The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
178
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sequence length |
553
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structure length |
551
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Chain Sequence |
GSHMLFAEFAEFCERLEKISSTLELTARIAAFLQKIEDERDLYDVVLFITGKVYPPWDERELGVGIGLLYEALENVSGVKRSEIESMIREYGDLGLVAEQLIKKKKMTTLAFEELTVRKVRETFDEIASLTGEGSMKRKIMLLTGLYGLATPLEARYLTRLILNEMRLGVGEGIMRDAIARAFRADPETVERAYMITNDLGRVAVVAKKEGEEGLRKMKIEIHIPVRMMLAQVAESLESAVREMRTAAVEWKFDGSRVQVHWDGSRVTIYSRRLENVTNALPDIVEEIKKSVKPGVILDGEVIAVKEGKPMPFQHVLRRFRRDVAKMVEKIPLEAHFFDILYHDGECIDLPLRERRKLLESAVNESEKIKLAKQIVTDSVDEVRKMYDEAISAGHEGVMIKLPSSPYIPGKRGKNWLKVKAIMETLDLVVVGGEWGEGKRSHWLSSFELACLDPVTGKLLKVGRVATGFTEEDLEELTEMFRPLIVSQQGKKVEFIPKYVFEVAYQEIQKSPKYESGYALRFPRFVRLRDDKDVDEADTIERVENLYKLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
ATP-dependent DNA ligase from Archaeoglobus fulgidus displays a tightly closed conformation
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Archaeoglobus fulgidus
|
| molecule keywords |
DNA ligase
|
| total genus |
178
|
| structure length |
551
|
| sequence length |
553
|
| ec nomenclature |
ec
6.5.1.1: DNA ligase (ATP). |
| pdb deposition date | 2009-02-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01068 | DNA_ligase_A_M | ATP dependent DNA ligase domain |
| A | PF04675 | DNA_ligase_A_N | DNA ligase N terminus |
| A | PF04679 | DNA_ligase_A_C | ATP dependent DNA ligase C terminal region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA ligase i, domain 1 | DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | DNA ligase/mRNA capping enzyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YHH L; 4GOP B; 5BR8 L; 1GD7 A; 3J80 c; 4JI7 L; 4A3G H; 3ZJY C; 3H0G H; 4HIM A; 2MFI A; 2WP8 J; 3GTK H; 4A3C G; 4IPG A; 2IX1 A; 1TWC H; 4Y7N H; 1L2F A; 3PO3 G; 5IE8 A; 3U4Z A; 2LXK A; 4BXX H; 4GKK Q; 3RTX A; 1X55 A; 4GN4 B; 4A3J G; 4B3T L; 4RG1 A; 3PSI A; 1N9W A; 4QY7 A; 2PI2 A; 2PNH A; 2Q2I A; 4LH6 A; 5GAE C; 3S2H H; 1Q46 A; 4JI1 Q; 4DUY Q; 1JJC B; 5JJI A; 2R7Z G; 3TRZ A; 1XMQ Q; 1Y1V H; 4PMW A; 4X66 Q; 4A3L H; 2KCM A; 3GDE A; 1YHB A; 3Q8D A; 4LF4 L; 2K5V A; 4JG2 A; 3JAM i; 4K0K Q; 1KQS A; 3ERS X; 1K9M C; 1JT8 A; 4R1J A; 5ELO A; 2WB1 G; 3M85 A; 1EYG A; 4AQY L; 2D62 A; 4NPS A; 1EIF A; 3PUX A; 1XK5 A; 4JOI A; 1WJJ A; 3BU2 A; 2IT1 A; 1Q86 C; 1CKM A; 1PV4 A; 4LF5 L; 3JSL A; 1HH2 P; 1YJ9 A; 4A4I A; 4DV2 Q; 2JA6 H; 2HT1 A; 1X54 A; 1E1O A; 1VQ7 A; 1K0R A; 4JBM A; 2UXB L; 5H1S E; 2F4V Q; 2XTI A; 1VQE A; 1UEB A; 2PQA B; 4B3R L; 3UDG A; 2JEA I; 3RR5 A; 1YHQ A; 4A3M G; 1Q7Y C; 4NXN L; 1HZC A; 4ALP A; 4JYA Q; 3UE1 A; 3F2D A; 1X3E A; 2UXC L; 2ALY B; 4DV7 Q; 3S24 A; 3STB C; 5C0X I; 4KHP Q; 4C3I H; 1HNZ L; 1XTD A; 2YTV A; 3CF5 A; 3CD6 A; 4BY7 G; 2E8G A; 2YU9 H; 5JJL A; 1EOV A; 4GS3 A; 4GOP C; 2OQ0 A; 2Y0S G; 3RN5 A; 1XNR L; 3WWV A; 4RMF A; 5JJK A; 3NC0 B; 1PYB A; 1EQR A; 3CQZ H; 1D8L A; 3PV0 A; 3CCV A; 1T9H A; 2I5L X; 1JMC A; 4BY1 G; 3H3V H; 2B63 G; 4OON A; 3GTG H; 2E2H H; 2VUM H; 3H0G G; 2H5X A; 4QL5 A; 4J15 A; 4A3E H; 2RF4 A; 2ES2 A; 3W1G A; 1W3S A; 3HOX H; 1VQL A; 4QQB X; 2A19 A; 3H3V I; 4OXP A; 2HVR A; 1P8L A; 1HNX Q; 4UY8 C; 2R93 H; 2IHF A; 1RL2 A; 1YZ6 A; 1B70 B; 4C2M H; 1XPR A; 4LF6 L; 2EXD A; 3VDY A; 4A3B H; 2KEN A; 1CSP A; 1KAW A; 2V1C C; 4H02 A; 4DV5 Q; 4UP9 A; 3J81 c; 1X3F A; 3T1Y L; 4ME3 A; 4DR7 L; 5J3B A; 4A3F H; 2C35 B; 1W2B A; 2OTL A; 3RLN A; 1H95 A; 4AYB G; 1YI2 A; 3M3Y H; 3M9B A; 1AH9 A; 2HVQ A; 1KXL A; 4A3I G; 1C9O A; 3E0E A; 3KDF B; 4PZ8 A; 1FL0 A; 3TS2 A; 5D1P A; 2NVQ H; 4DV1 Q; 4AH6 A; 2VNU D; 1SN8 A; 3I4O A; 3NEN A; 1X6O A; 1KIX A; 4EFE A; 4P75 A; 4JOI C; 4R4T A; 4A75 A; 2IX0 A; 4DV3 Q; 3S2D H; 4LWC A; 4A3C H; 3E9H A; 4DR5 L; 3PO3 H; 4X65 L; 4JI4 Q; 4HTP A; 4IPD A; 3PF5 A; 4YWM A; 2UUB L; 3K81 C; 1I94 Q; 4LW1 A; 4IOA A; 2UXD L; 3RZD H; 1X3G A; 1MKH A; 4DR2 Q; 1U0L A; 4MZ9 A; 4DV4 L; 1I50 H; 2N8N A; 4YCV A; 2UU9 Q; 1A62 A; 4LFA Q; 3UE0 A; 3TY8 A; 3KF6 B; 1YIJ A; 1VQH A; 1N33 Q; 4DAM A; 1Z9F A; 2VQE Q; 2NN6 I; 5IWA L; 4DUZ L; 1VQO A; 1N32 L; 2GVA A; 2JA8 H; 1A63 A; 3BJU A; 2ZTC A; 4YWK A; 2XGT A; 5DIS C; 2AMC B; 3TEH B; 2D0O A; 1NE3 A; 1YJN A; 1IBM L; 2MNA A; 2JA5 G; 1M90 C; 1XMO L; 1QZG A; 3G71 A; 2VQF L; 3PO2 G; 5AJ3 L; 4PG3 A; 1XMQ L; 3M4Q A; 4DR6 Q; 1RIP A; 4A93 G; 3NEL A; 1HZB A; 2IHE A; 1J5E Q; 3CPF A; 3LGJ A; 3RLF A; 1B8A A; 1YVC A; 3PUV A; 4UCS A; 4AIM A; 3AEV A; 1WI5 A; 5LMN Q; 4POF A; 3F2C A; 4LFC Q; 1TWH H; 4TQU S; 1I5F A; 2HQL A; 1TWA H; 4JI8 Q; 3DLL A; 1YHA A; 3CC4 A; 4DR4 Q; 4DV2 L; 1NTG A; 1VQG A; 4YY3 Q; 1OTC A; 3GJX B; 1ASY A; 3VNN A; 2CWP A; 1UE6 A; 3CCU A; 4R4C A; 1NY4 A; 2PI2 E; 3U58 A; 4UP7 A; 4LF9 Q; 1VQ6 A; 3FHW A; 4HJ8 A; 5E7N A; 4BY1 H; 3L0O A; 1TAE A; 2B63 H; 1PH8 A; 4DK6 C; 1OXU A; 2GN5 A; 2WAQ E; 4DV7 L; 3TRE A; 1PH2 A; 2AWO A; 2JEB I; 3K8A A; 5ELN A; 2NVX H; 1L1O A; 3ULL A; 1C0A A; 3SGI A; 4L5R C; 1PVO A; 5EAY A; 4L5Q A; 3JAM c; 4R4I A; 1GVP A; 1L1O B; 1VQ9 A; 4JC0 A; 1D7Q A; 2F3I A; 4IPH A; 1E1T A; 1Y1W G; 1GO3 E; 3A0J A; 1PHJ A; 1N36 Q; 1K73 C; 2R92 H; 2NN6 G; 4R4Q A; 2UUA L; 2ZM6 Q; 4DR1 L; 1IBL Q; 3CCL A; 5JEA J; 3KJO A; 4A3I H; 3UDI A; 2Q2T A; 4B3M L; 1HNX L; 4KLK A; 3EIV A; 3ER0 A; 2JK8 A; 1HR0 Q; 1SLJ A; 5FPO A; 3GTP H; 4GKJ L; 2KCT A; 3T1H L; 4NXM L; 1A8V A; 2ID0 A; 3K7A H; 3L2P A; 4P73 A; 5IP9 G; 3F2B A; 2RHQ B; 4A76 A; 4IFD J; 4Y52 H; 1QVG A; 2IY5 B; 1Q8K A; 4X62 Q; 1M1K C; 1O7I A; 4HJ5 A; 1IBK L; 4HJA A; 2NVY H; 4DV6 Q; 4IOC A; 4JI2 L; 1A0I A; 4OWT B; 4X6A H; 4TVA B; 2ZTE A; 3KYH C; 3S16 H; 2YV5 A; 4L5S A; 3G6E A; 3CMA A; 2UUC L; 1XDN A; 4UCV A; 2KHJ A; 1IYJ B; 1YJW A; 3S17 H; 3ULJ A; 1PFS A; 3AFP A; 2CCZ A; 3QWU A; 3CW2 C; 4GNX A; 4DV0 Q; 2ZTD A; 2OCE A; 4R4O A; 4XTC S; 3CCM A; 1WFQ A; 1YIT A; 1FJG L; 1I94 L; 2CFM A; 2K14 A; 3M4O H; 3TY9 A; 2VZA A; 1Q81 C; 2E5L Q; 1WOC A; 3J7A 5; 3OTO L; 1C7Y A; 4APV A; 4O0A A; 1E24 A; 2JA5 H; 2K5N A; 3HOY G; 3FP9 A; 3K80 C; 4HJ9 A; 3PO2 H; 3HOV G; 1MIU A; 1OXX K; 1SR3 A; 1VQI A; 4LFA L; 4A93 H; 4O2D A; 4C3H H; 2I0Q A; 1L1O C; 1G29 1; 2LSS A; 3D31 A; 2QGQ A; 4LNQ A; 1S72 A; 1B7Y B; 1HZ9 A; 1SRO A; 1CKN A; 4DNI A; 3HOZ H; 1K83 H; 1FGU A; 1HJP A; 3GO5 A; 5BR8 Q; 1K8A C; 4DAY B; 3W1B A; 3JSN A; 3GTL H; 2VY3 A; 4NB3 A; 1CSQ A; 2NZH A; 5C3E G; 5IY0 A; 2JQO A; 3AQQ A; 4IO9 A; 1GM5 A; 4WJ3 M; 2A1A A; 2R92 G; 4OO1 I; 1Q82 C; 4B3T Q; 2JJQ A; 3A5U A; 2Q2U A; 4BA1 I; 3HOW G; 5M3F G; 3OW2 A; 3CP0 A; 1VQP A; 4LF8 Q; 3GTQ H; 4MNO A; 2OTJ A; 1SFO H; 3PF4 A; 4L5T A; 1Q12 A; 3D0F A; 2WAQ G; 2QA4 A; 3GTM H; 3S1N H; 4B3S L; 2Q2H A; 1Y14 B; 3IRB A; 1QZH A; 1VQ8 A; 3RZO H; 3UQ8 A; 5LMU L; 4AQY Q; 4LF9 L; 2DUD A; 3UDF A; 1Y1W H; 1ASZ A; 5M3M H; 3A5Z B; 2ZJP A; 4CC6 A; 5D1O A; 1MJE A; 3CCQ A; 4GNX C; 4JBW A; 4X64 Q; 4HIO A; 2OQK A; 2UXB Q; 2MO1 A; 2N49 A; 1LM0 A; 5D1O B; 4GLV B; 5DLQ E; 5IP7 G; 2MO0 A; 5IT9 c; 2JA8 G; 1KL9 A; 3S15 H; 4DK3 C; 1EQQ A; 4B3R Q; 3S1R H; 1VQA A; 4GKK L; 2OWO A; 2VL6 A; 4EFB A; 1CUK A; 1CKO A; 4JCV E; 3KJP A; 2ZJQ A; 1DGS A; 4JI6 Q; 4UPA A; 5IP9 H; 4LUO A; 1HNZ Q; 2BH8 A; 2K5H A; 4JI1 L; 4DUY L; 1XNR Q; 2RHS B; 1IBL L; 1PYS B; 5FJ8 G; 4X66 L; 1X9N A; 2AHO B; 2K50 A; 4YCU A; 4UCT A; 4K0K L; 3L7Z C; 1HR0 L; 2BA0 A; 3BZK A; 3GTJ H; 3HOZ G; 1HZA A; 2QEX A; 2VUG A; 2BH2 A; 3G4S A; 3CC7 A; 1AE3 A; 1V9P A; 1PA6 A; 1PH6 A; 5HY6 A; 4OO1 G; 5IYB H; 2YTX A; 4OWX B; 3J81 j; 4X62 L; 2HHH Q; 1VQC A; 2AWN A; 1JE5 A; 3I4N G; 1VS0 A; 1QVC A; 3EBE A; 4LF6 Q; 2NVT H; 3RLO A; 4UCU A; 2F4V L; 1X56 A; 3K7U C; 1HR0 W; 1S40 A; 3W5O A; 3T1Y Q; 1N34 Q; 4DR7 Q; 3HOY H; 1V1Q A; 2CKZ B; 3KF8 B; 1UE5 A; 4GLA C; 4P71 A; 4DKA C; 3S1Q H; 3HOV H; 2HVS A; 4JYA L; 4MTN A; 1KRT A; 2EIF A; 3NBZ B; 3F1Z A; 1EUJ A; 1XNQ Q; 5GAG C; 4KHP L; 4IJL A; 5K36 G; 1WYD A; 5GRO A; 4JI0 Q; 1G51 A; 1PH4 A; 1XPO A; 3DM3 A; 4OX9 Q; 2E2I H; 1TA8 A; 4DR5 Q; 2JA9 A; 3HOU G; 1VQK A; 1HNW Q; 2Z6K C; 5M3M G; 1V43 A; 5C3E H; 1AE2 A; 3BAB A; 5M5W H; 1IL2 A; 4P74 A; 2UUB Q; 1S68 A; 1SE8 A; 2UXD Q; 4UCO A; 2JE6 I; 3RN2 A; 4JI5 Q; 5IYD G; 3HOW H; 3FKI G; 3BZC A; 1NBW A; 5M3F H; 3ICE A; 3PN1 A; 3CCS A; 1OXT A; 2JA6 G; 2Z0S A; 1E7Z A; 4BBR G; 1IXR A; 4DV4 Q; 1K8G A; 5FLX c; 3S14 H; 4HID A; 3AYH B; 4IJH A; 3I4M G; 1VQD A; 1VQF A; 1LUZ A; 2BA1 A; 3HKZ E; 4EX5 A; 4DV5 L; 1WCM G; 3CC2 A; 4DPG A; 4QGU A; 3BA8 A; 3I2Z A; 1PH3 A; 5FPR A; 1OXV A; 4EEQ A; 5IWA Q; 4DUZ Q; 3I7F A; 1R9T H; 1S3O A; 1N32 Q; 1BBW A; 3BA9 A; 1P16 A; 4WJ4 A; 3JC6 6; 3MXN B; 3CCE A; 4E6N A; 1TXY A; 1BKB A; 4DR3 Q; 2L15 A; 3J80 i; 1NJI C; 2HIX A; 1IBM Q; 4DV1 L; 1XMO Q; 4JI3 Q; 2PMZ E; 2VQF Q; 2WFW A; 4LF8 L; 5AJ3 Q; 4JV5 Q; 3PIP A; 4DV3 L; 5C44 H; 5C4X G; 5IYB G; 1PH1 A; 3EN2 A; 3F8T A; 4P72 A; 4PZ6 A; 1UE7 A; 5IP7 H; 5IYC H; 4HJ7 A; 4JI4 L; 3MEF A; 4LF7 Q; 1Q1E A; 4GNX B; 1U5K A; 1I6H H; 2R7D A; 1KHI A; 1QVF A; 2GVB A; 1SMX A; 1TWF H; 3KFU A; 4DR2 L; 4A3K G; 4A3D G; 2PQA A; 1VQB A; 2CWA A; 4X64 L; 2UU9 L; 1KRS A; 4BBS G; 1EIY B; 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