A;  1HPM A;  2I7N A;  3DYA A;  1S3X A;  3OYE A;  2ATQ A;  1TUU A;  1QE1 A;  3ZEU A;  3SQ1 A;  4YOY A;  3HO1 A;  3CJ9 A;  1NGF A;  5CE3 A;  1OH6 A;  1BOT O;  5GAG P;  4BRP A;  3BDP A;  4DTX A;  3W3D A;  1NGC A;  1RBU A;  3GE1 A;  1ZYQ A;  1CZ9 A;  1JCF A;  4C1N I;  3DLR A;  2O8B A;  4N41 A;  3VER A;  5AZJ A;  2QA4 N;  1VHX A;  4CJK A;  4DV2 K;  1Z25 A;  5I42 A;  2NRZ A;  1U04 A;  2HW3 A;  5AQW A;  2B6A A;  4FWS A;  4YY3 K;  3CPE A;  5AQQ A;  3QEI A;  4HTL A;  3MAQ A;  4ZTJ A;  1RTI A;  2I5J A;  1K4P A;  5GIN A;  3G25 A;  2Y1I A;  2P9N B;  2D4W A;  5AQM A;  2Q0U A;  1UOC A;  4A61 A;  4KB0 A;  1WBD A;  4WYB A;  3CC7 N;  4UY8 O;  3WNF A;  1E4G T;  2BTF A;  3WXL A;  4DR1 K;  2ITG A;  2Q1N A;  3J8A A;  1WN7 A;  4PQU A;  3TSQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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