3HI0A

Crystal structure of putative exopolyphosphatase (17739545) from agrobacterium tumefaciens str. c58 (dupont) at 2.30 a resolution
Total Genus 168
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
505
structure length
501
Chain Sequence
RSEAQGRLTGLAPVSVIDIGSNSVRLVVYEGLSRAPAVLFNEKVLCGLGKGLALTGRMHEEGVTRALMALRRFHVLSEQAQAQKLYVLATAAAREAENGPDFIREAEAILGCEIEVLSGEKEALYSAYGVISGFYQPDGIAGDLGGGSLELIDIKDKSCGEGITLPLGGLRLSEQSDGSLEKAATIARKHVKSFAKLLAAGEGRTFYAVGGTWRNIAKLHMEISGYPLHMMQGYELPLEEMLNFLEEVIVSRDAWQAVSKNRRSLLPFGAIAMREVLRAMKPAKIAFSAQGVREGYLYSLLTEAERESDPLLVAADELAILRARSPEHARELADWSGRTFPVFGIDETEEESRYRQAACLLADISWRAHPDYRGLQALNIIAHSSFVAITHPGRAYIALANYYRFEGLNDNGTTEPLAAMAGERLQELGKLLGGLLRVVYLFSASMPGVVDHLKFRKSDNPDIDLEFVVPHDYCDFAGERLDGRLQQLAKLTGKRLAFVFE
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S2 (25-31)TI1 (6-9)AH2 (62-82)TII1 (10-13)EMPTYS1 (16-21)AH12 (271-285)TI2 (22-25)TI3 (49-52)TIV1 (35-38)S3 (40-47)AH6 (171-178)AH1 (54-57)AH3 (93-97)S4 (86-91)AH5 (121-134)S6 (140-146)AH18 (378-389)S7 (151-157)AH8 (197-202)TIV2 (136-139)TI4 (147-150)TII3 (203-206)TII'1 (157-160)AH13 (298-306)S8 (160-167)AH7 (182-195)S9 (207-211)AH11 (262-266)AH9 (213-221)TVIII1 (228-231)3H1 (222-225)S10 (236-239)TIV3 (240-244)TI5 (239-242)TI6 (267-270)O2 (260-262)S11 (290-293)AH14 (309-313)AH15 (316-328)AH17 (355-368)AH16 (332-344)TVIII2 (329-332)3H2 (346-349)AH21 (429-449)TI9 (375-378)AH19 (397-412)AH20 (419-425)S12 (460-463)TIV6 (449-453)AH22 (485-498)TI10 (466-469)S13 (471-475)TVIII3 (469-472)AH4 (100-112)S5 (117-118)O1 (167-169)TI'1 (178-181)AH10 (244-252)TIV4 (252-255)TI7 (369-372)TI8 (371-374)TIV5 (392-395)3H3 (456-458)3H4 (477-482)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
publication title Crystal structure of Putative exopolyphosphatase (17739545) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS str. C58 (Dupont) at 2.30 A resolution
rcsb
molecule keywords Putative exopolyphosphatase
total genus 168
structure length 501
sequence length 505
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.3210.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Hypothetical protein af1432 Hypothetical protein af1432 3hi0A03
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hi0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3hi0A02
4BRNA 3FR0A 4H5RA 2ASOA 4QG0A 3CQYA 5EOYA 2IVNA 4TNZA 3U1NA 4RXPA 2GWKA 2P9IA 3D2FB 5AQNA 1ZBSA 3D7EO 2F9TA 4L7EA 4IXCA 3CJ1A 4WQ4A 3UKUB 4FPBA 1GLLO 2Q31A 5AQIA 2IVPA 3ULEB 1E4GT 5KPRA 4MLNA 3IUCA 2Q1NA 3BEXA 4YDUC 3A5NC 1JCEA 1GLDG 2P9LA 4DB3A 2VWBA 3R9PA 4FWKA 3VERA 3BF1A 5AO2A 1MWMA 2P9UA 5AQUA 4RWTA 3QBXA 1K8KB 1GLBG 3EKUA 3B8AX 4BGAA 5B8HA 3A0IX 2QW9A 3CJAA 3WQUA 4A62A 2GZ4A 5LJVA 1NGDA 4BRDA 4CD1A 3MZOA 3GDQA 3I8BA 5AQYA 4BROA 4FWLA 1T44A 4RTFD 1HUXA 3UE5A 3LDPA 1T6CA 3FE1A 4TNPA 1KXPA 1Z05A 5AZIB 5BRHA 5I9EB 1VQRA 3D2EA 1Q18A 4WYBA 5KPZA 4WQ5A 1LCUA 5LJWA 1VJ7A 3LJXA 3EL2A 4BGBA 5AQOA 2HOEA 4L1JB 4M63C 3SMPA 3MEMA 3R6MA 5E84A 1U6ZA 5EY4A 4EFHA 5AQSA 2CGKA 2GELA 4RXSA 1RFQA 2A5XA 4IJNA 3LL3A 3W0LA 2Q0RA 1NGAA 3GBTA 4A61A 5KQDA 3WEEA 4H0YB 3VEOA 3U8XA 2GUPA 4BRIA 5ADXH 4TO2A 2E2NA 2O08A 5KPTA 4MZ7A 1S3XA 2V7YA 3VF2A 1ATSA 3UKRA 3ULEA 4K42A 5FPDA 1BG3A 1MDUB 1V4TA 2ZF5O 5FPMA 3CI5A 2QWLA 4YDUA 4FWQA 1JCGA 5AQWA 3L4IA 3GE1A 2YCHA 3A5LC 1T6DA 2A41A 2P9KB 3NQWA 1K8KA 3GG4A 3H1VX 4FWSA 1BU6O 3O08A 4MLHA 2QWPA 4FL9A 3LDLA 4O8KA 2GWJA 4B1YB 4XEIA 1GLJO 3QFPA 3O5BA 3HC1A 3FZFA 4ISFA 3VENA 3VETA 2J4RA 4BR2A 3DXKB 1TYQB 3ID8A 3VPZA 4TO5A 3TM8A 3AY9A 3BF3A 4ME4A 5AZIA 2FSNA 2HEKA 3QICA 4CBUA 4FWNA 4I6MA 3C7NB 2Q36A 3O4WA 2DPNA 2FSJA 3M1FA 4L1JA 2HF3A 3FGUA 3FZHA 2Q97A 2EWSA 1U2VA 2GEMA 4JNEA 2FF6A 4H5TA 2NRHA 3AAQA 4CI6A 3ATVA 2DQBA 3IFRA 2H3GX 4K41A 4PKIA 5LY3A 3LDQA 4JHDA 1QQOA 1C0GA 4XH4A 4B1VA 3OHRA 4N6WA 4GY2B 4FPAA 3VF4A 2E20A 5AO1A 3H1QA 3M1TA 4PKHA 3M6GA 1ZXOA 3U9ZA 1HLUA 4FSVA 5AQXA 4FWOA 4QS7A 4AM6A 2ZWHA 5BR9A 3VGLA 2Q2RA 1YUWA 4XH1A 1EQYA 4ISEA 3VEVA 4H0PA 1GLAG 4JAXA 1NGJA 1NWKA 3BP8A 3ENHA 4C23A 5EX5A 2V52B 2HF4A 3O8MA 3DJCA 1XQSC 3DXKA 3KH1A 2FXUA 3AAPA 1QQMA 4BVOA 2Q0UA 2UYTA 5F0XA 3MN5A 4LRLA 4CZIA 1MWKA 3EZWA 4TO6A 4HWIA 1HKCA 2D0OA 4TO0A 4TO3A 2A40A 1SZ2A 5AQTA 3P3QA 2ITMA 2FLOA 4FOEA 4QFYA 2AA4A 5TK8A 4CZFA 5BPLA 2PQ7A 3TMBA 2CQZA 4BZCA 3CETA 3JS6A 1YOYA 1NGHA 4FWMA 1YVNA 1LOTB 2E8AA 1X9JA 3RF0A 4AM7A 5BN8A 4B9QA 3WXLA 4H5WA 3FFKB 1X3MA 4H0XB 2F9WA 5AQRA 2PBDA 2P9SB 4BREA 2ZGZA 1NGFA 2OGIA 2O6IA 1BWFO 1XC3A 4Z94A 1XUPO 4O5FA 5JMVA 3HZ6A 4IO8A 4CBXA 2I7PA 3CERA 3ZX3A 1SAZA 5BRFA 2E2QA 3WXKA 4BC4A 1NMDA 3SK3A 4RXOA 3UB5A 4B1ZA 4BR9A 4BRFA 5TK9A 3D2FA 5AQQA 4TNRA 4B1WB 2HMPA 3M3ZA 4QG1A 3ATUA 3TU5A 3UKUA 2I7NA 3NR1A 3KZBA 4ISGA 3MN9A 3U9DA 2QWNA 4BRMA 5ADXA 2PAVA 4FWRA 1YXQA 4CZHA 2E1ZA 3MDQA 5TK7A 4BC3A 4CJ7A 4DCHA 3VEXA 1G99A 1IG8A 3TMDA 1BO5O 2W40A 1D4XA 2W41A 1YAGA 1P8ZA 4LC9B 1BOTO 2QWMA 3J8AA 1NGEA 1TUYA 3H46O 4CZGA 4BRLA 1IJJA 2KHOA 4KBOA 4CD3A 3FZMA 3HBTA 3O1BA 5FPEA 1QZ6A 3G25A 1HPMA 5AO4A 3BG2A 2D0PA 4H0OA 4B1UB 4CZLA 3CCGA 4BG9A 4Y0WA 1JCFA 3A5MC 3DXMB 4QS8A 3TPQA 3ZEUB 2CGJA 2P9PB 2E2PA 2YHXA 2ASMA 3JXUA 4GNIA 3AARA 1GLEG 2QWQA 3QBWA 2E88A 3HM8A 4A2BA 3KHYA 5TKYA 2FF3B 2PAQA 3MCPA 5AFUH 4BR4A 3CQXA 4QG2A 5BN9A 5JLFA 3L6QA 4MDZA 1ESVA 1RGIA 3H3NO 3DAWA 3O80A 3SLCA 3VOVA 4K43A 4CZJA 3TMCA 3HSCA 4QFZA 4BRQA 4RCHA 4PL7A 2YHWA 5BPNA 5AQJA 4J8FA 3O1WA 5EXWA 5AZJB 5F1XA 2P9LB 5AQLA 2D4WA 4IZ9A 2P9UB 3WQTA 3WXIA 4H5VA 2WUSA 2CGLA 3P4IA 4DQ8A 3CIPA 2P9KA 4ZWGA 1HX1A 3A8YA 2ASPA 1MA9B 3VEZA 1DEJA 2PGSA 2YI1A 3H6EA 3HTVA 5AQPA 1GLCG 1TYQA 4BC2A 2AP1A 1OKJA 3MK6A 3D2EB 4BVPA 4BZBA 1NGGA 3I7AA 1YNBA 5E26A 3DXMA 3C7NA 4IWVA 4H0VB 4IJAA 4JN4A 5BREA 3VGMA 1Z6RA 4QG4A 5TKAA 4BRGA 1GLFO 2BTFA 3CJCA 1DGKN 2NLXA 4CZMA 4M7XA 3DWLA 1TUUA 4CZEA 1H1VA 3WEEB 4H5NA 3RSEB 4H03B 4BR5A 4XH5A 4L7WA 2YJEA 2ZGYA 5AQKA 2E2OA 5F2RA 4HTLA 2OANA 3UKRB 3FLCO 1HJOA 3VF6A 1CZAN 3O6WA 1SQKA 3IRHA 5ELZA 3VESA 1KAXA 4BRHA 4R8ZA 5AQZA 2A6AA 4X9EA 3MN7A 3QMLA 5AZJA 2P9NB 4BR7A 4N71A 4MCWA 4TO1A 1HKBA 5TK6A 4NB4A 4QFXA 5JICA 1ATRA 3ZX2A 4BRAA 1BA1A 2YHYA 1QHAA 3QB0A 1WOQA 4RXQA 3W3DA 1WUAA 2CH6A 4CZKA 1S22A 5AQGA 3R8EA 3LDOA 1NBWA 2D1KA 3HI0A 1BA0A 1HKGA 4M7YA 5FPNA 4I6MB 1RDWX 1QZ5A 2E1YA 4CBWA 3EO3A 3C0BA 5AO3A 1U2VB 4MO4A 4TNXA 4B1XB 4RXRA 3CJ9A 5AR0A 5JLHA 3MMVA 3ZETB 2QWOA 2A42A 3IDHA 2PAUA 3ZX0A 2V51B 2Q14A 4BRKA 3CHWA 2YJFA 4JD2B 1BUPA 2V7ZA 4JHDB 3RSEA 3L0QA 4BRPA 2PARA 4PL8A 1KAZA 4FOIA 3BUZB 1KAYA 2CH5A 4PKGA 1NGCA 4EHTA 1DKGD 1NM1A 2IIRA 2P9SA 3GL1A 4BQLA 2FSKA 4E1JA 3H3OB 3ENOA 4BG8A 2P9NA 4MLEA 4MO5A 2A3ZA 3EKSA 3H45C 3F9MA 4H0TB 1NGIA 1ZC6A 3MN6A 5BPMA 5BRDA 4F9OA 3WT0A 3VEYA 4EHUA 5KQ8A 3S41A 3A5OC 1ATNA 1C0FA 2P9IB 1V4SA 3QFUA 5AQHA 3VEWA 3QDKA 4WQ4C 5AQFA 5EVZA 3LDNA 5AO0A 2VCPA 3LM2A 4BC5A 5AQVA 3GOIA 4L3QA 1J6ZA 4MLMA 1X3NA 3VGKA 4EIAA 5AFUA 4NO7A 1NGBA 4XDSA 3SJHA 3WUHA 1NLVA 3FZLA 1BDGA 3SMSA 1XX7A 3I33A 4ZWEA 1QQNA 2IVOA 3ZETA 4DMBA 4K25A 4TO4A 5AQMA 3EN9A 2GTDA 2VYPA 4JD2A 1Y64A 2BUPA 2QXLA 4QS9A 4BRCA 4FO0A 3WXJA 4TNQA 3CJ7A 3LM9A 1R59O 2NZTA 5CE3A 4EAHD 3FZKA 4A2AA 4WQ5C 1E4FT 4BQZA 3KVGA 2QWRA 3U4LA 4Q7HA 3IMXA 4BR0A 4TNYA 3CJBA 4DHYA 4FWPA 3ZEUA 2P9PA 2QM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOZA 1HYVA 4BRNA 3UIQA 4OGCA 2WOMA 1HQUA 1K9MO 5EOYA 2GWKA 3D2FB 5AQNA 3D7EO 1C1BA 2F9TA 4L7EA 3TSUA 3ZT4A 4WFAL 4FJNA 1DTTA 4DTRA 1VSEA 1JL1A 2ZM6K 4Q5VA 2IVPA 4CJQA 4YOYA 2Y1IA 1NK9A 3U3YA 3ITHA 5KPRA 4MLNA 3IUCA 3T3FA 3AVFA 3DRSA 1GLDG 2P9LA 5T7BA 4DB3A 2VG5A 4FZZA 1QHTA 1HRHA 3BF1A 4IEIA 3VERA 5AO2A 2P9UA 2BGGA 3SKDA 3QBXA 1GLBG 1KVCA 1Q7YO 1N32K 2HHSA 3GDQA 3WNFA 4FWLA 2OPPA 1T44A 1HUXA 2GUIA 3LP1A 5BRHA 3SUPA 1ZBUA 3PSFA 3KLFA 3EL2A 3NH0A 4M63C 3E9LA 3SUNA 4EFHA 5AQSA 4N5SA 1LW0A 4FYDA 4IFEA 4H0YB 3U8XA 3RR8A 5ADXH 4KPYA 4QAGA 3LANA 4JRPA 4MZ7A 5CY4A 3C6TA 3VF2A 3UKRA 4CEOA 2IGIA 4K42A 1V4TA 4MFBA 3LZJA 4JI3K 2OPQA 2HHHK 1UOCA 3DRPA 1T6DA 1O1WA 2P9KB 1BU6O 1TKDA 4FL9A 3LDLA 4B1YB 4DTNA 4XEIA 2OCEA 4HVJA 5AJ3K 4YOWA 4BE0A 1HPZA 3HC1A 4W5RA 3FZFA 1QSSA 4ISFA 4CK3A 1XHXA 1RCHA 1J5EK 3ZSOA 1XI1A 4ME4A 2HEKA 4CJUA 1YTUA 3ZT0A 3O4WA 3CCMN 4DV5K 2O4GA 1RBUA 2Q97A 2FF6A 3PX0A 1QS4A 3TAPA 2XY6A 4B08A 4GW6A 3OYDA 1S9GA 4CI6A 2DQBA 2H3GX 3TARA 1NJXA 5LY3A 4JHDA 1C0GA 1EWQA 4N6WA 4DS5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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