4N4HA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.1k36me3
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
188
Chain Sequence
QEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
total genus 66
structure length 188
sequence length 209
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4hA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4hA02
2PQWA 4QUUA 2JZ2A 2R0VA 5H1VA 2RHIA 3L2RA 5ENJA 2KTBB 5LVRA 5IGKA 4O70A 4IUVA 4PCEA 3QZTA 4LR6A 5CQ7A 4WIVA 5A81A 5HEMA 4O77A 4IR5A 3QKJA 5DFBA 3OYAA 5F3AA 2EKOA 4NUEA 4TQNA 5KHMA 4HXPA 5ETBA 1F68A 4EDUA 4BJXA 2R5MA 3QZSA 4ZW1A 2B8AA 2NLUA 2RI5A 3LQIA 5D25A 4E7LA 2RI3A 3FEOA 1RI0A 4YYGA 4HXKA 3K2JA 4E7KA 5IBNA 4QSTA 4TTEA 1EQFA 4IKFA 5C85A 4IUUA 5F2PA 5FE9A 4PL6A 3META 4NR9A 5I88A 3OB9A 4IUPA 4YY4A 5EWDA 5FH8A 4C5GA 5CQ6A 4FLPA 4LYSA 3LGLA 4BACA 4Z6IA 5C6SA 2E3KA 2E6NA 4QSUA 4YYHA 5EWVA 4O76A 3OYGA 4TYLA 4CRIA 4QC3A 4DONA 4MR6A 1JSPB 4QYLA 1KHCA 5DFCA 4UYEA 4WHUA 4IR4A 4NXJA 4KCXA 3OYHA 3QJ6A 4TT4A 3PNWC 4UIYA 5F36A 5DLZA 4A4GA 5CUDA 5AD2A 5EVAA 3OYJA 5EM3A 4CL9A 3MEVA 2YYNA 4UYHA 4WHWA 4HXOA 4Z1QA 5G4RA 1WGSA 5FE6A 2G3RA 2N9GA 5DBMA 2O4XA 5DLXA 2GFAA 4A9EA 5FG6A 5ETDA 5D6XA 3SVGA 2YDWA 3OYFA 4YYKA 5FH6A 5KO4A 5D6YA 4NYXA 5CTLA 4YBMA 5LKUA 3MP1A 4CLBA 5J39A 1WUMA 4YYMA 2LVMA 5E9MA 5EQ1A 5FE5A 3MULA 5EGUA 5F1HA 4QBMA 4ZQLA 5FE7A 3JVJA 3EAEA 3OS2A 5HRVA 5HELA 2QQSA 5FROA 4N4HA 2D82A 2H60A 5DYXA 2X4XA 4BE2A 4QR4A 3ME9A 4TS8A 4O71A 5EWWA 3L42A 2M0OA 4LYWA 2WP2A 3OQ5A 3S91A 3UVYA 5BT3A 5EP7A 3OYCA 5D3NA 4GY5A 2L84A 5HFRA 2RI7A 5A5SA 4NUDA 4UIZA 4AKNA 4YYDA 5H1UA 5KU3A 3OMCA 3OYKA 4C5IA 5DKCA 4UYFA 3MQMA 3P1CA 4YBSA 5F60A 3ASKA 3NTIA 2RS9B 4UC4A 5CRMA 2L8DA 3OS0A 1OI1A 3TLPA 2OUOA 5IN1A 4LZ2A 2RFJA 4F3IA 3PMTA 5FRMA 4N4IA 2EQJA 2R5AA 4NRBA 4TT6A 5FFYA 4XYAA 5TCMA 4MENA 2DWWA 3MO8A 5IGNA 4A4FA 4NYVA 5FRNA 5CIUA 4J1PA 4Q0OA 3L2QA 5CUBA 5CUAA 1N72A 4UYGA 3CEYA 3JVLA 4NR4A 2RJFA 2RHZA 4BDYA 4HXSA 5L96A 5LJ1A 3O33A 5D3SA 5D0CA 3FDRA 4LD6A 3NTKA 3BDLA 5EA1A 4B9WA 5A82A 4NUCA 5FFWA 3S92A 4MEPA 4XUBA 3LGFA 1XNIA 2M1HA 5EICA 4E7IA 5FB1A 4TZ2A 3LQJA 5AD3A 4A9KA 4ALGA 5FB0A 2YRVA 5D24A 4QSRA 5E74A 3L2WA 2WP1A 3P5OA 5EISA 5D6WA 2OO1A 5CZGA 5E7DA 4O72A 5E73A 4QSVA 2YEKA 5CQAA 1WUGA 3OYEA 4O78A 5CQ5A 5A5NA 2HQEA 4BDZA 3OYLA 5I40A 4PTBA 4C5EA 5G4SA 1X0JA 4CUTA 5J0DA 5LJ2A 4MR5A 4YADA 3OYDA 1WJQA 5D7XA 5EPRA 4QY4A 4YH4A 2BKDN 3H8ZA 3LJWA 3Q2FA 4LRGA 4NRCA 4J0RA 4A9IA 3U5PA 5CQTA 2EFIA 4BW1A 2YW5A 4N4FA 5DKHA 2L5EA 2BIVA 3LXJA 5IGMA 4Z02A 5KTUA 3OYNA 3RCWA 3OMGA 4A9NA 4X34A 4O75A 5D26A 4PKLA 5ENEA 5ENBA 4YH3A 5IIDA 4QSQA 4YYNA 5FH7A 4PLLA 3DAIA 2D9TA 3S3NA 2RJCA 5EK9A 5A7CA 3DB4A 3NXBA 3U5JA 4BE1A 5FG4A 2F6JA 4O7EA 4PCIA 4C5HA 4YYJA 3GOXA 2EQKA 3UVDA 2OSSA 3ZYUA 4NR7A 2O4XB 5I1QA 3U5MA 3LX7A 4CUSA 3MB3A 4CFLA 2RNWA 4BE0A 3P1FA 2BUDA 2LSPB 4Q0NA 5HQ7A 3MP6A 5JI8A 4TT2A 2R0SA 4OVAA 2NXBA 4UYDA 4QUTA 5C87A 4O7FA 4C67A 2LTOA 3Q2EA 5CFWA 2MWOA 2GRCA 5C7NA 1SSFA 3PMIA 5EPBA 5LKZA 2R0YA 2XK0A 4BD3A 5LJ0A 5HFQA 4LZSA 3UVWA 3S6WA 4N4GA 3U5LA 5ACYA 4MEOA 3GG3A 3JVMA 5A83A 4IURA 4HBYA 4HBWA 4OUFA 3SVHA 5II2A 2L85A 2QQRA 5CGPA 4KV1A 5E9IA 5F5ZA 3SD4A 5DX4A 4NR6A 5COIA 5DW1A 2LDMA 2MJVB 5KCOA 4TU4A 2RNYA 3OY9A 4A9LA 3ZEHA 5E9VA 3OYBA 4UYFB 5E9YA 5D3LA 3L2VA 1H3ZA 2DVRA 3U5OA 5FE0A 5A5OA 4NR5A 4ALHA 4QQGA 5HENA 5D3TA 4A4EA 4HBVA 4LZRA 3IU5A 5EWHA 2GFUA 2RHXA 3Q1JA 2DATA 5F63A 4TZ8A 4A9MA 2R57A 4IR3A 3QBYA 3LQHA 5CQ3A 5KTXA 3QIIA 5I83A 4QNSA 4L59A 3O34A 4PY6A 5C89A 2E7NA 3MUKA 2HQXA 4NYWA 2K3YA 4ZC9A 5JWMA 4IOQA 3ONIA 4QYDA 5BT4A 5FE8A 3G0LA 2K3XA 5L97A 5ENHA 4NQMA 3P8HA 3LLRA 3L2UA 3U5NA 2LCCA 5E9KA 5AMEA 3C4SA 3IU6A 5L8UA 3UT1A 5KTWA 5F25A 2JTFA 4QW2A 3UV4A 1JM4B 2F6NA 4QSWA 4QSXA 4ZTFA 2R10A 5ENCA 1ZS5A 4IORA 4Z1SA 4QEUA 5DYAA 3KUFA 3E9GA 4HBXA 5CP5A 4TU6A 2X4WA 2X4YA 5L99A 1WJSA 2DVSA 5E9LA 4IOOA 2LRQA 5DKDA 3PFSA 5DW2A 1N27A 5DY7A 5HRWA 2XDPA 4Y03A 4XY9A 4Z93A 3G0JA 4O74A 3O35A 5HJCA 4ZTJA 4QR3A 2M16A 5FE3A 4IUQA 3MXFA 4YABA 5L98A 4QSPA 5HQ5A 5KE3A 2E5QA 4O7AA 4QR5A 4NRAA 1G5VA 1MHNA 5D3RA 5CQ4A 2DAQA 3AADA 4RVRA 5CPEA 5HQ6A 5L8TA 5DYCA 5I7XA 3UVXA 3JVKA 2P0KA 5E3DA 4QQ6A 5FDZA 5HRXA 2VYTA 2WACA 3FLGA 4NR8A 3DWYA 5FE4A 5LUUA 5IAYA 3OA6A 5CY9A 2G4AA 3U5KA 5KH6A 5D3JA 5II1A 4QZSA 5H1TA 4QSSA 4II1A 5LKXA 3OYIA 4YK0A 4QQDA 5DFDA 2YQDA 2R58A 2RHYA 2RHUA 3MEUA 2RNXA 4OGJA 3DB3A 1E6IA 3MP8A 5LKTA 2D9EA 5CUEA 4Z6HA 4CFKA 1OZ2A 2MWPA 4LYIA 5IGLA 4LDFA 4HXLA 4HCZA 4PS5A 3O8VA 5I86A 5FG5A 4CURA 3UW9A 5F61A 5C4QA 2DVVA 2YELA 5A5PA 5CQ8A 4QC1A 1OYXA 5CU8A 5ENFA 5EWCA 4C66A 5M9OA 4A4HA 4HXMA 5HM0A 3F70A 5CUGA 3OYMA 3P1EA 4QEWA 5I7YA 5TB6A 4A9HA 4E96A 4XY8A 5FE2A 4O7BA 5FE1A 4BW3A 5BT5A 2CKKA 5C0MA 3MEWA 2RJDA 4J3IA 5I89A 2DKWA 3O36A 4CUQA 4QB3A 3HMFA 2X35A 4E7HA 2RJEA 4UITA 5I80A 4YBTA 5F1LA 2I8NA 4UIWA 5E0RA 2RO1A 5EU1A 5FBXA 5E3GA 2DIQA 5D3PA 2EQUA 2EQMA 4MR3A 3O37A 4O7CA 5KCHA 5EV9A 1OZ3A 4YATA 5A85A 3UWNA 5EI4A 5ENGA 4UIUA 3MEAA 4YC9A 3D7CA 5D3HA 4KV4A 3UV2A 5CUCA 5I29A 3OS1A 4QEVA 3P1DA 4IUTA 4QVZA 5A5QA 3E9FA 2YEMA 3LYIA 4BW4A 3I3JA 4OGIA 2DVQA 4YAXA 3DLMA 2GF7A 4MEQA 4PLIA 3S3MA 5F62A 3HMHA 4J0SA 4MR4A 4NQNA 4B9XA 2L89A 4CUUA 5A5RA 4A9JA 2FSAA 5DYUA 4HXRA 4E7JA 4IR6A 4LC2A 4UIVA 1WJRA 5EPSA 5HCLA 2I7KA 4N3WA 5AMFA 2E7OA 4A9FA 3UV5A 2L3RA 3QZVA 2IG0A 3S3OA 3AQAA 3LH0A 4YYIA 4XUAA 4BHWA 2DIGA 2F5KA 4UIXA 4YY6A 5CS8A 5C8GA 3M9QA 2RO0A 3P8DA 3MB4A 3H6ZA 4HXNA 5IG6A 5HLSA 4RG2A 3HMEA 3NTHA 5FFVA 5KE2A 4BW2A 4FU6A 4NS5A 4X2IA 4GPJA 2FHDA 2RI2A 3FC3A 4CUPA 4A9OA 5K29A 5LVQA 3FKMX 5H85A 5CRZA 5ENIA 4Q5WA 4FL6A 5J26A 3SVFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QW1A 2PQWA 1XQHA 2RHIA 3C12A 4FYXB 1C0MA 1ZX6A 4E2FB 2QASA 3QZTA 5CQ7A 4WIVA 5DFBA 3OYAA 2DVJA 3TSZA 5KHMA 4M77B 2QAZA 1Y96A 2SEMA 1TOVA 4DQ2A 4A53A 1NE8A 3EHRA 5FU6C 1AT1B 5D25A 2MF2A 2RMOA 1BIBA 1RI0A 4YYGA 1U5SA 5IBNA 1VQ7Q 1NBEB 1BYMA 1K4US 5FE9A 2J05A 3RBBB 1TXQA 2E65A 2HSPA 2K5FA 2KYBA 4YY4A 5FH8A 4C5GA 5CQ6A 1SSHA 4Z6IA 1VQ4A 2CSIA 2FZKB 4O76A 3EG9A 2ZPHB 2NUTA 2AZVA 4DONA 4MR6A 4HA8A 3CCQQ 5FWCA 1YITT 5DFCA 3CPWS 1Q95G 4NXJA 4JPBW 5DLZA 4A4GA 5CUDA 5AD2A 5EVAA 3VS3A 3MEVA 4UYHA 4WHWA 2CT3A 3CD6A 5G4RA 4ME7A 1WGSA 5KYWB 1XOVA 1PRMC 4C8QA 5A2QE 2ESWA 2GFAA 4AFQC 4A9EA 6AT1B 1N5ZA 5ETDA 5D6XA 3SVGA 1AZEA 1IHWA 2XG8D 2P4TA 4PFOA 1TUGB 2GQIA 1YJNT 5E9MA 5EQ1A 5FE5A 5F1HA 3A5ZB 4M78F 3OS2A 2GNCA 2RQTA 2F69A 2QQSA 4N4HA 2X4XA 5KYUA 4QR4A 4J9IA 4TS8A 5EWWA 3L42A 2QDLA 5AT1B 3S91A 5A0GA 5HCKA 1QVFP 4GY5A 2L84A 2RI7A 5KU3A 4UIZA 2E1HA 1YJWA 3MQMA 4OMQA 5D7UA 3P1CA 4YBSA 3ASKA 1VYUA 4R56A 5CRMA 1B34A 4M7AF 1YHQT 1VQPT 1K73U 2LNVA 4JRPA 2EKHA 1U06A 4F3IA 1VQ8T 1TG0A 4C8QC 2R5AA 2BZXA 4XYAA 2QTXA 4A4FA 3PIOA 4CI0C 2M51A 4AKGA 1NJIR 4N0AC 2VXEA 1TUCA 4JLIA 5CUBA 2FO0A 5KYYA 3JVLA 4DA4A 3I5SA 4XTYA 4AI6A 3RERA 4HXSA 5L96A 3FDRA 3VS4A 3HTRA 4LD6A 3NTKA 3QO3A 5A82A 2JTEA 2CZ7B 4PFPA 1FMVA 1K73C 4E7IA 3NGPA 4TZ2A 1UDLA 3CCST 4PJJA 5D24A 1IZ6A 3VKIA 5L23A 3CMEA 4AKIA 5CZGA 2QGGA 4O72A 1HSQA 4RTXA 1OOTA 4L6V5 4XK8E 5CQAA 4ZGJB 5I21A 5IXFA 1PM3A 5LJ3j 4C8QD 4CC2A 2HSEB 4ZN1A 1S72T 1JJ2P 2K2VA 3I56A 3C95A 1RABB 3OYDA 4J9GA 1QKXA 5EPRA 2NWMA 2XU8A 2RQWA 1D1BA 3LJWA 5GANe 3CCET 4A9IA 4GLMA 3U5PA 2K57A 1R77A 4LDXA 1MMAA 3GBQA 5DY9A 2DPPB 4N4FA 1VQ6A 3CXCA 2L5EA 1RAHB 1KQ2A 2JW4A 3OYNA 3OMGA 4X34A 2YHTA 4PKLA 3EGUA 4QSQA 4JS4A 3CMAT 4BI4A 4O7EA 1X2QA 2CH4A 2VXFA 4YYJA 1FMWA 2OSSA 1GCPA 2JN0A 3ZYUA 3A8OB 2OAUA 2PUOB 1NM7A 1VQNT 2C06A 2RNWA 2DZCA 1EIFA 3P1FA 1M90R 1UFFA 3CC2A 5CKHA 3M58A 4TT2A 5HK0A 2LTOA 3HP9A 2GRCA 1SSFA 5EPBA 4FW1A 3NHNA 2XK0A 2JVVA 5HFQA 1KFZA 4D6WA 5GAOm 4N4GA 1UGQB 4MEOA 5GANf 3I35A 4ZGEB 2BE7D 3JB9G 1YHQQ 3SVHA 1QVGA 5LJ3d 5CGPA 2DXUA 1VQ8Q 1ARKA 5L8RE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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