4N4HA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.1k36me3
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
188
Chain Sequence
QEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
total genus 66
structure length 188
sequence length 209
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4hA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4hA02
3OYIA 2GFAA 2D82A 2F6JA 4YBSA 5BT3A 3ME9A 4QY4A 5C8GA 5E9KA 5FE2A 4LRGA 5F5ZA 4O78A 1OZ2A 2WP1A 4QEUA 3NXBA 5CTLA 5CQAA 2WP2A 4YH3A 5E74A 4QVZA 5D3NA 2L84A 2NLUA 5FE0A 5E7DA 4HXMA 3LQIA 5BT4A 4NYWA 3UVDA 5F60A 4OGJA 5EA1A 3LLRA 4UIZA 2RI3A 2DVVA 4IUTA 4CFKA 4QW2A 2EQJA 3NTIA 4PL6A 5EISA 2D9TA 2YELA 5K29A 5CUCA 5DLZA 4L59A 4CRIA 3L42A 3OYHA 2YDWA 3JVJA 5DFBA 3OB9A 5CY9A 4PY6A 2EQMA 1X0JA 2R0VA 4Y03A 5A85A 2L8DA 4HBXA 4TT6A 5DW1A 5G4SA 5H85A 1N72A 5EICA 4YY6A 5KCHA 4E7JA 1G5VA 2XK0A 4NYVA 3NTHA 5CQ7A 3QIIA 4NR8A 3G0JA 5ETBA 5JI8A 2LDMA 3MEUA 5KU3A 3QJ6A 2MJVB 4QB3A 2OUOA 5FFWA 5I40A 1N27A 5E9VA 4YC9A 4O74A 4IUUA 4QEVA 5F25A 1H3ZA 4QYDA 5EGUA 4CUPA 3Q2FA 1WUGA 5A5SA 5D25A 5HRWA 2R5AA 5CFWA 3ZYUA 1XNIA 4QSVA 4TU4A 5H1UA 4O7FA 3FKMX 5HQ5A 4EDUA 5FDZA 2L89A 4YK0A 3S92A 4N4FA 4TU6A 5EWDA 4BJXA 4UYGA 4LZ2A 3MUKA 4B9XA 3OQ5A 3UV2A 5I86A 4PLIA 2X4YA 3EAEA 5HENA 5IGLA 4KV1A 4HBVA 5HELA 1JM4B 3OYGA 1OZ3A 4F3IA 4OGIA 5D6WA 4HBWA 5D3LA 3O34A 4YY4A 2YYNA 5CUAA 5LJ2A 4O77A 5D3JA 5CQ3A 4NUEA 4QSXA 4NRAA 5EK9A 4NYXA 4O71A 5CQ5A 4QR3A 1WGSA 4C5IA 4WHUA 5L96A 3ASKA 4MEOA 5L97A 2RFJA 3AQAA 5D3TA 4IUQA 5H1VA 4A9KA 3PNWC 3OY9A 5C4QA 3O35A 4QSRA 3JVLA 3MB4A 2RS9B 3LYIA 4E7LA 4LYSA 3M9QA 3OYBA 4TQNA 3P1DA 3OS2A 2YQDA 3H6ZA 4XUAA 4A9MA 3RCWA 5EVAA 4A9HA 5A5QA 4IKFA 5FRMA 4CUTA 4TTEA 5EWVA 4CUUA 2HQEA 4O7BA 5C0MA 5KTUA 4BW4A 4Q5WA 2RNWA 5CRMA 3H8ZA 2RHUA 4IOQA 5A81A 4A9IA 1WJQA 2BUDA 5HFQA 4N3WA 3LQHA 2K3YA 4QQ6A 1WJSA 3OYMA 4KV4A 4NUCA 4BDYA 1EQFA 4BE2A 4YYGA 4UIXA 4YYNA 2L5EA 4QUUA 4MENA 4YYKA 2JTFA 3PMTA 2G4AA 4LD6A 5EM3A 4LR6A 2O4XA 5CUDA 4KCXA 5EP7A 5HQ7A 2RI5A 5LJ1A 5FB1A 2D9EA 4A4EA 4UC4A 2BKDN 4NXJA 5FE6A 4O7CA 5D3PA 2DVRA 3O37A 5EQ1A 5IGMA 3L2VA 2RHIA 5F3AA 3MULA 3U5PA 3Q2EA 4J3IA 2R10A 5II2A 2LTOA 5DYUA 5A83A 2R5MA 4MEPA 5DX4A 2RO0A 5F2PA 4CUSA 2LVMA 5CQ4A 5COIA 3OYNA 4HXNA 5I83A 4LC2A 3META 5I89A 4HXOA 3BDLA 5L99A 4N4IA 5KHMA 3QZSA 4OVAA 5DYXA 4CFLA 3FEOA 4TT2A 2O4XB 2R0SA 3S91A 3LX7A 5A5RA 2R58A 4TT4A 2RJEA 4TYLA 3GOXA 3IU6A 3OA6A 4UYFB 4QZSA 5CGPA 4YYHA 3S6WA 4N4HA 5EV9A 2OO1A 4YYDA 2R0YA 4UIWA 3MEVA 5AMFA 4PS5A 5KO4A 4MR3A 4LZSA 3U5OA 5JWMA 3MP1A 5EPRA 4N4GA 5ENJA 5I88A 4YADA 3LGLA 2YRVA 4HCZA 5CP5A 5CZGA 5ENIA 1F68A 1RI0A 3MQMA 5HM0A 3HMFA 4QSUA 3PMIA 5CU8A 5J26A 4UYDA 3DB4A 3LQJA 5LKUA 5E9LA 4QUTA 5CIUA 5CRZA 2GFUA 3OS0A 4RG2A 4PLLA 4NQNA 4YAXA 4O7AA 5E9IA 4A9LA 4BHWA 3SVHA 2EFIA 3MP6A 4XUBA 5FE1A 4LZRA 4BW3A 5C7NA 3LGFA 4QSTA 4RVRA 5CUBA 4E7KA 2FSAA 3MXFA 3OMCA 4GPJA 4IR3A 3MB3A 4HXPA 2RNXA 4WHWA 5F36A 5FH6A 4LDFA 4YABA 5L8TA 4DONA 3L2QA 3UVWA 4HXRA 4OUFA 5F61A 1OI1A 2RHXA 5C6SA 2JZ2A 4UITA 3P1EA 4C5HA 5HRXA 2HQXA 3UV5A 3E9GA 4NR6A 5CQTA 5F1LA 5CUEA 1JSPB 4QSWA 1KHCA 3U5NA 5E3DA 2DWWA 3OYKA 4FU6A 2RJFA 5KCOA 2GF7A 4IURA 3OYDA 4NRBA 2QQSA 4HXKA 2E7OA 4MR5A 4QSSA 5A5OA 5M9OA 2P0KA 4UIYA 1MHNA 5DW2A 3IU5A 3OYFA 3U5JA 2L3RA 4BACA 5ETDA 5DBMA 2LSPB 5CQ8A 5D7XA 5LKTA 4IR6A 4MR6A 4IR5A 2DATA 2N9GA 3I3JA 2YW5A 5DYCA 4YBMA 4Z1SA 5CQ6A 5FG5A 4C5GA 4BD3A 3DWYA 2F6NA 5DKDA 4J1PA 4NR7A 2X35A 2I8NA 4YH4A 2M1HA 5BT5A 1WUMA 2K3XA 5DFDA 4CLBA 4J0RA 4A9OA 4UYHA 2RI7A 2FHDA 2OSSA 5F62A 5J0DA 2PQWA 5IG6A 4UYEA 2MWPA 2RJCA 4IOOA 4NS5A 4QQDA 4NUDA 1E6IA 5DKCA 2VYTA 4E7IA 5ENEA 4QC3A 5FBXA 3L2UA 2BIVA 4UYFA 5E9YA 2E6NA 4MR4A 2DAQA 2EQUA 3FC3A 4B9WA 4C67A 4LYWA 3OYAA 5A5PA 4IORA 5DLXA 5H1TA 5II1A 4A4FA 2RHZA 3C4SA 5IGNA 4HBYA 3UT1A 4ZW1A 5FE8A 5TB6A 3DAIA 2X4WA 3MP8A 5LVRA 5HLSA 4C66A 5AD3A 4QR4A 3TLPA 5HRVA 5DKHA 4AKNA 1OYXA 5FG6A 1ZS5A 5IBNA 3UWNA 5EI4A 5EPSA 2I7KA 3SD4A 5FFVA 3L2WA 2M16A 2R57A 4A4HA 3P5OA 4PTBA 5ENFA 5L98A 4WIVA 4TS8A 3UV4A 5A7CA 3MEAA 4II1A 2KTBB 2XDPA 5IN1A 4C5EA 4XY9A 3P8DA 1WJRA 3OYJA 3QZVA 5HJCA 2H60A 5E0RA 5D3RA 2X4XA 4A4GA 5KE3A 4QNSA 3OYEA 4CUQA 4O72A 5D3HA 5ENBA 2B8AA 4QQGA 2F5KA 4FL6A 4ALGA 3S3MA 4NR5A 4UIUA 5FB0A 3SVFA 5IIDA 5LUUA 3D7CA 5IAYA 5F63A 4NR4A 4QC1A 5D24A 2RNYA 5DFCA 5KH6A 4BDZA 2E7NA 3LJWA 5FROA 5EWWA 5FE9A 2YEKA 5E9MA 5I29A 5FE5A 5ENCA 5I80A 3K2JA 3UVXA 3KUFA 5C87A 5CPEA 2GRCA 2QQRA 4IUVA 4YBTA 5HQ6A 4IR4A 3GG3A 2YEMA 3OYCA 5C89A 4Z02A 5ENGA 4NQMA 5D0CA 2NXBA 4YYIA 3LH0A 3P1CA 4E96A 2WACA 5LKZA 3S3OA 3OS1A 4Z93A 3DB3A 5D26A 3F70A 3MEWA 3P8HA 3ZEHA 4O75A 4FLPA 3UVYA 3ONIA 4Q0OA 5E3GA 4A9EA 4CL9A 3O36A 4O7EA 4QEWA 4CURA 3E9FA 4ZTJA 4Q0NA 4A9FA 5EPBA 2DIGA 5I7YA 5L8UA 2RI2A 5LVQA 5LJ0A 4QYLA 5KE2A 3S3NA 5J39A 2RO1A 4Z6HA 4XY8A 4BW1A 3QZTA 3PFSA 2DVSA 4X34A 2L85A 2EKOA 4QSPA 3O8VA 5EWHA 4ZC9A 5DY7A 4Z1QA 5HCLA 3NTKA 3JVMA 5F1HA 2E3KA 4QBMA 3U5KA 3MO8A 3FLGA 4X2IA 3G0LA 4GY5A 2E5QA 4YATA 4A9NA 4UIVA 2G3RA 3HMHA 5FRNA 5I7XA 1SSFA 3AADA 5I1QA 3JVKA 3U5LA 5FE7A 5D6XA 4MEQA 4QSQA 5ENHA 4BW2A 2LCCA 4NRCA 5G4RA 5AD2A 5D6YA 2DVQA 3FDRA 4O76A 5KTXA 2CKKA 5FE3A 5E73A 4BE1A 3CEYA 5A5NA 5FH7A 3QBYA 3DLMA 3LXJA 4ZQLA 2M0OA 5D3SA 5HFRA 5ACYA 4Z6IA 5CUGA 2DKWA 3OYLA 4PKLA 5FH8A 4TZ8A 5IGKA 5LKXA 4YYJA 3P1FA 4E7HA 5FE4A 2RJDA 4ALHA 4YYMA 2EQKA 3L2RA 4J0SA 5AMEA 5C85A 3QKJA 5A82A 3U5MA 4PCEA 4PCIA 4HXLA 4NR9A 4LYIA 4TZ2A 4ZTFA 4A9JA 4HXSA 2IG0A 2MWOA 4QR5A 3Q1JA 4BE0A 4XYAA 5EWCA 5FFYA 5HEMA 5FG4A 5CS8A 2LRQA 5DYAA 3SVGA 4IUPA 2DIQA 3OMGA 5KTWA 3O33A 5TCMA 3UW9A 2RHYA 4O70A 5EU1A 3HMEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GFAA 1FMVA 4BY6C 3RERA 5BT3A 5FE2A 4O78A 1KIKA 2WP1A 3NXBA 2DL5A 1BB9A 4YH3A 4J7FA 3H41A 5IHNA 5LJ3e 2L84A 2NLUA 4P5NA 4EMKB 2JN0A 3UVDA 5F60A 3LLRA 2RI3A 3LWHA 2ED0A 2DEQA 1F1BB 4IUTA 1WIEA 2JS2A 3HFOA 4M78D 1PKTA 1I4K1 5CUCA 5DLZA 3NHNA 4K11A 1QVPA 2YDWA 3CCEQ 4WTOB 3NPFA 1X43A 4JRKA 1M9SA 5DW1A 1N72A 5KCHA 4HA8A 4LDXA 2XK0A 1Y7XA 3NTHA 5CQ7A 2E41A 3G0JA 5ETBA 4RMOA 3MEUA 2K79A 5FFWA 2FZGB 4YC9A 4BY6B 1LVKA 3JCMJ 1H3ZA 5EGUA 2H3EB 1VQ8Q 4M75D 1YITT 4QSVA 1IB8A 1IRXA 1SKUB 1M1KU 5CAIA 1IGUA 2CH4W 2DA9A 5FDZA 3A8OB 3CMAA 2D6FA 5EWDA 4OMQA 4BJXA 2XDDA 1BIBA 4M7AG 4LZ2A 5I2SA 1J3TA 5I86A 4ELYC 2JUFA 1LPLA 3G71Q 5HENA 1ACMB 5IGLA 1ZBXA 3CCSQ 4M7AD 4KV1A 5GAOm 4F3IA 2VKNA 4RTVA 4RTZA 4YY4A 1VQNA 5CUAA 1TH7A 2KI7A 4HVUA 4M78E 4O77A 3DKMA 4MMKA 2HBPA 1WHJA 2EJFA 4F7UF 3WVDB 5EK9A 4O71A 4ZN3A 1I0CA 2K5LA 2VC8A 4F14A 5CKHA 5GAOn 3ASKA 5L97A 5D3TA 2COYA 5H1VA 4WCIA 5C4QA 3OY9A 2ECZA 3O35A 5GANg 1C0MA 2DXCA 2F2VA 2RS9B 3JB9H 1S72T 3FJ5A 1PRMC 5CQYA 2OI3A 4J83A 2EVRA 5GAN2 3RCWA 5EVAA 4IKFA 5HKCA 2QDLA 4M75E 1M2OA 1RLPC 4TTEA 5EWVA 4CUUA 2XICA 2HQEA 5GAMh 1M5Q1 1WZOA 1NJIU 1WI7A 1S1NA 4A9IA 3LQHA 4RTXA 4M7AE 2ROLA 4NUCA 4BDYA 2VGNA 1EQFA 4YYGA 4YYNA 4QUUA 2AKLA 4LD6A 2O4XA 5FWCA 5FB1A 4HCKA 4UC4A 2BKDN 5D3PA 2DVRA 4OB0B 5F3AA 1PD0A 1V76A 4J3IA 1IXDA 3UDCA 5LJ3h 4M77A 5A83A 2NWMA 1QP3A 3PIOA 1VYUA 5F2PA 2LVMA 5CQ4A 2DBMA 2Y4YA 5I83A 3OYNA 4LC2A 2K7AA 3C95A 5I11A 5I89A 2HZYA 3FJPA 1KQ2A 4OVAA 4CFLA 2JVVA 4TT2A 5GAN6 2O4XB 3CD6A 2VUBA 4JRQA 2R0SA 1YI2Q 2XMFA 2XG8D 2A7YA 2K9GA 2DVJA 2R58A 1Q81R 1VQ4Q 4KUIA 3C0CA 3OA6A 3UA7A 3CC7A 3HRSA 1W2BS 4N4HA 5EV9A 4JZ3A 4YYDA 2R0YA 4Y28E 1YCSB 5KO4A 3VKGA 1WHMA 2OTLQ 2V8KA 4N4GA 1W2BA 2GNCA 1QCOA 2YRVA 2EJNA 2DXBA 5A0GA 1RAHB 1UE9A 4JZ4A 5HM0A 4QSUA 3PMIA 3QDFA 2DILA 2K5FA 3DB4A 5CIUA 5KYUA 3ULRB 4PJOC 5IT9E 1QWFA 4A9LA 2EWNA 3SVHA 2RQVA 4XUBA 4OF1A 5C7NA 5IH2A 4RVRA 4ZGDB 2FSAA 1M90R 3CMAT 2XIDA 2H3JA 1UEBA 3MJXA 5CKFA 4WHWA 3JB9I 5F36A 5FH6A 4YABA 1OULA 3JCMd 3UVWA 3EGUA 1H92A 4HXRA 2A08A 1NZ9A 1OI1A 1G3YA 2RHXA 1VQNT 1BCMA 3EFSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2IVW A;  5E0R A;  4M78 B;  4A4G A;  5FU6 B;  1BI1 A;  2DXT A;  2L5Q A;  2F5K A;  4DBR A;  4UIU A;  5FB0 A;  3SVF A;  2GCX A;  1D3B B;  1YN8 A;  4AFU C;  5GAO r;  4BDZ A;  2E7N A;  3LJW A;  3HL8 A;  4M7D E;  4QT7 A;  5FRO A;  1Y07 A;  1WPY A;  3K2J A;  4ZNX A;  1YI2 A;  2XI9 A;  1X75 C;  4IUV A;  2GRC A;  4F7U A;  1VQL Q;  1IHW A;  4CC7 A;  4M75 B;  4MZT A;  3GP8 A;  1VQ4 A;  2Y4X A;  2GBQ A;  3CCE T;  5C89 A;  1NBE B;  4NQM A;  1OQK A;  4J6W A;  1PG5 B;  3QWY A;  3QZ9 B;  1Q81 C;  1AWO A;  2OTL A;  1VQO Q;  2DL8 A;  3MKD A;  2DM1 A;  3S3O A;  3H0H A;  3OS1 A;  1RL2 A;  4J6Y A;  4Z93 A;  4M7A B;  2EYY A;  5L8R E;  2QA4 Q;  1N9S A;  1R0C B;  1WA7 A;  4O75 A;  3EG9 A;  2L3S A;  3UVY A;  4HKE A;  3V7S A;  5E3G A;  1D09 B;  4CUR A;  3O36 A;  2EW3 A;  5EPB A;  2DTO A;  5J39 A;  4XY8 A;  3CPW P;  4XTZ A;  1SHG A;  4QSP A;  1KJW A;  5F1H A;  1YHQ Q;  2M51 A;  2LX7 A;  1RAG B;  4QBM A;  1GCQ C;  3U5K A;  2DZC A;  2QQA A;  3MO8 A;  1M90 C;  1FWZ A;  3CCS T;  4YAT A;  2PNI A;  1QQJ A;  3JB9 G;  2QYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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