4N4IA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha in complex with histone h3.3k36me3
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
192
Chain Sequence
NKQEMGTYLRFIVSRMKERAIDLVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGAASAQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
total genus 65
structure length 192
sequence length 211
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4iA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4iA02
4O70A 3UV5A 4O74A 5COIA 4UIYA 5KO4A 1E6IA 3LGFA 5DX4A 4C5GA 3MUKA 2MWOA 4NQMA 5EICA 4A9KA 2BKDN 2GF7A 4CRIA 4O7CA 3SD4A 4BW1A 5J26A 4WHUA 5EWHA 2RS9B 1ZS5A 4PCIA 3MXFA 5KH6A 4A4GA 4BE1A 4TQNA 4BE0A 2YELA 3C4SA 2RJCA 1RI0A 5EA1A 4A9OA 2MWPA 2D9TA 2FSAA 1X0JA 4RVRA 2IG0A 5E73A 4A9EA 2JZ2A 5HM0A 5F60A 3S92A 4J0SA 5D3SA 2JTFA 5F1HA 5FE2A 4NUEA 1F68A 5D6WA 4QSQA 4QBMA 3D7CA 4YYKA 5KCHA 4PS5A 3BDLA 4IUVA 1OYXA 4LZRA 3U5LA 5C87A 4C66A 4HBYA 5EP7A 3OYLA 4N3WA 5CQ6A 2X35A 4HBWA 5C7NA 3OQ5A 4QVZA 3AADA 4CUPA 5DW1A 3ZYUA 3LYIA 4B9WA 3OYIA 3UT1A 3MQMA 2QQSA 2HQXA 3OYKA 5E0RA 5II1A 2F5KA 4UIVA 4IKFA 3LLRA 4E7LA 5F62A 5A81A 5ETBA 4A9FA 5ENJA 4IUUA 2B8AA 5D7XA 2R58A 5D3TA 5CUCA 5DBMA 4YATA 5CQ7A 4Z93A 1WUMA 2RFJA 2M16A 5EI4A 4UYHA 5HRXA 4NR7A 3M9QA 2GRCA 5CS8A 5EQ1A 4HXOA 3JVMA 3JVJA 4QEVA 4TT6A 5EPRA 4Y03A 4CUQA 3OYBA 4ZW1A 5I40A 2E7OA 5IIDA 3OYAA 4QSXA 5FB0A 5AD2A 2X4YA 5D6YA 4YH4A 3OS1A 5FE9A 4E96A 1XNIA 3S3OA 5EV9A 1KHCA 3ONIA 5H1TA 5HCLA 2XDPA 5A5PA 4L59A 3O8VA 2L84A 4HBXA 2RHZA 5CIUA 5LJ0A 3UV4A 5C8GA 3UWNA 5EU1A 5JI8A 4NQNA 4LRGA 5KU3A 3O34A 1SSFA 3QKJA 3KUFA 5KE2A 4TT2A 5CUDA 5CGPA 4QR3A 2NLUA 2H60A 5A5NA 2RHXA 5ACYA 5F25A 5H1UA 4NR5A 4QSTA 3UW9A 2DATA 5FB1A 5FFWA 5EWVA 3MEWA 4XY9A 4Q5WA 5IN1A 5TB6A 4LZ2A 5I86A 4QQDA 4NUCA 5CTLA 5G4RA 3U5PA 4QYLA 3MP8A 3OB9A 2RO0A 2X4XA 4PL6A 2R57A 4NRBA 4UYEA 3P1CA 4QUTA 5ENFA 5HENA 3SVFA 4YYHA 3SVGA 4QEWA 4IR5A 1WUGA 3MP6A 5CPEA 3Q1JA 4OUFA 3L42A 5A83A 4QYDA 5E9VA 1MHNA 4WHWA 2D82A 4Q0NA 4QSPA 5A5QA 4YABA 3H8ZA 5A7CA 2PQWA 2YYNA 5D3NA 2E3KA 1WJQA 3OYJA 2LRQA 2DIGA 2KTBB 5A5RA 3LX7A 4QQGA 5FFVA 5FRMA 5FBXA 4NYVA 3Q2FA 4HXRA 4NR9A 2BUDA 4MEOA 4TU6A 5FH6A 4PY6A 5ENHA 5FH7A 3FEOA 5LJ2A 3L2UA 4ZTJA 5FRNA 1WGSA 4MR3A 5D3HA 4E7KA 5LJ1A 2RNXA 4XUBA 5FFYA 2DVSA 5KTUA 2E6NA 4NRCA 5AMFA 3QJ6A 5F1LA 4II1A 4BDYA 2M0OA 5H1VA 2N9GA 4YAXA 3S3NA 4X2IA 4LC2A 4C5EA 2DKWA 5A82A 4N4IA 4YBMA 2DWWA 4YBTA 2YQDA 5DKDA 5ENIA 2RI5A 4FLPA 2E5QA 3U5JA 5I89A 5EPSA 4LD6A 3K2JA 3O37A 5CQ8A 3OYGA 2G3RA 2K3XA 2RHYA 4HXSA 4RG2A 5ENEA 5C4QA 3DWYA 3MB3A 3P1DA 5LKXA 2RI3A 3FC3A 4YBSA 5L98A 4YY4A 4YK0A 3ZEHA 5CUAA 5E9LA 4DONA 5DYXA 3ME9A 4BD3A 5DYCA 4QEUA 3OYHA 3LQHA 2MJVB 5ETDA 5D25A 1H3ZA 3OYDA 4A9MA 4IUQA 2DVRA 3HMFA 3JVLA 2RNYA 4NR8A 5AD3A 5L8UA 2XK0A 3I3JA 3P5OA 3DAIA 3EAEA 2RJFA 5J0DA 4QQ6A 4BW3A 4MEQA 2F6NA 5CU8A 5C85A 5E7DA 1WJSA 4ZC9A 3SVHA 2R0VA 4NXJA 3E9FA 5E9MA 3OMGA 5KE3A 5I7XA 5FE7A 3L2RA 4O72A 2HQEA 5HRWA 1OZ2A 5EVAA 4TS8A 3L2QA 2YRVA 5IAYA 3RCWA 4QR5A 3PFSA 5DYAA 5FE6A 5E74A 2OUOA 5HFQA 5HLSA 4LYWA 5A85A 4O7AA 5EK9A 5FE0A 5CRMA 5F61A 5CQ4A 2R10A 4QUUA 5L99A 3AQAA 2R0YA 4ALHA 4O71A 1OZ3A 5EISA 5FE8A 3S3MA 5G4SA 4YY6A 4CUTA 4HXLA 4ALGA 4NYWA 5I83A 1N27A 2RHUA 5L8TA 5LKZA 5IGLA 5C0MA 3LJWA 5D26A 1JSPB 3QBYA 3OYEA 3O35A 4Z1QA 3Q2EA 5TCMA 4KV1A 3DB4A 5E3GA 4A9IA 5ENGA 3P8HA 3F70A 3JVKA 1N72A 4UITA 5F3AA 5DFDA 3TLPA 5CQ3A 4O76A 4IUTA 3NTHA 4IOOA 5HRVA 4NRAA 4Z1SA 4XUAA 3O36A 3P1FA 5DLXA 4WIVA 4J3IA 5FE1A 3MP1A 4UIXA 5FG5A 4BDZA 4ZTFA 4E7JA 5CQ5A 5BT3A 5D3JA 2WP1A 5EWWA 2DIQA 2L85A 2E7NA 4PLIA 4FU6A 5EWDA 5FH8A 2CKKA 4C5IA 2LSPB 2GFUA 5FE5A 4O78A 3FLGA 2LTOA 3O33A 2DVQA 5D3RA 4IORA 2EFIA 5DYUA 3FDRA 2YDWA 4OVAA 4IR3A 5CQAA 4Z02A 4BE2A 3HMHA 5EM3A 3U5NA 5DY7A 3P8DA 5I7YA 2BIVA 5E9IA 4PCEA 2GFAA 4IURA 4NR4A 3NXBA 3META 5E9YA 3HMEA 3UVWA 5CY9A 4B9XA 5EWCA 3G0JA 4A4EA 3UV2A 4HBVA 2OO1A 5EPBA 3ASKA 4MR6A 4MR5A 4YYIA 5HJCA 4YYDA 4CUSA 4MR4A 2EQKA 5ENBA 4J1PA 4A4HA 5LVQA 4N4HA 5FE4A 2YEMA 4O75A 3OYNA 3S6WA 4HXNA 2RI7A 3UVYA 2I8NA 4PKLA 5CFWA 3MB4A 4HCZA 5F2PA 2WP2A 4UIZA 4QW2A 2DAQA 3OS0A 5F63A 4FL6A 4NYXA 4QC3A 3DB3A 5FG6A 2RNWA 4A9HA 4IR4A 4QSUA 4YYGA 4IR6A 5DFCA 3IU6A 3CEYA 4C67A 5HELA 4AKNA 3GOXA 4Z6IA 5BT5A 3OMCA 5DFBA 4BJXA 4BW4A 2RJDA 4NUDA 5CUEA 4YC9A 5D3LA 5AMEA 4LDFA 2EKOA 3PNWC 5E3DA 2DVVA 4QSSA 5K29A 5KHMA 5LKUA 3MO8A 5A5SA 4QB3A 5CQTA 3P1EA 4Z6HA 2EQUA 3LGLA 5CP5A 5L97A 4YADA 4A9JA 4XYAA 4UYDA 2OSSA 2L8DA 5KCOA 4QNSA 3MULA 4QC1A 4ZQLA 5DW2A 5D3PA 4BHWA 5LUUA 3H6ZA 4KV4A 4J0RA 5D0CA 3PMIA 4QSRA 2D9EA 5F36A 2R5MA 4QSWA 4A9LA 5ENCA 4O77A 2EQMA 2LDMA 3PMTA 2M1HA 5CUBA 5IG6A 5M9OA 3OYMA 1WJRA 4XY8A 2VYTA 4E7HA 5LVRA 4LYIA 4OGIA 4X34A 2RJEA 4NS5A 4E7IA 4O7EA 2EQJA 4YYNA 2NXBA 3UVDA 4CUUA 5IGMA 2QQRA 2YW5A 4QR4A 4CFKA 3IU5A 3OYCA 4IUPA 3NTKA 4UYGA 1JM4B 2RI2A 4QSVA 3QIIA 3OY9A 4CFLA 4A9NA 4TZ2A 5I1QA 2FHDA 4N4GA 4IOQA 3S91A 5C89A 4LR6A 2WACA 4PTBA 4UIWA 4UC4A 4A4FA 3L2WA 5KTXA 2K3YA 4QY4A 2R0SA 4HXPA 2F6JA 5CRZA 3QZTA 5I88A 4NR6A 5II2A 5IGNA 2LCCA 5LKTA 3MEVA 4HXKA 4YH3A 5E9KA 2L5EA 4BACA 4UYFA 5DLZA 4TZ8A 5A5OA 5DKCA 5I29A 4CL9A 3L2VA 2L89A 4UYFB 2RHIA 5HQ7A 4GY5A 2I7KA 3E9GA 5H85A 4HXMA 4C5HA 4TYLA 4QZSA 4MEPA 4PLLA 4EDUA 5HQ6A 2R5AA 5D6XA 4YYJA 3MEUA 5HQ5A 3LQJA 4TU4A 3UVXA 4BW2A 5CUGA 4CLBA 2RO1A 3U5OA 4YYMA 3QZSA 4KCXA 2LVMA 3OS2A 5JWMA 2P0KA 2YEKA 5KTWA 4OGJA 4CURA 5FE3A 5HFRA 3OYFA 3LH0A 3U5KA 3LQIA 5DKHA 5FDZA 2L3RA 5FROA 3OA6A 4Q0OA 4LZSA 5L96A 5C6SA 5EGUA 1G5VA 2O4XA 5FG4A 4MENA 5J39A 5D24A 4GPJA 3DLMA 3GG3A 3U5MA 5F5ZA 2O4XB 4TTEA 4LYSA 3LXJA 4O7BA 3QZVA 1EQFA 4TT4A 5BT4A 4O7FA 5I80A 3NTIA 3FKMX 3MEAA 4N4FA 4F3IA 5CZGA 5IBNA 5HEMA 2G4AA 2X4WA 4UIUA 3G0LA 1OI1A 5IGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QDLA 4O74A 4CC4B 1QW1A 4EMKC 5KO4A 1QCOA 3LGFA 2AT1B 5DX4A 3JB9D 4DOVA 2FPEA 1D3BB 4CRIA 1HXDA 4XU3A 5CKDA 4WHUA 2RS9B 5KH6A 4QVCA 3MXFA 4BE1A 1H92A 4TQNA 2GQIA 2RJCA 2RQVA 1RI0A 1K9MR 3CCQT 2LQKA 2FSAA 3C0CA 2K2VA 2CUDA 1JJ2P 4A9EA 5HM0A 4FYWB 1PM3A 1BYMA 4J0SA 5D3SA 3CMEA 2LJ3A 1PKTA 3REAB 2CREA 4YYKA 3BDLA 4IUVA 1WYXA 3PVQA 4LZRA 3VRZA 2K5FA 1PHTA 3CCST 4J6WA 3UA6A 1VQ6A 1U1TA 3OQ5A 4QVZA 4CUPA 3LYIA 3OYIA 4A4KA 3D7SB 4J9CA 1VQPQ 3JSCA 2NUPA 1WHHA 2QQSA 2HQXA 2DXUA 1RAIB 2L3QA 4FW2A 2EYYA 5E0RA 2F5KA 5CKBA 1MNEA 1VQ7A 2A28A 5D7XA 4FSSA 5CUCA 2RK1A 2IIMA 2RFJA 2M9UA 3LW5E 2CZ7B 1KD1C 5EI4A 5GAN3 3MPUB 2AK5A 4UYHA 1I5LA 5HRXA 1VA7A 3QPHA 2LMJA 2JN0A 2DYIA 3OYAA 2DL4A 4M75F 5GAN8 4ZW1A 2A37A 3OBWA 1VQ9Q 1D0XA 1NJIC 2QEXQ 1M1KU 3CD6Q 2H3EB 2QG9B 4C8QA 1KQSA 1PSEA 3O8VA 4HBXA 5LJ0A 3UV4A 5C8GA 3HL8A 1IZ6A 2YUOA 3RMSA 5KU3A 2OX7A 2VC8A 3CCLT 2PU9B 4TT2A 2DRMA 1VQ8T 4QR3A 2H60A 1F1BB 2EJFA 4L6V5 2DBKA 4D8DA 3CPWP 5F25A 5H1UA 7AT1B 1Y0MA 1UTIA 3QJYA 2HSEB 5GMKe 4LZ2A 2V26A 3A1PA 3VYHB 4QQDA 1M8VA 1AOJA 2Y4XA 3U5PA 2VWFA 3ZBDA 3E1SA 1UHFA 2RO0A 6AT1B 2KYBA 4MZTA 1FMWA 2JTMA 4PL6A 2KQWA 2W10A 3EGUA 1AHJB 3JCMW 1VQ4T 4PFZA 4RTZA 1BB9A 5GMKj 5ENFA 1EX4A 2HD0A 2XG8D 5GAOl 3SVFA 4IR5A 5A83A 1UGVA 4Q0NA 4AG2C 1VQLA 4YABA 1N9RA 4DA4A 4BI8B 1YIJT 2KTBB 1QVPA 3OW2S 2B86A 3JCMQ 1HSQA 5FBXA 1KK7A 2PVDB 1R0CB 4NR9A 2GQVA 3M0PA 1OEBA 4JRIA 1TSFA 4MEOA 2EJ9A 5GMKm 5FH7A 2BE9B 3L2UA 2JS2A 2DL3A 1AZGB 1YJNA 4E7KA 2DVSA 2E6NA 5HKCA 2QA4Q 4WF2A 2J6KA 3TVTA 2N9GA 1ZUUA 2JM9A 4LC2A 2P4RA 1AT1B 4N4IA 2DWWA 2E12A 1PCXA 3I55A 1I5OB 2DXCA 1X69A 4RG2A 2RHYA 1YP5A 5ENEA 3V8LA 4DBFA 2L3PA 3OSSC 4YY4A 4Z88A 1FYNA 1FXXA 2QDYB 3ME9A 2XDBA 4F04B 4QEUA 2L3SA 1K8AU 4KH1B 2CP0A 3EFOB 1PC0A 3A8HB 4NR8A 4AMCA 3TSWA 3VS0A 2DBMA 1ZBJA 3SWNB 2KROA 4QQ6A 2YUNA 1H641 4ZC9A 3SVHA 2R0VA 1W2BA 4RUGA 5E9MA 5I7XA 1D0YA 2OAUA 2H8HA 1OZ2A 2DJZA 3VYGA 1GRIA 3L2QA 4KRTA 3RCWA 4QR5A 4JLIA 1MMGA 1NE8A 1KFZA 8AT1B 1E6GA 2DTIA 4KGVB 2RQWA 1BI0A 4E7SA 2DF6A 4O7AA 2GTOA 4M78A 5F61A 3X26B 4QUUA 4KULA 3AQAA 1ZA1B 5LJ5e 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2L3R A;  5FRO A;  3OA6 A;  4Q0O A;  4LZS A;  5L96 A;  5C6S A;  5EGU A;  1G5V A;  2O4X A;  5FG4 A;  4MEN A;  5J39 A;  5D24 A;  4GPJ A;  3DLM A;  3GG3 A;  3U5M A;  5F5Z A;  2O4X B;  4TTE A;  4LYS A;  3LXJ A;  4O7B A;  3QZV A;  1EQF A;  4TT4 A;  5BT4 A;  4O7F A;  5I80 A;  3NTI A;  3FKM X;  3MEA A;  4N4F A;  4F3I A;  5CZG A;  5IBN A;  5HEM A;  2G4A A;  2X4W A;  4UIU A;  3G0L A;  1OI1 A;  5IGK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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