4N4IA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.3k36me3
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
192
Chain Sequence
NKQEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
total genus 65
structure length 192
sequence length 211
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4iA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4iA02
4N4FA 5F2PA 5A85A 3F70A 5HELA 3UV5A 3C4SA 3KUFA 3S3MA 4IUPA 5C7NA 5C87A 4N4GA 2GFAA 4YY4A 4BJXA 5IIDA 4RVRA 4A9MA 5LJ0A 4LYIA 2WACA 4A9EA 4PS5A 5EK9A 3H8ZA 1G5VA 3SVGA 5KH6A 4NQMA 4UIYA 3OY9A 5FH8A 3NXBA 5G4RA 4A9NA 1EQFA 5FB1A 5FFYA 2O4XA 4CRIA 3OMGA 3FC3A 4LYWA 4N4HA 4WHUA 4XUBA 5A83A 5HENA 4QQDA 5FH7A 5EU1A 5EVAA 2L8DA 1OYXA 2LVMA 3QZTA 3UVYA 4GY5A 4TTEA 3TLPA 3MO8A 3OYFA 3JVJA 4LR6A 5A5RA 4FU6A 4ZTFA 4CFLA 5EPSA 2RS9B 4Z1QA 4ZTJA 5IGKA 4YATA 5IGMA 2L89A 5CQ7A 5FG4A 4A9LA 5KE2A 5KTWA 3E9FA 4ALHA 4A9HA 3PNWC 4BACA 4CUTA 3MQMA 3QBYA 3DAIA 4UYFA 4O72A 5FDZA 5K29A 2E7NA 5HFRA 4QNSA 2E7OA 4TZ8A 5FE4A 4YYNA 3PMIA 5G4SA 4NYVA 2DIGA 3LQIA 3QZSA 2D9EA 5AMFA 5I88A 2OUOA 5D3NA 5CP5A 2JZ2A 2YRVA 4MEQA 3ONIA 4CURA 2HQEA 5LKTA 5IGLA 5EPBA 2RHUA 2R57A 4HXPA 2EKOA 3LH0A 5D6WA 5DFDA 3META 1E6IA 3MP1A 4MR3A 1X0JA 4NR7A 4QR4A 4YY6A 4Y03A 5E9LA 3UVWA 3L2UA 4QR3A 5D3LA 5DY7A 5F61A 5L96A 2L3RA 2L84A 2L5EA 3MB4A 4NR6A 5KO4A 3HMFA 4HXOA 3OB9A 4IUQA 1WJSA 4LDFA 2LRQA 3OMCA 5LVRA 5DLZA 5E3DA 3OYHA 4HXMA 4YYHA 3SVFA 5C8GA 4UC4A 4QEVA 2N9GA 5EWHA 4QUTA 5FG5A 3P1DA 5D3SA 4QSRA 2DKWA 2E5QA 5FH6A 5HEMA 3OYLA 2M1HA 5ENBA 5FFWA 3K2JA 3U5JA 5CQAA 4UYEA 2FHDA 4IUTA 4ALGA 2HQXA 5J0DA 5CPEA 3CEYA 5KTUA 2RNXA 4AKNA 2R5AA 5EICA 4QSVA 4PKLA 2G4AA 5ENJA 4Z6IA 5BT4A 5LKUA 4PTBA 5A5SA 3MEAA 4CUUA 4QSQA 4XY9A 3G0JA 3OYAA 3IU5A 5FE3A 5DLXA 2BKDN 3E9GA 5ENCA 4Q0OA 5F3AA 4A4EA 3OQ5A 4A9IA 3UWNA 4BE1A 5LUUA 2NLUA 3D7CA 3ASKA 2RJCA 4HXLA 5D3RA 4IOOA 5D25A 2JTFA 2IG0A 5A5PA 2LSPB 3GG3A 1OI1A 4Z02A 2R0VA 4O71A 4TS8A 5IBNA 3QJ6A 3H6ZA 5F1HA 2MWOA 4O78A 2YDWA 5I40A 3U5NA 5E3GA 4KV1A 2I7KA 4J0RA 5EPRA 4YYDA 5EM3A 5DYUA 4TU6A 3P5OA 4HXRA 4BW2A 1JSPB 4IR4A 4A9JA 4YYMA 4TZ2A 4TU4A 4LZSA 5CUEA 5DX4A 2R0SA 4O7FA 4A9FA 4DONA 3U5LA 5A5QA 5DW1A 5E0RA 4PLIA 3UV2A 3UW9A 4MEPA 4O76A 2EQKA 4QVZA 4HBWA 2X35A 3O35A 3OYEA 3FKMX 1N72A 2GFUA 5I89A 4ZC9A 4C5HA 4BDYA 4YBSA 4Z93A 2QQRA 5D6XA 4J3IA 4NXJA 3S91A 3Q2FA 3LJWA 4QYDA 3Q1JA 1WUGA 5ENHA 2RI7A 2RNWA 4J0SA 2X4YA 3LX7A 4QY4A 4HBVA 2P0KA 5FE8A 3MEWA 2NXBA 4HXNA 2YQDA 2RFJA 3JVKA 2K3YA 3MULA 3P8HA 5CY9A 4NYWA 5ENGA 5D3JA 3U5MA 5HLSA 1OZ2A 5LKZA 4E96A 5II2A 2B8AA 4Z6HA 4NRBA 4QR5A 1XNIA 4A4FA 5JI8A 4QSWA 4QZSA 4FL6A 2EQMA 4YADA 3SVHA 2L85A 1SSFA 5HFQA 3FLGA 3L2QA 5KHMA 5BT3A 3OS0A 4OVAA 4IR3A 5A7CA 2K3XA 3JVMA 3O34A 3NTKA 5HJCA 3L2WA 5DYAA 5IGNA 3PFSA 5ENFA 4UIWA 5DFCA 4LYSA 4LC2A 4NUCA 5FG6A 5ETDA 2YW5A 4CUQA 3U5KA 2EFIA 4X2IA 4QSSA 4NYXA 4NUDA 2D9TA 4OGIA 5FRNA 3OYDA 5CUAA 4PY6A 2D82A 4LRGA 4PLLA 4E7LA 2LCCA 5C89A 5DFBA 5C85A 5DYCA 3NTIA 3MP8A 4QEWA 1JM4B 4BW1A 4TT2A 4NR5A 5I7XA 4O75A 4N3WA 2DVQA 5CQ5A 2PQWA 3S3NA 3O8VA 3U5PA 4KV4A 2R10A 3LQHA 5CUCA 2MJVB 5D6YA 5I80A 4YK0A 3DWYA 1OZ3A 4IR6A 5CRMA 4QSTA 3OYNA 5EQ1A 4CL9A 3MB3A 5LVQA 5I29A 5CQ6A 2I8NA 4O7EA 2GF7A 3OYGA 5HRXA 4IUUA 5I1QA 5F25A 3AQAA 4A9OA 5IAYA 5EA1A 2OSSA 5E73A 5F60A 4LD6A 3OYBA 3QKJA 5HCLA 4BE2A 4J1PA 5EGUA 4YYJA 4YAXA 5AMEA 5HQ7A 5H1TA 5I7YA 5DYXA 4PL6A 5FE2A 4QB3A 5HQ5A 5KU3A 2RJFA 3L42A 2RHYA 5C0MA 4HXSA 4N4IA 4ZW1A 1N27A 4E7IA 4HBYA 5D3HA 5F5ZA 2RJEA 2E6NA 4A9KA 5L97A 2RJDA 3OYJA 4NR9A 2X4WA 5CUBA 4IOQA 5ETBA 4QYLA 5FB0A 5CIUA 5LJ1A 5FFVA 2RI2A 5KE3A 4QSUA 4QSPA 4WIVA 3OS2A 3LGFA 3QZVA 4UIUA 5CFWA 2H60A 4IORA 2M16A 3IU6A 4BHWA 4O7AA 3UV4A 4HCZA 3AADA 4II1A 3MXFA 4NS5A 5ENEA 5L8UA 3HMHA 5H85A 4EDUA 5DKDA 5A5OA 4O7CA 2MWPA 3DB3A 2EQUA 5EISA 2F5KA 3L2VA 5E9YA 4UYHA 4KCXA 5DW2A 3EAEA 5FROA 5FBXA 4C67A 3OYIA 5EWVA 2YELA 4OGJA 4X34A 5EWWA 5AD2A 4HBXA 4MR4A 4MR5A 5I83A 5EV9A 4QW2A 3LYIA 2CKKA 4OUFA 3JVLA 4NRCA 5J26A 1RI0A 1WUMA 3BDLA 4UIXA 2RHIA 3O37A 4LZRA 5CZGA 4BD3A 3MUKA 4YYGA 5M9OA 3UVXA 4NRAA 4TT4A 5L8TA 5FE1A 4GPJA 5CRZA 5D3PA 2RNYA 5L99A 2BUDA 5KTXA 1MHNA 3U5OA 3FDRA 4UYDA 5EWCA 4UYGA 3NTHA 2DWWA 5FE6A 4QC3A 4TQNA 1WGSA 5ENIA 3ZYUA 2YEKA 5KCHA 3OYMA 4MR6A 5E9VA 4BDZA 5F63A 4PCEA 4TT6A 4YYKA 5D0CA 5CUGA 5ACYA 5L98A 4QQ6A 3UT1A 4O70A 5C4QA 5CQTA 3OS1A 3O36A 3OYCA 2QQSA 4F3IA 4MEOA 5HRVA 3SD4A 5EI4A 5CQ8A 4CUPA 3MP6A 3FEOA 2X4XA 5FE9A 5TCMA 2WP2A 4QQGA 4NR4A 4YBTA 2OO1A 4QBMA 4E7HA 3HMEA 3P1CA 5LKXA 4XUAA 4C5EA 2RHXA 2RO0A 5CTLA 5II1A 4QC1A 4E7JA 4A4HA 4RG2A 5CGPA 5E74A 1H3ZA 3M9QA 1F68A 4ZQLA 5FRMA 4IUVA 5I86A 3PMTA 5J39A 3OYKA 5HRWA 3ZEHA 3OA6A 3LXJA 4IR5A 4FLPA 4LZ2A 4NQNA 3Q2EA 5E9IA 5EP7A 5AD3A 4PCIA 2R58A 5D24A 3S3OA 4IKFA 5A5NA 3QIIA 2LTOA 3P1FA 4QUUA 5A81A 5HM0A 2G3RA 1WJQA 2O4XB 2RHZA 2YYNA 5FE0A 2R5MA 4A4GA 4C5GA 4UIVA 4L59A 3DB4A 4QEUA 3UVDA 1WJRA 5KCOA 4C66A 2EQJA 3G0LA 4UITA 4HXKA 3RCWA 4WHWA 2GRCA 3L2RA 3LLRA 4BW4A 4YC9A 2DVRA 5COIA 4O74A 5EWDA 2DAQA 4O7BA 4E7KA 4B9WA 2BIVA 3O33A 5E7DA 3MEVA 5HQ6A 5FE5A 4XYAA 4UYFB 5A82A 5FE7A 5F36A 5H1VA 5CS8A 2RO1A 4YABA 3S6WA 4Q0NA 4YBMA 4BW3A 3P8DA 5CUDA 5CQ4A 5JWMA 5H1UA 4MENA 5D7XA 5E9KA 2RI3A 5IN1A 4O77A 5D26A 3GOXA 5DKHA 4NR8A 5D3TA 2FSAA 5IG6A 3P1EA 2KTBB 2LDMA 5BT5A 5F1LA 4Q5WA 3I3JA 4QSXA 3ME9A 5DBMA 2WP1A 2M0OA 2RI5A 2XK0A 4YH4A 3S92A 4C5IA 3LQJA 2F6NA 4XY8A 5TB6A 4CUSA 4Z1SA 5F62A 2XDPA 3LGLA 4YH3A 4IURA 4BE0A 4NUEA 1ZS5A 5E9MA 2R0YA 2E3KA 2YEMA 5CU8A 1KHCA 2DIQA 4UIZA 4CFKA 3MEUA 4B9XA 2DVVA 2F6JA 4TYLA 4YYIA 5DKCA 5LJ2A 2VYTA 4CLBA 2DATA 2DVSA 5C6SA 5CQ3A 3DLMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O31A 1R77A 3CD6Q 5F2PA 4M7DD 1UGPB 2EAYA 3A8GB 3ZL7C 3S3MA 5FWCA 2DD4A 5GAN4 1YJWT 5IIDA 5LJ0A 4LYIA 1M8MA 1EZZB 2FVUA 4FYXB 5GANh 1G5VA 2J05A 2FPEA 2VGNA 4AFUC 2SRCA 4A9NA 2FRWA 4JPBW 2QGGA 4CRIA 2O4XA 3FC3A 2E6ZA 2E41A 4WHUA 4J6YA 5KYUB 1YBYA 3OYFA 4FU6A 4Z1QA 1YJWQ 4YATA 1WHLA 5IGMA 4A9LA 1VQNA 4JJCA 1R0BG 4ALHA 1W70A 2CP2A 3QBYA 4UYFA 1WX6A 5FDZA 5CQYA 5HFRA 4QNSA 4TZ8A 4YYNA 4M78B 3PMIA 4NYVA 2RM4A 1QVGS 1UHCA 5D3NA 4WTOB 5CP5A 2JZ2A 5LKTA 2RB6A 5EPBA 2L2PA 2JVVA 4PJOG 4HXPA 1QCNA 3CCVQ 3LH0A 1YCSB 5D6WA 1QWEA 3MP1A 4DBRA 5E9LA 1X27A 3JB9G 1ARKA 3HRTA 3CPWS 4M4ZA 3OB9A 2V1RA 4LDUA 2LX7A 2LRQA 3OMCA 3PTAA 5E3DA 4D8KA 4HXMA 4QVCA 1NYGA 2L5QA 4UC4A 2N9GA 4QSRA 2DKWA 1JXOA 2E5QA 4MMLA 1RABB 2E10A 1IO6A 3CXCP 4UYEA 1AWXA 4IUTA 4ALGA 4BI8B 2RNXA 2FZKB 3ERRA 2C0OA 4PTBA 5A5SA 2HL3A 1WXBA 3E2UA 1Q82C 4PK4A 4F16A 2RMOA 3CCQT 1KC8U 3OYAA 2ZGWA 3CCJT 1BIBA 4C8QB 1X6BA 4RTVA 2DE0X 5DLXA 1MV3A 5ENCA 3A98A 5EC7A 5F3AA 4A4EA 4ZN1A 2QA4A 5LUUA 2RQWA 5IXBA 2RJCA 2HKNA 5D3RA 4IOOA 1TSFA 4FYVB 3VS3A 4BUGA 1OI1A 3VU3C 1BBZA 5IBNA 3H6ZA 2MWOA 2YDWA 5I40A 3GNFB 3U5NA 4KV1A 2I7KA 1PRMC 1SPKA 4C92B 5EPRA 2QQBA 3CCQQ 4M7DB 4N0AC 2DILA 2AK5A 5LJ3f 2NUPB 3CCJQ 3HKSA 1KQ1A 2CH4A 1Y96A 2R0SA 5A5QA 4PLIA 3V8LA 5E0RA 3CC2T 4PNOA 2QQAA 2FL7A 1BI0A 2EQKA 4QVZA 4HBWA 2O01E 4M78E 3VRYA 3OYEA 1N8RR 3QUIA 4BDYA 1KFZA 3CCSA 1Z9QA 4HA8A 3CMET 1Y07A 2X4YA 3LX7A 1W2BA 1I5LA 3JV3A 4RTTA 1UGRB 4JUVA 2QK0A 4R55A 4HXNA 4L5GA 2RFJA 1PC0A 2C06A 3MULA 5CY9A 1OZ2A 4E96A 4NOYA 1D09B 1UDLA 4AKIA 4O6JA 3CC2Q 5FU7B 2QAZA 4FL6A 1D0ZA 2EQMA 2L85A 5KHMA 4OVAA 1ZHIA 1ZKRA 2KT1A 4A4KA 3G4ST 3O34A 3NTKA 1ZSZB 1VQKT 3L2WA 5DYAA 5IGNA 2EIFA 3PFSA 3CMEQ 2DZCA 1VQ9A 1I0CA 4LC2A 3V7SA 5GAOr 3CCLT 4QSSA 1B34A 4KH1B 4RKUE 2B86A 4JS5A 2ATCB 1ZA1B 3VS0A 1PNJA 1XQHA 2FG0A 4PLLA 2LP5A 2A08A 1JU5C 1WIEA 1JM4B 3OYYA 3NMZC 3CCUA 1UTIA 1H641 4PJOB 2DVQA 1CKBA 3S3NA 1WYXA 2KI7A 4D6WA 3MKDA 2Y4XA 3PGGA 1M8VA 5D6YA 1VQKQ 4HCCA 1WHHA 1CSKA 4YK0A 4XTVA 2VXEA 2PVDB 3OYNA 1RL2A 3SDZA 2Y90A 1C1AA 3O5ZA 4DOWA 5LVQA 1WXUA 5CQ6A 4O7EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4MR4 A;  4MR5 A;  5I83 A;  5EV9 A;  4QW2 A;  3LYI A;  2CKK A;  4OUF A;  3JVL A;  4NRC A;  5J26 A;  1RI0 A;  1WUM A;  3BDL A;  4UIX A;  2RHI A;  3O37 A;  4LZR A;  5CZG A;  4BD3 A;  3MUK A;  4YYG A;  5M9O A;  3UVX A;  4NRA A;  4TT4 A;  5L8T A;  5FE1 A;  4GPJ A;  5CRZ A;  5D3P A;  2RNY A;  5L99 A;  2BUD A;  5KTX A;  1MHN A;  3U5O A;  3FDR A;  4UYD A;  5EWC A;  4UYG A;  3NTH A;  2DWW A;  5FE6 A;  4QC3 A;  4TQN A;  1WGS A;  5ENI A;  3ZYU A;  2YEK A;  5KCH A;  3OYM A;  4MR6 A;  5E9V A;  4BDZ A;  5F63 A;  4PCE A;  4TT6 A;  4YYK A;  5D0C A;  5CUG A;  5ACY A;  5L98 A;  4QQ6 A;  3UT1 A;  4O70 A;  5C4Q A;  5CQT A;  3OS1 A;  3O36 A;  3OYC A;  2QQS A;  4F3I A;  4MEO A;  5HRV A;  3SD4 A;  5EI4 A;  5CQ8 A;  4CUP A;  3MP6 A;  3FEO A;  2X4X A;  5FE9 A;  5TCM A;  2WP2 A;  4QQG A;  4NR4 A;  4YBT A;  2OO1 A;  4QBM A;  4E7H A;  3HME A;  3P1C A;  5LKX A;  4XUA A;  4C5E A;  2RHX A;  2RO0 A;  5CTL A;  5II1 A;  4QC1 A;  4E7J A;  4A4H A;  4RG2 A;  5CGP A;  5E74 A;  1H3Z A;  3M9Q A;  1F68 A;  4ZQL A;  5FRM A;  4IUV A; 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 2M0O A;  2RI5 A;  2XK0 A;  4YH4 A;  3S92 A;  4C5I A;  3LQJ A;  2F6N A;  4XY8 A;  5TB6 A;  4CUS A;  4Z1S A;  5F62 A;  2XDP A;  3LGL A;  4YH3 A;  4IUR A;  4BE0 A;  4NUE A;  1ZS5 A;  5E9M A;  2R0Y A;  2E3K A;  2YEM A;  5CU8 A;  1KHC A;  2DIQ A;  4UIZ A;  4CFK A;  3MEU A;  4B9X A;  2DVV A;  2F6J A;  4TYL A;  4YYI A;  5DKC A;  5LJ2 A;  2VYT A;  4CLB A;  2DAT A;  2DVS A;  5C6S A;  5CQ3 A;  3DLM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O31 A;  1R77 A;  3CD6 Q;  5F2P A;  4M7D D;  1UGP B;  2EAY A;  3A8G B;  3ZL7 C;  3S3M A;  5FWC A;  2DD4 A;  5GAN 4;  1YJW T;  5IID A;  5LJ0 A;  4LYI A;  1M8M A;  1EZZ B;  2FVU A;  4FYX B;  5GAN h;  1G5V A;  2J05 A;  2FPE A;  2VGN A;  4AFU C;  2SRC A;  4A9N A;  2FRW A;  4JPB W;  2QGG A;  4CRI A;  2O4X A;  3FC3 A;  2E6Z A;  2E41 A;  4WHU A;  4J6Y A;  5KYU B;  1YBY A;  3OYF A;  4FU6 A;  4Z1Q A;  1YJW Q;  4YAT A;  1WHL A;  5IGM A;  4A9L A;  1VQN A;  4JJC A;  1R0B G;  4ALH A;  1W70 A;  2CP2 A;  3QBY A;  4UYF A;  1WX6 A;  5FDZ A;  5CQY A;  5HFR A;  4QNS A;  4TZ8 A;  4YYN A;  4M78 B;  3PMI A;  4NYV A;  2RM4 A;  1QVG S;  1UHC A;  5D3N A;  4WTO B;  5CP5 A;  2JZ2 A;  5LKT A;  2RB6 A;  5EPB A;  2L2P A;  2JVV A;  4PJO G;  4HXP A;  1QCN A;  3CCV Q;  3LH0 A;  1YCS B;  5D6W A;  1QWE A;  3MP1 A;  4DBR A;  5E9L A;  1X27 A;  3JB9 G;  1ARK A;  3HRT A;  3CPW S;  4M4Z A;  3OB9 A;  2V1R A;  4LDU A;  2LX7 A;  2LRQ A;  3OMC A;  3PTA A;  5E3D A;  4D8K A;  4HXM A;  4QVC A;  1NYG A;  2L5Q A;  4UC4 A;  2N9G A;  4QSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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