4N4GA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
213
structure length
209
Chain Sequence
NKQEMGTYLRFIVSRMKERAIDGKDSKHPMYRRLVHSAVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGADSEQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWKSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
total genus 63
structure length 209
sequence length 213
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4gA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4gA02
5EWWA 3MEWA 5KCHA 3M9QA 4QC1A 5DKDA 2R5AA 2X35A 2EQKA 2R0YA 2PQWA 3PNWC 3U5MA 4CL9A 5KTXA 4RVRA 5E9IA 5E9YA 3S3NA 2HQEA 5D3RA 4NQMA 3LJWA 1X0JA 5HQ7A 5FDZA 5LVRA 3O8VA 3HMFA 5EWHA 3C4SA 5FE5A 5CGPA 5KHMA 4E7JA 4YYHA 1OYXA 3L42A 5LKTA 4YYMA 3LGLA 1G5VA 2R57A 5AMEA 5HM0A 3QJ6A 5H1UA 1WJQA 2LCCA 4UITA 4NRAA 4IURA 3SVGA 4E96A 4OVAA 3P1CA 3OYHA 4PLLA 4ZTJA 2DVVA 4A9JA 4B9XA 3O34A 4TT2A 2YEMA 5F1LA 3OYJA 3OYGA 1WUGA 5LUUA 5D3HA 5DFDA 4B9WA 5F3AA 2X4WA 3UW9A 3UV2A 5DKHA 3AQAA 4F3IA 3ONIA 4NYVA 3H8ZA 4C67A 5FE3A 5FE2A 5IAYA 2R58A 3GOXA 3OMCA 4MR4A 3FEOA 4QSWA 2WP1A 5FG4A 1JSPB 4C5IA 5D3LA 4QSUA 5H85A 4UIZA 4BW3A 4NR5A 2DKWA 5J0DA 2XDPA 5KE3A 2RS9B 5LKUA 5DKCA 2I7KA 5DYUA 5KU3A 2RHZA 4LR6A 4LYIA 4N4HA 1WUMA 5CQ8A 5FBXA 5FFVA 3F70A 5FRMA 3LH0A 3TLPA 5I1QA 5CY9A 4QQGA 4IKFA 5CQ5A 3DWYA 5HRVA 5L98A 3EAEA 2YEKA 5EWCA 4YH3A 5D3TA 5I40A 2OUOA 5DY7A 2F5KA 4QEVA 3OA6A 4QW2A 5IN1A 4NR6A 5F36A 3RCWA 5E7DA 3ASKA 3LXJA 4J1PA 2DVQA 3L2RA 4TTEA 3MP1A 5HQ6A 4Z6IA 5G4SA 3U5OA 2LTOA 3DB4A 4XY8A 4MR6A 3SVFA 3FKMX 5G4RA 4YAXA 2RO0A 5L99A 3FDRA 4PTBA 5LJ1A 4BE0A 2DVRA 4GPJA 5EISA 4Z1SA 4C66A 5A7CA 3K2JA 3HMHA 5IIDA 3DB3A 4QYLA 4E7LA 3OS0A 3LYIA 5ETDA 5M9OA 3AADA 3LQHA 5F63A 5CP5A 4HBYA 4A9NA 4A4EA 5CUGA 4O74A 3UVDA 2FHDA 2LSPB 4LYSA 2YW5A 2RJCA 4LYWA 4YYDA 3KUFA 4QSRA 5CQTA 3UWNA 4LZRA 3L2VA 4UYHA 4XY9A 3UT1A 5AD3A 4A9MA 4TT6A 4IUVA 4O7BA 4MEQA 3JVJA 4A4GA 4MEPA 4Q0NA 5EPSA 3I3JA 4O75A 5C7NA 4QSXA 2RJEA 3O37A 5C87A 5FE8A 5I89A 2L5EA 5IGKA 4X2IA 3OYAA 4ZW1A 3NXBA 5I80A 3QZTA 1F68A 2YDWA 5E9VA 4BDYA 5F62A 4CUSA 1E6IA 5FE9A 4HBWA 5EK9A 3OYDA 4BDZA 5DW1A 2I8NA 4IUTA 4TS8A 4O77A 4N4FA 4O72A 4HBVA 5TCMA 4TT4A 2EQUA 5CFWA 5BT4A 1OI1A 2HQXA 3MP8A 5C8GA 3P1FA 1JM4B 2RI7A 4Y03A 4TU6A 3S3OA 4HXMA 4MR3A 4Q0OA 2QQRA 5D6XA 2FSAA 3MUKA 2M0OA 5I7XA 4QEUA 4ALGA 4BACA 2YRVA 3FC3A 5DLZA 4BW2A 4NXJA 3QBYA 5C4QA 2IG0A 4Z6HA 5I88A 5D6YA 5LVQA 4IR6A 4A9EA 3U5JA 4O71A 3DAIA 3MQMA 4CUQA 4IOQA 4YYGA 4RG2A 5CUDA 5L8TA 5J39A 5C89A 2DATA 2GF7A 2L3RA 5FE0A 4QQ6A 2L89A 2RI2A 4CUTA 3OS2A 4YYNA 3OYLA 4ZC9A 5KO4A 5FE7A 5HFRA 2RJDA 2EFIA 5DYCA 4UYFB 4NS5A 5LJ0A 4Q5WA 4O70A 4QR5A 1H3ZA 5IGLA 2G3RA 5HJCA 4Z02A 5A5SA 2RJFA 3P1EA 3LX7A 4EDUA 2E7NA 2D9EA 4NYXA 2O4XB 3OB9A 4QVZA 4UC4A 4HXLA 2B8AA 2EQMA 3DLMA 4NR8A 5IGMA 4QQDA 4FL6A 3O33A 1OZ3A 4YC9A 3P8DA 5EQ1A 3MO8A 5CQ3A 4BHWA 4N4IA 4X34A 5EVAA 3U5LA 4KV4A 4O76A 3P1DA 4QUTA 5FG5A 3U5KA 5IGNA 5KCOA 4A9OA 3O36A 4IUPA 5CRMA 3P8HA 5F60A 5I86A 4Z93A 3NTKA 5CRZA 5FH7A 4IR3A 4UYGA 5K29A 5H1TA 1N72A 3OYIA 4UIYA 5DLXA 5CPEA 5A81A 5ENEA 3S91A 2YELA 2RNXA 4YADA 5D3JA 5FFWA 3QZVA 5IG6A 5ENIA 3E9GA 2OO1A 4YK0A 5EWVA 3JVLA 4A9KA 4BW1A 5D26A 2DWWA 4CURA 4LZ2A 1RI0A 4PLIA 3OS1A 3OYKA 5E9LA 5ENGA 5A5NA 4NRBA 4NUDA 4QSTA 5HRXA 2XK0A 4TZ8A 3OMGA 5CU8A 4O78A 2MWOA 3NTIA 5FE4A 4A9FA 4IUQA 4KCXA 3OY9A 4A9IA 3MEAA 2JTFA 2F6NA 5EICA 4PCEA 4TU4A 5FE6A 4BW4A 5CUAA 5TB6A 5A5OA 2KTBB 4CFKA 2YQDA 2P0KA 5KE2A 2H60A 4L59A 5C6SA 3ME9A 4A9HA 2R0VA 5FB1A 2D82A 3QKJA 4ALHA 2QQSA 4HBXA 3Q1JA 5KH6A 4FU6A 2NLUA 4HXSA 4PKLA 4QBMA 5HCLA 4MENA 5A5PA 3OYBA 3MB3A 4NR4A 5CUEA 4HCZA 5CQ6A 5AD2A 2RHXA 3LQJA 4LC2A 5BT5A 4QSQA 4E7HA 2G4AA 2E6NA 4N4GA 4NUCA 3IU5A 4CRIA 4J0SA 5FH8A 2R0SA 3S92A 4OGIA 4UIVA 5KTUA 5FG6A 4NR7A 4TYLA 1XNIA 5FRNA 3SVHA 1MHNA 5A5RA 4XYAA 3QIIA 5E74A 5HRWA 1WJSA 1KHCA 2F6JA 3FLGA 4OUFA 4YYKA 3G0LA 3NTHA 2NXBA 5D6WA 3D7CA 5CTLA 3LQIA 3E9FA 5EI4A 5ENJA 2LVMA 2R5MA 5ETBA 5HENA 2K3YA 5HFQA 2RHUA 4YATA 5DW2A 2GFUA 4LDFA 5HELA 4BE1A 3L2WA 3UV5A 4ZTFA 5AMFA 4O7AA 3HMEA 4QR4A 5F61A 5E3DA 5CUBA 3OYNA 5CQ7A 5F2PA 2GFAA 3P5OA 5I7YA 3BDLA 4FLPA 4QNSA 3H6ZA 2LDMA 5FFYA 2RI5A 2DIGA 5EU1A 3IU6A 2EQJA 4QYDA 5COIA 5ACYA 4LD6A 3UVWA 4IR4A 4OGJA 2RI3A 4LRGA 4QSPA 5EPRA 5F25A 1ZS5A 5A83A 3PMIA 4NR9A 5ENBA 3OYFA 4GY5A 4C5GA 2MWPA 4IOOA 4WHUA 4NUEA 4YBMA 4C5EA 3CEYA 5L96A 4QC3A 5E3GA 3UVXA 2EKOA 5HQ5A 5JI8A 4BD3A 3Q2EA 5D7XA 5FB0A 4II1A 2M16A 3S3MA 2CKKA 3PMTA 4PCIA 5D3SA 5HLSA 5FE1A 3L2QA 5CQ4A 5CUCA 2LRQA 3MEVA 5KTWA 2RHIA 5DFCA 2MJVB 4YABA 4A4FA 2K3XA 4UYDA 3MP6A 4UYEA 2R10A 2BIVA 4DONA 2N9GA 4YBTA 4UIXA 2E3KA 1N27A 5A82A 5CS8A 3G0JA 4O7CA 1OZ2A 5CIUA 5I29A 4E7KA 5LKZA 4PL6A 5J26A 2X4XA 5E73A 4LZSA 4MEOA 5EV9A 3L2UA 4NYWA 4CFLA 4UYFA 3O35A 3QZSA 3JVKA 4O7FA 4Z1QA 2WACA 5D25A 2DAQA 2GRCA 4AKNA 2RNYA 4QB3A 5II1A 5FROA 4IR5A 4PS5A 4YYIA 5L8UA 3OQ5A 2E7OA 3MULA 5CZGA 4N3WA 3LGFA 5ENHA 2WP2A 4XUAA 3GG3A 5ENFA 2O4XA 4YY4A 4A9LA 1EQFA 4YH4A 5E9MA 3UVYA 5JWMA 3U5PA 2RHYA 5DX4A 5D24A 3ZEHA 4C5HA 5EWDA 5EGUA 2L84A 4QR3A 4IORA 2YYNA 5HEMA 4HXPA 4O7EA 5A85A 4YY6A 2E5QA 3MXFA 5FH6A 3LLRA 5IBNA 3S6WA 4HXKA 4KV1A 4E7IA 4QEWA 5EP7A 3UV4A 5H1VA 3OYCA 5LJ2A 4WHWA 3Q2FA 4HXRA 2M1HA 4CUPA 5LKXA 3JVMA 4IUUA 5D0CA 1SSFA 4J3IA 3MEUA 1WJRA 5E9KA 2X4YA 3OYMA 3META 4ZQLA 4UIWA 5D3NA 4HXNA 4QSVA 5C0MA 2VYTA 2DVSA 2RFJA 5C85A 5A5QA 3MB4A 4QSSA 5F5ZA 3OYEA 5EM3A 5L97A 4CLBA 3PFSA 4XUBA 4PY6A 3SD4A 4A4HA 5II2A 2BKDN 2RNWA 5F1HA 4BJXA 4YYJA 5DBMA 2RO1A 4NRCA 4QUUA 4CUUA 5ENCA 3U5NA 4NQNA 4WIVA 2DIQA 4J0RA 2D9TA 4YBSA 4BE2A 5I83A 4QY4A 5CQAA 5BT3A 2BUDA 5E0RA 2JZ2A 2L8DA 4HXOA 4QZSA 5DYAA 2L85A 4MR5A 4UIUA 2OSSA 4TZ2A 5EA1A 5DFBA 5DYXA 1WGSA 4TQNA 5EPBA 5D3PA 3ZYUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TQ7P 1ZBJA 3M9QA 4R55A 5GAN3 3C12A 2EQKA 3JB9I 5KTXA 1BI0A 5D3RA 4HVVA 3FRNA 3M0PA 3JCMh 2OTJQ 2A0FB 3HMFA 3M4GA 1YHQA 5CGPA 4QVDA 8AT1B 4YYMA 3VS6A 5H1UA 2DD4A 4D8KA 3CBOA 3O5ZA 3SVGA 3CCEA 4E96A 2O01E 4RTXA 3CCRT 1I8FA 2HL3A 4AKGA 4PLLA 4ZTJA 4B9XA 2J7IA 1KD1U 5F1LA 3OYJA 9ATCB 5D3HA 2FL7A 5F3AA 2X4WA 2VB6A 1XJWB 4RUGA 3QJYA 1D3BB 3RDVA 3CMAQ 4OMMA 4FYVB 1J3TA 5CO7A 4C92D 3AQAA 1OPLA 1QWFA 3ONIA 4NYVA 1B3QA 1S72T 2DVEA 5FE2A 2R58A 1YI2A 1VQLQ 2OI3A 1UEBA 1M1GA 4C5IA 5H85A 3I55T 2YUNA 4F7UF 3QDFA 1K8AR 3PTAA 1M5Q1 5FBXA 2RK1A 3A8MB 2LT1A 3F70A 3I9QA 3LH0A 5I1QA 1U8RA 4QQGA 5CQ5A 4DBRA 2GCXA 5FU7B 1JXOA 5L98A 1IHWA 4F7UB 2J6KA 5D3TA 3JRZA 4K11A 2MCNA 2OUOA 2F5KA 2WSCE 3HRTA 2XI9A 4QW2A 4EMKA 5IN1A 4V2SA 2JM9A 3RCWA 3WVEB 5E7DA 3ASKA 2X51A 1FWZA 3M0UA 1RADB 3PIPA 4HA8A 2COZA 5GAN6 4EMKC 5A2QE 3MP1A 5GAMj 1K0XA 2K2MA 5GMKi 3RIRA 2JS2A 3U23A 1SHFA 4XY8A 2RQVA 2EYZA 1ZUYA 3CXCP 1Q82R 4C8QG 1NEGA 1VQ7A 4M7DE 2EJGA 4PTBA 1KQ2A 3K2JA 2ECZA 4KBMB 3LYIA 3FJ5A 1XTDA 2H8HA 4E7SA 3AADA 3LQHA 5F63A 2NUTA 3CCST 2YWWA 1WQWA 4KGXB 4C0ZA 5HY6A 2E64A 1EZZB 2RJCA 3KUFA 3UWNA 1MV3A 4XY9A 3JCMV 3UT1A 5FU7C 5AD3A 3SEMA 1G2BA 1QW1A 2NUPB 4M7AG 5EPSA 3JCMQ 4O75A 5C7NA 5LJ5h 3V7SA 2RJEA 3H9NA 1OU8A 5I89A 4PFZA 4ELZC 1VQ8Q 3CMEQ 4RTYA 2DEQA 4AFUC 1K8AC 1X43A 4F17A 5F62A 4CUSA 1E6IA 2EYYA 3OYDA 2OTLQ 4BDZA 2I8NA 2YT6A 5IHIA 2I2LA 4WF2A 2QAZA 1UE9A 2AZSA 4TT4A 2EQUA 4NL2A 5CFWA 1OI1A 2HQXA 3V7CA 3P1FA 4OMOA 4Y03A 4TU6A 5GANj 2YXYA 1VQKQ 3CC4T 2FSAA 3MUKA 3EFOB 4KGZB 3D1BA 1D09B 3JB9D 2YRVA 3G4ST 2GTOA 4PFPA 4M77G 3QBYA 5LJ3j 5C4QA 2DPPB 2IG0A 1M90U 4IR6A 3MCAB 4YTLA 1VQMQ 2DJZA 3QO3A 5GMKe 1LJOA 1KHIA 5IT9E 2JMCA 3EG9B 5CUDA 2DATA 2L3RA 3CCRA 4HCCA 2COWA 2JM8A 5KYYB 1N6AA 2HKQB 4CUTA 4YYNA 5KO4A 3JCMP 2RK2A 5HFRA 2RJDA 1VQNQ 5GAMf 3LH5A 1X75C 3UPUA 4O70A 3J81E 1H3ZA 2MYSA 3TSZA 1S72A 4FYWB 1A0NB 2E1HA 2RJFA 2QA4Q 3CC2Q 4EDUA 3M0SA 1KC8U 1QQJA 2D9EA 3EFOA 4NYXA 3OB9A 1RAIB 1AZEA 2F2XA 1KQSS 3I55A 4XTVA 3O33A 4MZPA 1WHMA 3E2UA 3PVQA 4BHWA 1ZSGA 2ED0A 3CBPA 2D8HA 1YNZA 4MMLA 5GJVB 3GBQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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