4N4GA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
213
structure length
209
Chain Sequence
NKQEMGTYLRFIVSRMKERAIDGKDSKHPMYRRLVHSAVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGADSEQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWKSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
total genus 63
structure length 209
sequence length 213
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4gA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4gA02
3OYMA 3P1EA 4N4FA 4A9IA 5EQ1A 2JZ2A 4NYWA 4QBMA 4IORA 5KCOA 2LRQA 4LYWA 5I80A 5E73A 5F1LA 5IGMA 3FDRA 5EGUA 3S3MA 5EWVA 3OYAA 5FG4A 3H6ZA 4PKLA 2RO0A 5F36A 5I88A 3LJWA 5DY7A 4Z1QA 4QC1A 2EKOA 4X2IA 3DB4A 5L8UA 4HXLA 5D3HA 5CUAA 4HBXA 5II2A 5I7YA 4BDZA 5I29A 4MR4A 2R10A 5CQAA 5HQ7A 3LYIA 3SD4A 5CZGA 4QR4A 3QZVA 4QSQA 5FE0A 4XYAA 5IGKA 1F68A 5D26A 4HXOA 4MEOA 2MWPA 1OYXA 3OYLA 4A9MA 5F3AA 2LTOA 4RG2A 5TCMA 4QYLA 4QSTA 5A5OA 3DB3A 2EQKA 5IBNA 5FG6A 4Z1SA 2F6JA 3U5OA 2RO1A 2R5AA 4UYHA 4CUUA 5D6WA 4A9FA 4Q0OA 5JI8A 2RI5A 3F70A 2P0KA 2RNYA 3L2WA 5A5QA 3META 3QBYA 4RVRA 5EI4A 5KHMA 4LD6A 2JTFA 5DYXA 4KV1A 3NTIA 5H1VA 3MXFA 4N4IA 4A9KA 5C0MA 5D3PA 2G4AA 3LX7A 3HMFA 3ZYUA 5D6XA 5FE4A 5I7XA 3LQIA 5E9VA 3EAEA 5E74A 5HENA 2HQXA 4CRIA 4A4FA 5HQ6A 4DONA 2DIQA 3S3NA 4QUUA 2O4XA 2HQEA 5I83A 2QQSA 3Q2EA 3D7CA 2KTBB 2QQRA 4NXJA 5HLSA 3CEYA 2N9GA 2BUDA 5CGPA 5FE7A 3OYDA 4QC3A 5JWMA 4L59A 4OGJA 2NLUA 4A4EA 2EFIA 4YC9A 5EPSA 4NUDA 3OYKA 4QSUA 5D24A 4QW2A 3P8HA 4XUBA 3P8DA 5HFQA 3UVDA 5HQ5A 5A5RA 1MHNA 4IUVA 4Q0NA 3AQAA 4NR7A 4NR9A 5FFYA 3UW9A 4O75A 4C5GA 5H1TA 2DWWA 2YRVA 2RI2A 5DFDA 4OUFA 2L84A 5F62A 3QZTA 5KTWA 3PMTA 4Q5WA 4O78A 4CUPA 5D3SA 4Z6HA 3MB4A 5EWDA 3GOXA 5L8TA 4NUEA 5E9IA 5CRMA 4UITA 3G0JA 3LQJA 3O35A 3JVKA 5ETBA 5LVQA 4O77A 4XUAA 3UV2A 3OQ5A 5EPRA 5CY9A 2D9TA 5EM3A 5EPBA 5C7NA 5EK9A 2GRCA 4II1A 3L2QA 4E96A 4UYEA 5D3RA 5TB6A 4QQ6A 5D0CA 2E6NA 5HEMA 3DAIA 4QZSA 3ZEHA 3FKMX 5DLZA 2MJVB 4BW4A 4QEVA 2RI3A 5FBXA 3NTHA 5I89A 5DFBA 4PLLA 5HM0A 5CTLA 1WJQA 5F60A 4QSXA 4YATA 3AADA 4HBWA 3UVYA 2X4WA 2L5EA 4BE1A 5DBMA 3QIIA 5IN1A 4FU6A 3OA6A 5DW1A 4YYIA 5DYUA 5H85A 2WP2A 5CQ3A 3SVHA 5FFVA 4IUTA 3ONIA 1WJSA 2WP1A 1WUGA 3HMHA 1JM4B 5KH6A 3MEWA 5FE5A 5E7DA 5E3DA 4O7AA 5KE3A 5J26A 2FSAA 5CFWA 4LZ2A 5FE3A 2M1HA 4HCZA 4TU4A 5CUCA 5L98A 4N4GA 5CQTA 2R5MA 5E9KA 2B8AA 4CL9A 5BT4A 3L2RA 2OUOA 4NRCA 3E9GA 4QUTA 5ENHA 4BE2A 4NQMA 4NR4A 3S3OA 3OMCA 5DKDA 5IGNA 3TLPA 4BW3A 1X0JA 4YH4A 5HRWA 3FEOA 2RNWA 3LXJA 4HXKA 4IR6A 4PCIA 3PFSA 4IURA 2G3RA 3E9FA 5LJ1A 4QSVA 2NXBA 2R0SA 3L2UA 3MQMA 3QZSA 4BDYA 5A82A 2PQWA 5KU3A 4IOQA 2DVVA 2YEMA 4OGIA 5DW2A 5D25A 3O8VA 5FDZA 4B9XA 2YW5A 4J0RA 2GFAA 5AMFA 2R0VA 4QQDA 4ALGA 3BDLA 4ZW1A 4QNSA 4LDFA 4J1PA 2LVMA 3S6WA 3ME9A 4TYLA 4YYNA 4HXNA 4BJXA 3U5NA 2E3KA 5M9OA 5D3JA 2RI7A 4UYDA 4A9HA 3LGLA 4E7HA 5FE8A 5C6SA 4F3IA 2YQDA 4TU6A 4TT2A 3IU5A 4YAXA 4PY6A 4UIWA 5II1A 5EVAA 3U5JA 1EQFA 5F5ZA 5L99A 4IKFA 3NXBA 4MEPA 3U5LA 5FE1A 5CUBA 5IG6A 5AD3A 5FE2A 3MP1A 2R0YA 3OMGA 5FRNA 3MEVA 2D82A 3G0LA 4IR4A 2E5QA 4O7BA 4BHWA 4ZQLA 5D3NA 5L96A 5FH7A 4ALHA 2DVQA 4MR5A 5ENIA 4MR6A 5FB0A 4NS5A 4PCEA 4UYFB 5LVRA 2GFUA 2DATA 2RJCA 4B9WA 4BACA 5KO4A 5CQ4A 4UIZA 5C8GA 5KE2A 5D3TA 4QYDA 4YYHA 2RJDA 4TT4A 4BW1A 3OYBA 1N27A 5FH8A 3SVGA 1G5VA 4YBTA 4C5HA 4LRGA 5DFCA 3MB3A 4HBVA 4HXMA 2MWOA 2CKKA 5BT5A 4QVZA 4O7CA 2E7OA 3S92A 4C66A 5ENCA 4E7JA 3I3JA 5HELA 3OS2A 5EP7A 5A7CA 4YADA 4HBYA 3MEUA 4QSSA 5J0DA 5FB1A 5IIDA 4LYIA 2YEKA 3P1DA 2RHXA 5CPEA 5CU8A 5FRMA 5FG5A 5A85A 5H1UA 5IAYA 2RS9B 1OI1A 3OYNA 3MP6A 5A5PA 3U5MA 5D6YA 1H3ZA 4GPJA 5CQ6A 4A9EA 3JVJA 3LQHA 3NTKA 5EISA 4WHWA 5CRZA 5KTXA 4C5IA 2H60A 5DLXA 5DX4A 2X4YA 4IR3A 5EU1A 5I86A 5LJ2A 5FH6A 4XY9A 3IU6A 1ZS5A 3O34A 4QSWA 4YBMA 4YYKA 4HXSA 4YYMA 4O76A 5LJ0A 2RJEA 1KHCA 4IR5A 5A5NA 4QR3A 2F6NA 3MUKA 4CUSA 3MEAA 4YYJA 2I8NA 3JVLA 4YYDA 4O72A 2DIGA 2VYTA 5FROA 2BIVA 4ZTJA 3OYEA 5EA1A 3UVWA 4NR5A 1WUMA 2RHYA 5HJCA 1WJRA 2YELA 4J0SA 5LKTA 5LKUA 4TS8A 5A83A 4QEWA 5LUUA 4HXPA 5DKCA 4YBSA 4QSRA 4TTEA 2LDMA 4QSPA 2RFJA 4WIVA 3OYCA 2RNXA 3P5OA 4IOOA 2L89A 5F63A 1N72A 2XK0A 2X35A 5D3LA 5C87A 3OY9A 5EV9A 4O70A 3FLGA 2XDPA 4NR8A 4PLIA 4C67A 4J3IA 3PNWC 3GG3A 5LKZA 1XNIA 2WACA 3DLMA 5FE6A 2K3YA 5E9YA 4KCXA 1OZ2A 4YYGA 4O71A 2L3RA 5G4SA 4CFKA 4A9NA 5CS8A 2YYNA 4FLPA 3LH0A 4NRAA 4O74A 4YK0A 5ENFA 4UIVA 4CFLA 3QJ6A 3OS0A 5ETDA 4ZC9A 3MP8A 4TZ2A 4Z02A 4A4GA 3UV4A 3JVMA 4EDUA 2R57A 5D7XA 4QQGA 5AMEA 4CLBA 4ZTFA 5CP5A 5I1QA 3UVXA 4AKNA 4IUUA 2OSSA 4QEUA 5ENGA 5HRXA 3UT1A 2R58A 2O4XB 2M16A 4MR3A 3S91A 5F25A 3Q2FA 3OB9A 2E7NA 5COIA 3K2JA 1JSPB 1OZ3A 4NQNA 3M9QA 4A9LA 2RHIA 4YY6A 4HXRA 5ENBA 2L85A 3UV5A 4TZ8A 3KUFA 3L2VA 4FL6A 4CURA 4YH3A 4A9JA 4E7LA 5CUDA 4O7FA 4Z93A 5E9MA 5FFWA 3OYIA 4CUQA 3MULA 3O33A 4NRBA 5C85A 2I7KA 4CUTA 2DKWA 5F2PA 2EQMA 5HRVA 4IUQA 4BD3A 3SVFA 4UYGA 4KV4A 4BE0A 4UIUA 5A81A 2DAQA 4QR5A 3OYGA 2DVRA 4N3WA 4UIYA 2DVSA 2OO1A 3O37A 5CQ7A 4QY4A 3PMIA 5E0RA 5AD2A 4LZRA 4UIXA 3OS1A 3OYHA 5F61A 5I40A 4MEQA 2X4XA 5ENEA 4OVAA 2EQUA 5K29A 4TT6A 5L97A 5FE9A 1WGSA 5G4RA 3U5PA 4WHUA 4Y03A 4NR6A 4UYFA 5CIUA 2D9EA 2RJFA 4A4HA 5KCHA 4NYVA 2K3XA 4PTBA 3ASKA 5CQ5A 5CUGA 5DYCA 2YDWA 5IGLA 4GY5A 4E7IA 2RHZA 4LR6A 3UWNA 2IG0A 4E7KA 3U5KA 2GF7A 5ENJA 3OYJA 3HMEA 5A5SA 4UC4A 4MENA 5DKHA 5E3GA 5C89A 4LYSA 3H8ZA 3OYFA 2FHDA 5C4QA 5EWHA 4BW2A 2LCCA 4LZSA 5EICA 2L8DA 2BKDN 2M0OA 5KTUA 5CUEA 3LLRA 4X34A 3DWYA 5EWWA 5HFRA 3FC3A 1E6IA 3C4SA 5F1HA 4PS5A 4QB3A 4Z6IA 4A9OA 5E9LA 4NUCA 4N4HA 5EWCA 4NYXA 3P1FA 3Q1JA 4YABA 3MO8A 4TQNA 5BT3A 2F5KA 3RCWA 4IUPA 4O7EA 1RI0A 2EQJA 5ACYA 3L42A 4C5EA 5DYAA 3P1CA 3LGFA 5J39A 1SSFA 2RHUA 4PL6A 2LSPB 4YY4A 5LKXA 4XY8A 4LC2A 5CQ8A 5HCLA 3QKJA 3O36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C0FA 4LD9K 3P1EA 4N4FA 1VQ6Q 2RMOA 5KCOA 1FMVA 1K0XA 1W2BP 2KSSA 2WSEE 4JDSA 5GANd 3AT1B 1I1JA 3S3MA 4DA4A 2F2WA 3VKHA 1QVGA 1G2BA 4PKLA 1EX4A 1V76A 2SEMA 1K8AC 4Z1QA 4WCIA 3PIPA 5GAN3 2RNAA 3JCMW 5I29A 4MR4A 5CQAA 3SWNC 8AT1B 1WYXA 4N0AC 1KQ1A 4OP0A 2G6FX 5IGKA 5D26A 4HXOA 1OYXA 4O5VA 2DXBA 3DB3A 2YLBA 2RA2A 1YHQT 4Z1SA 4AI6A 2DL5A 2RO1A 1K8AU 4CC4B 2KXCA 5D6WA 2RI5A 2P0KA 2CUDA 2PU9B 3L2WA 5A5QA 2QQAA 1VA7A 2E3HA 1MV0B 1H3HA 2VB6A 2JMCA 2K6DA 2G4AA 3LX7A 1X69A 5GAOq 5D6XA 2DILA 3PTAA 1M90R 1YJWA 5HENA 3EGDB 1AD5A 1MUZA 2BZXA 1NLOC 5CKEA 5GMKl 5LJ3f 1C1AA 2KNBB 2QYZA 4A4FA 2OTLQ 2CH4W 4MZPA 4M7AE 1M8VA 3ER0A 1UGPB 5IHNA 2PUOB 2LCLA 4GBQA 4EMKB 3J81E 5GMKm 4NXJA 1M1KU 3CEYA 2QEXQ 1SSHA 5I2SA 4D8DA 4OGJA 3EG2A 2EFIA 4YC9A 2DTOA 4B6MA 5D24A 4XUBA 5GAMf 3UVDA 1MHNA 4IUVA 1KQSP 4DBHA 1AWXA 2C0OA 5LL6S 5H1TA 1WIEA 1JJ2S 4OUFA 2L84A 3QZTA 3JCMQ 3PMTA 1M2VA 2GGRA 4Q5WA 4BI8B 3MB4A 2OTJA 5L8TA 1QKWA 2ABLA 2YSQA 3MPUB 3O35A 4O77A 3G6EA 1ZA2B 2JVVA 2L0AA 2KYMA 5CY9A 1D09B 1M2OA 1TU0B 5LJ5f 1JBMA 4ATOA 4OMMA 4E96A 2D8HA 1VQ5T 4QQ6A 2KROA 5D0CA 2A36A 1SEMA 2CP0A 1K8AR 1AHJB 1BK2A 5EG2A 2DVEA 5KYUA 5HM0A 3QZ9B 1KIKA 2FPEA 2DL8A 4QSXA 2L5EA 2A08A 4AG2C 4J6WA 2DA9A 1WQWA 4FU6A 4LUDA 1NLPC 5DYUA 5CQ3A 3J7AF 4QVCA 2D8JA 3H0FA 1SRLA 1UE9A 4OB0B 2WP1A 1JM4B 5FE5A 2QA4T 3GF5A 3EG9B 1QVFS 1WZOA 4EIKA 3QHSA 4HCZA 4ZN3A 1M1KR 1T3SA 5L98A 4FT2A 5CQTA 2NUPA 4CL9A 5FU7B 2OUOA 4NQMA 4QT7A 3OYYA 2PTKA 2X4JA 3RKYA 5DKDA 4LUEA 2PUKB 5GAOr 2RNWA 1ZA1B 2AKLA 4ESRA 1VQ8T 2D6FA 1LJOA 4RTYA 3U23A 3JCMd 3L2UA 3V7RA 3CMAA 3CCLA 4XTVA 1IB8A 2PQWA 2DVVA 2YEMA 4B9XA 1VQMT 3I9QA 5KYXB 4M75B 3CCSA 1VQKQ 1X01A 4K11A 2YW5A 4J0RA 3FJ5A 1WHLA 2FZCB 5AMFA 3OW2S 4QQDA 4ZW1A 3VS5A 4DBRA 3V8JA 3S6WA 4KGZB 3ME9A 4BJXA 2QK0A 1TOVA 4A9HA 4F14A 1NE8A 2P4RA 5C6SA 1UFFA 3CBMA 3I5RA 2M51A 3GIBA 3IU5A 4YAXA 1M1FA 2E6ZA 5II1A 5EVAA 2DERA 1OULA 5IXFA 1VQ6A 1EQFA 2COZA 2FL7A 2DVJA 2RK2A 3OMGA 5FRNA 2E5QA 1AOJA 2YLCA 4A54A 4ZQLA 1FWZA 1YJNT 2O31A 4RTZA 1JU5C 4NS5A 2RJCA 1YCYA 2DATA 1Q82U 5CQ4A 3QZ5B 1UJ0A 5FH8A 1G5VA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3FC3 A;  1E6I A;  3C4S A;  5F1H A;  4PS5 A;  4QB3 A;  4Z6I A;  4A9O A;  5E9L A;  4NUC A;  4N4H A;  5EWC A;  4NYX A;  3P1F A;  3Q1J A;  4YAB A;  3MO8 A;  4TQN A;  5BT3 A;  2F5K A;  3RCW A;  4IUP A;  4O7E A;  1RI0 A;  2EQJ A;  5ACY A;  3L42 A;  4C5E A;  5DYA A;  3P1C A;  3LGF A;  5J39 A;  1SSF A;  2RHU A;  4PL6 A;  2LSP B;  4YY4 A;  5LKX A;  4XY8 A;  4LC2 A;  5CQ8 A;  5HCL A;  3QKJ A;  3O36 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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