4N4IA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.3k36me3
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
192
Chain Sequence
NKQEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
total genus 65
structure length 192
sequence length 211
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4iA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4iA02
2R10A 4YK0A 4QYLA 5I7YA 4BHWA 5IGNA 3ME9A 5FE3A 5KE2A 4RG2A 2X4YA 2X35A 5TB6A 5J26A 4QSUA 2DKWA 4Z1QA 3FDRA 5CUBA 5D3SA 4YYJA 4YYNA 5HFRA 5IGLA 3SVHA 2MWOA 5CUAA 5HQ5A 2RO0A 5IG6A 2MWPA 3DAIA 2YEMA 5CP5A 4Z6IA 2RJFA 3DB4A 4NR8A 2LSPB 3LQHA 5D3RA 5DY7A 5FFVA 4IORA 4UYFB 4KV4A 2B8AA 5CQTA 2EQUA 4NR4A 3UVDA 2R0YA 3OYBA 4PCEA 5FE1A 2L5EA 3MB4A 4UYGA 2NXBA 4O78A 5KU3A 4C67A 3F70A 3OQ5A 5FH6A 5FE8A 4CFKA 3P1CA 3S92A 5KH6A 3D7CA 2GRCA 3L42A 4NQNA 1OZ3A 2OSSA 4J0RA 4QZSA 5EU1A 3HMFA 2GFUA 5EWHA 2YW5A 4OGIA 2RNWA 2RFJA 3ONIA 4QSXA 3QBYA 3LLRA 2RNYA 3UVXA 1KHCA 5F63A 3HMHA 1OI1A 2DVQA 4QSQA 5EP7A 3PMIA 3S3NA 4UITA 4A9KA 3OYKA 4QR4A 5DKCA 5HRXA 3S6WA 4CUQA 5I89A 5FRNA 4HXSA 4QEWA 3OYMA 3OYHA 4TT2A 4AKNA 4MR4A 5IGMA 2L3RA 5CPEA 1ZS5A 3FEOA 5IGKA 2EKOA 4LYWA 5AMEA 5IBNA 4XUBA 5D3LA 4O70A 4QSWA 5CU8A 5HENA 3H6ZA 5KHMA 5CQAA 4HBVA 5LUUA 4YYGA 3M9QA 5HCLA 2RNXA 5A82A 5DYCA 2XDPA 5FG5A 4RVRA 4IUUA 4TT6A 5HM0A 2MJVB 5FH8A 5BT5A 5LJ1A 3U5JA 2HQEA 5LKZA 5FG4A 1X0JA 5C4QA 1XNIA 2D9TA 2YRVA 3P8HA 5ACYA 3OS0A 3S3OA 2JTFA 4C66A 5LKXA 4NR5A 5I80A 5AD3A 4QEUA 4IR6A 4C5EA 4II1A 5BT4A 2RJDA 2F6JA 4LZSA 5FB0A 2YEKA 4TS8A 5G4RA 4A9IA 5KTUA 2L89A 5DFCA 4QUUA 3MEUA 3LQJA 4UIXA 5CIUA 4Z93A 4IUQA 5CQ8A 4ZC9A 2LRQA 5IIDA 5L99A 4PS5A 3MQMA 2LTOA 4LZ2A 4QBMA 4UIVA 4YBSA 2JZ2A 5CGPA 4PKLA 3LX7A 2YQDA 4QR3A 4J1PA 1SSFA 2DAQA 5ENHA 2M16A 5EGUA 4YYHA 5EWCA 3TLPA 4CFLA 5EPRA 5CUCA 3Q2EA 2RI3A 3JVMA 4LDFA 5CFWA 5E9MA 3MEAA 4NYXA 5COIA 2RHIA 5L96A 5CUDA 5ENEA 4UIYA 5FG6A 4HXPA 5A5OA 4TZ2A 4HXMA 5DYAA 4IR4A 4Q0NA 5CQ5A 3EAEA 4J0SA 2N9GA 2EQJA 4YC9A 2YELA 2LDMA 2EFIA 4QQ6A 4YABA 2X4XA 4GY5A 5D6WA 2I7KA 5E9IA 5LKUA 2O4XA 5F3AA 2DWWA 4QQGA 1G5VA 5LVRA 5ETDA 3OYCA 3P8DA 5A5QA 5FFYA 4NR7A 3OA6A 2DATA 4HCZA 4N4FA 4MEOA 5A81A 2R0SA 3SD4A 3L2VA 4ZTJA 2L8DA 5H1UA 3MP1A 3U5KA 3P1FA 3MP8A 4TQNA 5E3DA 5FE2A 5E9KA 3U5PA 4LYIA 2K3XA 3UVWA 4O7CA 2RHUA 4BJXA 1RI0A 4E96A 2BKDN 5ENJA 3CEYA 3LH0A 4X2IA 1OZ2A 2WACA 4BE1A 4E7KA 3QZVA 2BIVA 5ENBA 5HRWA 4YY6A 5LKTA 4O74A 4BDYA 4E7JA 4NRCA 5CZGA 5DFBA 2RS9B 3P1EA 5F61A 2BUDA 3MXFA 4HXNA 3QJ6A 5E74A 5ENFA 4OGJA 5HFQA 2RI7A 5I29A 1OYXA 2QQRA 2FSAA 4HXRA 2RHZA 2RJEA 3NTIA 4Q5WA 4O71A 5FBXA 1MHNA 5L97A 1N27A 2G3RA 3FC3A 4Z6HA 3U5OA 5L8TA 4Z02A 4QB3A 5HLSA 5CUGA 5EPBA 4F3IA 4QNSA 3OY9A 4UYHA 2R58A 5DFDA 2CKKA 2VYTA 2M0OA 4X34A 4TTEA 4NYVA 3S3MA 4QSTA 3RCWA 4YYDA 3O8VA 4IOOA 4QY4A 2D9EA 2R5MA 2O4XB 4NXJA 3SVGA 5D3TA 2E5QA 3ZEHA 3S91A 2L84A 5E3GA 4BW1A 1JM4B 5CQ4A 4C5IA 5F1LA 5C89A 4UIZA 5D7XA 5C8GA 5FDZA 2RO1A 3DWYA 3OYJA 2LCCA 3OYDA 5DYXA 5EA1A 3AQAA 5D3HA 2HQXA 5HEMA 5F1HA 4OVAA 4MEQA 4EDUA 4PLIA 5DLZA 4E7IA 3OMCA 3C4SA 4BE0A 3L2QA 4N3WA 4IR5A 5FE7A 5D24A 4NYWA 5C7NA 5JI8A 3OYAA 2DVVA 4HBXA 4N4HA 5ETBA 4YYIA 5EM3A 5KE3A 2E3KA 5F5ZA 4PCIA 4BW3A 5F62A 5CS8A 2E6NA 3UWNA 2X4WA 3O35A 4LYSA 4UYDA 3E9GA 4IUVA 2OO1A 3OYGA 4CUUA 4PY6A 4N4IA 2PQWA 1WJQA 5HQ6A 5E7DA 3OB9A 5FE5A 5CRMA 4YH4A 5BT3A 1WJSA 4A4HA 4XUAA 3U5LA 2NLUA 3JVJA 4J3IA 3JVLA 4FLPA 5I7XA 4A9MA 5JWMA 5H1TA 1JSPB 4MR3A 4KCXA 2DVRA 4CURA 4B9XA 4YADA 1F68A 5DKHA 2F5KA 4A9JA 4QW2A 4IOQA 2DVSA 4QQDA 3P5OA 4O7EA 3Q2FA 4LR6A 5EI4A 4A9OA 5EWWA 4GPJA 3GG3A 3SVFA 4FL6A 2R5AA 4CLBA 5J39A 4CUSA 4PLLA 5DW2A 2DIQA 2WP2A 3QKJA 3OYFA 4YYKA 5FFWA 4MENA 4QC3A 5CUEA 4A9EA 3UT1A 2RJCA 2KTBB 5J0DA 4N4GA 3O37A 4TZ8A 3OYNA 4QSSA 3NTKA 5ENIA 5I83A 3LXJA 5EWDA 4QR5A 2R0VA 4E7HA 3PFSA 5C6SA 5A5SA 4BACA 4O75A 5D3JA 4YYMA 5CQ6A 5E73A 5I1QA 4B9WA 4IKFA 3IU5A 3QZSA 3O34A 3UW9A 4YBTA 4BW2A 2YDWA 3E9FA 3OYLA 5H1VA 2RHXA 4E7LA 4KV1A 4UIWA 4A9FA 4DONA 3QIIA 5ENCA 2K3YA 5II1A 2OUOA 3G0JA 3MB3A 3NXBA 3KUFA 3OMGA 5D3PA 5HQ7A 5D25A 2G4AA 3OYEA 5EISA 4NR6A 1WUMA 1H3ZA 5A85A 5FRMA 5FH7A 4UYEA 2XK0A 5F60A 5I88A 2QQSA 4ALHA 5AD2A 2RHYA 2YYNA 4QSRA 5HELA 3MO8A 4NRBA 1WJRA 1E6IA 4ZQLA 5H85A 3OYIA 3UV5A 3MEWA 5A7CA 4O7BA 4YH3A 5CTLA 3MUKA 4BE2A 2EQMA 5EPSA 3FLGA 5DYUA 3HMEA 2M1HA 3DLMA 3GOXA 5A5NA 4O7AA 3PMTA 5D0CA 4QYDA 4LD6A 5FE0A 2E7NA 4A4EA 4YATA 4TYLA 4BD3A 4CRIA 4IUPA 2L85A 5I40A 4NRAA 5E9LA 4Q0OA 4MR6A 1N72A 3UV2A 4C5HA 5KCHA 5DW1A 5EK9A 4O7FA 2WP1A 5KCOA 4ZTFA 5E0RA 5FE4A 4O76A 5D6YA 4ALGA 5E9YA 4WHUA 4HXKA 5DX4A 4C5GA 2GF7A 2F6NA 3LGFA 4UIUA 3META 5K29A 5L98A 2D82A 5D3NA 3U5NA 4CUPA 1WUGA 5E9VA 5C87A 5CY9A 4L59A 3G0LA 5F2PA 4LRGA 5I86A 5EV9A 5A5RA 3LGLA 3MP6A 3LYIA 4MEPA 4QC1A 4MR5A 5DBMA 3ZYUA 5LVQA 4CUTA 3QZTA 4BW4A 4LZRA 3P1DA 5EICA 3O33A 3MEVA 4NUCA 3LJWA 5KO4A 5HRVA 3L2WA 5DKDA 4XYAA 4XY8A 4XY9A 3AADA 3O36A 1EQFA 3FKMX 5HJCA 5TCMA 5KTXA 4HXLA 4QVZA 4O77A 4A9NA 4UC4A 2E7OA 4HXOA 2P0KA 3L2RA 3U5MA 2RI2A 5DLXA 3Q1JA 5CRZA 5M9OA 5EQ1A 3PNWC 1WGSA 4PL6A 4NQMA 5II2A 3I3JA 4NS5A 5A83A 5F36A 5A5PA 2R57A 4TT4A 3DB3A 4YBMA 5D6XA 5EVAA 2RI5A 2FHDA 4IURA 4NUDA 4ZW1A 5EWVA 4A4GA 4TU4A 4YY4A 5FROA 5FE9A 2IG0A 4A4FA 5L8UA 5CQ7A 4WHWA 5C85A 3MULA 4PTBA 3JVKA 4A9HA 4CL9A 2DIGA 4WIVA 2GFAA 3OS2A 5D26A 4UYFA 5IAYA 3UV4A 3IU6A 4NUEA 4QUTA 4A9LA 3K2JA 5ENGA 3LQIA 4O72A 3L2UA 4QEVA 4LC2A 4BDZA 4IUTA 5C0MA 4IR3A 5F25A 5LJ0A 5G4SA 2LVMA 2EQKA 5LJ2A 4FU6A 4Z1SA 4NR9A 5CQ3A 4TU6A 4YAXA 5AMFA 3H8ZA 3NTHA 4QSPA 4OUFA 2H60A 4QSVA 3UVYA 2I8NA 4HBYA 5KTWA 3OS1A 3ASKA 4Y03A 5IN1A 5FE6A 4HBWA 3BDLA 5FB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I7YA 2GTJA 5D7UA 5FE3A 4KBMB 4AFSC 2X35A 4XTXA 1AZGB 5LL6S 3TVTA 1CKBA 4M77A 4QSUA 4WF2A 4Z1QA 5CUBA 4YYNA 1QP3A 3CXCP 3REAB 1BI2A 2L5QA 1VQOA 2RO0A 2O9SA 2RJFA 2DL5A 4E7ZA 2LSPB 1NLOC 3SHWA 5DY7A 2HL3A 2KY9A 2B8AA 4M7AG 3CMEQ 1RI9A 2RQRA 2JW4A 2PVGB 3MB4A 4UYGA 3F70A 4J9GA 4C0FA 1Q82U 4OB0B 4J0RA 4AFQC 5EU1A 2HD0A 2GFUA 1D0XA 2YW5A 1IGUA 4OGIA 2V1RA 2PVOB 2RFJA 1YITA 4M7DA 3UVXA 3GNGA 5F63A 5FU6C 2DVQA 4QSQA 5EP7A 1I8FA 1RABB 3QHSA 2NUTA 4BY6C 4A9KA 3OYKA 4HT8A 2DA9A 3IQLA 3OYHA 4M78E 3LWIA 5IXFA 3REBB 2L3RA 3OSSC 3BE3A 1VQ8A 4M77B 3HP9A 5IBNA 4M75A 4OGEA 4PK4A 1UDLA 4RTZA 5LJ3e 5LJ3f 1NG2A 5HCLA 1WHGA 2D0NA 2W10A 5DYCA 1NYGA 4TT6A 5HM0A 2QQAA 1Q82C 2XICA 4JS4A 2FRWA 2D9TA 5C4QA 1VA7A 1XNIA 3P8HA 2K9GA 5ACYA 3G4ST 1MNEA 4BB7A 4NR5A 4VUBA 3QPHA 1WXUA 2P4RA 1YJNA 4II1A 5BT4A 3VJPA 2YEKA 4LUEA 2DL7A 3CCJA 3M58A 2KDSA 3RKYA 2XMFA 1GFCA 3JRZA 2PUOB 2ZPGB 4HCCA 4RCCA 4M7DB 4LZ2A 4QBMA 1JB0E 1I81A 1RUWA 2NUTB 3VRZA 4CI0C 5ENHA 1U1TA 2RI3A 2YSQA 4LDFA 1M90U 1ZSZA 2DYIA 2ZAEA 4LUDA 1K8AU 1PKSA 4M75B 3ULRB 5ENEA 5FG6A 4HXPA 5A5OA 4TZ2A 1OQKA 4HXMA 5DYAA 1WZOA 1YI2A 1VQMQ 1KD1U 5KYXB 1QWEA 1HXDA 3EAEA 4YC9A 2YELA 2OTJT 2EFIA 2A36A 2KR3A 2O4XA 2QTXA 3PVQA 1KQSP 1QVFA 3OW2S 3OYCA 4PJLA 5A5QA 3CC4A 2DATA 3UDCA 4ZNXA 1VQLT 1TG0A 3G71Q 2NUZA 2DZCA 3V7CA 2RQTA 3P1FA 3MP8A 2VB6A 3X26B 2BTTA 1NZ9A 5CCAA 4OMQA 4CC7A 4BE1A 1OZ2A 1WXTA 4KT0E 8AT1B 5L23A 3HHTB 2MAMA 2DJQA 2PTKA 2RS9B 5F61A 3GP8A 1SPKA 4HXNA 2EWNA 2P4TA 5GAOp 5ENFA 4OGJA 1ZSZB 2RI7A 2RJEA 3QXEB 4AG1C 2FSAA 4HXRA 4C8QE 1VQ9T 3THKA 1N27A 3FC3A 5CVIA 4Z6HA 2D6FA 3CCRT 1VQ5Q 5CUGA 3QYHB 2FVUA 3PGGA 5GAN3 4FSXA 3VV0A 4PFOA 1RL2A 4MMKA 2M0OA 3RCWA 1R77A 2KAFA 2R5MA 2O4XB 4NXJA 2DBMA 5D3TA 4HVVA 3S91A 4BW1A 4UIZA 2DL4A 5C8GA 1GBRA 4FW1A 2J6FA 3CPFA 4ELYC 1RAAB 1PC0A 2LCCA 3OYDA 3AQAA 4AMCA 1A0NB 2OTJA 1TXQA 4AI6A 1OX9A 2C0TA 4PLIA 3VUZA 2FG0A 4E7IA 4ATOA 4BE0A 3L2QA 1G8XA 2FL7A 4FSSA 1VQLA 3OYAA 2CP7A 2DVVA 2YDLA 1GCPA 4CC2A 5F62A 2XDDA 3UWNA 1P92A 2X4WA 1Y71A 4LYSA 3E9GA 4M77C 3RMQA 4CUUA 2GGRA 3CCLT 2Z0WA 4PY6A 1PSEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4QUT A;  4A9L A;  3K2J A;  5ENG A;  3LQI A;  4O72 A;  3L2U A;  4QEV A;  4LC2 A;  4BDZ A;  4IUT A;  5C0M A;  4IR3 A;  5F25 A;  5LJ0 A;  5G4S A;  2LVM A;  2EQK A;  5LJ2 A;  4FU6 A;  4Z1S A;  4NR9 A;  5CQ3 A;  4TU6 A;  4YAX A;  5AMF A;  3H8Z A;  3NTH A;  4QSP A;  4OUF A;  2H60 A;  4QSV A;  3UVY A;  2I8N A;  4HBY A;  5KTW A;  3OS1 A;  3ASK A;  4Y03 A;  5IN1 A;  5FE6 A;  4HBW A;  3BDL A;  5FB1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5I7Y A;  2GTJ A;  5D7U A;  5FE3 A;  4KBM B;  4AFS C;  2X35 A;  4XTX A;  1AZG B;  5LL6 S;  3TVT A;  1CKB A;  4M77 A;  4QSU A;  4WF2 A;  4Z1Q A;  5CUB A;  4YYN A;  1QP3 A;  3CXC P;  3REA B;  1BI2 A;  2L5Q A;  1VQO A;  2RO0 A;  2O9S A;  2RJF A;  2DL5 A;  4E7Z A;  2LSP B;  1NLO C;  3SHW A;  5DY7 A;  2HL3 A;  2KY9 A;  2B8A A;  4M7A G;  3CME Q;  1RI9 A;  2RQR A;  2JW4 A;  2PVG B;  3MB4 A;  4UYG A;  3F70 A;  4J9G A;  4C0F A;  1Q82 U;  4OB0 B;  4J0R A;  4AFQ C;  5EU1 A;  2HD0 A;  2GFU A;  1D0X A;  2YW5 A;  1IGU A;  4OGI A;  2V1R A;  2PVO B;  2RFJ A;  1YIT A;  4M7D A;  3UVX A;  3GNG A;  5F63 A;  5FU6 C;  2DVQ A;  4QSQ A;  5EP7 A;  1I8F A;  1RAB B;  3QHS A;  2NUT A;  4BY6 C;  4A9K A;  3OYK A;  4HT8 A;  2DA9 A;  3IQL A;  3OYH A;  4M78 E;  3LWI A;  5IXF A;  3REB B;  2L3R A;  3OSS C;  3BE3 A;  1VQ8 A;  4M77 B;  3HP9 A;  5IBN A;  4M75 A;  4OGE A;  4PK4 A;  1UDL A;  4RTZ A;  5LJ3 e;  5LJ3 f;  1NG2 A;  5HCL A;  1WHG A;  2D0N A;  2W10 A;  5DYC A;  1NYG A;  4TT6 A;  5HM0 A;  2QQA A;  1Q82 C;  2XIC A;  4JS4 A; 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