4N4HA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.1k36me3
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
188
Chain Sequence
QEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
total genus 66
structure length 188
sequence length 209
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4hA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4hA02
4A9EA 4LR6A 4TYLA 5E9MA 5H1UA 5ENGA 5J39A 1OYXA 3KUFA 5ENHA 4QSVA 5FH7A 4BACA 5F25A 3LQIA 5F36A 2GFUA 2L89A 3LJWA 1OI1A 4CUQA 5CUCA 5EWWA 4YBMA 4N4FA 5FE7A 3FDRA 2R57A 5CZGA 4LZRA 5FG4A 3DAIA 5A85A 3TLPA 2MWPA 3ONIA 3S92A 4IR6A 4YY6A 3L2WA 5EGUA 4TU6A 4QY4A 4O72A 5CUGA 5DBMA 2EQMA 5ENCA 5C85A 3U5OA 4BDZA 4XUAA 4NR7A 2OSSA 4O7EA 4J0RA 2RHZA 4A9FA 5D3SA 3LQJA 3MP8A 4QVZA 4UYEA 4Y03A 5DW1A 3MEUA 3Q2FA 3DLMA 4TS8A 3PMIA 4EDUA 5HRXA 3C4SA 5E3GA 4YY4A 5II1A 4QR5A 1ZS5A 5F2PA 3MP6A 3O8VA 3QZVA 3UV2A 5DLXA 4NUCA 5CFWA 4X2IA 3L2VA 3FC3A 5FRMA 1WJQA 5BT3A 5I86A 2RHIA 1X0JA 3OS1A 5FG5A 4A9JA 4UIYA 4IUPA 4E7KA 5CRZA 5C87A 4CL9A 5JWMA 2X4YA 3QJ6A 4NYVA 3I3JA 1WUGA 3OYEA 4YATA 5EP7A 5IAYA 3U5JA 4LDFA 4A4HA 4QC3A 3OYGA 2YEKA 5ETDA 5ENBA 3QBYA 4OUFA 5IIDA 2M0OA 5E9LA 4NR6A 4YAXA 4QSRA 4WHWA 5DKDA 5LKZA 3MXFA 4KV1A 5IGMA 4YK0A 4QSUA 4NR9A 5FE5A 4ZC9A 1WJSA 4QR4A 5D3NA 2RNYA 3AQAA 2QQSA 4J1PA 2I7KA 4CLBA 3QZSA 4QW2A 4QSPA 4E96A 4HXRA 3LGLA 5HFRA 4FU6A 5DLZA 1XNIA 3UWNA 5FH6A 5L8TA 3MB4A 2M1HA 2R58A 3PFSA 2RFJA 5IGNA 5A5QA 5CQ7A 2PQWA 5A83A 5C4QA 4IUQA 5E73A 4NQNA 5HRVA 5LUUA 1EQFA 5KTXA 2BUDA 4QC1A 5FFVA 3OB9A 3LH0A 4Z6IA 3QIIA 4XY8A 5FE1A 3MP1A 4F3IA 5FROA 3JVKA 5DY7A 4QEUA 5D3JA 4IR4A 5LJ2A 4KV4A 2O4XA 5A82A 3OMGA 3F70A 3L42A 1KHCA 2HQXA 2LVMA 2R10A 5I89A 4TT4A 2X4WA 3OYFA 4TZ8A 3H6ZA 5HEMA 2DVQA 4LZSA 4YC9A 5HRWA 2EQUA 5ENIA 5IGLA 3P1DA 4IKFA 3OQ5A 4QSXA 2EQJA 5HQ7A 1OZ3A 5F3AA 4MEOA 3OYNA 3OA6A 4HXPA 5EWDA 2LSPB 1WGSA 5CUEA 3D7CA 5D25A 1H3ZA 2YDWA 4WIVA 5J0DA 2BIVA 5EPSA 3U5LA 5KE3A 4UYFA 3L2QA 5CY9A 5CQ6A 4C5HA 3FLGA 5EK9A 5C7NA 4E7IA 2D82A 5F1LA 2E7OA 3L2UA 5A5OA 2GF7A 3P8DA 4YBSA 4HXLA 4ZW1A 2L85A 2LDMA 1RI0A 4QQDA 5M9OA 5H1TA 4MR4A 4LRGA 3LGFA 2F5KA 4PKLA 4UITA 4PY6A 4UIVA 4O78A 4WHUA 2RI2A 4PLIA 5C0MA 3ME9A 4QYDA 5I40A 4UYHA 4NQMA 4YYIA 2R0SA 5TCMA 2O4XB 2WP2A 4MEQA 3DWYA 3HMHA 4YYDA 4LD6A 1E6IA 4PTBA 4PLLA 4QR3A 4IR5A 5DX4A 2G3RA 5KCHA 4E7JA 1SSFA 2XK0A 4NR5A 2RO0A 5FDZA 4L59A 2DAQA 5EICA 5D3RA 4UIXA 5FH8A 4O7AA 5EPRA 4NUEA 4O76A 4Z93A 5DW2A 4A4GA 5DFCA 1G5VA 3EAEA 3JVJA 4MR5A 3IU6A 4RVRA 2E6NA 5KCOA 5E9IA 4XYAA 3U5MA 5LJ1A 3O35A 3JVMA 3LX7A 5CS8A 3E9GA 5CP5A 3OYDA 4MR3A 5D6YA 4N3WA 2MJVB 5FE8A 5J26A 4B9XA 4ZTJA 2DIQA 4BHWA 4UYFB 2F6NA 3HMEA 5KO4A 4QZSA 5DYCA 2RHYA 4A4EA 3AADA 4YABA 4NR8A 4E7LA 3UVYA 2YELA 4O7CA 5FFYA 5A5SA 2BKDN 3G0LA 3LXJA 4IUUA 5L98A 2EKOA 3O36A 5E9KA 4QUUA 4DONA 5KTWA 5EQ1A 5A5RA 5FE0A 2DVSA 4LZ2A 3OYAA 3UV5A 2R5AA 1JSPB 5LKTA 2EFIA 4NXJA 5FRNA 5D3TA 5HLSA 2X35A 3FKMX 4YYNA 3PNWC 3JVLA 4FL6A 3OYMA 5D6XA 5KE2A 3DB4A 2DIGA 4YYHA 5CQAA 2NLUA 4QEWA 5F61A 4CURA 2IG0A 4OVAA 4NR4A 5DYUA 2FHDA 4C5IA 5HM0A 3FEOA 2D9EA 4MENA 5HFQA 2RJCA 4O7BA 4CRIA 3GOXA 4A9OA 4N4IA 4N4GA 4IR3A 3O37A 5CQ3A 2KTBB 3UT1A 2YYNA 5G4SA 4TZ2A 2WP1A 4IOOA 4HXSA 5COIA 5FE6A 5DYAA 4BD3A 3NTKA 4QSSA 4RG2A 2WACA 3NTIA 3GG3A 4BJXA 5C89A 2GRCA 3MULA 4NYXA 5HENA 5I88A 3LQHA 4NRAA 3U5NA 4O74A 4A4FA 5LJ0A 4QUTA 3H8ZA 4KCXA 4QSWA 3UVXA 4TTEA 4O71A 4NYWA 4BW1A 3MEAA 4ALGA 5AMFA 5EU1A 2K3XA 4A9NA 4CFKA 5E74A 4Z1QA 3OYCA 4YH3A 3MB3A 3G0JA 5CUBA 5C6SA 1WUMA 5D3PA 2RO1A 5BT4A 3OY9A 2RHXA 3OYIA 2E5QA 2M16A 5DKHA 3O33A 5FG6A 2JZ2A 4A9KA 4YYMA 2YQDA 3E9FA 3UVWA 2XDPA 5LVRA 4E7HA 4IURA 4C5EA 4MEPA 5CUDA 2RI7A 5EWCA 3MO8A 3SD4A 5E9VA 5FE9A 5I80A 5KH6A 2RS9B 4O75A 5DKCA 5I29A 2DVVA 2DWWA 4CUUA 3HMFA 5IG6A 4OGIA 5FBXA 5KU3A 5FB1A 5I83A 4O70A 3L2RA 4IUTA 4TU4A 4QEVA 4BE2A 5L97A 5EPBA 5A5PA 3SVGA 5E0RA 2VYTA 5LKXA 4QNSA 3OS2A 4BE0A 4HBWA 2R5MA 5F62A 4MR6A 3ZYUA 4CUSA 3OYJA 4YYKA 5CTLA 5E9YA 2GFAA 3M9QA 4CUTA 3OYKA 2YEMA 5TB6A 4O7FA 4HCZA 1N27A 4HBXA 3NXBA 4QSQA 5C8GA 5ETBA 5AD2A 4A9MA 3S3MA 3Q2EA 4ALHA 3OYLA 4HXNA 5AD3A 4XUBA 4HBYA 3SVFA 2QQRA 5LVQA 4QB3A 2HQEA 3QKJA 2LCCA 4N4HA 4OGJA 5E7DA 3BDLA 4YH4A 4CUPA 3O34A 3DB3A 4UC4A 5HELA 5AMEA 4PS5A 4QSTA 5K29A 5EWHA 4UIUA 5KHMA 2I8NA 5FE3A 4QBMA 3META 5CQ4A 4A9HA 3MEVA 4NS5A 4Q5WA 2K3YA 2E3KA 2L8DA 5D24A 5EA1A 4Z1SA 5H85A 2R0VA 3OS0A 5FB0A 5FE2A 4QQ6A 5L99A 2L5EA 4PCIA 5E3DA 4IUVA 5D7XA 1F68A 3Q1JA 4UYDA 2DATA 2JTFA 2RNWA 3OMCA 2X4XA 5CQ5A 3S91A 4HXKA 4C66A 4ZTFA 4IOQA 2P0KA 4BW4A 4Q0NA 4NRCA 4Q0OA 5F60A 1MHNA 1OZ2A 4HXOA 5CU8A 5EISA 5HCLA 4UIWA 5F1HA 4UYGA 4CFLA 5I7YA 5FFWA 4Z02A 5CGPA 4QYLA 3U5PA 3S3NA 2LTOA 5CUAA 4B9WA 5CIUA 5DYXA 5HQ6A 2LRQA 2YRVA 5IBNA 3MUKA 3P1EA 5BT5A 2RHUA 2RI5A 4GY5A 3P8HA 1N72A 4II1A 4TQNA 3P5OA 2RI3A 5EV9A 5A81A 2FSAA 2YW5A 5EI4A 2RJDA 2H60A 4PL6A 5CQ8A 4YADA 4X34A 3S3OA 3UW9A 3K2JA 3LLRA 4LC2A 5L8UA 3U5KA 5HJCA 2RJEA 5A7CA 5A5NA 3IU5A 5D6WA 4PCEA 5JI8A 3NTHA 5ACYA 4LYIA 1JM4B 4ZQLA 5LKUA 1WJRA 5D3HA 2RJFA 5IN1A 5F63A 2OO1A 3LYIA 4TT6A 2CKKA 2RNXA 4AKNA 4NRBA 2DVRA 2R0YA 2NXBA 3PMTA 5F5ZA 5DFBA 4BW3A 2D9TA 4C5GA 2N9GA 5H1VA 4FLPA 5CQTA 5D26A 4HXMA 4BW2A 3MQMA 5EWVA 5II2A 2EQKA 3UVDA 2G4AA 5EM3A 4LYWA 3ZEHA 4J0SA 4BE1A 4A9LA 5KTUA 5I1QA 3CEYA 5G4RA 5EVAA 2L84A 5I7XA 3QZTA 5ENEA 4LYSA 4O77A 5DFDA 5FE4A 2F6JA 4YYJA 4TT2A 3OYHA 2L3RA 3MEWA 3RCWA 4BDYA 4NUDA 4IORA 4QQGA 4J3IA 5ENFA 4YYGA 4GPJA 5HQ5A 4A9IA 4YBTA 5ENJA 4XY9A 2B8AA 3P1FA 4C67A 3P1CA 4Z6HA 2OUOA 5CPEA 3SVHA 5D3LA 3OYBA 3ASKA 2MWOA 5L96A 5IGKA 5CRMA 2E7NA 2DKWA 4UIZA 5D0CA 4HBVA 3S6WA 3UV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A9EA 2KRSA 4TYLA 5E9MA 1AD5A 5ENGA 3D1BA 2COZA 4AKIA 4BACA 1GCPA 2J05A 2KNBB 2YUNA 2C0IA 2CYZB 2DL3A 1TG0A 2KRMA 4M75F 4C0DB 4MDXA 3NMZC 1TWBA 1ZSZB 2PVOB 5FG4A 3DAIA 4M7DC 1KFZA 4FYVB 4CC2A 4YY6A 5EGUA 4TU6A 4QY4A 4M7DA 3A8LB 1K73R 1MMDA 3H41A 3LQJA 3CBOA 2M02A 1GBRA 3PMIA 4EDUA 4TS8A 5E3GA 1HYOA 5II1A 4QR5A 1ZS5A 3QZVA 4X2IA 4MZPA 5FRMA 1KC8R 4IUPA 4UIYA 2LNVA 4CL9A 4Z88A 1XQHA 5KYXB 3QSUA 1I5OB 2RD1A 2L3QA 2X9HA 2PU9B 3U5JA 4LDFA 4A4HA 5FLXE 3OYGA 1M3BA 3HFNA 4F7UE 5ETDA 5ENBA 2ZAEA 5KYNA 3FB9A 2E1HA 3QBYA 4OUFA 5IIDA 1MMNA 1C6VX 1WXUA 2KXCA 1JJ2A 4PJOC 2E10A 2RM4A 1NEBA 4QSUA 2DLPA 1WJSA 2RNYA 3AQAA 2CP0A 4XTZA 1VQ8T 2KROA 4J6XA 3QZSA 4QW2A 3CCQT 4QSPA 4PJJA 3JCMb 4E96A 5HFRA 5DLZA 1XTDA 1KQSS 4AFQC 1D0YA 3SWNB 2MMPA 3I56T 4JJCA 5FH6A 4KRTA 4OB2B 1WHMA 1GRIA 4XTUA 5A5QA 5GAOq 5A83A 1YP5A 3GIBA 4QKUA 5C4QA 2AIRB 4PJLA 2KR3A 1R77A 2BUDA 3EGUA 1ZSZA 3QIIA 4KGZB 1QWEA 5CQYA 5FROA 4IR4A 2HAXA 5CKHA 3EH1A 1RAGB 3E2UA 1BIAA 3L42A 1NYFA 4FW1A 1NLOC 1VIEA 4TT4A 3G71A 2ATCB 2X4WA 1QVGS 5HRWA 2EQUA 4QVCA 1ZUKA 3P1DA 4IKFA 2V1RA 1HSQA 1OZ3A 3VV0A 4MEOA 1Q82C 4HXPA 2MOXA 3D7CA 1YI2Q 2YDWA 2GNCA 1Q86C 5J0DA 1SPKA 3AHUA 5KYXA 4UYFA 2CT3A 2KK4A 1WHGA 1IRXA 1ZLMA 2KRNA 3RUXA 4E7IA 4PJMA 5GAN3 5F1LA 1R0CB 3VJPA 1B3QA 2L85A 1YN8A 2H3JA 2D1XA 3JCMW 2LDMA 1PWTA 1VIFA 5GANh 1MNDA 1D09B 1B34B 2P4RA 1SEMA 2DILA 4PY6A 4FYYB 3ME9A 4QYDA 4UYHA 2OAWA 1X2KA 5TCMA 2O4XB 2VASA 1YJNQ 3SWNC 1U3OA 4F7UA 4QR3A 5DX4A 5LJ3f 5KCHA 5GAOr 3SWNA 2COWA 4HT9A 1M2OA 2DAQA 1K9AA 5EICA 5D3RA 1AZGB 1QMCA 3BFMA 4M78F 4O7AA 1IREB 4ZGDB 5EPRA 2RN8A 1GL5A 3V7SA 4RVRA 2E6NA 5E9IA 3HP9A 1I0CA 2L5QA 3OW2S 4JPBW 5GANe 1NLPC 5D6YA 2YRDA 4ZN3A 3HMEA 4A4EA 4YABA 4NR8A 4K11A 3UVYA 1HK9A 1WQ7A 5A5SA 2DK3A 1M1KC 3G0LA 1M4ZA 4ORZA 1B07A 2EKOA 2GTOA 1QKWA 2VGNA 1VQ9Q 4PJOG 4OMQA 4O6JA 2LQKA 2A08A 2EYWA 4GBQA 3EH2A 1XJWB 2YSQA 5LKTA 2CSQA 4KH1B 2X35A 2CP6A 5GAOp 2KVQG 3REAB 4ME7A 3FKMX 1YI2T 2L3SA 4A53A 2DBMA 4RTUA 4QEWA 2E70A 4M77B 4NR4A 4C5IA 2JS2A 3PIOA 3I5SA 4MENA 2JNGA 2RJCA 1NG2A 4O7BA 2HBWA 3ZFJA 4J9FA 3JCMf 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5DFD A;  5FE4 A;  2F6J A;  4YYJ A;  4TT2 A;  3OYH A;  2L3R A;  3MEW A;  3RCW A;  4BDY A;  4NUD A;  4IOR A;  4QQG A;  4J3I A;  5ENF A;  4YYG A;  4GPJ A;  5HQ5 A;  4A9I A;  4YBT A;  5ENJ A;  4XY9 A;  2B8A A;  3P1F A;  4C67 A;  3P1C A;  4Z6H A;  2OUO A;  5CPE A;  3SVH A;  5D3L A;  3OYB A;  3ASK A;  2MWO A;  5L96 A;  5IGK A;  5CRM A;  2E7N A;  2DKW A;  4UIZ A;  5D0C A;  4HBV A;  3S6W A;  3UV4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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